Bioinformática, 300BIO002.

Información General
Diana Carolina Clavijo Buriticá, MSc, PhDc. Universidad Javeriana Cali

Curso de Bioinformática, Código - 300BIO002

DEPARTAMENTO DE CIENCIAS NATURALES Y MATEMÁTICAS
Programa Académico de Biología

1. INFORMACIÓN DEL CURSO

Código: 300BIO002 Prerrequisitos: Biotecnología molecular Créditos: 3

Clases: Asignatura teórico-práctica. El curso se desarrollará en modalidad digital con
una intensidad de 4 horas de clase teórica por semana y talleres de laboratorio
computacional (in silico)
Horario: Lunes 4:00pm-6:00pm y Jueves de 7:00am-9:00am
Profesora: Diana Carolina Clavijo Buriticá, Lic. Química, MSc en Biología, PhDc en
Ciencias-Biología.
Contacto: Facultad de Ingeniería - Departamento de Ciencias Naturales y Matemáticas.
Email diana.clavijo@javerianacali.edu.co, carolina.clavijo@gmail.com
Horario de atención: Miércoles de 9am – 11am. En cualquier momento pueden
contactarme por correo electrónico para la resolución de inquietudes..

2. JUSTIFICACIÓN
Los recientes avances en la biología molecular cómo las técnicas de secuenciación (SNG) ha
llevado a la generación de un alto volumen de datos biológicos que requieren ser procesados y
analizados bajo las tecnologías de la información, lo cual llevóal surgimiento de una disciplina
que generó vínculos directos entre la Informática y las Ciencias Biológicas. La Bioinformática, se
encuentra en la intersección de las ciencias de la vida con las ciencias de la información. Es un
campo científico interdisciplinario que se propone la investigación y el desarrollo de sistemas
computacionales que faciliten la comprensión del flujo de información desde los genes a las
estructuras moleculares, su función bioquímica, su conducta fisiológica y finalmente, su
influencia en las enfermedades y la salud. Es así como, en la biología celular moderna existe un
lazo indisoluble entre los procedimientos experimentales requeridos para ahondar en el
funcionamiento celular y las herramientas computacionales particulares que permiten el
almacenamiento, análisis e interpretación de dichos datos experimentales.

Con el descubrimiento de la estructura del ADN en 1953 se identificó la molécula clave que
contiene la información necesaria para regular los distintos procesos funcionales que soportan
a la célula como una estructura autorregulada y dinámica. Con el paso de los años los científicos
ahondaron en su diversidad y su complejidad y, para ello, trabajaron en sinergia con las ciencias
computacionales, las cuales permitieron un conocimiento detallado y organizado de las distintas
propiedades del ADN. La bioinformática ha calado tanto en las ciencias biológicas que en la
actualidad existen ciertos procedimientos computacionales rutinarios que todo biólogo debe
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conocer. De la misma manera, un conocimiento profundo de algunas de las múltiples

herramientas bioinformáticas que existen, facilita el análisis de datos y permiten la adquisición
de información pertinente, útil para validar o rechazar una hipótesis científica particular. Por lo
tanto, el biólogo Javeriano, debe saber utilizar herramientas bioinformáticas que le permitan
atacar y resolver distintos problemas de investigación.

Se espera que al final del curso el estudiante esté en la capacidad de:

• Diseñar estrategias metodológicas para abordar y solucionar un problema biológico
particular usando herramientas bioinformáticas específicas.
• Buscar, interpretar, analizar y usar pertinentemente distintas fuentes de literatura
científica, bases de datos y herramientas web que le permitan solucionar una pregunta de
investigación específica.
• Construir árboles filogenéticos usando apropiadamente distintos tipos de información de
secuencias génicas o proteicas, analizando en un contexto evolutivo las diferentes técnicas
y modelos que deben ser considerados para su construcción

3. COMPETENCIAS
Autoeducación
o Desarrollar en el estudiante una actitud crítica y autocrítica que le permita trabajar con rigor
ético e independencia en su desempeño profesional.

