Cristalografía de rayos X

La cristalografía de rayos X es una experimental para el estudio

y análisis de materiales, basada en el fenómeno de difracción de
los rayos X por sólidos en estado

Los rayos X son difractados por los electrones que rodean los
átomos por ser su longitud de onda del mismo orden de magnitud
que el radio atómico. El haz de rayos X emergente tras esta
interacción contiene información sobre la posición y tipo de
átomos encontrados en su camino. Los cristales, gracias a su
estructura periódica, dispersan elásticamente los haces de rayos X
en ciertas direcciones y los amplifican por interferencia
constructiva, originando un patrón de difracción.n. 1 Existen
varios tipos de detectores especiales para observar y medir la
intensidad y posición de los rayos X difractados, y su análisis
posterior por medios matemáticos permite obtener una
representación a escala atómica de los átomos y moléculas del
material estudiado.

Max von Laue realizó los primeros experimentos de cristalografía

de rayos X en 1912. Von Laue, William Henry Bragg y William
Proceso de determinación de la
Lawrence Bragg desarrollaron inicialmente la teoría de difracción
estructura de una molécula por
de cristales, tarea a la que pronto se sumaron otros científicos. A lo
cristalografía de rayos X.
largo del siglo XX tuvieron lugar varios avances teóricos y
técnicos, como la aparición de los superordenadores y el uso de
sincrotrones para la producción de rayos X, que incrementaron la
capacidad del método para determinar las propiedades estructurales de todo tipo de moléculas: sales,
materiales inorgánicos complejos, proteínas y hasta componentes celulares como los ribosomas. Es posible
trabajar con monocristales o con polvo microcristalino, consiguiéndose diferentes datos en ambos casos:
para las aplicaciones que requieren solo una caracterización precisa de los parámetros de la red cristalina,
puede ser suficiente la difracción de rayos X por polvo; para una dilucidación precisa de las posiciones
atómicas es preferible trabajar con monocristales.

Dada la relación existente entre la estructura tridimensional de las moléculas y sus propiedades químicas y
físicas, la cristalografía ha contribuido al avance en varias disciplinas científicas como la química, la
biología molecular, la geología, la física aplicada y la ciencia de materiales. La amplia disponibilidad de
tubos de rayos X, complementada con el desarrollo de fuentes de rayos X de alta intensidad ha aumentado
significativamente su impacto en estos campos de investigación así como en áreas con aplicaciones
industriales, como el desarrollo de fármacos y la mineralogía aplicada. La mayor limitación de este método
es la necesidad de trabajar con sistemas cristalinos, por lo que no es aplicable a disoluciones, a sistemas
biológicos in vivo, a sistemas amorfos o a gases. En algunos casos, los rayos X pueden romper los enlaces
químicos que mantienen la integridad estructural, lo que resulta en un modelo distorsionado de la molécula
estudiada. Este problema afecta especialmente a los materiales de interés biológico.

Índice
Historia
 Primeros experimentos
El desarrollo de la técnica: 1920-1960
Avances en cristalografía de macromoléculas: 1960-1980
Expansión y madurez: 1980-2010
Aspectos físicos
Cristales y redes cristalinas
Rayos X
Dispersión elástica de rayos X
Difracción cristalina
Ley de Bragg
Índices de Miller
La red recíproca
La esfera de Ewald
El factor de estructura cristalino
El problema de las fases
Método de Patterson
Métodos directos
Reemplazamiento isomorfo
Dispersión anómala
Reemplazamiento molecular
Refinamiento de la estructura
Cristalización
Adquisición de datos
Fuentes de rayos X
Detectores
Geometrías de difracción
Método de Laue
Métodos de rotación de cristal
Método de polvo cristalino
Aplicaciones
Premios Nobel
Análisis de minerales
Diseño de fármacos
Comparación con otras técnicas de difracción cristalográfica
Limitaciones
Véase también
Notas
Referencias
Bibliografía
Enlaces externos

Historia
Primeros experimentos

La idea de que los cristales son una repetición periódica de un grupo de

moléculas ya existía anteriormente a que Wilhelm Conrad Röntgen
descubriera los rayos X en 1895. Aunque las distancias típicas entre los
planos de la red cristalina se desconocían, se sabía que debían ser muy
pequeñas comparadas con la longitud de onda de la luz visible. Esto le dio al
físico alemán Max von Laue la idea de utilizar cristales de sulfato de cobre
para determinar si los rayos X se componían de partículas u ondas: dedujo
que, si fueran ondas, deberían generar un patrón de difracción al atravesar los
cristales.n. 2 Los experimentos se realizaron en 1912, con la ayuda de Walter
Friedrich y Paul Knipping, ambos antiguos estudiantes de Röntgen. Estos
experimentos confirmaron la presencia de difracción cristalina, interpretada
por von Laue como la extensión a tres dimensiones de la difracción de
Fraunhofer por un enrejado.

Poco después, los británicos William Henry Bragg y William Lawrence

Bragg (padre e hijo respectivamente) reprodujeron el experimento. W.L.
Bragg explicó la difracción como la interferencia de los rayos X reflejados
por planos cristalinos paralelos, introduciendo la descripción conocida desde
entonces como la ley de Bragg.1 En 1913, Paul Ewald demostró que las dos
interpretaciones de los resultados publicadas independientemente por von
Laue y Bragg eran equivalentes.2 Von Laue recibió el premio Nobel de
Física en 1914 por su descubrimiento del fenómeno, y los Bragg recibieron el
mismo premio un año más tarde por su trabajo en las aplicaciones
prácticas.n. 3 3 Hacia el final de la década, se había logrado determinar las
longitudes de onda de los rayos X y la estructura de varios compuestos
inorgánicos simples y se habían establecido las bases teóricas de la técnica
gracias al trabajo de los ya mencionados investigadores, Charles Galton
Darwinn. 4 y Peter Debye, entre otros.

El desarrollo de la técnica: 1920-1960

El período entre 1920 y 1960 se caracterizó por importantes adelantos

metodológicos que propiciaron el empleo de la difracción de rayos X para
Pioneros de la analizar estructuras de moléculas más complejas.
cristalografía de rayos X.
De arriba abajo: William Durante la década de 1920, los avances de la teoría cuántica sirvieron para
H. Bragg, su hijo William caracterizar más precisamente la interacción entre los rayos X y los átomos de
L. Bragg y Max von
los cristales; esto posibilitó el análisis correcto de la intensidad de la
Laue.
difracción. En la misma época aparecieron las tablas para determinar la
simetría cristalina a partir de la distribución de reflexiones en el patrón de
difracción y se empezaron a usar las series de Fourier para representar la
distribución de electrones en la red cristalina. Los desarrollos en la representación matemática de la
densidad electrónica continuaron hasta la Segunda Guerra Mundial, facilitando la obtención de las primeras
estructuras de moléculas orgánicas. En 1935, el cristalógrafo británico Arthur Patterson descubrió un truco
matemático para obtener las distancias interatómicas directamente a partir de los datos experimentales, lo
que supuso un importante avance en el análisis de la difracción.4
Entre las décadas de 1940 y 1960, surgieron otros procedimientos para la determinación de estructuras,
especialmente, métodos heurísticos basados en el proceso de ensayo y error, que demostraron ser bastante
exactos en combinación con restricciones condicionantes basadas en las propiedades físicas de una
estructura correcta, como por ejemplo, que la densidad electrónica debe ser siempre positiva. En este
período la cristalografía empezó a adquirir importancia en el campo de la química orgánica, proceso que
culminó con la determinación en 1957 de la estructura de la vitamina B12, un proyecto liderado por
Dorothy Hodgkin.4

