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Cristalografía de rayos X
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Proceso de determinación de la estructura de una molécula por cristalografía de

rayos X.
La cristalografía de rayos X es una experimental para el estudio y análisis de
materiales, basada en el fenómeno de difracción de los rayos X por sólidos en
estado cristalino.

Los rayos X son difractados por los electrones que rodean los átomos por ser su
longitud de onda del mismo orden de magnitud que el radio atómico. El haz de rayos
X emergente tras esta interacción contiene información sobre la posición y tipo de
átomos encontrados en su camino. Los cristales, gracias a su estructura periódica,
dispersan elásticamente los haces de rayos X en ciertas direcciones y los
amplifican por interferencia constructiva, originando un patrón de difracción.n. 1
Existen varios tipos de detectores especiales para observar y medir la intensidad y
posición de los rayos X difractados, y su análisis posterior por medios matemáticos
permite obtener una representación a escala atómica de los átomos y moléculas del
material estudiado.

Max von Laue realizó los primeros experimentos de cristalografía de rayos X en

1912. Von Laue, William Henry Bragg y William Lawrence Bragg desarrollaron
inicialmente la teoría de difracción de cristales, tarea a la que pronto se sumaron
otros científicos. A lo largo del siglo XX tuvieron lugar varios avances teóricos y
técnicos, como la aparición de los superordenadores y el uso de sincrotrones para
la producción de rayos X, que incrementaron la capacidad del método para determinar
las propiedades estructurales de todo tipo de moléculas: sales, materiales
inorgánicos complejos, proteínas y hasta componentes celulares como los ribosomas.
Es posible trabajar con monocristales o con polvo microcristalino, consiguiéndose
diferentes datos en ambos casos: para las aplicaciones que requieren solo una
caracterización precisa de los parámetros de la red cristalina, puede ser
suficiente la difracción de rayos X por polvo; para una dilucidación precisa de las
posiciones atómicas es preferible trabajar con monocristales.

Dada la relación existente entre la estructura tridimensional de las moléculas y

sus propiedades químicas y físicas, la cristalografía ha contribuido al avance en
varias disciplinas científicas como la química, la biología molecular, la geología,
la física aplicada y la ciencia de materiales. La amplia disponibilidad de tubos de
rayos X, complementada con el desarrollo de fuentes de rayos X de alta intensidad
ha aumentado significativamente su impacto en estos campos de investigación así
como en áreas con aplicaciones industriales, como el desarrollo de fármacos y la
mineralogía aplicada. La mayor limitación de este método es la necesidad de
trabajar con sistemas cristalinos, por lo que no es aplicable a disoluciones, a
sistemas biológicos in vivo, a sistemas amorfos o a gases. En algunos casos, los
rayos X pueden romper los enlaces químicos que mantienen la integridad estructural,
lo que resulta en un modelo distorsionado de la molécula estudiada. Este problema
afecta especialmente a los materiales de interés biológico.

Índice
1 Historia
1.1 Primeros experimentos
1.2 El desarrollo de la técnica: 1920-1960
1.3 Avances en cristalografía de macromoléculas: 1960-1980
1.4 Expansión y madurez: 1980-2010
2 Aspectos físicos
2.1 Cristales y redes cristalinas
2.2 Rayos X
2.3 Dispersión elástica de rayos X
2.4 Difracción cristalina
2.4.1 Ley de Bragg
2.4.2 Índices de Miller
2.4.3 La red recíproca
2.4.4 La esfera de Ewald
2.4.5 El factor de estructura cristalino
3 El problema de las fases
3.1 Método de Patterson
3.2 Métodos directos
3.3 Reemplazamiento isomorfo
3.4 Dispersión anómala
3.5 Reemplazamiento molecular
4 Refinamiento de la estructura
5 Cristalización
6 Adquisición de datos
6.1 Fuentes de rayos X
6.2 Detectores
6.3 Geometrías de difracción
6.3.1 Método de Laue
6.3.2 Métodos de rotación de cristal
6.3.3 Método de polvo cristalino
7 Aplicaciones
7.1 Premios Nobel
7.2 Análisis de minerales
7.3 Diseño de fármacos
8 Comparación con otras técnicas de difracción cristalográfica
9 Limitaciones
10 Véase también
11 Notas
12 Referencias
12.1 Bibliografía
13 Enlaces externos
Historia
Primeros experimentos

Pioneros de la cristalografía de rayos X. De arriba abajo: William H. Bragg, su

hijo William L. Bragg y Max von Laue.
La idea de que los cristales son una repetición periódica de un grupo de moléculas
ya existía anteriormente a que Wilhelm Conrad Röntgen descubriera los rayos X en
1895. Aunque las distancias típicas entre los planos de la red cristalina se
desconocían, se sabía que debían ser muy pequeñas comparadas con la longitud de
onda de la luz visible. Esto le dio al físico alemán Max von Laue la idea de
utilizar cristales de sulfato de cobre para determinar si los rayos X se componían
de partículas u ondas: dedujo que, si fueran ondas, deberían generar un patrón de
difracción al atravesar los cristales.n. 2 Los experimentos se realizaron en 1912,
con la ayuda de Walter Friedrich y Paul Knipping, ambos antiguos estudiantes de
Röntgen. Estos experimentos confirmaron la presencia de difracción cristalina,
interpretada por von Laue como la extensión a tres dimensiones de la difracción de
Fraunhofer por un enrejado.

Poco después, los británicos William Henry Bragg y William Lawrence Bragg (padre e
hijo respectivamente) reprodujeron el experimento. W.L. Bragg explicó la difracción
como la interferencia de los rayos X reflejados por planos cristalinos paralelos,
introduciendo la descripción conocida desde entonces como la ley de Bragg.1 En
1913, Paul Ewald demostró que las dos interpretaciones de los resultados publicadas
independientemente por von Laue y Bragg eran equivalentes.2 Von Laue recibió el
premio Nobel de Física en 1914 por su descubrimiento del fenómeno, y los Bragg
recibieron el mismo premio un año más tarde por su trabajo en las aplicaciones
prácticas.n. 33 Hacia el final de la década, se había logrado determinar las
longitudes de onda de los rayos X y la estructura de varios compuestos inorgánicos
simples y se habían establecido las bases teóricas de la técnica gracias al trabajo
de los ya mencionados investigadores, Charles Galton Darwinn. 4 y Peter Debye,
entre otros.

El desarrollo de la técnica: 1920-1960

El período entre 1920 y 1960 se caracterizó por importantes adelantos metodológicos
que propiciaron el empleo de la difracción de rayos X para analizar estructuras de
moléculas más complejas.

Durante la década de 1920, los avances de la teoría cuántica sirvieron para

caracterizar más precisamente la interacción entre los rayos X y los átomos de los
cristales; esto posibilitó el análisis correcto de la intensidad de la difracción.
En la misma época aparecieron las tablas para determinar la simetría cristalina a
partir de la distribución de reflexiones en el patrón de difracción y se empezaron
a usar las series de Fourier para representar la distribución de electrones en la
red cristalina. Los desarrollos en la representación matemática de la densidad
electrónica continuaron hasta la Segunda Guerra Mundial, facilitando la obtención
de las primeras estructuras de moléculas orgánicas. En 1935, el cristalógrafo
británico Arthur Patterson descubrió un truco matemático para obtener las
distancias interatómicas directamente a partir de los datos experimentales, lo que
supuso un importante avance en el análisis de la difracción.4

Entre las décadas de 1940 y 1960, surgieron otros procedimientos para la

determinación de estructuras, especialmente, métodos heurísticos basados en el
proceso de ensayo y error, que demostraron ser bastante exactos en combinación con
restricciones condicionantes basadas en las propiedades físicas de una estructura
correcta, como por ejemplo, que la densidad electrónica debe ser siempre positiva.
En este período la cristalografía empezó a adquirir importancia en el campo de la
química orgánica, proceso que culminó con la determinación en 1957 de la estructura
de la vitamina B12, un proyecto liderado por Dorothy Hodgkin.4

Avances en cristalografía de macromoléculas: 1960-1980

El adelanto más trascendente durante las décadas de los 60 y 70 fue el
reconocimiento de la cristalografía de proteínas y de moléculas involucradas en
procesos biológicos en general como área de investigación clave en la biología
molecular. El año 1962 marcó un hito al otorgarse dos premios Nobel por los
resultados obtenidos usando métodos cristalográficos en esta área: el premio Nobel
de Química fue concedido a Max Perutz y John Kendrew por sus estudios
cristalográficos de las proteínas hemoglobina y mioglobina y el premio Nobel de
Medicina a Francis Crick, James Watson y Maurice Wilkins por descubrir que el ADN
forma una doble hélice.n. 5 En 1964 Dorothy Hodgkin también obtuvo el premio Nobel
de Química por la determinación de varias estructuras de importancia biológica,
como la penicilina y la vitamina B12, entre otras.6