Pensamiento
o Desarrollar en los estudiantes capacidades analíticas y de reflexión que les permitan diseñar
estrategias metodológicas para abordar y solucionar un problema biológico particular usando
herramientas bioinformáticas específicas
o Estimular en el estudiante la necesidad de buscar, entender y analizar distintas fuentes de
literatura científica que le permitan estar actualizados en herramientas bioinformáticas
específicas.
o Incentivar la creatividad de los alumnos para que identifiquen herramientas bioinformáticas que
les sean útiles para resolver interrogantes específicos ligados a proyectos de investigación
planteados desde distintas áreas del conocimiento.
o Desarrollar en los estudiantes habilidades básicas de programación en lenguajes específicos.

Ético-Reflexivas
o Desarrollar en el estudiante una actitud de disciplina intelectual apropiada para promover su
autoaprendizaje.

Comunicación
o Desarrollar destrezas para comunicarse de forma oral y escrita en la terminología adecuada.
o Aprender a presentar de manera oral y escrita de manera clara y eficaz, tanto artículos
científicos producidos por otros investigadores como proyectos de investigación propios.

Saber
o Aplicar los contenidos aprendidos durante el curso en situaciones prácticas profesionales.
o Fortalecer la capacidad de obtener, analizar e interpretar datos y dar conclusiones.
o Manejar herramientas virtuales de información científica.

Saber hacer
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o Desarrollar en los estudiantes habilidades que les permitan discernir las herramientas
adecuadas para la búsqueda de información de fuentes variadas impresas o virtuales para el
aprendizaje de contenidos.
o Adquirir capacidad de comprensión, evaluación y síntesis de artículos científicos de
investigación.
o Desarrollar la habilidad de proponer estrategias metodológicas que le permitan resolver
problemas biológicos desde la bioinformática.
o Desarrollar la habilidad para plantear estrategias de validación in silico e in vitro de las
metodologías bioinformáticas.

4. OBJETIVOS DE APRENDIZAJE

MÓDULO 1: INTRODUCCIÓN. Bases de Datos y Programación Dinámica

• Reconocer a la bioinformática como un área interdisciplinar de las ciencias, la cual a través
de la generación de herramientas de análisis de datos biológicos permite entender y
predecir el comportamiento natural de un sistema biológico a escala molecular.
• Reconocer e integrar los conceptos básicos de biología celular, biología molecular y
bioquímica a través de la aplicación de éstos en la formulación de estrategias metodológicas
que le permitan reconocer los objetivos y función de la bioinformática.
• Reconocer y apropiarse de herramientas computacionales para el estudio de sistemas
biológicos
• Reconocer la estructura y funcionalidad de las bases de datos biológicas, a partir del
reconocimiento y aplicación de herramientas puntuales de las bases de datos del NCBI y
ENSEMBL para contextualizar la importancia del almacenamiento de datos moleculares
• Implementar distintos algoritmos de programación dinámica, por medio de la aplicación de
alineamientos locales y globales para contextualizar biológicamente los algoritmos
implementados.

MÓDULO 2: INTERMEDIO. Elementos reguladores en cis y Gen Ontology

• Comprender el origen de los procesos de coregulación génica, mediante la identificación y
caracterización de secuencias de regulación en cis, para obtener un panorama global de los
procesos de regulación transcripcional
• Identificar la importancia del uso de un vocabulario controlado en los procesos de
caracterización funcional, mediante el uso de la ontología de GO, para realizar una
descripción precisa de distintos procesos biológicos.
• Generar habilidades en el uso de herramientas computacionales de genómica comparativa
que permitan la caracterización de genes específicos a partir de análisis de enriquecimiento
funcional (GO).

MÓDULO 3: FINAL. Inferencias filogenéticas y Ciencias ómicas

• Describir formalmente los objetivos, conceptos y métodos que caracterizan el análisis
filogenético, que le permitirán realizar la interpretación de arboles filogenéticos y validar si
los datos apoyan una hipótesis evolutiva determinada.
• Analizar e interpretar datos para promover las evidencias que apoyan la diversidad de
organismos como el resultado de la evolución y que le permitan explicar cómo las secuencias
moleculares, como el ADN, pueden utilizarse para estudiar las relaciones evolutivas.
• Reconocer las ventajas y limitaciones de las aproximaciones filogenéticas por medio de la
confrontación de los distintos algoritmos empleados
• Generar habilidades conceptuales que le permitan abordar un problema biológico a través
de las aplicaciones de las ciencias “ómicas” y entender la funcionalidad celular desde una
aproximación sistémica.
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• Incentivar la creatividad de los alumnos a través del desarrollo de proyectos de investigación

que puedan ser abordados desde el punto de vista de la bioinformática y estén acordes con
necesidades específicas que requieran ser atendidas en la región y en la nación

