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    03.guía Dot Plot

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    Este documento presenta una guía práctica para el uso de la herramienta bioinformática Dotlet, la cual permite generar matrices de puntos (dot plots) para identificar regiones de similitud entre secuencias biológicas a través de alineamientos. Se proponen cinco ejercicios donde los estudiantes deben usar Dotlet para generar dot plots de diferentes secuencias contra sí mismas y entre ellas, e interpretar los resultados.

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    Este documento presenta una guía práctica para el uso de la herramienta bioinformática Dotlet, la cual permite generar matrices de puntos (dot plots) para identificar regiones de similitud entre secuencias biológicas a través de alineamientos. Se proponen cinco ejercicios donde los estudiantes deben usar Dotlet para generar dot plots de diferentes secuencias contra sí mismas y entre ellas, e interpretar los resultados.

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    03.Guía Dot plot

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    Este documento presenta una guía práctica para el uso de la herramienta bioinformática Dotlet, la cual permite generar matrices de puntos (dot plots) para identificar regiones de similitud entre secuencias biológicas a través de alineamientos. Se proponen cinco ejercicios donde los estudiantes deben usar Dotlet para generar dot plots de diferentes secuencias contra sí mismas y entre ellas, e interpretar los resultados.

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    Este documento presenta una guía práctica para el uso de la herramienta bioinformática Dotlet, la cual permite generar matrices de puntos (dot plots) para identificar regiones de similitud entre secuencias biológicas a través de alineamientos. Se proponen cinco ejercicios donde los estudiantes deben usar Dotlet para generar dot plots de diferentes secuencias contra sí mismas y entre ellas, e interpretar los resultados.

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    UNIVERSIDAD COLEGIO MAYOR DE

    NUESTRA SEÑORA DEL ROSARIO


    FACULTAD DE CIENCIAS NATURALES Y
    MATEMÁTICAS
    Bioinformática
    Guía de alineamiento basado en matrices de puntos (Dot plot)
    Herramienta Dot let

    En esta práctica vamos a utilizar un método sencillo y gráfico de explorar la similitud entre dos
    secuencias por medio de matrices de puntos (Dot plot). La herramienta compara secuencias de
    longitud M y N, creando una cuadricula de dimensiones M * N. Permite identificar repeticiones,
    inversiones, indel y regiones palíndromes entre las secuencias.

    Actividad previa a la clase

    1. Qué es un alineamiento de secuencias en bioinformática?


    2. ¿Qué tipos de secuencias se pueden alinear?
    3. ¿Qué es un alineamiento global? Y uno local?
    4. Defina los siguientes conceptos: mutación, inversión, deleción y duplicación
    5. Enumere las aplicaciones prácticas de un alineamiento de secuencias.
    6. ¿Qué significa que unos genes sean homólogos? Ortólogos? Paralógos?
    7. Ingrese a la página https://dotlet.vital-it.ch, revise la documentación del programa y entienda
    como funciona y que permite detectar.

    Actividad en el aula

    1. Proceda a realizar los siguientes ejercicios.


    2. Reporte en el documento entregar para cada ejercicio, lo siguiente:
    Resultados (captura de pantalla) y una breve discusión de lo obsevado

    Ejercicio 1.
    Realice un dotplot de la secuencia 1 contra ella misma. Ajuste la escala de grises e interprete la imagen.