Un adelanto que facilitó en gran medida el éxito de las técnicas cristalográficas

tanto en el caso de macromoléculas orgánicas con un gran número de átomos como en
el de moléculas de menor tamaño fue el desarrollo de ordenadores digitales; gracias
a ellos fue posible usar programas para medir y analizar fácilmente los datos
obtenidos en los experimentos en vez de realizar los laboriosos cálculos
manualmente.7 Sin embargo, al final de este período el estudio de proteínas estaba
aún limitado por la ausencia de fuentes de rayos X intensos y el empleo de película
fotográfica para medir los patrones de difracción, lo que requería un largo proceso
de revelado y digitalización de las imágenes.n. 6 A consecuencia de estas
limitaciones, y a pesar del reconocimiento generalizado del potencial de la
cristalografía para estos experimentos, a finales de la década de 1970 el Banco de
Datos de Proteínas solo contaba con unas sesenta entradas.8

Expansión y madurez: 1980-2010

Modelo cristalográfico de la subunidad mayor del ribosoma. La obtención de esta

estructura, galardonada con el premio Nobel de Química en 2009, fue posible gracias
a los avances tecnológicos y metodológicos de los años 1980 y 1990. Como
comparación, a la derecha y aproximadamente en la misma escala, se muestra el
modelo de la mioglobina, una de las primeras proteínas estudiadas con esta técnica
durante los años 1950 y cuya determinación se consideró un logro considerable en
esa época.
Los tubos de rayos X, con sucesivas mejoras, se utilizaron como la fuente
primordial de rayos X para los experimentos de cristalografía desde sus comienzos
hasta la década de 1970, época en la que se empezó a experimentar con la radiación
de sincrotrón de rayos X. Los sincrotrones dedicados exclusivamente a la producción
de rayos X aparecieron en la década de 1980 y su número no ha dejado de aumentar
desde entonces.n. 7 En la primera década del siglo XXI se construyeron los primeros
láseres de electrones libres de rayos-X, capaces de producir haces de luz pulsada
de una intensidad de órdenes de magnitud mayor que en las fuentes de luz sincrotrón
convencionales. La duración de los pulsos de luz, del orden de femtosegundos ofrece
la posibilidad de observar cambios en los cristales a escalas temporales
inalcanzables anteriormente.7 Durante estos años también se desarrollaron nuevos
detectores bidimensionales o «de área», capaces de generar directamente una imagen
digitalizada del patrón de difracción. Estos detectores facilitaron la rápida
medición y análisis de la difracción y sustituyeron totalmente a las placas
fotográficas usadas hasta entonces.

Los mencionados avances, unidos al incremento de la capacidad de los ordenadores

modernos para almacenar y procesar datos, han permitido llevar a cabo experimentos
antaño irrealizables, y han desembocado en un aumento exponencial del número de
estructuras elucidadas por métodos cristalográficos. El desarrollo más notable ha
tenido lugar en el área de las macromoléculas orgánicas, con más de 88 000
estructuras depositadas en el Banco de Datos de Proteínas al comienzo de 2013.8 La
obtención en 2000 de la estructura del ribosoma,9 un enorme complejo de ácidos
nucleicos y varias proteínas donde tiene lugar la síntesis de proteínas en la
célula, ilustra las capacidades que ha alcanzado la técnica.

Aspectos físicos
Cristales y redes cristalinas

Estructura cristalina de cloruro de hidrógeno deuterado con la celda unidad

superpuesta sobre las moléculas. La red cristalina se forma mediante la translación
de la celda unidad a lo largo de las direcciones definidas por {\displaystyle
a,b}a,b y {\displaystyle c}c.

Parámetros de la celda unidad.

Artículos principales: Celda unidad y Redes de Bravais.
Los cristales están formados por una repetición periódica de moléculas en tres
dimensiones. El cristal se puede representar matemáticamente como una red
tridimensional, llamada «red de Bravais», en la que todas las intersecciones, o
nodos, son idénticas.1011 El paralelepípedo definido por las líneas entre distintos
nodos de la red se conoce como la celda unidad; aunque para una red dada sea
posible designar múltiples celdas unidad que cumplan esta definición, por
convención se escoge habitualmente la de menor volumen que refleje la simetría del
cristal.1211 La celda unidad se define por la longitud de sus lados {\displaystyle
a}a, {\displaystyle b}b y {\displaystyle c}c en la dirección de los tres ejes
espaciales y los ángulos {\displaystyle \alpha }\alpha , {\displaystyle
\beta }\beta y {\displaystyle \gamma }\gamma que los ejes de la red forman entre
sí. Las coordenadas de cualquier punto de la red cristalina se pueden expresar como
una combinación lineal de los vectores {\displaystyle \mathbf {a} }{\mathbf a},
{\displaystyle \mathbf {b} }{\mathbf b} y {\displaystyle \mathbf {c} }{\mathbf
c}.13

La posición de un átomo en la celda unidad se expresa como coordenadas

fraccionarias de {\displaystyle \mathbf {a} }{\mathbf a}, {\displaystyle \mathbf
{b} }{\mathbf b} y {\displaystyle \mathbf {c} }{\mathbf c} de la siguiente forma:

{\displaystyle R=x\mathbf {a} +y\mathbf {b} +z\mathbf {c} }R=x{\mathbf a}

+y{\mathbf b}+z{\mathbf c}
con las coordenadas ({\displaystyle x}x, {\displaystyle y}y, {\displaystyle z}z)
comprendidas entre 0 y 1.14

El objetivo de los experimentos de difracción por rayos X es averiguar

{\displaystyle x}x, {\displaystyle y}y y {\displaystyle z}z para cada átomo. Para
lograrlo es necesario, en primer lugar, determinar la relación entre la red
cristalina y la geometría del patrón de difracción y, en segundo lugar, obtener las
posiciones de los átomos a partir de la intensidad de la difracción.

Rayos X
Artículo principal: Rayos X

Representación esquemática de una onda electromagnética, mostrando la oscilación

periódica de los campos eléctrico y magnético.
Los rayos X son un tipo de radiación electromagnética con longitudes de onda entre
10 y 10-2 nm o energías entre 0,1 y 100 keV.15 Para los experimentos de difracción
cristalina se suelen usar rayos X de energía relativamente alta, del orden de 10
keV, correspondiente a longitudes de onda del orden de 0,1 nm.1617

Los rayos X se describen matemáticamente como una onda sinusoidal propagándose a

través del espacio.

Tomando un punto arbitrario como origen, el valor del campo eléctrico

{\displaystyle E}E en función del tiempo {\displaystyle t}t se puede escribir
como:1819

{\displaystyle E(t)=A\exp(2\pi ict/\lambda )}E(t)=A\exp(2\pi ict/\lambda )

{\displaystyle A}A es la amplitud de la oscilación, {\displaystyle \lambda }\lambda
la longitud de onda y {\displaystyle c}c la velocidad de la luz. A consecuencia de
la interacción con los electrones de los átomos en la muestra, la onda sufre un
desfase {\displaystyle \alpha }\alpha con respecto a la onda en el punto de
origen:

{\displaystyle E(t)=A\exp(2\pi ict/\lambda )\exp(2\pi i\alpha )}E(t)=A\exp(2\pi

ict/\lambda )\exp(2\pi i\alpha )
La diferencia de fase depende de la distancia entre el punto de origen y los átomos
del material; esto implica que la estructura atómica, es decir, las posiciones que
ocupan los átomos, se pueden derivar de la fase de los rayos X que han atravesado
el material.

Dispersión elástica de rayos X

Véanse también: Factor de forma atómica y Factor de estructura.
El fenómeno de difracción cristalina tiene su origen en la dispersión elástica o
scattering elástico del haz de rayos X por los átomos del cristal.n. 8 En este tipo
de interacción, el electrón desvía los rayos X, que toman exactamente la misma
trayectoria que un rayo de luz visible reflejado en un espejo, es decir, los rayos
dispersados emergen a un ángulo {\displaystyle 2\theta }2\theta con respecto a la
dirección de los rayos incidentes.n. 9 Tanto el electrón como los rayos X conservan
su energía inicial durante esta interacción.20

La dispersión elástica por un grupo de átomos en una dirección dada se puede

cuantificar con una cantidad conocida como factor de estructura que es igual a la
suma de los rayos reflejados por cada átomo {\displaystyle j}j que interactúa con
los rayos incidentesn. 1021

{\displaystyle \mathbf {F} (\mathbf {S} )=\sum \limits _{j}f_{j}\exp(2\pi i\mathbf

{r} _{j}\cdot \mathbf {S} )}{\mathbf F}({\mathbf S})=\sum \limits
_{{j}}f_{{j}}\exp(2\pi i{\mathbf r}_{{j}}\cdot {\mathbf S})
{\displaystyle f}f es una función llamada factor de forma atómica —o factor de
dispersión atómica— que describe la dispersión por todos los electrones del átomo
en conjunto. La dispersión elástica atómica depende del número atómico
{\displaystyle Z}Z y del ángulo de incidencia de los rayos X.22 El cambio de fase
de los rayos dispersados durante la interacción viene dado por el producto escalar
de {\displaystyle \mathbf {r} _{j}}{\mathbf r}_{{j}}, el vector entre el origen y
cada átomo {\displaystyle j}j y {\displaystyle \mathbf {S} }{\mathbf S}, conocido
como vector de dispersión, con magnitud {\displaystyle 2\sin \theta /\lambda }2\sin
\theta /\lambda y dirección perpendicular al plano virtual de reflexión.

