Resums + T26
Resums + T26
Resums + T26
-Reproducción de ~ os virus:
• Infección:
..
-Cultivo de virus:
);- Animales
• Monocapa de células de animales + infección + fina
capa de agar
• Cultivo in vitro de células de tejidos infectados
>- Bacteriófagos
• Infección en medio líquido
• Siembra en agar del medio líquido de bacterias
infectadas
>- Vegetales
• Cultivos de tejido
• Cultivos celulares
• Protoplastos
• Plantas enteras: frotar con abrasivo la hoja
-Purificación de virus:
• Centrifugación diferencial
• Centrifugación en gradiente
• Precipitación por sulfato amónico
• Desnaturalización por disolventes orgánicos
• Digestión enzimática
BACTERIÓFAGOS
-Acido nucleico:
• DNA de cadena doble
• RNA de cadena sencilla
-Cápside:
• Poliédrica (la mayoría)
• Poliédrica unida a una cola helicoidal (fagos Tpares)
FAGOS DNA
-Lisogenia:
• el genoma viral (profago) se reproduce en sincronía
con el de la célula huésped que produce un clon de
células infectadas. El profago produce un represor que
impide la replicación y maduración del fago.
• lisogenia tipo A:
• ds lineal ---+ circular cuando penetra
• entrecruzamiento DNA viral/cromosoma
bacteriano
• acumulación represor
• I,nmunidad: cultivo lisogénico + fago diferente =
FAGOS RNAss
VIRUS ANIMALES
-Clasificación:
• Virus de DNA (herpes, viruela, fiebre porcina):
• ds o ss
• con o sin envoltura
• Cápside icosaédrica, compleja o cilíndrica
• 22-400 nm
• Ensamblaje de la cápside: núcleo o citoplasma
• Virus de RNA (rubéola, resfriado común, SIDA, gripe):
• dsoss(+o-)
• con o sin envoltura
• Cápside icosaédrica o helicoidal
• 22-300 nm
• Ensamblaje de la cápside sólo en citoptasma
-Ciclo lítico:
• Adsorción: colisión virión/proteína receptora de la MP:
• Inmunoglobulinas (respuesta inmunitaria)
• Receptores de hormonas
• Penetración y descapsidación:
• Penetración directa: virus desnudos, sólo
liberan al citoplasma el AN.
• Fusión: virus con envoltura (glucoproteínas):
descapsidación en el citoplasma.
• Endocitosis: virus con envoltura.
Descapsidación en los lisosomas.
• Transcripción y Replicación:
• Virus de DNA ds o ss:
o Transcripción RNAm temprano
o Replicación (núcleo)
• Virus RNA ss de cadena +:
o Transcripción: = RNAm
o Replicación (citoplasma): RNA ds (+-)
• Virus RNA ss de cadena -:
o Transcripción: transcriptasa
o Replicación (citoplasma): RNA ds (+-)
• Virus RNA ds:
o Transcripción: transcriptasa cadena
o Replicación (citoplasma): 10-13 RNAm-+
asociación -+ copia por una replicasa
viral -+ genoma bicatenario
• Retrovirus: Transcriptasa inversa RNA-DNA,
Ribonucleasa H degrada el RNA Polimerasa
DNA-DNA -+ circular
o Transcripción: una vez integrado se
transcribe a RNAm
o Replicación: copias del RNA +
• Síntesis y ensamblaje de las cápsides:
o Síntesis prat. tardías de la cápside
o Autoensamblaje
• Liberación:
o Lisis: virus desnudos
o Exocitosis: virus con envoltura
VIRUS VEGETALES
-Multip~icación :
-Daño celular
• Inclusiones de agregados de viriones
• Cloroplastos anormales y degeneran
Ci,(td.,o.h..'11 . I
1- '\'ItOjd
.- '"
~ !
I
I
I
/
/'
~ --
/
:l 1'1
~~_s _ _~
.: /: III 1- ) l' 1 1 )
PRIONES
• Arquea
• Bacteria
• Eucaria
-Según la obtención de energía:
• Quimiótrofos: compuestos orgánicos
• Fotótrofos: luz
-Según la obtención del carbono:
• Heterótrofos: compuestos orgánicos
• Autótrofos: CO 2
-Según dependencia de oxígeno:
• Aerobios
• Anaerobios
-Características:
• Tamaño: 1-301-1
• Metabolismo celular: gran superficie intercambio--+
metabolismo muy activo --+tasa de duplicación elevada cada
20 mino
• Diversidad: mutaciones ----+ +adaptables.
o Fuentes termales/ aguas heladas
o Ambientes ácidos/ alcalinos
o Ambientes desérticos
• Morfología:
o Cocos
o Bacilos
o Vibriones
o Espirilos
-Nucleo:
>- Coordina toda la actividad celular
>- Uno solo
>- Forma esférica
>- Zona central de la célula
>- Estructuras:
o Membrana nuclear: membrana externa RER; membrana
interna con proteínas filamentosas. Poros son elementos
complejos de regulación.
o Cromatina: ADN + histonas
• Heterocromatina: fuertemente empaquetada, no
transcripción.
• Eucromatina: ADN no condensado, si transcripción .
o Nucleolo: corpúsculos esféricos.
• Ribosomas
• Proteínas ribosómicas
• Genes ribosomales
• Enzimas de transcripción
o Nucleoplasma: solución coloidal.
• Proteínas
• Enzimas de la replicación y transcripción
• Proteínas f ibrilares (citoesqueleto del núcleo).
