CAPÍTULO 5 - Aminoácidos, Péptidos y Proteínas

Universidad del Valle de México UVM
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Bioquímica. Las bases moleculares de la vida, 7e
CAPÍTULO 5: Aminoácidos, péptidos y proteínas
INTRODUCCIÓN
Una telaraña concéntrica construida con fibras de seda. La red concéntrica es un medio eficaz para atrapar a los insectos, que se pegan a la
espiral adhesiva, hecha de seda para la captura. Muchas arañas son nocturnas. Al día siguiente, si una red está muy dañada, la araña se comerá la seda
y luego construirá una nueva red. La secuencia de los aminoácidos de la proteína de seda de araña y el proceso de hilado de la fibra de seda de la
araña se combinan para hacer de este uno de los materiales más fuertes de la Tierra.
Seda de la araña: una proteína de bioacero
Las arañas han evolucionado durante más de 400 millones de años en depredadores excepcionalmente exitosos. Estos animales invertebrados son
una clase de artrópodos, llamados arácnidos, que tienen un exoesqueleto, un cuerpo segmentado y apéndices articulados. Aunque las arañas
poseen un eficiente sistema de inyección de veneno, su característica más impresionante es la producción de seda, una fibra proteica multiuso.
Girando a través de hileras al final del abdomen de la araña, la seda se usa en locomoción, apareamiento y protección de la descendencia. Sin
embargo, el uso más destacado de la seda de araña es para la captura de las presas. La red de orbes en forma de rueda en espiral, orientada
verticalmente para interceptar presas voladoras de rápido movimiento, es el método más conocido. Las propiedades mecánicas de la seda de araña
aseguran que la red absorbe fácilmente la energía del impacto para que la presa sea retenida hasta que la araña pueda dominarla.
Los humanos también han apreciado durante mucho tiempo las telas de araña por sus propiedades físicas. Los ejemplos van desde los antiguos
griegos, que usaban telas de araña para tratar heridas, hasta los aborígenes australianos que usaban seda de araña para hacer sedal. En los
tiempos modernos, la seda de araña ha servido como punto de mira en equipos científicos y miras de armas. En las últimas décadas, las telas de
araña y la red orbe han atraído la atención de científicos de la vida, bioingenieros y científicos de los materiales, ya que han comenzado a apreciar
las propiedades
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Hay ocho
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• Notice La seda dragalina, una fibra muy fuerte, se utiliza para las
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líneas del armazón y las líneas radiales en las telarañas concéntricas y como línea de seguridad (para evitar una caída o escapar de otros
depredadores). La seda de captura, una fibra elástica y pegajosa, se utiliza en la espiral de las redes.
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Seda de la araña: una proteína de bioacero
Las arañas han evolucionado durante más de 400 millones de años en depredadores excepcionalmente exitosos. Estos animales invertebrados son
una clase de artrópodos, llamados arácnidos, que tienen un exoesqueleto, un cuerpo segmentado y apéndices articulados. Aunque las arañas
poseen un eficiente sistema de inyección de veneno, su característica más impresionante es la producción de seda, una fibra proteica multiuso.
Girando a través de hileras al final del abdomen de la araña, la seda se usa en locomoción, apareamiento y protección de la descendencia. Sin
embargo, el uso más destacado de la seda de araña es para la captura de las presas. La red de orbes en forma de rueda en espiral, orientada
verticalmente para interceptar presas voladoras de rápido movimiento, es el método más conocido. Las propiedades mecánicas de la seda de araña
aseguran que la red absorbe fácilmente la energía del impacto para que la presa sea retenida hasta que la araña pueda dominarla.
Los humanos también han apreciado durante mucho tiempo las telas de araña por sus propiedades físicas. Los ejemplos van desde los antiguos
griegos, que usaban telas de araña para tratar heridas, hasta los aborígenes australianos que usaban seda de araña para hacer sedal. En los
tiempos modernos, la seda de araña ha servido como punto de mira en equipos científicos y miras de armas. En las últimas décadas, las telas de
araña y la red orbe han atraído la atención de científicos de la vida, bioingenieros y científicos de los materiales, ya que han comenzado a apreciar
las propiedades mecánicas únicas de esta proteína notable.
Hay ocho tipos diferentes de seda de araña, aunque ninguna araña los fabrica todos. La seda dragalina, una fibra muy fuerte, se utiliza para las
líneas del armazón y las líneas radiales en las telarañas concéntricas y como línea de seguridad (para evitar una caída o escapar de otros
depredadores). La seda de captura, una fibra elástica y pegajosa, se utiliza en la espiral de las redes.
La seda de la araña es una fibra ligera con impresionantes propiedades mecánicas. La dureza, una combinación de rigidez y resistencia, es una
medida de cuánta energía se necesita para romper una fibra. La seda de araña es aproximadamente cinco veces más resistente que el alambre de
acero de alta calidad del mismo peso y cerca del doble de resistente en comparación con las fibras sintéticas como el Kevlar (utilizado en la
armadura corporal). La resistencia a la tracción de la seda de araña, la resistencia de un material a romperse cuando se estira, es tan grande como la
de Kevlar y mayor que la del alambre de acero de alta calidad. La resistencia a la torsión, la capacidad de una fibra para resistir la torsión (un
requisito absoluto para dragalinas utilizadas como líneas de seguridad), es mayor para la seda de araña que para todas las fibras textiles, incluido el
Kevlar. La seda de araña también tiene una elasticidad y resistencia superiores, la capacidad de un material cuando se deforma elásticamente para
absorber y luego liberar energía. Los científicos estiman que una cuerda gruesa de 2.54 cm (1 pulgada) hecha de seda de araña podría ser sustituida
por los cables de detención de acero flexibles utilizados en portaaviones para detener rápidamente un avión a reacción cuando aterriza.
Panorama general
LAS PROTEÍNAS SON HERRAMIENTAS MOLECULARES QUE REALIZAN UNA VARIEDAD ASOMBROSA DE FUNCIONES. ADEMÁS DE SERVIR COMO
MATERIALES estructurales en todos los organismos vivos (p. ej., actina y miosina en las células musculares de los animales), las proteínas están
involucradas en funciones tan diversas como la catálisis, la regulación metabólica, el transporte y la defensa. Las proteínas están compuestas por
uno o más polipéptidos, polímeros no ramificados de 20 aminoácidos diferentes. Los genomas de la mayoría de los organismos especifican las
secuencias de los aminoácidos de miles o decenas de miles de proteínas.
Las proteínas son un grupo diverso de macromoléculas (fig. 5.1). Esta diversidad está directamente relacionada con las posibilidades combinatorias
de los 20 monómeros de aminoácidos. Los aminoácidos pueden estar teóricamente unidos para formar moléculas de proteínas de cualquier tamaño
o secuencia imaginable. Considere, por ejemplo, una proteína hipotética compuesta de 100 aminoácidos. El número total posible de combinaciones
para esta molécula es un astronómico 20100. Sin embargo, de los trillones de posibles secuencias de proteínas, todos los organismos vivos producen
realmente una pequeña fracción (posiblemente no más de 2 millones). Una razón importante para esta notable discrepancia se demuestra por el
complejo conjunto de propiedades estructurales y funcionales de las proteínas naturales que han evolucionado durante billones de años en
respuesta a la presión de la selección. Entre estas propiedades se encuentran: 1) las características estructurales que permiten que las proteínas
recién sintetizadas se plieguen rápidamente en sus conformaciones (formas) biológicamente funcionales, 2) la presencia de sitios de unión que son
específicos para uno o un pequeño grupo de ligandos (moléculas que tienen propósitos biológicos cuando se unen a una molécula más grande), 3) un
grado apropiado de flexibilidad que sea apropiado para sus funciones, 4) una estructura de superficie que sea apropiada para el entorno inmediato
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cuando se dañan o dejan de ser útiles. proteínas,
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FIGURA 5.1
realmente una pequeña fracción (posiblemente no más de 2 millones). Una razón importante para esta notable discrepancia se demuestra por el
complejo conjunto de propiedades estructurales y funcionales de las proteínas naturales que han evolucionadoUniversidad del Valle
durante billones de México
de años en UVM
respuesta a la presión de la selección. Entre estas propiedades se encuentran: 1) las características estructuralesAccess
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recién sintetizadas se plieguen rápidamente en sus conformaciones (formas) biológicamente funcionales, 2) la presencia de sitios de unión que son
específicos para uno o un pequeño grupo de ligandos (moléculas que tienen propósitos biológicos cuando se unen a una molécula más grande), 3) un
grado apropiado de flexibilidad que sea apropiado para sus funciones, 4) una estructura de superficie que sea apropiada para el entorno inmediato
de una proteína (es decir, hidrófoba en membranas e hidrófila en el citoplasma), y 5) la vulnerabilidad de las proteínas a las reacciones de degradación
cuando se dañan o dejan de ser útiles.
FIGURA 5.1
Diversidad proteica.
Las proteínas se presentan en una enorme diversidad de tamaños, formas y funciones. Tanto las subunidades pequeñas como grandes de los
ribosomas, las máquinas moleculares que sintetizan los polipéptidos, contienen grandes cantidades de proteínas. Los anticuerpos son proteínas
producidas por el sistema inmunitario que protegen contra los virus, las bacterias y otras sustancias extrañas. Los factores de elongación Tu y Ts son
proteínas procariotas que facilitan la unión de los aminoacilARNt al ribosoma. La fenilalanina ARNt sintetasa es una enzima que une el aminoácido
fenilalanina con su ARNt afín durante la síntesis de las proteínas. La insulina es una hormona proteica que regula varios procesos metabólicos. El virus
del simio 40 es un virus cuyo genoma de ADN está encerrado en una cubierta de proteína compuesta de 360 copias de una proteína (VP1). Los
filamentos de actina son componentes de los citoesqueletos de los eucariotas. La alcohol deshidrogenasa es una enzima que interconvierte aldehídos
y alcoholes. La lisozima es una enzima que destruye las paredes celulares bacterianas, especialmente en las lágrimas. El rubisco es la enzima que
incorpora CO2 en las moléculas orgánicas. La hemoglobina es la proteína que transporta el O2 desde los pulmones a los tejidos del cuerpo. La
rodopsina es una proteína sensible a la luz que se encuentra en las células de los bastones en la retina del ojo. La ARN polimerasa es la proteína
central en el complejo proteico que transcribe el ADN para producir ARN. La mioglobina es una proteína que almacena O2 en las células musculares. La
pepsina es una enzima que degrada las proteínas producida en las células del estómago. La ciclooxigenasa es una enzima que cataliza la primera
reacción en una vía que sintetiza los derivados de los ácidos grasos como las prostaglandinas. La chaperonina GroEL/GroES es un gran complejo
proteico en E. coli que promueve el plegamiento preciso de los polipéptidos.
Las proteínas se pueden distinguir en función de su número de aminoácidos (llamados residuos de aminoácidos), su composición general de
aminoácidos y su secuencia de aminoácidos. Las moléculas con pesos moleculares que van desde miles hasta millones de daltons se denominan
polipéptidos. Aquellos con bajo peso molecular, que generalmente consisten en menos de 50 aminoácidos, se denominan péptidos. El término
proteína describe moléculas que consisten en una o más cadenas de polipéptidos.
Este capítulo comienza con una revisión de las estructuras y propiedades químicas de los aminoácidos. A esta discusión le siguen descripciones de las
características estructurales y funcionales de los péptidos y proteínas y el proceso de plegamiento de las proteínas. El énfasis está en la relación entre
la estructura y la función de los polipéptidos. En el capítulo 6 se discute el funcionamiento de las enzimas, un grupo especialmente importante de
proteínas. La síntesis de proteínas se trata en el capítulo 19.
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La hidrólisis de cada polipéptido produce un conjunto de aminoácidos, denominado composición de aminoácidos de la molécula. Las estructuras de
proteína describe moléculas que consisten en una o más cadenas de polipéptidos.
Este capítulo comienza con una revisión de las estructuras y propiedades químicas de los aminoácidos. A esta discusión le siguen
Access Provided by: descripciones de las
características estructurales y funcionales de los péptidos y proteínas y el proceso de plegamiento de las proteínas. El énfasis está en la relación entre
la estructura y la función de los polipéptidos. En el capítulo 6 se discute el funcionamiento de las enzimas, un grupo especialmente importante de
proteínas. La síntesis de proteínas se trata en el capítulo 19.
5.1 AMINOÁCIDOS
La hidrólisis de cada polipéptido produce un conjunto de aminoácidos, denominado composición de aminoácidos de la molécula. Las estructuras de
los 20 aminoácidos que se encuentran comúnmente en los polipéptidos naturales se muestran en la figura 5.2. Estos aminoácidos se denominan
aminoácidos estándar. Las abreviaturas comunes para los aminoácidos estándar se enumeran en el cuadro 5.1. Tenga en cuenta que 19 de los
aminoácidos estándar tienen la misma estructura general (fig. 5.3). Estas moléculas contienen un átomo de carbono central (el carbono α) al que se
unen un grupo amino, un grupo carboxilato, un átomo de hidrógeno y un grupo R (cadena lateral). La excepción, la prolina, difiere de los otros
aminoácidos estándar en que su grupo amino es secundario, formado por el cierre del anillo entre el grupo R y el nitrógeno amino.
FIGURA 5.2
Los aminoácidos estándares.
El estado de ionización de las moléculas de aminoácidos en esta ilustración representa las especies dominantes que existen a un pH de 7. Las cadenas
laterales se indican mediante recuadros sombreados.
CUADRO 5.1
Nombres y abreviaturas de los aminoácidos estándares
Aminoácidos Abreviatura de tres letras Abreviatura de una letra
Alanina Ala A
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Arginina202437 11:5 A Your IP is 177.228.68.100 Arg R
Asparagina Asn N
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CUADRO 5.1
Nombres y abreviaturas de los aminoácidos estándares
Aminoácidos Abreviatura de tres letras Abreviatura de una letra
Alanina Ala A
Arginina Arg R
Asparagina Asn N
Aspartato Asp D
Cisteína Cis C
Fenilalanina Fen F
Glicina Gli G
Glutamato Glu E
Glutamina Gln Q
Histidina His H
Isoleucina Ile I
Leucina Leu L
Lisina Lis K
Metionina Met M
Prolina Pro P
Serina Ser S
Tirosina Tir Y
Treonina Tre T
Triptófano Trp W
Valina Val V
FIGURA 5.3
Estructura general de los aminoácidos α.

FIGURA 5.3
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Estructura general de los aminoácidos α.
Los aminoácidos no estándares consisten en residuos de aminoácidos que se han modificado químicamente después de la incorporación a un
polipéptido o aminoácidos que se encuentran en organismos vivos pero que no se encuentran en las proteínas. Los aminoácidos no estándar que
están en las proteínas suelen ser el resultado de modificaciones postraduccionales (cambios químicos que siguen a la síntesis de proteínas). La
selenocisteína, una excepción a esta regla, se analiza en el capítulo 19.
A un pH de 7, el grupo carboxilo de un aminoácido está en su forma de base conjugada (─COO–), y el grupo amino está en su forma de ácido conjugado
(−NH3+). Por tanto, cada aminoácido puede comportarse como un ácido o una base. El término anfótero se usa para describir esta propiedad. Las
moléculas que tienen cargas positivas y negativas se denominan zwitteriones. El grupo R (cadena lateral) le da a cada aminoácido sus propiedades
únicas.
Clases de aminoácidos
La secuencia de aminoácidos determina la configuración tridimensional de cada proteína. Por tanto, sus estructuras se examinan cuidadosamente en
las siguientes cuatro subsecciones. Los aminoácidos se clasifican según su capacidad para interactuar con el agua. Usando este criterio, podemos
distinguir cuatro clases: 1) no polar, 2) polar, 3) ácido y 4) básico.
AMINOÁCIDOS NO POLARES. Los aminoácidos no polares contienen principalmente grupos R de hidrocarburos que no tienen cargas positivas o
negativas. Los aminoácidos no polares (es decir, hidrófobos) juegan un papel importante en el mantenimiento de las estructuras tridimensionales de
muchas proteínas porque interactúan mal con el agua. Dos tipos de cadenas laterales de hidrocarburos se encuentran en este grupo: alifático y
aromático. El término alifático se refiere a hidrocarburos no aromáticos tales como el metano y el ciclohexano. La glicina, alanina, valina, leucina,
isoleucina y prolina tienen grupos R alifáticos. Aparece un átomo de azufre en la cadena lateral alifática que contiene tioéter (─S─CH3) de la metionina.
Su derivado Sadenosilmetionina (SAM, Sadenosylmethionine; Metabolismo de un carbono) es un metabolito importante que sirve como donante de
metilo en numerosas reacciones bioquímicas. Cabe señalar que la glicina con una cadena lateral de átomos de hidrógeno en lugar de una cadena
lateral de hidrocarburos es ligeramente hidrofílica. Su pequeña cadena lateral introduce flexibilidad estructural en las proteínas. Los hidrocarburos
aromáticos contienen estructuras cíclicas que constituyen una clase de hidrocarburos insaturados con nubes electrónicas π conjugadas planas. El
benceno es uno de los hidrocarburos aromáticos más simples (p. P25). La fenilalanina y el triptófano contienen anillos aromáticos.
AMINOÁCIDOS POLARES. Los grupos funcionales de los aminoácidos polares interactúan fácilmente con el agua a través de interacciones
electrostáticas, como enlaces de hidrógeno. La serina, la treonina, la tirosina, la asparagina y la glutamina pertenecen a esta categoría. La serina, la
treonina y la tirosina contienen un grupo hidroxilo polar, que les permite participar en los enlaces de hidrógeno, un factor importante en la estructura
de la proteína. Los grupos hidroxilo cumplen otras funciones en las proteínas. Por ejemplo, la formación del éster fosfato de la tirosina es un
mecanismo regulador común de las proteínas. Además, los grupos ─OH de la serina y la treonina son puntos para unir los grupos de carbohidratos. La
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asparagina y la 11:5
glutamina sonAderivados
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amida de los aminoácidos acídicos, el ácido aspártico y el ácido glutámico, respectivamente. Debido a que
el grupo funcional amida es altamente polar, la capacidad de enlace del hidrógeno de la asparagina y la glutamina tiene un efecto significativo sobre la
estabilidad de la proteína. El grupo sulfhidrilo (─SH) de la cisteína es altamente reactivo y es un componente importante de muchas enzimas. También
une metales (p. ej., iones de hierro y cobre) en las proteínas. Además, los grupos sulfhidrilo de dos moléculas de cisteína se oxidan fácilmente en el
Universidad
AMINOÁCIDOS POLARES. Los grupos funcionales de los aminoácidos polares interactúan fácilmente con el agua delinteracciones
a través de Valle de México UVM
electrostáticas, como enlaces de hidrógeno. La serina, la treonina, la tirosina, la asparagina y la glutamina pertenecen a estaby:
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treonina y la tirosina contienen un grupo hidroxilo polar, que les permite participar en los enlaces de hidrógeno, un factor importante en la estructura
de la proteína. Los grupos hidroxilo cumplen otras funciones en las proteínas. Por ejemplo, la formación del éster fosfato de la tirosina es un
mecanismo regulador común de las proteínas. Además, los grupos ─OH de la serina y la treonina son puntos para unir los grupos de carbohidratos. La
asparagina y la glutamina son derivados de amida de los aminoácidos acídicos, el ácido aspártico y el ácido glutámico, respectivamente. Debido a que
el grupo funcional amida es altamente polar, la capacidad de enlace del hidrógeno de la asparagina y la glutamina tiene un efecto significativo sobre la
estabilidad de la proteína. El grupo sulfhidrilo (─SH) de la cisteína es altamente reactivo y es un componente importante de muchas enzimas. También
une metales (p. ej., iones de hierro y cobre) en las proteínas. Además, los grupos sulfhidrilo de dos moléculas de cisteína se oxidan fácilmente en el
compartimento extracelular para formar un compuesto disulfuro llamado cistina. (Véase Reacciones de los aminoácidos para una discusión de esta
reacción).
AMINOÁCIDOS ACÍDICOS. Dos aminoácidos estándar tienen cadenas laterales con grupos carboxilato. El ácido aspártico y el ácido glutámico a
menudo se denominan aspartato y glutamato porque los grupos carboxilo tienen carga negativa a pH fisiológico.
AMINOÁCIDOS BÁSICOS. Los aminoácidos básicos tienen una carga positiva a pH fisiológico. Por tanto, pueden formar enlaces iónicos con los
aminoácidos ácidos. La lisina, que tiene un grupo amino en la cadena lateral, acepta un protón del agua para formar el ácido conjugado (−NH3+).
Cuando las cadenas laterales de la lisina en las fibrillas del colágeno, un componente estructural vital de los ligamentos y tendones, se oxidan y luego
se condensan, se forman fuertes enlaces cruzados intramoleculares e intermoleculares. Debido a que el grupo guanidino de la arginina tiene un rango
de pKa de 11.5 a 12.5 en las proteínas, está permanentemente protonado a pH fisiológico y, por tanto, no funciona en las reacciones ácidobase.
(Véanse Ácidos, bases y pH para una descripción del pH y pKa). Sin embargo, la cadena lateral de imidazol de la histidina es una base débil que sólo
está parcialmente ionizada a pH 7 porque su pKa es aproximadamente 6. La capacidad de la histidina en condiciones fisiológicas para aceptar o donar
protones en respuesta a pequeños cambios en el pH juega un papel importante en la actividad catalítica de numerosas enzimas.
CONCEPTOS CLAVE
Los aminoácidos se clasifican según su capacidad para interactuar con el agua. Este criterio puede usarse para distinguir cuatro clases: no polar,
polar, ácida y básica.
PREGUNTA 5.1
Clasifique estos aminoácidos estándares de acuerdo a si sus estructuras son no polares, polares, ácidas o básicas.
Ver respuestas
Aminoácidos biológicamente activos
Además de su202437
Downloaded función principal comoIP
11:5 A Your componentes de las proteínas, los aminoácidos tienen otras funciones biológicas.
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o sus derivados
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Policy • Notice Por ejemplo, la glicina, el glutamato, el ácido γamino butírico
• Accessibility
(GABA, γamino butyric acid, un derivado del glutamato) y la serotonina y la melatonina (derivados del triptófano) son neurotransmisores,
sustancias liberadas de una célula nerviosa que influyen en la función de una segunda célula nerviosa o célula muscular. La tiroxina (un derivado
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Aminoácidos biológicamente activos
Además de su función principal como componentes de las proteínas, los aminoácidos tienen otras funciones biológicas.
1. Varios aminoácidos α o sus derivados actúan como mensajeros químicos (fig. 5.4). Por ejemplo, la glicina, el glutamato, el ácido γamino butírico
(GABA, γamino butyric acid, un derivado del glutamato) y la serotonina y la melatonina (derivados del triptófano) son neurotransmisores,
sustancias liberadas de una célula nerviosa que influyen en la función de una segunda célula nerviosa o célula muscular. La tiroxina (un derivado
de la tirosina producido en la glándula tiroides de los animales) es una hormona, una molécula de señal química producida en una célula que
regula la función de otras células.
2. Los aminoácidos son precursores de una variedad de moléculas complejas que contienen nitrógeno. Los ejemplos incluyen los componentes de
base nitrogenada de los nucleótidos y los ácidos nucleicos, el hemo (el grupo orgánico que contiene hierro requerido para la actividad biológica de
varias proteínas importantes) y la clorofila (un pigmento de importancia crítica en la fotosíntesis).
3. Varios aminoácidos estándar y no estándar actúan como intermediarios metabólicos. Por ejemplo, la arginina (fig. 5.2), la citrulina y la ornitina
(fig. 5.5) son componentes del ciclo de la urea (capítulo 15). La síntesis de la urea, una molécula formada en el hígado de los vertebrados, es el
mecanismo principal para la eliminación de los desechos nitrogenados.
FIGURA 5.4
Algunos derivados de aminoácidos.
FIGURA 5.5
Estructura de la citrulina y la ornitina.
Ambas moléculas son intermedias en el ciclo de la urea, que se describe en el capítulo 15.

FIGURA 5.5

Estructura de la citrulina y la ornitina. Access Provided by:
Ambas moléculas son intermedias en el ciclo de la urea, que se describe en el capítulo 15.
Aminoácidos modificados en proteínas
Varias proteínas contienen derivados de aminoácidos que se forman después de que se haya sintetizado una cadena de polipéptidos. Entre estos
aminoácidos modificados se encuentra el ácido carboxiglutámico γ (fig. 5.6), un residuo de aminoácido que se une al calcio que se encuentra en la
protrombina de la proteína de coagulación de la sangre. Tanto la 4hidroxiprolina como la 5hidroxilisina son componentes estructurales importantes
del colágeno, la proteína más abundante en el tejido conectivo. La fosforilación de los aminoácidos que contienen hidroxilo serina, treonina y tirosina
a menudo se usa para regular la actividad de las proteínas. Por ejemplo, la síntesis de glucógeno se reduce significativamente cuando la enzima
glucógeno sintasa se fosforila.
FIGURA 5.6
Algunos residuos de aminoácidos modificados encontrados en polipéptidos.

glucógeno sintasa se fosforila.
FIGURA 5.6
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Algunos residuos de aminoácidos modificados encontrados en polipéptidos.
Estereoisómeros de aminoácidos
Debido a que los carbonos α de 19 de los 20 aminoácidos estándar están unidos a cuatro grupos diferentes (es decir, un hidrógeno, un grupo
carboxilo, un grupo amino y un grupo R), se denominan carbonos asimétricos o quirales. (La glicina es una molécula simétrica porque su carbono
α está unido a dos hidrógenos). Las moléculas con carbonos quirales pueden existir como estereoisómeros, moléculas que difieren sólo en la
disposición espacial de sus átomos. Las representaciones tridimensionales de los estereoisómeros de aminoácidos se ilustran en la figura 5.7. Véase
en la figura que los átomos de los dos isómeros están unidos en el mismo patrón, excepto por la posición del grupo de amonio y el átomo de
hidrógeno. Estos dos isómeros son imágenes especulares entre sí. Tales moléculas, llamadas enantiómeros, no pueden superponerse entre sí. Los
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CAPÍTULO al pasar la luz
5: Aminoácidos, no polarizada
péptidos a través de un filtro especial; las ondas de luz emitidas vibran en un solo plano). Las moléculas
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ópticos.
FIGURA 5.7
carboxilo, un grupo amino y un grupo R), se denominan carbonos asimétricos o quirales. (La glicina es una molécula simétrica porque su carbono
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α está unido a dos hidrógenos). Las moléculas con carbonos quirales pueden existir como estereoisómeros, moléculas quedel Valle de
difieren México
sólo en la UVM
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disposición espacial de sus átomos. Las representaciones tridimensionales de los estereoisómeros de aminoácidos se ilustran en la figura 5.7. Véase
en la figura que los átomos de los dos isómeros están unidos en el mismo patrón, excepto por la posición del grupo de amonio y el átomo de
hidrógeno. Estos dos isómeros son imágenes especulares entre sí. Tales moléculas, llamadas enantiómeros, no pueden superponerse entre sí. Los
enantiómeros tienen propiedades físicas idénticas, excepto que rotan la luz polarizada en el plano en direcciones opuestas. (La luz polarizada en el
plano se produce al pasar la luz no polarizada a través de un filtro especial; las ondas de luz emitidas vibran en un solo plano). Las moléculas que
poseen esta propiedad se llaman isómeros ópticos.
FIGURA 5.7
Dos enantiómeros.
La Lalanina y la Dalanina son imágenes especulares entre sí. (Nitrógeno = bola azul grande; hidrógeno = bolas grises pequeñas; carbono = bolas
negras; oxígeno = bolas rojas).
El gliceraldehído es el compuesto de referencia para los isómeros ópticos (fig. 5.8). Un isómero de gliceraldehído gira el haz de luz en el sentido de las
agujas del reloj y se dice que es dextrorrotatorio (designado por +). El otro isómero de gliceraldehído, denominado levorrotatorio (designado por −),
gira el haz en la dirección opuesta en un grado igual. Los isómeros ópticos a menudo se designan como D o L (p. ej., Dglucosa, Lalanina) para indicar la
similitud de la disposición de los átomos alrededor del carbono asimétrico de una molécula con el carbono asimétrico en cualquiera de los isómeros
del gliceraldehído.
FIGURA 5.8
D y L gliceraldehído.
Estas moléculas son imágenes especulares entre sí.