Difracción cristalina

Adición de ondas: cuando las ondas están desfasadas, se aniquilan mutuamente;

cuando están en fase, se amplifican.
Ley de Bragg
Artículo principal: Ley de Bragg
La difracción en una dirección dada se debe esencialmente a la relación entre las
fases de todas las ondas reflejadas por cada celda unidad del cristal en esa
dirección. Los rayos que han atravesado distintos puntos del cristal siguen caminos
ópticos de diferente longitud y esta diferencia da lugar a un cambio en la amplitud
de la onda resultante; cuando la diferencia de fase es de 180 grados, las ondas se
anulan entre sí. Por el contrario, cuando las ondas están en fase, la amplitud de
la onda final es la suma de las amplitudes para cada onda. Puesto que un cristal
está compuesto de un gran número celdas unidad, la interferencia constructiva entre
todas ellas resulta en un haz lo suficientemente intenso para poder ser medido con
un detector de rayos X.

Ley de Bragg: Los átomos o grupos de átomos en la red cristalina están

representados por esferas (para simplificar el diagrama, la tercera dimensión del
cristal no se representa). Las esferas se sitúan sobre planos imaginarios
paralelos, perpendiculares al diagrama, separados por {\displaystyle d}d. Los rayos
X inciden sobre los planos a un ángulo {\displaystyle \theta }\theta . En la imagen
de la izquierda, la diferencia en el camino recorrido por las ondas dispersadas por
los dos planos es un múltiplo entero de la longitud de onda; por lo tanto, las
ondas emergentes están en fase y se observa difracción a un ángulo
{\displaystyle \theta }\theta respecto de los planos de difracción o
{\displaystyle 2\theta }2\theta respecto al haz incidente. A la derecha, con un
ángulo de incidencia diferente, la Ley de Bragg no se cumple para esta familia de
planos cristalinos; las ondas emergentes están desfasadas y no se observa
difracción.
La condición para que las ondas estén en fase es que la diferencia de sus caminos
ópticos sea cero o un múltiplo entero {\displaystyle n}n de la longitud de onda. En
un cristal, la diferencia en el camino óptico entre átomos situados en posiciones
equivalentes en distintas celdas unidad es {\displaystyle 2d\sin \theta }2d\sin
\theta donde {\displaystyle d}d es la distancia entre los planos imaginarios que
unen los puntos equivalentes de la red cristalina. Es decir, para que se observe
interferencia constructiva de rayos X a un ángulo de observación {\displaystyle
2\theta }2\theta , se debe cumplir la expresión conocida como Ley de Bragg:23

{\displaystyle n\lambda =2d\sin \theta }n\lambda =2d\sin \theta

Como en el caso de la dispersión elástica por un átomo, la difracción cristalina se
puede interpretar como la reflexión especular de los rayos X por todos los planos
del cristal a un ángulo {\displaystyle \theta }\theta del haz incidente y
separados entre sí por la distancia {\displaystyle d}d que cumple la ley de Bragg.
Por este motivo, los puntos del patrón de difracción se denominan «reflexiones».24

Índices de Miller: La figura muestra ejemplos de diferentes planos de difracción en

una celda unidad, ilustrando la correspondencia entre los índices de Miller
{\displaystyle {hkl}}{hkl} y la orientación de los planos en el sistema de
coordinadas definido por aquella.
Índices de Miller
Artículo principal: Índice de Miller
Para que se cumpla la ley de Bragg para un grupo de planos de reflexión paralelos,
estos deben cruzar los ejes de la celda unidad un número entero de veces. Las
reflexiones cristalinas se identifican mediante tres números {\displaystyle h}h,
{\displaystyle k}k y {\displaystyle l}l iguales al número de intersecciones de los
planos con los ejes {\displaystyle a}a, {\displaystyle b}b y {\displaystyle c}c de
la celda. Los números {\displaystyle h}h, {\displaystyle k}k y {\displaystyle l}l
reciben el nombre de índices de Miller. Matemáticamente, los índices de Miller
describen un vector perpendicular al plano de reflexión en el sistema de
coordenadas definido por la red cristalina.25

La red recíproca
Artículo principal: Red recíproca
Se denomina red recíproca a la transformada de Fourier de la red cristalina. Esta
construcción matemática facilita la representación de los planos de reflexión y la
visualización de la relación entre la orientación del cristal y el patrón de
difracción. Las coordenadas de cada punto de la red recíproca coinciden con los
índices de Miller, es decir, cada punto de la red recíproca representa a una
familia de planos de Miller en el espacio real de la red cristalina; la distancia
del origen a cada punto de la red es {\displaystyle 1/d}1/d.2627

Al igual que en el caso de la red cristalina, los puntos de la red recíproca se

pueden expresar como una combinación lineal de vectores {\displaystyle \mathbf {a}
^{\ast }}{\mathbf a}^{{\ast }}, {\displaystyle \mathbf {b} ^{\ast }}{\mathbf
b}^{{\ast }} y {\displaystyle \mathbf {c} ^{\ast }}{\mathbf c}^{{\ast }}:26

{\displaystyle \mathbf {O} \mathbf {H} =h\mathbf {a} ^{\ast }+k\mathbf {b} ^{\ast }
+l\mathbf {c} ^{\ast }}{\mathbf O}{\mathbf H}=h{\mathbf a}^{{\ast }}+k{\mathbf
b}^{{\ast }}+l{\mathbf c}^{{\ast }}
La relación entre los parámetros de la celda unidad ({\displaystyle a}a,
{\displaystyle b}b, {\displaystyle c}c, {\displaystyle \alpha }\alpha ,
{\displaystyle \beta }\beta , {\displaystyle \gamma }\gamma ) de volumen
{\displaystyle V}V y la celda unidad recíproca ({\displaystyle
a^{\ast }}a^{{\ast }}, {\displaystyle b^{\ast }}b^{{\ast }}, {\displaystyle c^{\ast
}}c^{{\ast }}, {\displaystyle \alpha ^{\ast }}\alpha ^{{\ast }},{\displaystyle
\beta ^{\ast }}\beta ^{{\ast }}, {\displaystyle \gamma ^{\ast }}\gamma ^{{\ast }})
es la siguiente:2827

{\displaystyle a^{\ast }={\frac {bc\sin \alpha }{V}};b^{\ast }={\frac {ac\sin \beta

}{V}};c^{\ast }={\frac {ab\sin \gamma }{V}}}a^{{\ast }}={\frac {bc\sin \alpha }
{V}};b^{{\ast }}={\frac {ac\sin \beta }{V}};c^{{\ast }}={\frac {ab\sin \gamma }
{V}}
{\displaystyle V^{\ast }=a^{\ast }b^{\ast }c^{\ast }{\sqrt {1-\cos ^{2}\alpha
^{\ast }-\cos ^{2}\beta ^{\ast }-\cos ^{2}\gamma ^{\ast }+2\cos \alpha ^{\ast }\cos
\beta ^{\ast }\cos \gamma ^{\ast }}}}V^{{\ast }}=a^{{\ast }}b^{{\ast }}c^{{\ast }}
{\sqrt {1-\cos ^{2}\alpha ^{{\ast }}-\cos ^{2}\beta ^{{\ast }}-\cos ^{2}\gamma
^{{\ast }}+2\cos \alpha ^{{\ast }}\cos \beta ^{{\ast }}\cos \gamma ^{{\ast }}}}
{\displaystyle \cos \alpha ^{\ast }={\frac {\cos \beta \cos \gamma -\cos \alpha }
{\sin \beta \sin \gamma }};\cos \beta ^{\ast }={\frac {\cos \alpha \cos \gamma
-\cos \beta }{\sin \alpha \sin \gamma }};\cos \gamma ^{\ast }={\frac {\cos
\alpha \cos \beta -\cos \gamma }{\sin \alpha \sin \beta }}}\cos \alpha
^{{\ast }}={\frac {\cos \beta \cos \gamma -\cos \alpha }{\sin \beta \sin
\gamma }};\cos \beta ^{{\ast }}={\frac {\cos \alpha \cos \gamma -\cos \beta }{\sin
\alpha \sin \gamma }};\cos \gamma ^{{\ast }}={\frac {\cos \alpha \cos \beta
-\cos \gamma }{\sin \alpha \sin \beta }}