CÉLULAS VEGETALES
-Crecimiento celular:
Fusión de 2 células ~ Zigoto ----+ duplicación masa y componentes
----+ divisiones y diferenciaciones celulares
>- Meiosis: dos divisiones celulares formando los gametos. Sólo en células
sexuales.
o interfase muy simHar a la mitótica
o En ta fase S se duplican los cromosomas
o Meiosis 1: división reduccional
• Profase 1: fase particularmente compleja
• Leptoteno: condensación inicial cromosomas
• Zigoteno: unión cromosomas homólogos por el
complejo sinaptonémico
• Paquiteno: entrecruzamiento entre cromátidas no
hermanas ---+ recombinación génica
• Diploteno: desaparece complejo sinaptonémico +
cromosomas homólogos se repelen (unidos por los
quiasmas)
• Diacinesis: máxima condensación. Se disuelven las
envolturas nucleares y se forma el huso entre los
diplosomas
• Metafase 1: unión centrómeros - huso ---+ placa metafásica
quiasmas en el plano ecuatorial
• Anafase 1: rotura quiasmas ---+ desplazamiento homólogos
a polos opuestos. Los centrómeros no se dividen (si en la
meiosis 11).
• Telofase 1: envoltura nuclear + división en dos células
hijas
o Interfase 11: breve o falta completamente. No hay nueva síntesis de
DNA.
o Meiosis 11: división ecuacional. = mitosis. Cada célula es n
• Profase 11: desaparecen envolturas nucleares + nuevos
husos orientados perpendicularmente al primero.
• Metafase 11: unión cromosomas-huso ---+ placa metaflsica
• Anafase 11: división centrómeros ---+ polos opuestos
• telofase 11: formación envoltura nuclear + citocinesis = 4
células hijas.
-Significado de la meiosis:
y conservación número de cromosomas
y recombinación rasgos hereditarios
I
TEMA 8. ORGANI,ZACIÓN y REPL1CAGÓN DEL MATERIAL
HEREDITARIO. DESDE LOS CROMOSOMAS HASTA LOS GENES
NH
"N -,~./ C .. x
H < ¿~ r-;/ '. N-é
¿. H
() I lb",
() P () CH () I ilílfl)f ":f~JJ;1
I 1.// --,
o ' H H J'
Cim pll I~ t! l~
!t l'.. f:I ~i1 ;
OH OH
,\ "Ú"':..IJ
La cadena polinucleotídica ::: enlaces entre 5' -pentosa y la 3' -pentosa a través
die un grupo fosfato:
,... Hélice regular
,... Dos cadenas de polinucleótidos
,... Puentes de hidrógeno entre G y C, y A con T
,... Cadenas antiparalelas (dirección opuesta)
,... Armazon pentosa-fosfato exterior con carga negativa
,... Las bases se sitúan hacia el interior como peldaños
,... Histonas (carga positiva) se unen a la hélice (neutralizan)
5'
..--
-"
F'. 'I", e"tos de OKI\SAKI .J
~ .
r " h ~ do , de AH N
3. Terminación
a. Separación cadenas duplicadas
b. Eliminar cebador ARN y sustituirlo por un tramo de ADN (ADN
pol imeras 1)
c. Unión covalente de los fragmentos de okazaki adyacentes por
una ADN ligasa.
-GENOMAS y GENES
r El genoma se mide en miles de pares de bases de nucleótidos
r Los genes están organizados en cromosomas
r Cromosoma = molécula ADN de doble cadena + proteínas
r Los genes representan el 3-4% del genoma total (amplias regiones que
no codifican para proteínas).
r La selección natural mantiene genes que confieren una ventaja
selectiva al organismo.
r Principales regiones de un gen:
o Región promotora: cajas reguladoras de la transcripción (no se
transcribe)
o Región 5' no codificante: se transcribe a mRNA
o Región codificante: da lugar a la proteína
o Región 3' no codificante: secuencias de terminación de la
transcripción. Se transcribe a mRNA.
o Región 3' del gen: no se transcribe a mRNA. Enhancers
Secuencias de ADN que forman parte del gen:
r Exones: secuencias del ARN maduro. Están bajo presión
selectiva por lo que acumulan pocas mutaciones.
r Intrones: secuencias intercaladas que serán eliminadas
cuando se procese el tránscrito primario y se constituya el
ARN maduro (deleción intrones + unión extremos ARN =
procesamiento (splicing) del ARN. Al no codificar
proteínas pueden acumular mas cambios de bases.
-CROMOSOMAS
r Cariotipo: serie de cromosomas como se observan al microscopio óptico
,. Cromosomas eucariotas formando pares = cromosomas homólogos
r Citogenética: citología + genética
o Cultivos celulares de fibroblastos o linfocitos
o Bloqueo de la división celular con colchicina
o Centrifugación
o Fijación con líquido de Carnoy
o Choque hipotónico
o Tinción cromosomas con azul Unna
, Características de los cromosomas:
o Centrómero: constricción primaria por donde se unen las
cromátidas hermanas en la mitosis
o Constricciones secundarias: asociadas a las regiones NOR (región
organizadora del nucleolo). Genes del ARNr.
o Telómeros: regiones de ADN no codificante, altamente
repetitivas, cuya función principal es la estabilidad estructural
de los cromosomas en las células eucariotas
o Satélites: regiones de ADN repetitivo conectados a ta extremidad
de los brazos por un fino filamento cromático.
