Cluster HPC Linux

Universidad Autnoma Metropolitana
Unidad Iztapalapa
TALLER DE CLUSTERS HPC EN LINUX

Laboratorio de Supercmputo y Visualizacin en Paralelo
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Ing. Juan Carlos Rosas C. Responsable del Laboratorio jcarlos@xanum.uam.mx
Contenido Introduccin Tema 1 Tema 2 Tema 3 Tema 4 Tema 5 Conclusiones
Introduccin
Hoy en da los Cluster en Linux para HPC (High Performance Computing) son muy populares, ya que estn al alcance de todos y se consideran como una herramienta fundamental para el desarrollo de la investigacin de muchos tericos.
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Bases Tericas para la Administracin y uso de Clusters

1) Conceptos Bsicos de Supercmputo 2) Arquitecturas de Cmputo de Alto Rendimiento 3) Historia y Evolucin de los Clusters 4) Arquitectura de los clusters: CPU, Comunicaciones, etc. 5) Software para Clusters: SO (Distribuciones), Sistemas de Administracin, Software de Paso de Mensajes, Compiladores, ... 6) Clusters: Ventajas y Desventajas
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1) Conceptos Bsicos de Supercmputo
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Rendimiento: Es la efectividad del desempeo de una computadora, sobre una aplicacin o un benchmark en particular. Flops: Es una medida de la velocidad del procesamiento numrico del procesador. Son operaciones de punto flotante por segundo. Alto Rendimiento (HPC): Gran demanda de procesamiento de datos en procesadores, memoria y otros recursos de hardware, donde la comunicacin entre ellos es muy rpida. Latencia: Tiempo de transferencia de mensajes de una interfaz a otra. Ancho de Banda: Capacidad de transferencia que tiene un canal de comunicaciones en una unidad de tiempo.
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Alta Disponibilidad (HA): Disposicin y acceso a servicios al 100% de manera ininterrumpida.
Supercmputo: Cmputo masivo o comnmente llamado HPC.
Sistema Distribuido: Sistema en el que recursos de cmputo (CPU, memoria y dispositivos de I/O se comunican y trabajan entre si mediante un sistema o tecnologa de comunicacin).
Programacin en Paralelo: Estilo o mtodo de programacin que permite dividir en subprogramas a un programa para resolver un problema determinado.
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Tecnologa VIA: Protocolo de comunicacin con caractersticas gran Ancho de banda y baja latencia.
2) Arquitecturas de Cmputo de Alto Rendimiento
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Computadora Paralela: Mquina con dos o ms procesadores que pueden trabajar simultnea y/o coordinadamente. Memoria Compartida: En una mquina paralela existe una sola memoria que puede ser accesada por todos los procesadores. Memoria Distribuida: Cada uno de los procesadores de un multiprocesador tiene asociado a l una unidad de memoria.
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Sistema de Memoria Compartida
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Sistema de Memoria Distribuida
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Sistema Hbrido
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3) Historia y Evolucin de los Clusters
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En el verano de 1994 Thomas Sterling y Don Becker, trabajando en CESDIS construyeron un Cluster que consista en 16 procesadores DX4 conectadas por un canal Ethernet a 10Mbps. El esfuerzo del desarrollo para esta primera mquina creci rapidamente en lo que ahora llamamos el proyecto de Beowulf. Los Beowulf se distinguen por que no imponen una arquitectura del sistema. Los componentes primarios del sistema que manejan la arquitectura se pueden descomponer en el procesador, memoria, red de trabajo y sistema de almacenamiento secundario.
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Evolucin de los Clusters en el tiempo
http://www.top500.org
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4) Arquitectura de los clusters: CPU, Comunicaciones, etc.
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Qu es un Cluster ?
Switch / Hub
UnClusterson variosnodos conectados entresatravez delared.
Nodo 1 Nodo 2 Nodo 3
Nodo Maestro
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Nodo n


Hardware de un Cluster Procesador Memoria Dispositivos de Almacenamiento Comunicaciones
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Velocidad Latencia (Mbps) Alta Baja Baja 10a1000 1250 4250 Utilizacin Soporte deCPU Bueno Medio Bueno Alta Baja Baja

