ヤフオクで複数の商品を落札し、「まとめて取引」を行ったのですが、送料が単体取引と変わりませんでした。
間違っていそうだけど、早く支払いを終えたかったので、確認せずに支払いました。
送料が間違っていた場合、どういう処理になるのか不明だったので調べてみました。

結論：不足した場合は出品者が負担

ヤフオクの運営としては、出品者が落札者に請求した送料と、実際にかかった送料が一致しているかどうかは関知しないと思われます。

送料が落札者負担なのに売上から差し引かれている

配送方法に、おてがる配送（ヤマト運輸）またはおてがる配送（日本郵便）を利用した状況です。請求のしくみなど、詳細は以下に記載の内容をご確認ください。

support.yahoo-net.jp

送料が正しい場合（請求：210円、実際：210円）

• 落札者の支払い金額：1,210円（落札金額1,000円 + 送料210円）
• 落札システム利用料（10%の場合）：100円
• 送料（配送サービス利用料）：210円

→売上：1,210円 – 100円 – 210円 ＝ 900円

送料が正しくない場合（請求：210円、実際：310円）

• 落札者の支払い金額：1,210円（落札金額1,000円 + 送料210円）
• 落札システム利用料（10%の場合）：100円
• 送料（配送サービス利用料）：310円

→売上：1,210円 – 100円 – 310円 ＝ 800円

落札者に請求した送料より、実際にかかった送料のほうが高ければ、売り上げ金が減少します。
逆の場合は、売上金が増加します。

送料が落札者負担で、おてがる配送以外の場合と考え方は同じだと思います。

システム上は出品者が負担しますが、出品者によっては不足分を請求されるかもしれません。
その場合は、双方で話し合いだと思います。