Cours Ingénierie Microbienne 2020 2021

FILIERE BIOCHIMIE - MICROBIOLOGIE
UE: Génie Industriel Alimentaire

ECUE 1 et 2: PROCESS DES INDUSTRIES FERMENTAIRES
ET NON FERMENTAIRES
FABRICATION DE PRODUITS DANS LES

INDUSTRIES AGRO-ALIMENTAIRES
AKPA E. Essoh, PhD
Maître de Conférences au Laboratoire de Biotechnologies, Agriculture

et Valorisation des Ressources Biologiques,
UPR Biotechnologie Agroalimentaire / akpae@yahoo.fr
Chapitre 1: PROBLEMATIQUE DES INDUSTRIES
BIOTECHNOLOGIQUES (AGROALIMENTAIRES)
Chapitre 2: INGENIERIE DE L’UTILISATION MICROBIENNE

(GENIE MICROBIOLOGIQUE)
AKPA E. Essoh, Maître de Conférences au Laboratoire de Biotechnologies, Agriculture et

2
Valorisation des Ressources Biologiques
Chapitre 1: PROBLEMATIQUE DES INDUSTRIES
BIOTECHNOLOGIQUES (AGROALIMENTAIRES)
1.1 Objectifs de la production
1.2 Elaborer des produits constants (goûts et de textures) à

partir de matières premières fluctuantes
1.3 Adapter en permanence l’outil industriel aux évolutions

des produits dans leur recette et leur présentation
1.4 Maitriser les risques alimentaires (caractère périssable

de leurs produits) pour garder la confiance des
consommateurs
AKPA E. Essoh, Maître de Conférences au
Laboratoire de Biotechnologies, Agriculture 3
et Valorisation des Ressources Biologiques
Démarche qualité appliquée à la conception et l’exploitation des outils
Seule voie permettant de produire des aliments

conciliant SECURITE et SAVEUR
La qualification des outils de production permet de minimiser les

RISQUES pour l’entreprise tout en protégeant les consommateurs

1.1 Objectifs de la production
Malgré la multitude de secteurs de l’industrie Agroalimentaire (des

biscuits aux produits laitiers, de la viande au chocolat) avec des
réalités très diverses pour l’automatisation, il se dégage des enjeux
assez communs qui sont:
- Accroître la productivité (machine, travailleurs, …)
- Réduire les pertes de matière
- Réduire les risques sanitaires et toxicologiques
- Maintenir la qualité (régularité, …)

- Introduire l’innovation, la flexibilité
- Prendre en compte la notion de sécurité alimentaire (hygiène)
- Mémoriser l’histoire du procédé (traçabilité)
- Tenir compte de la complexité croissante des schémas de fabrication
Résumé de ces enjeux:

Produire mieux, d’avantage, plus sûr, plus varié, plus vite!

Quelles sont les contraintes de ces démarches?
Contraintes en amont:
* Origine des matières premières
* Variabilité biologique
* Utilisation de prémix industriel
* Diversité des intrants, …

Contraintes en aval:
* Consommateur
* Distribution
* Logistique
* Réglementation, …

Contraintes internes:
* Hygiène
* Complexité des procédés
* environnement
* Technicité
* Perte de savoir et de savoir faire
Rq: Niveau des connaissances des mécanismes mis

en jeu dans la transformation souvent insuffisant
Que faut-il pour répondre à ces enjeux?
L’automatisation ou le contrôle de certaines variables (même si

beaucoup de perturbations sont difficiles à prendre en compte dès la
conception et certaines opérations sont naturellement instables)
(opération biotechnologique notamment)
NB: Outres les opérations biologiques, Ne pas négliger les opérations

des industries alimentaires qui utilisent le transfert de chaleur, de
matière ou de quantité de mouvement comme principe de
transformation (Cuisson, Séchage, Evaporation, Techniques
séparatives, …)
1.2 Elaborer des produits constants à partir de
matières premières fluctuantes
Pour concilier les images de saveur et de sécurité que demande le

marché, les industriels doivent fabriquer des produits frais, naturels,
constants, reproductibles et de plus en plus sophistiqués à partir de
matières vivantes et fluctuantes

Rq: L’évolution des marchés rend nécessaire la distribution
d’un nombre sans cesse croissant d’articles dont la durée de
vie commerciale est de plus en plus courte.
La pérennité de l’entreprise passe par une dynamique

d’adaptation permanente de ses ressources.
Ces actions d’adaptation nécessitent d’ouvrir la réflexion à

l’ensemble des dimensions de l’entreprise (Technique, Commerciale,
Sociale et Financière) vu qu’elles s’exercent dans un contexte
concurrentiel, normatif, réglementaire et médiatique difficile
A souligner!
Les Labels et Appellations d’origine constituent des

alternatives efficaces pour limiter l’accès des marchés et
les préserver face à la mondialisation des marchés et à la
suppression des barrières douanières en Europe.