Caracteristicas de comunicaciones
Tipo
Conexin
Costo Bajo Alto Medio
Ethernet Switch/Hub Giganet Infiniband Switch Sswitch
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Dolphin Myrinet Cuadrix
Switch Switch Switch
Baja Baja Baja
Excesivamente 4250 Alto ? 2400 Alto Bueno >10000 ExcesivamenteAlto ?
Baja Baja Baja

Tecnologas de Clusters y su Clasificacin
Clusters de Alto Rendimiento: Se utilizan para programas intensivos numericamente, como seriales tanto paralelos. No garantizan disponibilidad. Clusters de Alta Disponibilidad: Se utilizan para garantizar la disponibilidad de servicios o recursos. Clusters Heterogneos: Son aquellos que se forman con distintos tipos de tecnologas o plataformas. Clusters Homogneos: Son aquellos en donde la tecnologa es homognea, es decir que todas las PC's tienen el mismo tipo de tecnologa o plataforma. Cluster dedicado: Es aquel que slo funciona como Cluster y slo como Cluster. Cluster no dedicado: Es aquel que de vez en cuando lo es y cuando no; sus nodos realizan otras funciones pero eso ya es decisin del usuario.
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Beowulf: Es un cluster de componentes commodity de cmputo dedicados a un problema paralelo. En un Beowulf los nodos se conectan por medio de una red privada, y slo el "nodo maestro" es visible desde el exterior. El nodo maestro est reservado para accesar, compilar y manejar las aplicaciones a ejecutar. En general hay de dos tipos de Cluster 'stand alone' y 'diskless', el primero se refiere a que cada nodo tiene su propio sistema operativo y el segundo a que el sistema operativo reside en un solo nodo, por lo general en la mquina maestra.
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Clusters en Linux una alternativa tecnolgica
Necesidades actuales: Servidores de Alto Rendimiento y Alta Disponibilidad En el Sector Educativo Abatir Costos ( En equipo, licencias, software, etc... ) Ventajas de Clusters: Computo en paralelo (Comunicaciones entre dos o n mquinas ) Creacin de mquinas virtuales Acceso a rendimientos mayores como una supercomputadora Investigacin en este sistema
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Mejoramiento y Desarrollo constante barata, estable y poderosa Sistemas Distribuidos
5) Software para Clusters: SO (Distribuciones), Sistemas de Administracin, Software de Paso de Mensajes, Compiladores, ...
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Sistema Operativo Otro componente dominante para remitir compatibilidad, es el software de Clusters. Con la madurez y la robustez de Linux, el software GNU y de la estandarizacin de envo de mesajes va PVM y MPI, los programadores ahora tienen una garanta que los programas que escriban corrern en un futuro en un Cluster Beowulf sin importar quien hace los procesadores o las redes de trabajo.
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Por que Linux ? Codigo Abierto Desarrollo y correcin de errores mas rpidos Estndares elaborados internacionalmente Estabilidad Software Disponible Rendimiento de Red Costo Soporte por fabricantes de Hw y Sw
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Sofware de un Cluster MPI: Message Passing Interface. Biblioteca estndar para programacin paralela en el modelo de intercambio de mensajes. PVM: Mquina Virtual Paralela. Es una librera para el cmputo paralelo en un sistema distribuido de computadoras. Est diseado para permitir que una red de computadoras heterognea comparta sus recursos de cmputo, con el fin de aprovechar esto y para disminuir el tiempo de ejecucin de un programa.
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Sistemas de Administracin para Clusters Debe cumplir con:
Un ambiente de administracin e instalacin centralizado y tolerante a fallas. Sistema de administracin Centralizado Fcil Recuperacin de Fallas Sin perdida de Datos instalacin, configuracin y Puesta punto de forma Centralizada Monitoreo Centralizado Sistema de Asignacin de Recursos (Memoria y CPU) Automatizado Fcil manejo de Entrada/Salida de Datos
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6) Clusters: Ventajas y Desventajas
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Mayor Disponibilidad Fcil Mantenimiento Crecimiento Bajo Costo
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* Una vez funcionando el Cluster debe de haber alguin responsable, de monitorear el estado del Cluster, para que cada nodo est funcionando ptimamente, una posible solucin a esto es instalar software de auditoria, de chequeo del sistema y un sistema de 'colas' para 'salvar' nuestros procesos o tareas. * Tambin es muy importante tener una programacin muy buena o debidamente estructurada en el software que se le instale. * Y en cuanto a hardware de comunicaciones todava cuesta muy caro tener un equipo de comunicaciones de alta velocidad, por que entre ms rpida sea la comunicacin es mejor el desempeo de un Cluster, depende de la situacin econmica en la que no encontremos.
