Proteobakteriler
| Proteobacteria | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | |||||||
Biyolojik sınıflandırma  | |||||||
| |||||||
| Sınıflar [1] | |||||||
Proteobakteriler (Proteobacteria), bakteriler üstaleminin ana gruplarından birisini meydana getiren ve önemli cins ve türleri içeren şubesidir. Çeşitli hastalık etmenleri (Escherichia, Salmonella, Vibrio, Helicobacter gibi) ve başka çok bilinen cinsler bu gruba dahildir.[3] Ayrıca doğada serbest yaşayan türleri ve azot fiksasyonundan sorumlu pek çok bakteri türünü de içerir. Bu grup ribozomal RNA (rRNA) dizinlerine göre tanımlanmıştır. Bakteri biçimlerinin çeşitliliğinden dolayı grup, ismini Yunan mitolojisinde yer alan, her şekle girebilen tanrı Proteus'tan almıştır. (Proteus aynı zamanda Proteobakterilerde yer alan bir cinsin de adıdır.)
Proteobakteriler Gram-negatif özelliklidir, dış zarları başlıca lipopolisakkaritlerden oluşur. Çoğu flagella ile hareket eder ama bazıları hareketsizdir veya bakteriyel kayma kullanırlar. Bu sonuncu yöntemi kullananlar arasında bulunan Miksobakteriler, kümeleşerek çok hücreli "meyve gövdeleri" oluştururlar. Metabolizma tipleri bakımından da bu grupta büyük bir çeşitlilik vardır. Çoğu seçmeli veya zorunlu anaerobik ve heterotrofiktir ama pek çok istisna da mevcuttur. Birbiriyle yakın ilişkisi olmayan bazı cinsler fotosentez yoluyla ışığı enerjiye dönüştürürler. Bunlar kırmızımsı pigmentlerini kullanan mor bakterilerdir.
Bölüm veya sınıflar
[değiştir | kaynağı değiştir]| "Proteobacteria" filogenetik şeması | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ARB living tree, iTOL, Bergey ve diğer kaynaklara göre hazırlanan Proteobacteria filogenetik ağacı. Acidobacteria şubesi, Proteobacteria şubesine dahil olmayıp dış grup olarak verilmiştir. Acidithiobacillia, Hydrogenophilalia ve Oligoflexia sınıfları şemada gösterilmemiştir. |
Proteobakteriler öncelikli olarak ribozomal RNA dizilimine göre sınıflandırılmıştır. İlk başta yunan harfleri (alfa, beta, delta, epsilon ve gamma) ile isimlendirilen 5 sınıf belirlenmiş, daha sonra (bazıları öncesinde alt sınıf olan) Acidithiobacillia,[4] Oligoflexia,[5] Zetaproteobacteria[6] ve Hydrogenophilalia[7] sınıflarının eklenmesiyle, tamamı monofiletik toplam 9 sınıf olmuştur.[8][9]
Alfaproteobakteriler çoğunlukla ışığı kullanarak organik madde üreten (fototrof) bakteri cinslerini içerir, ama bunlara ek olarak azot fiksasyonu yapan bakteri türleri, hayvan ve bitki simbiontları (örn. Rhizobia) ve tehlikeli bir patojen grubu olan Rickettsiaceae 'yı da kapsar. Ökaryotik hücrelerdeki mitokondrinin atasının da bu bakteri grubundan kaynaklandığı düşünülmektedir[10] (bkz. endosimbiont teorisi)
Betaproteobakteriler, yıkım yetenekleri bakımından zengin olan aerobik veya seçmeli anaerobik bakteri gruplarından oluşur, ama kemolitotrofik cinsler (örn. amonyak yükseltgeyen Nitrosomonas) ve bazı fototroflar (Rhodocyclus ve Rubrivivax) de içerir. Çoğu doğada, örneğin atık sularda veya toprakta bulunur. Bu sınıfta yer alan patojen türler Neisseriaceae familyasındaki (frengi ve meningoensefalit etmenleri) ve Burkholderia cinsindeki türlerdir.
Gammaproteobakteriler arasında, Enterobacteriaceae, Vibrionaceae ve Pseudomonadaceae gibi tıbben ve bilimsel olarak önemli sayılan gruplar bulunur. Çok büyük sayıda patojen bu gruba aittir, örneğin Salmonella (enterit and tifo etmeni), Yersinia (veba), Vibrio (kolera), Pseudomonas aeruginosa (hastanede yatan veya kistik fibroz hastalarında görülen akciğer enfeksiyonu).