Avances en cristalografía de macromoléculas: 1960-1980

El adelanto más trascendente durante las décadas de los 60 y 70 fue el reconocimiento de la cristalografía
de proteínas y de moléculas involucradas en procesos biológicos en general como área de investigación
clave en la biología molecular. El año 1962 marcó un hito al otorgarse dos premios Nobel por los
resultados obtenidos usando métodos cristalográficos en esta área: el premio Nobel de Química fue
concedido a Max Perutz y John Kendrew por sus estudios cristalográficos de las proteínas hemoglobina y
mioglobina y el premio Nobel de Medicina a Francis Crick, James Watson y Maurice Wilkins por descubrir
que el ADN forma una doble hélice.n. 5 En 1964 Dorothy Hodgkin también obtuvo el premio Nobel de
Química por la determinación de varias estructuras de importancia biológica, como la penicilina y la
vitamina B12, entre otras.6

Un adelanto que facilitó en gran medida el éxito de las técnicas cristalográficas tanto en el caso de
macromoléculas orgánicas con un gran número de átomos como en el de moléculas de menor tamaño fue el
desarrollo de ordenadores digitales; gracias a ellos fue posible usar programas para medir y analizar
fácilmente los datos obtenidos en los experimentos en vez de realizar los laboriosos cálculos
manualmente.7 Sin embargo, al final de este período el estudio de proteínas estaba aún limitado por la
ausencia de fuentes de rayos X intensos y el empleo de película fotográfica para medir los patrones de
difracción, lo que requería un largo proceso de revelado y digitalización de las imágenes.n. 6 A
consecuencia de estas limitaciones, y a pesar del reconocimiento generalizado del potencial de la
cristalografía para estos experimentos, a finales de la década de 1970 el Banco de Datos de Proteínas solo
contaba con unas sesenta entradas.8

Expansión y madurez: 1980-2010

Los tubos de rayos X, con sucesivas mejoras, se utilizaron como la fuente primordial de rayos X para los
experimentos de cristalografía desde sus comienzos hasta la década de 1970, época en la que se empezó a
experimentar con la radiación de sincrotrón de rayos X. Los sincrotrones dedicados exclusivamente a la
producción de rayos X aparecieron en la década de 1980 y su número no ha dejado de aumentar desde
entonces.n. 7 En la primera década del siglo XXI se construyeron los primeros láseres de electrones libres
de rayos-X, capaces de producir haces de luz pulsada de una intensidad de órdenes de magnitud mayor que
en las fuentes de luz sincrotrón convencionales. La duración de los pulsos de luz, del orden de
femtosegundos ofrece la posibilidad de observar cambios en los cristales a escalas temporales inalcanzables
anteriormente.7 Durante estos años también se desarrollaron nuevos detectores bidimensionales o «de
área», capaces de generar directamente una imagen digitalizada del patrón de difracción. Estos detectores
facilitaron la rápida medición y análisis de la difracción y sustituyeron totalmente a las placas fotográficas
usadas hasta entonces.

Los mencionados avances, unidos al incremento de la capacidad de los ordenadores modernos para
almacenar y procesar datos, han permitido llevar a cabo experimentos antaño irrealizables, y han
desembocado en un aumento exponencial del número de estructuras elucidadas por métodos
cristalográficos. El desarrollo más notable ha tenido lugar en el área de las macromoléculas orgánicas, con
más de 88 000 estructuras depositadas en el Banco de
Datos de Proteínas al comienzo de 2013.8 La obtención en
2000 de la estructura del ribosoma,9 un enorme complejo
de ácidos nucleicos y varias proteínas donde tiene lugar la
síntesis de proteínas en la célula, ilustra las capacidades que
ha alcanzado la técnica.

Aspectos físicos

Cristales y redes cristalinas Modelo cristalográfico de la subunidad mayor

del ribosoma. La obtención de esta
estructura, galardonada con el premio Nobel
de Química en 2009, fue posible gracias a
los avances tecnológicos y metodológicos
de los años 1980 y 1990. Como
comparación, a la derecha y
aproximadamente en la misma escala, se
muestra el modelo de la mioglobina, una de
las primeras proteínas estudiadas con esta
técnica durante los años 1950 y cuya
determinación se consideró un logro
considerable en esa época.

Estructura cristalina de cloruro de

hidrógeno deuterado con la celda Los cristales están formados por
unidad superpuesta sobre las una repetición periódica de
moléculas. La red cristalina se forma moléculas en tres dimensiones. El
mediante la translación de la celda cristal se puede representar
unidad a lo largo de las direcciones matemáticamente como una red
definidas por y . tridimensional, llamada «red de
Bravais», en la que todas las
intersecciones, o nodos, son
idénticas. 10 11 El paralelepípedo definido por las líneas entre distintos
nodos de la red se conoce como la celda unidad; aunque para una red dada
sea posible designar múltiples celdas unidad que cumplan esta definición,
por convención se escoge habitualmente la de menor volumen que refleje Parámetros de la celda
la simetría del cristal. 12 11 La celda unidad se define por la longitud de unidad.
sus lados , y en la dirección de los tres ejes espaciales y los ángulos
, y que los ejes de la red forman entre sí. Las coordenadas de cualquier
punto de la red cristalina se pueden expresar como una combinación lineal de los vectores , y .13

La posición de un átomo en la celda unidad se expresa como coordenadas fraccionarias de , y de la

siguiente forma:

con las coordenadas ( , , ) comprendidas entre 0 y 1.14

El objetivo de los experimentos de difracción por rayos X es averiguar , y para cada átomo. Para
lograrlo es necesario, en primer lugar, determinar la relación entre la red cristalina y la geometría del patrón
de difracción y, en segundo lugar, obtener las posiciones de los átomos a partir de la intensidad de la
difracción.
Rayos X

Los rayos X son un tipo de radiación

electromagnética con longitudes de
onda entre 10 y 10-2 nm o energías
entre 0,1 y 100 keV.15 Para los
experimentos de difracción cristalina
se suelen usar rayos X de energía Representación esquemática de una onda electromagnética,
relativamente alta, del orden de mostrando la oscilación periódica de los campos eléctrico y
10 keV, correspondiente a longitudes magnético.
de onda del orden de 0,1 nm.16 17

Los rayos X se describen matemáticamente como una onda sinusoidal propagándose a través del espacio.

Tomando un punto arbitrario como origen, el valor del campo eléctrico en función del tiempo se puede
escribir como:18 19

es la amplitud de la oscilación, la longitud de onda y la velocidad de la luz. A consecuencia de la

interacción con los electrones de los átomos en la muestra, la onda sufre un desfase con respecto a la
onda en el punto de origen:

La diferencia de fase depende de la distancia entre el punto de origen y los átomos del material; esto implica
que la estructura atómica, es decir, las posiciones que ocupan los átomos, se pueden derivar de la fase de los
rayos X que han atravesado el material.

