QRICH2
| QRICH2 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | QRICH2 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 618304 MGI: 2684912 HomoloGene: 12951 GeneCards: QRICH2 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 17: 76.27 – 76.31 Mb | Chr 11: 116.33 – 116.36 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Glutaminom bogati protein 2 je protein koji je kod ljudi kodiran genom QRICH2 na hromosomu 17.[5][6] Funkcija proteina QRICH2 uglavnom je nepoznata, ali pokazalo se da gen QRICH2 sadrži gluteninski domen velike molekulske težine i domen ATPaza. Gen QRICH2 je visoko eksprimiran u sjemenicima,[7] a subćelijska lokacija proteina je u jedru.[8]
Dužina polipeptidnog lanca je 1.663 aminokiseline, а molekukska težina 180.827[9].
Aminokiselinska sekvenca
- Simboli
C: Cistein
D: Aspartat
E: Glutamat
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MKDAAEELSF | ARVLLQRVDE | LEKLFKDREQ | FLELVSRKLS | LVPGAEEVTM | ||||
| VTWEELEQAI | TDGWRASQAG | SETLMGFSKH | GGFTSLTSPE | GTLSGDSTKQ | ||||
| PSIEQALDSA | SGLGPDRTAS | GSGGTAHPSD | GVSSREQSKV | PSGTGRQQQP | ||||
| RARDEAGVPR | LHQSSTFQFK | SDSDRHRSRE | KLTSTQPRRN | ARPGPVQQDL | ||||
| PLARDQPSSV | PASQSQVHLR | PDRRGLEPTG | MNQPGLVPAS | TYPHGVVPLS | ||||
| MGQLGVPPPE | MDDRELIPFV | VDEQRMLPPS | VPGRDQQGLE | LPSTDQHGLV | ||||
| SVSAYQHGMT | FPGTDQRSME | PLGMDQRGCV | ISGMGQQGLV | PPGIDQQGLT | ||||
| LPVVDQHGLV | LPFTDQHGLV | SPGLMPISAD | QQGFVQPSLE | ATGFIQPGTE | ||||
| QHDLIQSGRF | QRALVQRGAY | QPGLVQPGAD | QRGLVRPGMD | QSGLAQPGAD | ||||
| QRGLVWPGMD | QSGLAQPGRD | QHGLIQPGTG | QHDLVQSGTG | QGVLVQPGVD | ||||
| QPGMVQPGRF | QRALVQPGAY | QPGLVQPGAD | QIDVVQPGAD | QHGLVQSGAD | ||||
| QSDLAQPGAV | QHGLVQPGVD | QRGLAQPRAD | HQRGLVPPGA | DQRGLVQPGA | ||||
| DQHGLVQPGV | DQHGLAQPGE | VQRSLVQPGI | VQRGLVQPGA | VQRGLVQPGA | ||||
| VQRGLVQPGV | DQRGLVQPGA | VQRGLVQPGA | VQHGLVQPGA | DQRGLVQPGV | ||||
| DQRGLVQPGV | DQRGLVQPGM | DQRGLIQPGA | DQPGLVQPGA | GQLGMVQPGI | ||||
| GQQGMVQPQA | DPHGLVQPGA | YPLGLVQPGA | YLHDLSQSGT | YPRGLVQPGM | ||||
| DQYGLRQPGA | YQPGLIAPGT | KLRGSSTFQA | DSTGFISVRP | YQHGMVPPGR | ||||
| EQYGQVSPLL | ASQGLASPGI | DRRSLVPPET | YQQGLMHPGT | DQHSPIPLST | ||||
| GLGSTHPDQQ | HVASPGPGEH | DQVYPDAAQH | GHAFSLFDSH | DSMYPGYRGP | ||||
| GYLSADQHGQ | EGLDPNRTRA | SDRHGIPAQK | APGQDVTLFR | SPDSVDRVLS | ||||
| EGSEVSSEVL | SERRNSLRRM | SSSFPTAVET | FHLMGELSSL | YVGLKESMKD | ||||
| LDEEQAGQTD | LEKIQFLLAQ | MVKRTIPPEL | QEQLKTVKTL | AKEVWQEKAK | ||||
| VERLQRILEG | EGNQEAGKEL | KAGELRLQLG | VLRVTVADIE | KELAELRESQ | ||||
