L’EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE

DES URINES

Ecole Supérieure des Sciences et Techniques de la santé de Monastir

3ème année biologie
05/03/2020
 Introduction

L’infection du tractus urinaire est l’une

des infections les plus fréquentes

→ L’ECBU est l’une des analyses

microbiologiques les plus demandées.
Physiopathologie des infections urinaires

L’urine est normalement

stérile, seul l’urètre
distal est colonisé par
des germes.
• VOIE ASCENDANTE (très fréquent)
urètre (colonisé/ bactéries digestives,
cutanées, génitales) → vessie ····> uretères
parenchyme rénal, prostate

• VOIE HEMATOGENE (descendante) très rare via

bactériémie (S.aureus, Salmonelle, Levures : Candida)

• VOIE IATROGENE: manoeuvres instrumentales,

interventions chirurgicales
• Bactéries possédant des facteurs de
virulence spécifiques: (adhésines, uréase,
sidérophores )
• Femme : la longueur réduite de l’urètre
favorise l’infection
 Espèces bactériennes
Examen direct Fréquence en
Fréquence en
(coloration de Famille Espèce IU associées
communauté
Gram) aux soins
Bacilles Gram Escherichia coli ++++++++ ++++++
Négatifs
Proteus mirabilis ++ ++
Enterobactéries
Klebsiella sp + ++

Autres entérobactéries + +

Pseudomonaceae Pseudomonas aeruginosa + ++

Cocci Gram positifs Enterococcus faecalis, E. + ++

en chainettes faecium
Streptococcaceae
Streptococcus agalactiae (SGB) + +

Cocci Gram positifs Staphylococcus saprophyticus + +

en amas
Staphylococcaceae Staphylococcus aureus + +

Autres bactéries + +
 Clinique

•CYSTITE : brûlures mictionnelles

pollakiurie
absence de fièvre
pas de douleurs lombaires
 Clinique

•PYELONEPHRITE AIGUE:
fièvre ≥ 38,5°C
douleurs lombaires
douleurs abdominales
signes de cystite
Risque de complications : septicémies, localisations secondaires,
choc septique …
 Clinique

•IU MASCULINES:TRES HETEROGENES

Peu symptomatiques → choc septique
 IU simple/ IU à risque de
complication
•IU simples
Ce sont des IU survenant chez des patients sans facteur de risque de complication
•IU à risque de complication
Ce sont des IU survenant chez des patients ayant au moins 1 facteur de risque pouvant
rendre l’infection + grave et le traitement + complexe.
Ces facteurs de risque de complication sont :
-Toute anomalie organique ou fonctionnelle de l'arbre urinaire, quelle qu’elle soit (résidu
vésical, reflux, lithiase, tumeur, acte récent…).
-Sexe masculin, du fait de la fréquence des anomalies anatomiques ou fonctionnelles sous-
jacentes.
-Grossesse.
-Sujet âgé : patient > 65 ans avec > 3 critères de fragilité, ou patient > 75 ans.
-immunodépression grave.
-insuffisance rénale chronique sévère.
 Outils diagnostiques

ECBU et Bandelettes Urinaires

Quand les faire?
 Outils diagnostiques

Cystite simple: BU
Cystite à risque de complication: BU si+ → ECBU
PNA simple ou à risque de complication: BU si+ → ECBU
IU masculines: ECBU
 Bandelettes Urinaires
• Prélèvement du 2ème jet
urinaire (comme ECBU),
• Urines fraîchement
émises dans un récipient
propre et sec mais non
stérile.
• Une toilette préalable
n’est pas nécessaire.
 Bandelettes Urinaires
• La lecture doit se faire à
température ambiante,
après 1 ou 2 minutes selon
les tests.
• Respect des délais de
péremption et des
conditions de conservation
 Bandelettes Urinaires

• Leucocyturie : l’activité estérasique des PNN urinaires.

La lecture de la bandelette : après 2 minutes.
Le dépistage est semi-quantitatif.
Le seuil de détection:10 000/mL « traces »
à 1 croix ≈ 70 000/mL,
à 2 croix ≈ 125 000/mL
à 3 croix ≈ 500 000/mL.