Dispersión elástica de rayos X

Véanse también: Factor de forma atómica y Factor de estructura.

El fenómeno de difracción cristalina tiene su origen en la dispersión elástica o scattering elástico del haz de
rayos X por los átomos del cristal.n. 8 En este tipo de interacción, el electrón desvía los rayos X, que toman
exactamente la misma trayectoria que un rayo de luz visible reflejado en un espejo, es decir, los rayos
dispersados emergen a un ángulo con respecto a la dirección de los rayos incidentes.n. 9 Tanto el
electrón como los rayos X conservan su energía inicial durante esta interacción.20

La dispersión elástica por un grupo de átomos en una dirección dada se puede cuantificar con una cantidad
conocida como factor de estructura que es igual a la suma de los rayos reflejados por cada átomo que
interactúa con los rayos incidentesn. 10 21

es una función llamada factor de forma atómica —o factor de dispersión atómica— que describe la
dispersión por todos los electrones del átomo en conjunto. La dispersión elástica atómica depende del
número atómico y del ángulo de incidencia de los rayos X.22 El cambio de fase de los rayos dispersados
durante la interacción viene dado por el producto escalar de , el vector entre el origen y cada átomo y
, conocido como vector de dispersión, con magnitud y dirección perpendicular al plano virtual de
reflexión.
Difracción cristalina

Ley de Bragg

La difracción en una dirección dada se debe esencialmente a la relación entre

las fases de todas las ondas reflejadas por cada celda unidad del cristal en esa
dirección. Los rayos que han atravesado distintos puntos del cristal siguen
caminos ópticos de diferente longitud y esta diferencia da lugar a un cambio
en la amplitud de la onda resultante; cuando la diferencia de fase es de 180
grados, las ondas se anulan entre sí. Por el contrario, cuando las ondas están
en fase, la amplitud de la onda final es la suma de las amplitudes para cada
Adición de ondas:
cuando las ondas están
onda. Puesto que un cristal está compuesto de un gran número celdas unidad,
desfasadas, se aniquilan
la interferencia constructiva entre todas ellas resulta en un haz lo
mutuamente; cuando suficientemente intenso para poder ser medido con un detector de rayos X.
están en fase, se
amplifican.

La condición para que las ondas estén

en fase es que la diferencia de sus
caminos ópticos sea cero o un
múltiplo entero de la longitud de
onda. En un cristal, la diferencia en el
camino óptico entre átomos situados
en posiciones equivalentes en distintas
celdas unidad es donde es Ley de Bragg: Los átomos o grupos de átomos en la red cristalina
la distancia entre los planos están representados por esferas (para simplificar el diagrama, la
imaginarios que unen los puntos tercera dimensión del cristal no se representa). Las esferas se
equivalentes de la red cristalina. Es sitúan sobre planos imaginarios paralelos, perpendiculares al
decir, para que se observe diagrama, separados por . Los rayos X inciden sobre los planos a
interferencia constructiva de rayos X a un ángulo . En la imagen de la izquierda, la diferencia en el camino
un ángulo de observación , se debe recorrido por las ondas dispersadas por los dos planos es un
cumplir la expresión conocida como múltiplo entero de la longitud de onda; por lo tanto, las ondas
emergentes están en fase y se observa difracción a un ángulo
Ley de Bragg:23
respecto de los planos de difracción o respecto al haz incidente.
A la derecha, con un ángulo de incidencia diferente, la Ley de Bragg
no se cumple para esta familia de planos cristalinos; las ondas
Como en el caso de la dispersión emergentes están desfasadas y no se observa difracción.
elástica por un átomo, la difracción
cristalina se puede interpretar como la
reflexión especular de los rayos X por todos los planos del cristal a un ángulo del haz incidente y
separados entre sí por la distancia que cumple la ley de Bragg. Por este motivo, los puntos del patrón de
difracción se denominan «reflexiones».24

Índices de Miller

Para que se cumpla la ley de Bragg para un grupo de planos de reflexión paralelos, estos deben cruzar los
ejes de la celda unidad un número entero de veces. Las reflexiones cristalinas se identifican mediante tres
números , y iguales al número de intersecciones de los planos con los ejes , y de la celda. Los
números , y reciben el nombre de índices de Miller. Matemáticamente, los índices de Miller describen
un vector perpendicular al plano de reflexión en el sistema de coordenadas definido por la red cristalina.25
 La red recíproca

Se denomina red recíproca a la transformada de Fourier de

la red cristalina. Esta construcción matemática facilita la
representación de los planos de reflexión y la visualización
de la relación entre la orientación del cristal y el patrón de
difracción. Las coordenadas de cada punto de la red
recíproca coinciden con los índices de Miller, es decir, cada
punto de la red recíproca representa a una familia de planos
de Miller en el espacio real de la red cristalina; la distancia
del origen a cada punto de la red es .26 27

Al igual que en el caso de la red cristalina, los puntos de la

red recíproca se pueden expresar como una combinación
lineal de vectores , y :26

La relación entre los parámetros de la celda unidad ( , , ,

, , ) de volumen y la celda unidad recíproca ( , ,
, , , ) es la siguiente:28 27

Índices de Miller: La figura muestra

ejemplos de diferentes planos de difracción
en una celda unidad, ilustrando la
correspondencia entre los índices de Miller
y la orientación de los planos en el
sistema de coordinadas definido por
aquella.

La esfera de Ewald
Para visualizar fácilmente los planos de Miller que
contribuyen a la difracción en una dirección dada y
determinar la relación entre la orientación del cristal y el
patrón de difracción, se utiliza la construcción conocida como
esfera de Ewald. La esfera de Ewald ilustra todas las posibles
direcciones en que los rayos X pueden ser reflejados por el
cristal. El radio de esta esfera es y su extremo en la
dirección del haz de rayos X incidente coincide con el origen
de la red recíproca.24 26

Si un punto de la red recíproca de coordenadas se

encuentra sobre la superficie de la esfera de Ewald, los planos
de Miller con índices darán lugar a un punto de
difracción en la dirección definida por el centro de la esfera y
ese punto de la red recíproca. La distancia entre el origen y Representación bidimensional de la
es , por lo que se puede demostrar construcción de Ewald. Los rayos X
geométricamente que esta condición de difracción es incidentes están representados por el
equivalente a la ley de Bragg.26 vector de onda , de amplitud . La
red recíproca se representa en azul; para
simplificar el diagrama, solo se muestran
El factor de estructura cristalino las coordenadas de algunos puntos de la
Véase también: factor de estructura red, representando a los planos de Miller
correspondientes. El punto (4,1) coincide
El vector con coordenadas en la red recíproca es con la superficie de la esfera, por lo tanto
perpendicular al plano de reflexión y su magnitud es se observará un haz de rayos X con el
vector de onda reflejado en la
; es decir, es un vector de dispersión ,
dirección dada por . La magnitud del
introducido en la definición del factor de estructura ,
vector diferencia entre y o vector
para el que se cumple la ley de Bragg. Por lo tanto, el factor de difracción es la distancia entre los
de estructura en la dirección definida por los planos de Miller planos paralelos de índices (4,1).
descritos por los índices se reformula como29 n. 11

donde es el vector de coordenadas del átomo en el sistema definido por la celda unidad y la
suma se realiza para todos los átomos contenidos en ella. En lugar de sumar las contribuciones de cada
átomo, también se puede realizar una integración sobre los electrones en el volumen de la celda unidad,
cuya distribución por elemento de volumen se representa por la función de densidad electrónica
:30