| DRGKAAMENS | VSEASLYLQD | QLDKLRMIIE | SMLTSSSTLL | SMSMAPHKAH | ||||
| TLAPGQIDPE | ATCPACSLDV | SHQVSTLVRR | YEQLQDMVNS | LAVSRPSKKA | ||||
| KLQRQDEELL | GRVQSAILQV | QGDCEKLNIT | TSNLIEDHRQ | KQKDIAMLYQ | ||||
| GLEKLEKEKA | NREHLEMEID | VKADKSALAT | KVSRVQFDAT | TEQLNHMMQE | ||||
| LVAKMSGQEQ | DWQKMLDRLL | TEMDNKLDRL | ELDPVKQLLE | DRWKSLRQQL | ||||
| RERPPLYQAD | EAAAMRRQLL | AHFHCLSCDR | PLETPVTGHA | IPVTPAGPGL | ||||
| PGHHSIRPYT | VFELEQVRQH | SRNLKLGSAF | PRGDLAQMEQ | SVGRLRSMHS | ||||
| KMLMNIEKVQ | IHFGGSTKAS | SQIIRELLHA | QCLGSPCYKR | VTDMADYTYS | ||||
| TVPRRCGGSH | TLTYPYHRSR | PQHLPRGLYP | TEEIQIAMKH | DEVDILGLDG | ||||
| HIYKGRMDTR | LPGILRKDSS | GTSKRKSQQP | RPHVHRPPSL | SSNGQLPSRP | ||||
| QSAQISAGNT | SER |
| Broj NCBI reference | Dužina | Lokacija | Molekulska težina | PI |
|---|---|---|---|---|
| mRNA: NM_032134.1
Protein: NP_115510.1 |
iRNK: 5411 bp
Protein: 1663 aa |
17q25.1 | 180,8 kdal | 6,25 |
Gen
[uredi | uredi izvor]QRICH2 iRNK duga je 5,411 bp, a njegov hromosomski položaj kod ljudi je 17q25.1. Ima 19 egzona i sadrži dvija glavna funkcijska domena: domen glutenina velike molekulske težine (aminokiseline 446-979) i domen koji uključuje ATPaze (aminokiseline 1036-1413 ). QRICH2 nalazi se između gena UBAL D2 i gena PRPSAP1 na hromosomu 17.[10] Ne postoji predviđena struktura zvana matična petlja na iRNK ovog gena, jer ne postoje komplementarne sekvence RNK.[11]
Protein
[uredi | uredi izvor]Protein QRICH2 dugačak je 1663 aminokiseline, a 10,9% aminokiselina je Glutamin (Q). 38% sekundarne strukture proteina QRICH2 je alfa-zavojnica, 39% je beta-list i 13% se obrće.[12][13] Tip ljudskog tkiva s najvišim nivoom ekspresije QRICH2 su sjemenici, što potvrđuje i profil ekspresije gena za miševe i pse.[14] Subćelijska lokacija proteina QRICH2 je u jedru. QRICH2 je topivi protein, njegova prosječna hidrofobnost je –0.5995.[15] QRICH2 protein ima interakcije sa brojnim ostalim proteinima, uključujući SSSCA1, TSSC1, GAPDH, NUP98 i SNAI1.[5]
Homologija[16]
[uredi | uredi izvor]Paralozi
[uredi | uredi izvor]| Vrsta | Gen | Pristup (iRNK) | Dužina (bp) | E-vrijednost | Identitet | Pokrivenost | Lokacija |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Čovjek | FLJ25373 | AK058102 | 1499 | 0,0 | 99% | 27% | ch7 |
Sekvence iRNK FLJ25737-a [17] savršeno se podudaraju s dvije regije na QRICH2 iRNK (bp 3157-4302 na QRICH2 podudaraju se s bp 1-1146 na FLJ25737, bp 4998-5307 na QRICH2 odgovaraju s bp 1140-1499 na FLJ25737). Međutim, FLJ25737 lociran je na hromosomu 7, a QRICH2 na hromosomu 17.