La mayoría de las biomoléculas tienen más de un carbono quiral. Como resultado, las letras D y L se refieren sólo a la relación estructural de una
molécula con cualquiera de los isómeros del gliceraldehído, no con la dirección en la que gira la luz polarizada en el plano. La mayoría de las
FIGURA 5.8

D y L gliceraldehído. Access Provided by:
Estas moléculas son imágenes especulares entre sí.
La mayoría de las biomoléculas tienen más de un carbono quiral. Como resultado, las letras D y L se refieren sólo a la relación estructural de una
molécula con cualquiera de los isómeros del gliceraldehído, no con la dirección en la que gira la luz polarizada en el plano. La mayoría de las
moléculas asimétricas que se encuentran en los organismos vivos se presentan en una sola forma estereoisomérica, ya sea D o L. Por ejemplo, con
pocas excepciones, sólo se encuentran Laminoácidos en las proteínas.
La quiralidad tiene un profundo efecto sobre las propiedades estructurales y funcionales de las biomoléculas. Por ejemplo, las hélices diestras
observadas en las proteínas (Estructura proteica) resultan de la presencia exclusiva de Laminoácidos. Los polipéptidos sintetizados en el laboratorio
a partir de una mezcla de aminoácidos D y L no forman hélices. Además, debido a que las enzimas son moléculas quirales, la mayoría se une a las
moléculas del sustrato (reactivo) en una sola forma enantiomérica. Las proteasas, enzimas que degradan las proteínas hidrolizando los enlaces
peptídicos, no pueden degradar polipéptidos artificiales compuestos de Daminoácidos.
PREGUNTA 5.2
Ciertas especies bacterianas tienen capas externas compuestas de polímeros hechos de Daminoácidos. Las células del sistema inmunitario, cuya
tarea es atacar y destruir células extrañas, no pueden destruir estas bacterias. Sugerir una razón para este fenómeno.
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Grupos de cadenas laterales ionizables de los aminoácidos y pH
La forma iónica predominante de los grupos ionizables de aminoácidos en solución depende del pH (cuadro 5.2). Siete aminoácidos estándares
tienen cadenas laterales ionizables: Asp, Glu, His, Lis, Arg, Tir y Cis. Estos grupos ionizables, que desempeñan papeles vitales en la estructura de la
proteína, la estabilidad, las propiedades de unión y la función (p. ej., catálisis enzimática, Mecanismos catalíticos), son sensibles a los cambios de pH.
Considere la titulación del glutamato (fig. 5.9), un aminoácido con un grupo carboxilo de cadena lateral, con una base fuerte como NaOH. En una
solución fuertemente ácida (pH 0), los grupos carboxilo α, amino α y la cadena lateral están protonados, y la carga neta de la molécula es +1. (La
pérdida de protones está determinada por el pKa de un grupo ionizable). A medida que se agrega NaOH gradualmente a la solución, el grupo carboxilo
α pierde su protón para convertirse en un grupo carboxilato cargado negativamente. El glutamato ahora no tiene carga neta. A medida que continúa la
titulación, el grupo carboxilo de la cadena lateral pierde su protón, produciendo una molécula con una carga −1. Finalmente, el grupo amonio α pierde
su carga con la adición de más NAOH, dando al glutamato una carga −2. Dado que las cadenas laterales del glutamato dentro de las proteínas
generalmente están cargadas negativamente con funciones en numerosos mecanismos catalíticos enzimáticos y en la estructura y estabilidad de la
proteína, un cambio inducido por el pH en la carga de la cadena lateral del glutamato puede tener consecuencias fisiológicas. Las estructuras de las
diversas formas ionizadas de ácido glutámico son:
titulación, el grupo carboxilo de la cadena lateral pierde su protón, produciendo una molécula con una carga −1. Finalmente, el grupo amonio α pierde
su carga con la adición de más NAOH, dando al glutamato una carga −2. Dado que las cadenas laterales del glutamato dentro de las proteínas
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generalmente están cargadas negativamente con funciones en numerosos mecanismos catalíticos enzimáticos y en la estructura y estabilidad de la
proteína, un cambio inducido por el pH en la carga de la cadena lateral del glutamato puede tener consecuencias fisiológicas. Las estructuras de las
diversas formas ionizadas de ácido glutámico son:
CUADRO 5.2
Valores de pK a para los grupos ionizables de los aminoácidos
Aminoácido p K 1 (─COOH) p K 2 (─N H+ 3 ) p KR
Glicina 2.34 9.60
Alanina 2.34 9.69
Valina 2.32 9.62
Leucina 2.36 9.60
Isoleucina 2.36 9.60
Serina 2.21 9.15
Treonina 2.63 10.43
Metionina 2.28 9.21
Fenilalanina 1.83 9.13
Triptófano 2.83 9.39
Asparagina 2.02 8.80
Glutamina 2.17 9.13
Prolina 1.99 10.60
Cisteína 1.71 10.78 8.33
Histidina 1.82 9.17 6.00
Ácido aspártico 2.09 9.82 3.86
Ácido glutámico 2.19 9.67 4.25
Tirosina 2.20 9.11 10.07
Lisina 2.18 8.95 10.79
Arginina 2.17 9.04 12.48

FIGURA 5.9
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CUADRO 5.2
Valores de pK a para los grupos ionizables de los aminoácidos
Aminoácido p K 1 (─COOH) p K 2 (─N H+ 3 ) p KR
Glicina 2.34 9.60
Alanina 2.34 9.69
Valina 2.32 9.62
Leucina 2.36 9.60
Isoleucina 2.36 9.60
Serina 2.21 9.15
Treonina 2.63 10.43
Metionina 2.28 9.21
Fenilalanina 1.83 9.13
Triptófano 2.83 9.39
Asparagina 2.02 8.80
Glutamina 2.17 9.13
Prolina 1.99 10.60
Cisteína 1.71 10.78 8.33
Histidina 1.82 9.17 6.00
Ácido aspártico 2.09 9.82 3.86
Ácido glutámico 2.19 9.67 4.25
Tirosina 2.20 9.11 10.07
Lisina 2.18 8.95 10.79
Arginina 2.17 9.04 12.48
FIGURA 5.9
Titulación de glutamato.
Hay tres etapas en la valoración del aminoácido libre glutamato porque tiene tres grupos ionizables. Tenga en cuenta que los valores de pKa son
puntos de inflexión.
CAPÍTULO En pKa = 2.19,
5: Aminoácidos, por ejemplo,
péptidos la mitad de los grupos carboxilato α están protonados y la otra mitad no están protonados.
y proteínas, El punto
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isoeléctrico (pI), el pH al que una molécula no tiene carga neta, se calcula sumando los valores de pK que agrupan el zwitterión y luego dividiendo por
a
dos [(pKa1 + pKa2)/2]. En el caso del glutamato, el pI es el pH a medio camino entre los valores de pKa para los dos grupos carboxilo: (2.19 + 4.25)/2 =
FIGURA 5.9
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Titulación de glutamato.
Hay tres etapas en la valoración del aminoácido libre glutamato porque tiene tres grupos ionizables. Tenga en cuenta que los valores de pKa son
puntos de inflexión. En pKa = 2.19, por ejemplo, la mitad de los grupos carboxilato α están protonados y la otra mitad no están protonados. El punto
isoeléctrico (pI), el pH al que una molécula no tiene carga neta, se calcula sumando los valores de pKa que agrupan el zwitterión y luego dividiendo por
dos [(pKa1 + pKa2)/2]. En el caso del glutamato, el pI es el pH a medio camino entre los valores de pKa para los dos grupos carboxilo: (2.19 + 4.25)/2 =
3.22.
CONCEPTOS CLAVE
Las moléculas con un átomo de carbono asimétrico o quiral difieren sólo en la disposición espacial de los átomos unidos al carbono.
Las formas de la imagen especular de una molécula se denominan enantiómeros.
La mayoría de las moléculas asimétricas en los organismos vivos se presentan en una sola forma estereoisomérica.
Cuando las moléculas con cargas netas se colocan en un campo eléctrico, se mueven en una dirección dictada por su carga neta. Las moléculas con
cargas positivas netas se moverán hacia el cátodo (electrodo con carga negativa); aquellos con cargas negativas netas se moverán hacia el ánodo
(electrodo con carga positiva). El pH en el que una molécula no lleva carga eléctrica neta se denomina punto isoeléctrico (pI, isoelectric point). A este
pH, las moléculas como los aminoácidos y las proteínas son menos solubles y no se moverán en un campo eléctrico. Los bioquímicos a menudo usan
una técnica de purificación llamada enfoque isoeléctrico, que puede separar las proteínas al colocarlas en un gel con un gradiente de pH en un campo
eléctrico. Las proteínas se mueven a lo largo del gel hasta que alcanzan su punto isoeléctrico respectivo. Cada proteína se elimina para poder
analizarla más a fondo. Los problemas 5.1, 5.2, 5.3 son problemas de titulación de muestra.

CONCEPTOS CLAVE
La titulación es útil para determinar el potencial de ionización relativo de los grupos ácidos y básicos de la cadena lateral en un aminoácido o
(electrodo con carga positiva). El pH en el que una molécula no lleva carga eléctrica neta se denomina punto isoeléctrico (pI, isoelectric point). A este
pH, las moléculas como los aminoácidos y las proteínas son menos solubles y no se moverán en un campo eléctrico. Los bioquímicos
Universidad del Valleade
menudo
Méxicousan
UVM
una técnica de purificación llamada enfoque isoeléctrico, que puede separar las proteínas al colocarlas en un gelAccess
con Provided
un gradiente
by:
de pH en un campo
eléctrico. Las proteínas se mueven a lo largo del gel hasta que alcanzan su punto isoeléctrico respectivo. Cada proteína se elimina para poder
analizarla más a fondo. Los problemas 5.1, 5.2, 5.3 son problemas de titulación de muestra.
CONCEPTOS CLAVE
La titulación es útil para determinar el potencial de ionización relativo de los grupos ácidos y básicos de la cadena lateral en un aminoácido o
péptido.
El pH al que las moléculas como los aminoácidos y las proteínas no tienen carga neta se denomina punto isoeléctrico (pI).
PROBLEMA 5.1
Considere el siguiente aminoácido y sus valores de pKa:
Dibuje la estructura del aminoácido a medida que el pH de la solución cambia de muy ácido a muy básico.
SOLUCIÓN
Los hidrógenos ionizables se pierden en el orden de la acidez, ionizándose primero los más ácidos. ■
PROBLEMA 5.2
a ) Dibuje la curva de titulación para el aminoácido ácido aspártico.
SOLUCIÓN (A)
Las mesetas aparecen en el pKa y se centran alrededor de 0.5 equivalentes (Eq), 1.5 Eq y 2.5 Eq de base. Hay un fuerte aumento en 1 Eq, 2 Eq y 3 Eq. El
punto isoeléctrico está a medio camino en el fuerte aumento entre pKa1 y pKaR. El valor de pI para el ácido aspártico es (2.09 + 3.86)/2 = 2.98.
b ) ¿En qué dirección se mueve el aminoácido cuando se coloca en un campo eléctrico con los siguientes valores de pH: 1, 3, 5, 7 y 9? Opción 1:
no se mueve, opción 2: hacia el cátodo (electrodo negativo), opción 3: hacia el ánodo (electrodo positivo).
SOLUCIÓN (B)
A valores de pH inferiores al pI (en este caso 2.98), el ácido aspártico está cargado positivamente y se mueve hacia el cátodo. Por tanto, el
aminoácido en este problema se moverá al cátodo a los valores de pH de 1. A un pH de 3, el aminoácido no se mueve. El aminoácido se cargará
negativamente a valores de pH superiores a 3. En esta condición, el ácido aspártico se moverá al ánodo a valores de pH de 5, 7 y 9. ■
PROBLEMA 5.3
Considere
©2024 el siguiente
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A valores de pH inferiores al pI (en este caso 2.98), el ácido aspártico está cargado positivamente y se mueve hacia el cátodo. Por tanto, el
Universidad
aminoácido en este problema se moverá al cátodo a los valores de pH de 1. A un pH de 3, el aminoácido no se mueve. del Vallesedecargará
El aminoácido México UVM
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negativamente a valores de pH superiores a 3. En esta condición, el ácido aspártico se moverá al ánodo a valores de pH de 5, 7 y 9. ■
PROBLEMA 5.3
Considere el siguiente dipéptido:
a ) ¿Cuál es su punto isoeléctrico?
SOLUCIÓN (A)
El punto isoeléctrico es el promedio de los pKa del grupo amino de la glicina y el grupo carboxilo de la metionina (obtenido del cuadro 5.2).
b ) ¿En qué dirección se moverá el dipéptido a pH 1, 3, 5, 7, 9 y 12?
SOLUCIÓN (B)
A valores de pH inferiores al pI, el dipéptido se moverá al cátodo (es decir, 1, 3 y 5). A valores de pH superiores al pI, el dipéptido se moverá al ánodo.
Estos son 7, 9 y 12. ■
PREGUNTA 5.3
Calcule el punto isoeléctrico del siguiente tripéptido:
Suponga que los valores de pKa enumerados para los aminoácidos en el cuadro 5.2 son aplicables a este problema.
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Reacciones de los aminoácidos
Los grupos funcionales de moléculas orgánicas determinan qué reacciones pueden sufrir. Los aminoácidos con sus grupos carboxilo, grupos amino y
diversos grupos R pueden sufrir numerosas reacciones químicas. Sin embargo, la formación de enlaces peptídicos y puentes disulfuro son de especial
interés debido a su efecto sobre la estructura de la proteína. La formación de la base de Schiff es otra reacción importante.
FORMACIÓN DEL ENLACE PEPTÍDICO. Los polipéptidos son polímeros lineales compuestos de aminoácidos unidos por enlaces peptídicos. Los
enlaces peptídicos (fig. 5.10) son enlaces amida formados cuando el par de electrones no compartido del átomo de nitrógeno amino α de un
aminoácido ataca el carbono carboxilo α de otro en una reacción de sustitución de acilo nucleófilo (véase p. P28). Se muestra una reacción de
sustitución de acilo generalizada:
interés debido a su efecto sobre la estructura de la proteína. La formación de la base de Schiff es otra reacción importante.
FORMACIÓN DEL ENLACE PEPTÍDICO. Los polipéptidos son polímeros lineales compuestos de aminoácidos Access
unidos por enlaces
Provided by: peptídicos. Los
enlaces peptídicos (fig. 5.10) son enlaces amida formados cuando el par de electrones no compartido del átomo de nitrógeno amino α de un
aminoácido ataca el carbono carboxilo α de otro en una reacción de sustitución de acilo nucleófilo (véase p. P28). Se muestra una reacción de
sustitución de acilo generalizada:
FIGURA 5.10
Formación de un dipéptido.
a ) Se forma un enlace peptídico cuando el grupo carboxilo α de un aminoácido reacciona con el grupo amino de otro. b ) Se forma una molécula de
agua en la reacción.
Los aminoácidos unidos en un polipéptido se denominan residuos de aminoácidos porque la formación de enlaces peptídicos es una reacción de
deshidratación (es decir, se elimina una molécula de agua). Cuando se unen dos moléculas de aminoácidos, el producto se llama dipéptido. Por
ejemplo, la glicina y la serina pueden formar los dipéptidos glicilserina o serilglicina. A medida que se agregan aminoácidos y la cadena se alarga, el
prefijo refleja el número de residuos: un tripéptido contiene tres residuos de aminoácidos, un tetrapéptido cuatro, y así sucesivamente. Por
convención, el residuo de aminoácido con el grupo amino libre se denomina residuo Nterminal y se escribe a la izquierda. El grupo carboxilo libre en
el residuo Cterminal aparece a la derecha. Los péptidos se nombran usando sus secuencias de aminoácidos, comenzando por su residuo Nterminal.
Por ejemplo,
Downloaded 202437
es un tetrapéptido 11:5 A como
identificado Your IP is 177.228.68.100
tirosilalanilcisteinilglicina.
Los polipéptidos grandes a menudo tienen estructuras tridimensionales bien definidas. Esta estructura, denominada conformación nativa de la
molécula, es una consecuencia directa de su secuencia de aminoácidos (el orden en el que los aminoácidos están unidos). Debido a que todos los
prefijo refleja el número de residuos: un tripéptido contiene tres residuos de aminoácidos, un tetrapéptido cuatro, y así sucesivamente. Por
convención, el residuo de aminoácido con el grupo amino libre se denomina residuo Nterminal y se escribe a la izquierda. El grupo carboxilo libre en
Access Provided by:
el residuo Cterminal aparece a la derecha. Los péptidos se nombran usando sus secuencias de aminoácidos, comenzando por su residuo Nterminal.
Por ejemplo,
es un tetrapéptido identificado como tirosilalanilcisteinilglicina.
Los polipéptidos grandes a menudo tienen estructuras tridimensionales bien definidas. Esta estructura, denominada conformación nativa de la
molécula, es una consecuencia directa de su secuencia de aminoácidos (el orden en el que los aminoácidos están unidos). Debido a que todos los
enlaces que conectan los residuos de aminoácidos consisten en enlaces simples, cabe esperar que cada polipéptido experimente cambios
conformacionales constantes causados por la rotación alrededor de los enlaces simples. Sin embargo, muchos polipéptidos se pliegan
espontáneamente en una única forma biológicamente activa. A principios de la década de 1950, Linus Pauling (1901–1994, 1954 Premio Nobel de
Química) y sus colegas propusieron una explicación. Utilizando estudios de difracción de rayos X, caracterizaron el enlace peptídico (1.33 Å) como
rígido y plano (liso) (fig. 5.11). Después de descubrir que los enlaces C─N que unen cada dos aminoácidos son más cortos que otros tipos de enlaces
C─N (1.45 Å), Pauling dedujo que los enlaces peptídicos tienen un carácter parcial de doble enlace. (Esto indica que los enlaces peptídicos son híbridos
de resonancia). Debido a la rigidez del enlace peptídico, un tercio de los enlaces en una cadena principal del polipéptido no puede girar libremente. En
consecuencia, hay límites para el número de posibilidades conformacionales.
FIGURA 5.11
El enlace peptídico.
a ) Formas de resonancia de los enlaces peptídicos. b ) Dimensiones de un dipéptido. Debido a que los enlaces peptídicos son rígidos, los grados de
libertad conformacional de una cadena polipeptídica se limitan a las rotaciones alrededor de los enlaces Cα─C y Cα─N. Las rotaciones
correspondientes están representadas por Ψ y ϕ, respectivamente.

El enlace peptídico.
a ) Formas de resonancia de los enlaces peptídicos. b ) Dimensiones de un dipéptido. Debido a que los enlaces peptídicos son rígidos, los grados de
Access Provided by:
libertad conformacional de una cadena polipeptídica se limitan a las rotaciones alrededor de los enlaces Cα─C y Cα─N. Las rotaciones
correspondientes están representadas por Ψ y ϕ, respectivamente.
OXIDACIÓN DE LA CISTEÍNA. El grupo sulfhidrilo de la cisteína es altamente reactivo. La reacción más común de este grupo es una oxidación
reversible que forma un disulfuro. La oxidación de dos moléculas de cisteína forma cistina, una molécula que contiene un enlace disulfuro (fig. 5.12).
Cuando dos residuos de cisteína forman ese enlace en péptidos o polipéptidos, se denomina puente disulfuro. Este enlace puede ocurrir en una
sola cadena para formar un anillo o entre dos cadenas separadas para formar un enlace covalente intermolecular. Los puentes disulfuro ayudan a
estabilizar muchos polipéptidos y proteínas.
FIGURA 5.12
Oxidación de dos moléculas de cisteína para formar cistina.
El enlace disulfuro en un polipéptido se llama puente disulfuro.

FIGURA 5.12

Oxidación de dos moléculas de cisteína para formar cistina. Access Provided by:
El enlace disulfuro en un polipéptido se llama puente disulfuro.
PREGUNTA 5.4
En fluidos extracelulares como la sangre (pH 7.2–7.4) y la orina (pH 6.5), los grupos sulfhidrilo de la cisteína (pKa 8.1) están sujetos a la oxidación
para formar cistina. En péptidos y proteínas, los grupos tiol se usan con ventaja en la estabilización de la estructura de la proteína y en las
reacciones de transferencia del tiol, pero la cistina libre en los fluidos tisulares puede ser problemática debido a su baja solubilidad. En un
trastorno genético conocido como cistinuria, el transporte defectuoso de la cistina por la membrana da como resultado una excreción excesiva de
la cistina en la orina. La cristalización del aminoácido produce la formación de cálculos (piedras) en el riñón, el uréter o la vejiga urinaria. Los
cálculos pueden causar dolor, infección y hematuria. La concentración de la cistina en el riñón se reduce mediante el aumento masivo de la ingesta
de líquidos y la administración de Dpenicilamina. Se cree que la penicilamina (fig. 5.13) es efectiva porque se forma disulfuro de penicilamina
cisteína, que es sustancialmente más soluble que la cistina. ¿Cuál es la estructura del disulfuro de penicilaminacisteína?
Ver respuestas
FIGURA 5.13
Estructura de la penicilamina.

FIGURA 5.13
Access Provided by:
Estructura de la penicilamina.
Cistinuria
FORMACIÓN BASE DE SCHIFF. Las moléculas como los aminoácidos que poseen grupos amina primarios pueden reaccionar de manera reversible
con los grupos carbonilo. Los productos de la imina de esta reacción a menudo se denominan bases de Schiff. En una reacción de adición
nucleofílica, un nitrógeno de amina ataca el carbono electrofílico de un grupo carbonilo para formar un producto alcóxido. La transferencia de un
protón del grupo amina al oxígeno para formar una carbinolamina, seguida de la transferencia de otro protón de un catalizador ácido, convierte el
oxígeno en un buen grupo saliente (OH2+). La eliminación posterior de una molécula de agua seguida de la pérdida de un protón del nitrógeno
produce el producto imina. Los ejemplos más importantes de formación de las bases de Schiff en bioquímica se producen en el metabolismo de los
aminoácidos. Las bases de Schiff, denominadas aldiminas, formadas por la reacción reversible de un grupo amino con un grupo aldehído, son
intermediarias (especies formadas durante una reacción) en las reacciones de transaminación (Reacciones de los grupos amino). Las bases de Schiff
también son intermediarias en la glucación (Reacciones de monosacáridos), reacciones no enzimáticas que contribuyen a la ateroesclerosis,
enfermedades neurodegenerativas y artritis.
CONCEPTOS CLAVE
Los polipéptidos son polímeros compuestos de aminoácidos unidos por enlaces peptídicos. El orden de los aminoácidos en un polipéptido se
llama secuencia
Downloaded 202437de los A
11:5 aminoácidos.
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©2024Los
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disulfuro, Reserved.
formados por laTerms of Use
oxidación de•los
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residuos • Notice son
de cisteína, • Accessibility
un elemento estructural importante en los polipéptidos y las
proteínas.
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CONCEPTOS CLAVE
Los polipéptidos son polímeros compuestos de aminoácidos unidos por enlaces peptídicos. El orden de los aminoácidos en un polipéptido se
llama secuencia de los aminoácidos.
Los puentes disulfuro, formados por la oxidación de los residuos de cisteína, son un elemento estructural importante en los polipéptidos y las
proteínas.
Las bases de Schiff son iminas que se forman cuando los grupos amina reaccionan de manera reversible con los grupos carbonilo.
5.2 PÉPTIDOS
Aunque menos estructuralmente complejos que las moléculas de proteínas más grandes, los péptidos tienen actividades biológicas significativas. La
estructura y función de varios ejemplos interesantes, presentados en el cuadro 5.3, se discuten ahora.
CUADRO 5.3
Péptidos importantes biológicamente seleccionados
El tripéptido glutatión (γglutamillcisteinilglicina) es un péptido singularmente importante que contiene un enlace inusual de γamida. El grupo
carboxilo γ del residuo del ácido glutámico, no el grupo carboxilo α, contribuye al enlace peptídico. Se encuentra en casi todos los organismos, el
glutatión (GSH; Glutatión) está involucrado en la síntesis de proteínas y ADN, el metabolismo de los fármacos y las toxinas ambientales, el transporte
de aminoácidos y otros procesos biológicos importantes. Un grupo de funciones del glutatión explota su efectividad como agente reductor. El
glutatión protege a las células de los efectos destructivos de la oxidación al reaccionar con sustancias como los peróxidos (R–O–O–R), subproductos
del metabolismo del O2. Por ejemplo, en los eritrocitos, el peróxido de hidrógeno (H2O2) oxida el hierro de la hemoglobina a su forma férrica (Fe3+). La
metahemoglobina, el producto de esta reacción, es incapaz de unirse al O2. El glutatión protege contra la formación de metahemoglobina al reducir el
H2O2 en una reacción catalizada por la enzima glutatión peroxidasa. En el producto oxidado GSSG, dos tripéptidos están unidos por un enlace
disulfuro:
Debido a la alta
Downloaded relación11:5
202437 GSH:GSSG
A Yournormalmente presente en las células, el glutatión es un antioxidante intracelular importante. La abreviatura GSH
IP is 177.228.68.100
CAPÍTULO
se usa porque5: el
Aminoácidos,
componentepéptidos
reductor ydeproteínas,
la molécula es el grupo ─SH del residuo de cisteína. Page 23 / 87
Los organismos multicelulares mantienen un ambiente interno estable, una condición llamada homeostasis, a través de la interacción compleja y
dinámica entre procesos fisiológicos opuestos. Lo hacen mediante la utilización de moléculas de señal con funciones opuestas que juntas regulan
del metabolismo del O2. Por ejemplo, en los eritrocitos, el peróxido de hidrógeno (H2O2) oxida el hierro de la hemoglobina a su forma férrica (Fe ). La
Universidad
metahemoglobina, el producto de esta reacción, es incapaz de unirse al O2. El glutatión protege contra la formación del Valle de México
de metahemoglobina UVM
al reducir el
Access Provided by:
H2O2 en una reacción catalizada por la enzima glutatión peroxidasa. En el producto oxidado GSSG, dos tripéptidos están unidos por un enlace
disulfuro:
Debido a la alta relación GSH:GSSG normalmente presente en las células, el glutatión es un antioxidante intracelular importante. La abreviatura GSH
se usa porque el componente reductor de la molécula es el grupo ─SH del residuo de cisteína.
Los organismos multicelulares mantienen un ambiente interno estable, una condición llamada homeostasis, a través de la interacción compleja y
dinámica entre procesos fisiológicos opuestos. Lo hacen mediante la utilización de moléculas de señal con funciones opuestas que juntas regulan
numerosas funciones (p. ej., regulación de la presión arterial). Se describen brevemente los roles de los péptidos seleccionados que promueven la
homeostasis.
Vasopresina y oxitocina
La presión arterial, la fuerza ejercida por la sangre contra las paredes de los vasos sanguíneos, está influenciada por dos péptidos llamados
vasopresina y factor natriurético auricular. La vasopresina, también llamada hormona antidiurética (ADH, antidiuretic hormone), es un nonapéptido
(contiene nueve residuos de aminoácidos) en el que los dos residuos de cisteína forman un puente disulfuro. Se sintetiza en el hipotálamo, una
pequeña estructura ubicada en la base del cerebro que regula una amplia variedad de funciones, incluido el equilibrio del agua, el apetito, la
temperatura corporal y el sueño. En la mayoría de los mamíferos, la ADH contiene arginina y también se conoce como arginina vasopresina (AVP,
arginine vasopressin). En respuesta a la presión arterial baja o una concentración alta de Na+ en la sangre, los osmorreceptores en el hipotálamo
desencadenan la secreción de vasopresina. La vasopresina estimula la reabsorción de agua en los riñones al iniciar un mecanismo de transducción de
señales que inserta acuaporinas (canales de agua, Función de la membrana) en la membrana del túbulo renal. La presión arterial aumenta a medida
que el agua desciende por su gradiente de concentración a través de las células del túbulo y regresa a la sangre. La vasopresina también tiene roles en
el comportamiento parental y la vinculación social. Los altos niveles en los hombres están asociados con un mayor comportamiento agresivo.
El factor natriurético auricular (ANF, atrial natriuretic factor), un péptido producido por células especializadas en las cámaras superiores (aurículas)
del corazón en respuesta al estiramiento de la pared auricular (alto volumen de sangre), altas concentraciones séricas de Na+ y ejercicio, estimula la
producción de una orina diluida, un efecto opuesto al de la vasopresina. El ANF ejerce su efecto, en parte, al aumentar la excreción de Na+, un proceso
que provoca una mayor excreción de agua. El ANF también inhibe la liberación de moléculas que promueven el aumento de la presión arterial. Los
ejemplos incluyen renina, aldosterona y vasopresina. (La renina es una enzima que cataliza la formación de angiotensina, una hormona que constriñe
los vasos sanguíneos. La aldosterona es un esteroide que promueve la retención de Na+ y agua por el riñón).
Las estructuras de la vasopresina y la oxitocina, otro péptido producido por el hipotálamo, ilustran una característica interesante de las biomoléculas:
estructuras similares pueden dar lugar a funciones superpuestas. La oxitocina, la molécula señal que estimula la expulsión de la leche por las
glándulas mamarias durante la lactancia y estimula la contracción del músculo uterino durante el parto, también se asocia con la confianza y la
empatía y tiene un papel modulador en ciertos comportamientos sociales. Los ejemplos de estos comportamientos incluyen el vínculo entre parejas
de apareamiento, madres y bebés, y miembros de un grupo. Como se ilustra en el cuadro 5.3, la vasopresina y la oxitocina tienen estructuras
similares (los residuos de la fenilalanina y arginina en la vasopresina son reemplazados por los residuos de la isoleucina y leucina, respectivamente,
en la oxitocina). No es sorprendente que las funciones de las dos moléculas se superpongan. La oxitocina tiene una actividad antidiurética leve, y la
vasopresina tiene una actividad similar a la oxitocina. Los déficits de señalización de la oxitocina y la vasopresina se han relacionado con el deterioro
social en niños con trastorno del espectro autista.
PREGUNTA 5.5
Escriba la estructura completa de la oxitocina. ¿Cuál sería la carga neta en esta molécula al pH fisiológico promedio de 7.3? ¿A pH 4? ¿A pH 9? Indique
qué átomos en la oxitocina pueden potencialmente formar enlaces de hidrógeno con las moléculas de agua.
Ver respuestas

