C.U.

Abdelhafid Boussouf – Mila Institut des sciences de la nature et de la vie

M1S1 Microbiologie appliquée Année universitaire 2023-2024
Matière : Hygiène et Sécurité Alimentaire (HSA) Dr. S. Nouichi

Microbiologie des aliments

Profil microbien des aliments

A chaque aliment correspond un profil microbien qui lui est propre. Ce profil dépend d'une part de la
flore présente sur l'aliment et donc de l'origine de la contamination et d'autre part, de facteurs physico-
chimiques intrinsèques à l'aliment tels que la structure, la composition, le pH, l'aw, le potentiel
d'oxydoréduction, la présence de composés inhibiteurs naturels, et de facteurs environnementaux tels
que la température.

Sources de contamination microbienne des aliments

La présence des microorganismes dans les denrées alimentaires est due à des contacts directs ou indirects
avec différentes sources de contamination pouvant être listées avec la règle des « 5 M » figurée par le
diagramme d'Ishikawa.

Créée par le professeur Ishikawa, la méthode des 5 M (ou méthode Ishikawa) permet d’identifier
simplement les différentes causes d’un problème. Appliquée en hygiène et sécurité alimentaire, cette
technique permet d’identifier les sources possibles de contamination des denrées alimentaires.

- Matière première
Les microorganismes se trouvent dans tous les écosystèmes naturels comme le sol l’air, l’eau et
aussi sur les végétaux, les animaux et les humains.

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Les aliments proviennent soit d’animaux ou de végétaux et par conséquent la flore normale qui leur
est associée peut se retrouver dans notre nourriture (contamination primaire), en plus de
contamination par les microorganismes de l’environnement extérieur (contamination secondaire).

- Milieu
• L'exposition à des surfaces contaminées des différents locaux est une source majeure de contamination des
aliments
• Le sol et les plantes apportent presque tous des microbes, en quantité très importante.
• L’eau apporte également de très nombreux germes.
• L’air et la poussière sont essentiellement vecteurs de spores et de bactéries.
• Les petits nuisibles apportent divers microbes.

- Matériel
Il peut potentiellement propager des germes si le nettoyage, la désinfection et l'entretien ne sont pas
correctement effectués. De plus, il joue un rôle important dans la contamination croisée lorsqu'il entre
en contact direct avec les aliments.

- Méthodes
Elles concernent le fonctionnement et l’organisation du travail au cours de la préparation des aliments.
La plupart des TIAC sont généralement dues à de mauvaises pratiques de manipulation le long de la
chaîne alimentaire.

- Main d’œuvre
L’homme représente le principal agent responsable des contaminations par le biais de son état
sanitaire, son hygiène corporelle, son hygiène vestimentaire, et son comportement.

Croissance microbienne dans les aliments

Contrairement aux autres catégories de dangers, seuls les dangers de nature microbiologique
s'accroissent dans le temps. Un microbe se multiplie de façon exponentielle à fur et à mesure dans le
temps. Des conditions favorables doivent être réunies afin qu'ils puissent proliférer pleinement.

a. Phases de développement bactérien

Dans un milieu où les nutriments ne sont pas renouvelés (un fruit, un yaourt…) on peut distinguer
plusieurs phases dans l’évolution de la population :
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1 - La phase de latence pendant laquelle les micro-organismes s’adaptent à leur milieu. Elle explique
le délai entre le moment de la contamination et la croissance bactérienne dans le produit.

2 - La phase de croissance exponentielle pendant laquelle ils utilisent les nutriments et se multiplient
rapidement.

3 - La phase stationnaire : les multiplications moins nombreuses sont compensées par la mort des
micro-organismes. Pendant ce temps le milieu (ou l'aliment) s’épuise en nutriments.

4 - La phase de déclin (décroissance) : Lyse des bactéries, car trop de "déchets" dans le milieu (par
ex acide lactique qui diminue le pH) et plus assez de nutriments.

Courbe de croissance

b- Facteurs influençant la croissance microbienne dans les aliments

- Les éléments nutritifs

L’aliment fournit les éléments nutritifs, qui comprennent des glucides, des protéines, des lipides, des
minéraux et des vitamines, pour la croissance microbienne. L'eau ne constitue pas un élément nutritif,
mais il est essentiel en tant que support pour des réactions biochimiques nécessaires à la synthèse de
la masse cellulaire et l'énergie.