La aplicación de las operaciones de simetría del cristal a las coordenadas resulta en relaciones de
igualdad entre los factores de estructura de diferentes reflexiones. A las reflexiones así relacionadas se las
denomina «simétricamente equivalentes». En los experimentos cristalográficos, donde el grupo de simetría
no se conoce con certeza a priori, se comparan las reflexiones relacionadas por diversas operaciones de
simetría para caracterizar la simetría del cristal. La igualdad entre los módulos o «amplitudes» de las
reflexiones relacionadas por un centro de inversión, con índices de Miller y
 se conoce como ley de Friedel y ocurre incluso en la ausencia de
simetría, aparte de la traslación de la celda unidad sobre la red
cristalina.31 En la práctica la ley de Friedel no se cumple exactamente
debido a la presencia de interacciones inelásticas entre los rayos X y
los átomos, que resultan en absorción de energía por estos.32 Esos
efectos suelen ser pequeños comparados con las interacciones
elásticas y no se suelen tener en cuenta, excepto para longitudes de
onda en la vecindad de una discontinuidad de absorción del cristal.

Representación vectorial de la
El problema de las fases
Ley de Friedel en la ausencia de
absorción. Las magnitudes de los
El propósito de los experimentos cristalográficos no es obtener el
factores de estructura patrón de difracción, sino el valor de la función de distribución
relacionados por esta ley, electrónica , lo que permite determinar la posición de los
conocidos como «pares Friedel» átomos y la estructura tridimiensional de la molécula cristalina. Se
son iguales, y sus fases, puede demostrar que puede representarse como sumas de
opuestas. Fourier de los factores de estructura en todas las direcciones:33

Mientras que el módulo del factor de estructura es simplemente la raíz cuadrada de la intensidad del punto
de difracción, medida por un detector sensible a los rayos X, la fase no se puede computar directamente.
Esto se conoce como el «problema de las fases».34 Existen varios métodos para resolver el problema de
las fases y elucidar la estructura atómica, clasificados en los siguientes grupos:35

Métodos de Patterson
Métodos directos
Dispersión anómala
Reemplazamiento isomorfo
Reemplazamiento molecular

Método de Patterson

La función de Patterson se calcula efectuando la síntesis de Fourier con el cuadrado de los factores de
estructura como coeficientes. Esta función se puede calcular directamente a partir de los datos
experimentales, al no depender de la fase de los factores de estructura. En 1935, Arthur Patterson se percató
de que los máximos de esta función corresponden a los vectores que se pueden trazar entre cada par de
átomos en la celda unidad, lo cual se puede utilizar en ciertos casos favorables para determinar la posición
de todos o algunos átomos. En particular, el análisis de la función de Patterson se utiliza a menudo para
localizar los átomos causantes de diferencias isomorfas o anómalas, lo cual es a su vez el primer paso para
solucionar el problema de las fases por estos otros métodos.36 37 38

Métodos directos

La función de distribución de densidad electrónica se caracteriza por ser siempre positiva y

alcanzar valores máximos alrededor de los átomos. Estas y otras propiedades derivadas de principios
básicos, expresadas en forma matemática, se utilizan para discriminar entre valores de las fases que resultan
en una estructura con características físicamente posibles y los que no y, por eliminación de estos últimos,
elucidar la estructura de la molécula de interés. Este método se usa corrientemente para resolver el problema
de las fases para moléculas pequeñas.39 En contraste, en el caso de los cristales de macromoléculas, los
métodos directos no suelen ser suficientes para resolver la estructura totalmente ab initio sin ninguna
información experimental adicional; esto se debe a que, por un lado, los cristales de proteínas y moléculas
de similar tamaño raramente difractan a una resolución suficiente para obtener el número de reflexiones
requerido para determinar todos los parámetros atómicos y, por otro lado, al gran número de átomos en la
celda unidad, que causa que las relaciones entre las probabilidades de las fases sean menos determinantes
que en los casos de moléculas que cuentan con pocos átomos.40 41

A pesar de los límites del método, sus principios también se aplican en el área de difracción de
macromoléculas para mejorar las fases obtenidas por otros métodos y el cálculo de las fases a partir de un
modelo de baja resolución. En la cristalografía de proteínas, las propiedades claves para discriminar entre
fases correctas e incorrectas incluyen:42

El contraste entre las zonas de la celda unidad ocupadas por moléculas de agua o solvente
en estado amorfo y las zonas ordenadas ocupadas por la molécula.
Una distribución característica de la probabilidad de valores de la densidad electrónica.

Al igual que la función de Patterson, los métodos directos también se utilizan para determinar las posiciones
de átomos especiales en los métodos de sustitución o reemplazamiento isomorfo y de dispersión anómala.

Reemplazamiento isomorfo

El reemplazamiento isomorfo o sustitución isomorfa es un método para resolver el problema de las fases
empleado predominantemente en cristalografía de macromoléculas. Consiste en la introducción en el medio
de cristalización de un compuesto químico de pequeño tamaño conteniendo un átomo pesado, es decir de
un número atómico elevado. Los compuestos de mercurio, platino, uranio, y oro son los más utilizados,
entre muchos otros.43 n. 12 Para que el método tenga éxito se debe establecer un enlace químico entre la
molécula de interés y el átomo pesado, y la molécula modificada o «derivada» debe formar cristales
isomorfos, con la misma simetría que los obtenidos a partir de la molécula «nativa» sin modificar. El factor
de estructura de la molécula derivada es la suma del factor de estructura «nativo» y la
contribución del átomo pesado .

Las fases del átomo pesado que contribuyen a esto se pueden calcular por métodos directos a partir de las
diferencias . Aunque una sola sustitución isomorfa no es suficiente para determinar , si se
repite el proceso con al menos una segunda estructura derivada diferente, es posible determinar las fases
para la estructura nativa, por el método conocido como reemplazamiento isomorfo múltiple o sus siglas en
inglés MIR (Multiple Isomorphous Replacement)n. 13 44

Las principal limitación de este método estriba en la dificultad de encontrar compuestos que reaccionen con
la molécula a estudiar sin destruir al mismo tiempo el cristal o modificar sensiblemente su simetría o las
dimensiones de la celda unidad.

Dispersión anómala

El factor de forma atómica no solo describe la dispersión elástica, sino también el efecto fotoeléctrico,
que tiene lugar cuando los electrones cambian su estado cuántico al absorber parte de la energía de los
rayos X. El término que corresponde a la dispersión inelástica o «anómala» es un número complejo
.45 Ambas componentes real e imaginaria alteran la magnitud de los factores de
estructura. La componente imaginaria, relacionada con el
coeficiente de absorción, introduce además un cambio de fase que
resulta en diferentes magnitudes de los pares Friedel y ,
idénticas en ausencia de este efecto.