CAPÍTULO
PREGUNTA 5: Aminoácidos, péptidos y proteínas,
5.6 Page 24 / 87
Las características estructurales de la vasopresina que permiten la unión a los receptores de la vasopresina son el anillo hexapéptido rígido y los
residuos de aminoácidos en las posiciones 3 (Fen) y 8 (Arg). La cadena lateral de fenilalanina aromática, que cabe en una bolsa hidrófoba en el
Escriba la estructura completa de la oxitocina. ¿Cuál sería la carga neta en esta molécula al pH fisiológico promedio de 7.3? ¿A pH 4? ¿A pH 9? Indique
qué átomos en la oxitocina pueden potencialmente formar enlaces de hidrógeno con las moléculas de agua. Universidad del Valle de México UVM
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Ver respuestas
PREGUNTA 5.6
Las características estructurales de la vasopresina que permiten la unión a los receptores de la vasopresina son el anillo hexapéptido rígido y los
residuos de aminoácidos en las posiciones 3 (Fen) y 8 (Arg). La cadena lateral de fenilalanina aromática, que cabe en una bolsa hidrófoba en el
receptor, y la gran cadena lateral de arginina cargada positivamente son características estructurales especialmente importantes. Compare las
estructuras de la vasopresina y la oxitocina y explique por qué sus funciones se superponen. ¿Puede sugerir qué sucederá con las propiedades de
unión de la vasopresina si la arginina en la posición 8 es reemplazada por lisina?
Ver respuestas
CONCEPTOS CLAVE
Aunque pequeños en comparación con las moléculas de proteínas más grandes, los péptidos tienen una actividad biológica significativa. Están
involucrados en una variedad de procesos de transducción de señales.
5.3 PROTEÍNAS
Con la excepción de las moléculas de agua, las proteínas son las biomoléculas más abundantes en los organismos vivos. El número de proteínas por
célula varía ampliamente: las bacterias como E. coli tienen casi 2 millones de proteínas por célula, mientras que las células eucariotas más grandes
pueden tener hasta 3 mil millones. El número de copias individuales de proteínas en las células también difiere ampliamente, desde 10 moléculas de
galactosidasa β (la enzima bacteriana que convierte la fuente de energía lactosa en galactosa y glucosa) en ausencia de lactosa a 250 millones de
moléculas de hemoglobina en los eritrocitos humanos. Las proteínas se pueden clasificar de acuerdo con sus funciones, similitudes de secuencia de
aminoácidos y forma y composición tridimensional general.
Funciones
De todas las moléculas que se encuentran en los organismos vivos, las proteínas tienen las funciones más diversas, como sugiere la siguiente lista.
1. Catálisis. Las proteínas catalíticas llamadas enzimas aceleran miles de reacciones bioquímicas en procesos como la digestión, la captura de
energía y la biosíntesis. Estas moléculas tienen propiedades notables. Las enzimas pueden aumentar las velocidades de la reacción por factores
entre 106 y 1012. Pueden realizar esta hazaña en condiciones moderadas de pH y temperatura porque pueden inducir o estabilizar los
intermediarios de la reacción agotados. La ribulosa bisfosfato carboxilasa es una enzima importante en la fotosíntesis. La nitrogenasa es
responsable de la fijación del nitrógeno.
2. Estructura. Las proteínas estructurales a menudo tienen propiedades especializadas. Por ejemplo, el colágeno (el componente principal de los
tejidos conectivos) y la fibroína (proteína del gusano de seda) tienen una resistencia mecánica significativa. La elastina, la proteína similar al
caucho que se encuentra en las fibras elásticas, se encuentra en los vasos sanguíneos y la piel que deben ser elásticos para funcionar
correctamente.
3. Movimiento. Las proteínas están involucradas en todos los movimientos celulares. Las proteínas del citoesqueleto, como la actina, la tubulina y
sus proteínas asociadas, por ejemplo, son activas en la división celular, la endocitosis, la exocitosis y el movimiento ameboide de los leucocitos.
4. Defensa. Una amplia variedad de proteínas son protectoras. En los vertebrados, la queratina, una proteína que se encuentra en las células de la
piel, ayuda a proteger el organismo contra las lesiones mecánicas y químicas. Las proteínas de la coagulación sanguínea, fibrinógeno y trombina,
previenen la pérdida de sangre cuando los vasos sanguíneos están dañados. Las inmunoglobulinas (o anticuerpos), producidas por los linfocitos,
protegen contra la invasión del cuerpo por organismos extraños como las bacterias.
5. Regulación. La unión de una molécula hormonal o un factor de crecimiento a receptores afines en su célula objetivo cambia la función celular.
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hormonas peptídicas que regulan los niveles de glucosa en la sangre. La hormona de crecimiento
CAPÍTULO 5: Aminoácidos, péptidos y proteínas,
estimula el crecimiento y la división celular.
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6. Transporte. Muchas proteínas funcionan como transportadores de moléculas o iones a través de las membranas o entre las células. Los
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4. Defensa. Una amplia variedad de proteínas son protectoras. En los vertebrados, la queratina, una proteína que se encuentra en las células de la
piel, ayuda a proteger el organismo contra las lesiones mecánicas y químicas. Las proteínas de la coagulación sanguínea, fibrinógeno y trombina,
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previenen la pérdida de sangre cuando los vasos sanguíneos están dañados. Las inmunoglobulinas (o anticuerpos), producidas por los linfocitos,
protegen contra la invasión del cuerpo por organismos extraños como las bacterias.
5. Regulación. La unión de una molécula hormonal o un factor de crecimiento a receptores afines en su célula objetivo cambia la función celular.
Por ejemplo, la insulina y el glucagón son hormonas peptídicas que regulan los niveles de glucosa en la sangre. La hormona de crecimiento
estimula el crecimiento y la división celular.
6. Transporte. Muchas proteínas funcionan como transportadores de moléculas o iones a través de las membranas o entre las células. Los
ejemplos de proteínas de transporte de membrana incluyen la enzima Na+K+ ATPasa y el transportador de glucosa. Otras proteínas de transporte
incluyen la hemoglobina, que transporta O2 a los tejidos desde los pulmones, y las lipoproteínas LDL y HDL, que transportan lípidos insolubles en
agua en la sangre.
7. Almacenamiento. Ciertas proteínas sirven como reservorio de nutrientes esenciales. Por ejemplo, la ovoalbúmina en los huevos de aves y la
caseína en la leche de los mamíferos son fuentes ricas en nitrógeno orgánico durante el desarrollo. Las proteínas vegetales como la zeína
desempeñan un papel similar en la germinación de las semillas.
8. Respuesta al estrés. La capacidad de los organismos vivos para sobrevivir al estrés abiótico está mediada por una variedad de proteínas. Por
ejemplo, el citocromo P450 es un grupo diverso de enzimas que se encuentran en los animales y las plantas que generalmente convierten una
variedad de contaminantes orgánicos tóxicos en derivados menos tóxicos. Las temperaturas muy altas y otros estreses resultan en la síntesis de
una clase de proteínas llamadas proteínas de choque térmico (hsp, heat shock proteins), que promueven el replegamiento correcto de las
proteínas dañadas. Cuando las proteínas están severamente dañadas, las hsp promueven su degradación. (Ciertas hsp funcionan en el proceso
normal de plegamiento de las proteínas). Las células están protegidas de la radiación mediante enzimas reparadoras de ADN.
9. Toxinas. Muchos organismos producen toxinas proteicas, que en general se usan en la depredación o en la defensa. Por ejemplo, las serpientes,
los escorpiones y algunas arañas usan neurotoxinas para someter a las presas. La bacteria Clostridium botulinum secreta la toxina botulínica, que
causa parálisis muscular.
PROTEÍNAS MULTIFUNCIONALES. Como resultado de las primeras investigaciones sobre la estructura y la genética de las proteínas, los
bioquímicos han asumido durante mucho tiempo que cada gen codifica una proteína, que a su vez tiene una función única. En los últimos años se ha
hecho evidente que numerosos polipéptidos, denominados proteínas multifuncionales, tienen funciones múltiples y autónomas. Las proteínas
moonlighting son un subconjunto de proteínas multifuncionales que no son el resultado de la fusión génica o el empalme alternativo (un proceso
mediante el cual varias proteínas pueden sintetizarse a partir de un solo gen mediante la eliminación de ciertos segmentos de un ARNm; véanse
Transcripción en eucariotas). La mayoría de las proteínas moonlighting se identificaron primero como enzimas o receptores. Investigaciones
posteriores demostraron que estos polipéptidos tienen uno o más roles inesperados.
La gliceraldehído3fosfato deshidrogenasa (GAPDH, glyceraldehyde3phosphate dehydrogenase) es un ejemplo bien investigado de una proteína
moonlighting. Como su nombre lo indica, la GAPDH es una enzima que cataliza la oxidación del gliceraldehído3fosfato, un intermediario en el
catabolismo de la glucosa (Reacciones de la vía glucolítica). El polipéptido GAPDH en eucariotas tiene una extraordinaria variedad de funciones. Los
ejemplos incluyen roles en la síntesis y reparación del ADN, agrupación de microtúbulos, iniciación de apoptosis, transporte vesicular y exportación de
ARNt nuclear. Varias bacterias patógenas usan GAPDH como factor de virulencia. Después de su exportación a la superficie celular bacteriana, la
GAPDH, que actúa como una enzima proteolítica, facilita la invasión del tejido del hospedero.
FAMILIAS DE PROTEÍNAS. Las familias de proteínas están compuestas por moléculas de proteína que están relacionadas por la similitud de la
secuencia de los aminoácidos. Tales proteínas comparten una ascendencia común obvia. Las hemoglobinas (proteínas de transporte de oxígeno en la
sangre; véanse Proteínas globulares) son una familia de proteínas clásica. Las proteínas relacionadas más distantemente a menudo se clasifican en
superfamilias. Por ejemplo, la superfamilia de globina incluye una variedad de proteínas que contienen hemo que sirven en la unión y/o transporte
de oxígeno. Además de las hemoglobinas y las mioglobinas (proteínas de unión al oxígeno en las células musculares), la superfamilia de la globina
incluye neuroglobina y citoglobina (proteínas de unión al oxígeno en el cerebro y otros tejidos, respectivamente) y las leghemoglobinas (proteínas
secuestradoras del oxígeno en los nódulos de la raíz de plantas leguminosas).
Forma y composición
Las proteínas a menudo se clasifican según su forma y composición. Hay dos formas principales de proteínas. Como su nombre indica, las proteínas
fibrosas son moléculas largas en forma de bastones que son insolubles en agua y físicamente resistentes. Las proteínas fibrosas, como las
queratinas que se encuentran en la piel, el cabello y las uñas, tienen funciones estructurales y de protección. Las proteínas globulares son
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que generalmente son solubles en agua. Típicamente, las proteínas globulares tienen funciones dinámicas. Por
ejemplo, casi todas las enzimas tienen estructuras globulares. Otros ejemplos incluyen las inmunoglobulinas (anticuerpos) y las proteínas de
transporte hemoglobina y albúmina (un transportador de ácidos grasos en la sangre).
Forma y composición
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Las proteínas a menudo se clasifican según su forma y composición. Hay dos formas principales de proteínas. Como su nombre indica, las proteínas
fibrosas son moléculas largas en forma de bastones que son insolubles en agua y físicamente resistentes. Las proteínas fibrosas, como las
queratinas que se encuentran en la piel, el cabello y las uñas, tienen funciones estructurales y de protección. Las proteínas globulares son
moléculas esféricas compactas que generalmente son solubles en agua. Típicamente, las proteínas globulares tienen funciones dinámicas. Por
ejemplo, casi todas las enzimas tienen estructuras globulares. Otros ejemplos incluyen las inmunoglobulinas (anticuerpos) y las proteínas de
transporte hemoglobina y albúmina (un transportador de ácidos grasos en la sangre).
Sobre la base de la composición, las proteínas se clasifican como simples o conjugadas. Las proteínas simples, como la albúmina sérica y la queratina,
contienen sólo aminoácidos. Cada proteína conjugada consiste en una proteína simple combinada con un componente no proteico llamado grupo
protésico. (Una proteína sin su grupo protésico se denomina apoproteína. Una molécula de proteína combinada con su grupo protésico se
denomina holoproteína). Los grupos protésicos suelen desempeñar un papel importante, incluso crucial, en la función de las proteínas. Las
proteínas conjugadas se clasifican según la naturaleza de sus grupos protésicos. Por ejemplo, las glucoproteínas contienen un componente de
carbohidrato, las hemoproteínas contienen grupos hemo (Proteínas globulares) y las lipoproteínas contienen moléculas de lípidos. Los ejemplos
de proteínas con cofactores inorgánicos incluyen las metaloproteínas, que contienen iones metálicos, y las fosfoproteínas, que poseen grupos
fosfato.
Estructura proteica
Los esfuerzos de investigación de las proteínas durante la mayor parte del siglo XX respaldaron firmemente el paradigma de la estructura y la función
de la proteína: cada polipéptido naciente se pliega en una estructura altamente ordenada, una conformación tridimensional que determina su
función. Para muchas proteínas, esta relación estructurafunción es verdadera. Sin embargo, en las últimas dos décadas, se ha vuelto cada vez más
evidente que algunas proteínas carecen de una estructura tridimensional única, ya sea en su totalidad o en parte. Ahora se estima que al menos 30%
de las proteínas eucariotas están total o mayormente desordenadas y casi 50% tienen al menos una región desordenada. Las estimaciones de las
proteínas desordenadas procariotas son más bajas, casi de 2% (Archaea) y de 4% (bacterias).
Esta sección del capítulo comienza con descripciones de las características estructurales de las proteínas ordenadas de forma clásicas y con breves
panoramas generales acerca de las proteínas desordenadas, la desnaturalización de las proteínas y el plegamiento de las proteínas. Esta sección
termina con descripciones de las características estructurales y funcionales de ejemplos de las dos categorías principales de proteínas ordenadas:
fibrosas y globulares.
Las proteínas son moléculas extraordinariamente complejas. Los modelos completos que representan incluso la más pequeña de las cadenas de
polipéptidos son casi imposibles de comprender. Las imágenes más simples que resaltan características específicas de una molécula son útiles. En la
figura 5.14 se presentan dos métodos para transmitir información estructural sobre las proteínas. Más adelante se presenta otra representación
estructural, denominada modelo de bola y palo (figs. 5.36 y 5.39).
FIGURA 5.14
La enzima adenilato cinasa.
a ) Este modelo de relleno del espacio ilustra el volumen ocupado por los componentes moleculares y la forma general. b ) En un modelo de cinta, las
hélices α aparecen como cintas en espiral, y las flechas planas representan hebras β. Las hélices α y las cadenas β se describen en las Estructura
proteica.

La enzima adenilato cinasa.
a ) Este modelo de relleno del espacio ilustra el volumen ocupado por los componentes moleculares y la forma general. b ) En un modelo de cinta, las
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hélices α aparecen como cintas en espiral, y las flechas planas representan hebras β. Las hélices α y las cadenas β se describen en las Estructura
proteica.
ESTRUCTURA CLÁSICA DE LAS PROTEÍNAS. Los bioquímicos han distinguido varios niveles de la organización estructural de las proteínas. La
estructura primaria, la secuencia de aminoácidos, se especifica mediante la información genética. A medida que la cadena polipeptídica naciente
(recién sintetizada) se pliega, forma ciertas disposiciones localizadas de aminoácidos adyacentes (pero no necesariamente contiguos) que constituyen
la estructura secundaria. La forma tridimensional general que asume un polipéptido se denomina estructura terciaria. Se dice que las proteínas
que consisten en dos o más cadenas de polipéptidos (o subunidades) tienen una estructura cuaternaria.
ESTRUCTURA PRIMARIA. Cada polipéptido tiene una secuencia lineal específica de aminoácidos que están unidos por enlaces peptídicos. Se dice
que los polipéptidos que tienen secuencias de aminoácidos similares y que han surgido del mismo gen ancestral son homólogos. Se presume que
los residuos de aminoácidos que son idénticos en todos los homólogos de una proteína, denominados invariables, son esenciales para la función de
la proteína. (En el citocromo c, los residuos invariables interactúan con el hemo, un grupo protésico o con ciertas otras proteínas involucradas en la
generación de energía). Para los polipéptidos convencionales, las interacciones entre los residuos de los aminoácidos determinan la estructura
tridimensional de la proteína y su rol funcional y la relación con otras proteínas.
ESTRUCTURA
CAPÍTULO PRIMARIA, EVOLUCIÓN
5: Aminoácidos, Y ENFERMEDADES MOLECULARES. Con el paso del tiempo, como resultado de los procesos evolutivos,
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causadas por alteraciones aleatorias y espontáneas en
secuencias del ADN llamadas mutaciones. Un número significativo de cambios en la secuencia primaria no afecta la función de un polipéptido. Se dice
que algunas de estas sustituciones son conservadoras porque se sustituye un aminoácido con una cadena lateral químicamente similar. Por ejemplo,
ESTRUCTURA PRIMARIA. Cada polipéptido tiene una secuencia lineal específica de aminoácidos que están unidos por enlaces peptídicos. Se dice
que los polipéptidos que tienen secuencias de aminoácidos similares y que han surgido del mismo gen ancestralUniversidad
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los residuos de aminoácidos que son idénticos en todos los homólogos de una proteína, denominados invariables, son esenciales para la función de
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la proteína. (En el citocromo c, los residuos invariables interactúan con el hemo, un grupo protésico o con ciertas otras proteínas involucradas en la
generación de energía). Para los polipéptidos convencionales, las interacciones entre los residuos de los aminoácidos determinan la estructura
tridimensional de la proteína y su rol funcional y la relación con otras proteínas.
ESTRUCTURA PRIMARIA, EVOLUCIÓN Y ENFERMEDADES MOLECULARES. Con el paso del tiempo, como resultado de los procesos evolutivos,
cambian las secuencias de aminoácidos de los polipéptidos. Estas modificaciones son causadas por alteraciones aleatorias y espontáneas en
secuencias del ADN llamadas mutaciones. Un número significativo de cambios en la secuencia primaria no afecta la función de un polipéptido. Se dice
que algunas de estas sustituciones son conservadoras porque se sustituye un aminoácido con una cadena lateral químicamente similar. Por ejemplo,
en ciertas posiciones de la secuencia, la leucina y la isoleucina, que contienen cadenas laterales hidrófobas, pueden sustituirse entre sí sin afectar la
función. Algunas posiciones de la secuencia son significativamente menos estrictas. Estos residuos, denominados variables, aparentemente
desempeñan funciones inespecíficas en la función del polipéptido.
CONCEPTOS CLAVE
La estructura primaria de un polipéptido es su secuencia de aminoácidos. Los aminoácidos están conectados por enlaces peptídicos.
Los residuos de aminoácidos que son esenciales para la función de la molécula se denominan invariantes.
Se dice que las proteínas con secuencias y funciones de aminoácidos similares y un origen común son homólogas.
Las sustituciones en sitios conservadores y variables se han utilizado para rastrear relaciones evolutivas. Por ejemplo, las homologías de secuencia de
la proteína mitocondrial redox citocromo c se han utilizado para rastrear la evolución de las especies. Estos estudios suponen que cuanto más tiempo
transcurre desde que dos especies divergieron entre sí, mayor es el número de diferencias en la estructura primaria de un polipéptido. Por ejemplo, se
cree que los humanos y los chimpancés divergieron hace sólo 4 millones de años. Esta presunción, basada principalmente en la evidencia fósil y
anatómica, está respaldada por los datos de la secuencia primaria del citocromo c que indican que esta proteína es idéntica en ambas especies. Se
cree que los canguros, ballenas y ovejas, cuyas moléculas de citocromo c difieren cada uno en 10 residuos de la proteína humana, evolucionaron de
un ancestro común que vivió hace más de 50 millones de años. Es interesante observar que, con bastante frecuencia, la estructura tridimensional
general de un polipéptido no cambia a pesar de los numerosos cambios en la secuencia de aminoácidos.
Enfermedades moleculares
Las mutaciones, sin embargo, pueden ser perjudiciales. Los cambios en la secuencia genética pueden tener efectos moderados a severos en la salud.
Los organismos individuales con sustituciones de los aminoácidos en los residuos conservadores invariantes del citocromo c, por ejemplo, no son
viables. Las mutaciones también pueden tener un efecto profundo sin ser inmediatamente letales. La anemia falciforme, causada por la hemoglobina
mutante, es un ejemplo clásico de un grupo de enfermedades que Linus Pauling y sus colegas denominaron enfermedades moleculares. (El Dr.
Pauling demostró por primera vez que los pacientes con células falciformes tienen una hemoglobina mutante mediante el uso de la electroforesis, una
técnica descrita en la Proteínas globulares). La hemoglobina humana adulta (HbA, human adult hemoglobin) está compuesta por dos cadenas de
globina α idénticas y dos cadenas de globina β. La anemia de las células falciformes resulta de una única sustitución de aminoácidos en la cadena de
globina β de HbA. El análisis de las moléculas de hemoglobina de pacientes con células falciformes revela que la única diferencia entre la HbA y la
hemoglobina de células falciformes (HbS, sicklecell hemoglobin) está en el residuo de aminoácido 6 en la cadena β (fig. 5.15). Debido a la sustitución
de una valina hidrofóbica por un glutamato cargado negativamente, las moléculas de HbS se agregan para formar estructuras rígidas en forma de
barra en el estado libre de oxígeno (fig. 5.16). Los eritrocitos del paciente adquieren forma de hoz y son susceptibles a la hemólisis, lo que resulta en
anemia severa. Estos eritrocitos tienen una capacidad de unión al oxígeno anormalmente baja. La obstrucción intermitente de los capilares por las
células falciformes rígidas también hace que los tejidos se vean privados de oxígeno. La anemia de las células falciformes se caracteriza por un dolor
insoportable, daño a los órganos y, finalmente, la muerte.
FIGURA 5.15
Segmentos de
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en HbA y HbS.
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células falciformes rígidas también hace que los tejidos se vean privados de oxígeno. La anemia de las células falciformes se caracteriza por un dolor
insoportable, daño a los órganos y, finalmente, la muerte.
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FIGURA 5.15
Segmentos de la cadena de globina β en HbA y HbS.
Las personas que poseen el gen de la hemoglobina falciforme producen cadenas β con valina en lugar de ácido glutámico en el residuo 6.
FIGURA 5.16
Hemoglobina falciforme.
Las moléculas de HbS se agregan en filamentos en forma de varilla porque la cadena lateral hidrofóbica de la valina, el aminoácido sustituido en la
cadena β, interactúa con una bolsa hidrofóbica en una segunda molécula de hemoglobina.
Hasta hace poco, debido a la naturaleza debilitante de la enfermedad de las células falciformes, los individuos afectados rara vez sobrevivían más allá
de la infancia. Por tanto, se podría predecir que el cambio mutacional perjudicial que causa esta afección se eliminaría rápidamente de las
poblaciones humanas. Sin embargo, el gen de las células falciformes no es tan raro como cabría esperar. La enfermedad de las células falciformes es
una enfermedad recesiva homocigótica; es decir, ocurre sólo en individuos que han heredado dos copias del gen de las células falciformes. El término
homocigoto indica que el individuo afectado ha heredado una copia del gen defectuoso de cada padre. Se dice que cada uno de los padres tiene el
rasgo de las células falciformes. Dichas personas se conocen como heterocigotas porque tienen un gen normal de la cadena β de HbA y un gen
defectuoso de la cadena β de HbS. A excepción de los atletas que soportan el calor y la deshidratación o el agotamiento inducidos por el ejercicio, la
mayoría de las personas con el rasgo de las células falciformes están relativamente libres de síntomas, a pesar de que aproximadamente 40% de su
hemoglobina es HbS. La incidencia del rasgo de las células falciformes es especialmente alta en algunas regiones de África. En estas áreas, la malaria,
causada por el parásito transmitido por los mosquitos Anopheles, Plasmodium, es un grave problema de salud. Las personas con el rasgo de las
células falciformes son menos vulnerables a la malaria porque sus eritrocitos son un entorno menos favorable para el crecimiento del parásito que las
células normales. Los eritrocitos infectados, por ejemplo, producen niveles de radicales de oxígeno que son tóxicos para los parásitos. Las personas
con el rasgo de las células falciformes tienen niveles de células falciformes que son lo suficientemente bajos como para que las células y los tejidos del
sistema reticuloendotelial (p. ej., fagocitos, bazo y médula ósea) puedan destruir selectivamente las células infectadas. Debido a que los portadores
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CAPÍTULO lasAminoácidos,
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hemoglobina es HbS. La incidencia del rasgo de las células falciformes es especialmente alta en algunas regiones de África. En estas áreas, la malaria,
causada por el parásito transmitido por los mosquitos Anopheles, Plasmodium, es un grave problema de salud.Universidad
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células falciformes son menos vulnerables a la malaria porque sus eritrocitos son un entorno menos favorable para el crecimiento del parásito que las
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células normales. Los eritrocitos infectados, por ejemplo, producen niveles de radicales de oxígeno que son tóxicos para los parásitos. Las personas
con el rasgo de las células falciformes tienen niveles de células falciformes que son lo suficientemente bajos como para que las células y los tejidos del
sistema reticuloendotelial (p. ej., fagocitos, bazo y médula ósea) puedan destruir selectivamente las células infectadas. Debido a que los portadores
del rasgo de las células falciformes tienen más probabilidades de sobrevivir a la malaria que los individuos normales, la incidencia del gen de células
falciformes se ha mantenido alta. (En algunas áreas, donde la malaria es endémica, el rasgo de las células falciformes está presente hasta en 40% de la
población nativa).
PREGUNTA 5.7
Una enfermedad genética llamada deficiencia de glucosa6fosfato deshidrogenasa se hereda de manera similar a la anemia de células falciformes,
excepto que ocurre con mayor frecuencia en los hombres. La enzima defectuosa no puede mantener a los eritrocitos abastecidos con cantidades
suficientes de la molécula antioxidante NADPH (capítulo 8). NADPH protege las membranas celulares y otras estructuras celulares de la oxidación.
Describa en términos generales el patrón de herencia de esta enfermedad molecular. ¿Por qué cree que el medicamento antipalúdico primaquina,
que estimula la formación de peróxido, produce casos devastadores de anemia hemolítica en los portadores del gen defectuoso? ¿Le sorprende
que esta anomalía genética se encuentre comúnmente en las poblaciones africanas y mediterráneas?
Ver respuestas
ESTRUCTURA SECUNDARIA. La estructura secundaria de los polipéptidos consta de varios patrones repetitivos. Los tipos de estructura secundaria
más comúnmente observados son la hélice α y la lámina plegada β. Tanto la hélice α como los patrones de hoja plegada en β se estabilizan mediante
enlaces de hidrógeno localizados entre los grupos carbonilo y N─H en la cadena principal del polipéptido. Como los enlaces peptídicos son rígidos, los
carbonos α son puntos de giro para la cadena polipeptídica. Varias propiedades de los grupos R (p. ej., tamaño y carga, si las hay) unidos al carbono α
influyen en los ángulos ϕ y ψ. Ciertos aminoácidos fomentan o inhiben patrones estructurales secundarios específicos. Muchas proteínas fibrosas
están compuestas casi por completo de patrones estructurales secundarios.
Hélice α. La hélice α es una estructura rígida en forma de barra que se forma cuando una cadena polipeptídica se tuerce en una conformación
helicoidal derecha (fig. 5.17). Los enlaces de hidrógeno se forman entre el grupo N─H de cada aminoácido y el oxígeno carbonílico del aminoácido a
cuatro residuos de distancia. Hay 3.6 residuos de aminoácidos por vuelta de la hélice, y el tono (la distancia entre los puntos correspondientes por
vuelta) es de 0.54 nm. Los grupos R del aminoácido se extienden hacia afuera desde la hélice. Debido a varias restricciones estructurales (es decir, la
rigidez de los enlaces peptídicos y los límites permitidos en los valores de los ángulos ϕ y Ψ), ciertos aminoácidos no fomentan la formación helicoidal
α. Por ejemplo, el grupo R de la glicina (un átomo de hidrógeno) es tan pequeño que la cadena de polipéptidos puede ser demasiado flexible. La
prolina, por otro lado, contiene un anillo rígido que evita que el enlace N─Cα gire. Además, la prolina no tiene un grupo N─H disponible para formar
los enlaces de hidrógeno intracadena que son cruciales en la estructura de la hélice α. Un gran número de aminoácidos cargados (p. ej., glutamato y
aspartato) y grupos R voluminosos (p. ej., triptófano) también son incompatibles con las estructuras de hélice α.
FIGURA 5.17
La hélice α.
Los enlaces de hidrógeno se forman entre los grupos carbonilo y N─H a lo largo del eje largo de la hélice α. Tenga en cuenta que hay 3.6 residuos por
vuelta de la hélice, que tiene un paso de 0.54 nm. Las líneas con guiones representan enlaces de hidrógeno.

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Cadenas β. Las cadenas β son un segundo tipo de estructura secundaria en la que un segmento peptídico se extiende completamente en una
estructura de tipo zigzag. Las cadenas β solitarias rara vez se encuentran en las proteínas porque son inestables. Sin embargo, cuando dos o más
cadenas β se alinean una al lado de la otra, forman estructuras muy estables llamadas láminas plegadas β (fig. 5.18). Las láminas plegadas β se
estabilizan mediante enlaces de hidrógeno que se forman entre el esqueleto del polipéptido N─H y los grupos carbonilo de las cadenas o segmentos
de cadenas adyacentes. Las láminas plegadas β son paralelas o antiparalelas. En estructuras de láminas plegadas β paralelas, los enlaces de
hidrógeno en las cadenas de polipéptidos están dispuestos en la misma dirección; en cadenas antiparalelas, estos enlaces están dispuestos en
direcciones opuestas. En ocasiones, se observan láminas β paralelasantiparalelas mezcladas.
FIGURA 5.18
Lámina plegada β.
a ) Dos formas de la lámina plegada β: antiparalela y paralela. Los enlaces de hidrógeno están representados por líneas punteadas. b ) Una vista más
detallada de una lámina antiparalela plegada β. Tenga en cuenta que las cadenas laterales de los residuos adyacentes apuntan en direcciones
opuestas. Los enlaces de hidrógeno en las láminas plegadas β antiparalelas son perpendiculares a las láminas β, y las de las láminas plegadas β
paralelas están espaciadas uniformemente pero inclinadas.