- Activité de l'eau (Aw)

L’Aw représente la quantité d’eau libre disponible pour que les micro-organismes puissent réaliser
des réactions d’hydrolyse qui pourrait détériorer les aliments.

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Chaque espèce microbienne a un optimum, un maximum et un minimum d’Aw pour la croissance.

D'une manière générale, la plupart des bactéries se développent entre 0,91 et 0,98 sauf le
staphylocoque doré (0,86). (La plupart des bactéries sont inhibées quand A.w < 0,94. En dessous le
temps de génération s’allonge). La valeur de 0,91 permet de caractériser les denrées stables et qui
assure l’inhibition quasi-totale des germes pathogènes et d’altérations. C’est pourquoi certains
aliments sont déshydratés afin de permettre leur conservation.

- pH

En général, le pH optimal de croissance pour les bactéries est compris entre 6,5 et 7,5. Cependant,
certaines bactéries peuvent supporter des pH bien plus acides correspondant au pH de certains
aliments. En effet, certaines souches d’Escherichia coli qui peuvent être cultivées dans un bouillon
nutritif dont le pH est compris entre 4,4 et 9. De plus, il existe des germes acidophiles dont le pH
optimal est de 2, ce sont les bactéries sulfo-oxydantes. Le pH des aliments est compris entre 2 et 9. Il
y a donc possibilité pour une très grande majorité des bactéries de se développer dans tous les types
d’aliments.

- Température

Les micro-organismes ont des températures de croissance optimales spécifiques. Ils sont classés en
trois groupes en fonction en fonction de leur capacité à se développer préférentiellement ou
exclusivement à telle ou telle gamme de température :

Les hautes températures agissent en arrêtant tout métabolisme entrainant ainsi la mort microbienne.
Le froid arrête la croissance microbienne par immobilisation enzymatique, mais ne dénature pas les
enzymes, ce qui permet une reprise de la multiplication dès que la température atteint des valeurs
proches de l’optimum de croissance.
• La plupart des bactéries pathogènes sont mésophiles, elles prolifèrent entre 20 et 40 °C.

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• Lorsque les conditions sont défavorables, certaines bactéries sont capables de produire des formes
de résistance appelées spores. Ces formes sont très difficiles à détruire par la chaleur ou un
traitement désinfectant, aussi faut-il faire le maximum pour éviter la sporulation. Trois bactéries
responsables de TIA sporulent : Clostridium perfringens, Clostridium botulinum et Bacillus
cereus.

Action de la température sur les microorganismes

- Oxygène

Les bactéries ont des modes respiratoires variés, elles sont classées selon leur dépendance à
l’oxygène.

- Les microorganismes aérobies ont obligatoirement besoin d’oxygène libre et sont qualifiés
d’aérobies strictes. Sans oxygène leur développement n’est pas possible.
- Les bactéries anaérobies strictes ne peuvent se multiplier et survivre qu’en l’absence
d’oxygène. Elles utilisent d’autres composés organiques ou minéraux comme accepteur
finaux d’électrons.
- Les aéro-anaérobies, développement possible quelle que soit la teneur en oxygène,

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Flores bactériennes des aliments

Différents groupes de bactéries associés aux aliments :

La flore utile (conséquence : Amélioration)

La fabrication d'un grand nombre de produits alimentaires s'appuie sur le métabolisme de micro-
organismes, que l'on peut regrouper sous le terme de microflore positive (utile ou bénéfique). On peut
citer :

- Les bactéries lactiques : fabrication de yaourts et l'affinage des fromages, élaboration des
produits de charcuterie.
- Les Brevibacteriaceae (Brevibacterium linens, ou « ferment du rouge ») responsables
principalement de l'aromatisation et de la coloration de certains fromages lors de l'affinage.
- Les bactéries acétiques (Acetobacter, Gluconobacter,…) permettent la fermentation acétique
et interviennent dans la fabrication du vinaigre.
- Les bactéries propioniques (Propionibacterium) : nécessaires à l’affinage des fromages à pâte
pressée cuite (flaveur et " trous ")..
La flore indésirable

Un des effets les mieux connus de la flore indésirable contaminante nos aliments est la dégradation
de la qualité alimentaire, qui, au plan microbiologique, être définie de 2 façons:

- Qualité marchande

Concerne essentiellement les caractéristiques organoleptiques et se traduit par un attrait ou une

répugnance par les consommateurs.

