Voir la source de Fungi

{{Taxobox début | champignon | ''Fungi'' | Fungi_collage.jpg | Champignons de différents groupes. |règne=cacher}}
{{Taxobox | empire | Eukaryota }}
{{Taxobox | super-règne | Opisthokonta }}
{{Taxobox taxon | champignon | règne | Fungi | [[Friedrich Gottlieb Bartling|Bartl.]], [[1830 en science|1830]] }}
{{Taxobox synonymes | 
* ''Mycota'' [[Constantine John Alexopoulos|Alexop.]], [[1962 en science|1962]]}}
{{Taxobox fin}}

[[Fichier:After tumbling down this enormous Beech in Warnsborn Schaarsbergen, the Fomes fomentarius (Tinder fungus or Ice man fungus, D= Zunderschwamm, F= Amadouvier, NL= Echte tonderzwam, some call it Tondelzwam) white spores a - panoramio.jpg|vignette|La présence de [[sporophore]]s en console du [[Polypore]] [[amadouvier]] sur le [[Volis|volis et la chandelle]] d'un [[Hêtre commun|hêtre]] montre que ce dernier a été attaqué par ce champignon [[Nécrotrophie|nécrotrophe]] [[lignicole]] à l'origine de la [[pourriture blanche]] qui creuse le cœur de l'arbre qu'il [[Parasitisme|parasite]] en le faisant mourir d'épuisement. La poursuite du développement de ce [[macromycète]] sur le volis entraîne une modification rapide de l'orientation de la « [[Sporophore|fructification]] » en croissance, afin de pouvoir projeter les [[Spore#Spore fongique|spores fongiques]] dans les conditions optimales.]]
[[Fichier:Clustered woodlover - Hypholoma fasciculare - Grünblättriger Schwefelkopf - sulfur tuft - 04.jpg|vignette|Autre agent actif d'une [[pourriture du bois]], l'[[Hypholome en touffes]], champignon [[saprotrophe]] très commun.]]

Les '''Fonges'''<ref>Au pluriel pour le taxon ''Fungi''. Le terme existait déjà en français comme synonyme de ''champignon'' ({{s-|XVI}}, = ''fungusses'' en vieil anglais), et aussi au singulier féminin désigne l'ensemble des champignons d'un même territoire, comme pour la [[Faune (biologie)|faune]] et la [[flore]] pour les animaux et les plantes.</ref> ('''''{{CINS|Fungi}}''''')<ref>C'est un des noms latin du « règne » en biologie (mycologie), au sens large de champignons ; exemples ''Hypocrea fungicola'' P. Karst., renvoie à son écologie inféodée au ''Fomes pinicola'', ce polypore étant lui même dépendant du Pin. Cf Paul Escallon 1988, ''Précis de Myconymie'' ; SMBC & FMDS [ouvrage dédié à Henri Romagnesi... le Mycologue, le Philologue... et le Poète>]. Thonon les Bains, France</ref>, également appelés '''Mycètes''' ('''''{{CINS|Mycota}}''''')<ref>Probablement de l'indo-européen ''*meu'' qui l’apparente au latin ''muscus'' (« mousse »), [[mucus]] (« morve »), mucor (« moisissure ») et au grec ''mykès'' (d'où les Mycètes) désignant d'abord les champignons en général. Les termes grec et latin sont ainsi une allusion possible aux champignons qui se protègent contre la [[dessication]] par une couche de mucus qui recouvre leur chapeau et parfois aussi leur pied, ou à la [[Liste de phobies|mycophobie]] ancestrale, les champignons étant associés aux mucosités nasales repoussantes.

[[René Pomerleau]], ''Flore des champignons du Québec'', Éditions la presse, 1980, {{p.|87}}. [> fonge du Québec?].

On retrouve les mêmes étymologies en japonais, sauf que le gluant (Naba, Namé) est associé à un délice gastronomique ([[mycophilie]]). ''Pholiota nameko''. [Imazeki, Rokuya. 1973. Japanese mushroom names. ''The Transactions of the Asiatic Society of Japan'', 3rd series, 11:26–80.]

(étymon qui a également donné ''mucus, mucilage, muqueux, muqueuse'', avec deux caractères opposés :

# matière ''gluante'' (collagène, « plus facile à saisir qu'à lâcher » cf. la célèbre tirade de Raimu dans [[Marius (film, 1931)|Marius]] de Marcel Pagnol) ou
# ''visqueuse'' et gélatineuse (difficile à saisir) phénomène à double action comme la savonnette, par exemple, qui échappe des mains, en fonction de la proportion d'eau.</ref>, sont un [[Règne (biologie)|règne]] d'[[Organisme (physiologie)|organismes]] [[eucaryote]]s appelés communément '''[[champignon]]s'''. Ce règne est diversifié, regroupant des organismes microscopiques, invisibles à l'œil nu, [[Micromycète|microchampignons]] unicellulaires ([[levure]]s) ou pluricellulaires ([[moisissure]]s), jusqu'aux « [[Macromycète|champignons supérieurs]] »<ref>''macro'''''mycète,''' subst. masc.,bot. Champignon de taille importante. ''E. Fries (1794-1878)'' (''Hist. gén. sc.,''t.3, vol.1, 1961, p.434).[https://www.cnrtl.fr/definition/macromyc%C3%A8te]</ref> dotés le plus souvent d'un [[Stipe (champignon)|pied]] et d'un [[Chapeau (champignon)|chapeau]], que le [[Cueillette de champignons|promeneur récolte]].

Leur [[succès évolutif]] est en grande partie dû à leur [[Plasticité (biologie)|plasticité génétique]] associée à des caractéristiques biologiques extrêmement diversifiées, depuis leurs modes de vie ([[symbiose]] de type [[lichen]]s ou [[mycorhize]]s, [[parasitisme]] [[biotrophe]] ou [[nécrotrophe]], [[saprotrophie]]) jusqu'à [[Développement des mycètes|leur développement]] qui implique divers processus : la [[sporulation]], la [[germination]] des [[spore]]s, la croissance de l'[[appareil végétatif]] ([[mycélium]] composé d'[[hyphe]]s), et la [[Reproduction asexuée|reproduction par voie asexuée]] ou [[Reproduction sexuée|sexuée]] en différenciant un [[appareil reproducteur]], le [[sporophore]].

L'existence simultanée d’une [[paroi cellulaire]] périphérique et de [[vacuole]]s turgescentes dans le cytoplasme, les rapproche des végétaux auxquels on les rattachait autrefois, alors que leur [[Thalle|corps végétatif]] [[Différenciation cellulaire|non différencié]] et leur paroi peptido-polyosidique les distingue des plantes. L'absence de [[chloroplaste]]s, de [[chlorophylle]] et d'[[amidon]] en fait, comme les animaux, des organismes [[hétérotrophe]]s au carbone. Sur la base de ces caractères particuliers, l'Américain [[Robert Harding Whittaker]] classe en 1959 les champignons dans un règne à part, celui des ''Mycota'' ou ''Mycètes''. D'après des substances typiques du [[règne animal]] retrouvées chez les champignons lors d'études [[Chimiotaxonomie|chimiotaxonomiques]] ([[chitine]], [[mélanine]], [[bufoténine]]{{etc.}}) et l'analyse des [[Séquençage de l'ADN|séquences ADN]], la [[classification phylogénétique]] actuelle les rend plus proches des animaux, formant avec eux l'essentiel du [[Empire (biologie)|super-règne]] des [[Opisthochontes]].

La [[mycologie]] est la science qui les étudie.

Environ {{formatnum:120000}} [[espèce]]s de Mycètes ont été décrites à ce jour (avec un rythme moyen de {{formatnum:1300}} espèces nouvelles décrites annuellement)<ref name="Heitman">{{Ouvrage|langue=en|auteur1=Joseph Heitman, Barbara J. Howlett, Pedro W. Crous, Eva H. Stukenbrock, Timothy Yong James, Neil A. R. Gow|titre=The Fungal Kingdom|éditeur=[[John Wiley & Sons]]|année=2017|passage=31|isbn=}}</ref>, mais la majorité sont des [[microorganisme]]s [[Culture microbiologique|incultivés]] et les estimations des mycologues de leur nombre total, basées notamment sur des analyses [[métagénomique]]s d'un grand éventail de sols, vont de 0,5 à 10 millions, l'établissement de l'[[inventaire]] fongique qui se voudrait exhaustif prenant plusieurs milliers d'années au rythme de description actuelle<ref>
{{Article|langue=en|prénom1=Meredith|nom1=Blackwell|titre=The Fungi. 1, 2, 3 … 5,1 Million species ?|périodique= American Journal of Botany|volume=98|numéro=3|jour=2|mois=mars|année= 2011|pages= 426–438|doi=10.3732/ajb.1000298}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article| langue=en|auteur=Leho Tedersoo, Mohammad Bahram, Sergei Põlme, Urmas Kõljalg, Nourou S. Yorou, Ravi Wijesundera, Luis Villarre|titre=Global diversity and geography of soil fungi| périodique=Science|volume=346|jour=28|mois=novembre|année=2014|numéro=6213|doi=10.1126/science.1256688}}.</ref>{{,}}<ref name="Heitman"/>.