La contribución anómala al factor de estructura es menor que la

contribución elástica y a menudo no es necesario tenerla en
cuenta. Sin embargo, depende de la longitud de onda de los
rayos X y experimenta grandes variaciones cuando la energía del
haz incidente es similar a la energía de un nivel atómico del átomo. Valores de las componentes del
Cuando y alcanzan sus valores máximos los cambios en la factor de estructura anómalo f" y f'
magnitud y fase de los factores de estructura pueden ser alrededor de un salto de absorción.
significativos. Si algunos átomos en la molécula resultan afectados
por este tipo de interacción, se pueden hallar sus posiciones en la
celda unidad analizando las diferencias de intensidad entre las mismas reflexiones medidas a distintas
longitudes de onda, o entre los pares de Friedel a la misma longitud de onda. Dichas diferencias se pueden
utilizar para resolver el problema de las fases, por el método MAD (Multiwavelength Anomalous
Dispersion/Diffraction o ‘dispersión/difracción anómala a múltiples longitudes de onda’)46 o SAD (Single-
wavelength Anomalous Dispersion/Diffraction o ‘dispersión/difracción anómala a una sola longitud de
onda’)n. 14

La mayoría de los átomos pesados usados en el método de reemplazamiento isomorfo exhiben una
dispersión anómala importante en el rango de longitudes de onda usado en los experimentos
cristalográficos, por lo cual estas dos técnicas se usan a veces en conjunción. La ventaja de los métodos
basados en la dispersión anómala es que, al precisar en principio solo un cristal para determinar las fases, no
están limitados por un isomorfismo imperfecto. El uso de radiación sincrotrón, que se puede sintonizar a las
longitudes de onda que optimizan la dispersión anómala, ha resultado en un fuerte incremento de la
popularidad del método.

Reemplazamiento molecular

El método de reemplazamiento molecular consiste en el empleo de una molécula de estructura conocida

para calcular las fases iniciales de una segunda molécula con elementos estructurales comunes con la
primera. Este es el método más usado para determinar la estructura de macromoléculas como las proteínas,
ya que muchas de ellas se agrupan en familias con una estructura similar o forman complejos
supramoleculares en los que se conoce la estructura de una o más componentes.48 49

La desventaja del reemplazamiento molecular es que las fases obtenidas están sesgadas hacia la estructura
utilizada como punto de partida, lo que no ocurre con las técnicas basadas enteramente en los datos de
difracción experimentales y conocimiento a priori de las propiedades químicas o estructurales del material.
El éxito de este método depende de algoritmos sofisticados para detectar y eliminar este sesgo durante el
refinamiento de las fases.49

Refinamiento de la estructura
Una vez calculada la función a partir de las fases, se puede construir un modelo de la estructura
en el mapa de densidad electrónica, descrito por un número de parámetros: las posiciones de cada átomo
, y , su factor de temperatura representando los deplazamientos de los átomos con respecto a su
posición media, etc.50 n. 15 La determinación inicial de estos parámetros puede ser incorrecta, debido a
errores en la determinación de las fases o fallos de interpretación de la densidad electrónica.51 Durante el
 refinamiento, se modifica reiterativamente el modelo y a
continuación se compara el módulo de los factores de estructura
calculados a partir de este con el de los factores de estructura
experimentales , hasta que la diferencia entre ambos sea mínima.
La figura de mérito utilizada para la comparación es el factor R,
definido como:52

La suma se realiza sobre todas las reflexiones .

Se usan dos técnicas matemáticas para ajustar los parámetros del

modelo durante el refinamiento: los mínimos cuadrados y la
máxima verosimilitud. El segundo método requiere más recursos
computacionales, pero es más general y se aplica con preferencia
en problemas difíciles, como macromoléculas y difracción a baja
resolución.53 54

Cristalización
La obtención de las fases permite
calcular un mapa de densidad Para obtener datos de
electrónica (mostrado en blanco), a difracción de un cristal,
partir del cual se construye el este debe cumplir ciertos
modelo de la estructura. El modelo requisitos en cuanto a
suele consistir en líneas, Esquema ilustrativo del método de
tamaño, pureza y
representando los enlaces atómicos, difusión de vapor para obtener
regularidad de la red
o puntos, representando átomos cristales para su estudio por rayos
cristalina. Aunque a veces X.
individuales. En la figura se usan
es posible utilizar cristales
ambas representaciones.
de metales o minerales
inorgánicos formados por medios naturales, a menudo es necesario
prepararlos mediante recristalización o precipitación del material en
una solución líquida sobresaturada en condiciones controladas de concentración y temperatura. En el
método de cristalización por difusión de vapor, la solución que contiene el material a cristalizar junto con un
precipitante alcanza un estado de equilibrio termodinámico con otra solución más concentrada del
precipitante, por difusión del disolvente hacia esta a través del aire; esta técnica se usa tanto para moléculas
de pocos átomos como para proteínas y otras macromoléculas.55 56 Un segundo método es la
cristalización en geles, muy útil para cristalizar materiales insolubles; esta técnica, lenta comparada con la
difusión de vapor,55 consiste en la introducción de un reactante en un gel antes de que este se endurezca.
Posteriormente se introduce otra solución de un segundo reactante en la capa superior del gel, desde donde
se difunde al resto de la matriz y reacciona con la primera sustancia para dar lugar a cristales.57

Las condiciones de preparación de cristales deben también ser las adecuadas para obtener cristales de un
tamaño óptimo para su estudio por difracción de rayos X; la talla ideal está determinada por la densidad y
composición de la muestra: mientras que los cristales de gran tamaño atenúan excesivamente los rayos X y
suelen presentar irregularidades en la matriz cristalina, los de talla muy pequeña difractan débilmente. En el
caso de cristales de materiales orgánicos, son preferibles los cristales de unas décimas de milímetro; no
obstante, cuando se usan fuentes de rayos X muy intensas, como láseres de electrones libres o líneas de luz
sincrotrón modernas, es posible trabajar con cristales de dimensiones de unos veinte μm o incluso
menores.58 59 Para las aplicaciones de cristalografía en polvo, se requieren al menos varios cientos de
miligramos de material machacado hasta formar cristales de aproximadamente diez μm o menores.60
Adquisición de datos