1.3 Adapter en permanence l’outil industriel aux
évolutions des produits
Du fait de la saturation de la demande de masse les Objectifs

capacitifs sont substitués progressivement par des objectifs de
différentiation et d’adaptation qualitative
La productivité seule ne permet plus de combiner marges,

chiffres d’affaires et pérennité de l’entreprise. Elle doit être
complétée par la création de valeur
Clefs d’accès majeures: Innovation et Transversalité

L’innovation produit va de pair avec l’innovation technique et
organisationnelle
La Flexibilité de l’outil de production et les méthodes de

production ultrapropres sont les axes d’innovation les
plus porteurs de valeur ajoutée aujourd’hui
La transversalité est une association de corps de métiers

complémentaires avec partage d’activités communes
Voie permettant d’augmenter la valeur des produits et

services rendus aux consommateurs, de réduire les coûts
de production et de distribution tout en augmentant la
fléxibilité des ressources par le partage
1.4 Maitriser les risques alimentaires pour garder la
confiance des consommateurs
La mondialisation des marchés et la médiatisation de

l’information renforcent l’impact d’une défaillance, qu’elle soit
réelle ou imaginaire
- Risque de perte de crédibilité vis-à-vis des consommateurs
- L’image de l’ensemble du secteur agroalimentaire est mise en

cause
Les entreprises sont ainsi amenées à fabriquer des produits

sûrs et à pouvoir le démontrer auprès des clients, de
l’administration et la justice (cas de problème majeure)
Mise en œuvre des procédures et contrôles pour la traçabilité
permet d’augmenter considérablement la sûreté alimentaire des
produits mis sur le marché.
La traçabilité des produits permet de limiter les conséquences du

risque encouru par la fragilité des denrées alimentaires, de la
complexité des circuits de distribution et de la diversité des micro-
organismes dans le cadre d’une gestion de crise

2.1 Planification des opérations
2.2 Les microorganismes
2.3 Matériel et installations
2.4 Mesures et contrôles associés aux bioprocédés
2.5 Les procédés en aval (Downstream process, DSP)

Le génie industriel ?
 Englobe la conception, l’installation et l’amélioration de systèmes

intégrés des ressources humaines, matérielle, d’équipement et
d’énergie.
Utilise les connaissances provenant de sciences mathématiques,

physiques et sociales, ainsi que les principes et méthodes propres au
génie (l’art de l’ingénieur), dans le but de spécifier, prédire et évaluer
les résultats découlant de ces systèmes.
Vise l’amélioration de la productivité, de l’efficacité et de contrôle des

coûts.
INTRODUCTION
Le génie microbiologique ?
Ensemble des technologies qui permettent d'exploiter

industriellement des microorganismes vivants.
Avec le "génie enzymatique" et le "génie génétique", le "génie

microbiologique" constitue un des éléments du domaine industriel
des biotechnologies



I- PLANIFICATION DES OPERATIONS
Quels sont les objectifs recherchés en industrie

alimentaire lors de l’utilisation d’éléments biologiques?
* Favoriser au maximum la production de cellules ou de métabolites

cellulaires directement utilisables (Bioproduction)
* Modifier un substrat par action biologique (Bioconversion)