== Étymologie ==
Il existe une grande dispersion [[Étymologie|étymologique]] pour désigner les champignons, ce qui peut laisser penser que les hommes pré- et [[Protohistoire|proto-historiques]] consommaient rarement ces organismes<ref>{{Ouvrage |auteur1=[[Louis-Jean Calvet]] |titre=Histoires de mots |sous-titre=étymologies européennes |éditeur=[[Payot (éditions)|Éditions Payot]] |année=1993 |passage=137 |isbn=}}.</ref>. Cependant, la découverte en 1991 d'[[Ötzi]] révèle que cet homme vivant vers 2500 {{av JC}} transportait dans son sac deux types de champignons, des [[Polypore du bouleau|polypores du bouleau]], probablement à usage [[médecine|médicinal]] (consommés pour ses propriétés [[antibiotique]]s, [[vermifuge]]s et [[vulnéraire]]s) et de l'[[amadouvier|amadou]], probable allume-feu, ce qui suggère que les hommes préhistoriques qui vivaient de chasse et de cueillette, ont récolté des [[Mycophagie|champignons pour leur consommation]], comme le font encore de nos jours maintes peuplades exploitant la nature<ref>{{Ouvrage |langue=en |auteur1=Philip G. Miles, Shu-Ting Chang |titre=Mushrooms. Cultivation, Nutritional Value, Medicinal Effect, and Environmental Impact |éditeur=[[CRC Press]] |année=2004 |passage=1 |isbn=}}</ref>.

Le terme champignon vient de l'ancien français du {{s-|XIII}} ''champignuel'' (par substitution du suffixe ''-on*'') du [[bas latin]] ''campinolius''<ref>{{CNRTL|Champignon}}</ref> « petits produits des campagnes » ou « qui pousse dans les champs » (dérivé en ''-ŏlu'' de ''campania'', « campagne, champ »), lui-même issu de la racine latine ''campus'', « campagne », qui donne le champ<ref group="alpha">On trouve la trace du vieux verbe eschamper, « fuir le champ de bataille, se sauver » dans l'expression figée « prendre la poudre d'escampette » et dont témoigne aussi l'italien scampo, « fuite ».</ref>, la plaine.

Le [[Tricholome de la Saint-Georges|mousseron]] ([[nom vernaculaire]] du Tricholome de la Saint-Georges), perçu comme poussant dans la mousse, a donné en anglais le nom générique du champignon, ''mushroom''. La racine de ce mot semble être la mousse, mais est plus probablement l'indo-européen ''*meu'' qui l’apparente au latin ''muscus'' (« mousse »), [[mucus]] (« morve »), [[wikt:mucor|mucor]] (« moisissure ») et au grec ''mykès'' (d'où les Mycètes) désignant d'abord les champignons en général<ref name="RVHKZH">{{Ouvrage |auteur1=[[René Pomerleau]] |titre=Flore des champignons au Québec et régions limitrophes |éditeur=Éditions la presse |année=1980 |passage=87 |isbn=}}.</ref>. Les termes grec et latin sont ainsi une allusion possible aux champignons qui se protègent contre la [[dessication]] par une couche de mucus qui recouvre leur chapeau et parfois aussi leur pied, ou à la [[Liste de phobies|mycophobie]] ancestrale, les champignons étant associés aux mucosités nasales repoussantes<ref name="RVHKZH" />.

Selon une [[étymologie populaire]], [[wikt:fungus|fungus]] et [[wikt:fongus|fongus]] sont la contraction du latin ''[[wikt:funus|funus]]'', « funérailles » et d'''ago'', « produire », rappelant les nombreux décès provoqués par les champignons toxiques<ref>{{Ouvrage |auteur1=Philippe Bouchet, Jean-Louis Guignard, Yves-François Pouchus |titre=Les champignons. Mycologie fondamentale et appliquée |éditeur=Elsevier Masson |année=2005 |passage=2 |isbn=}}</ref>. Une origine plus probable de ce terme serait une allusion à l'aspect poreux ou spongieux des champignons : les mots espagnol (hongo) et italien (fungo) remontent en effet à une racine méditerranéenne{{note|groupe=alpha|Mot d'origine très ancienne dont la filiation remonte, selon [[Robert Gordon Wasson]], aux [[Langues paléo-sibériennes|appellations paléosibériennes]] ''Ponk, Pongas, Hango''<ref>{{Ouvrage| auteur1=[[René Pomerleau]]| titre=Flore des champignons au Québec et régions limitrophes| éditeur=Éditions la presse| année=1980| passage=87| isbn=}}.</ref>.}}, *sfong-/*fung-, qui a donné en grec ''spongos'' et en anglais ''sponge'', signifiant « éponge », et en latin ''fungus'' qui signifie en même temps « champignon » et « éponge »<ref>{{Ouvrage |auteur1=[[Louis-Jean Calvet]] |titre=Histoires de mots |sous-titre=étymologies européennes |éditeur=[[Payot (éditions)|Éditions Payot]] |année=1993 |passage=138 |isbn=}}</ref>.

== Définition mycologique ==
[[Fichier:Three_wood_fungi.jpg|vignette|redresse|Trois sporophores d'un même champignon.]]
Parmi les [[Eucaryota|Eucaryotes]], les Mycètes ne sont ni des plantes (puisqu'ils n'effectuent pas de [[photosynthèse]]) ni des animaux (bien qu'ils soient, comme ces derniers, des [[Opisthokonta|Opisthocontes]]), mais forment un [[Règne (biologie)|règne]] à part entière. Autrefois classés avec les [[algue]]s dans les végétaux « sans rameaux feuillés » : « [[cryptogame]]s [[thallophyte]]s non-chlorophylliens », les Mycètes constituent à présent un [[règne (biologie)|règne]] autonome, le cinquième règne ou « règne fongique » (du latin ''{{langue|la|fungus}}'' = champignon).

Selon la classification [[phylogénétique]], qui affine encore plus les liens de parenté, ce règne des ''Fungi'' est rattaché aux [[Unikonta]], une des deux divisions des ''[[Eukaryota]]'', et plus précisément aux [[Opisthokonta]] (ce qui signifie qu'ils sont plus proches des [[animaux]], Opisthocontes également, que des [[plante]]s, [[Bikonte]]s) : les champignons ont originellement des cellules avec un [[flagelle]] postérieur mais ont perdu ce flagelle à plusieurs reprises [[Histoire évolutive du vivant|au cours de l'évolution]]<ref>{{Ouvrage |langue=en |auteur1=Stefanie Pöggeler |auteur2=Johannes Wöstemeyer |titre=Evolution of Fungi and Fungal-Like Organisms |éditeur=Springer |année=2011 |passage=5 |isbn=}}</ref>.

Comparée à celle des [[végétaux]], la définition de l'organisme fongique est d'abord négative : dépourvus de tiges, de feuilles et de racines. Il est formé d'un appareil végétatif appelé [[thalle]], sans [[Tissu végétal|tissus]] fonctionnels ni organes différenciés, constitué de cellules végétatives allongées et cloisonnées nommées [[hyphe]]s. Ces hyphes s'associent le plus souvent en [[mycélium]], sorte de feutrage difficile à voir à l'œil nu et le plus souvent impossible à identifier en l'état. Parfois, le thalle est un simple tube sans cloisons ; on parle alors de structure cœnocytique et de ''siphon''.