Fuentes de rayos X

Los experimentos de cristalografía de rayos X se

pueden realizar, o bien con un tubo de rayos X o
usando la radiación sincrotrón emitida por
aceleradores de partículas. En los tubos de rayos X, se
aplica un voltaje para acelerar un haz de electrones
producidos por calentamiento de un filamento de
wolframio —el cátodo. Los electrones acelerados
colisionan contra un material metálico —el ánodo— y
durante la consiguiente desaceleración emiten
radiación de Bremsstrahlung de espectro continuo, es
decir, compuesta de múltiples longitudes de onda. El
ánodo absorbe parte de los rayos X emitidos por los
electrones y emite a su vez rayos X de las longitudes
de onda características del metal. Por ejemplo, un Estación de sincrotrón para experimentos de
ánodo de cobre emite principalmente en la longitud de cristalografía usando el método de rotación. El haz
onda de 1,5405 Å. La radiación de Bremsstrahlung y de rayos X, de un par de décimas de mm se dirige
al cristal, de aproximadamente el mismo tamaño,
otras líneas de emisión características menos intensas
desde la izquierda de la imagen. El cristal se
se filtran con un metal absorbente. En el ejemplo del
emplaza sobre un difractómetro, que permite
ánodo de cobre, se utiliza níquel, que es bastante
orientar y girar el cristal para obtener un conjunto
transparente a los rayos X de 1,5405 Å, pero absorbe
de reflexiones lo más completo posible. El patrón
eficazmente la radiación a longitudes de onda de difracción se graba en el detector bidimensional
menores, obteniéndose un haz de rayos X bastante mostrado a la derecha, en este caso una pantalla
monocromático.61 Los tubos de rayos X son de material sensible a los rayos X conectada a
relativamente baratos y los laboratorios de una cámara de CCD por medio de fibra óptica.
investigación los suelen utilizar para realizar
experimentos in situ.

La radiación sincrotrón se obtiene cuando un haz de electronesn. 16 acelerados hasta alcanzar una
velocidad cercana a la de la luz es desviado de su trayectoria por medio de un campo magnético. La
radiación sincrotrón es de espectro continuo y la longitud de onda deseada para el experimento se puede
seleccionar mediante un monocromador. Las fuentes de radiación sincrotrón emiten rayos X mucho más
intensos que los generados por los tubos y son necesarias para mejorar la calidad de la difracción cuando
los cristales son muy pequeños o están compuestos de átomos ligeros, que interaccionan débilmente con los
rayos X.

Detectores
Véase también: Rayos X

Existen varios tipos de detectores usados en los experimentos de cristalografía. El detector bidimensional
más usado durante mucho tiempo fue la película fotográfica, actualmente reemplazada por otros detectores
más sensibles a los rayos X. Otro detector clásico es el contador proporcional unidimensional, normalmente
un detector de centelleo, instalado en un difractómetro y controlado por ordenador. Este tipo de detector
mide las reflexiones una a una y todavía se usa para la cristalografía de moléculas pequeñas, pero es poco
eficaz en los experimentos con macromoléculas, donde el número de reflexiones ronda entre 10 000 y
100 000.62
A partir de los años 1990 empezaron a aparecer nuevos detectores, como las «placas de imagen» (image
plates). Las placas de imagen están recubiertas de un material fosforescente, donde los electrones
incrementan su energía al absorber los rayos X difractados y son atrapados en este nivel en centros de
color. Los electrones liberan la energía al iluminarse la placa con luz láser, emitiendo luz con intensidad
proporcional a la de la reflexión. Estos detectores son un orden de magnitud más sensibles que la película
fotográfica y poseen un margen dinámico superior en varios órdenes de magnitud, lo que facilita la
medición simultánea de las reflexiones más intensas y las más débiles. Otros detectores usados en la
actualidad son detectores electrónicos, conocidos como detectores «de área», que procesan la señal
inmediatamente tras la detección de los rayos X. Pueden ser cámaras de ionización o una placa
fosforescente acoplada a una cámara CCD.63 En los años 2000 se empezaron a utilizar fotodiodos
alineados formando una placa, denominados PAD (Pixel Array Detectors). Estos detectores se caracterizan
por un gran margen dinámico y un tiempo muerto entre imágenes muy bajo, del orden de milisegundos.64

Geometrías de difracción

Existen tres métodos para medir la difracción de rayos X: el método de Laue, el método de rotación y el
método de polvo.

Método de Laue

Consiste en hacer incidir en un cristal un espectro continuo de

rayos X, de tal manera que para cada longitud de onda se cumple
la ley de Bragg para diferentes puntos de la red recíproca. Esto
posibilita medir todas o casi todas la reflexiones sin cambiar la
orientación del cristal. Existen dos variantes del método de Laue:
transmisión y reflexión. En el método de Laue por transmisión, el
cristal se emplaza entre la fuente de rayos X y el detector. En
método de reflexión, el detector se encuentra entre la fuente y el
cristal, para detectar los haces difractados hacia atrás.65
Patrón de difracción obtenido por el
A pesar de ser el método utilizado en los primeros experimentos método de Laue en transmisión: las
cristalográficos, el método de Laue se usaba muy poco para la reflexiones dispuestas a lo largo de
determinación de estructuras debido principalmente a la baja una curva son generadas por una
intensidad de la radiación de espectro continua producida por los misma longitud de onda.
tubos de rayos X en comparación con la emisión característica
monocromática. El creciente uso de la radiación sincrotrón ha
fomentado el resurgimiento del método. La capacidad de medir todos los datos necesarios para la
determinación de la estructura en un corto tiempo lo convierte en el método más apropiado para el estudio
de reacciones químicas que tienen lugar en pocos segundos, como catálisis por enzimas y zeolitas y los
efectos de perturbaciones causadas por campos eléctricos, cambios de presión y temperatura, etc. en
diversos materiales.66

Métodos de rotación de cristal

Se hace incidir un haz de rayos X monocromáticos sobre un cristal, que rota a una velocidad constante
alrededor de un eje perpendicular a los rayos X. La rotación del cristal causa que todos los puntos de la red
recíproca atraviesen consecutivamente la esfera de Ewald, logrando así medir las reflexiones necesarias.
Existen diferentes variantes de este método. En el método de Weissenberg se usa una cámara de forma
cilíndrica rodeando al cristal tal que el eje de rotación del cristal coincide con el eje del cilindro. La cámara
se traslada a medida que el cristal gira para que las reflexiones estén separadas. En el método de precesión,
 la cámara es plana, y rota
alrededor de un eje
paralelo al eje de rotación
del cristal. En ambos
métodos se usa una
pantalla para medir solo
una sección bidimensional
de la red recíproca en cada
imagen.67 68 Estos
métodos facilitan la
determinación de la
orientación del cristal y los
Patrón de difracción obtenido por índices de las reflexiones, Patrón de difracción obtenido por el
rotación de un cristal. El uso de pero son lentos e método de precesión. Este método
ordenadores para la interpretación de ineficientes. Los avances resulta en una representación sin
las imágenes obtenidas por este en computación de los distorsiones de los planos de la red
método lo ha transformado en el años 90 posibilitaron un recíproca.
modo preferido de medición de datos diseño más simple, en el
en la mayoría de las aplicaciones. que el detector se
mantiene estacionario detrás del cristal, usándose programas para
hallar automáticamente la orientación y los parámetros cristalinos
consistentes con el patrón de difracción observado.69