Motivos supersecundarios.
©2024 McGraw Hill. All Rights Muchas proteínas
Reserved. Termsglobulares contienen
of Use • Privacy combinaciones
Policy de estructuras secundarias de hélice alfa y cadena β (fig.
• Notice • Accessibility
5.19). Estos patrones se denominan estructuras supersecundarias o motivos. En la unidad βαβ, dos segmentos paralelos de cadena β están
conectados por un segmento de hélice α. La estructura de las unidades βαβ, que normalmente se encuentra en los canales iónicos, se estabiliza
a ) Dos formas de la lámina plegada β: antiparalela y paralela. Los enlaces de hidrógeno están representados por líneas punteadas. b ) Una vista más
detallada de una lámina antiparalela plegada β. Tenga en cuenta que las cadenas laterales de los residuos adyacentes apuntan en direcciones
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opuestas. Los enlaces de hidrógeno en las láminas plegadas β antiparalelas son perpendiculares a las láminas β, y las de las láminas plegadas β
paralelas están espaciadas uniformemente pero inclinadas.
Motivos supersecundarios. Muchas proteínas globulares contienen combinaciones de estructuras secundarias de hélice alfa y cadena β (fig.
5.19). Estos patrones se denominan estructuras supersecundarias o motivos. En la unidad βαβ, dos segmentos paralelos de cadena β están
conectados por un segmento de hélice α. La estructura de las unidades βαβ, que normalmente se encuentra en los canales iónicos, se estabiliza
mediante interacciones hidrófobas entre las cadenas laterales no polares que se proyectan desde las superficies de interacción de las cadenas β y la
hélice α. Los cambios bruscos en la dirección de un polipéptido implican elementos estructurales llamados bucles. El bucle de horquilla β, un tipo de
bucle comúnmente observado, es un giro de 180° que comúnmente involucra de dos a siete residuos entre cadenas β antiparalelas unidas a
hidrógeno. En la horquilla β de cuatro residuos observada con frecuencia, por ejemplo, el oxígeno carbonílico del primer residuo en el bucle forma un
enlace de hidrógeno con el hidrógeno amida del cuarto residuo.
FIGURA 5.19
Estructuras supersecundarias seleccionadas.
a ) Unidades βαβ, b ) meandro β, c ) barril β, d ) clave griega y e ) unidad αα. Tenga en cuenta que las cadenas β se representan como flechas. Las puntas
de la flecha apuntan hacia el Cterminal.

CAPÍTULO
Los residuos5:
deAminoácidos, péptidos
glicina y prolina y proteínas,
a menudo ocurren en giros β. La falta de glicina de un grupo lateral orgánico proporciona flexibilidad quePage 34 / 87
permite
que una prolina contigua asuma una orientación cis (el mismo lado del plano peptídico), lo que permite que se forme un giro cerrado en una cadena
de polipéptidos. La prolina es un residuo que rompe la hélice y altera la dirección de la cadena polipeptídica porque no es posible la rotación
Estructuras supersecundarias seleccionadas. Universidad del Valle de México UVM
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a ) Unidades βαβ, b ) meandro β, c ) barril β, d ) clave griega y e ) unidad αα. Tenga en cuenta que las cadenas β se representan como flechas. Las puntas
de la flecha apuntan hacia el Cterminal.
Los residuos de glicina y prolina a menudo ocurren en giros β. La falta de glicina de un grupo lateral orgánico proporciona flexibilidad que permite
que una prolina contigua asuma una orientación cis (el mismo lado del plano peptídico), lo que permite que se forme un giro cerrado en una cadena
de polipéptidos. La prolina es un residuo que rompe la hélice y altera la dirección de la cadena polipeptídica porque no es posible la rotación
alrededor de su carbono α.
En el patrón de meandro β, dos o más cadenas β antiparalelas consecutivas están conectadas por bucles cortos con aminoácidos polares y glicinas
que permiten un cambio más abrupto en la dirección que implica un giro de horquilla de uno o dos residuos. Los giros en horquilla permiten que las
cadenas β laterales interactúen. Se forman varias disposiciones de barriles β cuando las láminas β se pliegan sobre sí mismas. Cuando una hoja β
antiparalela se dobla sobre sí misma en un patrón que se asemeja a un diseño de cerámica griega común, el motivo se llama llave griega. En las
unidades αα (o unidades hélicebuclehélice), dos regiones helicoidales α separadas por un bucle no helicoidal se alinean de manera definida debido
a las cadenas laterales que interactúan. Los motivos de hélicebuclehélice se encuentran a menudo en las proteínas de unión al ADN y al calcio.
ESTRUCTURA TERCIARIA. Aunque las proteínas globulares a menudo contienen un número significativo de elementos estructurales secundarios,
varios otros factores contribuyen a su estructura. El término estructura terciaria se refiere a las conformaciones tridimensionales únicas que las
proteínas globulares asumen cuando se pliegan en sus estructuras nativas (biológicamente activas) y se insertan grupos prostéticos, si los hay. El
plegamiento de las proteínas, un proceso en el que una molécula naciente no organizada adquiere una estructura altamente organizada, se
produce como consecuencia de las interacciones entre las cadenas laterales de la molécula. La estructura terciaria tiene varias características
importantes:
1. Muchos polipéptidos se pliegan de tal manera que los residuos de aminoácidos distantes entre sí en la estructura primaria se acercan mucho.
2. Las proteínas globulares son compactas debido al empaquetamiento eficiente a medida que el polipéptido se pliega. Durante este proceso, la
mayoría de las moléculas de agua se excluyen del interior de la proteína, lo que hace posible la interacción entre los grupos polares y no polares.
3. Las proteínas globulares grandes (es decir, aquellas con más de 200 residuos de aminoácidos) a menudo contienen varias unidades compactas
llamadas dominios estructurales. Los dominios (fig. 5.20) son segmentos estructuralmente independientes que tienen funciones específicas (p.
ej., unir un ion o una molécula pequeña). La estructura central tridimensional de un dominio se llama pliegue. Los ejemplos bien conocidos de
pliegues incluyen el pliegue Rossman de unión a los nucleótidos, que a menudo se encuentra en las proteínas de unión a nucleótidos, y el pliegue
de globina, que se encuentra en las globinas de unión al oxígeno. Los dominios se clasifican en función de su estructura de motivo central. Los
ejemplos incluyen α, β, α/β y α + β. Los dominios α se componen exclusivamente de hélices α, y los dominios β consisten en cadenas β
antiparalelas. Los dominios α/β contienen varias combinaciones de una hélice alfa que alterna con cadenas β (motivos βαβ). Los dominios α + β
son principalmente láminas β con una o más hélices α periféricas. Muchas proteínas globulares contienen dos o más dominios.
4. Una serie de proteínas eucariotas, denominadas proteínas modulares o de mosaico, contienen numerosas copias duplicadas o imperfectas
de uno o más dominios que están unidos en serie. La fibronectina (fig. 5.21) contiene tres dominios repetidos: Fl, F2 y F3. Los tres dominios, que
también se encuentran en una variedad de proteínas de la matriz extracelular (ECM, extracellular matrix), contienen sitios de unión para otras
moléculas de ECM como el colágeno (Proteínas fibrosas) y el heparán sulfato (7.4 Glucoconjugados), así como ciertos receptores de la superficie
celular. Los módulos de dominio están codificados por secuencias genéticas creadas por duplicaciones de genes (copias genéticas adicionales que
surgen de errores en la replicación del ADN). Dichas secuencias son utilizadas por organismos vivos para construir nuevas proteínas. Por ejemplo,
el dominio estructural de la inmunoglobulina se encuentra no sólo en los anticuerpos, sino también en una variedad de proteínas de la superficie
celular.
FIGURA 5.20
Dominios seleccionados encontrados en grandes cantidades de proteínas.
a ) La mano EF, una hélice de bucle de hélice que se une específicamente a Ca2+, y b ) la cremallera de leucina, un dominio de unión a ADN, son dos
celular. Los módulos de dominio están codificados por secuencias genéticas creadas por duplicaciones de genes (copias genéticas adicionales que
Universidad
surgen de errores en la replicación del ADN). Dichas secuencias son utilizadas por organismos vivos para construir nuevasdel Valle dePor
proteínas. México UVM
ejemplo,
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el dominio estructural de la inmunoglobulina se encuentra no sólo en los anticuerpos, sino también en una variedad de proteínas de la superficie
celular.
FIGURA 5.20
Dominios seleccionados encontrados en grandes cantidades de proteínas.
a ) La mano EF, una hélice de bucle de hélice que se une específicamente a Ca2+, y b ) la cremallera de leucina, un dominio de unión a ADN, son dos
ejemplos de dominios α. c ) Proteína de unión a retinol humana, un tipo de dominio de barril β (retinol, una molécula del pigmento visual se muestra
en amarillo). d ) El dominio de unión al ATP de la hexocinasa, un tipo de dominio α/β. e ) El motivo de unión al zinc α/β, una característica central de
numerosos dominios de unión al ADN.
FIGURA 5.21
Estructura de fibronectina.
La fibronectina es una proteína de mosaico que se compone de múltiples copias de los módulos F1, F2 y F3. La fibronectina, una glucoproteína en la
matriz extracelular, se une a componentes como el colágeno y los proteoglucanos (7.4 Glucoconjugados) y los une a las proteínas que abarcan la
membrana llamadas integrinas (Glucoproteínas).
Varios tipos de interacciones estabilizan la estructura terciaria (fig. 5.22):
1. Interacciones hidrofóbicas. A medida que un polipéptido se pliega, los grupos R hidrófobos se acercan porque están excluidos del agua.
Luego, las moléculas de agua altamente ordenadas en capas de solvatación se liberan desde el interior, lo que aumenta el desorden (entropía) de
las moléculas de agua. El cambio favorable de la entropía es una importante fuerza impulsora en el plegamiento de las proteínas. Cabe señalar que
algunas moléculas de agua permanecen dentro del centro de las proteínas plegadas, donde cada una forma hasta cuatro enlaces de hidrógeno
con el esqueleto del polipéptido. La estabilización aportada por pequeñas moléculas de agua “estructurales” puede liberar el polipéptido de
algunas de sus interacciones internas. Se cree que la mayor flexibilidad resultante de la cadena de polipéptidos juega un papel crítico en la unión
de las moléculas llamadas ligandos a sitios específicos. Las cavidades de unión al ligando son regiones de la proteína escasas en agua. La unión
del ligando es una función proteica importante.
CAPÍTULO 5: Aminoácidos,
2. Interacciones péptidosLay interacción
electrostáticas. Page 36 / 87
proteínas, electrostática más fuerte en las proteínas ocurre entre grupos iónicos de carga opuesta.
Conocidos como puentes salinos, estos enlaces no covalentes son significativos sólo en regiones de la proteína donde el agua está excluida
debido a la energía requerida para eliminar las moléculas de agua de los grupos iónicos. Se ha observado que los puentes salinos contribuyen a
las moléculas de agua. El cambio favorable de la entropía es una importante fuerza impulsora en el plegamiento de las proteínas. Cabe señalar que
algunas moléculas de agua permanecen dentro del centro de las proteínas plegadas, donde cada una forma Universidad
hasta cuatrodel Vallede
enlaces dehidrógeno
México UVM
con el esqueleto del polipéptido. La estabilización aportada por pequeñas moléculas de agua “estructurales” puede
Access liberar
Provided by: el polipéptido de
algunas de sus interacciones internas. Se cree que la mayor flexibilidad resultante de la cadena de polipéptidos juega un papel crítico en la unión
de las moléculas llamadas ligandos a sitios específicos. Las cavidades de unión al ligando son regiones de la proteína escasas en agua. La unión
del ligando es una función proteica importante.
2. Interacciones electrostáticas. La interacción electrostática más fuerte en las proteínas ocurre entre grupos iónicos de carga opuesta.
Conocidos como puentes salinos, estos enlaces no covalentes son significativos sólo en regiones de la proteína donde el agua está excluida
debido a la energía requerida para eliminar las moléculas de agua de los grupos iónicos. Se ha observado que los puentes salinos contribuyen a
las interacciones entre las subunidades adyacentes en las proteínas complejas. Lo mismo es cierto para las interacciones electrostáticas más
débiles (iondipolo, dipolodipolo, Van der Waals). Son importantes en el interior de la proteína plegada y entre las subunidades o en las
interacciones proteínaligando. (En las proteínas que consisten en más de una cadena de polipéptidos, cada polipéptido se denomina subunidad).
3. Enlaces de hidrógeno. Se forma un número significativo de enlaces de hidrógeno dentro del interior de una proteína y en su superficie. Además
de formar enlaces de hidrógeno entre sí, las cadenas laterales de los aminoácidos polares pueden interactuar con el agua o con el esqueleto del
polipéptido. Una vez más, la presencia de agua impide la formación de los enlaces de hidrógeno con otras especies.
4. Enlaces covalentes. Los enlaces covalentes son creados por reacciones químicas que alteran la estructura de un polipéptido durante o después
de su síntesis. (Los ejemplos de estas reacciones, denominadas modificaciones postraduccionales, se describen en la sección 19.2). Los enlaces
covalentes más prominentes en la estructura terciaria son los puentes disulfuro que se encuentran en muchas proteínas extracelulares. En
entornos extracelulares, estos fuertes enlaces protegen en parte la estructura de la proteína de los cambios adversos en el pH o las
concentraciones de sal. Las proteínas intracelulares no contienen puentes disulfuro debido a las altas concentraciones citoplasmáticas de agentes
reductores como GSH.
5. Hidratación. Como se describió anteriormente (Moléculas hidrófilas, estructuración del agua celular y transiciones solgel), el agua estructurada
es una característica estabilizadora importante de la estructura de la proteína. La capa de hidratación dinámica que se forma alrededor de una
proteína (fig. 5.23) también contribuye a la flexibilidad requerida para la actividad biológica.
FIGURA 5.22
Interacciones que mantienen la estructura terciaria.
FIGURA 5.23
Hidratación de una proteína.
Tres capas de moléculas de agua estructuradas rodean un modelo de relleno del espacio de la enzima hexocinasa antes y después de unirse el azúcar
glucosa. La hexocinasa (Reacciones de la vía glucolítica) es una enzima que cataliza el ataque nucleófilo del grupo hidroxilo carbono6 de la glucosa en
el fósforo del fosfato terminal del ATP. A medida que la molécula de glucosa hidratada ingresa a su sitio de unión en una hendidura en la enzima,
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desplaza las moléculas 11:5 A Your
agua IP is 177.228.68.100
que ocupan el sitio de unión. El proceso de exclusión del agua promueve el cambio de conformación que mueve los
dominios juntos para crear el sitio catalítico. La exclusión del agua de este sitio también previene la hidrólisis improductiva del ATP.
Hidratación de una proteína.
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Tres capas de moléculas de agua estructuradas rodean un modelo de relleno del espacio de la enzima hexocinasa antes y después de unirse el azúcar
glucosa. La hexocinasa (Reacciones de la vía glucolítica) es una enzima que cataliza el ataque nucleófilo del grupo hidroxilo carbono6 de la glucosa en
el fósforo del fosfato terminal del ATP. A medida que la molécula de glucosa hidratada ingresa a su sitio de unión en una hendidura en la enzima,
desplaza las moléculas de agua que ocupan el sitio de unión. El proceso de exclusión del agua promueve el cambio de conformación que mueve los
dominios juntos para crear el sitio catalítico. La exclusión del agua de este sitio también previene la hidrólisis improductiva del ATP.
La naturaleza precisa de las fuerzas que promueven el plegamiento de las proteínas (descritas en las El problema del plegamiento) no se ha resuelto
por completo. Sin embargo, está claro que el plegamiento de las proteínas es un proceso termodinámicamente favorable con un cambio global
negativo de energía libre. Según la ecuación de energía libre:
un cambio negativo de energía libre en un proceso es el resultado del equilibrio entre la entalpía favorable y desfavorable y los cambios de entropía
(Segunda ley de la termodinámica). A medida que un polipéptido se pliega, los valores ΔH favorables (negativos) son el resultado en parte del
secuestro de las cadenas laterales hidrofóbicas dentro del interior de la molécula y la optimización de otras interacciones no covalentes. Se oponen a
estos factores la disminución desfavorable de la entropía que ocurre cuando el polipéptido desorganizado se pliega en su estado nativo altamente
organizado. El cambio en la entropía del agua que rodea la proteína es positivo debido a la disminución de la organización del agua al pasar la
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proteína del estado 11:5 A Your
desplegado IP is 177.228.68.100
a plegado. Para la mayoría de las moléculas de polipéptidos, el cambio neto de energía libre entre el estado plegado y
CAPÍTULO 5: Aminoácidos, péptidos
desplegado es relativamente modesto (ely proteínas, Page 38 / 87
equivalente energético de varios enlaces de hidrógeno). El precario equilibrio entre las fuerzas favorables y
desfavorables permite a las proteínas la flexibilidad que requieren para la función biológica.
ESTRUCTURA CUATERNARIA. Muchas proteínas, especialmente aquellas con altos pesos moleculares, están compuestas de varias cadenas de
Universidad
un cambio negativo de energía libre en un proceso es el resultado del equilibrio entre la entalpía favorable y desfavorable delcambios
y los Valle dedeMéxico UVM
entropía
(Segunda ley de la termodinámica). A medida que un polipéptido se pliega, los valores ΔH favorables (negativos)Access
son el resultado
Provided by: en parte del
secuestro de las cadenas laterales hidrofóbicas dentro del interior de la molécula y la optimización de otras interacciones no covalentes. Se oponen a
estos factores la disminución desfavorable de la entropía que ocurre cuando el polipéptido desorganizado se pliega en su estado nativo altamente
organizado. El cambio en la entropía del agua que rodea la proteína es positivo debido a la disminución de la organización del agua al pasar la
proteína del estado desplegado a plegado. Para la mayoría de las moléculas de polipéptidos, el cambio neto de energía libre entre el estado plegado y
desplegado es relativamente modesto (el equivalente energético de varios enlaces de hidrógeno). El precario equilibrio entre las fuerzas favorables y
desfavorables permite a las proteínas la flexibilidad que requieren para la función biológica.
ESTRUCTURA CUATERNARIA. Muchas proteínas, especialmente aquellas con altos pesos moleculares, están compuestas de varias cadenas de
polipéptidos. Cada componente del polipéptido en estos complejos moleculares se denomina subunidad. Las subunidades de proteínas en un
complejo de subunidades múltiples pueden ser idénticas o bastante diferentes. Las proteínas de múltiples subunidades en las que los polipéptidos
individuales son diferentes o idénticos se denominan oligómeros. Los oligómeros están compuestos de protómeros, que pueden consistir en una
o más subunidades. Una gran cantidad de proteínas oligoméricas contienen dos o cuatro subunidades protoméricas, denominados dímeros y
tetrámeros, respectivamente. Parece que hay varias razones para la aparición común de proteínas de múltiples subunidades:
1. La síntesis de subunidades separadas puede ser más eficiente que aumentar sustancialmente la longitud de una sola cadena de polipéptidos.
2. En complejos supramoleculares como las fibras de colágeno, el reemplazo de componentes más pequeños desgastados o dañados se puede
manejar de manera más efectiva.
3. Las complejas interacciones entre múltiples subunidades ayudan a regular la función biológica de una proteína.
Las subunidades de polipéptidos se ensamblan y se mantienen unidas mediante interacciones no covalentes, como interacciones hidrofóbicas y
electrostáticas y enlaces de hidrógeno, así como enlaces cruzados covalentes. Al igual que con el plegamiento de las proteínas, el efecto hidrofóbico es
claramente el más importante porque las estructuras de las superficies de la interfaz complementaria entre las subunidades son similares a las
observadas en el interior de los dominios proteicos globulares. Los enlaces cruzados covalentes estabilizan significativamente ciertas proteínas de
múltiples subunidades. Ejemplos prominentes incluyen los puentes disulfuro en las inmunoglobulinas (fig. 5.24) y los enlaces de desmosina y
lisinonorleucina en ciertas proteínas del tejido conectivo. Los enlaces cruzados de la desmosina (fig. 5.25) conectan cuatro cadenas de polipéptidos
en la elastina de la proteína del tejido conectivo similar al caucho. Se forman como resultado de una serie de reacciones que involucran la oxidación y
condensación de las cadenas laterales de la lisina. Un proceso similar da como resultado la formación de lisinonorleucina, una estructura de
reticulación que se encuentra en las fibras de elastina y en el colágeno.
FIGURA 5.24
Estructura de la inmunoglobulina G (IgG).
La IgG es una molécula de anticuerpo compuesta por dos cadenas pesadas (H, heavy chains) y dos cadenas ligeras (L, light chains) que juntas forman
una molécula en forma de Y. Cada una de las cadenas pesadas y ligeras contiene dominios de barril β constantes (C, constant) y variables (V, variable)
(el pliegue clásico de la inmunoglobulina). Las cadenas se mantienen unidas por puentes disulfuro (líneas amarillas) e interacciones no covalentes.
Los dominios variables de las cadenas H y L forman el sitio que se une a los antígenos (moléculas extrañas). Muchas proteínas antigénicas se unen a la
superficie externa de estos sitios. Tenga en cuenta que los puentes disulfuro también son una característica estructural dentro de cada dominio
constante.

(el pliegue clásico de la inmunoglobulina). Las cadenas se mantienen unidas por puentes disulfuro (líneas amarillas) e interacciones no covalentes.
Los dominios variables de las cadenas H y L forman el sitio que se une a los antígenos (moléculas extrañas). Muchas proteínas antigénicas se unen a la
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superficie externa de estos sitios. Tenga en cuenta que los puentes disulfuro también son una característica estructural dentro de cada dominio
constante.
FIGURA 5.25
Enlaces de desmosina y lisinonorleucina.