5. METODOLOGÍA

El curso se llevará a cabo por medio de:

Clases magistrales en modalidad remota: En este tipo de estrategias el profesor mediante

diferentes modalidades de exposición y previa preparación de la clase por parte del estudiante,
buscará explicar el tema correspondiente y buscará resolver las posibles dudas que surjan. Para
cada sesión de clase el estudiante deberá realizar previamente las lecturas correspondientes al
tema y que serán sugeridas previamente por el profesor. Es importante que para las clases en
modalidad remota, el estudiante cuente con un espacio físico apropiado que motive al
aprendizaje.

Prácticas guiadas: Cada clase magistral estará acompañadas por ejercicios guiados especificados
en guías. Estos ejercicios, buscan la exploración de distintas herramientas bioinformáticas
relacionadas con un tema específico. Los estudiantes deberán seguir la guía, resolver los
ejercicios allí planteados y entregarla resuelta en su totalidad o bien, al final de la clase, o en
la siguiente sesión de práctica de acuerdo con la indicación del profesor.

Exposiciones: Individualmente, los estudiantes del curso realizarán durante el semestre dos
exposiciones de treinta minutos cada una:
• La primera exposición estará relacionada con técnicas de secuenciación de próxima
generación (NGS), en donde los estudiantes explicarán la técnica, su fundamentación
molecular, sus aplicaciones directas y sus ventajas y desventajas.
• La segunda presentación se basará en una base de datos, o un recurso web específico,
indicando su origen, estructura y organización. Los estudiantes, explicará las distintas
herramientas que pueden ser allí encontradas, ilustrando de qué manera dichas
herramientas pueden ser utilizadas para resolver un problema biológico en particular.

Exámenes parciales: Durante el semestre se realizarán 2 evaluaciones parciales que

contemplan un componente teórico, relacionado con los temas expuestos y revisados durante
el periodo académico específico que se esté evaluando y un componente práctico que
corresponde a los conceptos que se fortalecieron mediante las guías desarrolladas. Estos
exámenes podrán ser escritos de forma tradicional o podrán ser mini proyectos aplicados que
contribuyan al desarrollo del proyecto general de semestre

Proyecto de semestre: A cada estudiante, el profesor le asignará un problema puntual y

específico relacionado con distintas áreas de estudio que relacionan las técnicas ómicas con
análisis bioinformáticos específicos. Durante el curso del semestre, los estudiantes deberán
desarrollar una estrategia concreta, bien planteada, lógica y realizable que permita solucionar
el problema de investigación planteado. Los estudiantes deben valerse de literatura científica y
libros de texto para guiar el desarrollo de la propuesta de investigación. Al final los estudiantes
deberán realizar una presentación oral de 35 minutos (50% de la evaluación) que describan
minuciosamente el problema planteado y la estrategia seguida para resolver la pregunta de
investigación correspondiente, haciendo énfasis en los programas, flujos bioinformáticos y
herramientas de análisis, interpretación y presentación de datos implementadas para la
resolución del mismo. En adición deberá entregar un informe escrito en forma de artículo
científico (50% de la evaluación) siguiendo las indicaciones del anexo 1 de este documento.
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6. EVALUACIÓN DEL CURSO