Quels sont les objectifs de la bioconversion?
La réalisation de biotransformations d’une matière première pour lui

faire acquérir des caractéristiques organoleptiques particulières,
obtenir un produit fini correspondant à la demande du consommateur
et répondant à un cahier des charges bien défini
 L’élimination de substrat: l’épuration des effluents des industries

alimentaires se fait par voie biologique, en aérobiose ou en
anaérobiose, dans des stations d’épuration permettant la préservation
de l’environnement.
NB: Dans la bioconversion, le micro-organisme doit être adapté au

substrat et à l’objectif de la transformation
I- PLANIFICATION DES OPERATIONS
Quels sont les objectifs de la bioproduction?
 production de biomasse vivante par les fabricants de ferments ou les

entreprises elles-mêmes pour l’ensemencement des matières premières
production de molécules spécifiques par des micro-organismes

particuliers auxquels sont fournis les éléments et les conditions de
milieu nécessaires (production d’acides aminés, d’acides divers,
d’enzymes...).
NB: Dans la bioproduction, c’est la croissance optimale des micro-

organismes qui est prépondérante et c’est alors le substrat qui doit être
adapté à la culture. Laboratoire de Biotechnologies, Agriculture 24
Schéma de planification des opérations au stade industriel
Figure: Phases et étapes d’une production par voie biotechnologique.

Suivant le schéma précédent:
- 2 entrées sont à considérer en premier et en parallèle, en relation

avec les objectifs :
- La définition et la préparation du substrat
- Le choix et la préparation des éléments biologiques utilisés
- Puis l’on réunit le substrat et les éléments biologiques dans un

système de bioréaction où règnent des conditions de milieux
déterminées
Ce qui suppose des choix divers en

fonction des critères de production


II- MICROORGANISMES
Quelles sont les caractéristiques communes des

microorganismes utilisables en industrie?
 Ne pas présenter de risque pour la santé humaine et animale (GRAS)
 Ne pas présenter de risque pour l’environnement
 Avoir un développement rapide
 Etre facilement utilisables et maîtrisables

Critères de choix des microorganismes?
II- MICROORGANISMES
29
Rq:
- Liste non exhaustive mais permet de dégager une «carte d’identité»

du ou des microorganismes à employer.
- Liste à mettre en relation avec celle des ferments disponibles sur le

marché et la réalisation d’associations de souches
Dans le cas de la mise au point d’un nouveau procédé, après avoir

sélectionné les critères recherchés, on peut procéder suivant les trois
étapes du tableau 2.
Tableau 2: Sélection d’un micro-organisme.
Phase Étape Remarques
1 Inventaire Recherche de la souche la plus proche chez les fabricants

Recherche dans les collections de souches nationales et
internationales. La souche retenue doit être isolée, identifiée
et conservée dans des conditions qui empêchent sa mutation
(congélation à − 85 °C ou dans l’azote liquide, lyophilisation)
2 Tests technologiques Ces essais sont obligatoires pour confirmer la bonne adaptation
du micro-organisme à l’objectif. Ils doivent se faire si possible à
partir d’un substrat proche de celui qui sera utilisé
industriellement
3 Essais de production D’abord au stade du laboratoire, puis en production pilote et à

l’échelle industrielle 31
Production et stratégie d’utilisation des ferments
Les ferments peuvent être utilisés en souche pure ou en mélange
Dans le cas du mélange:

Réalisé par le fabricant après la production séparée de chacune
des souches ou par l’industriel au moment de l’ensemencement
NB: La culture de 2 ou plusieurs souches ensemble est peu

souhaitable (comportement et vitesse de croissance souvent
différents)
Figure 3: Production et utilisation des ferments (souche pure)33
Rq:
Il importe de produire ou d’utiliser des cultures dans un état
physiologique optimal avec un temps de latence court et une haute
densité cellulaire
Pour aboutir à ce résultat
Plusieurs méthodes sont envisageables

Quelques rappels d’éléments théoriques
L’évolution du nombre de micro-organismes en fonction du temps

pendant la croissance est représentée par la relation:
[X]
ln ----------- = μt
[X0]
μ = vitesse spécifique de croissance,

[X] = population au temps t,
[X0] = population au temps t0.
La valeur de μ est maximale pendant la phase de croissance

exponentielle : μm.


