PRÁCTICA No.

ANÁLISIS DE SECUENCIAS NUCLEOTÍDICAS

INTRODUCCIÓN.

Podemos definir la Bioinformática como la aplicación de tecnología informática para la

gestión y el análisis de datos biológicos. Por otra parte, El Instituto Nacional de Salud
(NIH) de Estados Unidos utiliza una definición más completa y define a la bioinformática
como la investigación, el desarrollo o aplicación de herramientas computacionales y
enfoques informáticos para ampliar el uso de datos médicos, de salud o de
comportamiento biológico, incluidas las competencias de adquirir, almacenar, organizar,
archivar, analizar o visualizar estos datos (Instituto Nacional de la Salud, 2000). Por lo
tanto, no podemos obviar que la bioinformática se ha convertido en una disciplina
excepcional, ya que permite a los científicos descifrar y gestionar las enormes cantidades
de datos que se generan a diario o que ya están disponibles.
El objetivo de la bioinformática es presentar una representación completa de un
organismo, para lo cual es necesario un avance computacional que prediga sistemas de
gran complejidad, tales como los procesos de interacción celular de todo el organismo.
La bioinformática se aplica actualmente en casi todos los campos científicos. Hoy en día,
gracias a ella se pueden procesar las ingentes cantidades de datos generados por las
técnicas de secuenciación, tanto secuenciación automática como pirosecuenciación. Los
datos generados y depositados en estas bases de datos corresponden a secuencias de
nucleótidos y de aminoácidos, según sean ADN o proteínas.

OBJETIVO.

Conocer herramientas de análisis in silico de secuencias nucleotídicas

desconocidas.

PROCEDIMIENTO.

Usará las plataformas y enlaces a internet, abajo mencionadas, para:

A) Realizar una búsqueda comparativa de una secuencia de DNA.

B) Encontrar las similitudes que hay entre la secuencia problema y las bases
de datos.
C) Encontrar el número de exones e intrones de la secuencia dada.
D) Encontrar la región 5’ UTR
E) Analizar la región regulatoria de la secuencia problema.
F) Encontrar los posibles factores de transcripción del gen en cuestión.
NCBI (National Center for Biotechnology Information)

Enlaces a internet: www.ncbi.nlm.nih.gov

Secuencia nucleotídica(desconocida):
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a) Use la herramienta blastn del servidor NCBI para realizar un
alineamiento de la secuencia en estudio con la base de datos y
sugiera a que proteína corresponde.
Hydroxy-delta-5-steroid dehydrogenase, 3 beta- and steroid delta-isomerase 2
 
b) ¿Cuál es el símbolo oficial de la proteína? (HSD3B2)
c) ¿A qué organismo pertenece? Homo sapiens

d) ¿Qué número de identificación posee el gen? NG_013349.1

e) Según graphic summary, a qué secuencia pertenece el primer
alineamiento?
Homo sapiens hydroxy-delta-5-steroid dehydrogenase, 3 beta- and steroid delta-
isomerase 2 (HSD3B2), RefSeqGene on chromosome 1

f) Presione la caja Alignments, después Graphics y finalmente la caja

Related information. Analice y diga en qué cromosoma se encuentra
dicho gen.
Cromosoma 1

g) Indique la región regulatoria del gen: -1073 a +53

h) Indique la región promotora y las bases que posee: -1073 a +193 y posee
1266 bases
i) Mencione un factor de transcripción del gen en estudio:
YY1
j) Por último presione la flecha de la región regulatoria y mencione
algunas de las proteínas que interaccionan con esta región:
 Signal transducer and activator of transcription 5 (Stat5 probe)
 YY1 transcription factor (3beta2S probe)
 Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1 (NBRE)
 Nuclear receptor subfamily 5 group A members 1 and 2 (FP2 site)
 GATA binding protein 4 (-196 GATA site)
 Nuclear receptor subfamily 1 group H member 4 (FXRE)
DISCUSIÓN.
Los resultados arrojados por el NCBI con respecto a la secuencia nucleotídica
dada nos ayudaron a encontrar demasiada información al respecto de esta.
Gracias a esto con la secuencia notros pudimos hacer uso de esta herramienta y
observar la proteína que es y el espécimen al que corresponde, la localización en
los cromosomas, la región regulatoria y promotora y algunas otras características
que posee esta proteína.

CONCLUSIÓN.
El uso de herramientas bioinformáticas como NCBI nos facilita y ayuda a obtener
bastante información partiendo de las secuencias nucleotídicas.

REFERENCIAS.

 Méndez, E. (2016). Introducción al uso de herramientas bioinformáticas para el

análisis de secuencias de ADN. Recuperado 3 de mayo de 2021, de

https://gredos.usal.es/bitstream/handle/10366/124349/EducaFarma_2014_1_EMG_

RRG.pdf?sequence=1&isAllowed=y

 www.ncbi.nlm.nih.gov