Representación bidimensional de la construcción de Ewald. Los rayos X incidentes

están representados por el vector de onda {\displaystyle \mathbf {K} _{i}}{\mathbf
K}_{{i}}, de amplitud {\displaystyle 1/\lambda }1/\lambda . La red recíproca se
representa en azul; para simplificar el diagrama, solo se muestran las coordenadas
de algunos puntos de la red, representando a los planos de Miller correspondientes.
El punto (4,1) coincide con la superficie de la esfera, por lo tanto se observará
un haz de rayos X con el vector de onda {\displaystyle \mathbf {K} _{f}}{\mathbf
K}_{{f}} reflejado en la dirección dada por {\displaystyle 2\theta }2\theta . La
magnitud del vector diferencia entre {\displaystyle \mathbf {K} _{i}}{\mathbf
K}_{{i}} y {\displaystyle \mathbf {K} _{f}}{\mathbf K}_{{f}} o vector de
difracción es la distancia entre los planos paralelos de índices (4,1).
La esfera de Ewald
Artículo principal: Esfera de Ewald
Para visualizar fácilmente los planos de Miller que contribuyen a la difracción en
una dirección dada y determinar la relación entre la orientación del cristal y el
patrón de difracción, se utiliza la construcción conocida como esfera de Ewald. La
esfera de Ewald ilustra todas las posibles direcciones en que los rayos X pueden
ser reflejados por el cristal. El radio de esta esfera es {\displaystyle
1/\lambda }1/\lambda y su extremo en la dirección del haz de rayos X incidente
coincide con el origen de la red recíproca.2426

Si un punto de la red recíproca de coordenadas {\displaystyle (h,k,l)}(h,k,l) se

encuentra sobre la superficie de la esfera de Ewald, los planos de Miller con
índices {\displaystyle (h,k,l)}(h,k,l) darán lugar a un punto de difracción en la
dirección definida por el centro de la esfera y ese punto de la red recíproca. La
distancia entre el origen y {\displaystyle (h,k,l)}(h,k,l) es {\displaystyle
1/d}1/d, por lo que se puede demostrar geométricamente que esta condición de
difracción es equivalente a la ley de Bragg.26

El factor de estructura cristalino

Véase también: factor de estructura
El vector con coordenadas {\displaystyle (h,k,l)}(h,k,l) en la red recíproca es
perpendicular al plano de reflexión y su magnitud es {\displaystyle 1/d=2\sin
\theta /\lambda }1/d=2\sin \theta /\lambda ; es decir, es un vector de dispersión
{\displaystyle \mathbf {S} }{\mathbf S}, introducido en la definición del factor
de estructura {\displaystyle \mathbf {F} (\mathbf {S} )}{\mathbf F}({\mathbf S}),
para el que se cumple la ley de Bragg. Por lo tanto, el factor de estructura en la
dirección definida por los planos de Miller descritos por los índices
{\displaystyle (h,k,l)}(h,k,l) se reformula como29n. 11

{\displaystyle \mathbf {F} _{hkl}=\sum \limits _{j}f_{j}\exp(2\pi i\mathbf {r}

_{j}\cdot \mathbf {S} )=\sum \limits _{j}f_{j}\exp(2\pi i(x_{j}h+y_{j}k+z_{j}l))}
{\mathbf F}_{{hkl}}=\sum \limits _{{j}}f_{{j}}\exp(2\pi i{\mathbf r}_{{j}}\cdot
{\mathbf S})=\sum \limits _{{j}}f_{{j}}\exp(2\pi i(x_{{j}}h+y_{{j}}k+z_{{j}}l))
donde {\displaystyle (x,y,z)}(x,y,z) es el vector de coordenadas del átomo
{\displaystyle j}j en el sistema definido por la celda unidad y la suma se realiza
para todos los átomos contenidos en ella. En lugar de sumar las contribuciones de
cada átomo, también se puede realizar una integración sobre los electrones en el
volumen {\displaystyle V}V de la celda unidad, cuya distribución por elemento de
volumen se representa por la función de densidad electrónica {\displaystyle \rho
(x,y,z)}\rho (x,y,z):30

{\displaystyle \mathbf {F} _{hkl}=\int _{x}\int _{y}\int _{z}\rho (x,y,z)\exp(2\pi

i(xh+yk+zl))dzdydx}{\displaystyle \mathbf {F} _{hkl}=\int _{x}\int _{y}\int
_{z}\rho (x,y,z)\exp(2\pi i(xh+yk+zl))dzdydx}

Representación vectorial de la Ley de Friedel en la ausencia de absorción. Las

magnitudes de los factores de estructura relacionados por esta ley, conocidos como
«pares Friedel» son iguales, y sus fases, opuestas.
La aplicación de las operaciones de simetría del cristal a las coordenadas
{\displaystyle (x,y,z)}(x,y,z) resulta en relaciones de igualdad entre los factores
de estructura de diferentes reflexiones. A las reflexiones así relacionadas se las
denomina «simétricamente equivalentes». En los experimentos cristalográficos, donde
el grupo de simetría no se conoce con certeza a priori, se comparan las reflexiones
relacionadas por diversas operaciones de simetría para caracterizar la simetría del
cristal. La igualdad entre los módulos o «amplitudes» de las reflexiones
relacionadas por un centro de inversión, con índices de Miller {\displaystyle
(h,k,l)}(h,k,l) y {\displaystyle (-h,-k,-l)}(-h,-k,-l)

{\displaystyle |\mathbf {F} _{hkl}|=|\mathbf {F} _{{\bar {h}}{\bar {k}}{\bar

{l}}}|}|{\mathbf F}_{{hkl}}|=|{\mathbf F}_{{{\bar {h}}{\bar {k}}{\bar {l}}}}|
se conoce como ley de Friedel y ocurre incluso en la ausencia de simetría, aparte
de la traslación de la celda unidad sobre la red cristalina.31 En la práctica la
ley de Friedel no se cumple exactamente debido a la presencia de interacciones
inelásticas entre los rayos X y los átomos, que resultan en absorción de energía
por estos.32 Esos efectos suelen ser pequeños comparados con las interacciones
elásticas y no se suelen tener en cuenta, excepto para longitudes de onda en la
vecindad de una discontinuidad de absorción del cristal.

El problema de las fases

El propósito de los experimentos cristalográficos no es obtener el patrón de
difracción, sino el valor de la función de distribución electrónica
{\displaystyle \rho (x,y,z)}\rho (x,y,z), lo que permite determinar la posición de
los átomos y la estructura tridimiensional de la molécula cristalina. Se puede
demostrar que {\displaystyle \rho (x,y,z)}\rho (x,y,z) puede representarse como
sumas de Fourier de los factores de estructura en todas las direcciones:33

{\displaystyle \rho (x,y,z)={\frac {1}{V}}\sum \limits _{h}\sum \limits _{k}\sum

\limits _{l}|\mathbf {F} _{hkl}|\exp(-2\pi i(xh+yk+zl))}\rho (x,y,z)={\frac {1}
{V}}\sum \limits _{{h}}\sum \limits _{{k}}\sum \limits _{{l}}|{\mathbf
F}_{{hkl}}|\exp(-2\pi i(xh+yk+zl))

Mientras que el módulo del factor de estructura es simplemente la raíz cuadrada de

la intensidad del punto de difracción, medida por un detector sensible a los rayos
X, la fase no se puede computar directamente. Esto se conoce como el «problema de
las fases».34 Existen varios métodos para resolver el problema de las fases y
elucidar la estructura atómica, clasificados en los siguientes grupos:35

Métodos de Patterson
Métodos directos
Dispersión anómala
Reemplazamiento isomorfo
Reemplazamiento molecular
Método de Patterson
Artículo principal: Método de Patterson
La función de Patterson se calcula efectuando la síntesis de Fourier con el
cuadrado de los factores de estructura {\displaystyle |\mathbf {F} _{hkl}|^{2}}|
{\mathbf F}_{{hkl}}|^{2} como coeficientes. Esta función se puede calcular
directamente a partir de los datos experimentales, al no depender de la fase de los
factores de estructura. En 1935, Arthur Patterson se percató de que los máximos de
esta función corresponden a los vectores que se pueden trazar entre cada par de
átomos en la celda unidad, lo cual se puede utilizar en ciertos casos favorables
para determinar la posición de todos o algunos átomos. En particular, el análisis
de la función de Patterson se utiliza a menudo para localizar los átomos causantes
de diferencias isomorfas o anómalas, lo cual es a su vez el primer paso para
solucionar el problema de las fases por estos otros métodos.363738