FIGURA 5.25
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Enlaces de desmosina y lisinonorleucina.
Muy a menudo las interacciones entre las subunidades se ven afectadas por la unión de los ligandos. En el alosterismo, que es el control de la
función de la proteína mediante la unión del ligando, la unión de un ligando a un sitio específico en una proteína desencadena un cambio
conformacional que altera su afinidad por otros ligandos. Los cambios conformacionales inducidos por los ligandos en tales proteínas se denominan
transiciones alostéricas, y los ligandos que los desencadenan se denominan efectores o moduladores. Los efectos alostéricos pueden ser
positivos o negativos, dependiendo de si la unión del efector aumenta o disminuye la afinidad de la proteína por otros ligandos. Uno de los ejemplos
mejor entendidos de los efectos alostéricos, la unión reversible de O2 y otros ligandos a la hemoglobina, se describe en las Proteínas globulares.
(Debido a que las enzimas alostéricas juegan un papel clave en el control de los procesos metabólicos, el alosterismo se discute más a fondo en las
secciones 6.3 y 6.5).
PREGUNTA 5.8
Revise las siguientes ilustraciones de proteínas globulares. Identifique ejemplos de estructura secundaria y supersecundaria.
positivos o negativos, dependiendo de si la unión del efector aumenta o disminuye la afinidad de la proteína por otros ligandos. Uno de los ejemplos
Universidad
mejor entendidos de los efectos alostéricos, la unión reversible de O y otros ligandos a la hemoglobina, se describe del Valleglobulares.
en las Proteínas de México UVM
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(Debido a que las enzimas alostéricas juegan un papel clave en el control de los procesos metabólicos, el alosterismo se discute más a fondo en las
secciones 6.3 y 6.5).
PREGUNTA 5.8
Revise las siguientes ilustraciones de proteínas globulares. Identifique ejemplos de estructura secundaria y supersecundaria.
Ver respuestas
PREGUNTA 5.9
Ilustre las interacciones no covalentes que pueden ocurrir entre los siguientes grupos de cadenas laterales en polipéptidos plegados: a) serina y
glutamato, b) arginina y aspartato, c) treonina y serina, d) glutamina y aspartato, y e) fenilalanina y triptófano.
Ver respuestas
PROTEÍNAS NO ESTRUCTURADAS. Los polipéptidos caen en un continuo estructural de múltiples dominios altamente plegados que contienen
enlaces flexibles, aquellos con porcentajes variables de segmentos desordenados, y finalmente aquellos que están completamente desordenados. El
término proteínas intrínsecamente no estructuradas (o desordenadas) (IDP, intrinsically disordered proteins) se usa para describir moléculas
que están completamente no estructuradas. Los segmentos no estructurados dentro de una molécula estructurada se denominan regiones
intrínsecamente desordenadas (IDR, intrinsically disordered regions). El plegado de IDP en conformaciones tridimensionales estables se evita
mediante secuencias de aminoácidos sesgadas que contienen altos porcentajes de aminoácidos polares y cargados (p. ej., Ser, Gln, Lis y Glu) y bajas
cantidades de aminoácidos hidrófobos (p. ej., Leu, Val, Fen y Trp).
Las proteínas no estructuradas tienen una diversidad de funciones. Las IDP y las IDR juegan un papel central en la señalización celular y en los
procesos reguladores porque, además de proporcionar un área de superficie mayor que las proteínas globulares y las secuencias accesibles para la
modificación covalente (ventajas en la transducción de señales), las IDP y las IDR tienen múltiples motivos de secuencia corta (3 a 7 residuos de
aminoácidos) que permiten la interacción con muchas otras proteínas. Los segmentos desordenados altamente extensibles y maleables permiten a la
molécula “buscar” parejas de unión de una manera similar a la de un anzuelo en el extremo de la caña de pescar de un pescador con mosca. La
proteína de unión al elemento de respuesta AMPc (CREB) y p53 son ejemplos de proteínas cuyas funciones dependen de segmentos desordenados.
CAPÍTULO
La CREB, una5:proteína
Aminoácidos, péptidos
reguladora de laytranscripción Pagede
proteínas, que se analiza más adelante (Receptores de la superficie celular), se une a los elementos 42 / 87
respuesta de AMPc (CRE, cAMP response elements), un tipo de secuencia de ADN llamada elemento de respuesta. Cuando el KID (dominio inducible
por la cinasa) de CREB es fosforilado por una cinasa (una enzima que une grupos fosfato a cadenas laterales de aminoácidos específicas), se
Las proteínas no estructuradas tienen una diversidad de funciones. Las IDP y las IDR juegan un papel central en la señalización celular y en los
procesos reguladores porque, además de proporcionar un área de superficie mayor que las proteínas globulares Universidad del Valle
y las secuencias de México
accesibles paraUVM
la
modificación covalente (ventajas en la transducción de señales), las IDP y las IDR tienen múltiples motivos de secuencia cortaby:(3 a 7 residuos de
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aminoácidos) que permiten la interacción con muchas otras proteínas. Los segmentos desordenados altamente extensibles y maleables permiten a la
molécula “buscar” parejas de unión de una manera similar a la de un anzuelo en el extremo de la caña de pescar de un pescador con mosca. La
proteína de unión al elemento de respuesta AMPc (CREB) y p53 son ejemplos de proteínas cuyas funciones dependen de segmentos desordenados.
La CREB, una proteína reguladora de la transcripción que se analiza más adelante (Receptores de la superficie celular), se une a los elementos de
respuesta de AMPc (CRE, cAMP response elements), un tipo de secuencia de ADN llamada elemento de respuesta. Cuando el KID (dominio inducible
por la cinasa) de CREB es fosforilado por una cinasa (una enzima que une grupos fosfato a cadenas laterales de aminoácidos específicas), se
desestructura completamente. El dominio KID fosforilado no estructurado (pKID, phosphorylated KID) puede entonces buscar y unirse a un dominio
de proteína de unión a CREB (CBP, CREBbinding protein) llamado KIX (dominio de unión a KID) (fig. 5.26). Como sucede a menudo con los IDP, el
dominio desordenado pKID pasa a una conformación más ordenada a medida que se une al dominio KIX de CBP. Como resultado de la unión de CREB
CBP, CREB forma un dímero que altera la expresión de ciertos genes cuando se une a su elemento de respuesta.
FIGURA 5.26
Unión proteínica desordenada.
El dominio KID fosforilado intrínsecamente desordenado (pKID, phosphorylated KID) (izquierda) de la proteína reguladora de la transcripción CREB
busca y se une al dominio KIX de la proteína coactivadora de la transcripción CBP (derecha). A medida que pKID se une a KIX, experimenta una
transición de desorden a orden a medida que se pliega en un par de hélices.
El p53 (fig. 5.27) proporciona un ejemplo notable de la utilidad de los dominios de proteínas no estructuradas. El p53 es un supresor tumoral
principal (Expresión génica en eucariotas), como lo indica el hecho de que las mutaciones de p53 ocurren en al menos 50% de todos los cánceres.
Activo como homotetrámero, el p53 regula la expresión de cientos de genes, especialmente aquellos involucrados en procesos de supresión del
cáncer como la reparación del ADN, la detención del ciclo celular, la autofagia (Sistema de autofagia lisosómica), la apoptosis (Mitocondrias) y el
metabolismo energético. El p53 se activa en respuesta a una variedad de estímulos como el daño del ADN, el estrés ER, la luz ultravioleta (UV,
ultraviolet) y la hipoxia (deficiencia de oxígeno). Cada polipéptido p53 posee cuatro dominios: un dominio de transactivación desordenada Nterminal
(una secuencia de péptidos que recluta y se une a numerosos factores de transcripción); un dominio de unión a ADN; un dominio de tetramerización, y
un dominio desordenado Cterminal que está involucrado en la localización nuclear. p53 puede integrar información de múltiples vías de señalización
porque las modificaciones covalentes (p. ej., fosforilación y acetilación) de su dominio Nterminal desordenado resultan en variaciones estructurales
que permiten interacciones con una amplia variedad de proteínas.
FIGURA 5.27
Estructura p53.
El p53 es un factor de transcripción supresor tumoral regulador clave que funciona como un tetrámero. El tetrámero está formado por las
interacciones (detrás de la hélice de ADN, que se ilustra en azul y verde) de los cuatro dominios de tetramerización. Los cuatro dominios de unión al
ADN están unidos a los dominios de tetramerización por segmentos desordenados (también ocultos). Los cuatro dominios de transactivación N
terminal con sus segmentos desordenados se extienden hacia afuera en busca de proteínas asociadas (factores de transcripción y otras proteínas de
señalización).
Universidad
El p53 es un factor de transcripción supresor tumoral regulador clave que funciona como un tetrámero. El tetrámero del Valle
está formado porde
lasMéxico UVM
interacciones (detrás de la hélice de ADN, que se ilustra en azul y verde) de los cuatro dominios de tetramerización. Los
Access cuatro
Provided by: dominios de unión al
ADN están unidos a los dominios de tetramerización por segmentos desordenados (también ocultos). Los cuatro dominios de transactivación N
terminal con sus segmentos desordenados se extienden hacia afuera en busca de proteínas asociadas (factores de transcripción y otras proteínas de
señalización).
CONCEPTOS CLAVE
Los bioquímicos distinguen cuatro niveles de la organización estructural de las proteínas.
En la estructura primaria, los residuos de aminoácidos están conectados por enlaces peptídicos.
La estructura secundaria de los polipéptidos se estabiliza mediante enlaces de hidrógeno. Ejemplos prominentes de estructura secundaria son
las hélices α y las láminas plegadas β.
La estructura terciaria es la conformación tridimensional única que asume una proteína debido a las interacciones entre las cadenas laterales
de aminoácidos. Varios tipos de interacción estabilizan la estructura terciaria: interacciones hidrofóbicas y electrostáticas, enlaces de
hidrógeno y ciertos enlaces covalentes.
Las proteínas que consisten en varias subunidades de polipéptidos separadas exhiben estructura cuaternaria. Tanto los enlaces no covalentes
como los covalentes mantienen unidas las subunidades.
Algunas proteínas están parcial o completamente desestructuradas.
Proteoformas y complejidad
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11:5 A Your proteoma. Los proteomas (Panorama general) de las células en eucariotas multicelulares pueden ser bastante
is 177.228.68.100
diversos. Por5:ejemplo,
CAPÍTULO como resultado
Aminoácidos, péptidos ydeproteínas,
los esfuerzos de la investigación de las proteínas, la estimación original de los genes codificadores
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proteínas humanas Hill.fue
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en lugar de of Use • Privacy Policy
los aproximadamente 20 000• Notice • Accessibility
que finalmente se confirmaron. Esta discrepancia ahora se explica por
tres factores: 1) empalme alternativo (un proceso regulado en el que las secuencias específicas se excluyen de los ARNm, Expresión génica en
procariotas), 2) eliminación de segmentos Nterminales como resultado de un inicio de traducción alternativo y 3) modificaciones postraduccionales
como los covalentes mantienen unidas las subunidades.
Algunas proteínas están parcial o completamente desestructuradas. Access Provided by:
Proteoformas y complejidad del proteoma. Los proteomas (Panorama general) de las células en eucariotas multicelulares pueden ser bastante
diversos. Por ejemplo, como resultado de los esfuerzos de la investigación de las proteínas, la estimación original de los genes codificadores de las
proteínas humanas fue de 100 000, en lugar de los aproximadamente 20 000 que finalmente se confirmaron. Esta discrepancia ahora se explica por
tres factores: 1) empalme alternativo (un proceso regulado en el que las secuencias específicas se excluyen de los ARNm, Expresión génica en
procariotas), 2) eliminación de segmentos Nterminales como resultado de un inicio de traducción alternativo y 3) modificaciones postraduccionales
(alteraciones catalizadas por enzimas de polipéptidos que ocurren después de la síntesis, Reasignación de codificación dependiente del contexto).
Como resultado de estos procesos, se pueden producir varios productos proteicos, denominados colectivamente proteoformas, a partir de un gen
codificador de un solo polipéptido.
PÉRDIDA DE LA ESTRUCTURA DE LA PROTEÍNA. Cuando se consideran las pequeñas diferencias en la energía libre de las conformaciones
plegadas y sus conformaciones no plegadas, no es sorprendente saber que la estructura de las proteínas es especialmente sensible a los factores
ambientales. Muchos agentes físicos y químicos pueden alterar la conformación nativa de una proteína. El proceso de alteración de la estructura, que
puede implicar o no el despliegue de las proteínas, se denomina desnaturalización. (Por lo general, no se considera que la desnaturalización
incluya la ruptura de los enlaces peptídicos). Dependiendo del grado de desnaturalización, la molécula puede perder parcial o completamente su
actividad biológica. La desnaturalización a menudo produce cambios fácilmente observables en las propiedades físicas de las proteínas. Por ejemplo,
la albúmina de huevo soluble y translúcida (clara de huevo) se vuelve insoluble y opaca al calentarse. Como muchas desnaturalizaciones, cocinar
huevos es un proceso irreversible.
Christian Anfinsen, quien compartió el Premio Nobel de Química en 1972, demostró el siguiente ejemplo de desnaturalización reversible en la década
de 1950. La ribonucleasa pancreática bovina (una enzima digestiva del ganado que degrada el ARN) se desnaturaliza cuando se trata con
mercaptoetanol β y urea 8 M (fig. 5.28). Durante este proceso, la ribonucleasa, compuesta de un único polipéptido con cuatro puentes disulfuro, se
despliega completamente y pierde toda actividad biológica. La eliminación cuidadosa de los agentes desnaturalizantes con diálisis (Proteínas
globulares) da como resultado un replegamiento espontáneo y correcto del polipéptido y una nueva formación de los enlaces disulfuro. El
tratamiento experimental de Anfinsen, que resultó en la restauración completa de la actividad catalítica de la enzima, proporcionó una visión
temprana importante sobre los roles de las diferentes fuerzas y la estructura primaria en el plegamiento de las proteínas. Sin embargo, la mayoría de
las proteínas tratadas de manera similar no se renaturalizan.
FIGURA 5.28
El experimento de Anfinsen.
La ribonucleasa desnaturalizada por urea 8 M y un mercaptano (RSH, un reactivo que reduce los disulfuros a grupos sulfhidrilo) puede volver a
naturalizarse eliminando la urea y la RSH y oxidando los disulfuros reducidos por aire.
Las condiciones de desnaturalización incluyen las siguientes:
1. Ácidos o bases fuertes. Los cambios en el pH alteran el estado de protonación de ciertos grupos de cadenas laterales de las proteínas, lo que a
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su vez altera 11:5de
los enlaces A hidrógeno
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los patrones de los puentes salinos. Cuando una proteína se acerca a su punto isoeléctrico, se vuelve
menos soluble y puede precipitarse de la solución.
2. Disolventes orgánicos. Los solventes orgánicos solubles en el agua como el etanol interfieren con las interacciones hidrofóbicas porque
interactúan con los grupos R no polares y forman enlaces de hidrógeno con el agua y los grupos de proteínas polares. Los solventes no polares
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Las condiciones de desnaturalización incluyen las siguientes:
1. Ácidos o bases fuertes. Los cambios en el pH alteran el estado de protonación de ciertos grupos de cadenas laterales de las proteínas, lo que a
su vez altera los enlaces de hidrógeno y los patrones de los puentes salinos. Cuando una proteína se acerca a su punto isoeléctrico, se vuelve
menos soluble y puede precipitarse de la solución.
2. Disolventes orgánicos. Los solventes orgánicos solubles en el agua como el etanol interfieren con las interacciones hidrofóbicas porque
interactúan con los grupos R no polares y forman enlaces de hidrógeno con el agua y los grupos de proteínas polares. Los solventes no polares
también interrumpen las interacciones hidrofóbicas.
3. Detergentes. Los detergentes son sustancias que interrumpen las interacciones hidrofóbicas, haciendo que las proteínas se desarrollen en
cadenas de polipéptidos extendidas. Estas moléculas se llaman anfipáticas porque contienen componentes hidrófobos e hidrófilos.
4. Agentes reductores. En presencia de reactivos como la urea, los agentes reductores (p. ej., mercaptoetanol β) convierten los puentes disulfuro
en grupos sulfhidrilo. La urea interrumpe los enlaces de hidrógeno y las interacciones hidrofóbicas.
5. Concentración de sal. Cuando hay un aumento en la concentración de sal de una solución acuosa de proteína, algunas de las moléculas de agua
que interactúan con los grupos ionizables de la proteína son atraídas por los iones de sal. A medida que disminuye el número de moléculas
solventes disponibles para interactuar con estos grupos, aumentan las interacciones proteínaproteína. Si la concentración de sal es lo
suficientemente alta, hay tan pocas moléculas de agua disponibles para interactuar con los grupos ionizables que se eliminan las esferas de
solvatación que rodean los grupos ionizados de la proteína. Las moléculas de proteína se agregan y luego precipitan. Este proceso se conoce como
precipitación salina. Debido a que la precipitación salina es generalmente reversible y las diferentes proteínas se precipitan a diferentes
concentraciones de sal, a menudo se usa como un primer paso en la purificación de las proteínas.
6. Iones de metales pesados. Los metales pesados como el mercurio (Hg2+) y el plomo (Pb2+) afectan la estructura de las proteínas de varias
maneras. Pueden interrumpir los puentes salinos formando enlaces iónicos con los grupos cargados negativamente. Los metales pesados
también se unen con grupos sulfhidrilo, lo que puede provocar cambios significativos en la estructura y función de las proteínas. Por ejemplo, Pb2+
se une a los grupos sulfhidrilo catalíticamente activos en dos enzimas en la ruta sintética del hemo. La disminución resultante en la síntesis de la
hemoglobina causa anemia severa. (En la anemia, la cantidad de eritrocitos o la concentración de la hemoglobina es más baja de lo normal). La
anemia es uno de los síntomas más fáciles de medir por el envenenamiento por plomo.
7. Cambios de temperatura. A medida que aumenta la temperatura, aumenta la tasa de vibración molecular. Finalmente, las interacciones débiles,
como los enlaces de hidrógeno, se rompen y la proteína se despliega. Algunas proteínas son más resistentes a la desnaturalización por calor, y este
hecho puede usarse en procedimientos de purificación.
8. Estrés mecánico. Las acciones de agitación y molienda interrumpen el delicado equilibrio de fuerzas que mantienen la estructura de la proteína.
Por ejemplo, la espuma que se forma cuando se bate vigorosamente la clara de huevo contiene proteína desnaturalizada.
El problema del plegamiento
La relación directa entre la secuencia primaria de una proteína ordenada y su conformación tridimensional final, y por extensión su actividad
biológica, se encuentra entre los supuestos más importantes de la bioquímica moderna. Ya se ha mencionado una de las principales bases de este
paradigma: la serie de experimentos informados por Christian Anfinsen. El descubrimiento de Anfinsen sugirió que la estructura tridimensional de
cualquier proteína podría predecirse si las propiedades físicas y químicas de los aminoácidos y las fuerzas que impulsan el proceso de plegamiento (p.
ej., rotaciones de enlaces, consideraciones de energía libre y el comportamiento de los aminoácidos en ambientes acuosos) fueron entendidos.
Aunque este problema no se resuelve por completo a pesar de varias décadas de investigación minuciosa, bioquímicos de las proteínas, utilizando las
herramientas más sofisticadas disponibles (p. ej., cristalografía de rayos X y resonancia magnética nuclear [RMN, nuclear magnetic resonance] en
combinación con mutagénesis dirigida al sitio y modelado matemático basado en computadora), han realizado progresos significativos. Su trabajo ha
revelado que el plegamiento de las proteínas es un proceso gradual en el que la formación de la estructura secundaria (es decir, hélice α y lámina
plegada β) es una característica temprana y que las interacciones hidrofóbicas son una fuerza importante en el plegamiento. Además, las
sustituciones de aminoácidos introducidas experimentalmente en las proteínas (mediante mutagénesis dirigida al sitio, una técnica que crea cambios
específicos en una secuencia de ADN) revelan que los cambios en los aminoácidos de la superficie rara vez afectan la estructura de la proteína. En
contraste, las sustituciones de aminoácidos dentro del centro hidrofóbico a menudo conducen a cambios estructurales serios en la conformación.
En los últimos años, los investigadores sobre el plegamiento de proteínas han determinado que el proceso no consiste, como se pensó originalmente,
en una sola vía.
CAPÍTULO En cambio, unpéptidos
5: Aminoácidos, polipéptido puede tomar numerosas rutas para plegarse en su estado nativo. Como se ilustra en la figura Page
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restricciones (su secuencia de aminoácidos, modificaciones postraduccionales y características ambientales dentro de la célula, como la temperatura,
el pH, y hacinamiento molecular) gestiona su camino hacia un estado plegado de baja energía. Dependiendo en gran medida de su tamaño, un
plegada β) es una característica temprana y que las interacciones hidrofóbicas son una fuerza importante en el plegamiento. Además, las
sustituciones de aminoácidos introducidas experimentalmente en las proteínas (mediante mutagénesis dirigida al sitio, una técnica que crea cambios
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específicos en una secuencia de ADN) revelan que los cambios en los aminoácidos de la superficie rara vez afectan la estructura de la proteína. En
contraste, las sustituciones de aminoácidos dentro del centro hidrofóbico a menudo conducen a cambios estructurales serios en la conformación.
En los últimos años, los investigadores sobre el plegamiento de proteínas han determinado que el proceso no consiste, como se pensó originalmente,
en una sola vía. En cambio, un polipéptido puede tomar numerosas rutas para plegarse en su estado nativo. Como se ilustra en la figura 5.29a, un
panorama energético con forma de embudo parece describir mejor la forma en la que un polipéptido desplegado con su propio conjunto único de
restricciones (su secuencia de aminoácidos, modificaciones postraduccionales y características ambientales dentro de la célula, como la temperatura,
el pH, y hacinamiento molecular) gestiona su camino hacia un estado plegado de baja energía. Dependiendo en gran medida de su tamaño, un
polipéptido puede o no formar intermediarios (especies que existen el tiempo suficiente para ser detectados) que quedan atrapados
momentáneamente en pozos de energía locales (fig. 5.29b). Las moléculas pequeñas (menos de 100 residuos) a menudo se pliegan sin formación de
intermediarios (fig. 5.30a). A medida que estas moléculas comienzan a emerger del ribosoma, comienza un proceso de plegamiento rápido y
cooperativo en el que las interacciones de la cadena lateral facilitan la formación y alineación de las estructuras secundarias. El plegamiento de los
polipéptidos más grandes típicamente implica la formación de varios intermediarios (fig. 5.30b, c). En muchas de estas moléculas o los dominios
dentro de una molécula, la forma colapsada hidrofóbicamente del intermediario se conoce como un glóbulo fundido. Un glóbulo fundido es un
estado globular parcialmente organizado de un polipéptido plegable que se asemeja al estado nativo de la molécula. Dentro del interior de un glóbulo
fundido, las interacciones terciarias entre las cadenas laterales de aminoácidos fluctúan; es decir, aún no se han estabilizado.
FIGURA 5.29
El panorama energético para el plegamiento de proteínas.
a ) El color se usa para indicar el nivel de entropía del polipéptido de plegamiento. A medida que avanza el plegamiento, el polipéptido se mueve desde
un estado desordenado (alta entropía, rojo) hacia una conformación progresivamente más ordenada hasta que se logra su conformación
biológicamente activa única (entropía inferior, azul). b ) Una representación del estado conformacional de un polipéptido durante el plegamiento: los
polipéptidos pueden plegarse en sus estados nativos por varias vías diferentes. Muchas moléculas forman intermediarios transitorios, que pueden
quedar o no atrapados en un estado mal plegado.

un estado desordenado (alta entropía, rojo) hacia una conformación progresivamente más ordenada hasta que se logra su conformación
biológicamente activa única (entropía inferior, azul). b ) Una representación del estado conformacional de un polipéptido durante el plegamiento: los
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polipéptidos pueden plegarse en sus estados nativos por varias vías diferentes. Muchas moléculas forman intermediarios transitorios, que pueden
quedar o no atrapados en un estado mal plegado.
FIGURA 5.30
Plegamiento de las proteínas.
a ) En muchas proteínas pequeñas, el plegamiento es cooperativo y no se forman intermediarios. b ) En algunas proteínas más grandes, el plegamiento
implica la formación inicial de un glóbulo fundido seguido de un reordenamiento en la conformación nativa. c ) Las proteínas grandes con múltiples
dominios siguen una ruta más compleja, con cada dominio plegándose por separado antes de que la molécula completa progrese a su conformación
nativa.

a ) En muchas proteínas pequeñas, el plegamiento es cooperativo y no se forman intermediarios. b ) En algunas proteínas más grandes, el plegamiento
implica la formación inicial de un glóbulo fundido seguido de un reordenamiento en la conformación nativa. c ) Las proteínas grandes con múltiples
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dominios siguen una ruta más compleja, con cada dominio plegándose por separado antes de que la molécula completa progrese a su conformación
nativa.
Muchas proteínas requieren asistencia para plegarse en sus conformaciones nativas. Las chaperonas moleculares son una red de proteínas que
juegan un papel central en el control de la calidad de las proteínas celulares al facilitar el plegamiento de las proteínas nacientes (recién sintetizadas) y
el replegamiento de las proteínas preexistentes. Además, también ayudan en el ensamblaje de proteínas de múltiples subunidades y otras estructuras
que contienen proteínas (p. ej., cromatina) y, si es necesario, dirigen proteínas mal plegadas a las vías de degradación de las células (Sistema
proteasómico de la ubiquitina). Muchas chaperonas moleculares son hsp (Funciones). Encontradas en organismos que van desde bacterias hasta
animales y plantas, las chaperonas moleculares tienen un alto grado de homología de secuencia. En eucariotas, se encuentran en el citoplasma y
varios organelos (mitocondrias, ER y cloroplastos). Las propiedades de estas moléculas importantes se describen a continuación.
CHAPERONAS MOLECULARES. Las chaperonas moleculares aparentemente ayudan a las proteínas desplegadas protegiéndolas de las
interacciones inapropiadas de proteínaproteína hidrofóbica que pueden resultar en un plegamiento o agregación erróneos. Hay cuatro grupos de
chaperonas moleculares involucradas en el plegamiento de proteínas de novo, es decir, asistencia en el plegamiento de polipéptidos nacientes:
1. Chaperonas asociadas a los ribosomas. La acción de la chaperona comienza cuando el polipéptido naciente comienza a emerger del túnel de
salida del ribosoma. Las proteínas como el factor desencadenante en bacterias (Síntesis de proteínas procariotas), RAC (complejo asociado a
ribosomas) en levadura y NAC (complejo asociado a polipéptidos nacientes) en eucariotas se unen al ribosoma y al polipéptido emergente. Este
proceso de unión evita el plegamiento hasta que un dominio completo o polipéptido haya emergido del túnel.
2. Hsp70. Los hsp70 se unen, estabilizan y promueven el plegamiento de los polipéptidos nacientes. También participan en el replegamiento de las
proteínas mal plegadas y agregadas y en la transferencia transmembrana de los organelos (p. ej., ER, mitocondrias y cloroplastos) o polipéptidos
secretores. Cada hsp70 posee dos dominios conectados por un conector interdominio corto: un dominio de unión a ATP Nterminal y un dominio
que contiene una bolsa de unión al sustrato con una afinidad por los péptidos con residuos de aminoácidos hidrófobos. También hay una
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177.228.68.100
un segmento
CAPÍTULO peptídico enriquecido
5: Aminoácidos, péptidos yen residuos de aminoácidos hidrófobos se une dentro de la bolsa de unión. Cuando el ATP en el dominio
proteínas, Page 49 N/ 87
©2024 McGraw
terminal Hill.hsp70
de una All Rights Reserved.
se hidroliza, Terms
la tapa of Use
se cierra, • Privacyasí
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un segmento Accessibility
de la proteína del sustrato en la bolsa de unión. Los
segmentos peptídicos se liberan de hsp70 como resultado de un cambio conformacional iniciado por el intercambio de ADP por ATP. Las Hsp70
interactúan con las cochaperonas, proteínas accesorias que ayudan a las hsps en pasos individuales en las actividades de las chaperonas. Por
Universidad
2. Hsp70. Los hsp70 se unen, estabilizan y promueven el plegamiento de los polipéptidos nacientes. También participan endel Valle de México
el replegamiento deUVM
las
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proteínas mal plegadas y agregadas y en la transferencia transmembrana de los organelos (p. ej., ER, mitocondrias y cloroplastos) o polipéptidos
secretores. Cada hsp70 posee dos dominios conectados por un conector interdominio corto: un dominio de unión a ATP Nterminal y un dominio
que contiene una bolsa de unión al sustrato con una afinidad por los péptidos con residuos de aminoácidos hidrófobos. También hay una
estructura helicoidal α Cterminal que actúa como tapa para la hendidura de unión al sustrato. La actividad de la ATPasa Hsp70 se estimula cuando
un segmento peptídico enriquecido en residuos de aminoácidos hidrófobos se une dentro de la bolsa de unión. Cuando el ATP en el dominio N
terminal de una hsp70 se hidroliza, la tapa se cierra, atrapando así un segmento peptídico de la proteína del sustrato en la bolsa de unión. Los
segmentos peptídicos se liberan de hsp70 como resultado de un cambio conformacional iniciado por el intercambio de ADP por ATP. Las Hsp70
interactúan con las cochaperonas, proteínas accesorias que ayudan a las hsps en pasos individuales en las actividades de las chaperonas. Por
ejemplo, hsp40 ayuda a hsp70 mediante la regulación de la hidrólisis del ATP y la mediación de la unión a sustratos de proteínas desplegadas u
oxidadas. Hsp100 ayuda a hsp70 en el desmontaje de agregados de proteínas. En su lanzamiento, un polipéptido se pliega en su conformación
funcional o hsp70 y sus cochaperonas asociadas lo transfieren a otras chaperonas de etapas posteriores.
3. Hsp90. Los hsp90, que se encuentran en los organismos que van desde las bacterias hasta los mamíferos (pero no en arqueas), tienen funciones
en diversas vías celulares. En eucariotas, los hsp90 se encuentran en el citoplasma, el núcleo, las mitocondrias y los cloroplastos, donde no se unen
a los polipéptidos nacientes. En cambio, las proteínas hsp90 finalizan el plegamiento de un conjunto limitado, pero diverso, de moléculas
parcialmente desplegadas, denominadas proteínas cliente (p. ej., proteínas cinasas y receptores de hormonas esteroides). Vinculado de forma
reversible a hsp70, hsp90 completa el proceso de plegado. Hsp70 y hsp90 también trabajan juntos para identificar proteínas dañadas por el estrés
oxidativo o por calor y volver a doblarlas o atacarlas para la destrucción mediada por los proteasomas (Sistema proteasómico de la ubiquitina).
Además, hsp90 también coordina el ensamblaje de complejos de proteínas como la ARN polimerasa II (Transcripción en eucariotas), el complejo
silenciador inducido por ARN (Expresión génica en eucariotas) y el proteasoma 26S (Sistema proteasómico de la ubiquitina). Hsp90 funciona como
un dímero. Cada molécula de hsp90 está compuesta por tres dominios: el dominio Nterminal, que contiene un sitio de unión al ATP; un dominio
medio que participa en la unión de las proteínas del cliente y la regulación de la hidrólisis del ATP, y el dominio Cterminal, que contiene el sitio de
interacción para la formación del dímero. En un ciclo regulado por el ATP, un dímero hsp90 abierto (en forma de V) se une a una proteína cliente y
se cierra en un movimiento similar a una pinza impulsado por la hidrólisis del ATP. Después de la hidrólisis del ATP, el dímero se abre, liberando la
proteína cliente ahora plegada.
4. Chaperoninas. Las chaperoninas son complejos grandes de doble anillo que promueven el replegamiento de los polipéptidos más rápido y más
eficiente dentro de un compartimento interno. Se clasifican en dos grupos. Las chaperoninas del grupo I, que se encuentran en las bacterias,
mitocondrias y cloroplastos, están compuestas por dos anillos apilados de siete miembros. Son conocidos como GroEL en bacterias y hsp60 en
eucariotas, y su función requiere cochaperonas en forma de tapa. El plegamiento de las proteínas comienza después de que el cierre de la tapa
atrapa una proteína sustrato. La hidrólisis del ATP convierte la cavidad dentro de GroEL en un microambiente hidrófilo que facilita el colapso del
centro hidrofóbico de la proteína de plegamiento en la forma de glóbulo fundido. Los siete ATP tardan de 15 a 20 s en hidrolizarse en las
subunidades de anillo y completar el proceso de plegado. En el estado (ADP)7, el carácter hidrofóbico de la cavidad regresa, la cámara se abre y se
libera la proteína o dominio plegado. Una nueva proteína desplegada ahora puede unirse para repetir el ciclo. El plegamiento de las proteínas se
realiza con dos ciclos que se superponen, dependiendo del estado de la unión del ATP/ADP de las dos cavidades. La estructura de GroEL y su
cochaperona GroES en forma de tapa se ilustra en la figura 5.31. TRiC, una chaperonina del grupo II en el citoplasma de las células eucariotas,
está compuesta por dos anillos de ocho miembros con una tapa incorporada. Junto con su cochaperona hsp70, TRiC facilita el plegamiento
cotraduccional de las proteínas con pliegues de dominios complejos, especialmente actina y tubulina.
FIGURA 5.31
Modelo de relleno espacial de la chaperonina de E. coli llamada complejo GroESGroEL.
GroES (hsp10 en eucariotas) es un anillo de siete subunidades que se encuentra encima de GroEL. GroEL (hsp60 en eucariotas) se compone de dos
anillos apilados de siete subunidades con una cavidad en la que tiene lugar el plegamiento de las proteínas dependiente de ATP.

