Bacterio 1

Université Frères Mentouri Constantine 1e année Licence Sciences Alimentaires
INATAA Matière Microbiologie générale

Année universitaire 2018-2019 Bactériologie : Structure, nutrition et croissance

Contenu du cours
‐ Morphologie et structure de la cellule bactérienne
‐ Nutrition et physiologie bactérienne
‐ Croissance bactérienne
Objectifs du cours
A la fin de ce cours, l’étudiant sera capable de :
‐ Connaitre les types de morphologies, et les éléments de la structure d’une cellule bactérienne
(éléments essentiels, éléments non-essentiels) ;
‐ Identifier les besoins nutritifs et les conditions physico-chimiques nécessaires à la survie d’une
cellule bactérienne ;
‐ Comprendre la notion de croissance bactérienne et reconnaitre les paramètres influençant la
cinétique de croissance.
La cellule bactérienne
Le monde microscopique est majoritairement procaryote (archées ou Archaea et bactéries ou
Bacteria).
Les cellules procaryotes partagent les mêmes caractéristiques chimiques que les cellules eucaryotes, à savoir
qu’elles contiennent essentiellement des acides nucléiques, des protéines, des lipides et des glucides, et
utilisent les mêmes types de réactions chimiques pour métaboliser les nutriments, synthétiser des protéines et
stocker de l’énergie. La différence se situe donc à un niveau structurel et fonctionnel.
Ainsi, la structure particulière des parois cellulaires et des membranes, et l’absence de délimitation des
organites par des membranes notamment pour le matériel héréditaire (ADN) font que les procaryotes sont
séparés distinctement des eucaryotes.
La plupart des procaryotes connus et étudiés appartiennent au domaine des bactéries, qui se distinguent par
leur très grande diversité, et les différents environnements qu’elles habitent.
Les bactéries sont profondément adaptées à leur environnement et interagissent avec lui. Cependant, les
milliers d’espèces bactériennes qui ont été découvertes jusqu’ici se distinguent entre elles suivant une
multitude de facteurs, morphologiques (la taille, la forme cellulaire), chimiques (composition chimique de la
paroi cellulaire), physiologiques (besoins en éléments nutritifs, besoins en facteurs de l’environnement),
biochimiques (types d’activités biochimiques et source d’énergie requise) et génétiques (structure du
génome, nombres et nature des gènes).
1. Morphologie
1.1. Taille
La taille des bactéries varie généralement entre celle des grands virus et celle des eucaryotes
unicellulaires (algues unicellulaires, protozoaires). Ainsi, Mycoplasma genitalium est la plus petite bactérie
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vivante avec une taille de 0,2 µm, tandis que la plus grande bactérie connue à ce jour, Thiomargarita
namibiensis, peut mesurer jusqu’à 750 µm. Cependant, les dimensions moyennes de la plupart des bactéries
sont comprises entre des intervalles moins larges (0,2 à 2 µm de diamètre pour 2 à 8 µm de long). Par
exemple, les entérobactéries comme Escherichia coli ont des dimensions de 1 µm x 2 à 4 µm.
La petite taille des bactéries, comparée à celle des cellules eucaryotes, est un facteur important qui favorise
leur croissance et leur multiplication, leur permet de s’adapter rapidement aux conditions environnementales
et d’exploiter facilement les ressources de leur milieu.
1.2. Forme et mode de groupement
Il existe une grande variété de formes chez les bactéries, mais trois formes sont les plus répandues :
la forme sphérique ou coccus, la forme cylindrique ou bacille et la forme spiralée. Outre les trois principales
formes, on trouve aussi d’autres formes, par exemple, des cellules en étoile (genre Stellla), des bactéries
filamenteuses, ainsi que des formes mycéliennes ramifiées ou pas (actinomycètes).
Quand elles se divisent pour se reproduire (par scissiparité), les bactéries peuvent rester attachées les unes
aux autres et se présenter en groupements caractéristiques de l’espèce à laquelle elles appartiennent. Les
plans suivant lesquels les bactéries se divisent déterminent ce qu’on appelle le mode de groupement des
cellules. Les bactéries qui ne restent pas attachées les unes aux autres après leur division ont un mode de
groupement isolé ou aléatoire.
 Forme ovoïde (coccus)
Les cocci sont habituellement ronds, mais peuvent être ovales, allongés ou plats d’un côté
(réniformes). Les modes de groupement des cocci sont variés. Ainsi, les cocci qui restent groupés par paires
après s’être divisés sont appelés diplocoques (Enterococcus faecalis); ceux qui forment des chaînettes plus
ou moins longues sont appelés streptocoques (Streptococcus thermophilus); ceux qui se divisent sur deux
plans et constituent des groupements de quatre cellules portent le nom de tétrades (genre Pediococcus).
Ceux qui se divisent sur trois plans et restent attachés en groupements cubiques de huit cellules s’appellent
sarcines (genre Sarcina). Ceux qui se divisent selon une multitude de plans et forment des grappes sont
appelés staphylocoques (Staphylococcus aureus).
 Forme bacille
La plupart des bacilles sont des bâtonnets simples. Certains bacilles ressemblent à des pailles, ou ont
des extrémités effilées. D’autres sont ovales aux extrémités et ont une apparence tellement semblable à celle
des cocci qu’on les appelle coccobacilles (Escherichia coli, Salmonella). Les bacilles peuvent également
former des associations. Cependant, on observe moins de groupements de bacilles que de groupements de
cocci. Les diplobacilles (Moraxella) restent attachés par paires après leur division et les streptobacilles
(Lactobacillus bulgaricus) forment des chaînettes.
 Forme spiralée
Les bactéries spiralées présentent une ou plusieurs courbes ; elles ne sont jamais droites. Celles qui
ont la forme d’un bâtonnet incurvé et qui ressemblent à des virgules s’appellent vibrions (Vibrio cholerae).
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D’autres, appelées spirilles (Campylobacter jejuni), ont une forme hélicoïdale, et un corps relativement
rigide. Un troisième groupe est caractérisé par une forme flexible en hélice plus longue ; ce sont les
spirochètes (Treponema pallidum).
2. Structure
La microscopie électronique a permis de mieux étudier la structure de la cellule bactérienne. Ainsi,
cette dernière est entourée d’une enveloppe rigide, la paroi, qui lui confère sa forme, sa résistance et qui
entoure une autre enveloppe beaucoup plus fine et plus fragile, la membrane cytoplasmique. Le
cytoplasme sous-jacent est homogène, contient les ribosomes, et des substrats de réserve (corps gras,
