Em 2021 a Cantábria era composta por 102 municípios. Em geral cada município tem várias localidades e bairros. Alguns deles têm o nome de uma das suas localidades (nem sempre a capital) e outros têm nomes que não correspondem a nenhuma das suas localidades. Como acontece com todos os municípios espanhóis, cada um deles tem o seu próprio governo local (ayuntamiento). Um dos municípios da comunidade autónoma — Valle de Villaverde — é um enclave no País Basco, que está completamente rodeado por territórios de municípios da província da Biscaia.[a]
A Mancomunidade de Campoo-Cabuérniga é um caso sui generis de divisão territorial, pois não pertence a nenhum município e a sua gestão é feita conjuntamente pelos municípios de Hermandad de Campoo de Suso, Cabuérniga, Los Tojos e Ruente. Na prática é uma herdade enorme, com 65,5 km² de pastagens e bosques, usada para alimentar gado bovino de raça Tudanca [es] e, em menor medida, também equídeos, onde persistem tradições pecuárias de trasterminância [es] (transumância com percursos relativamente curtos).