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* En cuanto a energa elctrica y disipacin de calor todava los clusters consumen mucha energa elctrica por los gabinetes en el que se aloja el CPU y disipan mucho calor, Por lo que se recomienda un buen lugar ventilado o aire acondicionado, se puede tener reguladores pero se corre el riesgo de que que se 'caiga' totalmente el sistema o Cluster cuando no haya energa elctrica. * Es bueno tambin mencionar que el cluster al estar en funcionamiento se debe planear bien su uso, ya que cuando esta siendo utlizado al 100% (cada uno de sus nodos y procesadores), ste no se podr utilizar para otra cosa, de modo contrario su rendimiento en algunas ocasiones se iria al suelo.
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Conocimientos Prcticos Necesarios de Administracion de Linux para Manejo de Clusters
1) Introduccin a la Administracin de Servidores Linux 2) Administracin Bsica 3) TCP/IP 4) Servicios TCP/IP Importantes para Clusters (rsh, xinetd, ssh, etc.)
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1) Introduccin a la Administracin de Servidores Linux
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ADMINISTRACIN Responsabilidades del Administrador Administracin de recursos Polticas (Uso, Seguridad, etc) Respaldo y recuperacin de datos Root Buenas Prcticas
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RESPONSABILIDADES DEL ADMINISTRADOR Mantenimiento peridico del sistema Administracin de cuentas de usuarios Mantener en secreto datos importantes Respetar las politicas Asesorar a los usuarios Respaldos Monitoreo
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ADMINISTRACION DE RECURSOS Planeacin de recursos desde el principio (nmero de usuarios, espacio, etc.) Garantizar uso eficiente y balanceado Estimar potencial del equipo de cmputo Planeacin a futuro
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POLITICAS Establecer polticas de uso (espacio en disco, tiempo de procesador, prioridades, etc) Establecer polticas de seguridad (que tipo de servicios requiere, quien puede accesar, etc) Polticas en caso de falla
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RESPALDOS EFECTUAR RESPALDOS PERIODICAMENTE !!! Diferenciar datos crticos y no crticos La recuperacin en caso de falla debe de ser lo ms rpida posible
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COMO root ?
El usuario ROOT tiene todo el poder en un sistema Linux / UNIX ...
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BUENAS PRACTICAS ... NUNCA usar ROOT, a menos que sea INDISPENSABLE Siempre hacer LOGIN como usuario Monitorear los permisos NUNCA usar Telnet y comandos R desde afuera Monitorear servicios TCP/IP activos y no activos Realizar actualizaciones necesarias Revisar probables bugs
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2) Administracin Bsica
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ADMINISTRACION BASICA Administracin de Cuentas Sistema de archivos de Linux Comandos Importantes Procesos y /proc Dispositivos y /dev Logs y /var/log Otros servicios Manuales, donde buscar informacin ? Inicio y apagado del sistema
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CUENTAS DE USUARIOS
El esquema jerrquico:
1) Config. Manual 2) Comandos: useradd, userdel, passwd 3) Ambiente Grfico 4) Otros mtodos
Archivos implicados: /etc/passwd, /etc/shadow, el/*
/etc/group, /etc/sk
Atencin especial: .bash_profile, .bash_login, .bash_history Implementacin de Quota para sistemas con muchos usuarios Propagacion del HOME de los usuarios ...
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PARTICIONES Cada disco para poder accesarlo debe de incluir particiones. Debe de haber una planeacin de particiones en Linux (Clientes y Servidores) Comandos para manejo de particiones: FDISK, FCSK, DD El archivo /etc/fstab contiene la tabla de las asociaciones de particiones de discos con el sistema VFS de LINUX. Cada particin se monta como un directorio.
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NOTA: Las particiones se pueden montar manualmente, /etc/fstab esta un paso arriba en la jerarqua

SISTEMAS DE ALMACENAMIENTO Sistema de Archivos. Nos permite accesar a nuestros dispositivos de almacenamiento. Hay varios tipos los mas robustos y recomendados: EXT3 y XFS. Sistemas de Almacenamiento se dividen en 2 en general: 1) Local SAN (Storage Area Network). Sistema de
almacenamiento por arreglo de discos a traves de fibre channel, SCSI, SAS, iSCSI, etc
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2) a traves de la Red (NAS del ingls Network Attached Storage).Tecnologa dedicada a compartir la capacidad de almacenamiento de un Servidor con elementos clientes a travs de una red p/e: CIFS, NFS, FTP o TFTP.