glycogène, phosphate, soufre, etc.) sous forme de granules, mais surtout l’appareil nucléaire ou
chromosome bactérien, qui est caractérisé par son aspect fibrillaire, finement réticulé. Ces structures sont
essentielles à la cellule et sont toujours présentes, d’autres structures secondaires, inconstantes, peuvent être
présentes : la capsule, une enveloppe externe présente lorsque les conditions de sa synthèse sont réunies, les
flagelles, responsables de la mobilité bactérienne, les pili et les fimbriae, appendices plus fins que les
flagelles, les plasmides, petit ADN cyclique non-chromosomique et les spores, forme de résistance aux
conditions physico-chimiques extrêmes retrouvées chez certaines espèces uniquement.
2.1. Paroi cellulaire
Enveloppe caractéristique de la cellule bactérienne, la paroi est un exosquelette relativement rigide,
de nature polymérique. Un polymère de base, spécifique des bactéries, est présent dans toutes les parois
bactériennes, appelé peptidoglycane.
Toutefois, la structure et la composition chimique de la paroi ne sont pas les mêmes pour toutes les bactéries.
Sur la base de cette différence, les espèces bactériennes se partagent en deux groupes majeurs, les bactéries
Gram positif et les bactéries Gram négatif. La coloration de Gram révèle de manière simple ces
différences.
En microscopie électronique, on observe une différence notable dans la structure des parois des bactéries
Gram positif et Gram négatif. La paroi des Gram positif est en général plus épaisse (de 20 à 80 nm) et
d’aspect plus homogène, alors que celle des Gram négatif est plus hétérogène et plus fine (de 6 à 15 nm).
2.1.1. Fonctions
Quelque soit sa structure et sa nature chimique, la paroi joue un rôle important dans :
- La forme de la cellule ;
- La résistance à la forte pression interne (entre 2 et 20 atmosphères) de la cellule (le cytoplasme
est un milieu hypertonique) ;
- Certaines couches de la paroi sont des déterminants antigéniques majeurs.
2.1.2. Peptidoglycane
La forme cellulaire et la rigidité de la paroi sont principalement dues au peptidoglycane (appelé
également mucopeptide, muréine ou mucocomplexe), qui est présent seul ou associé à d’autres substances.
Ce polymère est formé d’un maillage (tissu, croisement) de 3 éléments différents :
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 Une épine dorsale faite d'une alternance de molécules glucosidiques : le N-acétylglucosamine (NAG)
et l'acide N-acétylmuramique (NAM) (c’est la chaîne glycane) ;
 Un ensemble de chaînes latérales peptidiques identiques, composées de 4 acides aminés et attachées
à l'acide N-acétylmuramique ;
 Un ensemble de « ponts interpeptidiques » identiques.
Les chaînes glycanes sont les mêmes pour toutes les espèces bactériennes tandis que les chaînes latérales de
tétrapeptides et les ponts interpeptidiques varient d'une espèce à l'autre.
2.1.2. Parois des bactéries Gram positif
Chez la plupart des bactéries à Gram positif, la paroi cellulaire est composée de multiples couches de
peptidoglycane (peuvent dépasser 25 couches ou feuillets), qui forment une structure homogène, épaisse et
rigide.
En plus du peptidoglycane, la paroi cellulaire des bactéries Gram positif contient des acides teichoïques, qui
sont formés principalement d’un alcool (glycérol, ribitol) et de phosphate. Il y a deux classes d’acides
teichoïques : l’acide lipoteichoïque, qui traverse les couches de peptidoglycane et se lie aux lipides de la
membrane plasmique, et l’acide teichoïque, qui se fixe aux couches externes et internes du peptidoglycane
uniquement. Il est possible que les acides teichoïques jouent un rôle dans la régulation du flux cellulaire
(entrée/sortie), de protection contre la lyse de la paroi, en plus de leurs propriétés antigéniques.
2.1.3. Parois des bactéries Gram négatif
La paroi des bactéries Gram négatif contient une mince couche de peptidoglycane uniquement, à
l’extérieur de laquelle se trouve une double couche phospholipidique appelée membrane externe, cette
membrane contient des lipoprotéines assurant sa liaison avec le peptidoglycane et conférant une certaine
solidité à l’ensemble.
La membrane externe contient également des lipopolysaccharides (LPS) remplaçant à certains endroits les
molécules phospholipidiques. La partie glucidique est composée de sucres, appelés polysaccharides O, qui
jouent le rôle d’antigènes. Tandis que la partie lipidique, est appelée lipide A ou endotoxine. Au moment de
la mort cellulaire, cette endotoxine est libérée et devient toxique lorsqu’elle se retrouve dans la circulation
sanguine des animaux.
Enfin, des protéines membranaires sont groupées pour former des pores au niveau de la membrane externe.
On leur donne le nom de porines. Elles permettent le passage de petites molécules (nucléotides,
disaccharides, peptides, acides aminés, vitamine B12, fer, etc.).
L’espace situé entre la face interne de la membrane externe et la membrane cytoplasmique est appelé espace
périplasmique et contient le périplasme. L’espace périplasmique contient une concentration élevée
d’enzymes de dégradation et de transporteurs protéiques et abrite la couche de peptidoglycane.
2.2. Membrane cytoplasmique
La membrane plasmique ou cytoplasmique, ou membrane interne est une structure mince (8 nm
d’épaisseur environ), à la fois souple et résistante, qui s’étend sous la paroi cellulaire et qui entoure et retient
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le cytoplasme de la cellule. Cette structure vitale constitue une barrière séparant l’intérieur de la cellule
(cytoplasme) de son environnement.
2.2.1. Structure
Chez les bactéries, la membrane cytoplasmique est composée principalement de phospholipides
disposés sous forme d’une double couche, traversée par des protéines membranaires. Les membranes
cytoplasmiques bactériennes sont moins rigides que celles des eucaryotes puisqu’elles sont dépourvues de
stérols.
La structure biomoléculaire de la membrane cytoplasmique n’est pas statique ; elle est conforme au modèle
dit de mosaïque fluide où les molécules peuvent se déplacer en échangeant leurs positions à très haute
fréquence.
 Phospholipides
Les molécules de phospholipides forment deux rangées parallèles ou double feuillet. Chaque
molécule de phospholipide comprend une tête polaire, composée d’un groupement phosphate et de glycérol
(sous forme de phosphate de glycérol), qui est hydrophile, et une queue non polaire composée de chaines
d’acides gras qui sont hydrophobes. Les têtes polaires occupent les deux surfaces exposées de la bicouche de
