Bioquim 3 Lipidos

Fundamentos de Bioquímica y
Microbiología
Prof. Erick Scheuermann S.

Departamento de Ingeniería Química
Universidad de La Frontera
Proteínas
Aminoácidos: estructura
Todos los aminoácidos poseen un grupo amino (NH3+) y
uno carboxilo (COO-) separados entre sí por un solo átomo
de carbono, el carbono alfa (α).
El carbono alfa (α) está unido a un hidrógeno y al grupo de

cadena lateral, que se representa con la letra R.
De todos los posibles aminoácidos, sólo 20 suelen estar

presentes en proteínas.
Objetos que son imágenes especulares no superponibles se
dicen que son quirales.
Un centro quiral muy común en biomoléculas es un átomo

de carbono unido a cuatro grupos distintos.
En todos los aminoácidos comunes, salvo la glicina, el

carbono alfa (α) está unido a cuatro grupos distintos, lo que
da origen a dos formas de imagen especular no
superponibles, los cuales constituyen esteroisómeros.
Los dos esteroisómeros de cada aminoácido de designan

aminoácidos L y D con base en la similitud con el estándar
gliceraldehído.
La forma L del gliceraldehído tiene el grupo hidroxilo del

lado izquierdo de la molécula y la forma D lo tiene del lado
derecho.
Los grupos R de los aminoácidos se clasifican según su
naturaleza en polar o no polar (apolar) y en función de ser un
ácido o una base.
Los átomos de carbono de la cadena lateral (R) se nombran

con las letras griegas (β, γ, δ y ε) contando a partir del
carbono alfa (α) .
Un átomo terminal de carbono se denomina carbono ω.

Aminoácidos que forman las proteínas
Enlace peptídico y los péptidos: estructura
Los aminoácidos individuales pueden encadenarse formado
enlaces covalentes, que se denominan enlaces peptídicos.
El enlace se forma entre el grupo α-carboxilo de un

aminoácido y el grupo α-amino del siguiente, con eliminación
de una molécula de agua.
La pérdida de agua deja residuos de aminoácidos

encadenados.
Los compuestos formados por la reacción entre un grupo
amino y un grupo carboxilo también se llaman amidas.
El enlace peptídico puede escribirse como hibrido de
resonancia de dos estructuras, una con un enlace sencillo
entre el carbono y el nitrógeno y otra con un doble enlace
entre el carbono y el nitrógeno.
El enlace peptídico tiene carácter parcial de doble enlace;

por ello, el grupo peptídico que forma el eslabón entre los
aminoácidos es plano.
El enlace peptídico es más fuerte que un enlace sencillo

ordinario gracias a esta estabilización por resonancia.
Todo esto tiene implicancia en las conformaciones

estructurales de los péptidos y proteínas, pues la rotación en
torno a un enlace peptídico es insignificante.
Proteínas: estructura
En una proteína se encadenan muchos aminoácidos (por lo
regular más de 100) mediante enlaces peptídicos para formar
una cadena polipeptídica.
Las proteínas biológicamente activas son polímeros

formados por aminoácidos que se eslabonan mediante enlaces
peptídicos covalentes.
A las estructuras tridimensionales proteicas que tienen

actividad biológica se les denominan conformaciones nativas.
Dada la complejidad de las proteínas, éstas se definen en

términos de cuatro niveles de estructura.
Estructura primaria
Es el orden en que se enlazan en forma covalente los

aminoácidos.
El orden de los aminoácidos se puede escribir en una línea.
La estructura primaria es el primer paso unidimensional para

especificar la estructura tridimensional de una proteína.
Estructura secundaria
Es el acomodo en el espacio de los átomos del esqueleto

peptídico.
Dos tipos de estructura secundaria son la α hélice y la lámina

β plegada.
Tienen interacciones repetitivas que son el resultado de la

formación de puentes de hidrógeno H – O entre los grupos
amida y carbonilo del esqueleto peptídico.
Las conformaciones de las cadenas laterales de los

aminoácidos no forman parte de estructura secundaria.
Por lo tanto, la estructura secundaria es el plegamiento que la

cadena polipeptídica adopta gracias a la formación de puentes
de hidrógeno entre los átomos que forman el enlace peptídico.
Dentro de cada residuo de aminoácido hay dos enlaces cuya

rotación es más o menos libre:
(1) Carbono α y nitrógeno amínico del residuo;
(2) Carbono α y carbono carboxílico del residuo.