Leur reproduction est très discrète et d'apparence capricieuse, tantôt asexuée, tantôt sexuée, au moyen de cellules spéciales, les [[spore]]s. Le champignon ne produisant pas de [[fleur]]s, il ne peut être un ''fruit'' ou [[Sporophore|carpophore]] au sens botanique, aussi l'appareil de « fructification » portant les [[spore]]s et permettant la reproduction est aujourd'hui désigné par le terme de « [[sporophore]] ». La [[Dispersion (biologie)|dispersion des spores]] est assurée par divers mécanismes. La majorité des champignons utilise l'[[anémochorie]] (dissémination par le vent<ref>Les {{lien|fr=ballistospore|lang=en|trad=ballistospore|texte=ballistospores}} sont par exemple des [[basidiospore]]s détachées de la baside qui les porte par des courants d'air qui les lancent dans l'environnement.</ref>). Les autres modes de dissémination sont l'[[hydrochorie]] (par les éclaboussures de la pluie)<ref>{{Article|langue=en|auteur=Galante TE, Horton TR, Swaney DP. –. Mycologia 103(6),.|titre=95% of basidiospores fall within 1 m of the cap: a field–and modeling–based study|périodique=Mycologia|date=2011|volume=103|numéro=6|pages=1175–1183}}</ref>, la [[barochorie]] (par la seule gravité) et la [[zoochorie]] (par les animaux : endozoochorie des limaces<ref>Les enzymes digestives des limaces stimulent la germination des spores. Cf {{Article|langue=en|auteur=HW Keller, KL Snell|titre=Feeding activities of slugs on Myxomycetes and macrofungi|périodique=Mycologia|date=2002|volume=94|numéro=5|pages=757–760}}</ref>, ectozoochorie et endozoochorie<ref>Les spores qui utilisent ce type de vecteur ont des parois plus épaisses, souvent renforcée par des pigments mélaniques qui évitent aux spores d'être digérées. Cf {{en}} Rast D, Stussi H, Hegnauer H, Nyhlen L., « Melanins », in ''The Fungal, Spore: Morphogenetic Controls'', Turian G, Hohl HR (Eds), Academic Press, 1981, p. 507–531.</ref> des mammifères<ref>Rongeurs, écureuils, cerfs.</ref>, des insectes [[mycophage]]s qui sont attirés par les belles couleurs du chapeau<ref>Ces pigments fongiques peuvent à l'inverse avoir un rôle de [[Défense des plantes contre les herbivores|défense contre les herbivores]].</ref> ou les odeurs)<ref>{{Article|langue=en|auteur=Erik Lilleskov, Tom D. Bruns|titre=Spore dispersal of a resupinate ectomycorrhizal fungus, Tomentella sublilacina, via soil food webs|périodique=Mycologia|date=juillet 2005|volume=97|numéro=4|pages=762-769}}</ref>.

Chez les « champignons supérieurs » ({{Unité|30000|espèces}} de macromycètes dont le [[sporophore]] est visible à l'œil nu<ref>{{Ouvrage |auteur1=Francis Martin |titre=Tous les champignons portent-ils un chapeau ? |éditeur=[[Éditions Quæ|Quae]] |année=2014 |passage=18 |isbn=}}.</ref>, dont plus de {{unité|15000 espèces}} connues en France<ref name=":0">{{Lien web|titre=Ni animal ni végétal, tout simplement à part|url=http://webzine-biodiversite.developpement-durable.gouv.fr/post/90564006046/ni-animal-ni-v%C3%A9g%C3%A9tal-tout-simplement-%C3%A0-part|site=webzine-biodiversite.developpement-durable.gouv.fr|date=|consulté le=7/05/2018}}</ref>), cet appareil (souvent constitué d'un pied et d'un chapeau et encore appelé ''champignon'' dans la langue courante<ref>[http://www.cnrtl.fr/definition/champignon cnrtl]</ref>) est particulièrement développé. Le reste du champignon (le [[mycélium]]) correspondant à sa [[Type trophique|forme trophique]] est souterrain ou dans le cœur du bois ou de l'hôte animal et donc invisible. Les champignons « inférieurs » peuvent aussi produire des sporophores, mais ceux-ci demeurent microscopiques.

La plupart des champignons ont une structure [[Organisme multicellulaire|multicellulaire]], mais il y a des exceptions notables : ainsi les [[levure]]s sont [[unicellulaire]]s.

== Définition du règne fongique ==
[[Fichier:Tree of Living Organisms 2.png|vignette|[[Arbre phylogénétique|Arbre à « bulles »]], ici stylisé, typique de la [[systématique évolutionniste]]. Les Fungi sont un groupe taxonomique qui exclut les [[myxomycète]]s (appelés abusivement « champignons-animaux »), les [[oomycète]]s et les [[Hyphochytriomycetes|hyphochytridiomycètes]] (« champignons-algues »).]]

Les organismes du règne des ''Fungi'' présentent les caractéristiques suivantes :
* ils sont [[eucaryote]]s (organismes possédant des cellules et dont les [[chromosome]]s sont enfermés dans un noyau) ;
* ils sont [[hétérotrophe]]s vis-à-vis du [[carbone]], qu'ils doivent donc trouver dans leur environnement immédiat. Incapables d'utiliser l'[[énergie solaire]], ils absorbent de nombreuses molécules carbonées fabriquées par d'autres êtres vivants ;
* ils sont [[absorbotrophe]]s, se nourrissant par absorption (décomposition) et non par ingestion (caractère animal). Ce [[mode d'alimentation]] implique la sécrétion d'[[Exoenzyme|enzymes extracellulaires]] (ces exoenzymes étant des [[enzyme]]s [[hydrolytique]]s libérées par [[exocytose]]) assurant une {{lien|fr=digestion extracellulaire|lang=en|trad=Extracellular digestion}} (exodigestion)<ref>{{Ouvrage|langue=en|auteur1=A. Tsuneda|titre=Fungal Morphology and Ecology|éditeur=Tottori Mycological Institute|année=1983|isbn=}}</ref>{{,}}<ref>{{Ouvrage |auteur1=Jean-Claude Callen |auteur2=Roland Perasso |titre=Biologie cellulaire. Des molécules aux organismes |éditeur=[[Éditions Dunod|Dunod]] |année=2005 |passage=184 |isbn=}}</ref>. Dépourvus de racines, tiges et feuilles, leur appareil végétatif, appelé [[mycélium]], est diffus, ramifié et tubulaire, constitué de filaments fins enchevêtrés, les [[hyphe]]s, à croissance apicale, permettant la nutrition par absorption. Dans la nature, la plupart des plantes ont recours aux [[mycorhize]]s, qui est une [[symbiose]] entre les racines d'une plante et le [[mycélium]] d'un champignon. Les racines de la plante produisent des sucres pour le champignon. Le mycélium procure en retour de l'eau et des [[sels minéraux]] inaccessibles aux racines de la plante ;
* comme les animaux, ils sont [[opistochonte]]s, c'est-à-dire que, comme on peut le voir chez certains champignons primitifs ([[chytridiomycète]]s), ils dérivent d'espèces ayant une phase aquatique avec des [[gamète]]s à un seul [[flagelle]] propulseur (type [[spermatozoïde]]). Les groupes modernes sont tous affranchis de la phase aquatique obligatoire et possèdent des spores sans flagelle ;
* l'existence simultanée d'une [[paroi cellulaire]] périphérique et de [[vacuole]]s [[Turgescence|turgescentes]] dans le cytoplasme, rapproche les Fungi des végétaux mais l'absence de [[chloroplaste]]s en fait, comme les animaux, des organismes hétérotrophes ;
* ils fabriquent des substances qui leur sont propres. Leur [[Paroi cellulaire|paroi]] contient des [[Biomarqueur|marqueurs taxonomiques]] : [[hémicellulose]]s ([[callose]], α et [[bêta-Glucane|β-glucane]]s, [[mannane]]s), [[polyoside]]s [[Amine (chimie)|aminés]] ([[chitosane]], [[chitine]] voisine de la chitine des insectes, caractère animal, alors que les végétaux possèdent une [[paroi pectocellulosique]])<ref>{{Ouvrage|langue=en|auteur1=José Ruiz-Herrera|titre=Fungal Cell Wall|sous-titre=Structure, Synthesis, and Assembly|éditeur=[[CRC Press]]|année=1991|pages totales=256|isbn=|lire en ligne={{Google Livres|GgFOHp-tiF4C}}}}</ref>. L'[[ergostérol]] est la forme majoritaire de [[stérol]] retrouvée dans la [[membrane cellulaire]] fongique (c'est le [[cholestérol]] chez les animaux et les [[phytostérol]]s chez les végétaux)<ref>{{Ouvrage|langue=en|auteur1=Kevin Kavanagh|titre=Fungi|sous-titre=Biology and Applications|éditeur=[[John Wiley & Sons]]|année=2005|passage=6|isbn=|lire en ligne={{Google Livres|oypo7-qn5uAC}}}}</ref>. Le [[glycogène]] est le principal [[polysaccharide]], comme chez les animaux. La synthèse de la [[lysine]] est réalisée par la [[Voie de l'alpha-aminoadipate|voie de l'α-aminoadipate]]. D'autres substances typiques du règne animal sont retrouvées chez les champignons ([[mélanine]] pour durcir les parois fongiques, [[bufoténine]] à l'action toxique{{etc.}})<ref>{{Ouvrage |langue=en |auteur1=J K  Misra |auteur2=S. K. Deshmukh |titre=Fungi from different environments |éditeur=Science Publishers |année=2009 |passage=260, 361 |isbn=}}.</ref>. Ils produisent une variété de [[métabolites secondaires]] spécifiques associés à d'importants mécanismes de défense et de résistance. Ils émettent notamment des [[composés organiques volatils]] qui ont des propriétés antibactérienne, antifongique, insecticide, et qui peuvent être un critère important pour leur identification<ref>{{Article|auteur= Guy Claus|titre=Des odeurs en mycologie !|périodique=Documents mycologiques|volume=8|numéro=30-31|année=1978|pages=31-63}}</ref> ;
* ils n'ont pas de différences sexuelles. Ils sont capables de produire un nombre considérable de spores [[haploïde]]s après une [[dicaryon|dicaryophase]] plus ou moins longue entre la [[plasmogamie]] et la [[caryogamie]]. Les mycologues utilisent plutôt le terme de bipolarité sexuelle que celui de sexualité.