phospholipides et les queues non polaires sont tournées vers l’intérieur de la bicouche.
 Protéines membranaires
Les molécules de protéines peuvent être disposées de plusieurs façons dans la membrane. Certaines,
appelées protéines périphériques, sont situées à la surface interne ou à la surface externe de la membrane,
et sont souvent des enzymes ou des molécules de structure. D’autres protéines, appelées protéines
intrinsèques (transmembranaires), s’enfoncent dans la bicouche phospholipidique en la traversant
complètement, elles jouent souvent un rôle dans le transport membranaire.
2.2.2. Fonctions
i. Barrière à perméabilité hautement sélective, permettant à la bactérie de concentrer certains
métabolites spécifiques et d’excréter ses déchets métaboliques.
ii. Transfert de substances, la membrane cytoplasmique est perméable à l’eau et à de nombreuses
molécules, elle sélectionne le passage de certaines petites molécules organiques et minérales, et empêche
celui des composés macromoléculaires :
 Osmose
L’eau diffuse par phénomène d’osmose à travers la membrane cytoplasmique.
 Diffusion simple
Pour les petites molécules hydrophobes (N2, O2, etc.) ou polaires non chargées (urée, CO2, etc.), le
flux moléculaire s’oriente selon le gradient de concentration du soluté. Il s’agit donc d’une diffusion simple
passive.
Pour les molécules de tailles moléculaires plus importantes et hydrophiles, la diffusion dans le sens
du gradient de concentration peut se faire de deux manières :
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- Diffusion facilitée par protéine porteuse (transporteur), implique un changement de
conformation de la protéine lors du transport ;
- Diffusion facilitée par canal protéique, n’implique pas de changement de structure (vitesses
de transfert plus importantes).
 Transport actif
Les bactéries admettent et concentrent sélectivement certaines substances et en rejettent d’autres.
Ceci leur permet d’assurer d’une part, l’équilibre chimioosmotique de part et d’autre de la membrane, et,
d’autre part, la pénétration de substances contre un gradient de concentration. Dans tous les cas, les
mécanismes de transfert nécessitent un apport énergétique et sont groupés sous le terme transport actif,
plusieurs systèmes existent chez les bactéries pour ce type de transport : i. le transport actif primaire ou
uniport ; ii. le transport par translocation de groupe (par phosphorylation du phosphoénolpyruvate (PEP)) et
iii. le transport actif secondaire (cotransport : symport et antiport).
iii. Exportation de protéines synthétisées dans le cytoplasme. Ces protéines peuvent avoir deux
destinées ; soit être excrétées par la bactérie (toxines, exoenzymes, etc.), soit être destinées aux membranes
et à la paroi (protéines intrinsèques, etc.) ;
iv. Support d'enzymes et de transporteurs de molécules impliqués dans la biosynthèse ;
v. Fonction respiratoire par transport d'électrons et phosphorylation oxydative chez les espèces
bactériennes aérobies ;
vi. Photosynthèse. Chez les bactéries photosynthétiques, les pigments et les enzymes qui participent au
processus de la photosynthèse se trouvent dans des invaginations de la membrane plasmique qui s’enfoncent
dans le cytoplasme. Ces structures membraneuses portent le nom de chromatophores, ou thylakoïdes.
2.3. Cytoplasme
Le cytoplasme des bactéries est dépourvu de certaines caractéristiques observées dans le cytoplasme
des cellules eucaryotes, comme le cytosquelette, le réticulum endoplasmique et les mitochondries. C’est un
gel colloïdal contenant l'ensemble des constituants cytoplasmiques, il est composé essentiellement d'eau (80
%) et de substances organiques et minérales. Les principaux éléments constitutifs du cytoplasme sont :
 La région nucléaire
La région nucléaire ou nucléoïde, du cytoplasme contient un long filament, continu, de forme
circulaire, composé d’ADN bicaténaire et appelé chromosome bactérien. C’est le support de l’information
génétique. L’absence de membrane nucléaire rend le chromosome bactérien très accessible et facilite la
synthèse des protéines.
Remarque
Beaucoup de bactéries contiennent d'autres fragments d'ADN appelés plasmides. Ce sont de petites unités
circulaires extrachromosomiques qui ne sont pas essentielles à la croissance et au métabolisme bactérien,
mais elles confèrent souvent des traits ou caractères de résistance contre les antibiotiques et de production de
certaines toxines et enzymes.
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Les phénomènes bactériens de réplication et de transcription de l’ADN, ainsi que la traduction de l’ARN
messager en séquences protéiques sont assez similaires à ce qu’on rencontre chez les eucaryotes. Toutefois,
des spécificités liées à l’organisation et à la structure des gènes procaryotes ainsi qu’à la nature des enzymes
impliquées dans ces phénomènes sont à noter.
 Ribosomes
Les ribosomes sont des petites structures sphériques qui occupent une grande partie du cytoplasme,
souvent sous forme de chaînes (polysomes). Un ribosome est constitué exclusivement d’ARN (60%) et de
protéines (40%).
Les ribosomes sont le siège de la biosynthèse des protéines. C’est à leur niveau que les acides aminés
s’unissent les uns aux autres par liaison peptidique pour former une chaine polypeptidique.
 Granulations (granules, inclusions)
La bactérie peut accumuler de grandes quantités de substances organiques ou minérales en tant que
réserves d’énergie qui forment souvent des granulations ou inclusions, entourées d’une membrane
monocouche spéciale. D’une façon générale, chaque espèce ou chaque groupe bactérien synthétise une seule
catégorie de substance de réserve.
Ces granulations ou inclusions peuvent renfermer des polymères organiques riches en énergie (ex :
glycogène, acide poly-β-hydroxybutyrate), d’autres inclusions peuvent contenir des cristaux de composés
inorganiques (ex : polyphosphates, soufre, oxyde de fer ou magnétite Fe3O4), et chez certaines espèces on
retrouve des vésicules de gaz de même nature que le gaz du milieu extérieur (bactéries planctoniques).
2.4. Capsule
La capsule est un enduit (une muqueuse) excrété(e) par certaines bactéries et qui entoure leurs
parois. Elle est habituellement de nature polysaccharidique (polyholosides), mais dans certains cas elle est
de nature polypeptidique (polypeptide de l'acide D-glutamique chez Bacillus anthracis). Sa formation est
largement influencée par les constituants du milieu. Par exemple, en l’absence des glucides, la bactérie ne
