Klub po dwóch zdobytych tytułach mistrzowskich na przełomie obu tysiącleci spisywał się coraz słabiej aż w końcu popadł w tarapaty finansowe, które zmusiły go do wycofania się z rozgrywek pierwszoligowych przed sezonem 2005/06. Ostatnim poważnym sukcesem klubu był finał Pucharu Azerbejdżanu w sezonie 2001/02, w którym Şəmkir FK zmierzył się z klubem Neftçi PFK. W 84 minucie sędzia podyktował rzut karny dla przeciwników. Piłkarze Şəmkir FK nie zgodzili się z decyzją sędziego i opuścili plac gry. Puchar przyznano ich przeciwnikom.
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe
Krywbas Krzywy Róg
Skonto
Slavia Praga
Barry Town
SK Tbilisi
