1844, dal francese protéine, coniato nel 1838 dal chimico olandese Gerhard Johan Mulder (1802-1880), forse su suggerimento di Berzelius, dal greco prōteios "la prima qualità", da prōtos "primo" (vedi proto-) + -ine (2).

Inizialmente una sostanza teorica ritenuta costituente essenziale del cibo per la vita, ulteriori studi sulle sostanze con cui stava lavorando hanno confutato questa teoria, ma le parole protein e proteid hanno continuato ad essere utilizzate negli studi internazionali sulla materia e anche per altri composti organici; l'uso moderno come nome generale per una classe di sostanze è nato in Germania. La confusione divenne così grande che nel 1907 fu istituito un comitato per stabilire la nomenclatura corretta, che ha dato a protein il suo significato moderno ("classe di composti organici che costituiscono una parte importante di tutti gli organismi viventi") e ha bandito proteid.