%
ACTIVIDAD / FECHA COMPETENCIAS EVALUADAS
NOTA

Exámenes Conocimiento de conceptos fundamentales de

Primer parcial (Agosto 29 y Septiembre 1) 20 bioquímica, biología celular, biología molecular y
Segundo parcial (Octubre 10 y 13) 20 bioinformática.
Habilidad para expresar con criterio conceptos y
aprendizajes.
Talleres-Laboratorios computacionales
I (Agosto 4 y 8))
II (Agosto 22) 30
III (Septiembre 5) Capacidad de análisis, de interpretación y de
IV (Septiembre 12) comunicación.
V (Septiembre 26) Habilidades en pensamiento crítico.
VI (Octubre 20)
VII (Octubre 31)
VIII (Noviembre 10)
Habilidades en investigación de literatura
Exposiciones
científica.
Técnicas de Secuenciación (Septiembre 15 y 10
Comprensión de lectura científica en inglés.
19)
Habilidades en pensamiento crítico.
Bases de datos (Septiembre 29 y Octubre 3)
Habilidades en comunicación científica oral.
Habilidades en investigación de literatura
Proyecto Semestral
20 científica.
Presentación oral (Noviembre 21 y
(10) Comprensión de lectura científica en inglés.
Noviembre 24)
(10) Entendimiento de los conceptos de Bioinformática
Artículo (Noviembre 17)
Habilidades en pensamiento crítico.
Habilidades en comunicación científica oral.

7. INFORMACIÓN IMPORTANTE

Asistencia: Recuerden que un deber de los estudiantes es la asistencia cumplida y

puntual a clase, un estudiante con más del 20% de inasistencia injustificada pierde el
derecho a seguir siendo evaluado.

Brightspace: Los documentos relevantes para el desarrollo del curso estarán disponibles
en la plataforma virtual del curso, estos corresponden a los PDF de las clases magistrales,
a los protocolos de laboratorio in silico y a las guías para el desarrollo de actividades.

Entregas de Informes Escritos: La entregas de todas las actividades evaluativas se deben

entregar en formato word y se adjuntan en la plataforma Brigthspace en el link
habilitado para tal fin, a más tardar a las 11:59pm del día de última entrega. Los archivos
deben estar nombrados con un nombre alusivo a la entrega y el apellido del estudiante,
por ejemplo CancerBioinfo_Clavijo.doc.
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8. PROGRAMACIÓN DEL CURSO Y CONTENIDOS

S MÓDULO FECHA TEMA DE CLASE ENTREGAS /

Exposiciones
1 Lunes 25 Julio Introducción al curso: Presentación del programa,
cronograma y planeación del curso. Repaso de
temas claves de bioquímica, biología molecular y
biología celular.
Jueves 28 Julio Introducción a la Bioinformática: Que es la
bioinformática. Origen, áreas de actuación.
Comparación entre bioinformática y biología
computacional
2 Lunes 1 Agosto Bases de datos Biológicas: Definición, tipos,
herramientas asociadas a las bases de datos,
bases de datos más utilizadas
Jueves 4 Agosto NCBI-I: Estructura, tipo de información,
herramientas
NCBI-II: Laboratorio computacional (Primera
Parte)
3 Lunes 8 Agosto NCBI-II: Laboratorio computacional (Segunda Taller NCBI
Parte)
MODULO 1:
Jueves 11 Agosto Bases de datos II: Genómica comparativa,
INTRODUCCIÓN A
genoma, fenólogos, ortólogos
BIOINFORMÁTICA
ENSEMBL-I: detección de ortólogos, análisis de
Bases de Datos y
transcritos
Programación
Lunes 15 Agosto
Dinámica SEMANA DIAGONAL
Jueves 18 Agosto
4 Lunes 22 Agosto ENSEMBL-II: Laboratorio computacional Taller ENSEMBL
Jueves 25 Agosto Alineamiento de secuencias-I: que es un
alineamiento local, importancia de la
comparación de secuencias, ortólogos vs
parálogos. Alineamientos locales, similitud vs
homología, BLAST, alineamientos de proteínas,
matrices de sustitución, valores extremos y el
estadístico E.
5 Lunes 29 Agosto PRIMER EXAMEN PARCIAL
Jueves 01 Septiembre
6 Lunes 05 Septiembre Alineamiento de secuencias-I: Alineamientos Taller
Jueves 08 Septiembre locales-I. Laboratorio computacional alineamientos
Alineamiento de secuencias-II: que es un locales
alineamiento global, importancia de la similitud
entre secuencias, técnicas para el alineamiento
global, alineamientos múltiples, identidad entre
secuencias.
7 Lunes 12 Septiembre Alineamiento de secuencias-II: Alineamientos Taller
globales-I. Laboratorio computacional. alineamientos
Jueves 15 Septiembre Exposiciones técnicas de secuenciación-I globales
8 MODULO 2: Lunes 19 Septiembre Exposiciones técnicas de secuenciación-II
INTERMEDIO Jueves 22 Septiembre Predicción de elementos reguladores en el ADN-I:
Elementos Control de la expresión génica, técnicas para la
reguladores en cis cuantificación de transcritos globales, redes de
y Gene Ontology coexpresión, proteínas reguladoras de genes.
9 Lunes 26 Septiembre Predicción de elementos reguladores en el ADN-II: Taller elementos
Laboratorio computacional. reguladores en
Jueves 29 Septiembre Exposiciones bases de datos-I Cis
10 Lunes 03 Octubre Exposiciones bases de datos-II
Jueves 06 Octubre Gene Ontology (GO)-I: Definición de ontología,
¿qué es Gene Ontology?, ¿cómo se estructura?,
ontologías de GO, importancia de GO
11 Lunes 10 Octubre SEGUNDO EXAMEN PARCIAL
Jueves 13 Octubre
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12 Lunes 17 Octubre Festivo Taller Gene

