Kubo stroomde in 2011 door vanuit de jeugd van Kyoto Sanga. Hij scoorde er achttien doelpunten in 66 competitiewedstrijden. Kubo tekende vervolgens in juni 2013 een vierjarig contract bij het ZwitserseBSC Young Boys. Hij debuteerde er op de eerste speeldag van het seizoen tegen FC Sion. Op 28 juli 2013 begon hij op de bank tegen FC Thun, viel hij tijdens de rust in bij een 0-2-achterstand en scoorde hij twee doelpunten. Even later scoorde Moreno Costanzo de 3-2 waardoor Young Boys een 0-2-achterstand omboog in winst.
Op 25 januari 2017 tekende Kubo een contract bij KAA Gent.[1] Hij debuteerde er vier dagen later in de wedstrijd Gent - Club Brugge en scoorde daarin meteen zijn eerste doelpunt voor de Gentenaars. De wedstrijd eindigde op 2-0. In totaal kwam hij in anderhalf seizoen 61 keer uit voor de Buffalo's en scoorde 22 goals.
In augustus 2018 maakte KAA Gent bekend dat Kubo naar de Bundesliga verhuisde. Hij werd gedurende het seizoen 2018/19 uitgeleend aan 1. FC Nürnberg.[2]
Bij de start van het seizoen 2019/20 keerde hij terug naar Gent. Hij speelde er tot aan de winterstop echter nog maar zes competitiewedstrijden. In januari 2020 verruilde hij KAA Gent voor het Amerikaanse FC Cincinnati.[3]