• Nitrites : la présence de bactéries présentant une nitrate réductase

(entérobactéries) – peut être dépistée grâce à leur propriété de réduire les
nitrates d’origine alimentaire en nitrites.
Le seuil de détection est de 105 UFC/mL.
Les nitrates doivent rester exposés aux bactéries plus de 3 h pour que leur
Bandelettes Urinaires- Limites
Leucocytes
Faux positifs Faux négatifs
Mauvais recueil urinaire :présence de Infections à un stade précoce
leucocytes d’origine vaginale Neutropénie
Autres inflammations non infectieuses Glycosurie, protéinurie ou densité élevées
(sonde…) Certains antibiotiques …

Nitrites
Faux positifs Faux négatifs
Très rares IU à bactéries nitrate réductase négative:
Staphylococcus , Enterococcus, streptococcus B,
Acinetobacter
Séjour des bactéries trop bref dans les urines
Bactériurie faible
pH urinaire acide
 Bandelettes Urinaires
A retenir

• L’intérêt de la BU: résultat rapide, limiter le

nombre d’ECBU lorsque le résultat est négatif.
• Il faut connaître les limites. Le raisonnement
par la bandelette est un raisonnement
probabiliste
• l’analyse de la bandelette recherche la
présence de leucocytes et/ou nitrites, le
premier étant relativement sensible, le
deuxième très spécifique
Examen cytobactériologique des urines:
ECBU
 ECBU-Intérêts

• Mettre en évidence la présence de bactéries dans

les urines (bactériurie)

• Mettre en évidence et quantifier une leucocyturie

et les éléments urinaires anormaux

• Identifier et étudier la sensibilité des bactéries

aux antibiotiques

• Contrôler la stérilisation des urines après

traitement
 ECBU-Conditions de recueil

• « La qualité du prélèvement conditionne la qualité de l’examen»

• Eviter une contamination de l’échantillon (bactéries commensales

de l’urètre et de la peau)
• Eviter une multiplication ou une destruction des bactéries
• Permettre une conservation des leucocytes
 Cas général habituel
1) S’assurer qu’il s’agit des 1 ères urines du matin
(concentrées). A défaut les urines de la journée 4 heures au
moins après la dernière miction
S’assurer que la patiente n’a pas reçu d’antibiotiques
2) Bien se laver les mains au savon
3) Toilette soigneuse de la région génitale (femme +++):
éviter la contamination des urines par les leucocytes
et les bactéries du microbiote vaginal et cutané: une
toilette locale avec du savon ou un antiseptique type
dakin suivi d’un rinçage a l’eau
4) Ouvrir le récipient stérile sans toucher les bords internes
5) Urine de milieu de jet:
Commencer par uriner aux WC.
Sans interrompre le jet et en maintenant
les lèvres écartées, remplir le flacon par
environ 20 mL d’urines. Refermer sans
toucher les parois internes.
6) Remettre le flacon au technicien/infirmière/médecin

Exemple d’affiche
pouvant accompagner les
instructions orales
 Chez le nourrisson
On utilise un sac collecteur après nettoyage de
la région périnéale, ce dernier ne doit pas être
laisser en place plus de 30 mn. (Le renouveler
si pas de miction en ce temps la)
 Chez le sujet sonde
Ne pas prélever à partir du
sac collecteur mais clamper
la sonde en aval pendant 10
mn désinfecter la sonde a
l’alcool iode et ponctionner
à l’aide d’une seringue puis
transvaser dans un tube
stérile.
 Ponction sus-pubienne

• Exceptionnellement utilisée
• Prélever l'urine, de manière
aseptique directement dans
la vessie au travers de la
paroi abdominale.
• La qualité bactériologique
de ce mode de prélèvement
est excellente,
• Mais inconfortable.
 Cas particuliers
• Urine de 1er jet:
*Diagnostic inf uréthrale ou prostatique
(éventuellement après massage prostatique)
*Recherche de mycoplasmes
*Recherche de Chlamydia trachomatis par PCR

• Recherche de Mycobactéries : après un

ECBU standard négatif, totalité de la
première miction du matin, 3jours de suite
 Fiche de renseignements
• les indications de l’ECBU : les symptômes cliniques, le
contexte de prescription (suspicion d’IU, contrôle
préopératoire et postopératoire en urologie, contrôle
après traitement d’une infection urinaire…) ;
• le mode de recueil de l’urine ;
• le port d’une sonde urinaire ;
• les particularités du patient : âge, sexe, notion
d’hospitalisation actuelle ou récente, grossesse éventuelle
en précisant la date des dernières règles ;
• la présence de pathologies préexistantes :
immunodépression, anomalie de l’appareil urinaire,
infection urinaire récidivante ;
• l’existence d’un traitement antibiotique ou
chimiothérapeutique récent ou en cours.
 Transport et conservation

• Tout doit être mis en œuvre pour éviter la

multiplication des germes.
• Dans le cas contraire, la bactériurie pourrait
être surévaluée, l’interprétation des résultats
erronée et le patient inutilement traité.
• La meilleure des solutions consiste à
ensemencer immédiatement les milieux de
culture (moins de 2 heures dans le cas d’une
conservation à température ambiante).
Alternatives:

1) Les urines peuvent aussi être conservées à + 4 °C jusqu’à 24

heures mais les leucocytes risquent de s’altérer au-delà de la
12ème heure.