, Cromatina: ácidos nucleicos + proteínas básicas, donde sus cargas
positivas son neutralizadas por las cargas negativas de los grupos P. El
empaquetamiento de la cromatina cambia a lo largo del ciclo. Interfase
5-10 veces menos condensada.
o Eucromatina: aspecto relativamente disperso. Transcripción y
replicación.
o Heterocromatina: cromatina densamente empaquetada (similar
a los cromosomas en mitosis) que no se transcribe y se replica de
forma tardía en la fase S. Centrómeros.
Masa cromatina = doble de proteínas (histónicas, polimerasas, factores
de regulación de la transcripc~ón) que de ADN
G E N E S
E s tr uctu rales
R g uiador Promotor Op erador E1 E2 E3 E4
ADN
1 R 1 I p
~-- -
I_LOJ I 1 1 1 , 1 I
-Cultivo de células:
, Investigación básica (desarrotlo, cáncer)
, Biotecnología (vacunas, anticuerpos)
, Medicina (células madre, transplante)
-Tipos de células:
, Cultivo primario
, Cultivo secundario o subcultivo
, Línea celular contínua
, Células transformadas
, Células diferenciadas
, Célutas embrionarias
, Hibridoma
-Tipos de cultivo:
, Monocapa
, En suspensión
-Equipamiento de un laboratorio:
r Cabina de flujo
, Incubadores
, Microscopio de fases invertido
r Autoclaves
r Tanque de nitrógeno líquido
-Desarrollo:
>- Crecimiento: cambios cuantitativos
>- Diferenciación: cambios cualitativos
-SIMBIOSIS
);- Fijación del nitrógeno: el nitrógeno del suelo proviene de
la atmósfera y no es asimilable por los organismos vivos
~ componentes de proteínas y ácidos nucleicos.
Bacterias que convierten N atmosférico en N asimilable:
Rhizobium: pelos radicales leguminosas
simbióticas { :
Anabaena: con Azolla (helecho flotante)
Acetobacter: alrededor raíces
No simbióticas { :
Clostridium
Tipos de micorrizas
• Endomicorrizas: las hifas penetran en las células
formando vesículas y arbúsculos
• Ectomicorrizas: las hifas envuelven la raíz. Hacen más
resistentes a los árboles frente frío y sequía
• Asociadas a la familia de los brezos: tela de araña
alrededor de la raíz. Las hifas laterales penetran.
• Asociadas a las orquídeas: hongo interno
-NECESIDADES HíDRICAS
>- Las raíces dirigen su crecimiento hacia las zonas más
húmedas. Entra por ósmosis.
>- 90% agua raíces se evapora por transpiración
>- 2 células estomáticas. Turgentes se abren; perdida de
agua se cierra el poro (por ósmosis).
> ABA: cierra estomas cuando el agua es crítica
>- Germinación:
• la semilla embebe agua para sus actividades
metabólicas
• activación enzimas semilla
• síntesis nuevos enzimas ------. digestión reservas
• Aporte continuo de agua y nutrientes
• Déficit hídrico ------. muerte
>- Transporte de nutrientes: xilema y floema ~ sistema
vascular continuo que penetra por todo.
• Xilema (corriente de transpiración): agua y solutos
inorgánicos. Iones por transporte activo o pasivo
(potencial hídrico)
-
..
• Floema (corriente de asimilables): azúcares
producidos en la fotosíntesis - - . tubos cribosos -----'
-potencial hídrico en tubos - - . entra agua por
ósmosis - - . azúcares transportados por el agua - - .
salida azúcares del tubo criboso en sumidero -----. +
potencial hídrico --------. salida agua del tubo al
xilema.
Nutrición animal:
Producción animal
-REFRIGERACiÓN:
,. -1 a 10°C
,. Disminución reacciones químicas o bioquímicas de degradación
,. Disminución oxidación de lípidos
,. Sigue habiendo migración del agua hacia el ambiente
,. También se presentan pérdidas de vitaminas, proteínas, lípidos y
carbohidratos
,. Disminución de la proliferación de microorganismos, aumenta la
vida útil del material
,. Pero los gérmenes están vivos y empiezan a multiplicarse desde
que se calienta la muestra
,. Se utilizan neveras domésticas o cámaras frías
-LIOFILIZACiÓN: extraer agua de un producto congelado por sublimación
(agua congelada ~ vapor).
r Precongelamiento: T a inferior al punto eutéctico del material (T a
mínima donde coexisten la fase sólida y líquida)
r Secado primario por sublimación: sublimación superficie hielo. A
media que avanza, la velocidad de sublimación es más lenta ya
que el vapor de agua se difunde por las capas secas. Suministro
calor gradiente de presión de vapor de agua ~
extracción del agua por congelación encima condensador a -50°C
r Secado secundario: + T a ~ rotura interacciones físicas o
químicas entre moléculas de agua y material congelado
-Beneficios:
, La sublimación del hielo deja huecos preservando la estructura y
propiedades físicas, químicas y biológicas de sus estados frescos
r -peligro de contaminación microbiana
, No oxidación
r Rápida reconstitución
r Almacenamiento por tiempo ilimitado de materiales biológicos
como cuWvos microbianos, sangre, productos farmacéuticos
r También para preparar muestras titulares para ME
-Desventajas:
, Proceso costoso
, Persona~ cualificado
r Elevado coste de inversión
-CONGELACiÓN:
, Casi total eliminación del agua líquida por transformación en
hielo
, Descenso T a entre -20 Y -80°e. Congelación criogénica -196°C
, Cambia poco las caracteríticas
r Aumenta la vida útil del producto
, Eliminación actividad microbiológica y enzimática
, Reducción actividad biológica
El agua en 'los tejidos:
, Agua ligada a proteínas, lipoproteínas, etc., que no sufre
cambios durante la congelación
, Agua retenida en las estructuras celulares e intercelulares, que
es la que se transforma en cristales de hielo
Dos procesos de congelación:
, Congelación lenta (-20, -40 o -BO°C): forma cristales grandes.
