Seura perustettiin sisällissodan jälkeen vuonna 1940 Deportivo Gallon ja Unión Deportiva Eibarresan yhdistyessä, ja se tunnettiin alun perin nimellä Eibar Fútbol Club.[1] Eibar on pelannut 26 kautta Espanjan toiseksi korkeimmalla sarjatasolla Segunda Divisiónissa, ja se voitti sarjan mestaruuden kaudella 2013–2014.[2] Vuosina 1988–2006 se pelasi Segundassa 18 peräkkäistä kautta, mikä on sarjan ennätys.[1] Korkeimmalle sarjatasolle Primera Divisióniin seuran edustusjoukkue nousi ensimmäistä kertaa kaudelle 2014–2015.