Métodos directos
La función de distribución de densidad electrónica {\displaystyle \rho (x,y,z)}\rho
(x,y,z) se caracteriza por ser siempre positiva y alcanzar valores máximos
alrededor de los átomos. Estas y otras propiedades derivadas de principios básicos,
expresadas en forma matemática, se utilizan para discriminar entre valores de las
fases que resultan en una estructura con características físicamente posibles y los
que no y, por eliminación de estos últimos, elucidar la estructura de la molécula
de interés. Este método se usa corrientemente para resolver el problema de las
fases para moléculas pequeñas.39 En contraste, en el caso de los cristales de
macromoléculas, los métodos directos no suelen ser suficientes para resolver la
estructura totalmente ab initio sin ninguna información experimental adicional;
esto se debe a que, por un lado, los cristales de proteínas y moléculas de similar
tamaño raramente difractan a una resolución suficiente para obtener el número de
reflexiones requerido para determinar todos los parámetros atómicos y, por otro
lado, al gran número de átomos en la celda unidad, que causa que las relaciones
entre las probabilidades de las fases sean menos determinantes que en los casos de
moléculas que cuentan con pocos átomos.4041

A pesar de los límites del método, sus principios también se aplican en el área de
difracción de macromoléculas para mejorar las fases obtenidas por otros métodos y
el cálculo de las fases a partir de un modelo de baja resolución. En la
cristalografía de proteínas, las propiedades claves para discriminar entre fases
correctas e incorrectas incluyen:42

El contraste entre las zonas de la celda unidad ocupadas por moléculas de agua o
solvente en estado amorfo y las zonas ordenadas ocupadas por la molécula.
Una distribución característica de la probabilidad de valores de la densidad
electrónica.
Al igual que la función de Patterson, los métodos directos también se utilizan para
determinar las posiciones de átomos especiales en los métodos de sustitución o
reemplazamiento isomorfo y de dispersión anómala.

Reemplazamiento isomorfo
El reemplazamiento isomorfo o sustitución isomorfa es un método para resolver el
problema de las fases empleado predominantemente en cristalografía de
macromoléculas. Consiste en la introducción en el medio de cristalización de un
compuesto químico de pequeño tamaño conteniendo un átomo pesado, es decir de un
número atómico elevado. Los compuestos de mercurio, platino, uranio, y oro son los
más utilizados, entre muchos otros.43n. 12 Para que el método tenga éxito se debe
establecer un enlace químico entre la molécula de interés y el átomo pesado, y la
molécula modificada o «derivada» debe formar cristales isomorfos, con la misma
simetría que los obtenidos a partir de la molécula «nativa» sin modificar. El
factor de estructura de la molécula derivada {\displaystyle \mathbf {F}
_{hkl}^{PH}}{\mathbf F}_{{hkl}}^{{PH}} es la suma del factor de estructura
«nativo» {\displaystyle \mathbf {F} _{hkl}^{P}}{\mathbf F}_{{hkl}}^{{P}} y la
contribución del átomo pesado {\displaystyle \mathbf {F} _{hkl}^{H}}{\mathbf
F}_{{hkl}}^{{H}}.
Las fases del átomo pesado que contribuyen a esto se pueden calcular por métodos
directos a partir de las diferencias {\displaystyle \mathbf {F} ^{PH}-\mathbf {F}
^{P}}{\mathbf F}^{{PH}}-{\mathbf F}^{{P}}. Aunque una sola sustitución isomorfa
no es suficiente para determinar {\displaystyle \mathbf {F} ^{P}}{\mathbf
F}^{{P}}, si se repite el proceso con al menos una segunda estructura derivada
diferente, es posible determinar las fases para la estructura nativa, por el método
conocido como reemplazamiento isomorfo múltiple o sus siglas en inglés MIR
(Multiple Isomorphous Replacement)n. 1344

Las principal limitación de este método estriba en la dificultad de encontrar

compuestos que reaccionen con la molécula a estudiar sin destruir al mismo tiempo
el cristal o modificar sensiblemente su simetría o las dimensiones de la celda
unidad.

Dispersión anómala

Valores de las componentes del factor de estructura anómalo f" y f' alrededor de un
salto de absorción.
El factor de forma atómica {\displaystyle f}f no solo describe la dispersión
elástica, sino también el efecto fotoeléctrico, que tiene lugar cuando los
electrones cambian su estado cuántico al absorber parte de la energía de los rayos
X. El término que corresponde a la dispersión inelástica o «anómala» es un número
complejo {\displaystyle f_{A}=f'_{A}+if''_{A}}f_{{A}}=f'_{{A}}+if''_{{A}}.45Ambas
componentes real {\displaystyle f'_{A}}f'_{{A}} e imaginaria {\displaystyle
f''_{A}}f''_{{A}} alteran la magnitud de los factores de estructura. La componente
imaginaria, relacionada con el coeficiente de absorción, introduce además un cambio
de fase que resulta en diferentes magnitudes de los pares Friedel {\displaystyle
\mathbf {F} _{hkl}}{\mathbf F}_{{hkl}} y {\displaystyle \mathbf {F} _{{\bar {h}}
{\bar {k}}{\bar {l}}}}{\mathbf F}_{{{\bar h}{\bar k}{\bar l}}}, idénticas en
ausencia de este efecto.

La contribución anómala al factor de estructura es menor que la contribución

elástica {\displaystyle f_{0}}f_{{0}} y a menudo no es necesario tenerla en cuenta.
Sin embargo, {\displaystyle f_{A}}f_{{A}} depende de la longitud de onda de los
rayos X y experimenta grandes variaciones cuando la energía del haz incidente es
similar a la energía de un nivel atómico del átomo. Cuando {\displaystyle
f'_{A}}f'_{{A}} y {\displaystyle f''_{A}}f''_{{A}} alcanzan sus valores máximos los
cambios en la magnitud y fase de los factores de estructura pueden ser
significativos. Si algunos átomos en la molécula resultan afectados por este tipo
de interacción, se pueden hallar sus posiciones en la celda unidad analizando las
diferencias de intensidad entre las mismas reflexiones medidas a distintas
longitudes de onda, o entre los pares de Friedel a la misma longitud de onda.
Dichas diferencias se pueden utilizar para resolver el problema de las fases, por
el método MAD (Multiwavelength Anomalous Dispersion/Diffraction o
‘dispersión/difracción anómala a múltiples longitudes de onda’)46 o SAD (Single-
wavelength Anomalous Dispersion/Diffraction o ‘dispersión/difracción anómala a una
sola longitud de onda’)n. 14

La mayoría de los átomos pesados usados en el método de reemplazamiento isomorfo

exhiben una dispersión anómala importante en el rango de longitudes de onda usado
en los experimentos cristalográficos, por lo cual estas dos técnicas se usan a
veces en conjunción. La ventaja de los métodos basados en la dispersión anómala es
que, al precisar en principio solo un cristal para determinar las fases, no están
limitados por un isomorfismo imperfecto. El uso de radiación sincrotrón, que se
puede sintonizar a las longitudes de onda que optimizan la dispersión anómala, ha
resultado en un fuerte incremento de la popularidad del método.

Reemplazamiento molecular
El método de reemplazamiento molecular consiste en el empleo de una molécula de
estructura conocida para calcular las fases iniciales de una segunda molécula con
elementos estructurales comunes con la primera. Este es el método más usado para
determinar la estructura de macromoléculas como las proteínas, ya que muchas de
ellas se agrupan en familias con una estructura similar o forman complejos
supramoleculares en los que se conoce la estructura de una o más componentes.4849

La desventaja del reemplazamiento molecular es que las fases obtenidas están

sesgadas hacia la estructura utilizada como punto de partida, lo que no ocurre con
las técnicas basadas enteramente en los datos de difracción experimentales y
conocimiento a priori de las propiedades químicas o estructurales del material. El
éxito de este método depende de algoritmos sofisticados para detectar y eliminar
este sesgo durante el refinamiento de las fases.49

La obtención de las fases permite calcular un mapa de densidad electrónica

(mostrado en blanco), a partir del cual se construye el modelo de la estructura. El
modelo suele consistir en líneas, representando los enlaces atómicos, o puntos,
representando átomos individuales. En la figura se usan ambas representaciones.
Refinamiento de la estructura
Una vez calculada la función {\displaystyle \rho (x,y,z)}\rho (x,y,z) a partir de
las fases, se puede construir un modelo de la estructura en el mapa de densidad
electrónica, descrito por un número de parámetros: las posiciones de cada átomo
{\displaystyle x_{j}}x_{{j}}, {\displaystyle y_{j}}y_{{j}} y {\displaystyle
z_{j}}z_{{j}}, su factor de temperatura {\displaystyle B_{j}}B_{{j}} representando
los deplazamientos de los átomos con respecto a su posición media, etc.50n. 15 La
determinación inicial de estos parámetros puede ser incorrecta, debido a errores en
la determinación de las fases o fallos de interpretación de la densidad
electrónica.51 Durante el refinamiento, se modifica reiterativamente el modelo y a
continuación se compara el módulo de los factores de estructura {\displaystyle
\mathbf {F} _{c}}{\mathbf F}_{c} calculados a partir de este con el de los
factores de estructura experimentales {\displaystyle \mathbf {F} }{\mathbf F},
hasta que la diferencia entre ambos sea mínima. La figura de mérito utilizada para
la comparación es el factor R, definido como:50

{\displaystyle R={\frac {\sum ||\mathbf {F} |-|\mathbf {F} _{c}||}{\sum |\mathbf

{F} |}}}R={\frac {\sum ||{\mathbf F}|-|{\mathbf F}_{c}||}{\sum |{\mathbf F}|}}

La suma se realiza sobre todas las reflexiones {\displaystyle hkl}hkl.