Método de polvo cristalino

En el método de polvo cristalino o de Debye-Scherrer,n. 17 el

cristal a analizar es pulverizado de tal manera que forme un
conjunto de microcristales en todas las posibles orientaciones de la
red recíproca. Con esta geometría todas las reflexiones se pueden
medir en un solo patrón de difracción, consistente en círculos, uno
para cada reflexión. Aunque el método de rotación de cristal
resulta en valores más exactos de la intensidad de las reflexiones,
el método de polvo es a veces la única opción cuando el material a
estudiar no forma monocristales de un tamaño suficiente para
producir difracción detectable. Este método se usa
mayoritariamente cuando no es necesario determinar la estructura;
por ejemplo, en el análisis de minerales presentes en una
muestra.70 Patrón de difracción de polvo.
Debido al uso de múltiples cristales
en múltiples orientaciones los puntos
Aplicaciones de difracción correspondientes a los
puntos de la red recíproca a la
La cristalografía tiene muchas aplicaciones en una gran variedad misma distancia del origen d se unen
de disciplinas científicas, como la mineralogía, la química, la para formar un anillo.
biología molecular, la farmacología,71 la geología, la física
aplicada y la ciencia de materiales.72 73 74 Asimismo, las
diferencias en el patrón de difracción de diversos materiales,75 76 hielo,77 sean minerales, drogas,
pigmentos, adsorbentes,78 catalizadores,79 80 81 etc., con aspectos y composiciones químicas similares
son de mucha utilidad en la industria y campos sin relación directa con la investigación científica básica o el
desarrollo tecnológico, como la ciencia forense o la historia del arte.82 83
Premios Nobel
Véanse también: Ganadores del Premio Nobel de Química y De
Física.

Varios de los descubrimientos y avances científicos que fueron

llevados a cabo gracias a la cristalografía de rayos X han sidos
galardonados con el Premio Nobel.84 Entre ellos, una alta
proporción se han otorgado a descubrimientos en química orgánica
y biología; los primeros fueron los sendos premios en 1962 a
Kendrew y Perutz en Química y Crick, Watson y Wilkins en
Medicina, seguidos dos años más tarde por el galardón a Dorothy Cristales de insulina. La
Hodgkin. Tras cuatro décadas de expansión, la cristalografía de cristalografía de proteínas ha
macromoléculas empezó a contribuir de manera significativa al contribuido notablemente al
esclarecimiento de muchos procesos clave en la biología molecular desarrollo de la biología molecular.
y celular: En 1997, Boyer, Walker y Skou recibieron el Nobel de
Química por elucidar el mecanismo de la síntesis del ATP;
Roderick MacKinnon obtuvo dicho premio en 2003 por sus estudios de los canales de potasio en la
membrana celular y Roger Kornberg en 2006 por el análisis de la maquinaria de transcripción genética. En
2009, fue otorgado a Ramakrishnan, Steitz y Yonath por el estudio de la estructura y función del ribosoma,
complejo celular que lleva a cabo la síntesis de proteínas, y en 2012 a Lefkowitz y Kobilka por la
investigación sobre los receptores acoplados a proteínas G, proteínas que permiten a las células detectar y
responder a cambios en su entorno exterior.6

En el campo de la química inorgánica, la difracción con rayos X ha contribuido a la obtención de la

estructura de los boranos, compuestos importantes para la síntesis química, por cuyo estudio la Academia
recompensó a Herbert Brown con el Nobel de Química en 1979. Asimismo, la técnica se ha usado para
determinar la estructura de los fulerenos, materiales con interesantes propiedades físicas y químicas. En
1996, Krotro, Smalley y Curl recibieron el premio por el descubrimiento de estas moléculas.6

En otras ocasiones se ha concedido premios Nobel por desarrollos teóricos y prácticos de la técnica misma,
reconociendo su impacto científico; en esta categoría se incluyen los premios en Física a Max von Laue y
William Henry y Lawrence Bragg, así como el de Química de 1936 a Peter Debye y el de 1985 para
Hauptman y Karle por el desarrollo de los métodos directos para la solución de estructuras cristalinas.6

Análisis de minerales

La cristalografía de rayos X se utiliza no solo para obtener estructuras desconocidas, sino también para
determinar la composición de muestras de suelos o minerales, así como para la identificación de metales y
otros elementos. Cada sustancia mineral forma cristales con una celda unidad y simetría determinada, que
resulta en un patrón de difracción característico. La difracción por el método de polvo es muy usada para
este tipo de aplicaciones, por ser sencillo comparar el espaciado entre los anillos de difracción con los
valores compilados por el Joint Committee on Powder Diffraction Standars (JCPDS).70 Las proporciones
relativas de dos o más minerales presentes en una misma muestra se obtienen comparando las intensidades
de sus respectivas líneas con aquellas de muestras de composición conocida. Un ejemplo de esta aplicación
es la identificación de minerales arcillosos, la fracción del suelo cuyas partículas minerales tienen un tamaño
inferior a 2 μm.85 86

El vehículo explorador Curiosity, que aterrizó en Marte en 2012 para estudiar la superficie del planeta,
cuenta entre sus instrumentos científicos con un difractómetro compacto equipado con un generador de
rayos X y un detector de área.87 En octubre de 2012, transmitió las primeras imágenes de difracción, que
demostraron la presencia de minerales como feldespato, piroxeno y olivina en el suelo marciano, mezclados
con material amorfo, a semejanza de los terrenos basálticos de los volcanes de Hawái.88

Diseño de fármacos

Desde finales de siglo XX se ha empezado a diseñar nuevos fármacos y medicamentos basados en

inhibidores y sustratos naturales de diversas proteínas y enzimas involucradas en ciclos celulares y
metabólicos. El conocimiento de la estructura de la parte de la proteína —la forma y la distribución de
cargas electrostáticas— que liga estos compuestos facilita este proceso, gracias a la mejor comprensión de
las interacciones entre la proteína y el ligando de interés; esto permite concentrarse en el diseño de fármacos
con las características específicas deseadas.89 Uno de los ejemplos más importantes de esta aplicación es el
compuesto vemurafenib, diseñado para bloquear una enzima mutante presente en el 60 % de los casos de
melanoma.90

Comparación con otras técnicas de difracción cristalográfica

Debido a la dualidad onda-partícula, es posible estudiar cristales mediante la difracción de un haz de
neutrones o de electrones, además de con rayos X. Los primeros experimentos de difracción por electrones
tuvieron lugar en 1926 y la difracción de neutrones se observó por vez primera en 1936. Aunque los
experimentos y el análisis de datos obtenidos por cristalografía de electrones, neutrones y rayos X tienen
mucho en común, existen algunas diferencias debidas a los diferentes modos de interacción con la materia:
los electrones interaccionan tanto con el núcleo atómico como con los electrones que lo rodean y los
factores de estructura cristalinos son unos cuatro órdenes de magnitud mayores que los resultantes de la
dispersión elástica de rayos X, lo que posibilita el estudio de muestras de menor tamaño con electrones. Los
neutrones, a su vez, son reflejados solo por el núcleo y no los electrones, aunque estos contribuyen
indirectamente al factor de forma atómico mediante la creación de campos magnéticos; además, la
interacción de la materia con ellos es mucho más débil que con los rayos X y es necesario usar reactores
nucleares para generar haces de neutrones lo suficientemente intensos para obtener difracción cristalina.91

