Part1 Enzymologie S1M1Déc24
Part1 Enzymologie S1M1Déc24
Part1 Enzymologie S1M1Déc24
1
PARTIE 1
2
Vous serez capable à la fin de cette séance de
✓ Définir une enzyme
✓ Décrire la structure et la composition d’une enzyme
✓ Décrire le mode d’action des enzymes
✓ Définir la classification des enzymes
✓ Savoir classer les coenzymes en fonction de leurs natures, et
leurs rôles.
3
PLAN PARTIE 1
INTRODUCTION
I - DEFINITION ET STRUCTURE
IV - COENZYMES ET COSUBSTRATS
4
INTRODUCTION
5
L’ensemble des réactions
métaboliques nécessitent
l’intervention d’enzymes qui
sont des catalyseurs
indispensables au déroulement
de ces réactions dans les
conditions physiologiques.
6
Réactions biochimiques
8
Exemple 2: réaction d’hydrolyse du saccharose
Saccharose + H2O glucose + fructose
9
Activité catalytique de différentes enzymes
10
CHAPITRE -I-
11
Définitions
Substrat: molécule qui entre dans
une réaction pour être transformée par
E l’action catalytique d’une enzyme
S P
Produit: molécule qui est produite au
S + E S +P cours d’une réaction catalysée par une
enzyme
13
Exemple de réaction enzymatique réversible
Glucokinase
S P
ATP ADP
Glucose Glucose 6 phosphate
Pi H2O
P S
Glucose 6 phosphatase
14
B- STUCTURE DES ENZYMES
✓Monomériques: ex le lysozyme
15
Les Hétéroprotéines : partie protéique et partie non protéique
16
2- Partie non protéique ( cofacteur ou coenzyme …)
structure de l'enzyme.
- libre: Cosubstrat
17
Koolman, Color Atlas of Biochemistry, 2nd edition © 2005 Thieme
18
2.1- le groupement prosthétique (cofacteur lié à l’enzyme)
- Régénéré sans être libéré
- Fonctionne à concentration stœchiométrique
AX A
ApoE-GP ApoE-GP X
B BX
19
2.2 - le cosubstrat
- Nécessite un second apoenzyme pour être régénéré
Apoenzyme 1
AX A
cosubstrat cosubstrat- X
B BX
Apoenzyme 2
20
Exemple:
G6P DHase
Glucose 6
6 phosphogluconate
phosphate
NADP+ NADPH,H+
glutathion réductase
21
CHAPITRE – II –
22
Caractéristiques de la réaction enzymatique
et le milieu environnant.
23
Spécificité
Les enzymes sont des protéines intrinsèquement structurées pouvant se replier dans une
conformation dite native, d’où leur pouvoir catalyseur.
24
D- FORMATION DU COMPLEXE ENZYME-SUBSTRAT
1- NOTION DE SITE ACTIF
1.1 - DEFINITION
Ces acides aminés sont éloignés les uns des autres sur
la séquence primaire, mais sont rapprochés dans
l’espace par les repliements dus aux structures
secondaires et tertiaires de la protéine.
25
Parmi les acides aminés du site actif, on distingue ceux
qui:
26
Pour que la réaction enzymatique se produise, il faut :
A l’équilibre:
v1 = v2
k1 [A] [B] = k2 [C] [D]
K1/K2 = Kéq = [C] [D] / [A] [B]
2. Energie libre
A +B C+D
A +B C+D
À l’intérieur de la cellule:
T= 37°C,
cc < 1 mole
∆G = ∆G°’ + RT ln Keq
∆G = ∆G°’ + RT ln [C] [D] / [A] [B]
∆G est variable
départ
A +B C+D
départ
A +B C+D
∆G = - 30,5 Kj/mol
Exemple 2:
∆G = + 31,4 Kj/mol
5. Conséquences et applications
* Une réaction endergonique peut avoir lieu si elle est couplée à une
réaction exergonique .