Se usan dos técnicas matemáticas para ajustar los parámetros del modelo durante el
refinamiento: los mínimos cuadrados y la máxima verosimilitud. El segundo método
requiere más recursos computacionales, pero es más general y se aplica con
preferencia en problemas difíciles, como macromoléculas y difracción a baja
resolución.5253

Cristalización
Artículo principal: Cristalización

Esquema ilustrativo del método de difusión de vapor para obtener cristales para su
estudio por rayos X.
Para obtener datos de difracción de un cristal, este debe cumplir ciertos
requisitos en cuanto a tamaño, pureza y regularidad de la red cristalina. Aunque a
veces es posible utilizar cristales de metales o minerales inorgánicos formados por
medios naturales, a menudo es necesario prepararlos mediante recristalización o
precipitación del material en una solución líquida sobresaturada en condiciones
controladas de concentración y temperatura. En el método de cristalización por
difusión de vapor, la solución que contiene el material a cristalizar junto con un
precipitante alcanza un estado de equilibrio termodinámico con otra solución más
concentrada del precipitante, por difusión del disolvente hacia esta a través del
aire; esta técnica se usa tanto para moléculas de pocos átomos como para proteínas
y otras macromoléculas.5455 Un segundo método es la cristalización en geles, muy
útil para cristalizar materiales insolubles; esta técnica, lenta comparada con la
difusión de vapor,54 consiste en la introducción de un reactante en un gel antes de
que este se endurezca. Posteriormente se introduce otra solución de un segundo
reactante en la capa superior del gel, desde donde se difunde al resto de la matriz
y reacciona con la primera sustancia para dar lugar a cristales.56

Las condiciones de preparación de cristales deben también ser las adecuadas para
obtener cristales de un tamaño óptimo para su estudio por difracción de rayos X; la
talla ideal está determinada por la densidad y composición de la muestra: mientras
que los cristales de gran tamaño atenúan excesivamente los rayos X y suelen
presentar irregularidades en la matriz cristalina, los de talla muy pequeña
difractan débilmente. En el caso de cristales de materiales orgánicos, son
preferibles los cristales de unas décimas de milímetro; no obstante, cuando se usan
fuentes de rayos X muy intensas, como láseres de electrones libres o líneas de luz
sincrotrón modernas, es posible trabajar con cristales de dimensiones de unos
veinte μm o incluso menores.5758 Para las aplicaciones de cristalografía en polvo,
se requieren al menos varios cientos de miligramos de material machacado hasta
formar cristales de aproximadamente diez μm o menores.59

Adquisición de datos
Fuentes de rayos X

Estación de sincrotrón para experimentos de cristalografía usando el método de

rotación. El haz de rayos X, de un par de décimas de mm se dirige al cristal, de
aproximadamente el mismo tamaño, desde la izquierda de la imagen. El cristal se
emplaza sobre un difractómetro, que permite orientar y girar el cristal para
obtener un conjunto de reflexiones lo más completo posible. El patrón de difracción
se graba en el detector bidimensional mostrado a la derecha, en este caso una
pantalla de material sensible a los rayos X conectada a una cámara de CCD por medio
de fibra óptica.
Los experimentos de cristalografía de rayos X se pueden realizar, o bien con un
tubo de rayos X o usando la radiación sincrotrón emitida por aceleradores de
partículas. En los tubos de rayos X, se aplica un voltaje para acelerar un haz de
electrones producidos por calentamiento de un filamento de wolframio —el cátodo.
Los electrones acelerados colisionan contra un material metálico —el ánodo— y
durante la consiguiente desaceleración emiten radiación de Bremsstrahlung de
espectro continuo, es decir, compuesta de múltiples longitudes de onda. El ánodo
absorbe parte de los rayos X emitidos por los electrones y emite a su vez rayos X
de las longitudes de onda características del metal. Por ejemplo, un ánodo de cobre
emite principalmente en la longitud de onda de 1,5405 Å. La radiación de
Bremsstrahlung y otras líneas de emisión características menos intensas se filtran
con un metal absorbente. En el ejemplo del ánodo de cobre, se utiliza níquel, que
es bastante transparente a los rayos X de 1,5405 Å, pero absorbe eficazmente la
radiación a longitudes de onda menores, obteniéndose un haz de rayos X bastante
monocromático.60 Los tubos de rayos X son relativamente baratos y los laboratorios
de investigación los suelen utilizar para realizar experimentos in situ.

La radiación sincrotrón se obtiene cuando un haz de electronesn. 16 acelerados

hasta alcanzar una velocidad cercana a la de la luz es desviado de su trayectoria
por medio de un campo magnético. La radiación sincrotrón es de espectro continuo y
la longitud de onda deseada para el experimento se puede seleccionar mediante un
monocromador. Las fuentes de radiación sincrotrón emiten rayos X mucho más intensos
que los generados por los tubos y son necesarias para mejorar la calidad de la
difracción cuando los cristales son muy pequeños o están compuestos de átomos
ligeros, que interaccionan débilmente con los rayos X.
Detectores
Véase también: Rayos X
Existen varios tipos de detectores usados en los experimentos de cristalografía. El
detector bidimensional más usado durante mucho tiempo fue la película fotográfica,
actualmente reemplazada por otros detectores más sensibles a los rayos X. Otro
detector clásico es el contador proporcional unidimensional, normalmente un
detector de centelleo, instalado en un difractómetro y controlado por ordenador.
Este tipo de detector mide las reflexiones una a una y todavía se usa para la
cristalografía de moléculas pequeñas, pero es poco eficaz en los experimentos con
macromoléculas, donde el número de reflexiones ronda entre 10 000 y 100 000.61

A partir de los años 1990 empezaron a aparecer nuevos detectores, como las «placas
de imagen» (image plates). Las placas de imagen están recubiertas de un material
fosforescente, donde los electrones incrementan su energía al absorber los rayos X
difractados y son atrapados en este nivel en centros de color. Los electrones
liberan la energía al iluminarse la placa con luz láser, emitiendo luz con
intensidad proporcional a la de la reflexión. Estos detectores son un orden de
magnitud más sensibles que la película fotográfica y poseen un margen dinámico
superior en varios órdenes de magnitud, lo que facilita la medición simultánea de
las reflexiones más intensas y las más débiles. Otros detectores usados en la
actualidad son detectores electrónicos, conocidos como detectores «de área», que
procesan la señal inmediatamente tras la detección de los rayos X. Pueden ser
cámaras de ionización o una placa fosforescente acoplada a una cámara CCD.62 En los
años 2000 se empezaron a utilizar fotodiodos alineados formando una placa,
denominados PAD (Pixel Array Detectors). Estos detectores se caracterizan por un
gran margen dinámico y un tiempo muerto entre imágenes muy bajo, del orden de
milisegundos.63

Geometrías de difracción
Existen tres métodos para medir la difracción de rayos X: el método de Laue, el
método de rotación y el método de polvo.