μm Dans les meilleures conditions de culture,
Rq: La vitesse μ observée en culture peut différer de façon plus ou

moins importante
en particulier en fonction des effets d’inhibition dus aux

éléments du milieu
— inhibition par insuffisance de substrat (constante d’inhibition K);

— inhibition par excès de substrat (constante d’inhibition Kis);
— inhibition par excès de produit (constante d’inhibition Kip).
NB: Les valeurs des constantes = concentrations en substrat et en

produit pour μ égal à la moitié de sa valeur maximale
Modèles mathématiques simples qui expriment l’influence de la
composition du milieu sur la vitesse spécifique de croissance.
Modèle de Monod
38
Descriptions des différents types de cultures
Culture discontinue (Batch)
Culture semi-discontinue
Culture en alimentation programmée (Fed batch)
Culture Continue
Culture continue avec recyclage

40
Culture discontinue (batch)
La plus répandue!!!
Des micro-organismes sont mis en présence du substrat au début de
la culture qu’on laisse ensuite évoluer jusqu’à son terme où l’on
récupère les produits.
Avantage: Mise en œuvre et maitrise faciles avec du matériel

simple.
Inconvéniant: Ne tient pas compte des inhibitions provoquées par le

substrat et le produit
Obligation de répéter plusieurs fois l’opération si on
veut produire une quantité importante (Temps long)
Exemple d’applications: production de ferments lactiques ou de

41
levure de panification, production de bière, fabrication de fromages.
Culture semi-discontinue
Système de culture similaire au précédent mais on ajoute une quantité

de milieu neuf à des moments différents pendant la culture.
Avantage: * On tient compte de l’inhibition des micro-organismes

par le produit (nouvel apport de milieu dilue celui-ci)
en réaugmentant la concentration en substrat.
Inconvéniant: * Risque de contamination un peu plus élevé mais le

matériel reste simple.
* Culture moins facile à mettre en œuvre
(préparation complémentaire de substrat et mise en
place du système d’apport).
* Le temps total de culture important
(vol de cuve limitant de la durée de production).
42
Culture en alimentation programmée (Fed batch)
Si le substrat est inhibiteur du fait de sa trop forte concentration,
débuter la culture avec une concentration faible et apporter le

substrat en continu au cours de l’évolution de la croissance.
Rq: Pour éviter l’apport d’un volume de substrat trop important, le

milieu d’alimentation doit être fortement concentré.
Caractéristiques semblables à la Culture semi-discontinue MAIS

difficulté supplémentaire à cause du réglage du débit d’apport de milieu
neuf (dosage en continu du substrat pas possible en grl).
Travailler en décalé et ajuster le débit a posteriori, ou posséder

un modèle prévisionnel fiable permettant de régler la régulation
de la pompe d’entrée.
Exemple d’application: Production de biomasse de levure malgré

l’inhibition par le glucose (effet Crabtree). 43
Culture continue
Alimentation du réacteur en continu avec un milieu de concentration

en substrat constante.
Le milieu de culture contenant les microorganismes est soutiré

également en continu avec le même débit que l’entrée F.
On calcule pour ce système le taux de dilution: D = F/V, ce qui permet

de s’affranchir de la dimension du matériel et D devient un paramètre
propre à la culture.
Rq: Modification de D Modification de [X] et de [S].

* Si D = 0, on est en culture discontinue.
* Dc = Dilution critique
Rq: Dc ne peut être dépassé au risque de faire disparaître petit à petit

les micro-organismes du milieu.
L’apport de milieu neuf devient trop important pour être utilisé par
les micro-organismes présents qui sont limités par leur vitesse
maximale de croissance μm.

On montre facilement que μ = D et donc que μm = Dc !!!
La variation du nombre de micro-organismes dans la culture est égale

à la production dans le réacteur μ[X] à laquelle il faut soustraire la
quantité qui sort avec le milieu D[X].
Donc : d[X] = μ[X] − D[X]
Or à l’équilibre, il n’y a pas de variation de biomasse puisque le

système est stable; donc :
d[X] = 0 = μ[X] − D[X] et D = μ
46
Avantages:
* Système qui permet (avec des réacteurs de petit volume) de traiter de
grandes quantités de substrat avec une production de Biomasse qui
peut être importante
* Temps total de culture réduit si D pas trop élevé. Préparation de

substrat pendant la culture et/ou phases de nettoyage et de stérilisation
très espacées.
Inconvéniants:
- Risque de contamination élevé car durée de culture longue.
- Risque de variation des souches utilisées car probabilité d’apparition
de mutants accrue avec le nombre de cellules et le long temps de
culture.
47
Pour Information !!!
Les systèmes en continu peuvent comporter plusieurs étages de

réacteurs qui permettent une meilleure utilisation du substrat qui, en
mono étage, n’est pas consommé complètement.
Cependant, les risques évoqués ci-dessus augmentent énormément et

l’organisation matérielle est complexe et difficile à mettre en oeuvre.