El agua intercelular tiene menos nutrientes, se congela primero,
+ Inutrientes], sale agua de las células --+ + Isolutoslint --+
RECURSOS FITOGENETICOS
Todo material vegetal, cultivado, silvestre o arvense es considerado como
recurso fitogenético. Son la materia prima para la mejora genética vegetal,
tanto presente como futura. En ellos se encuentran los genes que han sido
seleccionados o bien por el hombre, o bien por la naturaleza por su adaptación,
productividad o resistencia.
En los últimos años, la aparición de nuevas tecnologías, la sustitución de
variedades locales por variedades importadas, la colonización de nuevas tierras,
los cambios en las técnicas de cultivos, etc., están provocando un considerable
deterioro de la variabilidad (erosión genética) que puede llevar a la extinción de
un material de valor incalculable.
Son varias las causas de esta erosión:
1-.Demanda por parte del mercado de uniformidad para los productos agrarios.
2-.Desaparición de las pequeñas unidades de cultivo de variedades autóctonas
para autoconsumo.
3-.Desaparición de muchas especies, debido a la desertización, contaminación,
incendios, sustitución de suelo agrícola para otros usos etc.
En los últimos años, los mercados han sido conquistados por un pequeño grupo de
variedades uniformes para cada especie que han estrechado la base genética de
los cultivos más importantes por lo que podemos extraer dos conclusiones:
La conveniencia de ampliar la base genética de los cultivos. Es decir no limitar la
producción de una especie a un reducido número de variedades.
La necesidad de colectar el material heterogeneo primitivo y silvestre (los
recursos fitogenéticos) en sus centros de origen y diversidad antes de que se
pierdan.
1. RECOLECCiÓN
Las acciones coordinadas de búsqueda promovidas por el CIRF (IBPGR) están
enmarcadas por un orden de prioridades con relación a las especies y a las
regiones, teniendo en cuenta el mayor o menor peligro de extinción, utilidad,
recursos humanos disponibles etc. Para la mayor parte de las especies el
material que ha de recogerse son semillas. Los datos de campo son muy
importantes (características climáticas, la información procedente de los
agricultores de la zona ... )
2. CONSERVACiÓN
La conservación es quizás la fase que requiere mayor ayuda ya que precisa de
instalaciones adecuadas (cámaras frías, estancias para la desecación previa del
material, procedimientos de congelación, métodos de propagación del material
etc.). La conservación del germoplasma en condiciones de propagación
indefinida es la actividad central de un banco de germoplasma. Los métodos de
conservación de recursos fitogenéticos pueden clasificarse en dos grandes
categorías:
• Métodos de conservación in situ: consisten en preservar las variedades o
poblaciones vegetales en sus hábitats originales
• Métodos de conservación ex situ: consisten en la conservación en los
llamados bancos de germoplasma.
Bancos de Germoplasma
Son los lugares (cámaras, estancias) e instalaciones anejas donde se conserva el
material vegetal.
Se clasifican en tres tipos, según su dinamismo:
Bancos Base: En ellos el material ha de conservarse a largo plazo (muchos años).
Su finalidad es la conservación y la protección. Las cámaras de conservación han
de estar entre -18 y -20°C Y la HR, inferior al 6%.
•
Las colecciones de los bancos base, son mantenidas como legados para las
generaciones futuras y no puede extraerse de ellos nada, excepto para la
realización de pruebas de viabilidad y subsiguiente regeneración. El material que
puede ser enviado a mejoradores e investigadores procede de los bancos activos.
Bancos Activos: El materia~ es multiplicado y sometido al menos a una
preevaluación. Su conservación es a medio plazo. Las condiciones de
conservación oscilan entre 5 y 6°( Y la HR del 30 al 40%.
Bancos de mejora: Son los que manejan los mejoradores cotidianamente, y por
tanto precisan entradas y salidas de materiales cotidianamente, se adicionan
generaciones segregantes y nuevos materiales según las necesidades. La
conservación es a corto plazo.
b) Almacenaje "in vitro" del germoplasma: tiene un gran interés para las especies
de reproducción vegetativa y recalcitrantes. La base de estos métodos consiste
en la introducción de explantes (partes de tejido vegetal),
en medios de cultivo estériles con alto nivel de sacarosa (80 gIL), baja
irradiación y temperatura de 10 oC, manteniéndolos en los mismos el máximo
tiempo posible antes de ser regenerados. Los tejidos cultivados "in vitro" pueden
ser mantenidos en principio, indefinidamente bajo condiciones normales de
crecimiento, sin más que suministrar los nutrientes requeridos. Sin embargo,
esto implica una alta multiplicación celular del tejido, lo cual no es deseable
desde el punto de vista de conservación del germoplasma, ya que la tasa de
mutaciones es entonces alta. Es necesario mantener el tejido en unas
condiciones de crecimiento mínimo, con el fin de reducir la variación somaclonal
(variación originada por el cultivo "in vitro"). La inducción de condiciones de
crecimiento mínimo puede akanzarse del siguiente modo:
- Reducción de la temperatura.
- Omisión o reducción en el medio de algún factor esencial para el crecimiento
- Aplicación de hormonas (por ejemplo ABA) o de inhibidores osmóticos como el
manitol.
- También es aconsejable reducir el nivel de intensidad lumínica, sin embargo, la
oscuridad total nos conduciría a la etiolación de los cultivos.