== Histoire évolutive ==
[[Fichier:SchemaSortieDesEauxEvolution.svg|vignette|upright=1.4|Multiples « [[Sortie des eaux|sorties des eaux]] » au sein de plusieurs [[Embranchement (biologie)|groupes]] d'[[Organisme (physiologie)|organismes vivants]]. Les champignons terrestres issus de l'[[hydromycoflore]] ont probablement conquis le milieu aérien en réalisant des associations [[Mutualisme (biologie)|mutualistes]] avec des végétaux ([[mycophycobiose]]s, [[lichen]]s, [[mycorhizes]]), [[Stratégie écologique|stratégies écologiques]] qui peuvent être interprétées en termes d'[[Adaptation (biologie)|adaptation]] à la vie émergée (accès à des ressources {{Incise|hydrique, gazeuse, minérale et photonique}} insuffisamment exploitables, résistance à la dessiccation, au rayonnement [[ultraviolet]] et [[Défense des plantes contre les herbivores|aux herbivores]])<ref>{{Article|auteur=[[Marc-André Selosse]], François Le Tacon|titre=Les stratégies symbiotiques de conquête du milieu terrestre par les végétaux|périodique=Année Biol.|date=2001|volume=40|pages=3-20|url texte=http://isyeb.mnhn.fr/IMG/pdf/selosseletacon2001.pdf}}</ref>.]]
[[Fichier:03 02 21 types of fruiting bodies of gasteromycetes, Basidiomycota (M. Piepenbring).png|vignette|upright=1.4|Le processus de « gastéromycétation » d'une forme [[agaricoïde]] épigée à une forme [[Champignon gastéroïde|gastéroïde]] hypogée serait une adaptation aux [[Aridité|climats arides]] (résistance à la dessiccation) et, en offrant une grande diversité d'odeurs, à la [[Zoochorie|dispersion par les animaux]] [[mycophage]]s<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Andrew W. |nom1=Wilson |prénom2=Manfred |nom2=Binder |prénom3=David S. |nom3=Hibbett |titre=Effects of gasteroid fruiting body morphology on diversification rates in three independent clades of fungi estimated using binary state speciation and extinction analysis |périodique=Evolution |volume=65 |numéro=5 |date=2011-05 |doi=10.1111/j.1558-5646.2010.01214.x |lire en ligne=http://doi.wiley.com/10.1111/j.1558-5646.2010.01214.x |consulté le=2020-04-27 |pages=1305–1322}}.</ref>.]]
Les premiers groupes modernes d'organismes [[Eukaryota|eucaryotiques]] (algues, [[Champignon aquatique|champignons aquatiques]]) apparaissent dans l'océan puis dans les eaux douces il y a 1,3 milliard d'années. Des [[champignon aquatique|microchampignons aquatiques]] apparaissent ainsi probablement au fond des océans dans des sources hydrothermales, l'[[Champignon aquatique|hydromycoflore]] ayant depuis gardé un mode de vie [[benthique]] (tel le genre {{Lien|langue=en|trad=Tappania|fr=Tappania}} apparu il y a {{nombre|1.6|milliard}} d'années)<ref>{{Ouvrage |auteur1=Jean-Christophe Guéguen |auteur2=David Garon |titre=Biodiversité et évolution du monde fongique |éditeur=[[EDP Sciences]] |année=2015 |passage=92 |isbn=}}.</ref>.

Contrairement aux plantes et aux animaux, les fossiles de champignons [[Mycélium|mycéliens]] sont rares car leur matière fragile se prête mal à la fossilisation. Jusqu'à récemment, les fossiles les plus anciens étaient des [[hyphes]] fossilisés, spores de [[Glomeromycota]] de {{unité|420 Ma}}<ref>{{Ouvrage |langue=en |auteur1=Stefanie Pöggeler |auteur2=Johannes Wöstemeyer |titre=Evolution of Fungi and Fungal-Like Organisms |éditeur=Springer |année=2011 |passage=171 |isbn=}}</ref> et un [[ascocarpe]] d'Ascomycète de {{unité|400 Ma}} découvert dans la [[flore de Rhynie]]. Les « champignons supérieurs » étaient donc bien individualisés dès cette époque<ref>{{Article|langue=en|auteur=T. N. Taylor, H. Hass & H. Kerp|titre=The oldest fossil ascomycetes|périodique=Nature|date=17 juin 1999|volume=399|numéro=648|pages=|doi=10.1038/21349}}</ref>, ce qui indique une origine des champignons mycéliens beaucoup plus ancienne, sans doute entre 0,76 et 1,06 milliard d'années<ref>{{Article|langue=en|auteur=Lucking R, S Huhndorf, Pfister D, Plata ER, Lumbsch H.|titre=Fungi evolved right on track|périodique=Mycologia|date=2009|volume=101|numéro=6|pages=810-822|doi=10.3852/09-016}}</ref>, voire 2,4 milliards d'années mais ces études se basent sur des critères morphologiques (donc ambigus) pour avancer une affinité fongique<ref name="Loumé">{{Lien web|url=https://www.sciencesetavenir.fr/archeo-paleo/paleontologie/les-champignons-sont-plus-vieux-que-nous-ne-le-pensions_140727|titre=Les champignons sont apparus sur Terre 300 millions d'années plus tôt que prévu|auteur=Lise Loumé|date=23 janvier 2020|site=[[sciencesetavenir.fr]]}}</ref>. Des microfossiles multicellulaires d'affinité fongique ont été découverts en 2019 dans un [[schiste]] [[argile]]ux de la formation de Grassy Bay (Arctique canadien), daté à {{unité|1,01-0,89 Ga}}<ref>{{article| langue=en| titre=Early fungi from the Proterozoic era in Arctic Canada| auteur1=Corentin C. Loron| auteur2=Camille François| auteur3=Robert H. Rainbird| auteur4=Elizabeth C. Turner| auteur5=Stephan Borensztajn| auteur6=Emmanuelle J. Javaux| périodique=Nature| lien périodique=Nature (revue)| date=22 mai 2019| doi=10.1038/s41586-019-1217-0}}.</ref>.

