L'Havre Athletic Club è famoso per affermare di essere la società più vecchia del calcio francese. Tuttavia, occorre notare che la fondazione del club (nato come polisportiva) nel 1872 non è attestata da nessun documento dell'epoca. Inoltre, la traccia più vecchia di una partita di calcio disputata dalla squadra risale al 1894.
La contesa sul club più anziano mette di fronte numerose altre squadre francesi, soprattutto parigine come il Paris Association Football Club, fondato nel 1890 ma non più esistente, e lo Standard Athletic Club, fondato dagli inglesi nel 1892 ed ancora esistente.
La società nacque nel 1894 in seguito all'esplosione della passione per il calcio, portato in Francia dagli inglesi. I colori sociali (chiamati notoriamente ciel et marine) sono il celeste ed il blu, che rappresentano un riconoscimento nei confronti delle due Università più prestigiose di Inghilterra: Oxford (blu) e Cambridge (celeste).
Nel 1899 la squadra vinse il titolo di Campione di Francia senza giocare neppure una partita a causa del ritiro delle altre squadre. Il successo venne bissato l'anno successivo (1900).
Se si esclude la finale di Coppa di Francia raggiunta e persa nel 1920, all'inizio non sono tante le soddisfazioni per la società “nonna” del calcio francese[senza fonte]. Nel 1933 il club adotta lo statuto professionistico ottenendo successivamente la promozione al campionato di prima divisione da dove retrocederà nel 1947. Risalito nella massima serie (1950), il club staziona nell'élite del calcio francese per sette anni durante i quali raggiunge il suo miglior piazzamento di sempre: il 3º posto nel 1951 dopo aver lottato tutto il campionato per il titolo.
Una nuova retrocessione e la crisi finanziaria fanno vacillare la società ma tutto viene risolto. Anzi, nel 1959 il Le Havre scrive una della pagine memorabili della sua lunga storia; al successo in seconda divisione e il conseguente ritorno in prima, si aggiunge la storica vittoria nella Coppa di Francia.
Nel 1962 un'altra retrocessione nella serie cadetta è resa più dura dal fatto che la squadra ritroverà il massimo campionato soltanto 23 anni più tardi. Sono tempi duri che portano i normanni addirittura in terza serie. Viene abbandonato pure lo status professionistico.
Nel 1979 arriva la promozione in seconda divisione dopo otto anni nella D3. La società ritorna professionistica nel 1981 e raggiunge nuovamente la massima serie nel 1985 per restarci tre anni. Nel 1991, la quinta promozione in prima divisione apre un nuovo capitolo che vedrà restare i normanni per ben nove anni nell'élite del calcio francese.
Promosso per la sesta volta in Ligue 1 nel 2002, è retrocesso dopo due anni trascorsi in massima serie. Dal 2004 al 2008 ha militato nuovamente in Ligue 2. La nuova promozione è giunta al termine della stagione 2007-2008, ma dopo una sola stagione in Ligue 1, la squadra normanna è tornata nella divisione cadetta.
Nella stagione 2022-2023 vince il campionato di seconda divisione tornando in Ligue 1 dopo 14 anni.
I colori ufficiali del club sono il celeste ed il blu marino. La scelta di questi due colori deriva da un compromesso tra i due fondatori del club che volevano utilizzare come colori societari quelli delle proprie università di origene: l'università di Oxford e l'università di Cambridge.[1][2]