forme pas de capsule, mais une fois transférée sur un milieu plus riche en glucides, elle commence à
synthétiser une capsule.
 Fonctions
- Rôle de protection contre la phagocytose, et les bactériophages ;
- Rôle de protection contre le pouvoir létal des agents physiques et chimiques (réduit l’effet de la
dessiccation par exemple) ;
- Rôle antigénique ;
- Rôle dans l’attachement des bactéries aux surfaces solides ou aux autres cellules.
2.5. Flagelles
Les bactéries sont mobiles grâce à des organes locomoteurs spécialisés : les flagelles. Ce sont des
appendices filamenteux, composés entièrement de protéines. Les flagelles sont des organites longs, mobiles
par rotation.
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 Mode d’insertion des flagelles
Les flagelles sont des appendices plus ou moins longs et fins, libres à l’une de leurs extrémités et
attachés à la cellule bactérienne par l’autre extrémité. La disposition des flagelles varie selon les bactéries, et
influence le mode et la vitesse de mouvement.
Il y a quatre types d’arrangements (modes d’insertion) des flagelles bactériens : monotriche (un seul flagelle
polaire), amphitriche (un ou plusieurs flagelles aux deux extrémités de la cellule), lophotriche (deux ou
plusieurs flagelles à une extrémité de la cellule) (du grec lophos signifiant touffe, et trichos signifiant
cheveux) et péritriche (des flagelles répartis sur toute la surface de la cellule) (peri signifie autour).
Les bactéries à flagelles polaires ou amphitriches se déplacent de façon rapide, en ligne droite ou en zigzag,
tandis que les bactéries à flagelles péritriches se déplacent lentement en tournoyant.
 Structure des flagelles
Le flagelle est une structure hélicoïdale qui fonctionne par rotation. Il est constitué de trois parties
principales : le filament, le crochet et le corps basal. Le filament est la partie visible du flagelle qui s’étend à
partir de la surface de la bactérie. C’est un long segment de diamètre constant, en forme de cylindre creux et
composé de flagelline (protéine globulaire). Le filament est fixé à un crochet un peu plus large, constitué
d’une protéine différente. La troisième partie du flagelle est le corpuscule basal, qui fixe la structure dans la
paroi cellulaire et la membrane plasmique et est responsable du mouvement du filament, grâce à sa structure
protéique plus complexe (rotor+stator).
 Fonctions
- Mobilité dans les milieux aqueux ou gélosés ;
- Chimiotactisme. Les bactéries mobiles sont douées de chimiotactisme (chimiotaxie ou mobilité
cellulaire par stimuli chimiques). Certaines substances (sucres, acides aminés, O2) les
attirent (chimiotactisme positif) ; d’autres (phénols, acides, bases) les repoussent (chimiotactisme négatif). A
noter que le stimulus peut être la lumière et non un élément chimique, dans ce cas on parle de
phototactisme.
- Propriétés antigéniques.
2.6. Pili et fimbriae
De nombreuses bactéries à Gram négatif (et rarement des bactéries à Gram positif) possèdent des
appendices minces, plus courts et plus droits que les flagelles et qui servent à fixer la bactérie. Ces structures,
constituées d’une protéine appelée piline assemblée en hélice, parfois autour d’un noyau central constitué
d’un polypeptide mineur appelé adhésine, sont de deux types, les fimbriae (frange) (pili communs) et les pili
(poils) (pili sexuels).
Le nombre de fimbriae peut varier de quelques-uns à plusieurs centaines par cellules, répartis de manière
uniforme. Les fimbriae permettent aux bactéries d’adhérer aux surfaces pour former des biofilms, ou à
d’autres cellules, notamment animales. Les pili (pilus au singulier), sont généralement beaucoup plus longs
que les fimbriae et leur nombre ne dépasse pas un ou deux par cellule. Les pili relient les bactéries lors du
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phénomène de transfert d’ADN d’une cellule à l’autre appelé conjugaison. En dehors de leurs rôles
d’adhésion, les fimbriae et les pili peuvent être des constituants antigéniques majeurs chez les bactéries
pathogènes. A noter que les pili de type IV, peuvent intervenir dans le mouvement cellulaire.
2.7. Endospore (spore bactérienne)
Certains genres bactériens Gram positif, (Bacillus, Clostridium) peuvent se transformer en petites
unités ovales ou sphériques, qui ne se divisent pas, sont métaboliquement statiques, et sont extrêmement
résistantes lorsque le milieu s’épuise en éléments nutritifs ou lorsque les conditions physicochimiques
extérieures changent (augmentation de la température, dessiccation, absence d’eau, présence d’agents
chimiques toxiques, baisse ou augmentation du pH, rayonnements, etc.). Ce phénomène est appelé
sporulation (sporogénèse) et les structures engendrées sont appelées spores ou endospores.
Si elles sont placées dans des conditions environnementales favorables, ces endospores germent et redonnent
des cellules bactériennes complètes et actives, identiques à celles qui ont au départ donné naissance aux
endospores. C’est la germination et les cellules formées sont dites végétatives.
 Morphologie et structure
La structure d’une endospore observée en microscopie électronique diffère nettement de celle d’une
cellule végétative et présente deux grandes parties : i. une région cytoplasmique (centrale) contenant
essentiellement le matériel nucléaire en plus des ribosomes, les substances de réserve ainsi que des
enzymes1, et ii. les enveloppes constituées autour de la membrane sporale.
La disposition de ces enveloppes de l’intérieur vers l’extérieur est comme suit :
- La paroi sporale, entoure la membrane cytoplasmique et contient le peptidoglycane normal qui
donnera après germination, la paroi de la cellule végétative ;
- Le cortex, couche épaisse d’aspect monomorphe (10 à 20 % de l’ensemble); il est formé d’un
peptidoglycane de structure différente et une forte concentration de dipicolinate de calcium (favorise la
déshydratation de la spore, empêche la dénaturation de l’ADN par la chaleur et la dessiccation cellulaire);
- Les tuniques (interne et externe), de nature protéique, elles représentent de 20 à 25 % de
l’ensemble ; leur imperméabilité est responsable de la résistance aux agents chimiques ;
- L’exosporium, la couche la plus externe, qui est une membrane lipoprotéinique contenant 20 % de
sucres (n’est pas essentiel à la survie de la spore).
 Sporulation
Sous l’effet du stress environnemental, la multiplication des cellules s’arrête (phase stationnaire) et
la sporulation bactérienne démarre2. La durée moyenne de la sporulation est de 7 à 8 heures. On peut la
résumer en 7 stades cytologiques :