Trois hypothèses relatives à la [[terrestrialisation]] fongique sont proposées : selon le scénario « vert », les champignons ont [[Coévolution|coévolué]] avec les ancêtres des [[plantes terrestres]], peut-être en tant que [[symbiote]]s ou [[Parasitisme|parasites]] [[biotrophe]]s des algues [[Streptophyta|Streptophytes]] qui ont conquis des [[Habitat (écologie)|habitats]] d'[[eau douce]] après leur séparation d'anciennes algues vertes [[chlorophytes]]. Le scénario « brun » suppose que les champignons [[Zoospore|zoosporiques]] ([[spore]]s [[Flagelle|flagellées]], caractère qui semble restreindre ces organismes aux milieux aquatiques et dans les sols humides) ont colonisé des sédiments ou des terres humides grâce à un mode de vie [[saprotrophe]] (bactéries et algues en décomposition échoués sur la côte ou les berges de plans d'eau, de rivières), puis ont perdu leur flagelle et ont développé une croissance [[Hyphes|hyphale]]. La voie « blanche » suggère que les champignons zoosporiques se sont adaptés à des environnements gelés qui ont servi de transition entre les milieux aquatiques et terrestres<ref>{{Article|langue=en|auteur=Miguel A. Naranjo‐Ortiz Toni Gabaldón|titre=Fungal evolution: major ecological adaptations and evolutionary transitions|périodique=Biological Letters|date=2019|volume=94|numéro=4|pages=1443-1476|doi=10.1111/brv.12510}}</ref>.

Selon le mycologue [[Paul Stamets]], c'est la [[sortie des eaux|conquête des terres]] par les champignons à mycélium avant l'arrivée des plantes terrestres qui a permis à ces dernières de se développer il y a plus de {{nobr|500 millions}} d'années. Une étude de 2020 identifie le plus ancien fossile présumé dans un schiste dolomitique du supergroupe Mbuji-Mayi en [[République démocratique du Congo]]. Ce microfossile, daté d'environ {{nb|715 à 810 millions}} d'années, serait apparu dans une zone de transition entre milieux aquatique et terrestre<ref name="Loumé"/>{{,}}<ref>{{Article|langue=en|auteur=S. Bonneville, F. Delpomdor, A. Préat, C. Chevalier, T. Araki, M. Kazemian, A. Steele, A. Schreiber, R. Wirth and L. G. Benning|titre=Molecular identification of fungi microfossils in a Neoproterozoic shale rock|périodique=[[Science Advances]]|date=2020|volume=6|numéro=4|pages=|doi=10.1126/sciadv.aax7599}}</ref>.

Alors que les organismes vivant dans l'eau baignent dans une solution d'éléments nutritifs, ceux ayant conquis les terres (analogues à des déserts minéraux) ont développé des stratégies adaptatives pour leur alimentation et hydrique et minérale. Le [[mycélium]] fongique contient des acides oxaliques et des [[exoenzyme]]s extracellulaires qui auraient [[Altération (géologie)|altéré les roches]] des premiers sols qui devaient sans doute se présenter comme des croûtes semblables à celle des déserts chauds ou froids actuels. Les champignons, associés à des [[bactérie]]s ou à des algues dans les lichens (hypothèses que soulèvent le fossile ''[[Prototaxites]]''), auraient ainsi été très actifs dans la colonisation des roches, la minéralisation des sols et la [[Pédogenèse (géologie)|pédogenèse]], facilitant l'alimentation minérale des plantes<ref>{{Ouvrage |langue=en |auteur1=[[Paul Stamets]] |titre=Mycelium running. How mushrooms can help save the world |éditeur=Potter/TenSpeed/Harmony |année=2011 |passage=47 |isbn=}}.</ref>.

Selon une théorie<ref>{{Ouvrage |langue=en |auteur1=Mary E. White |titre=Earth Alive ! From Microbes to a Living Planet |éditeur=Rosenberg Pub |année=2003 |passage=93 |isbn=}}</ref>, les champignons symbiotiques de type [[lichen]] sont parmi les premiers organismes à avoir [[Sortie des eaux|colonisé la terre]] durant le [[Cambrien]] et l'évolution des [[Embryophyta|plantes terrestres]] au cours du [[Dévonien]] n'aurait ainsi pas été possible sans eux. La conquête terrestre nécessitant plusieurs adaptations simultanées, l'établissement de [[symbiose]]s a permis d'apporter des solutions et d'effectuer ce [[saut macroévolutif]] afin de [[Colonisation (biologie)|coloniser]] ce milieu plus hostile par les plantes. Des algues ont ainsi probablement établi des [[Mutualisme (biologie)|associations mutualistiques]] avec des [[microchampignon]]s<ref>{{Article|auteur=[[Marc-André Selosse]], François Le Tacon|titre=Les stratégies symbiotiques de conquête du milieu terrestre par les végétaux|périodique=Année Biol.|date=2001|volume=40|pages=16-17|url texte=http://isyeb.mnhn.fr/IMG/pdf/selosseletacon2001.pdf}}</ref> ([[mycophycobiose]]s, [[lichen]]s). Par provocation, il est tentant d'écrire selon [[Marc-André Selosse]], que la majorité des plantes terrestres sont des sortes de [[Lichen|champignons lichénisés]] dans lesquels l'algue occupe la partie aérienne et visible de l'association, et le champignon pluricellulaire la partie souterraine<ref>Marc-André Selosse, {{opcit}}, p. 16</ref>. Selon une autre hypothèse, ce sont les [[Mycorhize#Types de mycorhization|endomycorhizes à arbuscules primitives]] qui ont permis aux plantes de sortir de l'eau et de s'adapter au milieu terrestre<ref>{{Article|langue=en|auteur=Mark C. Brundrett|titre=Coevolution of roots and mycorrhizas of land plants. 154,|périodique=New Phytologist|date=mai 2002|volume=154|numéro=2|pages=275-304|doi=10.1046/j.1469-8137.2002.00397.x}}</ref>.

Sur les {{formatnum:100000}} espèces de champignons répertoriées en 2015, {{Citation|près de {{formatnum:10000}} produisent des [[Sporophore|fructifications]] à l'œil nu, un peu plus de {{formatnum:1100}} sont comestibles et consommés comme aliments, et environ 500 sont utilisés comme remèdes dans la médecine traditionnelle de tous les pays en développement}}<ref>{{Ouvrage |auteur1=Francis Martin |titre=Tous les champignons portent-ils un chapeau ? |éditeur=Éditions Quae |année=2014 |passage=41 |isbn=}}</ref>.

{{Cladogramme Opisthokonta}}

== Classification ==
[[Fichier:Gymnopilus spectabilis JPG3.jpg |vignette| [[Gymnopile remarquable]].]]
{{Article détaillé|Taxinomie et systématique des champignons}}
=== Classifications classiques (morphologiques) ===
[[Fichier:Schéma champignon.jpg|vignette|upright=2|alt=schéma d'un sporophore conique|[[Sporophore]]s de champignons vus de profil, en [[Système de référence en anatomie|coupe frontale et sagittale]]. La classification des champignons est basée sur le mode de [[reproduction sexuée]], ici le [[Sporophore|corps fructifère]].]]
==== Historique ====
Les champignons ont été classés dans le passé comme faisant partie du [[règne végétal]] du fait de la présence d'une [[paroi cellulaire]] et de plusieurs similitudes entre leurs cycles de reproduction et ceux des algues. L'idée de classer les champignons dans un règne à part est émise dès 1783 par [[Noël Martin Joseph de Necker]] dans son Traité sur la ''mycitologie''<ref>{{Ouvrage |auteur1=[[Jean Després]] |titre=L'univers des champignons |éditeur=Les Presses de l'Université de Montréal |année=2012 |passage=123 |isbn= |lire en ligne={{Google Livres|4nHzqTTGbaUC}}}}.</ref>. Mais ce n'est qu'en 1959, que l'écologue américain [[Robert Harding Whittaker|Robert Whittaker]] les classe dans un règne à part, celui des ''Mycota'', sur la base de plusieurs caractères particuliers comme l'absence de [[chlorophylle]] et d'[[amidon]]<ref>{{Article|langue=en|auteur=R.H. Whittaker|titre=On the broad classification of organisms|périodique=The Quarterly Review of Biology|date=septembre 1959|volume=34|numéro=3|pages=210-226|doi=10.1086/402733}}.</ref>.

Une des classifications les plus répandues est celle de [[Geoffrey Clough Ainsworth]] (1905-1998) et [[Guy Richard Bisby]] (1889-1958) dans leur ''Dictionary of Fungi'' (1971), bien qu'elle soit aujourd'hui profondément remaniée ({{9e}} édition en 2001), on trouve encore les anciennes versions de cette classification dans certains ouvrages. Elle suit manifestement les recommandations des études phylogénétiques actuelles.