Culture continue avec recyclage
Elle consiste à recycler la biomasse dans le réacteur, ce qui permet de

travailler à des valeurs de D supérieures à Dc, l’effet de lessivage de la
biomasse étant compensé par l’apport du recyclage.
Exemple d’applications: épuration biologique en aérobiose et en

anaérobiose des eaux résiduaires.

Descriptions des différents modes d’ensemencement
de milieux de production
Utilisation de pied de cuve
Méthodes par repiquages successifs
Ensemencements directs
Ensemencement en continu

Ensemencement Ensemencements Repiquages
en continu directs successifs
Figure : Différents modes d’ensemencement.

51
Utilisation de pied de cuve
* On garde une petite partie de la production terminée, qui contient

des ferments actifs en concentration importante, à laquelle on ajoute
de nouveau de la matière première.
* Cela permet d’éviter la préparation de nouveaux ferments, mais peut

être à l’origine de contaminations et de la dérive des souches.
Exemple d’utilisation: brasserie, fromagerie traditionnelle.

Méthodes par repiquages successifs
* On procède à plusieurs ensemencements, espacés à chaque fois par

une incubation du ferment à utiliser sur un milieu neuf pour augmenter
son volume et son activité.
* Chaque milieu inoculé est incubé et sert ensuite à inoculer le suivant.
* Les doses d’ensemencement varient entre 1 et 10 % selon les cas.
Lorsque l’on utilise cette méthode, on prépare une culture mère par
ensemencement de l’inoculum de départ dans un premier milieu. Après
incubation, elle pourra être utilisée de deux façons.
● Repiquage par multiplication (figure 3a, étape 1):
La culture mère est repiquée dans un autre milieu qui, après

incubation, servira à l’ensemencement de la cuve à ferments (grand
levain) et à ensemencer une autre culture qui servira elle-même de la
même façon le jour suivant.
● Repiquage par division (figure 3a, étape 2):
La culture mère sert à ensemencer plusieurs milieux dont un seul sera

incubé et servira. Les autres milieux ensemencés sont conservés au
froid et seront sortis et incubés successivement en fonction des
besoins.
A NOTER !!!
* Le repiquage par division est préférable au repiquage par

multiplication car, en évitant les subcultures, il diminue le risque de
contamination.
Cependant, les derniers milieux ensemencés utilisés risquent de

contenir des micro-organismes peu actifs à cause de la longue
durée du temps de conservation.

■ Ensemencement direct
Si l’inoculum de départ est suffisamment concentré, il peut servir

directement à ensemencer la cuve à ferments (figure 3 b) ou même la
cuve de fabrication (figure 3 c),
Cas des préparations de ferments concentrés congelés ou concentrés

lyophilisés..

■ Ensemencement en continu (figure 3 d)
La cuve à ferments sert de réacteur en continu.

Son fonctionnement et ses dimensions doivent être adaptés au volume
de la cuve de fabrication.
Rq: Cette technique s’applique surtout à la production continue

(yaourts en continu, fromagerie en continu...)
Quelle que soit la technique choisie, il est important de conserver

les souches des ferments utilisés, de travailler dans les conditions
aseptiques et d’éviter un trop grand nombre de manipulations.
57
Comment utiliser les souches conservées pour les cultures?
Pour obtenir des cultures dans un état optimal, il est conseillé de

procéder à une revivification avant leur utilisation.
Plusieurs cas sont à considérer :
culture liquide: la placer dans un milieu isotonique pour éviter

les chocs osmotiques, et en présence de faibles concentrations
de nutriments ;
culture lyophilisée: réhydrater progressivement pour éviter

l’éclatement des cellules ;
culture congelée: décongeler lentement pour conserver

l’intégrité cellulaire.
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Tableau : Comparaison des différents types d’ensemencement.
Risques et problèmes Pieds de Culture de Culture de Ensemen- Culture

cuve départ départ cement en
liquide congelée ou direct continue
lyophilisée
Concentration en 106 à 109 108 à 1010 1010 à 1011
cellules
Contamination ++ + + - (++)
bactérienne
Contamination ++ +- + +- (++)
phagique
Mutation des +- +- +- - +-
souches
Disponibilité +- +- +- ++ +-
Encombrement - + + - ++
Régularité des +- + + ++ +-
performances
++ : très important, risque élevé ; + : important ; ± : variable ; − : peu important
59
;
(++) : risque important si la culture n’est pas bien menée
La composition du milieu de culture?
Substrats spécifiques dont les micro-organismes ont besoin pour leur