Método de Laue

Patrón de difracción obtenido por el método de Laue en transmisión: las reflexiones

dispuestas a lo largo de una curva son generadas por una misma longitud de onda.
Consiste en hacer incidir en un cristal un espectro continuo de rayos X, de tal
manera que para cada longitud de onda se cumple la ley de Bragg para diferentes
puntos de la red recíproca. Esto posibilita medir todas o casi todas la reflexiones
sin cambiar la orientación del cristal. Existen dos variantes del método de Laue:
transmisión y reflexión. En el método de Laue por transmisión, el cristal se
emplaza entre la fuente de rayos X y el detector. En método de reflexión, el
detector se encuentra entre la fuente y el cristal, para detectar los haces
difractados hacia atrás.64

A pesar de ser el método utilizado en los primeros experimentos cristalográficos,

el método de Laue se usaba muy poco para la determinación de estructuras debido
principalmente a la baja intensidad de la radiación de espectro continua producida
por los tubos de rayos X en comparación con la emisión característica
monocromática. El creciente uso de la radiación sincrotrón ha fomentado el
resurgimiento del método. La capacidad de medir todos los datos necesarios para la
determinación de la estructura en un corto tiempo lo convierte en el método más
apropiado para el estudio de reacciones químicas que tienen lugar en pocos
segundos, como catálisis por enzimas y zeolitas y los efectos de perturbaciones
causadas por campos eléctricos, cambios de presión y temperatura, etc. en diversos
materiales.65

Métodos de rotación de cristal

Patrón de difracción obtenido por rotación de un cristal. El uso de ordenadores
para la interpretación de las imágenes obtenidas por este método lo ha transformado
en el modo preferido de medición de datos en la mayoría de las aplicaciones.

Patrón de difracción obtenido por el método de precesión. Este método resulta en

una representación sin distorsiones de los planos de la red recíproca.
Se hace incidir un haz de rayos X monocromáticos sobre un cristal, que rota a una
velocidad constante alrededor de un eje perpendicular a los rayos X. La rotación
del cristal causa que todos los puntos de la red recíproca atraviesen
consecutivamente la esfera de Ewald, logrando así medir las reflexiones necesarias.
Existen diferentes variantes de este método. En el método de Weissenberg se usa una
cámara de forma cilíndrica rodeando al cristal tal que el eje de rotación del
cristal coincide con el eje del cilindro. La cámara se traslada a medida que el
cristal gira para que las reflexiones estén separadas. En el método de precesión,
la cámara es plana, y rota alrededor de un eje paralelo al eje de rotación del
cristal. En ambos métodos se usa una pantalla para medir solo una sección
bidimensional de la red recíproca en cada imagen.6667 Estos métodos facilitan la
determinación de la orientación del cristal y los índices de las reflexiones, pero
son lentos e ineficientes. Los avances en computación de los años 90 posibilitaron
un diseño más simple, en el que el detector se mantiene estacionario detrás del
cristal, usándose programas para hallar automáticamente la orientación y los
parámetros cristalinos consistentes con el patrón de difracción observado.68

Método de polvo cristalino

Patrón de difracción de polvo. Debido al uso de múltiples cristales en múltiples

orientaciones los puntos de difracción correspondientes a los puntos de la red
recíproca a la misma distancia del origen d se unen para formar un anillo.
En el método de polvo cristalino o de Debye-Scherrer,n. 17 el cristal a analizar es
pulverizado de tal manera que forme un conjunto de microcristales en todas las
posibles orientaciones de la red recíproca. Con esta geometría todas las
reflexiones se pueden medir en un solo patrón de difracción, consistente en
círculos, uno para cada reflexión. Aunque el método de rotación de cristal resulta
en valores más exactos de la intensidad de las reflexiones, el método de polvo es a
veces la única opción cuando el material a estudiar no forma monocristales de un
tamaño suficiente para producir difracción detectable. Este método se usa
mayoritariamente cuando no es necesario determinar la estructura; por ejemplo, en
el análisis de minerales presentes en una muestra.69

Aplicaciones
La cristalografía tiene muchas aplicaciones en una gran variedad de disciplinas
científicas, como la mineralogía, la química, la biología molecular, la
farmacología,70 la geología, la física aplicada y la ciencia de materiales.717273
Asimismo, las diferencias en el patrón de difracción de diversos materiales,7475
hielo,76 sean minerales, drogas, pigmentos, adsorbentes,77 catalizadores,787980
etc., con aspectos y composiciones químicas similares son de mucha utilidad en la
industria y campos sin relación directa con la investigación científica básica o el
desarrollo tecnológico, como la ciencia forense o la historia del arte.8182

Premios Nobel

Cristales de insulina. La cristalografía de proteínas ha contribuido notablemente

al desarrollo de la biología molecular.
Véanse también: Ganadores del Premio Nobel de Química y De Física.
Varios de los descubrimientos y avances científicos que fueron llevados a cabo
gracias a la cristalografía de rayos X han sidos galardonados con el Premio
Nobel.83 Entre ellos, una alta proporción se han otorgado a descubrimientos en
química orgánica y biología; los primeros fueron los sendos premios en 1962 a
Kendrew y Perutz en Química y Crick, Watson y Wilkins en Medicina, seguidos dos
años más tarde por el galardón a Dorothy Hodgkin. Tras cuatro décadas de expansión,
la cristalografía de macromoléculas empezó a contribuir de manera significativa al
esclarecimiento de muchos procesos clave en la biología molecular y celular: En
1997, Boyer, Walker y Skou recibieron el Nobel de Química por elucidar el mecanismo
de la síntesis del ATP; Roderick MacKinnon obtuvo dicho premio en 2003 por sus
estudios de los canales de potasio en la membrana celular y Roger Kornberg en 2006
por el análisis de la maquinaria de transcripción genética. En 2009, fue otorgado a
Ramakrishnan, Steitz y Yonath por el estudio de la estructura y función del
ribosoma, complejo celular que lleva a cabo la síntesis de proteínas, y en 2012 a
Lefkowitz y Kobilka por la investigación sobre los receptores acoplados a proteínas
G, proteínas que permiten a las células detectar y responder a cambios en su
entorno exterior.6

En el campo de la química inorgánica, la difracción con rayos X ha contribuido a la

obtención de la estructura de los boranos, compuestos importantes para la síntesis
química, por cuyo estudio la Academia recompensó a Herbert Brown con el Nobel de
Química en 1979. Asimismo, la técnica se ha usado para determinar la estructura de
los fulerenos, materiales con interesantes propiedades físicas y químicas. En 1996,
Krotro, Smalley y Curl recibieron el premio por el descubrimiento de estas
moléculas.6

En otras ocasiones se ha concedido premios Nobel por desarrollos teóricos y

prácticos de la técnica misma, reconociendo su impacto científico; en esta
categoría se incluyen los premios en Física a Max von Laue y William Henry y
Lawrence Bragg, así como el de Química de 1936 a Peter Debye y el de 1985 para
Hauptman y Karle por el desarrollo de los métodos directos para la solución de
estructuras cristalinas.6

Análisis de minerales
La cristalografía de rayos X se utiliza no solo para obtener estructuras
desconocidas, sino también para determinar la composición de muestras de suelos o
minerales, así como para la identificación de metales y otros elementos. Cada
sustancia mineral forma cristales con una celda unidad y simetría determinada, que
resulta en un patrón de difracción característico. La difracción por el método de
polvo es muy usada para este tipo de aplicaciones, por ser sencillo comparar el
espaciado entre los anillos de difracción con los valores compilados por el Joint
Committee on Powder Diffraction Standars (JCPDS).69 Las proporciones relativas de
dos o más minerales presentes en una misma muestra se obtienen comparando las
intensidades de sus respectivas líneas con aquellas de muestras de composición
conocida. Un ejemplo de esta aplicación es la identificación de minerales
arcillosos, la fracción del suelo cuyas partículas minerales tienen un tamaño
inferior a 2 μm.8485

El vehículo explorador Curiosity, que aterrizó en Marte en 2012 para estudiar la

superficie del planeta, cuenta entre sus instrumentos científicos con un
difractómetro compacto equipado con un generador de rayos X y un detector de
área.86En octubre de 2012, transmitió las primeras imágenes de difracción, que
demostraron la presencia de minerales como feldespato, piroxeno y olivina en el
suelo marciano, mezclados con material amorfo, a semejanza de los terrenos
basálticos de los volcanes de Hawái.87

Diseño de fármacos
Desde finales de siglo XX se ha empezado a diseñar nuevos fármacos y medicamentos
basados en inhibidores y sustratos naturales de diversas proteínas y enzimas
involucradas en ciclos celulares y metabólicos. El conocimiento de la estructura de
la parte de la proteína —la forma y la distribución de cargas electrostáticas— que
liga estos compuestos facilita este proceso, gracias a la mejor comprensión de las
interacciones entre la proteína y el ligando de interés; esto permite concentrarse
en el diseño de fármacos con las características específicas deseadas.88 Uno de los
ejemplos más importantes de esta aplicación es el compuesto vemurafenib, diseñado
para bloquear una enzima mutante presente en el 60 % de los casos de melanoma.89