B- ACTION SUR L’ENERGIE LIBRE D’ACTIVATION
1- Définitions
S+E P+E
Etat de transition
Energie d’activation
Absence d’enzyme
Présence d’enzyme
Etat initial
Etat final
40
41
C- ACTION SUR LA VITESSE DE LA REACTION
✓ Les enzymes augmentent la vitesse de la réaction
✓ L’équilibre de la réaction est atteint plus rapidement
✓ Les concentrations à l’équilibre ne sont pas modifiées
E
Exemple: S P
70 % 30 %
0
D- FORMATION DU COMPLEXE ENZYME-SUBSTRAT
1- NOTION DE SITE ACTIF
1.1 - DEFINITION
Pour que l’enzyme puisse assurer sa fonction catalytique, elle
doit se lier à son substrat.
Ces acides aminés sont éloignés les uns des autres sur la
séquence primaire, mais sont rapprochés dans l’espace par les
repliements dus aux structures secondaires et tertiaires de la
protéine.
Parmi les acides aminés du site actif, on distingue ceux qui:
Acétyl-choline éstérase
Exemple 2: dérivés de l’arsenic trivalent qui se combinent avec la
cystéine
HS
R – As = O cys - enzyme
HS
Phosphoglycéraldéhyde déshydrogénase
49
E- SPECIFICITE DE LA REACTION ENZYMATIQUE
- Permet d’éviter la formation de sous-produits
- Due à une complémentarité entre le substrat et l’enzyme : site actif
50
2- SPECIFICITE LIEE AU SUBSTRAT
Une enzyme catalyse un seul type de réaction sur un type chimique de
substrat
glucose oxydase
Ex 2 : glucose acide gluconique
2.3: STEROSPECIFICITE :
Distingue entre les isomères optiques
Ex1: trypsine agit sur les acides aminés de type L,
Ex 2: α et β glucosidases
52
53
Catalyse par effet de proximité
• Rapprochement et alignement
des molécules nécessaire pour
qu’elles interagissent
54
Catalyse acido basique
55
Catalyse par effet de contrainte
• La contrainte étire ou tord
sélectivement la liaison
cible permettant ainsi sa
coupure.
56
La catalyse covalente
57
STEROSPECIFICITE :
58
VRAI OU FAUX
59
VRAI OU FAUX
60
VRAI OU FAUX
61
VRAI OU FAUX
62
CHAPITRE – III –
CLASSIFICATION
ET
NOMENCLATURE
63
✓ Classification et nomenclature en 1961, International Union of Biochemistry
(IUB)
1. les enzymes sont distinguées en 7 classes en fonction des réactions
qu’elles catalysent.
64
CLASSE ROLE SOUS CLASSES
1 Oxydo-réductase 17
2 Transférase 8
3 Hydrolase 11
4 Lyases 7
5 Isomérases 6
6 Ligases (synthétases) 5
7 (2018) Translocases 6
65
Exemples de la classification des enzymes
66
1. Les oxydoréductases, qui catalysent les oxydations et les réductions.
2. Les transférases, qui catalysent le transfert de groupes par exemple des groupes glycosyle,
méthyle ou phosphoryle.
3. Les hydrolases, qui catalysent la coupure hydrolytique de liaisons C-C, C-O, C-N et d'autres
liaisons covalentes.
4. Les lyases, qui catalysent la coupure de liaisons C-C, C- O, C-N et d'autres liaisons covalentes,
par départ d'atomes avec formation de doubles liaisons.
5. Les isomérases, qui catalysent des changements de géométrie et de structure au sein d'une
molécule.
6. Les ligases, qui catalysent la formation d'une liaison entre deux molécules, couplée à
l'hydrolyse d'ATP.
7. Les translocases qui catalysent le mouvement des molécules ou des ions à travers les
membranes cellulaires en général
67
68
3. Chaque enzyme possède un numéro de code (E.C) fait de 4 chiffres:
ATP ADP
HEXOKINASE
69
4. Le nom de l’enzyme est formé de deux parties:
• Une deuxième partie qui se termine par un suffixe ase et désigne le type de réaction.
70
D’autres informations peuvent être ajoutées :
• La provenance de l'enzyme
Ex : ribonucléase pancréatique
Ex : lipase hormono-dépendante
Ex : protéase à cystéine.