croissance ou les productions recherchées:
— Eau
— Source d’azote (minérale ou organique)
— Source de carbone organique
— Facteurs de croissance (acides aminés, bases nucléiques,
vitamines diverses)
— Sels minéraux
— Gaz éventuellement (oxygène pour les aérobies stricts).
— Facteurs de croissance (extraits de levure, de viande ou d’autres
produits riches en acides aminés libres et en vitamines)
NB: Standardiser la composition chimique

Action fermentaire reproductible et fiable 60
Comment calcule-t-on les quantités de substrats à utiliser?
Dans les milieux alimentaires, les sources de carbone sont en général
en excès, par contre, l’azote facilement disponible peut être limitant.
Il est possible de calculer la quantité d’azote nécessaire dans le milieu
pour obtenir une production maximale de micro-organismes.
Exemple: calcul approximatif de la quantité d’azote disponible (sous

forme de NH4Cl) dans le milieu pour obtenir une culture bactérienne à 1
g.L−1 (PS)?
* Composition de la bactérie: C: 53 % ; H: 7,3 % ; O: 19 % et N: 12 %

* Masse bactérie : 10−9 g
Calcul: 1 g de bactérie contient 0,12 g d’azote qui constitue le minimum

disponible obligatoire, soit 0,515 g de NH4Cl.
61
Rq: Multiplier par 2 cette valeur à cause des pertes.
Le Matériel
Matériel de production type: LE FERMENTEUR. 62

■ Régulations
En fonction des objectifs de la culture.
- Régulations de T °C et pH sont les plus courantes.
- Régulations de pression d’oxygène dissous, du potentiel

d’oxydoréduction et de pression partielle de gaz carbonique sont en
général réservées aux installations pilotes ou de recherche-
développement.
NB: Les sondes de régulations doivent être correctement entretenues

et étalonnées ou calibrées.
63
Les Installations
Permettent d’assurer un travail dans les conditions les plus
aseptiques possibles. Selon les cas on a:
— les salles blanches pour des travaux avec des souches pures ou
pour l’isolement et la purification de micro-organismes. (permet
d’éviter contaminations virales, etc.)
— les salles propres où la probabilité de contamination est très faible.

Elles seront nécessaires pour la préparation de ferments avant leur
utilisation ;
— les ateliers à ambiance microbiologique maîtrisée (le minimum pour

la production d’aliments).
Un plan d’assurance sécurité vis-à-vis des contaminations doit

obligatoirement être mis en place dans ces locaux (HACCP).
64
But des contrôles ?
— Assurer la qualité de la production à tous les niveaux et de vérifier

que les critères fixés par les cahiers des charges de production, le plan
d’assurance qualité et les textes officiels sont bien respectés;
— Connaître le comportement des cultures et vérifier l’efficacité des

protocoles mis en place en recherche-développement;
— Répondre à l’apparition des accidents de fabrication en recherchant

les causes et en vérifiant la bonne adaptation des actions correctives
mises en place.
Que contrôle-t-on et pourquoi ?
les matières premières: vérifier que leur qualité correspond bien aux
cahiers des charges établis. Les contrôles à appliquer sont des
contrôles d’amont, préventifs, à partir des résultats desquels il sera
possible d’intervenir technologiquement pour pallier un défaut de
qualité ;
les produits finis ou en cours d’élaboration: ils vont servir à la

traçabilité du produit, à la surveillance des points critiques et à vérifier
l’efficacité des opérations de transformation ;
l’ambiance: elle constitue l’environnement potentiellement

contaminant (personnel, air, locaux) et nécessite des techniques
particulières de prélèvements ;
66
les ferments, pour lesquels on peut contrôler :
• l’identité (vérifier ou rechercher la classification du

microorganisme),
• la pureté (absence de contaminants; virus, microorganismes

indésirables),
• les capacités technologiques en rapport avec les performances

souhaitées (production de métabolites particuliers; éthanol, acide
lactique, acide acétique, gaz, arôme...),
les activités enzymatiques, le comportement face aux conditions
de production ou encore l’aptitude à se développer en présence
d’autres souches,
• le nombre de cellules par unité de volume ou de masse,
• l’activité microbienne (des cellules, même nombreuses, peuvent

