Conceptos básicos

UNIDADIII:
ENZIMAS
+ CO2 +
O2 H2O
 ENZIMAS on prot e ínas
ss
Casi toda
1. Poder catalítico
2. Altísima especificidad
3. Actividad regulada

1. Las enzimas aceleran las reacciones multiplicando su velocidad

por un millón de veces o más.
Enzyme Nonenzyma Uncatalyzed Catalyzed Rate
tic half-life rate (kun, s-1) rate (kcat, s- enhancement
1
) (kcat/kun)
OMP 78,000,000 2.8 × 10-16 39 1.4 × 1017
decarboxylase years
Staphylococcal 130,000 1.7 × 10-13 95 5.6 × 1014
nuclease years
AMP nucleosidas 69,000 1.0 × 10-11 60 6.0 × 1012
e years
Carboxypeptidas 7.3 years 3.0 × 10-9 578 1.9 × 1011
eA
Ketosteroid 7 weeks 1.7 × 10-7 66,000 3.9 × 1011
isomerase
Triose phosphate 1.9 days 4.3 × 10-6 4,300 1.0 × 109
isomerase

Chorismate 7.4 hours 2.6 × 10-5 50 1.9 × 106

mutase
Carbonic 5 seconds 1.3 × 10-1 1 × 106 7.7 × 106
anhydrase
Abbreviations: OMP, orotidine monophosphate; AMP, adenosine
monophosphate.
Source: After A. Radzicka and R. Wofenden. Science 267 (1995):90–93.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK2
 2. Las enzimas son altamente específicas:
o Reacción que catalizan
o Sustrato

ENZIMAS PROTEOLITICAS

TRIPSINA TROMBINA

La especificidad de una enzima se debe a la precisa interacción entre el sustrato

y la enzima. Esta precisión es el resultado de la intrincadaestructura 3D de la
enzima.
3. Muchas enzimas requieren cofactores para su actividad:

APOENZIMA COFACTOR HOLOENZIMA

COFACTORES

MOLEC ORG
METALES
PEQUEÑAS

COENZIMAS
(vitam)

Fuertemente
unido: GRUPO
PROSTETICO

Débilmente
unido: CO-
SUSTRATO
Las enzimas que usan la misma coenzima generalmente
presentan mecanismos de acción similares.
COFACTOR ENZYME
Coenzyme
Thiamine pyrophosphate Pyruvate dehydrogenase
Flavin adenine nucleotide Monoamine oxidase
Nicotinamide adenine Lactate dehydrogenase
dinucleotide
Pyridoxal phosphate Glycogen phosphorylase
Coenzyme A (CoA) Acetyl CoA carboxylase
Biotin Pyruvate carboxylase
5′-Deoxyadenosyl cobalamin Methylmalonyl mutase
Tetrahydrofolate Thymidylate synthase
Metal
Zn2+ Carbonic anhydrase
Zn2+ Carboxypeptidase
Mg2+ EcoRV
Mg2+ Hexokinase
Ni2+ Urease
Mo Nitrate reductase
Se Glutathione peroxidase
Mn2+ Superoxide dismutase
K+ Propionyl CoA carboxylase
 4. La actividad de muchas enzimas está regulada

a. Inhibición por producto:

FEEDBACK
Biosíntesis de isoleucina

Interacción alostérica reversible

b. Proteínas reguladoras: inhibición ó activación
Calmodulina:
 Sensor de Ca2+
• 17 kDa
cambios
Unión de Ca2+ conformacionale Calmodulina activada
s

Modifica actividad de
otras proteínas ó
enzimas

INHIBIDORES REVERSIBLES
E IRREVERSIBLES
 Enzyme Nomenclature 1992

Enzyme Commission number (EC number)

Esquema de clasificación numérica para enzimas

Se basa en la reacción química que catalizan

Cada número EC esta asociado a un nombre recomendado

para esa enzima

Especifica la reacción catalizada por esa enzima

Diferentes enzimas (distintos organismos) que catalizan la

misma reacción tienen el mismo número EC

Nombre común: sufijo…asa…al nombre del sustrato o de la

reacción
Ureasa, polimerasa, hidrolasa.
Otras tienen un nombre genérico que alude a su función: pepsina
(pepsis: digestión)
 1 2 3