Jueves 20 Octubre Gene Ontology (GO)-II: Laboratorio computacional Ontology

13 Lunes 24 Octubre Ontology (GO)-III: Invitado especial Análisis de

Enriquecimiento funcional
Jueves 27 Octubre Inferencias filogenéticas usando secuencias-I:
definición de filogenia, árboles filogenéticos
enraizados y sin enraizar, construcción de una
filogenia, cladística, construcción de árboles
basada en distancias moleculares, basados en el el
MODULO 3:
principio de parcimonia y basados en máxima
FINAL
verosimilitud, bootstrap en algoritmos
Inferencias filogenéticos
filogenéticas y
14 Lunes 31 Octubre Inferencias filogenéticas usando secuencias-III: Taller árboles
Ciencias ómicas
Jueves 3 Noviembre Laboratorio computacional filogenéticos
(MEGA)
15 Lunes 7 Noviembre ÓMICAS-I: Introducción a las ciencias ómicas. Taller Mapa
Jueves 10 Noviembre Genómica, transcriptómica, metabolómica y Conceptual
lipidómica Ómicas
16 Lunes 14 Noviembre Festivo
Jueves 17 Noviembre Asesorías Proyecto de Semestre
17 Lunes 21 Noviembre Presentación proyecto de semestre
Jueves 24 Noviembre (Tercer Parcial)
18 Lunes 28 Noviembre Retroalimentación y entrega de notas definitivas
Jueves 01 Diciembre

9. BIBLIOGRAFÍA Y LECTURAS RECOMENDADAS POR CONTENIDOS DE CLASE

• Dear, H. 2007. Bioinformatics. Scion Publishing Limited. First edition.
• Lesk, A. 2008. Introduction to bioinformatics. Oxford University Press. Third edition.
• Lesk, A. 2012.Introduction to genomics. Oxford University Press. Second edition.
• Brown, T. 2008. Genomas. Editorial Médica Panamericana- Tercera edición.
• Claverie, J. And Notedrame, C. 2003-2007. Bioinformatics for Dummies. First or second edition

10.TEMAS PARA EXPOSICIONES

Estos son los temas y la programación para la presentación del seminario. Refiérase al apartado
seminarios que se encuentra en la pag. 4 para guiarse en esta actividad.

# SEMINARIO/ EXPOSICIÓN
1 Secuenciación dirigida del gen 16s rRNA
Técnicas de 2 Sanger
Secuenciación 3 Secuenciación de genoma completo “Shotgun”
(SNG) 4 Plataforma Roche 454 (Pirosecuenciación)
5 Plataforma Illumina (Solexa®)
6 Plataforma Ion Torrent
7 Plataforma Oxford-Nanopore
8 Plataforma Pacific Biosciences (PacBio)
1 PDB
2 GWAS
Bases de Datos 3 GenBank
Biológicos 4 Brenda -Enzymes
5 Kegg
6 TAIR
7 Biocyc - Metacyc
8 Reactome
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Anexo 1
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Formato de presentación de proyecto de investigación

1. Título del proyecto

2. Resúmen

3. Pregunta de Investigación

4. Justificación

5. Palabras clave (cinco)

6. Objetivo General

7. Objetivos Específicos (máx. tres)

8. Metodología (de acuerdo a los objetivos)

9. Resultados y Discusión

10. Conclusiones

11. Bibliografía (en formato unificado)