Modelo de relleno espacial de la chaperonina de E. coli llamada complejo GroESGroEL. Universidad del Valle de México UVM
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GroES (hsp10 en eucariotas) es un anillo de siete subunidades que se encuentra encima de GroEL. GroEL (hsp60 en eucariotas) se compone de dos
anillos apilados de siete subunidades con una cavidad en la que tiene lugar el plegamiento de las proteínas dependiente de ATP.
CONCEPTOS CLAVE
Toda la información requerida para que cada polipéptido recién sintetizado se pliegue en su conformación biológicamente activa está
codificada en la secuencia primaria de la molécula.
Algunos polipéptidos relativamente simples se pliegan espontáneamente en sus conformaciones nativas.
Otras moléculas más grandes requieren la ayuda de proteínas llamadas chaperonas moleculares para asegurar el plegamiento correcto.
Además de promover el plegamiento de las proteínas nacientes, las chaperonas moleculares dirigen el replegamiento de las proteínas que se
despliegan parcialmente como consecuencia de las condiciones estresantes. Si no es posible el replegamiento, las chaperonas moleculares
promueven la degradación de las proteínas. En la figura 5.32 se presenta una vista esquemática del plegamiento de proteínas que involucra a GroEL y
su coacompañante de tapa, GroES. Los efectos del plegamiento de las proteínas en la salud humana pueden ser considerables. Tanto las
enfermedades de Alzheimer como la de Huntington son enfermedades neurodegenerativas causadas por acumulaciones de agregados proteicos
insolubles.
FIGURA 5.32
Plegamiento de proteínas asistido por chaperonas moleculares.
Las chaperonas moleculares se unen transitoriamente tanto a proteínas nacientes como a proteínas desplegadas (es decir, aquellas desnaturalizadas
por condiciones estresantes). Los miembros de la familia hsp70 estabilizan las proteínas nacientes y reactivan algunas proteínas desnaturalizadas. El
DnaK es el principal hsp70 bacteriano. Muchas proteínas también requieren complejos de proteínas hsp60 para lograr sus conformaciones finales. En
E. coli, las proteínas celulares que no se pliegan espontáneamente requieren procesamiento por el complejo GroEL/GroES. [Tenga en cuenta que,
durante un ciclo de plegado, el anillo GroEL coronado por GroES se denomina anillo cis. El otro anillo unido, el que aún no ha iniciado un ciclo de
plegamiento
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CAPÍTULO de las interacciones
Aminoácidos, péptidos yhidrófobas
proteínas, de la entrada de la cavidad de uno de los anillos GroEL(ADP)7. El intercambio ADP/ATP convierte
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cavidad en un microambiente hidrófobo expandido que luego atrapa el sustrato de la proteína debajo de una tapa GroES. Posteriormente, la hidrólisis
secuencial de los siete ATP convierte la cavidad en un microambiente hidrófilo, impulsando tanto la formación del estado de glóbulos fundidos del
Las chaperonas moleculares se unen transitoriamente tanto a proteínas nacientes como a proteínas desplegadas (es decir, aquellas desnaturalizadas
Universidad
por condiciones estresantes). Los miembros de la familia hsp70 estabilizan las proteínas nacientes y reactivan algunas del Valle
proteínas de México UVM
desnaturalizadas. El
DnaK es el principal hsp70 bacteriano. Muchas proteínas también requieren complejos de proteínas hsp60 paraAccess
lograr sus conformaciones
Provided by: finales. En
E. coli, las proteínas celulares que no se pliegan espontáneamente requieren procesamiento por el complejo GroEL/GroES. [Tenga en cuenta que,
durante un ciclo de plegado, el anillo GroEL coronado por GroES se denomina anillo cis. El otro anillo unido, el que aún no ha iniciado un ciclo de
plegamiento de proteínas, se llama anillo trans]. Al comienzo de un ciclo de plegamiento, una proteína desplegada (o dominio de proteína) se une
libremente a través de las interacciones hidrófobas de la entrada de la cavidad de uno de los anillos GroEL(ADP)7. El intercambio ADP/ATP convierte la
cavidad en un microambiente hidrófobo expandido que luego atrapa el sustrato de la proteína debajo de una tapa GroES. Posteriormente, la hidrólisis
secuencial de los siete ATP convierte la cavidad en un microambiente hidrófilo, impulsando tanto la formación del estado de glóbulos fundidos del
sustrato proteico como la progresión del proceso de plegamiento. Cuando se han hidrolizado los siete ATP, se restablece la superficie hidrofóbica de
la cavidad y GroES y la proteína recién plegada abandonan el anillo GroEL. Mientras tanto, el anillo transGroEL(ADP)7 ya está comenzando el proceso
de carga, captura y plegado para otra proteína o dominio no plegado.
Enfermedades de Alzheimer y Huntington
Proteínas fibrosas
Las proteínas fibrosas típicamente contienen altas proporciones de estructuras secundarias regulares, como hélices α o láminas plegadas β. Como
consecuencia de sus formas en forma de barra o en forma de lámina, muchas proteínas fibrosas tienen funciones estructurales en lugar de dinámicas.
La queratina (fig. 5.33) es una proteína fibrosa compuesta de láminas de hélices α, mientras que las cadenas de polipéptidos de la fibroína de la
proteína de seda del gusano de seda (fig. 5.34) están dispuestas en láminas plegadas con β antiparalelas. Las características estructurales del
colágeno, la proteína más abundante en los vertebrados, se describen con cierto detalle.
Downloaded
FIGURA 5.33 202437 11:5 A Your IP is 177.228.68.100
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Queratina α. Hill. All Rights Reserved. Terms of Use • Privacy Policy • Notice • Accessibility
Los dominios en forma de barra helicoidales α de dos polipéptidos de queratina forman una espiral enrollada. Dos filas antiparalelas escalonadas de
Las proteínas fibrosas típicamente contienen altas proporciones de estructuras secundarias regulares, como hélices α o láminas plegadas β. Como
consecuencia de sus formas en forma de barra o en forma de lámina, muchas proteínas fibrosas tienen funciones estructurales
Universidad delen lugar
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México UVM
La queratina (fig. 5.33) es una proteína fibrosa compuesta de láminas de hélices α, mientras que las cadenas deAccess
polipéptidos
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de la fibroína de la
proteína de seda del gusano de seda (fig. 5.34) están dispuestas en láminas plegadas con β antiparalelas. Las características estructurales del
colágeno, la proteína más abundante en los vertebrados, se describen con cierto detalle.
FIGURA 5.33
Queratina α.
Los dominios en forma de barra helicoidales α de dos polipéptidos de queratina forman una espiral enrollada. Dos filas antiparalelas escalonadas de
estos dímeros forman un protofilamento superenrollado. Los enlaces de hidrógeno y los puentes disulfuro son las principales interacciones entre las
subunidades. Cientos de filamentos, cada uno con cuatro protofilamentos, forman una macrofibrilla. Cada célula ciliada, también llamada fibra,
contiene varias macrofibrillas. Cada hebra de cabello consta de numerosas células muertas llenas de moléculas de queratina. Además del cabello, las
queratinas también se encuentran en la lana, la piel, los cuernos y las uñas.
FIGURA 5.34
Modelo molecular de la fibroína de seda.
En la fibroína, la proteína fibrosa de seda producida por los gusanos de seda, las cadenas de polipéptidos están dispuestas en conformaciones de
láminas plegadas β antiparalelas completamente extendidas. Tenga en cuenta que los grupos R de alanina en un lado de cada lámina plegada β se
interdigitan con residuos similares en la lámina adyacente. Las fibras de seda (fibroína incrustada en una matriz amorfa) son flexibles porque las
láminas plegadas están unidas laxamente entre sí (principalmente con fuerzas débiles de Van der Waals) y se deslizan unas sobre otras fácilmente.

En la fibroína, la proteína fibrosa de seda producida por los gusanos de seda, las cadenas de polipéptidos están dispuestas en conformaciones de
láminas plegadas β antiparalelas completamente extendidas. Tenga en cuenta que los grupos R de alanina en un lado de cada lámina plegada β se
Access Provided by:
interdigitan con residuos similares en la lámina adyacente. Las fibras de seda (fibroína incrustada en una matriz amorfa) son flexibles porque las
láminas plegadas están unidas laxamente entre sí (principalmente con fuerzas débiles de Van der Waals) y se deslizan unas sobre otras fácilmente.
COLÁGENO. El colágeno se sintetiza en las células del tejido conectivo y luego se secreta en el espacio extracelular para formar parte de la matriz del
tejido conectivo. Las 28 familias principales de moléculas de colágeno incluyen muchas proteínas estrechamente relacionadas que tienen diversas
funciones. Las moléculas de colágeno genéticamente distintas en la piel, los huesos, los tendones, los vasos sanguíneos y las córneas imparten a estas
estructuras muchas de sus propiedades especiales (p. ej., la resistencia a la tracción de los tendones y la transparencia de las córneas).
El colágeno se compone de tres hélices de polipéptidos izquierdos que se tuercen entre sí para formar una triple hélice derecha (fig. 5.35). Las
moléculas de colágeno tipo I, que se encuentran en dientes, huesos, piel y tendones, tienen aproximadamente 300 nm de largo y 1.5 nm de ancho.
Aproximadamente 90% del colágeno que se encuentra en los humanos es de tipo I.
FIGURA 5.35
Fibrillas de colágeno.
Las moléculas de colágeno escalonadas forman bandas observadas en esta imagen de micrografía electrónica. Las estriaciones cruzadas son de
aproximadamente 680 Å separadamente. Cada molécula de colágeno es aproximadamente de 3 000 Å de largo.

Fibrillas de colágeno. Universidad del Valle de México UVM
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Las moléculas de colágeno escalonadas forman bandas observadas en esta imagen de micrografía electrónica. Las estriaciones cruzadas son de
aproximadamente 680 Å separadamente. Cada molécula de colágeno es aproximadamente de 3 000 Å de largo.
La composición de los aminoácidos del colágeno es distintiva. La glicina constituye aproximadamente un tercio de los residuos de los aminoácidos. La
prolina y la 4hidroxiprolina pueden representar hasta 30% de la composición de aminoácidos de una molécula de colágeno. También se producen
pequeñas cantidades de 3hidroxiprolina y 5hidroxilisina. Los residuos específicos de la prolina y la lisina en la secuencia primaria del colágeno se
hidroxilan dentro del ER rugoso después de que se hayan sintetizado los polipéptidos. Estas reacciones, que se analizan en el capítulo 19, requieren
ácido ascórbico (Síntesis de proteínas procariotas).
La secuencia de los aminoácidos del colágeno consiste principalmente en un gran número de tripletes repetidos con la secuencia de Gli─X─Y, en la
que X e Y son a menudo prolina e hidroxiprolina. La hidroxilisina también se encuentra en la posición Y. Los grupos carbohidrato simples a menudo
están unidos al grupo hidroxilo de los residuos de hidroxilisina. Se ha sugerido que los componentes de los carbohidratos del colágeno son
necesarios para la fibrilogénesis, el ensamblaje de las fibras de colágeno en sus ubicaciones extracelulares, como en los tendones y los huesos.
La enzima lisil oxidasa convierte algunos de los grupos secundarios de la lisina y la hidroxilisina en aldehídos a través de la desaminación oxidativa, y
esto facilita la formación espontánea no enzimática de la aldimina fortalecida y los enlaces cruzados del aldol. (Se forma una reticulación aldólica en
una reacción, llamada condensación aldólica, en la cual dos aldehídos forman un enlace aldehído α, β insaturado. En las reacciones de
condensación, se elimina una molécula pequeña, en este caso H2O). También se producen enlaces entre los carbohidratos unidos a la hidroxilisina y el
grupo amino de otros residuos de la lisina y la hidroxilisina en moléculas adyacentes. El aumento de la reticulación con la edad conduce a la fragilidad
y ruptura de las fibras de colágeno que se producen en las personas mayores.
La glicina es prominente en las secuencias de colágeno porque la triple hélice está formada por enlaces de hidrógeno entre cadenas que involucran
los residuos de glicina. Por tanto, cada tercer residuo está en contacto cercano con las otras dos cadenas. La glicina es el único aminoácido con un
grupo R suficientemente pequeño para el espacio disponible. Los grupos R más grandes desestabilizarían la estructura superhélice. La triple hélice se
fortalece aún más por los enlaces de hidrógeno entre los polipéptidos (causados principalmente por la gran cantidad de residuos de hidroxiprolina) y
los enlaces de202437
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Yourestabilizan las matrices ordenadas de triples hélices en la fibrilla del colágeno final.
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PREGUNTA 5.10
y ruptura de las fibras de colágeno que se producen en las personas mayores.
La glicina es prominente en las secuencias de colágeno porque la triple hélice está formada por enlaces de hidrógeno entre cadenas que involucran
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los residuos de glicina. Por tanto, cada tercer residuo está en contacto cercano con las otras dos cadenas. La glicina es el único aminoácido con un
grupo R suficientemente pequeño para el espacio disponible. Los grupos R más grandes desestabilizarían la estructura superhélice. La triple hélice se
fortalece aún más por los enlaces de hidrógeno entre los polipéptidos (causados principalmente por la gran cantidad de residuos de hidroxiprolina) y
los enlaces de lisinonorleucina que estabilizan las matrices ordenadas de triples hélices en la fibrilla del colágeno final.
PREGUNTA 5.10
Los enlaces cruzados covalentes contribuyen a la fuerza del colágeno. La primera reacción en la formación de los enlaces cruzados es catalizada
por la enzima lisil oxidasa que contiene cobre, que convierte los residuos de lisina en aldehído alisina:
La alisina luego reacciona con otros grupos aldehído o amino de cadena lateral para formar enlaces cruzados. Por ejemplo, dos residuos de alisina
reaccionan para formar un producto aldol con enlace cruzado:
El latirismo es una enfermedad de humanos y animales domésticos causada por el consumo de varias especies del género de plantas Lathyrus. Las
semillas de Lathyrus odoratus contienen una toxina (aminopropionitrilo β) que inactiva la lisil oxidasa. Considere la abundancia de colágeno en los
tejidos dentro de los cuerpos de los animales y sugiera algunos síntomas probables de esta enfermedad.
Ver respuestas
Latirismo
Proteínas globulares
Las funciones biológicas de las proteínas globulares generalmente implican la unión precisa de ligandos pequeños o macromoléculas grandes como
los ácidos nucleicos u otras proteínas. Cada proteína posee una o más cavidades o hendiduras únicas cuya estructura es complementaria a un ligando
específico. Después de la unión del ligando, se produce un cambio conformacional en la proteína que está vinculada a un evento bioquímico. Por
ejemplo, la unión
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Las proteínas de Hill.
unión AllalRights Reserved.
oxígeno, mioglobina Terms of Use • Privacy
y hemoglobina, Policy • Notice
son ejemplos • Accessibility
interesantes y bien investigados de proteínas globulares. Ambas son
miembros de las hemoproteínas, un grupo especializado de proteínas que contienen el grupo protésico hemo. Aunque el grupo hemo (fig. 5.36) en
ambas proteínas es responsable de la unión reversible del oxígeno molecular, las funciones fisiológicas de la mioglobina y la hemoglobina son
Proteínas globulares
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Las funciones biológicas de las proteínas globulares generalmente implican la unión precisa de ligandos pequeños o macromoléculas grandes como
los ácidos nucleicos u otras proteínas. Cada proteína posee una o más cavidades o hendiduras únicas cuya estructura es complementaria a un ligando
específico. Después de la unión del ligando, se produce un cambio conformacional en la proteína que está vinculada a un evento bioquímico. Por
ejemplo, la unión de ATP a la miosina en las células musculares es un evento crítico en la contracción muscular.
Las proteínas de unión al oxígeno, mioglobina y hemoglobina, son ejemplos interesantes y bien investigados de proteínas globulares. Ambas son
miembros de las hemoproteínas, un grupo especializado de proteínas que contienen el grupo protésico hemo. Aunque el grupo hemo (fig. 5.36) en
ambas proteínas es responsable de la unión reversible del oxígeno molecular, las funciones fisiológicas de la mioglobina y la hemoglobina son
significativamente diferentes. Las propiedades químicas del hemo dependen del ion Fe2+ en el centro del grupo protésico del hemo. El Fe2+, que forma
seis enlaces coordinados, está unido a los cuatro nitrógenos en el centro del anillo de protoporfirina. Hay otros dos enlaces coordinados disponibles,
uno a cada lado de la estructura plana del hemo. En la mioglobina y la hemoglobina, el quinto enlace de coordinación es para el átomo de nitrógeno
en un residuo de histidina, y el sexto enlace de coordinación está disponible para unir el oxígeno. Además de servir como depósito de oxígeno dentro
de las células musculares, la mioglobina también facilita la difusión intracelular del oxígeno. El papel de la hemoglobina, la proteína primaria de los
eritrocitos, es entregar oxígeno a las células de todo el cuerpo. Una comparación de las estructuras de estas dos proteínas ilustra varios principios
importantes de la estructura, función y regulación de la proteína.
FIGURA 5.36
Hemo.
El hemo consiste en un anillo de porfirina (compuesto por cuatro pirroles) con Fe2+ en el centro.
MIOGLOBINA. La mioglobina, que se encuentra en alta concentración en el músculo estriado y cardiaco, les da a estos tejidos su color rojo
característico. Los músculos de los mamíferos que se zambullen, como las ballenas, que permanecen sumergidos durante largos periodos, tienen
concentraciones de mioglobina excepcionalmente altas. Como resultado, sus músculos son típicamente marrones. El componente proteico de la
mioglobina, llamada globina, es una cadena de un solo polipéptido que contiene ocho segmentos de hélice α (fig. 5.37). La cadena de globina
plegada forma una hendidura que encierra casi por completo un grupo hemo. Las interacciones no covalentes entre las cadenas laterales de
aminoácidos y el anillo de porfirina no polar dentro de la hendidura de unión al oxígeno de la mioglobina disminuyen la afinidad del hemo por el O2.
La afinidad disminuida protege al Fe2+ de la oxidación y permite la unión reversible del O2. Todos los aminoácidos que interactúan con el grupo hemo
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de las cuales (la histidina proximal) se une directamente al hierro (fig. 5.38). La otra (la histidina distal)
estabiliza el sitio Hill.
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• Notice que es responsable de la unión reversible del oxígeno ya que
• Accessibility
el hemo libre [Fe2+] tiene una alta afinidad por el O2 y se oxida irreversiblemente para formar hematina [Fe3+], que no puede unirse al O2.
característico. Los músculos de los mamíferos que se zambullen, como las ballenas, que permanecen sumergidos durante largos periodos, tienen
concentraciones de mioglobina excepcionalmente altas. Como resultado, sus músculos son típicamente marrones. El componente
Universidad proteico
del Valle de la UVM
de México
mioglobina, llamada globina, es una cadena de un solo polipéptido que contiene ocho segmentos de hélice α (fig. 5.37).
Access Laby:
Provided cadena de globina
plegada forma una hendidura que encierra casi por completo un grupo hemo. Las interacciones no covalentes entre las cadenas laterales de
aminoácidos y el anillo de porfirina no polar dentro de la hendidura de unión al oxígeno de la mioglobina disminuyen la afinidad del hemo por el O2.
La afinidad disminuida protege al Fe2+ de la oxidación y permite la unión reversible del O2. Todos los aminoácidos que interactúan con el grupo hemo
son no polares, excepto dos histidinas, una de las cuales (la histidina proximal) se une directamente al hierro (fig. 5.38). La otra (la histidina distal)
estabiliza el sitio de unión al oxígeno. Es el pliegue de la globina dentro de la mioglobina, que es responsable de la unión reversible del oxígeno ya que
el hemo libre [Fe2+] tiene una alta afinidad por el O2 y se oxida irreversiblemente para formar hematina [Fe3+], que no puede unirse al O2.
FIGURA 5.37
Mioglobina.
Con la excepción de los grupos de la cadena lateral de dos residuos de histidina, sólo se muestran los átomos de carbono α del polipéptido de globina.
Las ocho hélices de la mioglobina se designan de la A a la H. El grupo hemo tiene un átomo de hierro que se une de forma reversible con el oxígeno.
Para mejorar la claridad, se ha desplazado una de las cadenas laterales del ácido propiónico del hemo.
FIGURA 5.38
El sitio de unión al oxígeno del hemo creado por una cadena de globina plegada.

FIGURA 5.38
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El sitio de unión al oxígeno del hemo creado por una cadena de globina plegada.
La curva de disociación del oxígeno de la mioglobina (fig. 5.39) es hiperbólica donde la afinidad por el O2 es alta y la saturación del O2 ocurre a
presiones parciales muy bajas de O2 (pO2). Esto refleja su estructura como una proteína de subunidad única y su papel como una proteína de
almacenamiento de O2 en el tejido muscular. La mioglobina cede su O2 sólo cuando la concentración de oxígeno de la célula muscular es muy baja (es
decir, durante el ejercicio extenuante).
FIGURA 5.39
Las curvas de disociación miden la afinidad de la hemoglobina (línea roja) y la mioglobina (línea amarilla) para el oxígeno.
La sangre arterial, enriquecida en O2, la entrega a los tejidos. La sangre venosa, proveniente de los tejidos, es baja en O2.

FIGURA 5.39

Las curvas de disociación miden la afinidad de la hemoglobina (línea roja) y la mioglobina (línea amarilla) para el oxígeno.
Access Provided by:
La sangre arterial, enriquecida en O2, la entrega a los tejidos. La sangre venosa, proveniente de los tejidos, es baja en O2.
HEMOGLOBINA. La hemoglobina es una molécula aproximadamente esférica que se encuentra en los eritrocitos, donde su función principal es
transportar oxígeno de los pulmones a todos los tejidos del cuerpo. La molécula de HbA (fig. 5.40) se designa como α2β2 (HbA2 es una variante
designada como α2δ2). Antes del nacimiento, se producen otras variantes de las cadenas β : ε en la vida embrionaria y γ en el feto. Debido a que las
hemoglobinas α2ε2 y α2γ2 tienen mayores afinidades por el O2 que α2β2, el feto puede absorber preferentemente oxígeno del torrente sanguíneo
materno.
FIGURA 5.40
Estructura de la hemoglobina.
La proteína HbA contiene cuatro subunidades, designadas α y β. Cada subunidad contiene un grupo hemo que se une reversiblemente con el oxígeno.
Las cuatro cadenas de HbA están dispuestas en dos dímeros αβ idénticos. Cada cadena de globina tiene una hendidura de unión al hemo similar al de
la mioglobina. Mientras que la mioglobina muestra una cinética de unión al O2 hiperbólica, la hemoglobina muestra una curva sigmoidea sugestiva de
unión cooperativa (la unión del ligando por una subunidad afecta el comportamiento de la unión de otras subunidades) y alostérica (unión de
ligando afectada por moléculas efectoras). (La cooperatividad y la regulación alostérica se describen en el capítulo 6). Cuando la hemoglobina se
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oxigena, los puentes 11:5 específicos
salinos A Your IP is 177.228.68.100
y los enlaces de hidrógeno entre los dímeros αβ se rompen, y los dímeros se deslizan entre sí y giran 15° entre
sí (fig. 5.41). La conformación desoxigenada
©2024 McGraw Hill. All Rights Reserved. Terms (desoxiHb)
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denomina estado
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• Notice , y la conformación oxigenada (oxiHb) se denomina estado
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R(elajado). El reajuste inducido por el oxígeno en los contactos interdímeros es casi simultáneo. En otras palabras, un cambio conformacional en una
subunidad (es decir, la unión de una molécula de oxígeno) se propaga rápidamente a las otras subunidades, lo que resulta en una mayor unión del O2.
Las cuatro cadenas de HbA están dispuestas en dos dímeros αβ idénticos. Cada cadena de globina tiene una hendidura de unión
Access Provided by: al hemo similar al de
la mioglobina. Mientras que la mioglobina muestra una cinética de unión al O2 hiperbólica, la hemoglobina muestra una curva sigmoidea sugestiva de
unión cooperativa (la unión del ligando por una subunidad afecta el comportamiento de la unión de otras subunidades) y alostérica (unión de
ligando afectada por moléculas efectoras). (La cooperatividad y la regulación alostérica se describen en el capítulo 6). Cuando la hemoglobina se
oxigena, los puentes salinos específicos y los enlaces de hidrógeno entre los dímeros αβ se rompen, y los dímeros se deslizan entre sí y giran 15° entre
sí (fig. 5.41). La conformación desoxigenada (desoxiHb) se denomina estado T(enso), y la conformación oxigenada (oxiHb) se denomina estado
R(elajado). El reajuste inducido por el oxígeno en los contactos interdímeros es casi simultáneo. En otras palabras, un cambio conformacional en una
subunidad (es decir, la unión de una molécula de oxígeno) se propaga rápidamente a las otras subunidades, lo que resulta en una mayor unión del O2.
En consecuencia, la hemoglobina alterna entre dos conformaciones estables, los estados T y R.
FIGURA 5.41
La transición alostérica de la hemoglobina.
Cuando la hemoglobina se oxigena, los dímeros α1β1 y α2β2 se deslizan uno al lado del otro y rotan 15°.
La curva de disociación del oxígeno de la hemoglobina (fig. 5.39) tiene una forma sigmoidea debido a las transiciones de T a R. Cuando una molécula
de oxígeno se une a una subunidad en el estado T de baja afinidad, esa subunidad cambia a la configuración de alta afinidad (estado R) e induce
cambios en la conformación en las tres subunidades restantes. Las moléculas de oxígeno posteriores se unen con alta afinidad. Este cambio en las
propiedades de unión, llamado unión cooperativa, da como resultado un cambio de las formas conformacionales de hemoglobina T a R. En los
pulmones donde la pO2 es alta y el pH es alto, la hemoglobina se satura rápidamente (se convierte al estado R). La hemoglobina también se une al
óxido nítrico (NO) (Neurotransmisores), producido por las células endoteliales vasculares en los pulmones, a través de los grupos tiol en las cadenas
de la globina. El NO se transporta junto con el oxígeno a los tejidos en los que se acumula CO2 y H+, los productos del metabolismo. En los tejidos
donde la pO2 es baja, la concentración de CO2 es más alta y el pH es más bajo que en los pulmones, la hemoglobina libera O2 y NO. El NO se transporta
fuera del eritrocito a través del intercambiador de aniones AE1 (Estructura de la membrana) al torrente sanguíneo, donde actúa como un
vasodilatador, lo que aumenta el flujo sanguíneo al tejido objetivo. El O2 se libera como resultado de los cambios conformacionales inducidos por los
protones en la molécula de Hb. Los grupos amino α de las cadenas de globina están carbamoilados (unidos al CO2), estabilizando el estado T para el
retorno a los pulmones.
El efecto Bohr describe la estabilización del estado T y la descarga de O2 cuando el pH disminuye ([H+] aumenta). El tejido metabólicamente activo
produce grandes cantidades de CO2, que forma HCO3− y H+ en la sangre. La protonación de las subunidades de Hb reduce la estabilización del puente
salino entre los dímeros de Hb e induce una transición del estado R a estado T que facilita la descarga de O2 y NO.
El 2,3bisfosfoglicerato (BPG, bisphosphoglycerate), un intermediario de la glucólisis (descomposición de la glucosa), se une y estabiliza el estado T,
aumentando la cantidad de O2 que se descarga en el tejido (fig. 5.42). Aunque la mayoría de las células contienen sólo pequeñas cantidades de BPG,
los eritrocitos y el cerebro generan una cantidad considerable. El BPG se une al estado T porque una cavidad revestida con cadenas laterales de
residuos de aminoácidos cargados positivamente está expuesta en esta conformación. ¿Porque es esto importante? El BPG estabiliza la desoxiHb,
proporcionando así un mecanismo para aumentar la descarga de O2 cuando la demanda de energía es alta.
FIGURA 5.42
El efecto
©2024 del 2,3bisfosfoglicerato
McGraw (BPG,
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of Use • Privacy Policy afinidad entre el oxígeno y la hemoglobina.
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En ausencia de BPG (–BPG), la hemoglobina tiene una alta afinidad por el O2; donde BPG está presente y se une a la hemoglobina (+BPG), disminuye su
aumentando la cantidad de O2 que se descarga en el tejido (fig. 5.42). Aunque la mayoría de las células contienen sólo pequeñas cantidades de BPG,
los eritrocitos y el cerebro generan una cantidad considerable. El BPG se une al estado T porque una cavidad revestida con cadenas
Universidad laterales
del Valle de UVM
de México
residuos de aminoácidos cargados positivamente está expuesta en esta conformación. ¿Porque es esto importante? AccessEl BPG estabiliza
Provided by: la desoxiHb,
proporcionando así un mecanismo para aumentar la descarga de O2 cuando la demanda de energía es alta.
FIGURA 5.42
El efecto del 2,3bisfosfoglicerato (BPG, bisphosphoglycerate) en la afinidad entre el oxígeno y la hemoglobina.
En ausencia de BPG (–BPG), la hemoglobina tiene una alta afinidad por el O2; donde BPG está presente y se une a la hemoglobina (+BPG), disminuye su
afinidad por el O2.
En los pulmones, el proceso se invierte. Una alta concentración de oxígeno impulsa la conversión de la configuración desoxiHb a la de oxiHb. El cambio
en la estructura tridimensional de la proteína iniciada por la unión de la primera molécula de oxígeno libera CO2, H+ y BPG unidos. El H+ se recombina
con HCO3– para formar ácido carbónico, que luego se disocia para formar CO2 y H2O. Luego, el CO2 se difunde desde la sangre hacia los alvéolos y
luego se exhala.
CONCEPTOS CLAVE
La función proteica globular generalmente implica la unión a ligandos pequeños o a otras macromoléculas.
Las propiedades de unión al oxígeno de la mioglobina y la hemoglobina están determinadas en parte por el número de subunidades que
contienen.
El monóxido de carbono (CO) es un inhibitorio competitivo de la hemoglobina porque se une a la hemoglobina con una afinidad 250 veces mayor que
la del O2. El cianuro (CN−) y el NO también inhiben el transporte de O2, pero a una concentración más alta que el CO. La HbCO tiene un color rojo
brillante, por lo que la piel rojo cereza es un síntoma de intoxicación por CO. Además, cualquier producto químico que oxida el Fe2+ da como resultado
la formación de Fe3+Hb o metahemoglobina que no se une al O2, aunque el estado de la oxidación del hierro en la oxiHb es cercano a 3. El electrón
adicional en el Fe2+ se requiere para coordinar con un electrón no apareado en la molécula de O2 para generar oxiHb.
PREGUNTA 5.11
La hemoglobina fetal se une a BPG en menor medida que la HbA porque His 143 en la hendidura de unión de BPG en globina β ha sido reemplazado
por un residuo
CAPÍTULO de serina en globina
5: Aminoácidos, péptidosγ.yComo resultado de la pérdida de dos cargas positivas (una para cada una de las globinas γ), la hendidura
proteínas, Page 62de
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avidez. ¿Cuáles sonoflas
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consecuencias • Notice
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fenómeno para la madre y el feto?
Ver respuestas
brillante, por lo que la piel rojo cereza es un síntoma de intoxicación por CO. Además, cualquier producto químico que oxida el Fe2+ da como resultado
la formación de Fe3+Hb o metahemoglobina que no se une al O2, aunque el estado de la oxidación del hierro en Access
la oxiHb es cercano a 3. El electrón
Provided by:
adicional en el Fe2+ se requiere para coordinar con un electrón no apareado en la molécula de O2 para generar oxiHb.
PREGUNTA 5.11
La hemoglobina fetal se une a BPG en menor medida que la HbA porque His 143 en la hendidura de unión de BPG en globina β ha sido reemplazado
por un residuo de serina en globina γ. Como resultado de la pérdida de dos cargas positivas (una para cada una de las globinas γ), la hendidura de
unión se une a BPG con menos avidez. ¿Cuáles son las consecuencias de este fenómeno para la madre y el feto?
Ver respuestas
PREGUNTA 5.12
La mioglobina almacena O2 en el tejido muscular para ser utilizado por las mitocondrias sólo cuando la célula tiene una deuda de oxígeno, mientras
que la hemoglobina puede transportar de manera eficaz O2 desde los pulmones y entregarlo de manera discriminatoria a las células que necesitan
O2. Describa las características estructurales que permiten que estas dos proteínas cumplan funciones separadas.
Ver respuestas
Bioquímica EN PERSPECTIVA
Seda de araña y biomimética
¿Qué propiedades de la seda de araña la han convertido en objeto de investigación por valor de cientos de millones de dólares? La araña de la
telaraña dorada de Madagascar (Nephila madagascariensis) es una araña grande (longitud = 12.7 cm o 5 pulgadas) que se llama así debido a su seda
amarilla brillante. En un esfuerzo reciente y sorprendente, dos hombres de negocios de Madagascar supervisaron la creación de un tapiz de seda de
araña brocado tejido a mano de 11 pies. La gran cantidad de seda requerida en este esfuerzo se obtuvo literalmente aprovechando miles de arañas
de telaraña. (Después de tirar suavemente de la seda dragalina, se liberaron las arañas). La fibra de seda utilizada en el proceso de tejido se retorció
en hilo de 96 capas. Sorprendentemente, cuando el tapiz de Madagascar estaba en exhibición en un museo de Nueva York, los propietarios
desafiaron a un espectador a romper un hilo en una de las borlas. Incapaz de hacerlo, comparó su fuerza con la de una cadena de bloqueo de
bicicleta.
La seda de araña biodegradable y ligera es preferible a las fibras artificiales para una variedad de aplicaciones, como componentes artificiales de
tendones y ligamentos, hilo quirúrgico (p. ej., suturas oculares) y armaduras livianas (p. ej., chalecos antibalas y cascos). Esta fibra es deseable no
sólo por sus notables propiedades mecánicas, sino también porque las arañas la producen a temperatura y presión ambiente con agua como
disolvente. En contraste, el Kevlar, un polímero de aramida (amida aromática) derivado del petróleo, se sintetiza al forzar una mezcla casi hirviendo
de monómeros disueltos en ácido sulfúrico a través de los pequeños orificios de una hilera industrial (un dispositivo multipolar utilizado para
convertir un polímero en fibras individuales). Sin embargo, a pesar del enorme esfuerzo y millones de dólares de inversión, la mayoría de las
aplicaciones de la seda de araña no se han materializado por la simple razón de que no hay una fuente adecuada. La solución obvia sería la cría de
arañas, similar a la práctica de más de 5 000 años (originaria de China) de cultivar la polilla del gusano de seda domesticado (Bombyx mori).
Desafortunadamente, la seda del gusano de seda es menos resistente y elástica que la seda de la araña, y el cultivo de la araña de seda no es
comercialmente factible porque las arañas son caníbales. (En espacios cerrados, estos organismos agresivos se comen entre sí). Manejar cada una
de las miles de arañas por separado también es inviable debido a su costo. (La creación del tapiz de Madagascar costó 500 000 dólares).
Una estrategia alternativa para producir seda de araña artificial es la síntesis industrial biomimética. La biomimética resuelve problemas de
ingeniería emulando procesos biológicos como el hilado de la seda de araña. Desafortunadamente, sin embargo, el éxito ha sido limitado. Por
ejemplo, los intentos de utilizar la tecnología del ADN recombinante para sintetizar seda de araña insertando genes de seda en las bacterias y luego
recuperando las proteínas de la seda han sido decepcionantes por una variedad de razones (p. ej., altos costos y uso de solventes tóxicos). Ha
habido un éxito limitado con las cabras transgénicas, animales en los que se ha insertado un gen de proteína de seda de araña. Los esfuerzos para
hilar la proteína de seda de cabra, purificada de la leche animal, dieron como resultado fibras que tenían propiedades mecánicas inferiores con
diámetros (10–60 μm) que eran considerablemente más gruesas que las de la seda de araña natural (2.5–5 μm). Sin embargo, los esfuerzos de
investigación202437
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logro del objetivo de los ingenieros industriales valdría la pena la inversión: la seda de araña artificial
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biodegradable péptidos
y ambientalmente segura ofrecerá una alternativa atractiva a las fibras a base de petróleo. A lo largo de este esfuerzo, losPage
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científicos
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probarán más la estructura de la seda de araña y el proceso de hilatura biológica. • Accessibility
Estructura de la seda de araña

