順番に見ていきましょう。
まずは予備知識として「メール」と「メールヘッダ」について簡単に説明します。
「そんなの説明されなくても知ってるよ！」な人は適当に読み飛ばしてください。

メールは「パソコンさんの世界のお手紙機能」です。
話を単純化するために「パソコンさんの世界」と書きましたが、携帯電話やスマホ、その他諸々の媒体でも使えます。



メールヘッダは「そのメールに関する説明書きが書いてある部分」です。
メールヘッダは、ちょうどメールの頭の辺りにあります。



というのは冗談です。



メールヘッダはメールの「封筒」に相当します。



試しに実際のお手紙で考えてみてください。

お手紙は、中に入れる便箋だけでは相手に届きません。
宛先を書いて切手を貼った封筒が必要です。
封筒の中に便箋が入って、はじめて、お手紙としての役割を果たせます。



メールも同じです。
本文だけでは相手に届きません。

１．宛先や差出人の名前などを書いた部分（封筒）
２．本文を書いた部分（便箋）

の2つが揃って、はじめてメールとしての役割を果たせるのです。

この2つのうち

１．宛先や差出人の名前などを書いた部分（封筒）

の呼び名が「メールヘッダ」です。



実際のメールヘッダは、例えば以下のようになっています。

■メールヘッダ例
Return-Path: <from@example.com>
X-Original-To: to@example.com
Delivered-To: to@example.com
Received: from [192.168.0.2] (hoge.example.com [198.51.100.2])
by example.com (Postfix)
with ESMTPSA id 744294074A15 for <to@example.com>;
Fri, 20 Jun 2014 21:22:42 +0900 (JST)
Date: Fri, 20 Jun 2014 21:22:40 +0900
From: ピヨピヨ　ピヨ太 <from@example.com>
To: to@example.com
Subject: こんばんは～
Cc: cc@example.com
In-Reply-To: <CAA3QdPUTTwPuefb40LKXitkx=6N9D80-U1p3_jpe49Jzt5awxw@example.com>
References: <20140620193439.7CBF.78EEE63C@example.com> <CAAwPuefb40LKX3QdPUTTitkx=6N9D80-U1p3_jpe49Jazt5wxw@example.com>
Message-Id: <20140701162135.7CBF.9BE9E63C@example.com>
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset="ISO-2022-JP"
Content-Transfer-Encoding: 7bit
X-Mailer: piyopiyo mailer ver. 1.2 [ja]

以上を踏まえて

メールヘッダの項目のひとつ

で

メールを送信するときに使ったメールソフトの情報が書いてある場所

が「X-Mailer」です。
実際の「X-Mailer」には、例えば

X-Mailer: piyopiyo mailer ver. 1.2 [ja]

のような内容が設定されています。
この例であれば「ピヨピヨメーラー バージョン1.2を使ったんだろうな～」と推測できる理屈です。

注意点として「X-Mailer」のように「X-」で始まるメールヘッダの項目は、共通ルールでは定義されていないものです。
仮に付けなくても、ルール違反にはなりません。
付いていなくても誰にも怒られないのです。

そのため使用するメールソフトによっては送信されたメールに「X-Mailer」が付かない場合があります。
たまにではありません。
結構な割合で付いていなかったりします。

よって「付いていたらラッキー」な参考情報程度に捉えてください。
普通は相手が使っているメールソフトが分かったところで、あまり役に立たないですしね。