•
- iopreservación: la conservación del material vegetal a ultrabajas
:.e~p eraturas ha abierto la posibilidad del almacenaje indefinido de
~er moplasma. Esto se consigue mediante la inmersión del material en nitrógeno
-RECOLECCiÓN:
>- Orden de prioridades
>- Datos de campo
-CONSERVACiÓN: métodos de conservación de recursos fitogenéticos:
>- Métodos de conservación in situ: hábitat originales
>- Métodos de conservación ex situ: bancos de germoplasma =
instalaciones anejas donde se conserva el material vegetal:
o Bancos Base: a l argo plazo
• -18 Y -20°C Y HR inferior al 6%
• No puede extraerse nada de ellos
• Legado para generaciones futuras
o Bancos Activos: a medio plazo.
11 S-6°C Y H'R del 30 al 40%
• Puede ser enviado a mejoradores e investigadores
•
-MULTIPLICACiÓN: regeneración
-EVALUACiÓN: de la viabilidad
-DOCUMENTACiÓN: información descriptiva del material. Descriptores
(unidades de información):
y Datos de pasaporte: nombres, lugar, altitud, clima
y Datos de caracterización: caracteres heredables que se expresan
en cualquier ambiente
y Datos de evaluación preliminar: caracteres adicionales de interés
que no se expresan en todos los ambientes (resistencias ... )
y Datos de evaluación completa: caracteres relacionados con
programas de mejora.
...
Análisis bioquímico c:=:::> romper células c:=:::> disociación celular c:=:::> separación
diferentes tipos celulares c:=:::> extractos
r
~_,c-c1(
4.
5
TEMA 29. MICROSCopíA
-
TÉCNICAS DE OBSERVACiÓN MICROSCÓPICA
---
\ ( .L LG-UV:> (Y1->-PL JJLL-I.
.- h tC-L~ ('f-U-U.JJ~~
__ ~.:..c
. 1 \ce LL CJ-.'.
__ L tU-'-/
. . _., '
r t:.___ "" ~
......-- re.> i LlCL. (, .:u. L~
1;, \ "'- ~ .L l:;.t:J.-A I....~
Ce=. lLt.A
Estrategia:
1. Degradación química o enzimática de la proteína de interés
2. Purificación mediante HPLC
3. Análisis por MS
4. Buscar coinc idencias entre el peso molecular obtenido con los
datos de la base de datos
1
LexA se une a los promotores UAS
l
Transcripción de Leu y l acZ
Esta técnica acoplada a métodos de separación como HPLC, electroforesis capilar o cromatografía de
gases permite realizar mediante una sola manipulación los espectros de masas de los diferentes
constituyentes de una mezcla.
R= m/~m
Donde m es la masa del ion (de masa menor) y ~m la diferencia de masas entre dos picos resueltos en un
espectro de masas.
Ej. R= 1000 significa que se pueden distinguir (resolver) un ión cuya relación masa/carga sea 100.0 de
otro cuya masa/carga sea 100.1
Tras la secuenciación del genoma humano, la atención científica se ha desplazado hacia el análisis de los
productos de los genes, es decir, las proteínas. La proteinómica estudia las proteínas y sus funciones
tanto en un estado fisiológico normal (sano) como en la enfermedad. La espectrometría de masas tiene
una importancia crucial para identificar y caracterizar las proteínas en los proyectos de proteinómica de
expresión (determinación a gran escal'a de las proteínas formadas en una célu l1a)
Las cinco partes básicas de un espectrómetro de masas incluyen: un sistema de vacío, un sistema de
introducción de muestras, una fuente de ionización, un analizador de masas y un detector de iones.
Sistema de Vacío
-
El sistema de vacío es fundamental en el EM por ser de capital importancia conseguir un medio
donde no tengan lugar colisiones con los iones procedentes del aire. El grado de vacío necesario depende
del analizador, oscilando entre 10-4 a 10-6 torr para cuadrupolo y tiempo de vuelo y 10-7 Y10-9 para sector
magnetico y transformada de Fourier.
Este alto nivel se consigue mediante la utilización de dos tipos básicos de bombas de alto
vacío,(asistidas por bombas de vacio previo o rotatorias), como son las bombas difusoras y las bombas
turbomoleculares.
-Impacto electrónico:
La muestra en fase gas se bombardea con un haz de electrones generados por un filamento de
tungsteno. Un electrón del haz arranca un electrón del analito dando lugar a un catión (también pueden
generarse aniones, pero lo hacen del orden de 100 veces menos)
En moléculas poliatómicas tienen lugar reorganizaciones que desembocan en roturas concretas de la
molécula, por lo que se obtienen distintos fragmentos ionizados
- Ionización química:
Se utiliza un ion que reacciona con Ilas moléculas a analizar para formar iones, ya sea por transferencia de
un protón o de un hidruro. Estos iones reactivos se generan sometiendo un exceso de metano a impacto
electrónico, produciéndose CH/ que a su vez reacciona consigo mismo para dar CH s+ y C2Hs+
Mediante esta técnica se consigue conocer el PM del compuesto que, al transferirle un protón aparece a
PM+1.
