BIOPHYSIQUE

Concentrations et unités d’énergie :

 L’unité d’énergie utilisée en métabolisme est la Cal telle que et
et .
 La concentration massique est la masse par unité de volume de solution :
 La molarité est le nombre de mole par unité de volume de solution :
 La molalité est le nombre de mole par unité de masse (ou de volume) de solvant :

 L’osmolarité est le nombre d’unité cinétique par unité de volume de solution :

 L’osmolalité est le nombre d’unité cinétique par unité de masse (ou de volume) de
solvant :
 L’équivalence est le nombre de charge par volume de solution :
Relation entre molalité et molarité :

où est la fraction volumique du solvant. À haute dilution,

Relation entre molalité et fraction molaire :

À haute dilution,
Chaleur et transfert de chaleur :
On peut définir le métabolisme des activités physiques comme le nombre de Cal dégagée par la
surface du corps par heure : où l’aire est .

Activité Métabolisme
dormir 35
Etre étendu 40
Etre debout 60
Marcher 140
Vélo 250
Courir 650
Grelotter 250

80% de l’énergie consommée est convertie sous forme de chaleur. La chaleur est défini comme
étant le degré d’agitation des molécules.
Le transfert de la chaleur s’opère selon trois mécanismes.
 La conduction est de l’énergie cinétique transmise de molécule en molécule par des
chocs.
 La convection est la diffusion de molécules de hautes énergie vers des zones de basses
énergies.
 La radiation est un phénomène électromagnétique où les électrons émettent des photons.
Conduction :

On appelle flux de chaleur la quantité de chaleur transférée par unité de temps. Il est évident
que

De sorte que où est la condeuctivité thermique du matériau.

Pour le tissu non vascularisé du corps humain,
Convection :

La convection auprès d’un solide est défini par où est le coefficient de

convection.
Radiation :
Tout objet perd de l’énergie par radiation. Un objet d’aire A dans un milieu de température T
absorbe une énergie donnée par l’équation de Stefan : où est la constante de
Stefan. Au total, le flux de chaleur pour un objet de température T1 dans un milieu T2 est donné

par .
Transpiration :
Les glandes sudoripares eccrines sont responsables du contrôle de la régulation thermique. La
chaleur latente de vaporisation de l’eau à 100°C est . La chaleur relarguée par la
transpiration est de .
Grelottement :
La surface de la peau a besoin d’être à 30°C ou plus. En dessous de cette température critique, le
métabolisme augmente (tremblement) pour maintenir la température du corps.
Composition chimique et répartition dans l’organisme :
Concentration Plasma Copartiment Compartiment
interstitiel cellulaire
meq/Lplasma mmol/Lplasma mmol/Leau meq/L mmol/L meq/Leau mmol/Leau
Urée 5 5 5
Glucose 5 5 variable

Cl- 103 103 109 114 114 6 6

HCO3- 26 26 28 29 29 8 8
phosphates 2 1.25 1.25 2 1.25 140 140
protéine 16 1 1 4 0.25 55 55
autres 4 3 3 4 3 3 3
Total anions 151 153 212
Na+ 142 142 150 144 144 10 10
K+ 4 4 4 4 4 160 160
Ca2+ 3 1.5 1.5 3 1.5 4 2
 Mg2+ 2 1 1 2 1 38 19
Total cations 151 153 212
Total 298 298 298
 60% de l’eau se trouve dans le compoartiment cellulaire
 28% de l’eau se trouve dans le compartiment interstitiel
 12% de l’eau se trouve dans le plasma
 Le Cl- n’est là que pour assurer l’électroneutralité. Il n’est pas régulé dans l’organisme.
 L’osmolalité peut varier avec les substances neutres (diabète) ou avec la quantité de
sodium (natrémie).
 L’électroneutralité est toujours respectées
 L’osmolarité est la même dans tous les compartiment (isotonicité).
Pression oncotique :
Pression osmotique impliquant les protéines.
Diffusion à travers une membrane :
 Une membrane est une interface entre deux compartiments liquides dont la composition
de part et d’autre de la membrane diffère.
 La membrane oppose une certaine résistance à ce passage de manière sélective ou non
sélective.
 Le passage à travers une membrane nécessite de l’énergie pour vaincre cette résistance :
on parle de transport actif si l’énergie est apportée par une réaction biochimique et de
transport passif si l’énergie est apportée par l’espèce qui traverse la membrane.
 La diffusion est un transport passif.

La viscosité dans la membrane n’est pas bien connue : le coefficient de diffusion dans la

membrane est où b est la mobilité mécanique et dont l’unité est le .