SISTEMA DE ARCHIVOS Todos los archivos pertenecen a un usuario (UID) y un grupo (GID) y tiene diferentes permisos para OWNER, GROUP y OTHERS Permisos: RWX Comandos: chown, chmod
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*NOTA: Va muy de la mano con passwd y group

SISTEMAS DE ARCHIVOS /bin /usr /sbin /lib /etc /proc /dev /tmp /var Ejecutables mas importantes Aplicaciones y datos para estas Ejecutables y scripts de ROOT Librerias *.so y *.a La configuracin del sistema Espacio del Kernel Dispositivos Temporales Logs, spool, www
/usr/bin Ejecutables usados pero de menor importancia
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DISPOSITIVOS DE ALMACENAMIENTO Representados por diferentes dispositivos en Linux 1) SCSI, SAS, SATA, USB 2) IDE 3) TAPE /dev/hdXX /dev/rmtX /dev/sdXX
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4) CD/DVDROM /dev/cdrom, /dev/cdwriter, /dev/dvdwriter, /dev/srX

COMANDOS IMPORTANTES Para manipulacin de archivos y directorios: MV, CP, RM, MKDIR, RMDIR, CD, LDD, TYPE, FILE, DF, DU, MOUNT, UMOUNT, TAR, GZIP, ECHO, TOUCH, VI ...
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COMANDOS IMPORTANTES Para trabajar el SHELL (Interprete de comandos muy poderoso!): EXPORT, ENV, SETENV, FOR, WHILE, ECHO, GREP, SED, CUT, AWK ...
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PROCESOS Un proceso consiste de codigo ejecutable, segmento de datos y stack. El scheduler se usa para hacer intercambio de procesos. El Quantum es la unidad del tiempo que le toca a cada proceso antes de ser suspendido. Cada proceso gasta tiempo de Kernel y tiempo de Usuario. Cada proceso tiene una prioridad asignada (-20 a 19) (nice).
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En un momento dado, cada proceso esta en alguno de estos estados: Corriendo, Esperando, Durmiendo

ESTRUCTURA DEL ESPACIO DE PROCESOS
INIT
PROC1
PROC2
PROC3
PROC1_1 puzzle inc.
PROC1_2
PROC3_1

COMANDOS IMPORTANTES Para la administracin de procesos:
TOP, KILL, KILLALL, PS, PSTREE, NICE, NOHUP, ...
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PROCESOS O ESTADO DEL KERNEL /proc Directorios de todos los procesos (File handlers, argumentos, ...) /proc Parametros del Kernel (Sistema de archivos, TCP/IP stack, informacin del sistema, hardware) /proc Interfaz entre el Kernel y el administrador
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LOGS DEL SISTEMA (MONITOREO) El demonio SYSLOGD guarda todos los eventos importantes del sistema en varios archivos en /var/log. /var/log/messages y /var/log/secure son los mas importantes. Tambien existen comandos como DMESG para ver mensajes del Kernel y el UPTIME para monitorear la actividad del sistema
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OTROS COMANDOS ... Otros comandos importantes de Linux: CRON, AT, IPCS, IPCRM MC (Midnight Commander)
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MANUALES Y AYUDA ON-LINE .. LDP (Linux Documentation Project) HOWTOs, Man Pages, Info, /usr/share/doc, www.google.com/linux, Listas de correo de una aplicacin especifica
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INICIO DE LOS SISTEMAS TIPO I386 MBR, Boot record, Boot loader LILO, GRUB Runlevels /sbin/init y /etc/inittab /etc/fstab, montaje de particiones Scripts de inicio en /etc/rc.d/ /etc/sysconfig, /etc/rc.d/init.d/ /etc/rc.d/rc.local Mingetty (LOGIN)
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ENCENDIDO Y/O APAGADO Asi como internamente un SO tiene un prodecimiento de encendido y apagado en cluster tambien hay procedimientos ...
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3) TCP/IP
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REDES DE COMPUTADORAS En general funcionan por medio de una serie de protocolos TCP/IP bajo el modelo OSI de redes. Tambien llamados INTRANET, pueden ser LAN's o WAN's. En el pasado acostumbraban usar IP's vlidas, en la actualidad es ms frecuente ver IP's no vlidas principalmente para Clusters.
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TIPOS DE REDES Tipo A: Redes WAN, pueden consistir de 256*256*256=1 millon de nodos Tipo B: Redes WAN, pueden consistir de 256*256=65536 nodos
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Tipo C: Redes LAN, maximo 256 nodos