Deltaproteobakteriler büyük oranda aerobik cinslerden, meyve gövdesi oluşturan miksobakteriler ve zorunlu anaerobik cinslerin bir dalından oluşur. Bu gruba ait zorunlu anaeroblar arasında sülfat indirgeyici (Desulfovibrio, Desulfobacter, Desulfococcus, Desulfonema, vs.) ve kükürt indirgeyici (örn., Desulfuromonas) bakteriler ve farklı fizyolojileri olan bazı başka anaerobik bakteriler (örn., demir-III indirgeyici Geobacter ve sintrofik Pelobacter ve Syntrophus türleri) bulunur.
Epsilonproteobakteriler yalnızca birkaç cinsten oluşurlar bunlar başlıca burgulu Wolinella, Helicobacter ve Campylobacter 'dir. Bunlarin hepsi insan ve hayvan sindirim sisteminde ya simbiont olarak (ineklerde Wollinella) ya da patojen olarak (midede Helicobacter, duodenumda Campilobacter) yaşarlar.
Demir oksitleyen, nötrofilik, kemoototrof, tüm tatlı su ve deniz ekosistemlerinde yaygın bulunan bakterilerdir. Tip ordosu Mariprofundales'dir.
Zorunlu termofildirler. Heterotrof veya ototrof olabilirler. Tip ordosu Hydrogenophilales'dir.
Sülfür, demir ve uranyumu oksitleyebilen ototrof bakterilerdir. Acidithiobacillus gibi ekonomik olarak önemli mikroorganizmaları içeren Acidithiobacillales tip ordosudur.
Filamentöz aeroblardır. Tip ordosu Oligoflexales, tip cinsi Oligoflexus'dur.
Kaynakça
[değiştir | kaynağı değiştir]- ^ "Phylum "Proteobacteria"". LPSN. 19 Nisan 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 12 Temmuz 2021.
- ^ Garrity GM, Bell JA, Lilburn T. (2005). "Phylum XIV. Proteobacteria phyl. nov.". In: Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM, (Ed.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd edn, vol. 2 (The Proteobacteria), part B (The Gammaproteobacteria),. Springer, New York,. s. 1.
- ^ Madigan, M. and J. Martinko. (eds.) (2005). Brock Biology of Microorganisms. Prentice Hall. ISBN 978-0-13-144329-7.
- ^ Williams KP, Kelly DP. (2013). "Proposal for a new class within the phylum Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov., with the type order Acidithiobacillales, and emended description of the class Gammaproteobacteria". Int J Syst Evol Microbiol. 63: 2901-2906.
- ^ Nakai R, Nishijima M, Tazato N, Handa Y, Karray F, Sayadi S, Isoda H, Naganuma T. (2014). "Oligoflexus tunisiensis gen. nov., sp. nov., a Gram-negative, aerobic, filamentous bacterium of a novel proteobacterial lineage, and description of Oligoflexaceae fam. nov., Oligoflexales ord. nov. and Oligoflexia classis nov". Int J Syst Evol Microbiol. 64: 3353-3359.
- ^ Makita H, Tanaka E, Mitsunobu S, Miyazaki M, Nunoura T, Uematsu K, Takaki Y, Nishi S, Shimamura S, Takai K. (2017). "Mariprofundus micogutta sp. nov., a novel iron-oxidizing zetaproteobacterium isolated from a deep-sea hydrothermal field at the Bayonnaise knoll of the Izu-Ogasawara arc, and a description of Mariprofundales ord. nov. and Zetaproteobacteria classis nov". Arch Microbiol. 199: 335-346.
- ^ Boden R, Hutt LP, Rae AW. (2017). "Reclassification of Thiobacillus aquaesulis (Wood & Kelly, 1995) as Annwoodia aquaesulis gen. nov., comb. nov., transfer of Thiobacillus (Beijerinck, 1904) from the Hydrogenophilales to the Nitrosomonadales, proposal of Hydrogenophilalia class. nov. within the 'Proteobacteria', and four new families within the orders Nitrosomonadales and Rhodocyclales". Int J Syst Evol Microbiol. 67: 1191-1205.
- ^ Noel R. Krieg, Don J. Brenner, James T. Staley (2005). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology: The Proteobacteria. Springer. ISBN 978-0-387-95040-2.
- ^ Ciccarelli FD, Doerks T, Von Mering C, Creevey CJ, Snel B, Bork P (2006). "Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life". Science. 311: 1283-1287. doi:10.1126/science.1123061. PMID 16513982.
- ^ Roger AJ, Muñoz-Gómez SA, Kamikawa R (2017). "The origen and diversification of mitochondria". Current Biology. 27 (21): R1177-R1192. doi:10.1016/j.cub.2017.09.015. PMID 29112874.
- Madigan, Michael; Martinko, John (editors) (2005). Brock Biology of Microorganisms, 11th ed., Prentice Hall ISBN 0-13-144329-1