Existen otras técnicas de ionización aparte de estas dos que serían las clásicas (ver
http://www.chem.vt.edu/chem-ed/ms/ionizatn.html) de las que vamos a mencionar las que se aplican a
macromoléculas:
La decaída del isótopo 2s2Cf produce dos fragmentos de fisión que viajan en direcciones opuestas. Uno
impacta contra la muestra produciendo iones y el otro choca contra el detector e inicia la adquisición de
datos
- Oesorción de matrices asistida por laser- Matrix-assisted laser desorption ionization (MALO/)
Basado en ionización por laser. Vaporiza e ioniza moléculas biológicas de gran tamaño, como proteínas
o fragmentos de DNA. Las moléculas biológicas están dispersas en una matriz sólida como ácido
nicotínico o dihidroxibenzóico sensibles a la radiación UV. Por efecto del laser, la matriz junto con alguna
de las moléculas pasa a fase gas en una forma ionizada, de modo que pueden ser introducidas en el
espectrómetro de masas
Un haz de alta energía de átomos neutros, Xenon o Argón, impactan sobre una muestra sólida o líquida
de baja presión de vapor, causando la desorción y la Ionización. Se aplica a moléculas biológicas
grandes que tienen dificultades para pasar a fase gas.
La muestra generalmente se dispersa en glicerol. FAB causa poca fragmentación y suele dar un pico
molecular alto, útil para determinar el peso molecular.
Esta técnica es muy útil para moléculas biológicas grandes que son difíciles de evaporar o ionizar.
Inmediatamente después del proceso de ionización, los iones en fase gaseosa entran en la región del
analizador, que es la zona del instrumento en donde los iones, dentro del rango de masas seleccionado,
son separados en base a su relacción masa/carga . Esta parte del instrumento juega un importante papel
en cuanto a la precisión y exactitud de las masas a medir.
Los analizadores mas ampliamente utilizados hoy día son los siguientes:
Analizador de Cuadrupolo
El analizador de cuadrupolo consiste en cuatro rodillos paral'elos a los que se aplica una corriente
contínua (OC) sobre la que se superpone un potencial de radiofrecuencia (RF). El campo creado en los
rodillos actúa a modo de filtro y determina que iones alcanzarán el detector. Un espectro de masas se
conseguirá barriendo (scanning ) el campo RF dentro de un rango de frecuencias.
El analizador de cuadrupolo es uno de los mas extendidos hoy día.A su relativa sencillez se une una alta
tolerancia a vacíos relativamente pobres, rango de masas de hasta 3000 Da que le hace muy adecuado
para ser acoplado a interfases de cualquier tipo, incluida la ESI, para el análisis de proteínas y
biomoléculas y lo que es mas importante, su relativo bajo costo. Su principal desventaja es la
imposibilidad de realizar análisis de alta resolución, masas exactas,etc, así como su limitación en cuanto a
rango de masas.
Los iones generados en la fuente son "atrapados", durante un cierto tiempo, en un campo de
radiofrecuencia dentro de un anillo toroidal situado entre dos electrodos hiperbólicos.
Mediante la aplicación simultanea de corrientes OC y RF se consigue "atrapar" y mantener dentro del
anillo central los iones procedentes de la fuente de iones. Una vez alH, dichos iones pueden ser extraídos
a voluntad aplicando corrientes de radiofrecuencia variables hasta valores de resonancia y expulsados a
traves del anillo de salida. La posición de los anillos exteriores puede ser modificada para una mayor
eficiencia de transmisión .
Un espectro de masas completo se obtiene mediante el barrido de un rango de radiofrecuencia
determinado.
Las trampas iónicas tienen usos y utilizaciones similares a los cuadrupolos y está muy extendido su uso
como detectores de masas en sistemas CG-EM . Otra aplicación muy extendida es la posibilidad de
n
utilizarlos en la técnica de masas-masas (MS ), puesto que permite la extracción de iones individuales
(Parents lons) que posteriormente pueden ser fragmentados para análisis estructural ( Daughter lons)
Los analizadores de sector magnético y doble enfoque se basan en el efecto que sobre una partícula
cargada tienen un campo eléctrico y un campo magnético. El primero, actúa sobre el haz de iones a modo
de filtro energético y es independiente de la masa del ión o de su relacción masa/carga. Mediante este
•
analizador se consigue colimar los haces iónicos que emergen de la fuente en haces monoenergéticos
uniformes. Una vez conseguido esto, estos haces iónicos son dirigidos a la entrada de un campo
magnético sectorial. El campo magnético sirve para separar los iones en base a su masa/carga y el radio
de curvatura descrito por ellos es una función del campo magnetico (B) aplicado. Este campo magnético
es generado por una corriente de intensidad variable. Solo aquellos iones cuyo radio de curvatura descrito
coincida con el del sector magnetico alcanzarán el detector. Un espectro de masas se consigue variando
la intensidad (1) aplicada al electroimán.
Se consigue asi, mediante la combinación de estos dos sectores, un incremento del poder de resolución
considerable, en contraposición al pobre poder de resolución de sistemas con solo sector magnético.
El analizador de Transformada de Fourier esta basado en la acción que un campo magnético ejerce sobre
una partícula cargada (ión) girando en un campo de radiofrecuencia. Mediante el primero, los iones son
dirigidos al interior de una caja donde giran describiendo una orbita de diámetro reducido y mínima
frecuencia. Por aplicación de una señal de radiofrecuencia (RF) los iones son excitados a describir órbitas
espirales de amplitud creciente. Llega un momento en que la orbita descrita es tal que alcanza el diámetro
igual a la distancia de separación de dos electrodos detectores, momento en el cual son detectados
originando una imagen de corriente, que es función directa de su relacción masa/carga. Esta imagen de
corriente es integrada mediante una transformada de Fourier y convertida en una señal proporcional a su
intensidad. El espectro completo se obtiene mediante un barrido del campo de radiofrecuencia aplicado
que varia entre 8 KHz y 100 MHz.