| Vrsta | Protein | Pristup (Protein) | Dužina (aa) | E-vrijednost | Identitet | Pokrivenost | Lokacija |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Čovjek | Sperminoliki protein 1 | NP_001012998.2 | 632 | 6.00e-46 | 34% | 39% | Xq21.1 |
| Čovjek | Proteinska pikolo izoforma 1 | NP_149015.2 | 5142 | 3.00e-10 | 30% | 33% | 7q11.23 |
Ortolozi
[uredi | uredi izvor]| Vrsta | Uobičajeno ime | Divergencija od ljudi
(milioni godina) |
Pristup (Protein) | Dužina (aa) | Identitet | Pokrivenost |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Rattus norvegicus | Smeđi pacov | 92,3 | XP_577148.4 | 1971 | 51% | 99% |
| Nomascus leucogenys | Gibon | 20,4 | XP_003279182.2 | 1768 | 80% | 99% |
| Canis lupus familiaris | Pas | 94,2 | XP_533125.3 | 1936 | 67% | 99% |
| Loxodonta africana | Slon | 98,7 | XP_003417424.1 | 1973 | 65% | 99% |
| Ailuropoda melanoleuca | Panda | 94,2 | XP_002919929.1 | 1903 | 64% | 99% |
| Otolemur garnettii | Lemur | 74 | XP_003785524.1 | 1963 | 63% | 99% |
| Sus scrofa | Divlja svinja | 94.2 | XP_003131230.1 | 1983 | 63% | 99% |
| Cavia porcellus | Zamorčić | 92,3 | XP_003461498 | 1852 | 61% | 99% |
| Felis catus | Mačka | 94,2 | XP_003997276.1 | 1755 | 61% | 98% |
| Papio anubis | Babun | 29 | XP_003913523.1 | 2043 | 80% | 97% |
| Gorilla gorilla | Gorila | 8,8 | XP_004041087 | 507 | 99% | 30% |
| Mus musculus | Kućni miš | 92,3 | NP_001028439.1 | 592 | 77% | 30% |
Protein QRICH2 ima dobro konzervirane ortologe kod mnogih vrsta. Ortologne proteinske sekvence se vrlo dobro podudaraju u regiji u kojoj je domen glutenina velike molekulske težine i domen koji uključuje ATPazu.
Funkcija
[uredi | uredi izvor]Funkcija proteina QRICH2 uglavnom je nepoznata. Pokazalo se da pripada općim ekspresijskim grupama na ljudskom hromosomu 17, gdje pripadaju:[18] NCOR1, GFAP, QRICH2, ANAPC11 i PER1. Također može biti i nadregulirani gen uključen u ćelijsku adheziju i ćelijsku morfogenezu.[19] Visoka ekspresija gena QRICH2 u testisima može sugerirati da protein QRICH2 ima neke funkcije povezane s proizvodnjom muških hormona. Protein QRICH2 ima neke sličnosti sekvence sa spermidinom/sperminom N (1) acetil-sličnim proteinom 1 kod nekoliko vrsta.[16]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000129646 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000070331 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b "Genecards: QRICH2". Genecards, The Human Gene Compendium.
- ^ "NCBI Nucleotide: QRICH2". National Center for Biotechnology Information, Nucleotide Database.
- ^ "NCBI Gene Expression Omnibus (GEO): QRICH2 expression in various tissues in human".
- ^ "PSORT II Prediction".
- ^ "UniProt, Q9H0J4". Pristupljeno 12. 9. 2017.
- ^ "NCBI Gene: QRICH2".
National Center for Biotechnology Information, Gene Database
- ^ "Nucleic acid dot plot". Arhivirano s originala, 19. 8. 2015. Pristupljeno 10. 6. 2021.
- ^ "CHOFAS tool". San Diego Supercomputer Center.
- ^ Chou PY, Fasman GD (1978). Prediction of the secondary structure of proteins from their amino acid sequence. Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol. Advances in Enzymology - and Related Areas of Molecular Biology. 47. str. 45–148. doi:10.1002/9780470122921.ch2. ISBN 9780470122921. PMID 364941.
- ^ "Expression data (EST profile) for QRICH2". Unigene NCBI.
- ^ "SOSUI, Classification and Secondary Structure Prediction". Expasy Bioinformatics Resource Portal.
- ^ a b "NCBI BLAST". Basic Local Alignment Search Tool.
- ^ "NCBI FLJ25737". NCBI Nucleotide Database.
- ^ Zaravinos A, Lambrou GI, Boulalas I, Delakas D, Spandidos DA (2011). "Identification of common differentially expressed genes in urinary bladder cancer". PLOS ONE. 6 (4): e18135. doi:10.1371/journal.pone.0018135. PMC 3070717. PMID 21483740.
- ^ Król M, Pawłowski KM, Szyszko K, Maciejewski H, Dolka I, Manuali E, Jank M, Motyl T (2012). "The gene expression profiles of canine mammary cancer cells grown with carcinoma-associated fibroblasts (CAFs) as a co-culture in vitro". BMC Vet. Res. 8: 35. doi:10.1186/1746-6148-8-35. PMC 3355042. PMID 22453032.