être en mauvais état et incapables de se multiplier rapidement).
67
Quelles sont les Méthodes de contrôle?
Plusieurs techniques existent, on devra choisir la ou les mieux

adaptées suivant ces critères:
Validité et adaptation du principe:
Permet de préciser la signification du résultat de l’analyse. En

d’autres termes, on ne mesure pas pour mesurer, mais pour obtenir des
informations qui répondent précisément aux besoins.
On distingue les méthodes directes (résultats dans l’unité

voulue) des méthodes indirectes (transformation d’unités ou la
création d’une gamme d’appréciation).
Exemple: mesure de l’activité antifongique d’un

microorganisme par la détermination d’une gamme de valeurs
représentant des activités nulles, faibles, moyennes ou fortes
ou encore des seuils en deçà desquels l’activité est considérée
comme insuffisante ; 68
Qualité analytique de la méthode: il est important d’en définir la
fidélité, la justesse et la sensibilité.
Avoir un résultat est insuffisant, il faut aussi savoir quelle est

la confiance que l’on peut lui accorder ;
Aspect pratique à prendre en compte: la rapidité, la simplicité, les

possibilités d’automatisation, la disponibilité des réactifs associés,
l’encombrement (déterminants pour l’utilisation en routine)
Coût en investissement, en fonctionnement, en personnel et en

maintenance à prévoir et à intégrer dans l’économie de production.
L’utilisation des techniques de contrôle doit toujours apporter un

gain d’efficacité; il est donc inutile de les multiplier, il vaut mieux
plutôt s’attacher à la pertinence du choix.
69
Démarche de résolution de problème
On peut utiliser les outils classiques de la qualité comme la recherche

des causes avec les 5 M (Matériel, Méthodes, Main d’oeuvre, Milieu,
Matières).
Les actions à mettre en place à l’issue de ce travail doivent

être en même temps curatives et préventives pour éliminer le
problème et éviter qu’il se reproduise (tableau 7).

71
2.5 Les procédés en aval (Downstream process)
Les procédés en aval de la production des industries biotechnologiques sont

désignés par le terme anglo-saxon Downstream process (DSP).
Le Downstream process fait référence à la récupération et à la

purification des produits biosynthétiques, principalement les produits
agro-pharmaceutiques, obtenus de sources naturelles (tissus animaux
et végétaux, microorganismes) ou du moût de fermentation. Il concerne
aussi le recyclage de composés et le traitement approprié des déchets.
Rq: Etape essentielle dans la production des antibiotiques, des

hormones (insuline, hormone de croissance), d’anticorps et vaccins,
enzymes (industriels et diagnostiques), parfums et arômes naturels.
72
Le DSP est un domaine spécialisé de l’ingénierie biochimique
(composante de l’ingénierie chimique).
Le Downstream process et la Bioséparation analytique traitent toutes

deux de la séparation et de la purification de produits biologiques,
mais à des échelles d’opération et à des fins différentes.
Le DSP implique l’obtention de produits purifiés destinés à une

utilisation spécifique, généralement en de grandes quantités.
La Biosépartion concerne la purification dans le seul but de mesurer

un ou des composés d’un mélange, elle pourrait concerner des tailles
d’échantillons aussi petites qu’une cellule unique.
Quelles sont les étapes du DSP?
Les opérations du DSP ont été divisées en quatre groupes qui

conduisent le produit de son état naturel vers une amélioration
progressive en pureté et en concentration.
i. L’élimination des composés insolubles (séparation)
ii. L’isolement du produit
iii. La purification du produit
iv. Le polissage du produit

i. L’élimination des composés insolubles (Séparation)
Elle nécessite la capture du produit sous forme de soluté dans un

liquide limpide.
Exemple: La séparation des cellules, des débris et autres particules

du jus de fermentation contenant un antibiotique.
Les opérations typiques de cette étape sont :
- Filtration
- Centrifugation
- Sédimentation
- Floculation
- Electro-précipitation
- Gravité
75
NB:
Des opérations additionnelles telles que la mouture,
l’homogénéisation ou « leaching » nécessaires pour l’extraction de
produits de sources solides telles les tissus de plantes et animaux
sont souvent inclues dans ce groupe