    Secuencia 1
    MKSYISLFFILCVIFNKNVIKCTGESQTGNTGGGQAGNTVGDQAGSTGGSPQGSTGASQP
    GSSEPSNPVSSGHSVSTVSVSQTSTSSEKQDTIQVKSALLKDYMGLKVTGPCNENFIMFL
    VPHIYIDVDTEDTNIELRTTLKETNNAISFESNSGSLEKKKYVKLPSNGTTGEQGSSTGTV
    RGDTEPISDSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSESLPANGPDSPTVKPPRNLQNI
    CETGKNFKLVVYIKENTLIIKWKVYGETKDTTENNKVDVRKYLINEKETPFTSILIHAYK
    EHNGTNLIESKNYALGSDIPEKCDTLASNCFLSGNFNIEKCFQCALLVEKENKNDVCYK
    YLSEDIVSNFKEIKAETEDDDEDDYTEYKLTESIDNILVKMFKTNENNDKSELIKLEEVD
    DSLKLELMNYCSLLKDVDTTGTLDNYGMGNEMDIFNNLKRLLIYHSEENINTLKNKFRN
    AAVCLKNVDDWIVNKRGLVLPELNYDLEYFNEHLYNDKNSPEDKDNKGKGVVHVDTT
    LEKEDTLSYDNSDNMFCNKEYCNRLKDENNCISNLQVEDQGNCDTSWIFASKYHLETIR
    CMKGYEPTKISALYVANCYKGEHKDRCDEGSSPMEFLQIIEDYGFLPAESNYPYNYVKV
    GEQCPKVEDHWMNLWDNGKILHNKNEPNSLDGKGYTAYESERFHDNMDAFVKIIKTE
    VMNKGSVIAYIKAENVMGYEFSGKKVQNLCGDDTADHAVNIVGYGNYVNSEGEKKSY
    WIVRNSWGPYWGDEGYFKVDMYGPTHCHFNFIHSVVIFNVDLPMNNKTTKKESKIYDY
    YLKASPEFYHNLYFKNFNVGKKNLFSEKEDNENNKKLGNNYIIFGQDTAGSGQSGKESN
    TALESAGTSNEVSERVHVYHILKHIKDGKIRMGMRKYIDTQDVNKKHSCTRSYAFNPEN
    YEKCVNLCNV NWKTCEEKTSPGLCLSKLDTNNECYFCYV

    Ejercicio 2.
    Realice un dotplot de la secuencia 2 contra la secuencia 3. Ajuste la escala de grises e interprete
    los resultados.

    Secuencia 2.
    ADSLTEEQVSEYKEAFSLFDKDGDGQITTKELGTVMRSLGQNPSESELQDMINEVDADN
    NGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFKVFDRDNNGFISAAELRHVMTSIGEKLTD
    DEVDEMIREADQDGDGRIDYNEFVQLMMQK

    Secuencia 3.
    ADSLTEEQVSEYKEAFSLFDKDGTGTTGTTGTDGQITTKELGTVMRSLGQNPSESELQT
    GTTGTTGTDMINEVDADNNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFKVFDRDNNGFI
    SAAELRHVMTSIGEKLTDDEVDEMIREADQDGDGRIDYNEFVQLMMQK

    Ejercicio 3.
    Realice un dotplot de la secuencia 4 contra ella misma. Ajuste la escala de grises e interprete los
    resultados.

    Secuencia 4.
    QQNLPQRYIELVVVADRRVFMKYNSDLNIIRTRVHEIVNIINGFYRSLNIDVSLVNLEIWS
    GQDPLVVVADRRVFMKYNSDLNIIRTIQSSSSNTLNSEGLWREKVLLNKKKKDNAQLLT
    AIEFKCETLGKAYLNSMCNPRSSVGIVKDHSPINLLVAVTMAHELGHNLGMEHDGKDC
    LRGASLCIMRPGLTPGRSVVVADRRVFMKYNSDLNIIRYEFSDDSMGYYQKFLNQYKPQ
    CILNKPVVVADRRVFMKYNSDLNIIR

    Ejercicio 4
    Realice una busqueda de la secuencia con número de acceso P13823. Compare esta secuencia
    consigo misma usando el programa Dotlet. Ajuste la escala de grises e interprete la imagen.

    Ejercicio 5.
    Realice una búsqueda en el NCBI de la secuencia con número de acceso P24014. Compare esta
    secuencia consigo misma usando el programa Dotlet. Ajuste la escala de grises e interprete la
    imagen.

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