La classification phylogénétique et la classification traditionnelle ont fait l'objet d'une synthèse qui reprend les divisions classiques phylum, sous-phylum, sur-phylum, classe, sous-classe et ordre. Ce document de 2007, cosigné par 67 auteurs reste une référence<ref name="Hibbett">{{article|auteur=D.S. Hibbett, et al.|titre=A higher-level phylogenetic classification of the Fungi|revue=Mycological Research|vol=111|no=5|date=2007|passage=509-547|url=http://www.umich.edu/~mycology/resources/Publications/Hibbett-et-al.-2007.pdf|format=pdf}}</ref>.

==== Ancienne classification d'Ainsworth ====
Exemple d'une ancienne classification morphologique<ref>{{Ouvrage |langue=en |auteur1=[[Geoffrey Clough Ainsworth]] |titre=The Fungi |sous-titre=An Advanced Treatise, Volumes 1 à 5 |éditeur=[[Academic Press]] |année=1965 |pages totales=805 }}</ref> :
{{Arbre|contenu=
* Règne des ''Fungi''
** Division des ''Myxomycota'' (présentent des [[plasmode]]s)
*** Acrasiomycètes
*** Myxomycètes
*** Plasmodiophoromycètes
** Division des ''Eumycota'' (ne présentent pas de plasmode)
*** Subdivision des ''Mastigomycotina'' (présentent des spores mobiles -zoospores-)
**** Chytridiomycètes
**** Hyphochytridiomycètes
**** Oomycètes
*** Subdivision des ''Deuteromycotina''
*** Subdivision des ''Zygomycotina''
*** Subdivision des ''Ascomycotina''
*** Subdivision des ''Basidiomycotina''
}}
Ce premier règne des champignons comprenait un certain nombre d'organismes qui, par la suite, ont été replacés dans d'autres règnes :
* les [[Oomycètes]] et les [[Hyphochytrea|Hyphochytridiomycètes]] qui sont maintenant classés dans les [[Straménopile]]s ;
* les [[Myxomycètes|Myxomycota]] qui sont maintenant classés dans plusieurs groupes de [[protiste]]s.

Les [[Chytridiomycota|''Chytridiomycota'' ou Chytridiomycètes]] sont des espèces dont les spores portent un flagelle. On les considère comme les ancêtres de tous les autres champignons.

Les [[Ascomycota|''Ascomycota'' ou Ascomycètes]] ont des spores qui sont produites à l'intérieur de sacs (les [[Asque (cellule)|asques]]) et sont projetées, à maturité, à l'extérieur par ouverture de l'asque.

Les [[Basidiomycota|''Basidiomycota'' ou Basidiomycètes]] ont des spores qui se développent à l'extrémité de cellules spécialisées (les [[baside]]s) et sont dispersées par le vent à maturité.

Les [[Glomeromycota|''Glomeromycota'' ou Glomeromycètes]] étaient autrefois classés dans les ''Zycomycota''. Ils sont maintenant considérés comme constituant une division à part.

Les [[Deuteromycota|''Deuteromycota'' ou Deuteromycètes]] formaient le groupe des champignons imparfaits, il s’agissait de champignons que l'on ne connaissait que sous forme [[anamorphe]], il est maintenant en général possible de rattacher chaque genre à diverses classes d'ascomycètes.

La classification de [[Geoffrey Clough Ainsworth]] (division des Fungi en [[Eumycota]] et [[Myxomycètes|Myxomycota]]) est aujourd'hui remplacée par le groupe [[Eumycota]] (« champignons vrais » proches génétiquement des animaux) et le groupe Pseudomycota (« faux champignons » apparentés à des algues donc aux plantes)<ref>{{Ouvrage |langue=en |auteur1=David J. McLaughlin, Paul A. Lemke, Esther G. McLaughlin, Meredith Blackwell, Joseph W. Spatafora |titre=Systematics and Evolution |sous-titre=the Mycota |éditeur=Springer |année=2001 |passage=3-4 |isbn=}}</ref>.

=== Liste des embranchements ===
Selon {{Bioref|CatalogueofLife taxon|6 novembre 2020}} :
* ''[[Ascomycota]]'' ;
* ''[[Basidiomycota]]'' ;
* ''[[Blastocladiomycota]]'' ;
* ''[[Chytridiomycota]]'' ;
* ''[[Entomophthoromycota]]'' ;
* ''[[Glomeromycota]]'' ;
* ''[[Zygomycota]]''.

<gallery style="text-align:center;" mode="packed">
Fichier:Morchella conica LC0125.jpg|''[[Morchella conica]]'' ([[Ascomycota]])
Fichier:Fliegenpilz fly agaric Amanita muscaria.JPG|''[[Amanita muscaria]]'' ([[Basidiomycota]])
Fichier:Physoderma pulposum on Chenopodium (24940631757).jpg|''[[Physoderma pulposum]]'' ([[Blastocladiomycota]])
Fichier:Cladochytrium menyanthis - Lindsey.jpg|''[[Cladochytrium menyanthis]]'' ([[Chytridiomycota]])
Fichier:Rozella allomycis.tiff|''[[Rozella allomycis]]'' ([[Cryptomycota]])
Fichier:2011-06-20 Entomophthora muscae (Cohn) Fresen 204248.jpg|''[[Entomophthora muscae]]'' ([[Entomophthoromycota]])
Fichier:Gigaspora margarita.JPG|''[[Gigaspora margarita]]'' ([[Glomeromycota]])
Fichier:Monoblephs 002.jpg|''[[Monoblepharis polymorpha]]'' ([[Monoblepharidomycota]])
Fichier:Buwchfawromyces eastonii (10.3897-mycokeys.9.9032) Figure 1.jpg|''[[Buwchfawromyces eastonii]]'' ([[Neocallimastigomycota]])
Fichier:Kääveoseline lehikuhallik.JPG|''[[Spinellus fusiger]]'' ([[Zygomycota]], parasite)
</gallery>

=== Classification phylogénétique (cladistique) ===
{{Article détaillé|Mycota (classification phylogénétique)}}
Les {{référence nécessaire|premières études de portions d'ADN et de chromosomes}} tendent à proposer {{référence nécessaire|une nouvelle classification, dite « classification systématique des champignons » (terme confus car déjà utilisé pour classification [[systématique]] classique)}}, et coïncide de plus en plus avec la [[classification phylogénétique]], donc de moins en moins avec la classification morphologique.
{{Arbre|contenu=
* ''Fungi''
** ''[[Microsporidia]]''
** clade
*** ''[[Kickxellomycotina]]''
*** ''[[Zoopagomycotina]]''
*** ''[[Entomophthoromycotina]]''
*** ''[[Blastocladiomycota]]''
*** ''[[Mucoromycota]]''
*** ''[[Neocallimastigomycota]]''
*** ''[[Chytridiomycota]]''
**** ''[[Symbiomycota]]''
***** ''[[Glomeromycota]]''
*** ''[[Dikarya]]''
**** ''[[Ascomycota]]''
**** ''[[Basidiomycota]]''
}}

Le cladogramme qui suit est basé sur les travaux de Philippe Silar<ref name=Silar2016>{{Ouvrage|auteurs=Silar P|titre=Protistes Eucaryotes : Origine, Evolution et Biologie des Microbes Eucaryotes|éditeur=HAL|année=2016|pages totales=472|passage=462|isbn=978-2-9555841-0-1|lire en ligne=https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01263138/document|consulté le=7 avril 2016|archiveurl=https://web.archive.org/web/20170925132023/https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01263138/document|archivedate=25 September 2017}}</ref>, « The Mycota: A Comprehensive Treatise on Fungi as Experimental Systems for Basic and Applied Research »<ref name=MycotaVIIS&E>{{Ouvrage|auteurs=Esser K|titre=The Mycota VII A|sous-titre=Systematics and Evolution (2nd ed.)|éditeur=Springer|collection=The Mycota|année=2014|passage=461|isbn=978-3-642-55317-2|doi=10.1007/978-3-642-55318-9|pmcid=46141350|lire en ligne=https://www.springer.com/gp/book/9783642553172|editor1-first=David J <!--PARAMETRE 'editor1-first' N'EXISTE PAS -->|editor1-last=McLaughlin <!--PARAMETRE 'editor1-last' N'EXISTE PAS -->|editor2-first=Joseph W <!--PARAMETRE 'editor2-first' N'EXISTE PAS -->|editor2-last=Spatafora <!--PARAMETRE 'editor2-last' N'EXISTE PAS -->}}</ref> et Tedersoo et al. 2018<ref>{{article|nom1=Tedersoo |prénom1=Leho |nom2=Sanchez-Ramırez |prénom2=Santiago |nom3=Koljalg |prénom3=Urmas |nom4=Bahram |prénom4=Mohammad |nom5=Doring |prénom5=Markus |nom6=Schigel |prénom6=Dmitry |nom7=May |prénom7=Tom |nom8=Ryberg |prénom8=Martin |nom9=Abarenkov |prénom9=Kessy |titre=High-level classification of the Fungi and a tool for evolutionary ecological analyses |journal=Fungal Diversity |date=22 February 2018 |volume=90 |numéro=1 |pages=135–159 |doi=10.1007/s13225-018-0401-0 |accès doi=libre }}</ref>.