La principal ventaja de este tipo de instrumentos esta en la altísima precisión en la medida de masas (
0.001 % Y superiores) y un poder de resolución casi ilimitado. Por el contrario, el nivel de vacío es un
parámetro crítico y su costo es muy elevado.
El analizador de tiempo de vuelo es, en cuanto a fundamento , uno de los analizadores mas simples de los
que se utilizan hoy en día.
Se basa en la medida del tiempo que tardan los iones generados y acelerados con igual energía en la
fuente de iones,en alcanzar un electrodo colector situado a una distancia prefijada. Como los iones
poseen la misma energía pero diferentes masas alcanzarán el colector a diferentes tiempos, dependiendo
de su masa, carga y energía cinética.
En el pasado, y debido a las limitaciones de tipo electrónico y de software, su uso fue muy limitado
debido a su escaso poder de resolución y rango de masas. No es de extrañar que durante años este
analizador estuviera poco menos que olvidado. Sin embargo, en la última década, y debido precisamente
a los enormes avances en el campo de la microelectrónica y el software ha recibido un increíble
impulso,hasta el punto de que actualmente, junto con los analizadores de cuadrupolo, es el analizador
más ampliamente utilizado
Los analizadores combinados se utilizan de forma generalizada para análisis de estructuras, ya que
mediante ellos y en combinaciones adecuadas se pueden hacer experimentos de fragmentacion ( MS de
grado n=1, 2, 3, etc.)
Así por ejemplo, se puede situar un analizador magnetico (MS\ ya continuación situar un analizador de
trampa iónica para ver los iones hijo que proceden de un ion padre extraido del primero (MS 2) . A
continuación un ión de este segundo experimento puede ser fragmentado de nuevo por colisión
,obteniéndose un nuevo espectro (MS\ etc.
Las combinaciones mas usuales suelen estar formadas por combinaciones de analizadores del tipo:
cuadrupolo - cuadrupolo
sector magnético- cuadrupolo
sector magnético-sector magnético
sector magnético -trampa iónica
cuadrupolo - tiempo de vuelo
ESPECTROMETRIA DE MASAS Y IDENTIFICACiÓN DE PROTEINAS
Historicamente eran necesarios nanomoles para realizar el análisis descrito, pero gracias a la mejora de la
instrumentación y de los métodos, se puede trabajar con cantidades de muestra en e'l rango de los 100
pmoles.
I
La identificación de proteínas requiere la determinación total o parcial de sus secuencias por el método de
la degradación de Edman. En algunos casos particulares, la identificación se puede basar en su
reconocimiento por anticuerpos específicos. La degradación de Edman está limitada a polipéptidos que no
estén bloqueados en su grupo amino terminal, y además es larga y requiere una gran cantidad de
muestra.
Determine Intact
masses of prole n(s)
b MALOI or ESI
Este método se basa en la comparación de los datos obtenidos por MS con otro predecidos para todas
las proteinas contenidas en la base de datos. La eficiencia del método es el resultado del desarrollo de la
MS y la disponibilidad de grandes bases de datos de proteinas. La determinación precisa del PM de la
proteina es util para su identificación y también para conocer su pureza.
TEMA 37. TECNICAS y PROCEDIMIENTOS RELACIONADOS
CON EXPERIMENTACiÓN ANIMAL EN FISIOLOGíA Y
FARMACOLOGíA
1. Preparación de anticuerpos
a. Anticuerpos poli clona les
» Animal de 2 meses de edad y aclimatado
» Extracción suero preinmune
» 5 inmunizaciones alternadas con 4 extracciones
» El suero se obtiene dejando coagular la sangre y
centrifugando. El sobrenadante se guarda a -80°C
b. Anticuerpos monoclonales
~ Extracción de linfocitos B del bazo de un animal
inmunizado con el antígeno de interés
);- Fusión de los linfocitos B con células de mieloma
inmortales deficientes en enzimas implicados en la
síntesis del nuevo ADN como la TK.
2. Purificación de anticuerpos
a. Inmunoprecipitación I Pull down
b. Cromatografía de afinidad
5. Inmunodetección en células
a. Citometria de flujo
b. Inmunocitoquímica
~ Directa
~ Indirecta
• Enzimática
• Cololidat
• Fluorescencia
6. Aplicaciones
a. Biología experimental
b. Diagnóstico
c. Uso terapéutico
:>- ~ ~1 L~ _a~ El-l SA
Uh G-LC-L 4c, eC-A . r ~ J(') .
.L--
-Germoplasma animal:
);:- Extracción, manipulación y conservación del material seminal
(criopreservación)
)o- Congelación de óvulos y embriones
,. Fertilización in vitro
).- Transferencia de embriones a hembras receptoras
• Fosfato cálcico
• DEAE dextrano
• Electroporación
• liposomas
• Biobalística
• Microinyección
• Transfección activa: vector vírico sin lisis
celular
• SV40
• Retrovirus
• Adenovirus
Métodos de selección para transfecciones
.., Transitorias (DNA introducido en forma de plásmido): el
método para medir la eficacia de la transfección es
estudiar la expresión de los genes marcadores:
• CAT
• Luciferasa
• GFP
• GUS
• lacZ
>- Estables (DNA exógeno se integra en el genoma celular):
• Gen de resistencia a los antibióticos
• PCR
-Bibliotecas de DNA:
)..- De cDNA: la transcriptasa reversa copia el mRNA a cDNA
.,. Genómicas: clonación de fragmentos de DNA genómico
en vectores fágicos
-ANIMALES TRANSGÉNICOS
-Procedimientos para transferir genes:
,. A nivel de células germinales: se expresa en todos los
tejidos y se transmite a la progenie
o Organismos transgénicos
o Quimera transgénica
>- A nivel de células somáticas: terapia génica con células
con construcciones donde se ha insertado el gen viable.