2) de nombreux laboratoires utilisent actuellement des tubes

contenant un stabilisateur de la croissance bactérienne (comme
l’acide borique), les urines peuvent alors être conservées
pendant 48 heures à température ambiante.

3) aussitôt après le prélèvement, le personnel soignant plonge dans

l’urine une lame utilisée pour le dénombrement. Le laboratoire
reçoit l'urine accompagnée de la lame immergée ensemencée
Conservation par l’acide borique
Méthode de la lame immergée
• Saisir la lame par l'intermédiaire du
bouchon auquel elle est fixée
• Immerger complètement les deux faces,
• Retirer immédiatement, laisser égoutter
l'excès
• Replacer soigneusement la lame dans le
tube, puis revisser le bouchon
hermétiquement.
• Compléter l'étiquette : nom, date de
naissance, date, heure.
• Incuber 18‑24 heures à 37°C en position
verticale.
 Examen macroscopique

• Une urine normale est jaune et limpide.

Les urines sont observées après homogénéisation. On note :
- la présence ou pas d’un trouble : un trouble correspond souvent à une
infection bactérienne mais la présence de nombreux cristaux peut
également troubler l’urine ;
- la couleur : une coloration rose ou rouge de l’urine permet de suspecter
une hématurie mais certains traitements médicamenteux comme la
prise de rifampicine peuvent également colorer l’urine.
• Les urines d'apparence limpide sont infectées seulement dans 5 %
des cas.
 Examen cytologique

Eléments recherchés Techniques

• Leucocytes : leucocyturie • Dispositifs de dénombrement
• Hématies: hématurie manuels
• Cellules épithéliales • Automates de cytologie
urinaire
• Cylindres
• Cristaux
 La cellule de Malassez
• Elle est constituée de 10 bandes verticales de
0.25 mm de large et de 10 bandes horizontales
de 0,2 mm de large → 100 rectangles. La
profondeur entre la lame et la lamelle est de
0,2 mm.
• Le volume de la cellule est de 1 mm3 soit 1 µL

• TECHNIQUE :
Sur des urines entières (non centrifugées)
HOMOGÉNÉISER l’échantillon en l’agitant
doucement
Remplir un puits de comptage.
Observer au microscope au grossissement X 400
Dénombrer les leucocytes et exprimer le résultat
en nombre de leucocytes / mL d'urine

• urine très concentrée →on compte dans un

rectangle
• urines peu concentrées → on compte dans la
cellule entière.
Désinfecter après utilisation
 Le système Kova® slide
• Lames en plastique prêtes à l’emploi (pas de montage de
lamelle). Usage unique
• Chaque lame comporte 10 puits de comptage.
• Chaque puits de comptage comprend une grille
comportant 9 grands carrés, chacun découpé en 9 petits
carrés. Le volume retenu sur la grille est de 1 µL (1 mm3)
 Le système Kova® slide
• Ne compter que les cellules situées à l’intérieur des
carrés ; les cellules à cheval sur les traits de la grille ne
sont pas prises en compte.

• Pour les leucocyturies faibles, compter le nombre total

N de cellules situées sur toute la grille (correspondant
à 1 µL ou 1 mm3 d'urine) : N = nombre d’éléments par µL
• Pour les leucocyturies moyennement élevées, compter
le nombre total n de cellules situées dans 9 petits
carrés.
Obtenir le nombre total N de cellules par mm3 (µL) d'urine en
multipliant n par 10 : N = n x 10
• Pour les leucocyturies beaucoup plus élevées, compter
le nombre n de cellules situées à l'intérieur d'un petit
carré.
Le nombre total N de cellules par mm3 d'urine est obtenu par
la formule suivante : N = n x 90
 Automates de cytologie urinaire
• Le dénombrement des éléments
urinaires peut être effectué par des
techniques automatisées.

• Plusieurs automates existent depuis

Cytométrie en flux
plus d’une dizaine d’années

• Ne différencient pas les bactéries

mortes des bactéries vivantes, le
dénombrement des germes urinaires
doit toujours être confirmé par la
culture
l’analyse morphologique des particules
après capture par un système vidéo
 Leucocyturie

• Une leucocyturie > 104/mL signe une réaction inflammatoire consécutive à une

infection urinaire.