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. La partie centrale (son pH est plus acide d’une unité que celui de la cellule végétative) contient, de plus, de fortes
concentrations de petites protéines acido-solubles (SASP), elles ont un rôle de protection de l’ADN contre la
dessiccation et l’action des UV et sont une source d’énergie lors de la germination).
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Chaque cellule végétative donnera une seule endospore.
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- Stades 1 à 3. La sporulation commence par la réplication de l’ADN chromosomique, puis la
condensation d’une des copies de ce dernier au niveau d’une extrémité de la cellule, suivie par une division
cellulaire asymétrique avec formation d’une double structure membranaire (septum transversal) qui partage
la cellule en deux parties inégales ; l’une donnera naissance à la préspore et va contenir le chromosome
bactérien ; l’autre, correspondant à la cellule végétative qui porte la spore embryonnaire, est appelée
sporange.
- Stade 4 à 6. Dans le sporange, la préspore va « mûrir » en s’entourant progressivement de ces
différentes enveloppes.
- Stade 7. Quand l’endospore est mûre, la paroi de la cellule végétative se rompt (lyse). La cellule
végétative meurt et libère l’endospore.
Le diamètre de l’endospore peut être égal à celui de la cellule végétative. Il peut aussi être plus petit ou plus
grand, dans le cas d’une spore non déformante et d’une spore déformante, respectivement. Selon l’espèce,
la position de l’endospore dans la cellule végétative peut être terminale (formée à une extrémité),
subterminale (formée près d’une extrémité) ou centrale.
 Germination
Les endospores sont thermorésistantes, peuvent résister à de nombreux agents chimiques
(antiseptiques, antibiotiques) et physiques (rayons UV, pressions élevées), leur durée de survie peut être très
importante.
La germination de l’endospore pour donner une cellule métaboliquement active, comprend trois
stades :
- Activation. La germination est activée par un agent qui détruit les tuniques sporales. Cet agent peut
être mécanique (choc mécanique), physique (chaleur) ou chimique (acidité), cette activation doit souvent être
accompagnée par la présence de nutriments dans le milieu ;
- Initiation. De nombreux constituants de la spore sont dégradés par des enzymes hydrolytiques.
Après l’élimination du cortex, la spore s’imbibe d’eau, gonfle et devient plus perméable ;
- Excroissance. La cellule reprend sa biosynthèse et double son volume initial en se libérant de la
tunique sporale, et la paroi sporale devient la paroi cellulaire.
3. Nutrition
La nutrition est un processus par lequel les substances chimiques appelées nutriments sont acquis de
l'environnement et employés dans des activités cellulaires comme le métabolisme (catabolisme+anabolisme)
et la multiplication cellulaire (croissance). Les bactéries, comme tout autre organisme, ont besoin de sources
de ces éléments. Les différences entre les organismes vivants concernent la principale source d'un élément en
particulier, sa forme chimique assimilée, et les besoins quantitatifs en cet élément.
La nutrition doit être satisfaite par deux types de substances (nutriments), qu’une bactérie doit trouver dans
son environnement (naturel ou synthétique) : i. les substances élémentaires, c'est-à-dire les matériaux
constitutifs de la cellule (carbonés, azotés, minéraux et eau), qui sont utilisés en grandes quantités ; ce sont
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les macronutriments, ou en quantités moindres ou à l’état de traces ; ce sont les micronutriments
(oligoéléments) et ii. les substances énergétiques permettant à la cellule de réaliser la synthèse de ses
propres constituants.
3.1. Besoins nutritifs
3.1.1. Macronutriments
 Carbone
Le carbone, est un élément indispensable à toutes les cellules. La source de carbone chez la plupart
des bactéries est d’origine organique : acides aminés, acides gras, acides organiques, sucres, composés
aromatiques, etc., ils sont assimilés par les bactéries pour synthétiser leurs composants cellulaires. Toutefois,
quelques bactéries sont capables de construire toutes leurs structures cellulaires à partir de dioxyde de
carbone (CO2). L’énergie nécessaire à ce processus provient de la lumière ou de composés inorganiques.
 Azote
L’azote est un élément présent dans les protéines, les acides nucléiques et plusieurs autres
constituants cellulaires. L’azote assimilable par les bactéries est sous forme inorganique : ammoniac (NH3),
nitrate (NO3-), organique : les groupements amines des composés organiques de type R-NH2 ou élémentaire :
certaines bactéries utilisent l’azote atmosphérique (N2) comme unique source d’azote.
 Phosphore et soufre
Le phosphore fait partie des phospholipides, les acides nucléiques, de nombreuses coenzymes et de
l’ATP. Il est incorporé dans la cellule sous forme de phosphate inorganique. Le soufre est présent dans
certains acides aminés (cystéine, méthionine) et donc dans les protéines sous forme de groupements thiols
(HS-), dans certaines vitamines (biotine, thiamine) et coenzymes. Le soufre cellulaire provient
essentiellement de sources inorganiques (sulfate SO42-, hydrosulfure HS-).
3.1.2. Micronutriments
Bien que nécessaires en très faible quantité, les micronutriments sont néanmoins indispensables au
bon fonctionnement cellulaire et au maintien de l’équilibre physicochimique du cytoplasme. Ils jouent
généralement un rôle dans la catalyse en tant que composants de diverses enzymes. Souvent des métaux, ce
sont notamment le sodium, le potassium, le magnésium, le chlore, le fer, le calcium, le manganèse, le cuivre,
etc. Ils peuvent faire partie d’une enzyme ou d’une coenzyme (fer des cytochromes respiratoires, magnésium
de la chlorophylle) et ont donc un rôle important dans la biocatalyse.
3.1.3. Besoins spécifiques : les facteurs de croissance
En plus des éléments de base (micro et macronutriments) cités précédemment, certaines bactéries
exigent pour leur développement la présence de substances organiques qu’elles sont incapables de
synthétiser appelées facteurs de croissance. En fonction de ces besoins, les bactéries sont classées en deux
catégories : les prototrophes qui ne nécessitent pas de facteurs de croissance, et les auxotrophes qui les
exigent.
11