EC 1 EC 2 EC 3
Clase
Oxidoreductasas Transferasas Hidrolasas

Oxidación/ Transferencia de
reducción; un grupo Formación de 2
transferencia de functional de productos a
Reacción
átomos de H y O una sustancia a partir de un
catalizda
ó electrones des otra (metilo-, sustrato
de una sustancia acilo-, amino- ó por hidrólisis
a otra fosfato)

AH + B → A +
BH (reducida) AB + C → A + BC AB + H2O → AOH
Reacción típica
A + O → AO + BH
(oxidada)

Quinasa
nucleósido
Lactato
Ejemplo monofostato Quimiotripsina
Deshidrogenasa
(NMP kinase)
 4 5 6

EC 4 EC 5 EC 6
Clase
Liasas Isomerasas Ligasas

Unión de 2
Remoción/adición
moléculas por
no hidrolítica de
síntesis de
grupos desde un Rearreglo
Reacción nuevos enlaces
sustrato. Pueden intramolecular
catalizda C-O, C-S, C-N o C-
clivarse enlaces xej: isomerización
C con la rupture
C-C, C-N, C-O o C-
simultánea de
S
ATP

RCOCOOH →
RCOH + CO2 or X + Y + ATP → XY
Reacción típica ABC → BCA
[X-A+B-Y] → [A=B + ADP + Pi
+ X-Y]

Triosa fosfato
Aminoacil tRNA
Ejemplo Fumarasa isomerasa
sintetasa
 Ec2.7.
1.1
2: clase:
EC2.7.1.1. transferasa

7: subclase:
fosfotransferas
a

1:
fosfotransferas
a con un OH
como aceptor

1:
forfotransferasa
con P como
aceptor

14
 • Las moléculas deben alcanzar un estado de
ACTIVACIÓN o TRANSICIÓN antes que la
reacción ocurra.
• La energía necesaria para alcanzar ese estado
se llama ENERGÍA DE ACTIVACIÓN (Ea) y
representa una barrera inicial que debe
superarse para que la reacción química
proceda.
• La energía de activación se relaciona con la
Una forma de acelerar
velocidad de la la reacción es
reacción.
reducir la Ea, de modo que un mayor
número de moléculas en el sistema
pueden alcanzar el ESTADO DE
TRANSICIÓN.
Esto no altera los valores de G ni las
concentraciones de reactivos y
productos en el equilibrio.

a < Ea > velocidad de reacción

 Considerando la reacción:

V= k [S]

Enzimas afectan la velocidad de reacción, pero no alteran el estado

de equilibrio. El equilibrio depende únicamente de la diferencia de
energía libre de productos y reactivos.

al
‡ refiere
de
estado
ión
transic

Energía libre de activación de Gibbs

16
Las enzimas aceleran las reacciones disminuyendo el ∆G‡

∆G‡ S P

∆G‡ P S

∆G´0 < 0
 Supongamos que la energía libre de activación es 6.82 kcal mol-
1
(28.53 kJ mol-1). La relación [S‡]/[S] es 10-5 (tabla). Si asumimos por
simplicidad que [S] = 1 M, la velocidad de reacción V es 6.2 × 107 s-1.
Si ΔG‡ se disminuye 1.36 kcal mol-1 (5.69 kJ mol-1), la relación [S‡]/[S] es
10-4, y la velocidad de reacción será 6.2 × 10 8 s-1.
Una disminución de 1.36 kcal mol-1 en el valor de ΔG‡ produce un
aumento de 10 veces en el valor de V.
En consecuencia, una pequeña disminución de ΔG‡ (20% por ej) resulta
en un gran aumento de V.
• LAS ENZIMAS ACELERAN LAS
REACCIONES DISMINUYENDO
ΔG‡
• LAS ENZIMAS FACILITAN LA
FORMACION DEL ESTADO DE
TRANSICION