CONECTIVIDAD TCP/IP Para que dos entidades de red puedan verse solo se necesita: 1) IP. Puede se homolaga y no homologada (/etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-ethX) 2) Msk. Mascara (/etc/sysconfig/network-scripts/ifcfgethX) 3) Gw (Op y depende) Gateway. (/etc/sysconfig/networkscripts/ifcfg-ethX y /etc/sysconfig/network) Y comando ROUTE e IP
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4) Hostname. Nombre de la maquina o alias (/etc/sysconfig/network y /etc/hosts) 5) DNS (Op). Servidor de nombres (/etc/resolv.conf)

CONFIGURACION MANUAL Se usan comandos ifconfig y route 1) ifconfig ethX XXX.XXX.XXX.XXX netmask 255.255.255.0 2) route add net XXX.XXX.XXX.XXX dev ethX 3) La ruta DEFAULT: route add default gw XXX.XXX.XXX.XXX Para revisar la conexion: PING a una mquina en la red local, p.ej. el Gateway. Revisar conexin a Internet: ping IP_INTERNET Revisar DNS: ping HOST_INTERNET
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4) Servicios TCP/IP Importantes para Clusters (rsh, xinetd, ssh, etc.)
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XINETD XINETD es un demonio de Linux hecho para simplificar el manejo de algunos servicios bsicos de Red, sobre todo aquellos que abren una nueva sesin por cada usuario Archivos: /etc/xinetd.conf Los archivos de configuracin estan en /etc/xinetd.d/
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Hay un archivo por cada servicio con el nombre de este

COMANDOS R Son transparentes y ligeros y se utilizan para hacer logins remotos y transferencia de archivos: Archivos de configuracin: /etc/xinet.d/rX, /etc/hosts, /etc/hosts.equi v, /etc/securetty, /$HOME/.rhosts /etc/hosts.deny
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NOTA: X = login, exec, sh, sycn
SSH Tienen la misma funcion que los comandos R la diferencia es que utiliza un canal ecriptado. Archivos de configuracin: /etc/ssh/ssh_config, /etc/sshd_config
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Comandos importantes: ssh, scp, sftp, ssh, ssh-keygen
NFS Exports Comandos Portmap
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Otros sistemas de archivos por red: SAMBA?, PNFS?, GFS?, LUSTRE?