Les facteurs de croissance englobent trois catégories de substances : les acides aminés, les bases puriques et
pyrimidiques (bases azotées entrant dans la structure des acides nucléiques) et les vitamines. Ces facteurs de
croissance agissent à des concentrations infiniment petites et ont une action très spécifique.
3.2. Diversité métabolique des bactéries
Les bactéries se distinguent par leur grande diversité métabolique, cela veut dire qu’elles sont
capables d’utiliser une large gamme de réactions biochimiques dans le but de construire ces structures
cellules et stocker de l’énergie. Les bactéries sont groupées sur le plan métabolique en types trophiques3,
selon leur type nutritionnel, leur source d’énergie et leur source de carbone.
 Selon la source d'énergie
Selon le type d’énergie utilisé, les bactéries sont classées en deux catégories :
- Les phototrophes (ou photosynthétiques), qui puisent leur énergie dans le rayonnement lumineux ;
- Les chimiotrophes (ou chimiosynthétiques), qui utilisent l’énergie de l’oxydation de produits
chimiques organiques ou minéraux.
 Selon la source de carbone
Selon la source de carbone, les bactéries sont classées en deux catégories :
- Les autotrophes (lithotrophes), qui utilisent le dioxyde de carbone (CO2) comme seule source de
carbone et utilisent des substrats minéraux comme donneurs d’électrons (pour la réduction de la source de
carbone en composés organiques) ;
- Les hétérotrophes (organotrophes), qui utilisent des substrats organiques carbonés.
Si les sources d’énergie et de carbone, 4 classes nutritionnelles différentes sont obtenues :
i. Les photoautotrophes (ou photolithotrophes), utilisent la lumière comme source d’énergie et le
dioxyde de carbone comme principale source de carbone, leur source d’électrons est minérale. Exemple : les
bactéries photosynthétiques (bactéries vertes et pourpres sulfureuses ou sulfutoréductrices), utilisent le
soufre, les composés sulfurés ou le H2 pour réduire le CO2 et former des composés organiques ;
ii. Les photohétérotrophes (ou photoorganotrophes), utilisent la lumière comme source d’énergie,
mais sont incapables de convertir le CO2 en sucre ; à la place, ils emploient des composés organiques
(alcools, acides gras, acides carboxyliques, etc.) et des glucides comme source de carbone et d’électrons.
Exemple : bactéries vertes et pourpres non-sulfureuses ;
iii. Les chimitoautotrophes (ou chimiolithotrophes), se servent du CO2 comme principale source de
carbone. Ils utilisent les électrons provenant des composés inorganiques réduits (sulfure d’hydrogène H2S
pour Thiobacillus thiooxidans, l’ion nitrite NO2- pour Nitrobacter ou l’ion ferreux Fe2+ pour Thiobacillus
ferrooxidans, etc.) comme source d’énergie.
iv. Les chimiohétérotrophes (ou chimioorganotrophes), utilisent spécifiquement comme source
d’énergie les électrons provenant des atomes d’hydrogène qui font partie des composés organiques. Presque