Cependant, la membrane possède des pores : la diffusion se fait par ces pores de surface .
Les molécules sont souvent adsorbées à la surface de concentration la plus élevée.

où P est la perméabilité de la membrane qui tient compte de la porosité et de l’adsorption et dont

l’unité est le

Flux du à la pression osmotique :

Débit volumique :

Diffusion d’espèces chargées :

 La conductance est l’inverse de la résistance dont l’unité est le Siemens S.
 La conductivité est une grandeur intrinsèque du matériau : en S/m
  La conductivité d’une solution augmente avec la concentration d’ion et on introduit la
conductivité molaire d’un ion
 La conductivité se calcule en additionnant les conductivité molaires de chacun des ions
affectée de leur concentration équivalente

Mobilité ionique :

 La migration fait migrer les charges vers des zones de basses énergies.
 La conductivité molaire est liée à la mobilité ionique : où b est la mobilité
ionique en
 Si les concentrations d’ions sont différents de part et d’autres de la membrane, il existe
alors une différence de potentiel au niveau de la membrane.

 La diffusion d’un ion sous un gradient de potentiel est :

 La diffusion d’un ion sous un gradient de concentration est :

  Ainsi, à l’équilibre, et

Dans la première figure, il y a équilibre de sorte qu’aucune diffusion n’a lieu. Dans la seconde
figure, la diffusion électrique l’emporte, il y a diffusion de droite à gauche tandis que dans la
figure 3, la diffusion mécanique l,emporte et il y a diffusion de gauche à droite.
Transporteurs et pompes
Les pompes et les transporteurs sont formés de plusieurs sous-unités protéiques dont certaines
sont plusieurs fois transmembranaires. Le passage nécessite un profond changement de la
configuration des protéines. Ces pompes et transporteurs obéissent à une cinétique enzymatique
mais ce ne sont pas des enzymes. Ils sont donc caractérisés par Vmax et Km. À la différence d’une
réaction enzymatique, le soluté transporté n’est pas modifié. Lorsque deux solutés sont présents
et s’ils vont dans la même direction on parle d’un symport ; quand ils vont dans des sens opposés,
c’est un antiport.
Symport glucose :

Pompe Na/K ATPase :

Équilibre de Donnan :
 Effet qui en produit en raison de la présence d’unités chargées non diffusives (protéines) :
concentrations d’ions non égales de part et d’autre de la membrane, cations plus
concentrés en intracellulaire, anions plus concentrés en extracellulaire, pression
osmotique plus importante en intracellulaire ( eau diffuse de l’extracellulaire vers
l’intracellulaire).

 Le Na tend à diffuser de l’autre côté de la membrane créant une ddp.

 Le sodium tend a diffusé créamt une ddp positive du coté 2 appelée potentiel de Donnan.
Mais, dans le cas de Na/K ATPase, Na diffuse si K passe de 2 à 1 (osmolarité constante)
ou si Cl diffuse avec Na (abaisse osmolarité). La ddp retient Na dans le compartiment 1 et
attire K de 2 vers 1 et Cl de 1 vers 2.
 Les concentrations en Cl et K ne sont pas égales de part et d’autres de la membrane mais
diffusent librement. Chaque ion se distribue de manière à ce que son flux électrique soit
contrebalancé par sont flux diffusif à l’équilibre.

 est contrebalancé par

  est le même pour tous les ions en valeur absolue

 Ainsi,
 Cette équation alliée aux équations de conservation de la masse permet de calculer les
concentrations des ions de part et d’autre des membranes à l’équilibre. Le potentiel de la

membrane est donnée par

 L’effet Donnan est la preuve qu’un potentiel de membrane existe même lorsqu’aucun
transport actif ne se produit.
 À l’équilibre de Donnan, le potentiel de la membrane interne est de l’ordre de -5mV.
 Les concentrations d’ions de part et d’autre de la membrane diffèrent d’environ 10%.
 Le potentiel est toujours négatif du côté où se trouve le plus de charges positives (Na+).
 Le potentiel est lié avec le fait que la protéine est en excès d’un seul côté. C’est à cause de
la protéine que les ions diffusent.
 Le potentiel d’équilibre de Donnan n’est valable qu’à l’équilibre. Une cellule vivante
n’est pas à l’équilibre. Le potentiel de la membrane est fixé par les transporteurs actifs.
Théorie de Hodgkin-Huxley :
 L’expérience de Hodgkin-Huxley consiste a introduire du Na radioactif dans les axons de
calamars. Après avoir constaté que les axons sont radioactifs, ils en ont déduit la
perméabilité du Na à travers la membrane. La même expérience a été réalisé avec le
potassium. Ils ont aussi introduit du dinitrophenol, l’inhibiteur de la synthèse d’ATP, et
ont constaté que le Na ne diffusait plus de sorte que le transport du sodium nécessite de
l’ATP et donc qu’il s’agit d’un transport actif.
 Deux raisons pour laquelle le potentiel de la membrane n’est pas le potentiel de Donnan :
perméabilité ionique ne sont pas les mêmes et il y a des transporteurs actifs qui fixent la
distribution des ions hors d’équilibre.

 Équation de Goldman :
 Les espèce qui diffusent rapidement, sont les espèces hydrophobes de petites tailles. Les
espèces qui diffusent lentement sont hydrophiles et de petites tailles. Les espèces de
grandes tailles ne diffusent pas du tout.