Una ventaja importante de la difracción de electrones es que puede combinarse con las fases obtenidas a
partir de la transformada Fourier de las imágenes del objeto en un microscopio electrónico. En 1968, David
DeRosier y Aaron Klug publicaron un método para reconstruir mapas de densidad electrónica
tridimensionales basados en este principio.92 Aunque la mejor resolución espacial de estos mapas —
alrededor de 0,4 nm— es baja comparada con los valores alcanzables con rayos X o neutrones, el
procedimiento puede ser útil en casos donde el problema de las fases impide la solución de la estructura por
otros métodos.93 En lo que respecta a la cristalografía de neutrones, la ventaja principal estriba en la clara
visualización de los átomos de hidrógeno, muy difíciles de detectar con rayos X debido a que solo poseen
un electrón; esta propiedad constituye una ventaja para el estudio de aquellas moléculas orgánicas en cuya
función tenga un papel importante el intercambio de hidrógeno.94

Limitaciones
La limitación fundamental de la cristalografía de rayos X consiste en que solo puede aplicarse a sustancias
susceptibles de formar cristales. Aunque las técnicas cristalográficas pueden utilizarse también para
determinar la estructura de otros materiales con periodicidad espacial, como fibras helicoidales —ADN,
algunos tipos de virus, etc.— y cuasicristales, resulta imposible estudiar gases, líquidos y sólidos
desordenados por este método. Además, la obtención de cristales no es siempre suficiente para obtener la
estructura de interés: las moléculas de tamaño grande, por ejemplo, suelen ser casos difíciles.95
Otro límite de la técnica está relacionado con el tipo
de información que proporciona sobre la estructura:
Los modelos obtenidos por difracción representan una
media de las posiciones atómicas para todas las
moléculas del cristal; cuando la molécula cuenta con
átomos que oscilan entre diferentes conformaciones,
la densidad electrónica media se extiende sobre la
totalidad del espacio que pueden ocupar estos átomos Efectos de los rayos X en un enlace disulfuro: los
y las partes desordenadas de la molécula resultan átomos de azufre (en naranja) capturan los
invisibles. Esto representa un serio problema para el fotoelectrones emitidos por los átomos presentes
estudio de enzimas si el sitio activo de la molécula — en la molécula al ser excitados por los rayos X. Al
asociada a su actividad química— presenta una gran reducirse, el enlace entre ellos se rompe y se
movilidad; en este caso la determinación de las desplazan de su posición original, como indica la
propiedades de materiales biológicos in vivo a partir desaparición gradual de la densidad electrónica a
de su estructura cristalina es problemática y requiere su alrededor. Esto resulta en un modelo erróneo de
métodos de estudio alternativos, como la resonancia la estructura.
magnética nuclear.

Las vibraciones atómicas también limitan la resolución alcanzable con los datos de difracción, incluso
cuando las moléculas adoptan la misma conformación en distintas celdas unidad. La resolución del modelo
no suele ser suficiente para determinar el estado de oxidación, posicionar todos los átomos de hidrógeno o
distinguir elementos con números atómicos semejantes.95 96 La débil interacción de los rayos X con los
átomos ligeros es otra desventaja de la técnica en aplicaciones, como la caracterización de
nanomateriales.97

Finalmente, las propiedades ionizantes de los rayos X pueden alterar o destruir las moléculas del cristal
durante el experimento. Cuando esto ocurre, el modelo obtenido no refleja la verdadera estructura
molecular y puede dar lugar a interpretaciones erróneas sobre sus propiedades. Además, las distorsiones
globales de la red cristalina y otros efectos secundarios de la irradiación dificultan la obtención de las fases.
Este problema es grave en cristales de proteínas, que contienen una alta proporción de agua y compuestos
orgánicos fácilmente radiolizables, y un gran número de enlaces químicos susceptibles al ataque por los
radicales libres y electrones producidos por dicha radiolisis. Los experimentos con moléculas biológicas se
suelen realizar a temperaturas de 100 K o menores; esto frena la difusión de los radicales libres, aunque no
soluciona enteramente el problema, pues los fotoelectrones excitados por los rayos X permanecen móviles
hasta el cero absoluto.98 99

Véase también
Cristalografía
Difracción de electrones
Difracción de neutrones
Espectroscopia de rayos X
Resonancia magnética nuclear

Notas
1. El término 'difracción de rayos X' se utiliza a menudo para referirse a la aplicación de este
fenómeno a la cristalografía; sin embargo, es posible observar difracción por materiales no
cristalinos. Por ejemplo, la estructura de la doble hélice de ADN se elucidó por primera vez
usando datos de difracción de rayos X por fibras deshidratadas de ADN.
 2. Esta cuestión fue resuelta definitivamente cuando de Broglie introdujo en 1924 el concepto
de la dualidad onda partícula.
3. Debido al comienzo de la Primera Guerra Mundial, en la que Suecia deseaba mantenerse
estrictamente neutral y no dar la impresión de que se favorecía a ningún país contendiente,
los premios no fueron otorgados hasta después de la guerra.
4. Nieto de Charles Darwin, autor de El origen de las especies.
5. Rosalind Franklin, que realizó el análisis de los datos de difracción cruciales para
determinar la estructura de la doble hélice, falleció antes de que se concediera el premio.5
6. La medición individual de reflexiones de rayos X emergentes en diferentes direcciones con
un fotodetector unidimensional, que facilitó la automatización de los experimentos con
moléculas pequeñas durante este periodo no resultaba práctica en el caso de moléculas
con muchos átomos, debido a la enorme cantidad de reflexiones presentes en este caso.
7. Véase la lista en Anexo:Fuentes de luz sincrotrón.
8. Desde el punto de vista de la electrodinámica cuántica, la dispersión elástica es
simplemente un caso especial del efecto Compton.
9. es el ángulo de incidencia respecto al plano de reflexión.
10. El factor de estructura es una función compleja, representada habitualmente como un vector
en el plano de Argand. Por este motivo, varios autores usan la nomenclatura vectorial
utilizada aquí.
11. La nomenclatura usada para designar al factor de forma cristalino varía; a menudo aparece
como . Otras denominaciones comunes son , y . Las dos últimas son
más utilizadas para describir la difracción en general que en el caso específico de la
difracción cristalina.
12. El factor de forma atómico f es proporcional al número atómico, por lo que la contribución al
factor de estructura de un átomo pesado es significantemente mayor que la de los átomos
ligeros (carbono, oxígeno, nitrógeno e hidrógeno) predominantes en las macromoléculas
orgánicas.
13. En ocasiones, si hay errores en los datos debidos a un isomorfismo imperfecto entre los
cristales u otros factores, es necesario usar más de dos derivados para obtener fases lo
suficientemente exactas.
14. Se necesitan al menos dos longitudes de onda diferentes para resolver el problema de las
fases solamente por este método, pero una longitud de onda basta si se aplican
restricciones adicionales sobre la función de densidad electrónica.47
15. El número de parámetros usados para representar el modelo depende de la resolución de la
difracción. Para que el refinamiento sea efectivo, el número de reflexiones independientes
—no relacionadas por simetría— debe ser mayor que los parámetros que se pretenden
refinar.
16. Es posible usar positrones u otra partícula con carga eléctrica para este fin, pero se usan
electrones en la mayoría de los casos.
17. Este método fue propuesto por Peter Debye y Paul Scherrer en 1916 e independientemente
por Albert Hull en 1917.4

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