- Qualité hygiénique.

L’innocuité d’un aliment correspond à une qualité seuil et la norme zéro défaut doit être atteinte pour
certains systèmes aliment-microorganisme en particulier à partir du moment où la présence du
microorganisme dans le produit risque d’avoir une incidence défavorable et parfois très grave sur la
santé du consommateur.

✓ La flore d'altération (conséquence : dégradation)

Les aliments, de fait de leur richesse en eau, et en éléments organiques et minéraux sont d’excellents
milieux de culture, ils sont donc souvent très altérables. En général, les microorganismes qui sont

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présents naturellement dans l’aliment ne sont pas pathogènes. Ils sont commensaux ou saprophytes
et leur nombre est souvent réduit. Cependant, si cette flore microbienne n’est pas contrôlée, la qualité
et la conservation des aliments peuvent être affectées.

Définition d’une altération (dégradation) alimentaire

C’est une modification que subit un produit alimentaire par rapport à sa constitution spécifique, ce
qui modifie sa valeur nutritionnelle et/ou le rend impropre à la consommation.

La flore d’altération influence la stabilité et la qualité technologique des denrées alimentaires. En

effet, la présence d’un taux important de micro-organismes d’altération peut modifier rapidement les
propriétés organoleptiques d’un produit (goût, couleur, odeur ou texture), et ce même si la chaine du
froid est scrupuleusement respectée. Les micro-organismes d’altération ne rendent pas
automatiquement le produit dangereux ou impropre à la consommation, mais, en le dégradant, ils le
rendent bien souvent invendable avant même la fin de la DLC (Date Limite de Consommation). Ceci
peut générer de graves problèmes au niveau industriel quant à la qualité marchande du produit.

Types des flores d'altération : chaque type d’aliment est dégradé par une catégorie différente de
bactéries. Tout dépend des produits que ces bactéries sont capables à digérer. Ces bactéries
d'altération dégradent le goût, l'odeur et l'aspect d'un produit. Parmi celles-ci on distingue :

• Les bactéries lactiques, modifient les sucres contenus dans le lait pour leur donner un goût aigre
et acide

• Les bactéries protéolytiques ou bactéries de putréfaction (ex : Pseudomonas), qui attaquent

les protéines des aliments. Les aliments les plus riches en protéines comme la viande, les œufs,
les poissons et les produits laitiers, prennent en se dégradant une odeur caractéristique « d’œuf
pourri » avec une production des gaz.

• Les bactéries lipolytiques ou bactéries de rancissement dégradent les lipides (gras) du beurre,
de la crème fraiche, de la margarine et des graisses animales (ex : poisson) en produits toxiques
et acides. L'aliment prend une odeur rance et ne doit pas être consommé.

• Les bactéries celullolytiques et glucidolytiques, qui attaquent les sucres des fruits et légumes :
la cellulose et les amidons sont hydrolysés, provoquant le ramollissement puis le pourrissement
des aliments.

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✓ La flore pathogène (conséquence : danger)

Du grec pathos qui signifie « maladie » ou « souffrance » et genes qui signifie « origine ». Les
aliments peuvent être contaminés par des micro-organismes pathogènes à différentes étapes de la
production, de la transformation, du stockage et de la préparation.

Ces organismes constituent des risques majeurs dont la fréquence en fait la cause la plus importante
de pathologies liées à la consommation d’aliments, et sont capables de provoquer par leur
multiplication intensive des problèmes de santé chez les consommateurs (maladies d’origine
alimentaire) et ceci par deux mécanismes différents :

- Les pathogènes infectieux. Ils entrainent par leur multiplication intensive dans notre
organisme des maladies graves en altérant les tissus de certains organes (brucellose, tuberculose
bovine par exemple). Ils sont responsables de maladies infectieuses alimentaires (MIA) ;
- Les microbes toxi-infectieux. Ils sont à la fois toxiques et infectieux et sont donc responsables
de toxi-infections alimentaire (TIA). Ces agents sont par exemple : Escherichia coli,
Campylobacter jejuni, Clostridium botulinum, Salmonella spp., Staphylococcus aureus,
Listeria monocytogenes etc…..

NB : Les micro-organismes pathogènes ne rendent pas toujours les aliments perceptiblement altérés.