• Attention : un patient porteur d’une sonde à demeure montrera quasi

constamment une leucocyturie, ce paramètre n’a donc pas de valeur chez ces

patients. C’est également le cas des sujets présentant une vessie neurologique

(trouble urinaire dû à un dysfonctionnement ou à une lésion du système nerveux).

• Le diagnostic de l’infection urinaire ne peut donc pas se limiter à ce seul

paramètre

• Une leucocyturie < 104/mL indique qu’il n’y a pas de réaction inflammatoire ce qui

permet souvent d’exclure une infection urinaire.

 Hématurie
• Une urine normale contient moins de 1 000 hématies/mL
• Une hématurie > 104/mL est anormale. Les hématies intactes ont une forte
probabilité de provenir de la vessie ou de l'urètre. Les hématies altérées
viennent du rein.
L'hématurie peut être associée aussi à d'autres affections d'étiologie non
infectieuse : lithiase rénale, tumeurs de la vessie.

Ne pas confondre avec des leucocytes ou des levures !!

 Cellules épithéliales
• Des cellules épithéliales peuvent être retrouvées
en petite quantité dans l’urine : elles proviennent
du renouvellement normal de l'épithélium urinaire
de surface (exfoliation). Suite à une pathologie
cette exfoliation peut être accentuée
• les résultats sont rendus en donnant des
indications relatives à leur nombre : rares,
quelques, assez nombreuses, nombreuses, très
nombreuses
• Certaines cellules épithéliales ne proviennent pas
des voies urinaires mais des organes génitaux
externes de la femme→ contamination vaginale du
prélèvement
 Cylindres
• Elements de grande taille formés au cours de certaines atteintes rénales

Cylindres hyalins Contenu transparent. Difficiles à déceler

Cylindres leucocytaires Leucocytes +/- altérés
Cylindres hématiques Remplis d’hématies altérées
Cylindres granuleux Leucocytes ou cellules épithéliales très altérés

hyalin leucocytaire hématique granuleux

Quelle signification?
• La présence de quelques cylindres hyalins dans une
urine n'a pas une grande signification. On peut
l'observer chez des individus normaux lorsque l'urine est très
concentrée ou très acide, ou encore après un effort musculaire très
intense. L'excrétion de cylindres hyalins peut accompagner d'autre part
n'importe quelle protéinurie quelle qu'en soit l'origine.
L'observation de cylindres hyalins en nombre
important indique, par contre, une affection sévère
du parenchyme rénal.

• La présence de cylindres cellulaires (leucocytaires,

hématiques, épithéliaux, granuleux) est presque toujours
pathologique et signe alors une néphrite grave.
 Cristaux
• Observer un état frais de l’urine homogénéisée au grossissement X400.
• Les résultats sont rendus en donnant des indications relatives à leur
nombre : rares, quelques, assez nombreux, nombreux, très nombreux
pour chaque cristaux identifié.

Oxalate de Oxalate de Acide urique Phosphate Phosphates ammoniacaux

calcium calcium de calcium magnésiens ou phosphates
dihydraté monohydraté triples
Les résultats de la cristallurie varient considérablement en
fonction du mode de conservation de l’urine :
• Le prélèvement idéal est une urine fraîchement émise
et conservée à 37°C. A défaut une urine conservée moins
de 2 heures à température ambiante (20°C minimum) peut
être utilisée.
• la réfrigération du prélèvement (mais aussi le pH urinaire)
augmentent considérablement la fréquence, le nombre et la
taille des cristaux.
 Signification d’une cristallurie

• La plupart des cristaux faits de substances

normalement présentes dans l'urine n’ont pas de
valeur diagnostique.
• Seule la présence en abondance et à plusieurs
examens de cristaux de même nature est en faveur
d’une lithiase rénale en formation.
– La présence de cristaux de phosphates ammoniaco-magnésien
est un indice d'infection urinaire à germes uréase + et donc
producteur de NH3 comme Proteus, Klebsiella, etc.
– Les cristaux de cystine sont présents chez des patients
atteints de cystinurie : maladie génétique.
EXAMEN BACTERIOLOGIQUE
 Examen microscopique
• Dans de nombreux laboratoires, la recherche de
germes à l’examen microscopique se fait simultanément
à la détermination de la leucocyturie en cellule de
dénombrement
• Comme les levures cultivent lentement sur les milieux
habituellement ensemencés, leur observation à l’examen
direct invite à ensemencer des milieux adaptés
(exemple : gélose Sabouraud ou milieu chromogénique).
• La coloration de Gram manque de sensibilité, est peu
pratiquée.
• Coloration de Ziehl-Neelsen si suspicion d’infection à
mycobactéries
 Mise en culture
• Pourquoi?
- Dénombrement des bactéries urinaires : bactériurie
critère fiable pour le diagnostic de l'infection si toutes les
précautions ont été prises lors du recueil des urines, leur
transport et leur conservation. En effet, les faibles
contaminations liées aux bactéries présentes au niveau du méat
urétral se traduisent par des bactériuries bien inférieures à
celles des infections urinaires
- Étude de la sensibilité des bactéries aux antibiotiques
Ensemencement à l’anse calibrée 10 µL