ejemplo, los intentos de utilizar la tecnología del ADN recombinante para sintetizar seda de araña insertando genes de seda en las bacterias y luego
recuperando las proteínas de la seda han sido decepcionantes por una variedad de razones (p. ej., altos costos y uso de solventes tóxicos). Ha
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habido un éxito limitado con las cabras transgénicas, animales en los que se ha insertado un gen de proteína de seda de araña. Los esfuerzos para
hilar la proteína de seda de cabra, purificada de la leche animal, dieron como resultado fibras que tenían propiedades mecánicas inferiores con
diámetros (10–60 μm) que eran considerablemente más gruesas que las de la seda de araña natural (2.5–5 μm). Sin embargo, los esfuerzos de
investigación continúan porque con el logro del objetivo de los ingenieros industriales valdría la pena la inversión: la seda de araña artificial
biodegradable y ambientalmente segura ofrecerá una alternativa atractiva a las fibras a base de petróleo. A lo largo de este esfuerzo, los científicos
probarán más la estructura de la seda de araña y el proceso de hilatura biológica.
Estructura de la seda de araña
La seda dragalina está compuesta de dos proteínas, espidroína 1 y espidroína 2, que tienen masas moleculares que oscilan entre 200 y 350 kDa. La
composición de los aminoácidos de la espidroína es distintiva porque la mayoría de los residuos son glicina (42%) y alanina (25%), con cantidades
más pequeñas de aminoácidos con cadenas laterales más voluminosas (Arg, Tir, Gln, Ser, Leu y Pro). Ambas proteínas de espidroína contienen dos
tipos principales de unidades repetitivas: secuencias de polialanina (5 a 10 residuos) y motivos enriquecidos con glicina como poliGliAla,
GliProGliGliX (donde X es a menudo Gln) y GliGliX (donde X puede ser varios aminoácidos). En la proteína de seda madura las secuencias de
polialanina y poliGliAla forman láminas plegadas β antiparalelas, las estructuras microcristalinas que le dan a la seda su resistencia a la tracción
(fig. 5A). Las láminas plegadas en β están conectadas por secuencias enriquecidas con glicina que forman bobinas aleatorias, espirales β (similares
a las vueltas β) y estructuras helicoidales GliGliX que juntas constituyen una matriz amorfa y elástica.
Ensamblaje de fibra de seda de araña
La producción de fibra de seda de araña dragalina brinda una rara oportunidad de observar el plegamiento de proteínas como ocurre en un
organismo vivo. El proceso de hilado (fig. 5B) comienza en la glándula ampulada en el abdomen de la araña, donde las células epiteliales secretan
espidroína en la luz de la glándula. La proteína de seda, denominada materia prima de seda o droga, está altamente concentrada (hasta 50%). En
esta etapa, la conformación globular de la espidroína (aproximadamente 30% de hélices α) asegura su solubilidad en agua y evita la agregación. La
materia prima de la seda se exprime a través de la glándula ampulada y el embudo estrecho que se conecta al conducto hilador. Aquí la droga que
fluye comienza a asumir las propiedades de un líquido cristalino a medida que los ejes largos de las moléculas de proteína son forzados a una
orientación paralela. El conducto hilador cónico en forma de S tiene tres segmentos. A medida que la proteína se mueve a través de los segmentos,
se forma un polímero de seda naciente como resultado del aumento de la tensión de corte (fuerza aplicada por la pared paralela del conducto) y
varios cambios en el entorno bioquímico. Dentro del conducto, se extraen Na+ y Cl–, y se bombean fosfato y K+. Se cree que un aumento en la
relación K+:Na+, combinado con la secreción de fosfato y H+, causa la conversión de conformaciones helicoidales α a láminas plegadas β. Al
principio, orientadas aleatoriamente, las láminas plegadas β finalmente son forzadas a una alineación paralela con el eje largo del filamento. En el
tercer segmento del conducto, las células epiteliales bombean grandes cantidades de agua, liberadas de la proteína de seda a medida que
aumentan las interacciones hidrofóbicas. Se cree que la válvula al final del conducto actúa como una abrazadera que sujeta la seda y como un
medio para reiniciar el proceso de hilado si la seda se rompe. El polímero de seda luego ingresa a una de las numerosas válvulas dentro de una
hilera (fig. 5C). A medida que emerge el filamento de seda y el agua restante se evapora, se solidifica. Los filamentos de las numerosas válvulas se
envuelven entre sí para formar una fibra tipo cable. El diámetro y la resistencia de la fibra dependen de la tensión muscular dentro de la válvula de la
hilera y de la rapidez con que la araña la extrae.
RESUMEN La seda de araña biodegradable, ligera y resistente tiene una enorme cantidad de aplicaciones potenciales. Intensos, y aún sin éxito, los
esfuerzos de investigación se han centrado en duplicar el proceso natural por el cual las arañas producen esta fibra notable.
FIGURA 5A
Vista esquemática de un segmento de filamento de seda de araña.
La estructura de la seda de araña no se conoce con precisión. Se sabe que dos tipos de láminas plegadas β (altamente ordenadas y menos ordenadas)
son responsables de la resistencia de la seda de araña. Están unidas entre sí por secuencias de polipéptidos que forman la espiral aleatoria, las hélices
izquierdas y las espirales β que proporcionan elasticidad. Las sedas difieren en su hoja plegada β y su contenido de espirales aleatorias. Por ejemplo,
la seda dragalina tiene un mayor contenido de lámina plegada β que la seda capturada.

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FIGURA 5B
Procesamiento de seda dragalina de araña.
Después de que las espidroínas se secretan en la luz de la glándula ampulada principal, se mueven hacia el embudo, donde salen al comienzo del
conducto hilador. Como resultado de la fuerza de cizallamiento y otras fuerzas (p. ej., constricción de la pared de la glándula ampulada y sacar la fibra
de seda de la hilera por la araña), las espidroínas de la materia prima de la seda se comprimen y se obligan a alinearse a lo largo de su eje longitudinal.
A medida que el polímero de seda avanza por el conducto cónico, los cambios bioquímicos (p. ej., en las concentraciones de Na+, K+ y H+) provocan la
conversión de las hélices α en láminas plegadas hidrófobas que expulsan H2O. Después de pasar a través de la válvula, el polímero es forzado a través
de una de varias espitas. Varios filamentos emergentes se retuercen para formar una fibra de seda que la araña saca de la hilera.
FIGURA 5C
Ilustración de las espitas del hilador de seda de una hilera de arañas.
Tenga en cuenta que los filamentos emergentes se retuercen para formar una fibra.

FIGURA 5C

Ilustración de las espitas del hilador de seda de una hilera de arañas. Access Provided by:
Tenga en cuenta que los filamentos emergentes se retuercen para formar una fibra.
MÉTODOS BIOQUÍMICOS
Tecnología de proteínas
Los organismos vivos producen una sorprendente variedad de proteínas. En consecuencia, no es sorprendente que se haya dedicado tiempo,
esfuerzo y financiación considerables para investigar sus propiedades. Desde que Frederick Sanger determinó la secuencia de los aminoácidos de
la insulina bovina en 1953, se han dilucidado las estructuras de varios miles de proteínas.
A diferencia de los 10 años requeridos para la insulina, las tecnologías actuales permiten la determinación de la secuencia de las proteínas en pocos
días por espectrometría de masas. La secuencia de los aminoácidos de una proteína también puede generarse a partir de su secuencia de
codificación de ADN o ARNm si esta información está disponible. Después de una breve revisión de los métodos de purificación de proteínas, se
describe la espectrometría de masas. Un método más antiguo para determinar la secuencia primaria de los polipéptidos, es el método de
degradación de Edman. Tenga en cuenta que todas las técnicas para aislar, purificar y caracterizar las proteínas explotan las diferencias en carga,
peso molecular y afinidades de unión. Muchas de estas tecnologías se aplican a la investigación de otras biomoléculas. X
Purificación
El análisis de las proteínas comienza con el aislamiento y la purificación. La extracción de una proteína requiere la alteración celular y la
homogeneización (véase “Métodos bioquímicos: Tecnología celular” en el capítulo 2). Este proceso a menudo es seguido por centrifugación
diferencial y, si la proteína es un componente de un organelo, por centrifugación en gradiente de densidad. Después de obtener la fracción que
contiene las proteínas, se pueden usar varios métodos relativamente rudimentarios para mejorar la purificación. En la precipitación salina, se usan
altas concentraciones de sales como el sulfato de amonio [(NH4)2SO4] para precipitar las proteínas. Debido a que cada proteína tiene un punto de
precipitación
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en su extracción. La diálisis (fig. 5D) se usa rutinariamente para eliminar impurezas de bajo peso molecular, como sales, solventes y detergentes.
Purificación
El análisis de las proteínas comienza con el aislamiento y la purificación. La extracción de una proteína requiereUniversidad
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homogeneización (véase “Métodos bioquímicos: Tecnología celular” en el capítulo 2). Este proceso a menudo es seguido
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diferencial y, si la proteína es un componente de un organelo, por centrifugación en gradiente de densidad. Después de obtener la fracción que
contiene las proteínas, se pueden usar varios métodos relativamente rudimentarios para mejorar la purificación. En la precipitación salina, se usan
altas concentraciones de sales como el sulfato de amonio [(NH4)2SO4] para precipitar las proteínas. Debido a que cada proteína tiene un punto de
precipitación salina característico, esta técnica elimina muchas impurezas. (Las proteínas no deseadas que permanecen en la solución se descartan
cuando se decanta el líquido). Cuando las proteínas se unen fuertemente a la membrana, los solventes o detergentes orgánicos a menudo ayudan
en su extracción. La diálisis (fig. 5D) se usa rutinariamente para eliminar impurezas de bajo peso molecular, como sales, solventes y detergentes.
A medida que una muestra de proteína se vuelve progresivamente más pura, se utilizan métodos más sofisticados para lograr una mayor
purificación. Entre las técnicas más utilizadas se encuentran la cromatografía y la electroforesis.
Cromatografía
Originalmente diseñada para separar sustancias de bajo peso molecular, como azúcares y aminoácidos, la cromatografía se ha convertido en una
herramienta invaluable en la purificación de las proteínas. Se utiliza una amplia variedad de técnicas cromatográficas para separar mezclas de
proteínas con base a las propiedades moleculares como el tamaño, la forma y el peso o ciertas afinidades de unión. A menudo, se deben utilizar
varias técnicas secuencialmente para obtener una proteína demostrablemente pura.
En todos los métodos cromatográficos, la mezcla de proteínas se disuelve en un líquido conocido como fase móvil. A medida que las moléculas de
proteína pasan a través de la fase estacionaria (una matriz sólida), se separan entre sí porque están distribuidas de manera diferente entre las
dos fases. El movimiento relativo de cada molécula resulta de su capacidad de permanecer asociada con la fase estacionaria mientras la fase móvil
continúa fluyendo.
Tres métodos cromatográficos utilizados comúnmente en la purificación de las proteínas son la cromatografía de filtración en gel, la cromatografía
de intercambio iónico y la cromatografía de afinidad. La cromatografía de filtración en gel (fig. 5E) es una forma de cromatografía de exclusión
por tamaño en la que las partículas en una solución acuosa fluyen a través de una columna (un tubo hueco) llena de gel y se separan según el
tamaño. Se excluyen las moléculas que son más grandes que los poros del gel y, por tanto, se mueven rápidamente por la columna. Las moléculas
que son más pequeñas que los poros del gel se difunden dentro y fuera de los poros, retrasando así su movimiento a través de la columna. Las
diferencias en las tasas del movimiento de las partículas separan la mezcla de proteínas en bandas, que luego se recogen por separado.
La cromatografía de intercambio iónico separa las proteínas en función de su carga. Las resinas de intercambio aniónico, que consisten en
materiales con carga positiva, se unen de forma reversible con los grupos con carga negativa de una proteína. Del mismo modo, las resinas de
intercambio catiónico se unen a grupos con carga positiva. Una vez que se han eliminado las proteínas que no se unen a la resina, la proteína de
interés se recupera mediante un cambio apropiado en el pH del disolvente (que altera la carga neta de la proteína) y/o la concentración de sal.
La cromatografía de afinidad es un método eficiente de purificación de proteínas que aprovecha las propiedades biológicas únicas de las
proteínas. Es decir, utiliza una afinidad de unión no covalente reversible entre una proteína específica y una molécula especial (el ligando). El
ligando se une covalentemente a una matriz insoluble, que se coloca en una columna. Después de que las moléculas de proteína no ligantes han
pasado a través de la columna, la proteína de interés se elimina al alterar las condiciones que afectan la unión del ligando de la proteína (es decir, el
pH o la concentración de sal). La cromatografía de afinidad se usa comúnmente en la purificación de proteínas recombinantes. (Una proteína
recombinante se produce en un organismo hospedero mediante la transcripción de una secuencia de ADN recombinante [Genómica], seguida de la
traducción). La proteína recombinante es típicamente una proteína de fusión que contiene una etiqueta de afinidad como GST (glutatiónS
transferasa; véase Glutatión) que se injerta en el terminal N o C de la proteína de interés. GST es una proteína pequeña (26 kDa) que tiene una alta
afinidad de unión por GSH (Glutatión). Cuando una mezcla de proteínas se mezcla con las perlas con GSH unido, la proteína de fusión GST se unirá
a las perlas. Después de que las perlas se lavan suavemente para eliminar otras proteínas, las perlas se lavan con GSH libre, lo que provoca el
desprendimiento de la proteína de fusión. La proteína de interés se recupera mediante la hidrólisis catalizada por enzimas de un sitio específico
entre la proteína de interés y la etiqueta GST.
La cromatografía líquida de alta resolución (HPLC, highperformance liquid chromatography) es un método extremadamente sensible que utiliza
un solvente líquido presurizado que contiene una mezcla de la muestra a través de una columna llena de un material absorbente para separar e
identificar componentes. Se usan varias formas de HPLC en el análisis de las proteínas. Los ejemplos incluyen intercambio de iones y cromatografía
de bioafinidad. La HPLC a menudo se usa en asociación con la espectrometría de masas (Proteínas globulares).
Electroforesis
Como las proteínas tienen carga eléctrica, se mueven en un campo eléctrico. En este proceso, llamado electroforesis, las moléculas se separan
entre sí debido a las diferencias en su carga neta. Como se describió anteriormente, las moléculas con una carga neta positiva migran hacia el
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electrodo cargado 11:5 A Your(cátodo).
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Las moléculas con una carga negativa neta se moverán hacia el electrodo cargado positivamente
CAPÍTULO
(ánodo). Las moléculas sin carga netayno
5: Aminoácidos, péptidos proteínas,
se moverán en absoluto.
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La electroforesis, una de las técnicas más utilizadas en bioquímica, generalmente se lleva a cabo utilizando geles como la poliacrilamida o la
agarosa. El gel, que funciona de manera muy similar a la cromatografía de filtración en gel, también actúa para separar las proteínas en función de
identificar componentes. Se usan varias formas de HPLC en el análisis de las proteínas. Los ejemplos incluyen intercambio de iones y cromatografía
de bioafinidad. La HPLC a menudo se usa en asociación con la espectrometría de masas (Proteínas globulares).
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Electroforesis
Como las proteínas tienen carga eléctrica, se mueven en un campo eléctrico. En este proceso, llamado electroforesis, las moléculas se separan
entre sí debido a las diferencias en su carga neta. Como se describió anteriormente, las moléculas con una carga neta positiva migran hacia el
electrodo cargado negativamente (cátodo). Las moléculas con una carga negativa neta se moverán hacia el electrodo cargado positivamente
(ánodo). Las moléculas sin carga neta no se moverán en absoluto.
La electroforesis, una de las técnicas más utilizadas en bioquímica, generalmente se lleva a cabo utilizando geles como la poliacrilamida o la
agarosa. El gel, que funciona de manera muy similar a la cromatografía de filtración en gel, también actúa para separar las proteínas en función de
su peso molecular y su forma. En consecuencia, la electroforesis en gel es altamente efectiva para separar mezclas complejas de proteínas u otras
moléculas.
Las bandas resultantes de una separación electroforética en gel pueden tratarse de varias maneras. Se pueden extirpar bandas específicas del gel
después de la visualización con luz ultravioleta. Cada porción que contiene proteínas se eluye con el amortiguador y se prepara para su posterior
análisis. Debido a su alto poder de resolución, la electroforesis en gel también se utiliza para valorar la pureza de las muestras de proteínas. La
tinción de los geles con un tinte como el azul brillante de Coomassie es un método común para valorar rápidamente el éxito de un paso de
purificación.
La electroforesis en gel de SDSpoliacrilamida (SDSPAGE) es una variación ampliamente utilizada de la electroforesis que se puede utilizar
para determinar el peso molecular (fig. 5F). El SDS (dodecil sulfato de sodio), un detergente cargado negativamente, se une a las regiones
hidrofóbicas de las moléculas de proteínas, lo que hace que las proteínas se desnaturalicen y adopten formas similares a barras. Debido a que la
mayoría de las moléculas se unen a SDS en una proporción aproximadamente proporcional a sus pesos moleculares, durante la electroforesis, las
proteínas tratadas con SDS migran hacia el ánodo (polo +) sólo en relación con su peso molecular.
Espectrometría de masas
La espectrometría de masas (MS, mass spectrometry) es una técnica poderosa y sensible para separar, identificar y determinar la masa de las
moléculas. Explota las diferencias en sus relaciones entre masa y carga (m/z). En un espectrómetro de masas, las moléculas ionizadas fluyen a
través de un campo magnético (fig. 5G). La fuerza del campo magnético desvía los iones dependiendo de sus relaciones m/z, con iones más ligeros
son más desviados de una ruta en línea recta que los iones más pesados. Un detector mide la desviación de cada ion. Además de la identidad de las
proteínas y las determinaciones de masa, la MS también se usa para detectar cofactores unidos y modificaciones de las proteínas. Debido a que el
análisis de la MS implica la ionización y vaporización de las sustancias a investigar, su uso en el análisis de las macromoléculas térmicamente
inestables como las proteínas y los ácidos nucleicos no fue factible hasta que métodos como la ionización por electropulverización y la ionización
por desorción láser asistida por matriz (MALDI, matrixassisted laser desorption ionization) había sido desarrollada. En la ionización por
electropulverización, una solución que contiene la proteína de interés se rocía en presencia de un campo eléctrico fuerte en un puerto en el
espectrómetro. A medida que las gotas de proteína salen del dispositivo de inyección, típicamente un tubo de vidrio ultrafino, las moléculas de
proteína se cargan. En MALDI, un pulso láser vaporiza la proteína, que está incrustada en una matriz sólida. Una vez que la muestra ha sido
ionizada, sus moléculas, ahora en fase gaseosa, se separan de acuerdo con sus relaciones individuales m/z. Un detector dentro del espectrómetro
de masas produce un pico para cada ion. En un proceso asistido por computadora, la información relativa a la masa de cada ion se compara con los
datos de iones de estructura conocida y se utiliza para determinar la identidad molecular de la muestra.
El análisis de secuenciación de las proteínas utiliza MS en tándem (dos espectrómetros de masas unidos en serie, MS/MS). Una proteína de interés,
a menudo extraída de una banda en un gel, es digerida por una enzima proteolítica. Posteriormente, la digestión enzimática se inyecta en el primer
espectrómetro de masas, que separa los oligopéptidos de acuerdo con sus relaciones m/z. Uno por uno, cada ion oligopéptido se dirige a una
cámara de colisión, donde se fragmenta por colisiones con moléculas de gas inerte caliente. Los iones del producto, péptidos que difieren entre sí
en tamaño en un residuo de aminoácido, se dirigen secuencialmente al segundo espectrómetro de masas. (Los péptidos con 30 o menos residuos
de aminoácidos generan patrones de fragmentación característicos que se utilizan para identificarlos). Una computadora identifica cada pico en el
espectro y determina automáticamente la secuencia de aminoácidos de los péptidos. El proceso luego se repite con oligopéptidos derivados de la
digestión con otra enzima. La computadora usa la información de secuencia derivada de ambos resúmenes para determinar la secuencia de
aminoácidos del polipéptido original.
Recientemente, se ha desarrollado una técnica de espectrometría de masas de mayor resolución, denominada MS de arriba hacia abajo, para el
análisis de la estructura de la proteína. En la MS de arriba hacia abajo (en oposición a la técnica de abajo hacia arriba de digerir una proteína antes
del análisis de MS), una proteína intacta o la mezcla de las proteínas se inyecta directamente en un instrumento llamado espectrómetro de masas
por resonancia de ciclotrón de iones de transformación de Fourier (FTICRMS, Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometer). En
FTICRMS, las señales generadas por el movimiento acelerado de partículas cargadas en un campo magnético estático y un campo eléctrico que
varía rápidamente se analizan realizando una transformación matemática llamada transformación de Fourier para producir un espectroPage de masas.
CAPÍTULO 5: Aminoácidos, péptidos y proteínas, 69 / 87
FTICRMS se ha utilizado con éxito para obtener la secuenciación de alta resolución de proteínas
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caracterización de modificaciones postraduccionales e interacciones proteínaproteína.
Recientemente, se ha desarrollado una técnica de espectrometría de masas de mayor resolución, denominadaUniversidad
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análisis de la estructura de la proteína. En la MS de arriba hacia abajo (en oposición a la técnica de abajo hacia Access
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de digerir
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por resonancia de ciclotrón de iones de transformación de Fourier (FTICRMS, Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometer). En
FTICRMS, las señales generadas por el movimiento acelerado de partículas cargadas en un campo magnético estático y un campo eléctrico que
varía rápidamente se analizan realizando una transformación matemática llamada transformación de Fourier para producir un espectro de masas.
FTICRMS se ha utilizado con éxito para obtener la secuenciación de alta resolución de proteínas con masas inferiores a 100 000 kDa, así como la
caracterización de modificaciones postraduccionales e interacciones proteínaproteína.
En la proteómica de escopeta, una tecnología de abajo hacia arriba, se pueden analizar mezclas complejas de proteínas (p. ej., el proteoma de un
tipo de célula específico). Primero, la mezcla es digerida por una proteasa y los péptidos resultantes se separan por cromatografía líquida. El
tándem MS se usa para identificar los fragmentos peptídicos. Las proteínas se identifican mediante bases de datos genómicas y proteómicas
habilitadas por software.
Predicción de la función basada en la secuencia de las proteínas
Una vez que un polipéptido ha sido aislado, purificado y secuenciado, el siguiente paso lógico es determinar su función. Este esfuerzo
generalmente comienza con una búsqueda en la base de datos de secuencias de proteínas conocidas. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es
un programa informático (www.ncbi.nim.nih.gov/blast) que permite búsquedas rápidas de secuencias conocidas para encontrar coincidencias con
la secuencia de proteínas desconocida (la secuencia de consulta). Las bases de datos de secuencias de proteínas (p. ej., UniProt [recurso universal
de proteínas] www.uniprot.org) son lo suficientemente grandes como para que aproximadamente 50% de las consultas de comparación de
secuencias produzcan secuencias coincidentes que estén lo suficientemente cerca como para inferir la función.
Cristalografía de rayos X
Gran parte de la información estructural tridimensional sobre las proteínas se ha obtenido mediante cristalografía de rayos X. Debido a que las
distancias del enlace en las proteínas son de aproximadamente 0.15 nm, la radiación electromagnética utilizada para resolver la estructura de la
proteína debe tener una longitud de onda corta. Las longitudes de onda de la luz visible [(λ)= 400–700 nm] claramente no tienen suficiente poder de
resolución para las biomoléculas. Los rayos X, sin embargo, tienen longitudes de onda muy cortas (0.07–0.25 nm).
En la cristalografía de rayos X, las muestras cristalinas altamente ordenadas se exponen a un haz de rayos X (fig. 5H). A medida que los rayos X
golpean el cristal, son dispersados por los átomos en el cristal. El patrón de difracción resultante se registra en los detectores de los dispositivos
acoplados a carga (CCD, chargecoupled device). Los patrones de difracción se utilizan para construir un mapa de densidad electrónica. Debido a
que no hay una lente objetiva para recombinar los rayos X dispersos, la imagen tridimensional se reconstruye matemáticamente. Los programas de
computadora ahora realizan estos cálculos extremadamente complejos y laboriosos. La estructura tridimensional de un polipéptido también se
puede determinar utilizando modelos homólogos, un método que se basa en la observación de que la estructura proteica tridimensional está más
conservada que las secuencias proteicas. Se construye un modelo estructural a partir de los datos de difracción de los rayos X de una o más
proteínas homólogas en el Banco de Datos de las Proteínas (Protein Data Bank) (www.pdb.org).
Espectroscopia de NMR
La NMR es una forma de espectroscopia comúnmente utilizada basada en la absorción de la radiación electromagnética (ondas de radio) por
núcleos atómicos con propiedades magnéticas (es decir, isótopos que tienen espín nuclear como 1H, 13C y 15N) que están alineados con un campo
magnético fuerte. (El espín nuclear [p. P4] es una forma de momento angular que ocurre en los núcleos atómicos con un número impar de
protones o neutrones. Un núcleo giratorio es similar a un imán de barra en miniatura). A diferencia de la cristalografía de rayos X, que es limitada a
las proteínas que cristalizan fácilmente, la NMR puede usarse para investigar la estructura de proteínas de tamaño moderado (40–60 kDa), así como
otras macromoléculas, sin importar su capacidad de cristalización. La estructura tridimensional de las moléculas de proteínas se determina
utilizando pulsos cortos de ondas de radio, que interrumpen la alineación de los núcleos a lo largo del campo magnético externo. Dado que el
campo magnético total experimentado por cada núcleo incluye campos magnéticos locales de átomos cercanos, cada núcleo activo por NMR
reaccionará de manera diferente a las ondas de radio. Un espectro de NMR es un gráfico derivado de un programa de computadora de frecuencia
de pulso de radio contra la energía absorbida por cada uno de los núcleos de la molécula. Una vez que se conoce la secuencia de aminoácidos de
una proteína, su estructura plegada se determina mediante el análisis de varios experimentos de NMR en los que se resuelven las propiedades y la
ubicación relativa de cada átomo en la molécula. La NMR tiene otra ventaja importante sobre la cristalografía de rayos X: la cristalografía de rayos X
sólo puede proporcionar una instantánea de una proteína cristalizada, mientras que la NMR puede usarse en la investigación de la dinámica de la
proteína (p. ej., cambios estructurales internos que son esenciales para la función de una molécula). La NMR también puede proporcionar
información sobre las respuestas de una proteína a las interacciones con otras moléculas o cambios en condiciones como la temperatura y el pH.
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FIGURA 5D 202437 11:5 A Your IP is 177.228.68.100
Diálisis.
Las proteínas se separan rutinariamente de las impurezas de bajo peso molecular por diálisis. Cuando una bolsa de diálisis (una membrana
sólo puede proporcionar una instantánea de una proteína cristalizada, mientras que la NMR puede usarse en la investigación de la dinámica de la
proteína (p. ej., cambios estructurales internos que son esenciales para la función de una molécula). La NMR también puede proporcionar
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información sobre las respuestas de una proteína a las interacciones con otras moléculas o cambios en condiciones como la temperatura y el pH.
FIGURA 5D
Diálisis.
Las proteínas se separan rutinariamente de las impurezas de bajo peso molecular por diálisis. Cuando una bolsa de diálisis (una membrana
semipermeable artificial) que contiene un extracto celular se suspende en agua o una solución tamponada, pequeñas moléculas pasan a través de los
poros de la membrana. Si el disolvente fuera de la bolsa se renueva continuamente, todas las impurezas de bajo peso molecular se eliminan del
interior.
FIGURA 5E
Cromatografía de filtración en gel.
En la cromatografía de filtración en gel, la fase estacionaria es un polímero gelatinoso, con tamaños de poro seleccionados por el experimentador
para separar las moléculas de acuerdo con sus tamaños. La muestra se aplica a la parte superior de la columna y se eluye con el amortiguador (la fase
móvil). A medida que avanza la elución, las moléculas más grandes viajan más rápido a través del gel que las moléculas más pequeñas, cuyo progreso
se ralentiza porque pueden entrar en los poros. Si se recogen las fracciones, las moléculas más grandes aparecen en las fracciones anteriores y las
fracciones posteriores contienen moléculas más pequeñas.

para separar las moléculas de acuerdo con sus tamaños. La muestra se aplica a la parte superior de la columna y se eluye con el amortiguador (la fase
móvil). A medida que avanza la elución, las moléculas más grandes viajan más rápido a través del gel que las moléculas más pequeñas, cuyo progreso
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se ralentiza porque pueden entrar en los poros. Si se recogen las fracciones, las moléculas más grandes aparecen en las fracciones anteriores y las
fracciones posteriores contienen moléculas más pequeñas.
FIGURA 5F
Electroforesis en gel.
a ) Aparato de gel. Las muestras se cargan en pozos. Después de aplicar un campo eléctrico, las proteínas se mueven hacia el gel. b ) Las moléculas se
separan y se mueven en el gel en función del peso molecular y la forma.