{| class="collapsible collapsed" style="width:100%; border:solid 1px #aaa"
|-
! style="background:#F0F2F5" |[[Cladogramme]] détaillé de la phylogénie des Mycètes.
|-
|
{{Clade
|style=font-size:85%; line-height:80%
|label1='''Mycètes'''
|1={{clade
  |1={{clade <!-- dummy clade to reduce horizontal width -->
  |label1=Rozellomyceta
  |1={{clade
    |label1=[[Rozellomycota]]
    |1=[[Rozellomycetes]]
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      |2={{clade
        |1=''[[Paramicrosporidium]]''
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             }}
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         }}
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     }}
     }}
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      |1=[[Aphelida|Aphelidiomycetes]]
       }}
    |label2=[[Eumycota]]
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      |1={{clade <!-- dummy clade to reduce horizontal width -->
      |label1=Chytridiomyceta
      |1={{clade
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        |1=[[Neocallimastigomycetes]]
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             }}
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         }}
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               }}
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            |label1=[[Mortierellomycota]]
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                |label1=[[Calcarisporiellomycota]]
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              |2={{clade
                |label1=[[Glomeromycota]]
                |1={{clade
                  |1=[[Paraglomeromycetes]]
                  |2={{clade
                    |1=[[Archaeosporomycetes]]
                    |2=[[Glomeromycetes]]
                     }}
                   }}
                |label2=[[Dikarya]]
                |2={{clade
                  |1={{clade
                    |label1=[[Entorrhizomycota]]
                    |1=[[Entorrhizomycetes]]
                      |label2=[[Basidiomycota]]
                      |2={{clade
                        |label1=[[Pucciniomycotina]]
                        |1={{clade
                          |1={{clade
                            |1=[[Tritirachiomycetes]]
                            |2={{clade
                              |1=[[Mixiomycetes]]
                              |2=[[Agaricostilbomycetes]]
                               }}
                             }}
                          |2={{clade
                            |1=[[Cystobasidiomycetes]]
                            |2={{clade
                              |1={{clade
                                |1=[[Classiculaceae]]
                                |2=[[Microbotryomycetes]]
                                 }}
                              |2={{clade
                                |1=[[Cryptomycocolacomycetes]]
                                |2={{clade
                                  |1=[[Atractiellomycetes]]
                                  |2=[[Pucciniomycetes]]
                                   }}
                                 }}
                               }}
                             }}
                           }}
                        |label2=[[Orthomycotina]]
                        |2={{clade
                          |label1=[[Ustilaginomycotina]]
                          |1={{clade
                            |1={{clade
                              |1=[[Monilielliomycetes]]
                              |2=[[Malasseziomycetes]]
                               }}
                            |2={{clade
                              |1=[[Ustilaginomycetes]]
                              |2=[[Exobasidiomycetes]]
                               }}
                             }}
                          |label2=[[Agaricomycotina]]
                          |2={{clade
                            |1=?[[Geminibasidiomycetes]]
                            |2=?[[Wallemiomycetes]]
                            |3=[[Bartheletiomycetes]]
                            |4={{clade
                              |1=[[Tremellomycetes]]
                              |2={{clade
                                |1=[[Dacrymycetes]]
                                |2=[[Agaricomycetes]]
                                 }}
                               }}
                             }}
                           }}
                         }}
                     }}
                      |label2=[[Ascomycota]]
                      |2={{clade
                        |label1=[[Taphrinomycotina]]
                        |1={{clade
                          |1={{clade
                            |1=[[Neolectomycetes]]
                            |2=[[Taphrinomycetes]]
                             }}
                          |label2=[[Schizosaccharomyceta]]
                          |2={{clade
                            |1=[[Archaeorhizomycetes]]
                            |2={{clade
                              |1=[[Pneumocystidomycetes]]
                              |2=[[Schizosaccharomycetes]]
                               }}
                             }}
                           }}
                        |label2=[[Saccharomyceta]]
                        |2={{clade
                          |label1=[[Saccharomycotina]]
                          |1=[[Saccharomycetes]]
                          |label2=[[Pezizomycotina]]
                          |2={{clade
                            |1=?[[Thelocarpales]]
                            |2=?[[Vezdaeales]]
                            |3=?[[Lahmiales]]
                            |4=?[[Triblidiales]]
                            |5=[[Orbiliomycetes]]
                            |6={{clade
                              |1=[[Pezizomycetes]]
                              |label2=[[Leotiomyceta]]
                              |2={{clade
                                |label1=[[Sordariomyceta]]
                                |1={{clade
                                  |1=[[Xylonomycetes]]
                                  |2={{clade
                                    |1=[[Geoglossomycetes]]
                                    |2={{clade
                                      |1=[[Leotiomycetes]]
                                      |2={{clade
                                        |1=[[Laboulbeniomycetes]]
                                        |2=[[Sordariomycetes]]
                                         }}
                                       }}
                                     }}
                                   }}
                                |label2=[[Dothideomyceta]]
                                |2={{clade
                                  |1={{clade
                                      |1=[[Coniocybomycetes]]
                                      |2=[[Lichinomycetes]]
                                     }}
                                  |2={{clade
                                    |1={{clade
                                      |1=[[Eurotiomycetes]]
                                      |2=[[Lecanoromycetes]]
                                       }}
                                    |2={{clade
                                      |1=[[Collemopsidiomycetes]]
                                      |2={{clade
                                        |1=[[Arthoniomycetes]]
                                        |2=[[Dothideomycetes]]
                                         }}
                                       }}
                                     }}
                                   }}
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== Stratégies écologiques pour l'obtention de nutriments ==
[[Fichier:Réseau mycorhizien.svg|vignette|redresse=1.4|Les champignons [[biotrophe]]s [[mycorhizogène]]s, à « [[Sporophore|fructification]] » [[wikt:épigée|épigée]] ou [[wikt:hypogée|hypogée]], établissent un [[réseau mycorhizien]]. Les champignons [[saprotrophe]]s participent à la dégradation de la [[Litière (forestière)|litière]] et la [[pourriture du bois]]<ref>Les mycorhizogène se caractérisent généralement par une base de [[Stipe (champignon)|pied]] « propre » : les [[hyphe]]s secrètent la [[glomaline]], colle biologique qui enchevêtre et emmêle les particules minérales et organiques de sol, facilitant la formation de micro-agrégats (<250 µm) agglomérés en macro-agrégats (>250 µm) qui se cassent doucement à la main. Chez les saprotrophes, des débris organiques sont plus agglomérés à cette base (pied « sale ») dont les hyphes se prolongent dans la litière où elles agissent en tant que pourritures blanches de l'humus (distinctes de la [[Pourriture fibreuse|pourriture blanche du bois]]). Cf {{Article|langue=en|auteur=JM Tisdall|titre=Fungal hyphae and structural stability of soil|périodique=Australian Journal of Soil Research|date=1991|volume=29|numéro=6|pages=729-743|doi=10.1071/SR9910729}}, {{Ouvrage|auteur1=Pierre Davet|titre=Vie microbienne du sol et production végétale|éditeur=éditions Quae|année=1996|passage=27|isbn=}}</ref>. Grands [[Cycle du carbone|agents recycleurs]], les champignons sont les seuls capables de [[Décomposeur|décomposer]] les [[lignine]]s qui représentent 30 % de tout le carbone organique non fossile sur la Terre. La disponibilité de ces [[macromolécule]]s [[polyphénol]]iques serait supérieure à 300 milliards de tonnes, et elle augmenterait de 20 milliards de tonnes annuellement. L'action des champignons illustre le potentiel de cette [[matière première]] [[biosourcé]]e en tant que ressource pour la [[Durabilité|production durable]]<ref>{{Article|langue=en|auteur=Judith Becker, Christoph Wittmann|titre=A field of dreams: Lignin valorization into chemicals, materials, fuels, and health-care products|périodique=Biotechnology Advances|date=2019|volume=37|numéro=6|pages=|doi=10.1016/j.biotechadv.2019.02.016}}</ref>.]]