Comparación con otras técnicas de difracción cristalográfica

Debido a la dualidad onda-partícula, es posible estudiar cristales mediante la
difracción de un haz de neutrones o de electrones, además de con rayos X. Los
primeros experimentos de difracción por electrones tuvieron lugar en 1926 y la
difracción de neutrones se observó por vez primera en 1936. Aunque los experimentos
y el análisis de datos obtenidos por cristalografía de electrones, neutrones y
rayos X tienen mucho en común, existen algunas diferencias debidas a los diferentes
modos de interacción con la materia: los electrones interaccionan tanto con el
núcleo atómico como con los electrones que lo rodean y los factores de estructura
cristalinos son unos cuatro órdenes de magnitud mayores que los resultantes de la
dispersión elástica de rayos X, lo que posibilita el estudio de muestras de menor
tamaño con electrones. Los neutrones, a su vez, son reflejados solo por el núcleo y
no los electrones, aunque estos contribuyen indirectamente al factor de forma
atómico mediante la creación de campos magnéticos; además, la interacción de la
materia con ellos es mucho más débil que con los rayos X y es necesario usar
reactores nucleares para generar haces de neutrones lo suficientemente intensos
para obtener difracción cristalina.90

Una ventaja importante de la difracción de electrones es que puede combinarse con

las fases obtenidas a partir de la transformada Fourier de las imágenes del objeto
en un microscopio electrónico. En 1968, David DeRosier y Aaron Klug publicaron un
método para reconstruir mapas de densidad electrónica tridimensionales basados en
este principio.91 Aunque la mejor resolución espacial de estos mapas —alrededor de
0,4 nm— es baja comparada con los valores alcanzables con rayos X o neutrones, el
procedimiento puede ser útil en casos donde el problema de las fases impide la
solución de la estructura por otros métodos.92 En lo que respecta a la
cristalografía de neutrones, la ventaja principal estriba en la clara visualización
de los átomos de hidrógeno, muy difíciles de detectar con rayos X debido a que solo
poseen un electrón; esta propiedad constituye una ventaja para el estudio de
aquellas moléculas orgánicas en cuya función tenga un papel importante el
intercambio de hidrógeno.93

Limitaciones
La limitación fundamental de la cristalografía de rayos X consiste en que solo
puede aplicarse a sustancias susceptibles de formar cristales. Aunque las técnicas
cristalográficas pueden utilizarse también para determinar la estructura de otros
materiales con periodicidad espacial, como fibras helicoidales —ADN, algunos tipos
de virus, etc.— y cuasicristales, resulta imposible estudiar gases, líquidos y
sólidos desordenados por este método. Además, la obtención de cristales no es
siempre suficiente para obtener la estructura de interés: las moléculas de tamaño
grande, por ejemplo, suelen ser casos difíciles.94

Efectos de los rayos X en un enlace disulfuro: los átomos de azufre (en naranja)
capturan los fotoelectrones emitidos por los átomos presentes en la molécula al ser
excitados por los rayos X. Al reducirse, el enlace entre ellos se rompe y se
desplazan de su posición original, como indica la desaparición gradual de la
densidad electrónica a su alrededor. Esto resulta en un modelo erróneo de la
estructura.
Otro límite de la técnica está relacionado con el tipo de información que
proporciona sobre la estructura: Los modelos obtenidos por difracción representan
una media de las posiciones atómicas para todas las moléculas del cristal; cuando
la molécula cuenta con átomos que oscilan entre diferentes conformaciones, la
densidad electrónica media se extiende sobre la totalidad del espacio que pueden
ocupar estos átomos y las partes desordenadas de la molécula resultan invisibles.
Esto representa un serio problema para el estudio de enzimas si el sitio activo de
la molécula —asociada a su actividad química— presenta una gran movilidad; en este
caso la determinación de las propiedades de materiales biológicos in vivo a partir
de su estructura cristalina es problemática y requiere métodos de estudio
alternativos, como la resonancia magnética nuclear.

Las vibraciones atómicas también limitan la resolución alcanzable con los datos de
difracción, incluso cuando las moléculas adoptan la misma conformación en distintas
celdas unidad. La resolución del modelo no suele ser suficiente para determinar el
estado de oxidación, posicionar todos los átomos de hidrógeno o distinguir
elementos con números atómicos semejantes.9495 La débil interacción de los rayos X
con los átomos ligeros es otra desventaja de la técnica en aplicaciones, como la
caracterización de nanomateriales.96

Finalmente, las propiedades ionizantes de los rayos X pueden alterar o destruir las
moléculas del cristal durante el experimento. Cuando esto ocurre, el modelo
obtenido no refleja la verdadera estructura molecular y puede dar lugar a
interpretaciones erróneas sobre sus propiedades. Además, las distorsiones globales
de la red cristalina y otros efectos secundarios de la irradiación dificultan la
obtención de las fases. Este problema es grave en cristales de proteínas, que
contienen una alta proporción de agua y compuestos orgánicos fácilmente
radiolizables, y un gran número de enlaces químicos susceptibles al ataque por los
radicales libres y electrones producidos por dicha radiolisis. Los experimentos con
moléculas biológicas se suelen realizar a temperaturas de 100 K o menores; esto
frena la difusión de los radicales libres, aunque no soluciona enteramente el
problema, pues los fotoelectrones excitados por los rayos X permanecen móviles
hasta el cero absoluto.9798

Véase también
Cristalografía
Difracción de electrones
Difracción de neutrones
Espectroscopia de rayos X
Resonancia magnética nuclear
Notas
El término 'difracción de rayos X' se utiliza a menudo para referirse a la
aplicación de este fenómeno a la cristalografía; sin embargo, es posible observar
difracción por materiales no cristalinos. Por ejemplo, la estructura de la doble
hélice de ADN se elucidó por primera vez usando datos de difracción de rayos X por
fibras deshidratadas de ADN.
Esta cuestión fue resuelta definitivamente cuando de Broglie introdujo en 1924 el
concepto de la dualidad onda partícula.
Debido al comienzo de la Primera Guerra Mundial, en la que Suecia deseaba
mantenerse estrictamente neutral y no dar la impresión de que se favorecía a ningún
país contendiente, los premios no fueron otorgados hasta después de la guerra.
Nieto de Charles Darwin, autor de El origen de las especies.
Rosalind Franklin, que realizó el análisis de los datos de difracción cruciales
para determinar la estructura de la doble hélice, falleció antes de que se
concediera el premio.5
La medición individual de reflexiones de rayos X emergentes en diferentes
direcciones con un fotodetector unidimensional, que facilitó la automatización de
los experimentos con moléculas pequeñas durante este periodo no resultaba práctica
en el caso de moléculas con muchos átomos, debido a la enorme cantidad de
reflexiones presentes en este caso.
Véase la lista en Anexo:Fuentes de luz sincrotrón.
Desde el punto de vista de la electrodinámica cuántica, la dispersión elástica es
simplemente un caso especial del efecto Compton.
{\displaystyle \theta }\theta es el ángulo de incidencia respecto al plano de
reflexión.
El factor de estructura es una función compleja, representada habitualmente como
un vector en el plano de Argand. Por este motivo, varios autores usan la
nomenclatura vectorial utilizada aquí.
La nomenclatura usada para designar al factor de forma cristalino varía; a menudo
aparece como {\displaystyle \mathbf {F} (hkl)}{\mathbf F}(hkl). Otras
denominaciones comunes son {\displaystyle \mathbf {F} (\mathbf {h} )}{\mathbf F}
({\mathbf h}), {\displaystyle \mathbf {F} (\mathbf {S} )}{\mathbf F}({\mathbf
S}) y {\displaystyle \mathbf {F} (\mathbf {Q} )}{\mathbf F}({\mathbf Q}). Las dos
últimas son más utilizadas para describir la difracción en general que en el caso
específico de la difracción cristalina.
El factor de forma atómico f es proporcional al número atómico, por lo que la
contribución al factor de estructura de un átomo pesado es significantemente mayor
que la de los átomos ligeros (carbono, oxígeno, nitrógeno e hidrógeno)
predominantes en las macromoléculas orgánicas.
En ocasiones, si hay errores en los datos debidos a un isomorfismo imperfecto
entre los cristales u otros factores, es necesario usar más de dos derivados para
obtener fases lo suficientemente exactas.
Se necesitan al menos dos longitudes de onda diferentes para resolver el problema
de las fases solamente por este método, pero una longitud de onda basta si se
aplican restricciones adicionales sobre la función de densidad electrónica.47
El número de parámetros usados para representar el modelo depende de la resolución
de la difracción. Para que el refinamiento sea efectivo, el número de reflexiones
independientes —no relacionadas por simetría— debe ser mayor que los parámetros que
se pretenden refinar.
Es posible usar positrones u otra partícula con carga eléctrica para este fin,
pero se usan electrones en la mayoría de los casos.
Este método fue propuesto por Peter Debye y Paul Scherrer en 1916 e
independientemente por Albert Hull en 1917.4
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Enlaces externos
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