FIGURA 5G
Espectrometría de masas.
Electroforesis en gel. Universidad del Valle de México UVM
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a ) Aparato de gel. Las muestras se cargan en pozos. Después de aplicar un campo eléctrico, las proteínas se mueven hacia el gel. b ) Las moléculas se
separan y se mueven en el gel en función del peso molecular y la forma.
FIGURA 5G
Espectrometría de masas.
a ) Los pasos principales en la ionización por electropulverización. La muestra (una proteína disuelta en un disolvente) se inyecta a través de un capilar
de vidrio en la cámara de ionización. La diferencia de voltaje entre la aguja del electroespray y el puerto de inyección da como resultado la creación de
iones de proteínas. El solvente se evapora durante esta fase. Los iones ingresan al espectrómetro de masas, que luego mide sus relaciones m/z. b ) Un
espectro de masas de electroespray que muestra las relaciones m/z para varios picos. c ) Un análisis por computadora de los datos que muestran la
masa molecular de la proteína simple [Mr (relative molecular weight): peso molecular relativo, es decir, la masa molecular dividida por 1/12 de la masa
de un solo átomo de carbono12 no unido].
FIGURA 5H
Diagrama esquemático de la cristalografía de rayos X.
Los rayos X son útiles en el análisis de las biomoléculas porque su rango de longitud de onda es similar a la magnitud de los enlaces químicos. En
consecuencia, el poder de resolución de la cristalografía de rayos X es equivalente a las distancias interatómicas.

Diagrama esquemático de la cristalografía de rayos X. Universidad del Valle de México UVM
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Los rayos X son útiles en el análisis de las biomoléculas porque su rango de longitud de onda es similar a la magnitud de los enlaces químicos. En
consecuencia, el poder de resolución de la cristalografía de rayos X es equivalente a las distancias interatómicas.
RESUMEN DEL CAPÍTULO

1. Los polipéptidos son polímeros de aminoácidos. Las proteínas pueden consistir en una o más cadenas de polipéptidos.
2. Cada aminoácido contiene un átomo de carbono central (el carbono α) al que se unen un grupo amino, un grupo carboxilato, un átomo de
hidrógeno y un grupo R. Además de constituir las proteínas, los aminoácidos tienen varias otras funciones biológicas. Según su capacidad para
interactuar con el agua, los aminoácidos se pueden separar en cuatro clases: no polares, polares, ácidos y básicos.
3. Los aminoácidos sufren varias reacciones químicas. Tres reacciones son especialmente importantes: formación de enlaces peptídicos, oxidación
de la cisteína y formación de bases de Schiff.
4. Las proteínas tienen una amplia gama de funciones en los organismos vivos. Además de servir como materiales estructurales, las proteínas están
involucradas en la regulación metabólica, el transporte, la defensa y la catálisis. Algunas proteínas son multifuncionales; es decir, tienen dos o más
funciones aparentemente no relacionadas. Las proteínas también se pueden clasificar en familias y superfamilias, de acuerdo con sus similitudes
de secuencia. Las proteínas fibrosas (p. ej., colágeno) son moléculas largas en forma de bastón que son insolubles en agua y físicamente
resistentes. Las proteínas globulares (p. ej., hemoglobina) son moléculas compactas y esféricas que generalmente son solubles en agua.
5. Los bioquímicos han distinguido cuatro niveles de estructura proteica. La estructura primaria, la secuencia de aminoácidos, se especifica mediante
información genética. A medida que la cadena de polipéptidos se pliega, los patrones de plegamiento locales constituyen la estructura secundaria
de la proteína. La forma tridimensional general que asume un polipéptido se denomina estructura terciaria. Las proteínas que consisten en dos o
más polipéptidos tienen estructura cuaternaria.
6. Numerosas proteínas, especialmente moléculas que participan en los procesos reguladores de los eucariotas, están parcial o completamente
desestructuradas.
7. Muchas condiciones físicas y químicas alteran la estructura de la proteína. Los agentes desnaturalizantes incluyen ácidos o bases fuertes, agentes
reductores, solventes orgánicos, detergentes, altas concentraciones de sal, metales pesados, cambios de temperatura y estrés mecánico.
8. Uno de los aspectos más importantes de la síntesis de las proteínas es el plegamiento de los polipéptidos en sus conformaciones biológicamente
activas. A pesar de décadas de investigación sobre las propiedades físicas y químicas de las cadenas de polipéptidos, el mecanismo por el cual una
secuencia primaria dicta la conformación final de la molécula no está resuelto. Muchas proteínas requieren que las chaperonas moleculares se
plieguen en sus conformaciones tridimensionales finales. Ahora se sabe que el plegamiento de las proteínas es una característica importante de
varias enfermedades humanas, incluidas la enfermedad de Alzheimer y la enfermedad de Huntington.
9. Las proteínas fibrosas (p. ej., queratina α y colágeno), con altas proporciones de hélices α o láminas plegadas β, tienen funciones estructurales en
lugar de dinámicas.
10. A pesar de sus funciones variadas, la mayoría de las proteínas globulares tienen características que les permiten unirse a ligandos o sitios
específicos en ciertas macromoléculas. Estos eventos de unión implican cambios conformacionales en la estructura de la proteína globular.
11. La actividad biológica de las proteínas multisubunidades complejas a menudo está regulada por interacciones alostéricas en las que pequeños
ligandos
©2024 McGrawse unen
Hill. aAll
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proteína. CualquierTerms
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Use • Privacy de la proteína
Policy • Noticees• causado por cambios en las interacciones entre las subunidades
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de la proteína. La unión de la molécula efectora puede aumentar o disminuir la función de una proteína.
9. Las proteínas fibrosas (p. ej., queratina α y colágeno), con altas proporciones de hélices α o láminas plegadas β, tienen funciones estructurales en
lugar de dinámicas.
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10. A pesar de sus funciones variadas, la mayoría de las proteínas globulares tienen características que les permiten unirse a ligandos o sitios
específicos en ciertas macromoléculas. Estos eventos de unión implican cambios conformacionales en la estructura de la proteína globular.
11. La actividad biológica de las proteínas multisubunidades complejas a menudo está regulada por interacciones alostéricas en las que pequeños
ligandos se unen a la proteína. Cualquier cambio en la actividad de la proteína es causado por cambios en las interacciones entre las subunidades
de la proteína. La unión de la molécula efectora puede aumentar o disminuir la función de una proteína.
LECTURAS RECOMENDADAS
Aebersold R, Mann M. Mass spectrometric exploration of proteome structure and function. Nature . 2016;537:347–55. [PubMed: 27629641]
Arnaud CH. Topdown proteomics becomes reality. Chem Eng News . 2013;91(20):11–17.
Bustamonte C. Of torques, forces, and protein machines. Protein Sci . 2004;13:3061–5. [PubMed: 15498944]
CaetanoAnolles G, et al. The origin, evolution and structure of the protein world. Biochem . 2009;J417:621–37.
Englander W, Mayne L. The nature of protein folding pathways. Proc Nat Acad Sci . 2014;111(45):15873–80. [PubMed: 25326421]
Dunker AK, Kriwacki RW. The orderly chaos of proteins. Sci Am . 2011;304:68–73. [PubMed: 21495485]
Everts S. Mirror molecules. Sci Am . 2013;306(5):79–81.
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Laptenko O, et al. The tail that wags the dog: how the disordered Cterminal domain controls the transcriptional activities of the p53 tumor
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Wright PE, Dyson HJ. Intrinsically disordered proteins in cellular signaling and regulation. Nat Rev Mol Cell . 16(1):18–29.
PALABRAS CLAVE
aldimina
alostería
apoproteína
base de Schiff
carbono asimétrico
carbono quiral
chaperona molecular péptidos y proteínas, Page 75 / 87
chaperoninas
apoproteína
base de Schiff Access Provided by:
carbono asimétrico
carbono quiral
chaperona molecular
chaperoninas
condensación aldólica
cromatografía de afinidad
cromatografía de intercambio iónico
cromatografía filtración en gel
desnaturalización
efector
electroforesis
electroforesis en gel de SDSpoliacrilamida
elemento de respuesta
enantiómero
enfermedad de Alzheimer
enfermedad de Huntington
enfermedad molecular
enlace peptídico
espectrometría de masas
estereoisómero
estructura cuaternaria
estructura primaria
estructura secundaria
estructura supersecundaria
estructura terciaria
familia de proteínas
fase estacionaria
fase móvil
fosfoproteína
glóbulo fundido
glucoproteína

grupo protésico
hemoproteína
hidrocarburo alifático
fosfoproteína Universidad del Valle de México UVM
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glóbulo fundido
glucoproteína
grupo protésico
hemoproteína
hidrocarburo alifático
hidrocarburo aromático
holoproteína
hormona
hsp70
hsp90
isómero óptico
ligando
lipoproteína
metaloproteína
modulador
molécula anfipática
molécula anfótera
motivo
neurotransmisor
oligómero
péptido
plegamiento de proteínas
pliegue
polipéptido
polipéptido homólogo
precipitación salina
proteína
proteína conjugada
proteína de choque térmico
proteína de mosaico
proteína fibrosa
proteína globular
CAPÍTULO
proteína5:intrínsecamente
Aminoácidos, péptidos y proteínas,
desordenada Page 77 / 87
proteína modular
proteína de choque térmico
proteína de mosaico Access Provided by:
proteína fibrosa
proteína globular
proteína intrínsecamente desordenada
proteína modular
proteína multifuncional
proteoforma
protómero
puente disulfuro
puente salino
punto isoeléctrico
región intrínsecamente desordenada
residuo de aminoácido
subunidad
superfamilia de proteínas
transición alostérica
unión cooperativa
zwitterión
PREGUNTAS DE REVISIÓN
SECCIÓN 5.1
Preguntas de comprensión
1. Defina los siguientes términos:
a. hidrocarburo alifático
b. aminoácidos
c. neurotransmisor
d. hormona
e. zwitterión
a. carbono quiral
b. estereoisómero
c. enantiómero
d. isómero óptico
e. punto isoeléctrico
a. carbono quiral
b. estereoisómero Access Provided by:
c. enantiómero
d. isómero óptico
e. punto isoeléctrico
a. enlace peptídico
b. base de Schiff
c. puente disulfuro
d. aldimina
e. anfótero
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a. carbono α
b. aminoácido hidrofóbico
c. aminoácido polar
d. aminoácido ácido
e. aminoácido básico
a. polipéptido
b. péptido
c. proteína
d. dipéptido
e. hidroxiprolina
6. Indique si cada uno de los siguientes aminoácidos es polar:
a. lisina
b. tirosina
c. leucina
d. asparagina
e. prolina
f. cisteína
g. ácido glutámico
h. valina

i. histidina
j. glicina
Ver respuestas
f. cisteína Universidad del Valle de México UVM
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g. ácido glutámico
h. valina
i. histidina
j. glicina
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Complete los espacios en blanco
7. Las moléculas con carga positiva y negativa, pero con una carga neutral general se llaman ____________.
8. Los enlaces amida de las proteínas se llaman ____________.
9. Los polímeros de aminoácidos que consisten en más de 50 aminoácidos se llaman ____________.
Ver respuestas
10. Los grupos amino primarios de aminoácidos reaccionan con aldehídos o cetonas para formar ____________.
11. La cistina es única entre los aminoácidos porque contiene un ____________ enlace.
12. Las moléculas que pueden comportarse como un ácido o como una base se llaman ____________.
Ver respuestas
13. Los estereoisómeros de imagen espejo no superponibles se denominan ____________.
Preguntas de respuesta breve
14. Con la excepción de la glicina, todos los aminoácidos estándares tienen un centro quiral. ¿Hay algún aminoácido que tenga dos centros
quirales?
15. La lisina tiene los siguientes valores de pKa:
pK1 = 2.18 pK2 = 8.95 pKR = 10.79
Indique la estructura y la carga neta de la lisina a los siguientes valores de pH: 1, 4, 7, 10 y 12.
Ver respuestas
16. Considere la siguiente molécula:
a. Nombre esta molécula.
b. Use los símbolos de tres letras para los aminoácidos para representar esta molécula.
17. La rotación sobre el enlace peptídico en la glicilalanina está impedida. Dibuje las formas de resonancia del enlace peptídico y explique por
qué.
18.McGraw
©2024 Distinga Hill.
entreAllpéptidos, polipéptidos
Rights Reserved. y proteínas.
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Ver respuestas
a. Nombre esta molécula. Universidad del Valle de México UVM
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b. Use los símbolos de tres letras para los aminoácidos para representar esta molécula.
17. La rotación sobre el enlace peptídico en la glicilalanina está impedida. Dibuje las formas de resonancia del enlace peptídico y explique por
qué.
18. Distinga entre péptidos, polipéptidos y proteínas.
Ver respuestas
19. Dibuje la estructura de la alanilisoleucilfenilalanina. Calcule su punto isoeléctrico.
20. Nombre cuatro ejemplos de derivados biológicamente activos de los aminoácidos estándar.
21. Describa por qué la penicilamina se usa para tratar la cistinuria.
Ver respuestas
22. Las proteínas a menudo están reguladas por reacciones de fosforilación/desfosforilación. ¿Qué residuos de aminoácidos se pueden
fosforilar?
Preguntas de razonamiento crítico
23. El enlace peptídico es un enlace más fuerte que el enlace éster. ¿Qué característica estructural del enlace peptídico le da fuerza de enlace
adicional?
24. La glucosa es un polihidroxialdehído de seis carbonos. Determine la estructura del producto de la reacción de la glicina con la glucosa.
25. Considere el tripéptido GluAspFen. ¿Cuál es la isoeléctrica aproximada de esta molécula? ¿En qué dirección se moverá el tripéptido en un
campo eléctrico a pH 1, 5, 10 y 12?
Ver respuestas
SECCIÓN 5.2
a. glutatión
b. factor natriurético auricular
c. vasopresina
d. oxitocina
e. homeostasis
a. peróxido
b. GSSG
c. acuaporina
d. hipotálamo
e. renina
Ver respuestas
Complete los espacios en péptidos
blanco y proteínas, Page 81 / 87
28. ____________ es un esteroide que promueve la retención de Na+ y agua por el riñón.
c. acuaporina
d. hipotálamo Access Provided by:
e. renina
Ver respuestas
28. ____________ es un esteroide que promueve la retención de Na+ y agua por el riñón.
29. ____________ inhibe la liberación de moléculas que promueven el aumento de la presión arterial.
30. ____________ es un péptido que protege las células al reaccionar con los peróxidos.
Ver respuestas
31. ____________ en el hipotálamo controla el Na+ sanguíneo y, cuando sea necesario, desencadena la secreción de vasopresina.
32. ____________ es el producto cuando el átomo de hierro en la hemoglobina se oxida a su forma férrica.
33. Describa los diferentes efectos de la vasopresina y el factor natriurético auricular sobre la presión arterial.
Ver respuestas
34. Describa las funciones del glutatión dentro de las células.
35. ¿Por qué la relación celular de GSH a GSSG en el citoplasma suele ser alta?
Pregunta de razonamiento crítico
36. La vasopresina y la oxitocina son ejemplos de moléculas peptídicas con más de una función. Proporcione ejemplos de estas funciones y luego
especule por qué los organismos usan las mismas moléculas en procesos aparentemente diferentes.
Ver respuestas
SECCIÓN 5.3
a. polipéptidos homólogos
b. pliegue de proteínas
c. ligando
d. oligómero
e. protómero
a. holoproteína
b. proteína de choque térmico
c. familia de proteínas
d. superfamilia de proteínas
e. proteína moonlighting
a. holoproteína
b. proteína de choque térmico Access Provided by:
c. familia de proteínas
d. superfamilia de proteínas
e. proteína moonlighting
a. metaloproteína
b. estructura primaria
c. estructura secundaria
d. estructura terciaria
e. estructura cuaternaria
Ver respuestas
a. proteína intrínsecamente desordenada
b. región intrínsecamente desordenada
c. grupo prostético
d. apoproteína
e. chaperona molecular
a. horquilla β
b. estructura supersecundaria
c. proteína fibrosa
d. proteína globular
e. proteína de mosaico
a. puente salino
b. transición alostérica
c. enfermedad molecular
d. desnaturalización de proteínas
e. hélice α
Ver respuestas
a. cadena β
Downloaded
b. barril202437
β 11:5 A Your IP is 177.228.68.100
c. fibronectina
d. toxina botulínica
Ver respuestas Universidad del Valle de México UVM
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a. cadena β
b. barril β
c. fibronectina
d. toxina botulínica
e. proteína conjugada
44. Las proteínas de coagulación de la sangre ____________ y ______ previenen la pérdida de sangre cuando los vasos sanguíneos están
dañados.
45. La Na+K+ATPasa y la hemoglobina son ejemplos de proteínas ____________.
Ver respuestas
46. ____________ son proteínas en forma de barra que son insolubles en agua.
47. ____________ y ____________ son enlaces covalentes entre polipéptidos que son el resultado de la oxidación de las cadenas laterales de la
lisina.
48. La función de las proteínas como la caseína y la zeína es ____________.
Ver respuestas
49. La queratina y el fibrinógeno son ejemplos de proteínas ______.
50. Indique los niveles de estructura proteica a los que contribuye cada uno de los siguientes elementos:
a. secuencia de aminoácidos
b. lámina plegada β
c. enlace de hidrógeno
d. enlace disulfuro
51. ¿A qué nivel de estructura proteica actúa cada una de las siguientes desnaturalizaciones?
a. calor
b. ácido fuerte
c. solución salina saturada
d. solventes orgánicos (p. ej., alcohol o cloroformo)
Ver respuestas
52. Un polipéptido tiene un alto valor de pI. Sugiera qué residuos de aminoácidos podrían componerlo.
53. Describa los pasos para purificar una proteína. ¿Qué criterios se utilizan para valorar la pureza?
54. Describa las fuerzas involucradas en el plegamiento de las proteínas.

Ver respuestas
55. Los músculos de los mamíferos que se sumergen profundamente, como las ballenas, contienen cantidades excepcionalmente grandes de
mioglobina. ¿Cómo contribuye esta circunstancia a las inmersiones prolongadas?
52. Un polipéptido tiene un alto valor de pI. Sugiera qué residuos de aminoácidos podrían componerlo. Universidad del Valle de México UVM
Access Provided by:
53. Describa los pasos para purificar una proteína. ¿Qué criterios se utilizan para valorar la pureza?
54. Describa las fuerzas involucradas en el plegamiento de las proteínas.
Ver respuestas
55. Los músculos de los mamíferos que se sumergen profundamente, como las ballenas, contienen cantidades excepcionalmente grandes de
mioglobina. ¿Cómo contribuye esta circunstancia a las inmersiones prolongadas?
56. Enumere tres factores que no fomentan la formación de hélices α.
57. Describa brevemente las funciones de las chaperonas asociadas a los ribosomas, hsp70, hsp90 y chaperoninas en el plegamiento de las
proteínas.
Ver respuestas
Preguntas de razonamiento crítico
58. Un cambio mutacional altera un polipéptido al sustituir tres prolinas adyacentes por tres glicinas. ¿Qué posible efecto tendrá este hecho en la
estructura de la proteína?
59. ¿Por qué las proteínas moonlighting son necesarias y/o deseables?
60. El plegamiento de las proteínas intrínsecamente desordenadas se evita mediante la presencia de residuos de Ser, Lis y Glu. ¿Qué tienen en
común estos aminoácidos? ¿Por qué perturban a los desplazados internos?
Ver respuestas
61. ¿Por qué algunas proteínas ordenadas requieren que las chaperonas moleculares se plieguen en sus conformaciones activas, mientras que
otras no?
62. Los aminoácidos hidrófobos juegan un papel importante en la formación y el mantenimiento de la estructura tridimensional de las proteínas
ordenadas. ¿Puede sugerir cómo estas moléculas realizan esta hazaña?
63. Las proteínas que son sintetizadas por los organismos vivos adoptan una conformación biológicamente activa. Sin embargo, cuando tales
moléculas se preparan en el laboratorio, generalmente no pueden adoptar espontáneamente sus conformaciones activas. ¿Puede sugerir por
qué?
Ver respuestas
64. Cuando la proteína moonlighting gliceraldehído3fosfato deshidrogenasa (GAPDH, glyceraldehyde3phosphate dehydrogenase) cataliza una
reacción clave en la glucólisis (una vía metabólica en el citoplasma), lo hace como un homotetrámero (cuatro subunidades idénticas). El
monómero GAPDH es una enzima nuclear de reparación del ADN. Describa en términos generales qué propiedades estructurales de las proteínas
de la luz de la luna permiten este fenómeno.
65. Como ingeniero genético se le ha encomendado la siguiente tarea: alterar la estructura de una proteína convirtiendo una secuencia de
aminoácidos específica que forma una hélice α extendida en una que forma un barril β. ¿Qué tipos de aminoácidos se encuentran probablemente
en la hélice α y cuáles necesitaría sustituir?
66. El sitio activo (catalítico) de una enzima contiene las cadenas laterales de los residuos de los aminoácidos que se conservan porque participan
en la actividad catalítica de la proteína. La mayor parte de la enzima, sin embargo, no es parte del sitio activo. Se requiere una cantidad sustancial
de energía para sintetizar las enzimas. ¿Por qué son tan grandes estas moléculas?
Ver respuestas
67. La síntesis de 2,3BPG a partir del intermediario glucolítico 1,3BPG (glicerato1,3bisfosfato) es catalizada por la enzima bisfosfoglicerato
mutasa, una de las muchas enzimas que requieren hierro. ¿Qué efecto sobre la inervación de oxígeno a los tejidos del cuerpo se esperaría en el
caso de una dieta deficiente en hierro?
68. Una proteína

Downloaded 202437estructural
11:5 A Yourpuede incorporar
IP is grandes cantidades de agua inmovilizada como parte de su estructura. ¿Puede sugerir cómo las
177.228.68.100
moléculas péptidos yelproteínas,
de proteína “congelan” agua en su lugar y la hacen parte de sus estructuras? Page 85 / 87
69. ¿Qué efecto tendría la hiperventilación (respiración rápida) en la concentración de oxihemoglobina en el torrente sanguíneo?
Ver respuestas
67. La síntesis de 2,3BPG a partir del intermediario glucolítico 1,3BPG (glicerato1,3bisfosfato) es catalizada por la enzima bisfosfoglicerato
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mutasa, una de las muchas enzimas que requieren hierro. ¿Qué efecto sobre la inervación de oxígeno a los tejidos del cuerpo se esperaría en el
caso de una dieta deficiente en hierro?
68. Una proteína estructural puede incorporar grandes cantidades de agua inmovilizada como parte de su estructura. ¿Puede sugerir cómo las
moléculas de proteína “congelan” el agua en su lugar y la hacen parte de sus estructuras?
69. ¿Qué efecto tendría la hiperventilación (respiración rápida) en la concentración de oxihemoglobina en el torrente sanguíneo?
Ver respuestas
70. Describa la característica estructural de p53 que le permite ejercer un control significativo sobre la proliferación celular.
71. ¿Por qué es ventajoso que p53 se active por factores como el estrés de ER, la luz y la hipoxia (baja concentración de oxígeno)?
Preguntas de estudio
72. ¿Cuántos tetrapéptidos se pueden sintetizar a partir de una molécula cada una de lisina, prolina, glutamina y cisteína?
a. 4
b. 12
c. 16
d. 24
Ver respuestas
73. ¿Cuál es la carga de la lisina a un pH de 8?
a. 0
b. +2
c. +1
d. −2
74. La escisión del enlace peptídico es una reacción de ______.
a. hidratación
b. hidrólisis
c. adición
d. eliminación
75. ¿Cuáles de las siguientes opciones escinden los enlaces disulfuro de la ribonucleasa?
a. digestión por quimotripsina
b. incubación a pH 6
c. reacción con diisopropilfosfato a pH 2
d. uso de mercaptoetanol β y urea 8 M a pH 8
Ver respuestas
76. ¿Cuál de los siguientes aminoácidos no se encontraría en una hélice α?
Downloaded
a. Ala 202437 11:5 A Your IP is 177.228.68.100
©2024
b. McGraw
Ser Hill. All Rights Reserved. Terms of Use • Privacy Policy • Notice • Accessibility
c. Gli
d. uso de mercaptoetanol β y urea 8 M a pH 8
Access Provided by:
Ver respuestas
76. ¿Cuál de los siguientes aminoácidos no se encontraría en una hélice α?
a. Ala
b. Ser
c. Gli
d. Leu


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Bioquímica. Las bases moleculares de la vida, 7e

CAPÍTULO 5: Aminoácidos, péptidos y proteínas

Seda de la araña: una proteína de bioacero

Seda de la araña: una proteína de bioacero

Los aminoácidos estándares.

Nombres y abreviaturas de los aminoácidos estándares

Aminoácidos Abreviatura de tres letras Abreviatura de una letra

Nombres y abreviaturas de los aminoácidos estándares

Aminoácidos Abreviatura de tres letras Abreviatura de una letra

Estructura general de los aminoácidos α.

Downloaded 2024­3­7 11:5 A Your IP is 177.228.68.100

Estructura general de los aminoácidos α.

Aminoácidos biológicamente activos

Aminoácidos biológicamente activos

Algunos derivados de aminoácidos.

Estructura de la citrulina y la ornitina.

Downloaded 2024­3­7 11:5 A Your IP is 177.228.68.100

Universidad del Valle de México UVM

Aminoácidos modificados en proteínas

Algunos residuos de aminoácidos modificados encontrados en polipéptidos.

Downloaded 2024­3­7 11:5 A Your IP is 177.228.68.100

Algunos residuos de aminoácidos modificados encontrados en polipéptidos.

Estas moléculas son imágenes especulares entre sí.

Downloaded 2024­3­7 11:5 A Your IP is 177.228.68.100

Universidad del Valle de México UVM

Estas moléculas son imágenes especulares entre sí.

Grupos de cadenas laterales ionizables de los aminoácidos y pH

Valores de pK a para los grupos ionizables de los aminoácidos

Aminoácido p K 1 (─COOH) p K 2 (─N H+ 3 ) p KR

Glicina 2.34 9.60

Alanina 2.34 9.69

Valina 2.32 9.62

Leucina 2.36 9.60

Isoleucina 2.36 9.60

Serina 2.21 9.15

Treonina 2.63 10.43

Metionina 2.28 9.21

Fenilalanina 1.83 9.13

Triptófano 2.83 9.39

Asparagina 2.02 8.80

Glutamina 2.17 9.13

Prolina 1.99 10.60

Cisteína 1.71 10.78 8.33

Histidina 1.82 9.17 6.00

Ácido aspártico 2.09 9.82 3.86

Ácido glutámico 2.19 9.67 4.25

Tirosina 2.20 9.11 10.07

Lisina 2.18 8.95 10.79

Arginina 2.17 9.04 12.48

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Valores de pK a para los grupos ionizables de los aminoácidos

Aminoácido p K 1 (─COOH) p K 2 (─N H+ 3 ) p KR

Glicina 2.34 9.60

Alanina 2.34 9.69

Valina 2.32 9.62

Leucina 2.36 9.60

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Modelo de relleno espacial de la chaperonina de E. coli llamada complejo GroESGroEL.

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