3
Du terme grec trophus : nourriture.
12


toutes les bactéries d’importance en agroalimentaire, y compris les bactéries pathogènes, sont des
chimiohétérotrophes.
4. Croissance
La croissance peut être définie comme un accroissement ordonné de tous les composants d’un
organisme. La croissance bactérienne aboutit, non pas à une augmentation de la taille comme chez les
organismes pluricellulaires, mais à une augmentation du nombre de cellules.
La plupart des bactéries se reproduisent par fission binaire (scissiparité) : une cellule mère se divise pour
donner deux cellules filles identiques. Seuls quelques groupes bactériens restreints se reproduisent
différemment par bourgeonnement (bactéries bourgeonnantes), par fragmentation (bactéries
filamenteuses) ou par sporulation (actinomycètes).
4.1. Impact des facteurs physiques de l’environnement sur la nutrition et la croissance bactérienne
L’activité des bactéries et donc leur croissance varient selon des facteurs physiques (T°, pH, pression
osmotique, radiation, etc.) et chimiques (disponibilité des nutriments surtout) de l’environnement. Ils
peuvent l’empêcher, l’inhiber ou la favoriser.
4.1.1. Température
La température influence grandement la division et le métabolisme cellulaire. Chaque bactérie
possède une température minimale au-dessous de laquelle il n’y a pas de croissance, une température
optimale où la croissance est la plus rapide, et une température maximale4 au-dessus de laquelle la
croissance n’est pas possible, ces trois températures sont appelées températures cardinales, et sont
caractéristiques de chaque bactérie. Selon la température optimale de croissance, on distingue généralement
trois catégories de bactéries5 :
 Psychrophiles : regroupent les bactéries qui peuvent se développer à 0°C, on distingue :
- Les psychrophiles strictes : peuvent se développer à des températures entre -10°C et 20°C,
mais leur température optimale de croissance se situe dans l’intervalle 10 à 15 °C.
- Les psychrotrophes : peuvent se développer à des températures variant de 0 à 35°C et leur
température optimale de croissance est comprise entre 20 et 30 °C.
 Mésophiles : peuvent se développer à des températures variant de 10 à 45°C, elles regroupent la
majorité des bactéries notamment les pathogènes. Elles se sont adaptées à la vie dans le corps animal et ont
de ce fait des températures optimales proches de celles de leur hôte.
 Thermophiles : sont des bactéries capables de se développer à des températures élevées et sont
incapables de se développer à des températures inférieures à 45°C.
4.1.2. pH
L’action du pH se situe à trois niveaux : le milieu, la perméabilité membranaire et l’activité
métabolique. En effet, la disponibilité de certains nutriments (ions métalliques notamment) peut être

4
En général, la température optimale est plus proche de la température maximale que de la minimale.
5
Cette classification n’a pas de limites strictes. Il peut exister des chevauchements entre les groupes.

13


modifiée par l’équilibre ionique, la synthèse d’ATP dépend étroitement des pompes ioniques (H+) et
l’activité enzymatique est très sensible aux variations de pH.
Les bactéries se multiplient en grande majorité dans un pH neutre (6,5-7,5) (neutrophiles). Ces limites
peuvent être plus larges. D’autres bactéries ont des préférences pour des pH basiques (alcaliphiles ou
basophiles) ou acides (acidophiles).
4.1.3. Oxygène
C’est surtout vis-à-vis de l’oxygène que les exigences gazeuses des bactéries sont précises : certaines
bactéries ont absolument besoin d'oxygène; ce sont des aérobies strictes. D'autres ne peuvent se développer
qu'en absence d'oxygène, ce sont des anaérobies strictes. D'autres sont aérobies facultatives (ou aéro-
anaérobies), elles peuvent se multiplier en absence ou en présence d'oxygène. Enfin, d’autres bactéries dites
microaérophiles, ne se reproduisent qu’en présence d’une faible concentration d’oxygène.
4.1.4. Humidité (activité d’eau AW)
L’eau est utilisée de deux manières par les bactéries : comme solvant des nutriments, permettant
ainsi leur transport et leur disponibilité, et comme agent chimique des réactions d’hydrolyse.
La quantité d’eau disponible peut être mesurée. On utilise l’activité d’eau (Aw) comme paramètre quantitatif
de l’eau disponible6. Les bactéries exigent un certain seuil d’humidité, en présence d’une Aw faible, elles
réagissent en ralentissant leur croissance. Dans le cas général, les bactéries nécessitent une Aw supérieure ou
égale à 0,95.
4.1.5. Pression
 Pression osmotique
La concentration en molécules de solutés du milieu environnant la bactérie est un facteur de croissance
essentiel. Le cytoplasme bactérien est très riche en molécules de toutes sortes et par conséquent la pression
osmotique y est généralement plus élevée que dans les milieux où vivent les bactéries. L’intervalle de salinité
compris entre 0 et 3 % est celui dans lequel la grande majorité des bactéries peuvent croitre.
D’autres facteurs physiques, comme la pression mécanique et les rayonnements peuvent influencer la
croissance et le développement bactériens.
4.2. Cinétique de la croissance bactérienne
4.2.1. Paramètres de la cinétique bactérienne
Afin de quantifier la croissance bactérienne, on détermine le nombre de cellules (ou en biomasse
notée X), ou éventuellement l’évolution de leurs métabolites (substrats, produits, constituants cellulaires). Le
suivi de la variation de la quantité de biomasse en fonction du temps (t) permet de tracer une courbe X = f (t),
appelée courbe de croissance.