ii. L’isolement du produit
C’est l’élimination des composés dont les propriétés varient

notablement de celles du produit d’intérêt.
Rq:
Généralement, l’eau constitue “l’impureté” principale et les étapes
d’isolement sont orientées principalement vers son élimination;
Réduction du matériel à traiter et augmentation de la

concentration du produit.
L’extraction au solvant, l’adsorption, l’ultrafiltration et la précipitation

font parties des opérations unitaires utilisées.
77
iii. La purification du produit
Elle est mise en oeuvre pour séparer les contaminants qui possèdent
des propriétés physiques et chimiques proches de celles du produit
d’intérêt.
Etape très importante du DSP. Les procédures sont coûteuses et

nécessitent des équipements sophistiqués.
Les opérations effectuées pour la purification des produits sont, entre

autres, la chromatographie d’affinité, la chromatographie d’exclusion,
la chromatographie en phase inverse, la cristallisation et la
précipitation fractionnée.
78
iv. Le polissage du produit
C’est l’étape ultime qui conduit au conditionnement du produit dans

une forme stable, facilement transportable et commode.
La cristallisation, le séchage, la lyophilisation, et l’atomisation sont les

opérations typiques de cette étape.
Suivant le produit et son utilisation, le polissage pourrait inclure des

opérations pour stériliser, éliminer ou désactiver des traces de
contaminants qui pourraient compromettre l’innocuité du produit.

FIN
80

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FILIERE BIOCHIMIE - MICROBIOLOGIE

UE: Génie Industriel Alimentaire

FABRICATION DE PRODUITS DANS LES

AKPA E. Essoh, PhD

Maître de Conférences au Laboratoire de Biotechnologies, Agriculture

Chapitre 2: INGENIERIE DE L’UTILISATION MICROBIENNE

AKPA E. Essoh, Maître de Conférences au Laboratoire de Biotechnologies, Agriculture et

1.1 Objectifs de la production

1.2 Elaborer des produits constants (goûts et de textures) à

1.3 Adapter en permanence l’outil industriel aux évolutions

1.4 Maitriser les risques alimentaires (caractère périssable

Seule voie permettant de produire des aliments

La qualification des outils de production permet de minimiser les

AKPA E. Essoh, Maître de Conférences au

Malgré la multitude de secteurs de l’industrie Agroalimentaire (des

- Accroître la productivité (machine, travailleurs, …)

- Réduire les pertes de matière

- Réduire les risques sanitaires et toxicologiques

- Maintenir la qualité (régularité, …)

AKPA E. Essoh, Maître de Conférences au

- Prendre en compte la notion de sécurité alimentaire (hygiène)

- Mémoriser l’histoire du procédé (traçabilité)

- Tenir compte de la complexité croissante des schémas de fabrication

Résumé de ces enjeux:

AKPA E. Essoh, Maître de Conférences au

* Origine des matières premières

* Utilisation de prémix industriel

* Diversité des intrants, …

AKPA E. Essoh, Maître de Conférences au

AKPA E. Essoh, Maître de Conférences au

* Complexité des procédés

* Perte de savoir et de savoir faire

Rq: Niveau des connaissances des mécanismes mis

L’automatisation ou le contrôle de certaines variables (même si

NB: Outres les opérations biologiques, Ne pas négliger les opérations

Pour concilier les images de saveur et de sécurité que demande le

AKPA E. Essoh, Maître de Conférences au

La pérennité de l’entreprise passe par une dynamique

Ces actions d’adaptation nécessitent d’ouvrir la réflexion à

Les Labels et Appellations d’origine constituent des

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La transversalité est une association de corps de métiers

Voie permettant d’augmenter la valeur des produits et

La mondialisation des marchés et la médiatisation de

- Risque de perte de crédibilité vis-à-vis des consommateurs

- L’image de l’ensemble du secteur agroalimentaire est mise en

Les entreprises sont ainsi amenées à fabriquer des produits

La traçabilité des produits permet de limiter les conséquences du

AKPA E. Essoh, Maître de Conférences au

2.1 Planification des opérations

2.2 Les microorganismes

2.3 Matériel et installations

2.4 Mesures et contrôles associés aux bioprocédés

2.5 Les procédés en aval (Downstream process, DSP)