• C’est la méthode la plus utilisée actuellement

• Elle nécessite un milieu non sélectif coulé en boite de
Petri et une anse calibrée de 10 µL
Déposer 10 µL d'urine bien homogénéisée sur
un rayon de la boite à l’aide d’une anse calibrée
stérile (a).
Étaler le dépôt en stries perpendiculaires au
rayon sur toute la surface de la gélose (b).
Incuber 18 à 24 heures à 37°C.
Rendre le résultat en nombre UFC / mL d'urine
 Méthode de la lame immergée
• Face 1: milieu CLED (Cystine Lactose Electrolyte
Déficient ; coloration verte)
• Face 2 : milieu Mac Conkey (couleur brun rouge)

La lecture est faite sur la gélose CLED (et non sur le milieu Mac
Conkey en raison de son caractère sélectif) en comparant la
densité des colonies avec une série de reproductions étalons
correspondant à : 103, 104, 105, 106, 107 UFC/mL d'urine

urines fortement
infectées →colonies
mal isolées
Méthode de l’ensemenceur en spirale
 milieux de culture
La plupart des infections urinaires sont monomicrobiennes et dues à
des entérobactéries donc à des bactéries non exigeantes. Un milieu de
base NON SÉLECTIF suffit le plus souvent.

CLED: Cystine Lactose

BCP: BromoCresol Purple Electrolyte Deficient
Peptones, Peptones,
extrait de viande de boeuf, extrait de viande,
agar, hydrolysat de caséine,
agar,
lactose,
cystine,
pourpre de bromocrésol
lactose,
Bleu de bromothymol
 Milieux chromogènes
• Les milieux chromogènes malgré un prix élevé,
sont préférés aux milieux classiques (BCP,
CLED). Ils permettent :
- une très bonne différenciation → détection
des urines polymicrobiennes,
- une identification directe d’Escherichia coli, du
genre Enterococcus, et de Proteus
mirabilis moyennant la réalisation de tests
complémentaires simples (EF, indole),
- une orientation de l’identification des KESC et des autres espèces
de Proteus, des genres Providencia ou Morganella
- une économie de réactifs (galeries…) et de temps de manipulation pour
le technicien.
- l’instauration plus rapide d’une antibiothérapie rationnelle.
Milieux chromogènes- exemples
• ces milieux chromogènes présentent quelques limites :
parfois des bactéries (surtout en milieu hospitalier)
n’ont pas les caractères enzymatiques attendus ou en
ont acquis d’autres → l’importance de rester vigilant
et de confronter les résultats de l’antibiogramme
avec l’identification
 Incubation des milieux de culture

• Les boites sont placées à 37°C pendant 18 à

24 heures.
• L’incubation est prolongée à 48 heures si on
suspecte un germe à croissance lente ou en
cas de discordance entre la leucocyturie et la
culture.
INTERPRETATION DES RESULTATS
• L'interprétation de l’ECBU est difficile et tient
principalement compte de:
- la leucocyturie,
- la bactériurie,
- la classe d’uropathogénicité des espèces isolées
- le nombre d’espèces isolées
- le contexte clinique.
• Le seuil de leucocyturie 104 /ml.

• Le seuil de bactériurie significative dépend de l'espèce

bactérienne en cause et du sexe du patient.
• Chez un patient symptomatique avec leucocyturie >104UFC/ml,
les seuils de bactériurie sont :

Espèces bactériennes Seuil de sexe

significativité
E. coli, Staphylococcus saprophyticus 103 UFC/ml Homme ou femme
Entérobactéries autres que E.coli, 103 UFC/ml Homme
entérocoque, Corynebacterium 104 UFC/ml Femme
urealyticum, Pseudomonas aeruginosa,
Staphylococcus aureus
Cas de la colonisation urinaire (sans signe clinique ) de la femme enceinte:
seuil = 105 UFC/ml (quelque soit la leucocyturie)

Référence: Recommandations SPILF 2015