35

MODIFIKASI STRUKTUR DAN PREDIKSI AKTIVITAS ANTIKANKER

SENYAWA BARU TURUNAN ALILTIOUREA SECARA IN SILICO

*TRI WIDIANDANI, SISWANDONO

Departemen Kimia Farmasi, Fakultas Farmasi Universitas Airlangga
Jl. Dharmawangsa Dalam, Surabaya 60286 Indonesia
*Email : triwidiandani@yahoo.com

ABSTRACT
Modification of the structure in order to enhance the cytotoxic activity, carried out by the addition of benzoyl
group at aliltiourea. In this study, two new compounds are made by reacting allylthiourea with benzoyl chloride
and 4-cholorobenzoyl chloride which will form the compound N-(allylcarbamothioyl)benzamide and N-
(allylcarbamothioyl)-4-chlolorobenzamide. To predict in silico anticancer activity of the compound to be
synthesized performed docking using MVD v 5.5. The receptor is obtained from the PDB. From the results
obtained docking scores rerank value of compound modified (BATU: -87.1036 and 4-Cl-BATU: -98.7736) is
smaller than rerank score of hydroxyurea (HU: -41.9386) and allylthiourea (ATU: -53.9002). Thus it can be
predicted modified compound has a higher biological activity in silico. The next stage is synthesized a new
compound N-(allylcarbamothioyl)benzamide and N-(allylcarbamothioyl)-4-chlorobenzamide from nucleophilic
substitution mechanism Schotten Baumann method using triethylamine base. Retrieved white crystalline solid
and odorless with a presentation of the results for compound 1 by 45% and compound 2 by 47%. Tested the
purity of the compounds synthesized by determining the melting range and thin layer chromatography (TLC).
Confirmation of the structure of compounds made with the modified IR spectrophotometry and 1H-NMR and 13C-
NMR spectroscopy.

Keywords: allylthiourea, in silico, synthesis, N-(allylcarbamothioyl)benzamide and N-(allylcarbamothioyl)-4-

chlorobenzamide

PENDAHULUAN tersebut, dilakukan suatu rancangan obat

Kanker merupakan salah satu penyebab utama (Siswandono dan Soekardjo, 1998).
kematian di negara berkembang. Di Indonesia, Dalam upaya pengembangan obat antikanker
kanker menjadi penyumbang kematian kelima khususnya untuk mendapatkan aktivitas yang lebih
terbesar setelah penyakit jantung, stroke, saluran baik, maka dilakukan modifiksi struktur pada obat
pernafasan dan diare. Data dari Kementerian kanker yang masih digunakan, mempunyai struktur
Kesehatan (Kemenkes) tahun 2012 menyebutkan, sederhana dan secara kimia memungkinkan untuk
prevalensi kanker mencapai 4,3 banding 1.000 dimodifikasi.
orang. Bahkan Badan Kesehatan Dunia (WHO) Beberapa penelitian telah dilakukan oleh
dan Serikat Pengendalian Kanker Internasional Soekardjo (1989), Siswandono (1999) dan
(UICC) memprediksi, akan terjadi peningkatan Hardjono (2002) dan Widiandani (2013) yaitu
lonjakan penderita kanker sebesar 300 persen di memodifikasi struktur kimia pada senyawa: (1),
seluruh dunia pada tahun 2030 dan 70 persen dari benzoilurea, (2) N-benzoilsefaleksin dan (3) o-
jumlah tersebut terjadi di negara berkembang (benzoil)parasetamol. Ketiga senyawa yang
seperti Indonesia. Kenaikan prevalensi kanker di dimodifikasi mempunyai gugus amin primer (-
Indonesia menjadi masalah dalam pengobatan. NH2). Dengan mengacu pada ketiga penelitian di
Dalam bidang kesehatan dikenal beberapa cara atas, untuk memodifikasi struktur obat antikanker,
pengobatan kanker yaitu: (1) operasi, (2) foto perlu dicari obat antikanker yang masih digunakan,
radiasi, (3) imunoterapi dan (4) kemoterapi (Rang, strukturnya sederhana, dan mempunyai gugus amin
2011). Beberapa penelitian telah dilakukan untuk primer (-NH2). Turunan urea merupakan obat
pengembangan obat kanker baru. Pengembangan antikanker yang memenuhi kriteria tersebut.
obat baru pada awalnya bersifat coba-coba (trial Dalam upaya meningkatkan aktivitas sitotoksik
and error), sehingga memerlukan biaya yang besar. pada penelitian ini dilakukan penambahan gugus
Dalam perkembangannya untuk mengurangi resiko benzoil klorida dan 4-kloro benzoil klorida pada

Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, Vol.3 No. 1 Juni 2014

 36

aliltiourea yang akan menyebabkan sifat lipofilik, 2. Preparasi ligand uji

elektronik serta steriknya meningkat, sehingga Dibuat struktur 2-dimensi (2-D) 3-dan dimensi (3-
diharapkan aktivitas juga meningkat. D) aliltiourea dan senyawa turunan dengan
Untuk memprediksi aktivitas senyawa yang menggunakan program ChemBioOffice Ultra 11.0
akan disintesis, dilakukan uji in silico antara dan diminimalkan energinya dengan MMF94
aliltiourea dan turunannya dengan 2EUD sebagai
gambaran enzim ribonukleotida reduktase, serta 3. Docking dan analisis asam amino:
dibandingkan dengan hidroksiurea. Makin kecil 1. Diunduh reseptor yang mengandung ligand
harga energi ikatan menunjukkan bahwa ikatan standarnya yaitu : 2EUD
yang dihasilkan semakin stabil, sehingga 2. Dideteksi tempat obat terikat pada reseptor
diharapkan aktivitasnya juga semakin besar. (cavities).
Penambahan gugus benzoil dan 4-kloro benzoil 3. Diletakkan struktur 3-D senyawa aliltiourea dan
akan menyebabkan sifat lipofilik, elektronik serta dua senyawa turunan ke dalam cavities yang
steriknya meningkat, sehingga diharapkan aktivitras terpilih.
sitotoksiknya juga meningkat. 4. Dilakukan docking senyawa terhadap reseptor
Pada penelitian ini disintesis senyawa turunan 2EUD. Ditentukan parameter: MolDock Score,
aliltiourea dengan metode Schotten-Baumann. Rerank Score, HBond dan nilai RMSD.
Substitusi benzoil klorida terhadap gugus amin 5. Dilihat keadaan lingkungan senyawa turunan
akan menghasilkan senyawa baru dengan yaitu gambaran hidrofobik, elektronik dan
melepaskan asam klorida. Asam klorida yang ikatan H senyawa dan reseptor.
dilepaskan akan ditangkap oleh basa trietilamin
atau basa organik piridin (Clayden, 2012). 4. Prosedur sintesis
Selanjutnya dilakukan uji kemurnian, identifikasi Pada labu alas bulat 200 ml, 0,02 mol aliltiourea
dan konfirmasi struktur senyawa turunan dengan dicampur dengan 40 ml tetrahidrofuran dan 4 ml
spektrofotometer UV-Vis, spektrofotometer IR dan trietilamin. Ditambahkan larutan turunan benzoil
spektroskopi H1-NMR. klorida 0,01 mol dalam 20 ml tetrahidrofuran,
sedikit-sedikit sambil diaduk. Campuran diaduk
METODE PENELITIAN pada suhu kamar selama 1 jam. Campuran direfluks
Alat Penelitian di atas penangas air selama 4 jam sambil diaduk
Satu set peralatan sintesis; Mel Temp secara mekanis. Kemudian tetrahidrofuran diuapkan
Electrothermal; Spektrofotometer Ultra Violet; pada rotavapor. Hasil reaksi kemudian ditambah
Spektrometer Fourier Transform Inframerah (FT- larutan natrium bikarbonat jenuh sambil diaduk
IR); Spektrometer Resonansi Magnit Inti (RMI) sehingga tidak keluar buih lagi. Hasil disaring
dengan corong Buchner, dicuci dengan 50 ml air 2
Bahan Penelitian kali.
Aliltiourea p.s.; benzoil klorida p.s; 4 Rekristalisasi dilakukan dengan perbandingan
klorobenzoil klorida p.s; Tetrahidrofuran p.a; Etil etanol-air. Residu dipindahkan ke gelas beker yang
asetat p.a.; Metanol p.a.; Etanol p.a; Aseton p.a.; diletakkan di atas pemanas, suhu diatur 70º – 80ºC,
Kloroform p.a. sambil ditambahkan etanol sedikit demi sedikit
sampai tepat larut. Larutan disaring dalam keadaan
Rancangan Penelitian panas, filtrat dibiarkan dalam suhu kamar sampai
Penelitian yang dilakukan merupakan penelitian dingin dan dibiarkan semalam. Kristal yang
eksperimental terhadap senyawa turunan, yang terbentuk disaring dengan corong Buchner. Kristal
terdiri dari: 1). uji in silico, 2) sintesis. yang terbentuk dipindahkan ke gelas petri, yang
Metode In Silico sudah diketahui beratnya, dikeringkan dalam oven
1. Preparasi Reseptor pada suhu tetap 50ºC, kemudian ditimbang untuk
diunduh reseptor ribonukleotida reduktase dengan mengetahui beratnya.
kode 2EUD dari Protein Data Bank

Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, Vol.3 No. 1 Juni 2014

 37

HASIL DAN PEMBAHASAN Berikut gambar ikatan hidrogen yang terlibat

Uji In Silico pada proses interaksi senyawa aliltiourea dan kedua
Hasil pembuatan struktur senyawa 2-Dimensi senyawa turunannya dengan reseptor ribonukleotida
dan 3-Dimensi dengan menggunakan program reduktase.
ChemBioDraw Ultra 11.0 dan ChemBio3D Ultra
11.0 ditunjukkan pada gambar di bawah

A
Gambar 2. Tidak terbentuk Ikatan Hidrogen pada
proses interaksi aliltiourea dengan reseptor
2EUD

C
Gambar 3. Ikatan Hidrogen pada proses interaksi
Gambar 1. Struktur 3D senyawa aliltiourea (ATU), senyawa N-(alilkarbamotioil)benamida
N-(alilkarbamotioil)benzamida (BATU) dan N- dengan reseptor 2EUD
(alilkarbamotioil)-4-klorobenzamida (4-Cl-BATU)
yang telah diminimalkan energinya dengan MMF94

Hasil Doking
Hasil doking dari hidroksiurea dan senyawa yang
akan dimodifikasi dapat dilihat pada tabel 1 berikut:

Tabel 1. Hasil Perolehan Doking

Kode Senyawa Rerank Score
Gambar 4 Ikatan Hidrogen pada proses interaksi
HU -41.9386
senyawa N-(alilkarbamotioil)-4-
ATU -53.9002 klorobenzamida dengan reseptor 2EUD
BATU -87.1036
4-Cl-BATU -98.7736 Senyawa Hasil Sintesis
Senyawa hasil sintesis yang dihasilkan melalui
Dari hasil doking diperoleh nilai rerank score reaksi asilasi antara senyawa awal aliltiourea
dari senyawa hasil modifikasi (BATU:-87.1036 dan dengan pereaksi turunan benzoil klorida sebagai
4-Cl-BATU: -98.7736) adalah lebih kecil dibanding berikut:
rerank score hidroksiurea (HU: -41.9386) dan Sintesis senyawa aliltiourea dengan benzoil klorida
aliltiourea (ATU: -53.9002). Hal ini menunjukkan didapatkan senyawa N-(alilkarbamotioil)benzamida
bahwa senyawa hasil modifikasi memiliki energi (senyawa 1)
ikatan yang lebih kecil sehingga ikatan yang terjadi
lebih stabil. Dengan demikian dapat diperkirakan
senyawa hasil modifikasi memiliki aktivitas
biologis yang lebih besar secara uji in silico.

Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, Vol.3 No. 1 Juni 2014

 38

Sintesis senyawa aliltiourea dengan 4-klorobenzoil kalorida didapatkan senyawa N-(alilkarbamotioil)-4-

klorobenzamida (Senyawa 2)

Tabel 2. Berat senyawa hasil sintesis dinyatakan bahwa senyawa hasil sintesis adalah
Senyawa Berat Berat % Hasil murni secara KLT
hasil teoritis Sintesis
sintesis Penentuan Jarak Lebur
Senyawa 1 2.5 g 5.5 g 45
Pada uji kemurnian dengan penentuan jarak lebur
Senyawa 2 3.0 g 6.4 g 47
digunakan alat Fisher-John melting point apparatus
Uji Kemurnian Senyawa Hasil Sintesis dengan tiga kali replikasi. Hasil yang diperoleh
dapat dilihat pada tabel 4 sebagai berikut:
Senyawa Hasil Sintesis Senyawa hasil sintesis diuji
kemurnian yang dapat dilihat pada Tabel 3. Tabel 4. Penentuan jarak lebur

Tabel 3 Tabel uji kemurnian KLT

Senyawa Jarak Noda Rf
(cm)
ATU 1.2 0.30
BATU 2.6 0.65
4-Cl-BATU 2.7 0.68
Fase diam = Silika gel 60 GF254
Penampak noda = Lampu UV 254 nm
Pelarut = Aseton

Uji kemurnian senyawa hasil sintesis secara

Hasil di atas menunjukkan bahwa jarak lebur yang
KLT dilakukan dengan menggunakan fase diam
dari kedua senyawa hasil modifikasi memiliki jarak
kieselgel 60F254 dan penampak noda UV 254 nm.
lebur yang pendek (<2 0C,) yang menandakan
Digunakan fase gerak heksan : aseton berdasarkan
bahwa kedua senyawa telah murni secara penentuan
hasil optimasi: = 3 : 2. Dari eluen tersebut, dihitung
jarak lebur (Pavia, 2009).
nilai Rf noda aliltiourea dan senyawa hasil
modifikasi dengan jarak tempuh eluen 4.0 cm.
Konfirmasi Struktur Senyawa Hasil Sintesis
Berdasarkan Tabel 3, senyawa hasil sintesis
Konfirmasi struktur senyawa hasil sintesis
memiliki nilai Rf yang lebih besar dibanding
dilakukan dengan spektrofotometer IR dan
aliltiourea. Hal ini menunjukkan bahwa senyawa 1 13
spektrometer H-NMR dan C-NMR.
hasil sintesis memiliki lipofilitas yang lebih besar
dibanding aliltiourea. Perbedaan nilai Rf tersebut
juga menunjukkan bahwa senyawa hasil sintesis
berbeda dengan aliltiourea. Sehingga dapat

Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, Vol.3 No. 1 Juni 2014

 39

Hasil Uji IR modifikasi 2 adalah N-(alilkarbamotioil)-4-

Dari hasil konfirmasi struktur secara klorobenzamida.
spektrofotometri inframerah di atas menunjukkan
adanya perubahan struktur pada senyawa hasil KESIMPULAN
sintesis yaitu ditandai dengan munculnya bilangan Pada penelitian ini kesimpulan yang dapat
gelombang 1670 cm-1 pada modifikasi 1 dan 1666 dilaporkan adalah:
cm-1 pada modifikasi 2. Hal tersebut menunjukkan 1. Secara in silico senyawa baru N-
terdapatnya gugus C=O karbonil pada senyawa (alilkarbamotioil)benzamida dan N-
hasil modifikasi yang tidak dimiliki oleh senyawa (alilkarbamotioil)-4-klorobenzamida memikili
awal. Selain itu pada spektra kedua senyawa hasil aktivitas yang lebih besar dibanding hidroksiurea.
modifikasi ditandai pula dengan hilangnya gugus 2. Dapat disintesis senyawa baru N-
R-NH2 amin primer milik senyawa awal aliltiourea (alilkarbamotioil)benzamida dan N-
(alilkarbamotioil)-4-klorobenzamida melalui reaksi
Hasil Uji 1H-NMR asilasi dengan metode Schoten Baumann.
Dari hasil konfirmasi struktur diketahui senyawa
modifikasi 1 memiliki 12 atom H dan senyawa DAFTAR PUSTAKA
modifikasi 2 memiliki 11 atom H. Hal ini jelas Andre S.K., Adrianan C.G., Plinio C.C., Patricia
membedakan dari senyawa awal yaitu aliltiourea D.L., Marcelo O.B., Lusania M., Greggi
yang hanya memiliki 8 atom H. Sehingga senyawa A., Rommel R.B., 2004, Genetics and
Molecular Biology, Vol 27, no 1, Sau
hasil sintesis bukan merupakan senyawa awal Paulo
ailtiourea. Dari spektrum kedua senyawa hasil
Cambridgesoft, 2008, CamBioDraw Ultra 11 for
sintesis terdapat pergeseran diantara 7.4-7.8 ppm,
Tutorial, All Right Reserved.
yang menunjukkan adanya cincin benzena, pada
senyawa modifikasi 1 pada pergeseran tersebut Clayden, Greeves, Warren & Wothers, 2012,
Organic Chemistry, 2nd ed., Oxford
memiliki intensitas relatif 5 yang menunjukkan University Press, New York. pp: 279-303
hanya ada satu atom C yang tidak memiliki atom H
CLCbio, 2012, Molegro Virtual Docker User
atau berikatan dengan gugus lain. Sedangkan pada
Manual, MVD 2012.5.5 for Windows,
senyawa modifikasi 2 terdapat intensitas relatif 4 Linux, and Mac OS X, Molegro – A
(double doublet) yang menunjukkan ada 2 atom C CLC bio company.
yang tidak berikatan dengan atom H atau berikatan
Hardjono, S., 2002, Sintesis Senyawa Baru
denga gugus lain yaitu pada posisi para Turunan Benzoil-N-Sefaleksin untuk
Meningkatkan Aktivitas Antibakteri
Hasil Uji 13C-NMR Terhadap Pseudomopnas Aeruginosa,
Dari hasil konfirmasi struktur 13C-NMR Laporan Penelitian RUT VIII,
Kementerian Ristek RI, LIPI
diketahui senyawa modifikasi 1 memiliki 11 atom
C dengan 9 macam tipe dan senyawa modifikasi 2 Manjula S.N., Noolvi N.M., Parihar K.V., Reddy
memiliki 10 atom C dengan 8 macam tipe. Hal ini S.A.M., Ramani V., 2009, Synthesis and
antitumor activity of optically active
jelas membedakan dari senyawa awal yaitu thiourea and their 2-
aliltiourea yang hanya memiliki 4 atom C. aminobenzothiazole derivatives: a novel
Sehingga senyawa hasil sintesis bukan merupakan class of anticancer agents., European
senyawa awal ailtiourea. Dari spektrum kedua Journal of Medicinal Chemistry (2009)
senyawa hasil sintesis terdapat pergeseran diantara Volume: 44, Issue: 7: 2923-2929
127.5-131.9 ppm yang menunjukkan adanya Pavia D. L., Lampman, G. M., Kriz., G. S.,
dugaan atom C dari cincin benzena. Vyvyan, J. R., 2009. Introduction to
Spectroscopy, fourth edition,
Dengan demikian, berdasarkan hasil konfirmasi
Brooks/Cole Cengagar Learning,
struktur dengan spektro inframarah, spektroskopi Belmont, USA, pp:70-71; 125; 178
1
H-NMR dan 13C-NMR dapat disimpulkan bahwa
Rang H. P., Dale M. M., & Ritter J. M., 2011,
senyawa modifikasi 1 adalah N-
Pharmocology. 7th edition. Churchill
(alilkarbamotioil)benzamida dan senyawa hasil Livingstone, USA, pp: 673-678

Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, Vol.3 No. 1 Juni 2014

 40

Siswandono, 1999, Modifikasi Struktur dan

Hubungan Struktur Aktivitas Senyawa-
senyawa Baru Turunan Benzoilurea,
Desertasi Universitas Airlangga,
Surabaya.
Siswandono dan Soekardjo B., 1998, Prinsip-
prinsip Rancangan Obat, Airlangga
University Press. pp: 188-189
World Health Organization, 2014. Cancer. Diakses
dari www.who.int pada 13 Nopember
2014 pukul 18.50 WIB

Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, Vol.3 No. 1 Juni 2014