Membranes cellulaires :
Les membranes sont consituées de phospholipides. Ce sont des molécules amphiphiles : elles ont
une partie hydrophobe et une partie hydrophile. En présence d’eau, les molécules amphiphiles
s’autoassemblent pour former une bicouche lipidique, une monocouche, une micelle ou une
vésicule comme les liposomes.
Tensioactifs :
 Les tensioactifs sont des molécules ayant une tête polaire, une queue hydrophobe et qui
forment des micelles. On les classe suivant la nature de la tête polaire : anionique,
cationique, neutre.
 Si la concentration des tensioactifs est plus petite que la concentration micellaire critique,
les tensioactifs sont sous forme unimère. Dès que la concentration est égale ou plus
grande que la concentration micellaire critique, les tensioactifs sont sous forme de
micelle.

 L’effet hydrophobe est de nature entropique. Les interactions hydrophobes augmentent

l’entropie du solvant. La séparation du liquide demande toujours du travail pour casser les
forces attractives : processus défavorable.
 La tension de surface exige un coût énergétique pour créer une interface. La tension de
surface est une augmentation de l’enthalpie libre en résultat à l’augmentation d’une unité

de surface. . La formation d’une surface implique une augmentation de

 : .
 La pression d’une bulle est supérieure ou égale à la pression que l’eau exerce sur
elle, autrement la bulle s’effondre. Si la bulle passe d’un rayon r à , il y a

accroissement de la surface à tel que où

est la force nécessaire pour faire passer le rayon de la bulle de r à . Cette
force correspond à la force de pression interne moins la force de pression externe :
ce qui mène à l’équation de la pression de Laplace

.
  Un tensioactif diminue la tension de surface.

Fluidité de la membrane plasmique :

 Les phospholipides ayant des liaison cis augmentent la fluidité de la membrane parce que
cela créé des arrangements désordonnés des lipides.
 La membrane est fluide. On ne peut déterminer qu’une probabilité de localisation du
lipide dans la membrane.

 Les lipides dans la bicouche adoptent 2 conformations. Toutes les membranes biologiques
sont dans leur état cis.
 Le cholestérol s’insère dans les membranes et les régidifie.
 Les conformations des lipides sont des phénomènes de transitions de phases.

 Les processus de fusion, division, endocytose et exocytose sont contrôlées par des
protéines mais nécessitent une rupture de l,arrangement en bicouche. Il existe des peptides
spécifiques (fusogènes) qui favorisent la fusion.
 Dans les processus de fusion, la concentration en lipide est localement très haute et celle
de l’eau très faible. Si on augmente encore la concentration, la phase lamellaire se
transforme en phase hexagonale.
 Certains lipides sont fusogènes. La composition de la membrane peut être très différente
de la zone de contact. Les lipides diffusant rapidement à la surface de la membrane : la
zone de contact contient une quantité plus importante de lipides favorisant la phase HII.
Microscopie
 Profondeur de champ : distance verticale de part et d’autre du plan focal qui donne une
image acceptable.
 Champ d’observation : région du specimen que l’on peut observer au microscope
 Distance focale : distance caractéristique d’une lentille pour avoir une image en focus.
 Plan focal : point où les rayons lumineux convergent
 Ouverture numérique : mesure de la capacité d’une len tille à récolter les rayons
lumineux.
 Résolution : la plus petite distance entre deux objets qui apparaissent distincts par
microscopie
 L’image est 28 fois plus grande que l’objet. Si on utilise une loupe 10x, alors le
grossissement serait de 280 mais le champ d’observation serait divisé par un facteur 10.
 p
p
 Les microscopes sont sontitués de deux séries de lentilles : objectifs (10x, 40x et 100x) et
les oculaires (10x). Le grossissement est le produit des 2 grossissements.
 Object to

Image

Distance

= 195 mm

 L’émission des lampes au Tungstène, la plus courante, est contrôlée par le voltage
appliqué. Cela chauffe le filament de W à une température déterminée. Le bleu n’apparaît

pas beaucoup de sorte que la résolution ne sera pas très bonne .

 L’illuminitation laser illumine avec une seule longueur d’onde.

 L’illumination Kolher permet d’illuminer uniformément le specimen.

 L’abberration spherique : les rayons passent au centre de la lentille en sont pas focusés
dans le même plan que ceux passant en périphérie. Cela est due au fait que la lentille n’a
pas la même épaisseur de part et d’autre.
 Diagramme de Jablonski : Le photon émis n’a pas la même longueur d’onde que le
photon de l,excitation.

 Le shift de Stokes est la différence de longueur d’onde entre l,excitation et l’émission.

  Les anneaux d’Airy sont le fruit de diffraction. L’objet étant petit, il diffracte.

Molécules fluorescentes :
Protéine GFP
  Le rendement quantique est le rapport entre le nbr de photons émis par fluorescence et le
nbr de photons absorbés.

Microscopie confocale :