6
Aw est définie comme étant le rapport de la pression de vapeur saturante du milieu à la pression saturante de l’eau pure
à la même température (Aw=P/P0). Ce rapport est inférieur ou égal à 1.
14


 Croissance exponentielle
Si une quantité de biomasse de départ X0 est mise en culture à un moment t0 dans des conditions
physicochimiques stables où les nutriments sont régénérés et les déchets éliminés constamment, le nombre
de cellules initiales va augmenter en suivant une progression géométrique selon l’équation :
X X 2 ………………………..…..(1)
Avec Xn : le nombre de cellules après n divisions et n : le nombre de générations (divisions)
L’expression logarithmique de cette équation est souvent utilisée pour tracer la courbe de croissance :
log X log X n log 2……..…..…. (2)
Donc le nombre de divisions n log X log X ⁄log 2……………(3)
Ce type de croissance est appelé croissance exponentielle. Et à partir de cette équation, on peut définir les
paramètres suivants :
Le temps de génération noté G7: G ⁄n……………………….(4)
C’est le temps nécessaire à une bactérie pour réaliser une division, et donc à la survenue d’une génération.
Ce temps est variable selon les espèces et les facteurs physico-chimiques de l’environnement.
La vitesse spécifique de croissance, notée µ :
μ log X ⁄X / ………………………(5)
C’est la vitesse de croissance rapportée à l’unité de biomasse et de volume (g. L-1.h-1 ou nombre de cellules.
h-1). µX est un facteur dépendant de l’espèce bactérienne et des conditions de culture.
4.2.2. Courbe de croissance bactérienne en milieu non renouvelé
La croissance des bactéries est limitée. Après une certaine durée de culture, variable selon les
espèces, elle s’arrête. Ceci est dû au fait qu’on travaille avec un volume limité de milieu de culture8 avec
des quantités précises et limitées de nutriments. Le milieu finit par s’épuiser. C’est ce que l’on appelle la
croissance en milieu non-renouvelé.
Sur un milieu de culture non-renouvelé, la concentration en cellules en fonction du temps suit une
courbe de croissance typique, qui comprend plusieurs évènements réunis généralement en quatre phases :
une phase de latence, une phase exponentielle, une phase stationnaire et une phase de déclin, schématisées
sur la figure 1.
 Phase de latence : au départ, le nombre de cellules bactériennes varie très peu parce que celles-ci ne
commencent pas à se reproduire immédiatement après leur introduction dans un nouveau milieu9. Cette
période durant laquelle les cellules ne se divisent pas, ou très peu s’appelle phase de latence, et sa durée est
relative. Ce temps de latence correspond à une forte activité métabolique des cellules, qui mettent en place
les enzymes qui interviendront dans les activités cellulaires (biosynthèse, division cellulaire).
 Phase exponentielle : après la phase de latence, les cellules commencent à se diviser ; elles entrent
dans une période de croissance appelée phase exponentielle. C’est la période durant laquelle la reproduction

7
Noté également θ, il est exprimé par unité de temps (h par exemple).
8
Solution de divers nutriments permettant la croissance cellulaire.
9
Dépend de l’espèce cultivée et les conditions de culture.
15


cellulaire est la plus intense, et le temps de génération G est constant et a la plus courte durée et µ est
maximale. C’est pendant cette phase que l’activité métabolique des bactéries est la plus intense.
 Phase stationnaire : la croissance finit par ralentir jusqu’à ce que le nombre de nouvelles bactéries,
et la population se stabilisent. À ce moment, l’activité métabolique des cellules diminue elle aussi. Cette
période d’équilibre s’appelle phase stationnaire.
Cette phase peut être expliquée par l’épuisement des nutriments, l’accumulation de déchets ainsi que des
variations défavorables des conditions du milieu (pH en particulier).
 Phase de déclin : si la culture continue après la phase stationnaire, elle atteint un stade où le nombre
de bactéries qui meurent dépasse le nombre de nouvelles bactéries ; la population entre alors dans la phase de
déclin ou phase de décroissance. Cette phase se poursuit jusqu’à ce que X diminue fortement, ou jusqu’à ce
que toutes les cellules meurent.
Le temps que durent ces quatre phases varie selon les espèces bactériennes. Ainsi, chez certaines espèces,
elles peuvent se dérouler en quelques heures ou quelques jours seulement, tandis que chez d’autres espèces
elles peuvent survenir sur des périodes encore plus longues.
Dans un milieu synthétique, contenant un mélange de deux substrats carbonés, on peut observer une courbe
anormale diphasique comme si deux croissances se succédaient, ce phénomène est appelé diauxie.
Dans une population bactérienne, les cellules ne se divisent pas toutes en même temps et au même rythme.
Ce décalage rend la croissance asynchrone. Une croissance synchrone peut être provoquée
expérimentalement sous certaines conditions.
Figure 1. Courbe de croissance d’une population bactérienne (X) en fonction du temps (t), sur un milieu de
culture non renouvelé.
16

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