FIREWALLS / IPTABLES Firewall, Por Qu ? Diferentes tipos de Firewall Soluciones existentes Firewall en el Kernel de Linux Hace un filtrado de paquetes IP Ejemplo de reglas Se usa tambin para Forwarding, IP masq Es un tema aparte, require un curso completo de seguridad
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OTROS SERVICIOS TCP/IP IMPORTANTES PARA CLSUTERS DNS ? APACHE ? SENDMAIL ? TFTPBOOT ? FTP ?
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CONCLUSIONES 1) Planeacin 2) Configuracin adecuada de SO 3) Configuracin adecuada de Red y servicios 4) Procedimientos y politicas administrativas 5) Respaldos 6) Automatizacin de tareas 7) Monitoreo 8) Seguridad
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Introduccin a los compiladores de GNU Makefiles
1) El proposito 2) Secciones y opciones 3) Errores en Makefile
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Compilar un programa Errores
MONITOREO Importancia de hacer monitoreo Comandos (df, top, etc) Logs Detectando intrusiones y fallas Acciones en caso de falla
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Administracin del Cluster
1) Explicar Diferencias de Administracin de un Cluster de un solo Servidor 2) Sistemas de Administracin 3) Sistemas de Asignacion de Recursos de Cmputo 4) Sistemas de Paso de Mensajes 5) Programacin para Clusters (Que Tipo de Programas se puede Ejecutar en un Cluster) 6) Formas de Monitoreo de un Cluster
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1) Explicar Diferencias de Administracin de un Cluster de un solo Servidor
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La diferencia escencial entre la admiinstracin de un servidor a un cluster es el numero de maquinas o grupos que tengamos en nuestra red, mientras mas organizado y planeado tengamos nuestro sistema mas eficiente sera nuestra administracin
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2) Sistemas de Administracin
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Hoy en dia existen varios sistemas de administracin para clusters que son centralizados, distribuidos, tolerantes a fallas y agradables al usuario: Rocks Scalli SCSC Kick-start CIA
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3) Sistemas de Asignacion de Recursos de Cmputo
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Los Sistemas de Asignacion de Recursos de Cmputo sirver para asignar y aprovechar mejor los recursos de cmputo que se tienen, principalmente: 1) CPU 2) RAM 3) HD Existen varios sistemas: SGE, LSF, PBS, TORQUE, MAUI.
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Es altamente recomendable que un Cluster tengo uno por muy chico que sea, y mas si lo utiliza mas de un usuario.
4) Sistemas de Paso de Mensajes
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Normalmente se utiliza IMPI y se ha vuelto muy popular, en general hay dos versiones MPI ver. 1.X y MPI ver 2.X. Tanto para MPI 1 como MPI 2 funcionan de manera distinta y tienen sus caracteristicas. MPI 1 siempre ha utilizado de forma nativa el paso de mensajes y con el tiempo ha mejorado en algunos aspectos
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MPI 2 utiliza el pricipio de maquina virtual como PVM y a traves de esta ha mejorado la comunicacion multihilo y multicore.
5) Programacin para Clusters (Que Tipo de Programas se puede Ejecutar en un Cluster)
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6) Formas de Monitoreo de un Cluster
Cmo se puede realizar? A traves de scripts automatizados A traves de aplicaciones o herramientas ya populares como Rocks, CIA, Ganglia, etc..
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Uso de un Cluster con un Sistema de Administracin

EJERCICIOS 1) Revisin de Configuracin de un Cluster en general 2) Comandos de Administracin 3) Comandos de Monitoreo 4) Ejecucin de Programas 5) Uso del Sistema de Asignacin de Recursos 6) Apagado/Prendido del Cluster 7) Creacin de Usuarios 8) Recuperacin de Fallas
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El LSVP en la UAM ...
Ejemplos Prcticos en el Laboratorio de Supercmputo y Visualizacin en Paralelo de la UAM Iztapalapa
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Conclusiones
Un Cluster para HPC o CAR depende de muchas variables pero principalmente de tres en general para su uso eficiente o adecuado: 1) De la Infraestructura. 2) De su Administracin. 3) De su uso por parte de los usuarios.
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GRACIAS !
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TALLER DE CLUSTERS HPC EN LINUX

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Contenido Introduccin Tema 1 Tema 2 Tema 3 Tema 4 Tema 5 Conclusiones

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Bases Tericas para la Administracin y uso de Clusters

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Bases Tericas para la Administracin y uso de Clusters

1) Conceptos Bsicos de Supercmputo

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Bases Tericas para la Administracin y uso de Clusters

Contenido Introduccin Tema 1 Tema 2 Tema 3 Tema 4 Tema 5 Conclusiones

Bases Tericas para la Administracin y uso de Clusters

Supercmputo: Cmputo masivo o comnmente llamado HPC.

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2) Arquitecturas de Cmputo de Alto Rendimiento

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3) Historia y Evolucin de los Clusters

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4) Arquitectura de los clusters: CPU, Comunicaciones, etc.

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Costo Bajo Alto Medio

Ethernet Switch/Hub Giganet Infiniband Switch Sswitch

Dolphin Myrinet Cuadrix

Switch Switch Switch

Baja Baja Baja

Excesivamente 4250 Alto ? 2400 Alto Bueno >10000 ExcesivamenteAlto ?

Baja Baja Baja

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Mejoramiento y Desarrollo constante barata, estable y poderosa Sistemas Distribuidos

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