-Modelos animales:
,. Drosophila melanogaster (genética del desarrollo): generación de
mutantes utilizando los elementos P (transposones). P + M =
transposición elementos P (se diluye el represor). Manipulación:
o Sustitución gen transposasa por neo
o Promotor de ta proteína 70 (inducible por temperatura)
o Incorporación gen de interés
Microinyección en la región polar de un embrión de tipo M del
vector junto con un elemento P asistente para que el elemento P
salte del vector utilizando la transposasa del asistente. Se
integra al azar y se localiza por hibridaciones in situ en los
cromosomas politénicos de las larvas o por PCR inversa
" Mus musculus (genética funcional): estudio tumores y ensayo de
nuevas drogas para combatir el cáncer. Todas las técnicas se
basan en el aislamiento de óvulos fertilizados o embriones
tempranos, breve cultivo in Vitro para manipularlo y
reimplantación en madres nodrizas para proseguir su desarrollo.
o Manipulación de los óvulos fecundados
1. Superovulación por acción hormonal
2. Cruce con machos adecuados
3. Aislar huevos fecundados
4. Microinyección gen de interés en el pronúcleo
masculino
5. Reimplantación en madres nodrizas pseudopreñadas
20% producen quimeras transgénicas = integración DNA
más tardía.
6. Confirmación por PCR o Southern (sonda mismo gen
inyectado).
o Manipulación del blastocito: genera quimeras transgénicas
1. Aislar blastocitos del útero después de 4 días desde
la cópula
2. Aislar células madre embrionarias del blastocito y
cultivarlas sobre una capa de células (soporte)
3. Introducción del DNA
4. Reinsertar las células madre en un nuevo blastocito
5. Reimplantar el blastocito en una madre
pseudopreñada por hormonas y apareamiento con
machos vasectomizados.
o Sustitución génica dirigida: permite elegir el gen que se
quiere mutar. Provocar enfermedades humanas en ratones
modelo.
1. Clonar gen y propagarlo en bacterias
2. Mutagénesis dirigida por PCR donde se cambia la
secuencia nucleotídica del gen.
3. Transfección de la construcción en un cultivo de
células madre embrionarias.
4. Secuencias homólogas se alinean e intercambian los
fragmentos
5. Búsqueda de células con la sustitución deseada por
marcadores que se introducen en el vector:
r
• neo : inserto dentro del gen
• Timidina quinasa: marcador negativo inserto
a un extremo del vector
Si hay recombinación homóloga el gen + neo r
sustituye el gen homólogo del cromosoma pero el
gen tk no se integra . Medio con neomicina
sobreviven células con inserciones aleatorias o
dirigidas y con ganciclovir mueren la que tengan el
gen tk, es decir con inserción aleatoria.
>- Animales de granja (biotecnología y mejora genética)
o La glándula mamaria es capaz de realizar todas las
modificaciones postranscripcionales o a nivel de proteína
1'. Fusión del gen de interés con las secuencias
reguladoras del gen de una de las proteínas de la
leche (caseina)
2. Generar transgénicos
3. Producto deseado se recoge en la leche
-PLANTAS TRANSGÉNICAS
-La mejora genética de las plantas ha tenido lugar a lo largo del tiempo por
selección humana (polinización cruzada) y selección natural (más resistentes a
frío, enfermedades, más productivo)
-Planta transgénica contiene un gen (vegetal, bacteriano, fúngico ... )
introducido de forma artificial y que no lo ha adquirido a través de la
polinización
1. Elección del gen de interés
a. Aislamiento DNA
b. Digestiones con enzimas de restricción
c. Clonaje en un vector :
i. Promotor: controla cuando y donde el gen se expresará en
la planta
ii. Transgen
iii. Secuencia de terminación
iv. Marcador: identificación y selección de las transformadas
2. Transformación: introducción de DNA
a. Métodos biológicos: Agrobacterium tumefaciens infecta células
dañadas y transfiere su plásmido Ti a las células formando
tumores. Estos tumores sintetizan aa llamados opinas que al
catabolizarlos obtienen energía. 20 kb (T-DNA) se integra al azar
en el DNA nuclear que se está transcribiendo.
Manipulación Plásmido Ti:
>- Cortar la región T con enzimas de restricción
., Inserción T-DNA en un vector usual de E. coli
., Amplificación y purificación
>- Inserción del gen de interés
~ Ligación, transformación y amplificación en E. coli
).;.- Introducción de este plásmido en Agrobacterium
que tenga un Ti completo
>- Recombinación homóloga con el Ti desplazando el
T -DNA normal
>- Infección de plantas con estas bacterias alteradas
b. Métodos FíSico-químicos: PEG, electroporación y microinyección
c. Métodos físicos: biobalística (oro coloidal unido al DNA es
disparado con gases de helio hacia las células diana)
3. Regeneración y evaluación de las plantas obtenidas:
a. Medio selectivo con antibiótico (gen codifica un enzima que
fosforila el anti,biótico inhibiendo su unión al ribosoma por lo
tanto hay síntesis de proteínas) o herbicidas.
i. Kanamicina, gentamicina, tetraciclina o estreptomicina
b. Obtener semillas de las supervivi,entes
-Aplicaciones de las plantas transgénicas:
, In situ: resistencias a herbicidas, insectos, bacterias
~ Ex situ: biorreactores (producción de proteína)