Carbono α
Estructura secundaria La α hélice.
La α hélice tiene forma cilíndrica y en ella interviene una

sola cadena polipeptídica.
Se estabiliza con puentes de hidrógeno paralelos al eje de

la hélice dentro del esqueleto de una sola cadena
polipeptídica.
Desde el extremo terminal N, el grupo C O de cada

residuo de aminoácido forma un puente de hidrógeno con el
grupo N-H del aminoácido que está a una distancia de cuatro
residuos en la sucesión covalente.
La conformación helicoidal permite la alineación de los

átomos que participan en los puentes de hidrógeno, lo que
confiere a los enlaces una fuerza máxima y hace a la α hélice
muy estable.
Modelo de la proteína
hemoglobina, donde se
aprecian las regiones
helicoidales.
Estructura secundaria La triple hélice de colágeno.
La α hélice.
Estructura secundaria La lámina β plegada.
La lámina β plegada puede producir una formación

bidimensional y en ella pueden intervenir una o más cadenas
polipeptídicas. El esqueleto peptídico está casi totalmente
extendido.
Se pueden formar puentes de hidrógeno entre diferentes

partes de una sola cadena que se pliega sobre sí misma
(enlaces intracadena) o entre diferentes cadenas (enlaces
intercadenas).
Lámina plegada paralela o antiparalela: cadenas

adyacentes corren en el mismo sentido o en sentido
contrario.
Los puentes de hidrógeno son perpendiculares a la

dirección de la cadena proteínica y no paralelos a ella como
en la α hélice.
Estructura terciaria
Esta estructura incluye el acomodo tridimensional de todos los

átomos de la proteína.
Las conformaciones de las cadenas laterales y las posiciones

de cualesquier grupos prostéticos (grupos de átomos que no
son aminoácidos) forman parte de la estructura terciaria.
También hacen parte de esta estructura el acomodo de

secciones helicoidales y de lámina plegada unas respecto a las
otras.
En la estructura terciaria, las posiciones de todos los átomos

de la proteína dependen de interacciones no covalentes.
Las fuerzas estabilizadoras no covalentes contribuyen a la

estructura más estable de una proteína dada, la de más baja
energía.
Enlaces no covalentes que estabilizan la estructura secundaria

y terciaria de las proteínas.
Puentes de hidrógeno: del esqueleto (secundaria) y entre

cadenas laterales de los aminoácidos.
Interacciones hidrofóbicas: los residuos no polares tienden a

juntarse en el interior de las moléculas de proteína.
Atracción electrostática: entre grupos de carga opuesta,

común en la superficie de la molécula, hace que tales grupos
se acerquen. Varias cadenas laterales pueden acomplejarse
con un solo ion metálico.
Los enlaces o puentes disulfuro son interacciones covalentes

que conectan las cadenas laterales de cisteína. Cuando se
forman, restringen los patrones de plegado de las cadenas
polipeptídicas.
Conformaciones proteínicas fibrosas y globulares
La naturaleza de las cadenas laterales de una proteína (que

forman parte de la estructura terciaria) puede influir en el
plegado del esqueleto (estructura secundaria) por eso es
difícil distinguir claramente entre estructuras secundarias y
terciarias de las proteínas.
Las proteínas pueden asumir una conformación conocida como

fibrosa u otra denominada globular.
El colágeno, la fibroína y la queratina son proteínas fibrosas.
En las proteínas globulares, el esqueleto se pliega sobre sí

mismo para dar una forma aproximadamente esférica. Sus
secciones helicoidales y de lámina plegada se pueden disponer
de modo que los extremos de la cadena queden cercanos
entre sí en tres dimensiones. La mioglobina es una proteína
globular.
Conformaciones proteínicas fibrosas y globulares
Las proteínas globulares, a diferencia de las fibrosas, son
solubles en agua y tienen estructura compacta.
Proteína fibrosa
Cuya forma general es un cilindro largo, la estructura

secundaria proporciona además gran parte de la información
acerca de la estructura terciaria.
El esqueleto helicoidal de la proteína no se pliega sobre sí

mismo, y el único aspecto importante de la estructura terciaria
que no está especificado por la estructura secundaria es el
acomodo de los átomos de las cadenas laterales.
Proteína globular
Es necesario determinar la forma en que las secciones

helicoidales y de lámina plegada se pliegan sobre sí mismas,
además de las posiciones de los átomos de cadena lateral y
cualquier grupo prostético.
Proteína globular
Las interacciones de las cadenas laterales desempeñan un

importante papel en el plegado de las proteínas. Es común
que, en la estructura terciaria de la proteína nativa, el patrón
de plegado junte residuos que están distantes en la sucesión
de aminoácidos.
Estructura terciaria Desnaturalización y replegado
Las interacciones no covalentes que mantienen la estructura

tridimensional de una proteína son débiles y por consiguiente
la proteína se puede transformar con facilidad.
El desdoblado de una proteína se conoce como

desnaturalización.
La reducción de enlaces disulfuro da pie a una pérdida aún

mayor de estructura terciaria.
La desnaturalización y la reducción de los enlaces de sulfuro

suelen combinarse cuando se desea transtornar totalmente la
estructura terciaria de la proteína.
En condiciones experimentales apropiadas, es posible

recuperar en su totalidad la estructura transtornada, lo cual se
denomina replegado.
Sin embargo, se requieren varios factores más para el

replegado completo de muchas proteínas, pero la cuestión
importante es que la estructura primaria determina la
estructura terciaria.
Hay varias formas de desnaturalizar las proteínas:

Calor.
Valores de pH extremos.
Unión con detergentes (Dodecil sulfato de sodio).
Uso de distintos componentes químicos: urea y clorhidrato
de guanidina.
Para reducir los puentes de disulfuro a dos grupos sulfhidrilo

se utiliza mercaptoetanol (HS-CH2-CH2-OH).
Estructura terciaria Acompañantes que pliegan proteínas
La estructura primaria contiene toda la información

necesaria para producir la estructura terciaria correcta, pero
el proceso de plegado in vivo puede ser un tanto complicado.
Proteínas podrían plegarse en forma incorrecta, podrían

asociarse a otras proteínas antes de terminar su proceso de
plegado o podrían demorarse mucho tiempo para hacerlo.
Para evitar estos problemas, existen proteínas especiales

llamada acompañantes (o “chaperonas”) que ayudan al
plegado correcto y oportuno de muchas otras proteínas.
Existen proteínas acompañantes en todo tipo de organismo,

desde procariontes hasta el ser humano, y sus mecanismos
de acción todavía se dilucidan.
Estructura cuaternaria
Una proteína puede constar de varias cadenas polipeptídicas
llamadas subunidades.
El acomodo de las subunidades unas respecto a las otras es la

estructura cuaternaria.
La interacción entre subunidades va mediada por interacciones

no covalentes, como puentes de hidrógeno, atracciones
electrostáticas e interacciones hidrofóbicas.
El número de cadenas puede variar desde dos hasta más de

una docena. Dímeros, trímeros y tetrámeros (oligómero). Las
cadenas pueden ser idénticas o distintas.
La propiedad alostérica en proteínas se refiere a que, como

resultado de las interacciones no covalentes, cambios sutiles
en la estructura de un punto de una proteína podrían dar pié a
cambios drásticos en las propiedades de un punto distante.
Estructura cuaternaria

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El carbono alfa (α) está unido a un hidrógeno y al grupo de

De todos los posibles aminoácidos, sólo 20 suelen estar

Un centro quiral muy común en biomoléculas es un átomo

En todos los aminoácidos comunes, salvo la glicina, el

Los dos esteroisómeros de cada aminoácido de designan

La forma L del gliceraldehído tiene el grupo hidroxilo del

Los átomos de carbono de la cadena lateral (R) se nombran

Un átomo terminal de carbono se denomina carbono ω.

El enlace se forma entre el grupo α-carboxilo de un

La pérdida de agua deja residuos de aminoácidos

El enlace peptídico tiene carácter parcial de doble enlace;

El enlace peptídico es más fuerte que un enlace sencillo

Todo esto tiene implicancia en las conformaciones

Las proteínas biológicamente activas son polímeros

A las estructuras tridimensionales proteicas que tienen

Dada la complejidad de las proteínas, éstas se definen en

Es el orden en que se enlazan en forma covalente los

El orden de los aminoácidos se puede escribir en una línea.

La estructura primaria es el primer paso unidimensional para

Es el acomodo en el espacio de los átomos del esqueleto

Dos tipos de estructura secundaria son la α hélice y la lámina

Tienen interacciones repetitivas que son el resultado de la

Las conformaciones de las cadenas laterales de los

Por lo tanto, la estructura secundaria es el plegamiento que la

Dentro de cada residuo de aminoácido hay dos enlaces cuya

(2) Carbono α y carbono carboxílico del residuo.

La α hélice tiene forma cilíndrica y en ella interviene una

Se estabiliza con puentes de hidrógeno paralelos al eje de

Desde el extremo terminal N, el grupo C O de cada

La conformación helicoidal permite la alineación de los

La lámina β plegada puede producir una formación

Se pueden formar puentes de hidrógeno entre diferentes

Lámina plegada paralela o antiparalela: cadenas

Los puentes de hidrógeno son perpendiculares a la

Esta estructura incluye el acomodo tridimensional de todos los

Las conformaciones de las cadenas laterales y las posiciones

También hacen parte de esta estructura el acomodo de

En la estructura terciaria, las posiciones de todos los átomos

Las fuerzas estabilizadoras no covalentes contribuyen a la

Enlaces no covalentes que estabilizan la estructura secundaria

Puentes de hidrógeno: del esqueleto (secundaria) y entre

Interacciones hidrofóbicas: los residuos no polares tienden a

Atracción electrostática: entre grupos de carga opuesta,

Los enlaces o puentes disulfuro son interacciones covalentes

La naturaleza de las cadenas laterales de una proteína (que

Las proteínas pueden asumir una conformación conocida como

El colágeno, la fibroína y la queratina son proteínas fibrosas.

En las proteínas globulares, el esqueleto se pliega sobre sí

Cuya forma general es un cilindro largo, la estructura

El esqueleto helicoidal de la proteína no se pliega sobre sí

Es necesario determinar la forma en que las secciones

Las interacciones de las cadenas laterales desempeñan un

Las interacciones no covalentes que mantienen la estructura

El desdoblado de una proteína se conoce como

La reducción de enlaces disulfuro da pie a una pérdida aún

La desnaturalización y la reducción de los enlaces de sulfuro

En condiciones experimentales apropiadas, es posible