V= k.S‡
18
Reacción enzimática puede tener varios pasos que involucran la
formación y desaparición de intermediarios (cualquier especie
con tiempo de duración finito)

E+S ES EP E + P ES y EP: intermediarios

Cualquier especie molecular con vida químic
finita: mayor a una vibración molecular, 10-1
seg)

En una reacción con varios pasos, la velocidad global estará

determinada por el paso o los pasos con mayor energía de
activación: paso limitante de la velocidad

La energía de activación es una barrera energética para la

reacción química. A mayor energía de activación, menor
velocidad.
Esta barrera energética permite la formación de
macromoléculas; de lo contrario, reverterían espontáneamente
a formas simples
En presencia de una enzima el punto de equilibrio no se ve
afectado, pero la reacción alcanza el equilibrio más rápido
 PRIMERA ETAPA: FORMACION COMPLEJO
ENZIMA-SUSTRATO (ES)

Especificidad
Sustrato se une al centro activo
Regulación

Demostración de la existencia de complejos ES:

A [E] cte, la V aumenta con la [S] hasta alcanzar Vmax. Esto no
ocurre en reacciones no catalizadas.
Leonor Michaelis: A [S] elevadas, todos los centros activos están
ocupados por el S y la V es máxima
Características de los centros activos:
1. Porción relativamente pequeña del volumen total de la E
2. Es una entidad tridimensional: aa muy alejados en la secuencia lineal
interactúan mas fuertemente que residuos adyacentes.

o a c tivo:
Ce n t r
l a E q ue se
n de
• Regió
une al S os residuos
C o n t i ene l en la
• r v i e n e n
que inte ó ruptura
ón
formaci : g r u pos
c e s
de enla
os
catalític
3. La unión ES se da por numerosas fuerzas débiles (son reversibles).
4. Puede haber uniones covalentes transitorias entre el S y grupos
funcionales de la E (metales, coenzimas). Estas uniones se optimizan
en el estado de transición

∆Gb
4. Los centros activos son hoyos o hendiduras: carácter no polar, lo cual
aumenta la afinidad por el S.
Además crea un microambiente en el cual ciertos residuos polares
adquieren propiedades especiales para la función catalítica.

5. La especificidad del enlace depende de la disposición exactamente

definida de los átomos en el centro activo. Unión ES es esteroespecífica.
La complementariedad de la E es con el estado de transición que
atraviesa el S
Llave-cerradura (Emil Fischer, 1890)
Esa esteroespecificiadad se logra, en algunos casos, luego que el
sustrato se unió a la E (Daniel Kochland Jr, 1958): ajuste inducido o
induced fit

Lock-and-Key Model Induced-Fit Model

El sitio activo de la E es complementario y especifico al
estado de transicion
• La mayor parte de la interacciones entre E y S se dan
cuando el S alcanza el estado de transición.
• La energía de binding liberada al establecer esas
interacciones contribuye a disminuir la energia necesaria
para superar la barrera energética de la reacción (top of
the hill): energía de activación
• Aumenta la velocidad de reacción (pico de la curva es
menor)
QUÉ SE NECESITA PARA QUE OCURRA LA REACCIÓN ENZIMÁTICA?

1° Reducir la entropía
• La energía de binding limita el movimiento de los reactantes y ubica al
sustrato en la orientación correcta para reaccionar.
• El correcto alineamiento del S en la E se da con múltiples interacciones débiles
entre el S y grupos estratégicos de la E

2° Desolvatación del S
• Las interacciones E-S reemplazan todos o casi todos las uniones H entre el S y
el agua

3° Distorción del S
• La energía de binding compensa el ∆G termodinamicamente desfavoralble
asociado a cualquier distorción que el S realice para reaccionar

Correcto alineamiento de los grupos

4° catalíticos en la E
• La E sufre cambios conformacionales cuando el S se une, se generan multiples
inteacciones no cov con el mismo: INDUCED FIT