Certains des noms des premières enzymes étudiées aux débuts de la biochimie sont
encore en usage. On peut citer la pepsine, la trypsine et l'amylase.
71
CHAPITRE – IV –
LES COENZYMES
72
CE SONT DES COFACTEURS INDISPENSABLES A L’ACTIVITE DE
CERTAINES ENZYMES
libres Liés
(Cosubstrats) (Groupements prosthétiques)
Métalliques,
Dérivés de vitamines hydrosolubles,
héminiques
73
A- LES COENZYMES METALLIQUES
Cations bivalents qui se lient à l’enzyme ou au substrat.
Exemple:
• Mg 2+ : phosphatases, phosphokinases
• Zn 2+ : anhydrase carbonique, alcool déshydrogénase
• Cu 2+ : tyrosine hydroxylase
74
1.1 1.1– LA THIAMINE PYROPHOSPHATE
Origine : vitamine B1
Structure :
thiazole
pyrimidine
77
1- réaction de transamination des acides aminés
AA1 + AC2 AC1+ AA2
Phosphate de
Acide pyruvique α céto-glutarate
pyridoxamine
78
2- réaction de décarboxylation des acides aminés
79
1.3 – LE COENZYME A
Origine: Dérive de l’acide pantothénique (vit B5)
Structure complexe
nucléotide
Phospho-
pantothéine
sulfhydryle
80
Rôle: activation des molécules contenant un groupement carboxylique
par formation d’une liaison thio-ester riche en énergie.
81
1.4 – LES COENZYMES DE TRANSFERT DE RADICAUX MONOCARBONES
82
1.4.1 – L’ACIDE TETRAHYDROFOLIQUE
(THF)
83
Rôle: 1 - transport de groupements monocarbonés liés au N5, N10 ou
les deux.
10
N5- hydroxyméthyl
84
Exemple: : méthylation de l’uracile en thymine
85
Rôle: 2 - interconvesion des groupements monocarbonés.
NADP NADPH2
NADH,H+
NAD
86
Rôle: 3 - coenzyme de réduction
Vit B 12
R– CH2 – OH R – CH3 + H2O
THF DHF
87
1.4.2 – LA CYANOCOBALAMINE
Structure: complexe
Ex:
Vit B12
HOOC – CH – CO ~ SCoA HOOC – CH2 – CH2 - CO ~ SCoA
CH3 Méthyl malonyl CoA mutase
THF DHF
89
1.4.3 – LA BIOTINE
90
1.4.3 – LA S-ADENOSYL METHIONINE
91
• Exemple: synthèse de l’adrénaline à partir de la noradrénaline
92
C- LES COENZYMES D’OXYDO-REDUCTION
93
2.1- LES COENZYMES FLAVINIQUES
94
Serge Weinman, Pierre Méhul Toute la biochimie, Dunod, Paris, 2004.ISBN 2 10 006734 6
Fonctionnement:
95
Serge Weinman, Pierre Méhul Toute la biochimie, Dunod, Paris, 2004.ISBN 2 10 006734 6
2.2- LES COENZYMES NICOTINIQUES
97
Serge Weinman, Pierre Méhul Toute la biochimie, Dunod, Paris, 2004.ISBN 2 10 006734 6
Rôle
NAD: cosubstrat de réactions d’oxydation catalysées par des
déshydrogénases
98
Mécanisme:
NAD(P) + 2 e- + H+ NAD(P)H,H+
99
2.3 - L’ACIDE LIPOÏQUE
100
Rôle :
- Groupement prosthétique lié à un résidu lysine de l’apoenzyme par
son groupement COOH
101
COENZYMES DE TRANSFERT DE GROUPE
102
2.4 – LE COENZYME Q OU UBIQUINONE
103
Exemple : réaction de déshydrogénation du succinate en fumarate
Succinate déshydrogénase
CoQ CoQH2
104
2.5 – PROTÉINES À CENTRE FER - SOUFRE
105
2.6- LES COENZYMES HÉMINIQUES
Apoenzyme
106
Rôle : groupement prosthétique d’enzymes d’oxydoréduction:
Cytochrome oxydase
107