Grâce au métabolisme de la [[photosynthèse]], les végétaux verts peuvent fixer directement le [[gaz carbonique]] de l'air : on dit qu'ils sont [[autotrophe]]s. Ce n'est pas le cas des champignons, qui sont [[hétérotrophe]]s : ils doivent trouver le [[carbone]] nécessaire à leur vie dans leur environnement immédiat, sous la forme de [[Matière organique|matières organiques]]. Ils se nourrissent à partir de substances dissoutes par [[absorbotrophie]] selon différentes [[Stratégie écologique|stratégies écologiques]], la [[saprotrophie]], la [[biotrophie]] [[Mutualisme (biologie)|mutualiste]] ou [[Parasitisme|parasitaire]] (le mycologue et microbiologiste Francis Martin les associe aux trois grandes [[Guilde (écologie)|guildes]] d'espèces fongiques des bois, les mutualistes ou symbiotes, les [[décomposeur]]s ou fossoyeurs, et les parasites, surnommés « [[Le Bon, la Brute et le Truand]] »)<ref>{{Ouvrage|auteur1=Hugues Demeude|titre=Les incroyables pouvoirs de la nature|éditeur=[[Groupe Flammarion|Flammarion]]|année=2020|passage=32|isbn=}}</ref>, le [[commensalisme]] et la [[carnivorie]].
* '''Saprotrophie''' : les champignons peuvent se nourrir de matière organique morte ou en décomposition ([[feuilles mortes]], débris végétaux ou animaux, [[excrément]]s) : on les appelle alors des « saprotrophes » (et également « [[Champignon coprophile|coprophiles]] » pour ceux qui croissent sur les excréments). On les trouve notamment en forêt, là où cette nourriture, sous forme d'[[humus]], existe en grande quantité ([[Champignon corticioïde|champignons corticioïdes]] et [[Sporophore#Champignon polyporoïde|polyporoïdes]], [[décomposeur]]s de la litière, [[agents de dégradation du bois]] responsables de [[pourriture du bois|leur pourriture]]). En dégradant ainsi la matière organique morte, les champignons saprophytes remettent à la disposition des autres organismes des éléments minéraux essentiels de nouveau assimilables ([[azote]], [[phosphore]], [[carbone]]). Les [[moisissure]]s sont également des champignons saprotrophes décomposeurs de matière organique. Ils participent ainsi au [[recyclage]] de la matière organique.
* '''[[Symbiose]] mutualiste ''': les champignons peuvent vivre en [[symbiose]] avec d'autres êtres vivants autotrophes, au point que l'un ne peut vivre sans l'autre ([[endosymbiose]] extracellulaire comme les champignons [[endophyte]]s, les lichens et les associations mycorhiziennes). Ainsi, les [[lichen]]s sont des associations de champignons (essentiellement des [[Ascomycète]]s, mais aussi quelques [[Basidiomycète]]s) et de [[cyanobactérie]]s ou d'algues vertes. Le champignon fournit à l'algue protection, eau et sels minéraux et, en retour, celle-ci l'approvisionne en glucides, produits de la photosynthèse. Mais la plupart des plantes vertes vivent également en symbiose avec des champignons du sol, formant une association symbiotique appelée '''[[mycorhize]]'''. Il existe des cas de symbiose avec des animaux : les champignons aident ainsi [[fourmi]]s et [[termite]]s à digérer la cellulose.
* '''[[Parasitisme]]''' : les champignons peuvent également tirer parti de la matière organique vivante. Ils sont parasites et vivent aux dépens d'un être vivant à leur propre compte (biotrophie parasitaire). Souvent pathogènes, ils provoquent des maladies et entraînent parfois la mort de leurs hôtes ([[mycoparasite]]s [[nécrotrophe]]s d'autres champignons, parasites des algues, [[Champignon pathogène|champignons zoopathogènes]] et [[Champignon phytopathogène|phytopathogènes]]). Les {{page h'|Anthracnose|anthracnoses}}, les [[oïdium]]s<ref>Les [[mildiou]]s, les [[rouille (maladie)|rouilles]] sont des maladies induites par des parasites obligatoires de la famille des Oomycètes.</ref> sont des [[maladie cryptogamique|maladies cryptogamiques]] des végétaux. Chez l'humain et les animaux, des [[mycose]]s comme les [[dermatophytose]] dues à ''[[Trichophyton]]'', les [[candidose]]s dues aux levures ''[[Candida (genre)|Candida]]'', les [[aspergillose]]s dues aux champignons du genre ''[[Aspergillus]]'', les [[cryptococcose]]s de ''[[Cryptococcus neoformans|Cryptococcus]]'', la [[teigne (maladie)|teigne]], le [[Candida albicans|muguet]], la [[pneumonie]]{{etc.}} sont des maladies dues à de tels champignons parasites. De nombreux parasites sont biotrophes au départ, puis [[nécrotrophe]]s (notion d'[[agent pathogène]] hémibiotrophe).
* '''[[Commensalisme]]''' : Un champignon est dit « commensal » s'il tire profit de son hôte sans nuire à ce dernier (il s'en sert par exemple comme d'un support), mais sans non plus lui apporter d'avantage. Exemples : commensalisme cutané de levures du genre''[[Malassezia]]'' ; commensalisme digestif, respiratoire et digestif de levures du genre ''[[Candida (genre)|Candida]]''. Il y a un continuum dynamique entre le commensalisme et le parasitisme. Si cet équilibre dynamique est rompu, ces levures commensales peuvent devenir parasites et induire des pathologies.
* '''[[Carnivorie]]''' : 140 espèces de champignons ([[Arthrobotrys]], [[pleurote en huître]]) sont carnivores, déployant des pièges (filament à mucus collant, cils, hyphes formant un lasso, phéromones sexuelles attitrant la proie) pour capturer [[protiste]]s, [[amibe]]s et vers ([[nématode]]s, [[rotifère]]s)<ref>{{Ouvrage |auteur1=[[Jean-Marie Pelt]], Franck Steffan |titre=Les Langages secrets de la nature. La communication chez les animaux et les plantes |éditeur=[[Librairie Arthème Fayard|Fayard]] |année=1996 |passage=227 |isbn=}}</ref>.

== Développement des mycètes ==
{{Article détaillé|développement des mycètes}}
[[Fichier:Holwaya mucida W2.jpg|vignette|Les mycètes (ici ''{{lien|fr=Crinule musqueuse|lang=sv|trad=Holwaya mucida|texte=Holwaya mucida}}'') ont la capacité de se reproduire soit d'une façon [[asexué]]e (champignon [[anamorphe]], appelé ici ''Crinula caliciiformis'', qui se présente sous forme de massues mucilagineuses) ou [[sexué]]e (mycète [[téléomorphe]], qui se présente sous une forme d'[[apothécie]] [[stipité]]e noirâtre).]]
Le développement des mycètes est caractérisé par divers processus : la [[sporulation]], la germination des [[spore]]s, la croissance de l'[[appareil végétatif]] ([[thalle]] composé d'[[hyphe]]s), et la reproduction par voie asexuée ou sexuée en différenciant un [[appareil reproducteur]], le [[sporophore]].

== Habitats ==
Bien qu’ils passent souvent inaperçus, les champignons sont présents dans presque tous les compartiments de l'environnement terrestre, y compris au sein d'organismes vivant avec lesquels ils peuvent entretenir des [[interactions durables]] dont le parasitisme n'est qu'une des formes. Mais leur activité est le plus souvent [[aérobie]] (certains comme de nombreuses levures peuvent facultativement vivre en anaérobie). Ils sont donc plus rares dans les eaux douces ou salées, dans les couches abiotiques de la croûte terrestre et en haute altitude.

Le vocabulaire mycologique concernant l'habitat des champignons est riche ; en voici un petit florilège<ref>{{Ouvrage |langue=fr |auteur1=Régis Courtecuisse |auteur2=Bernard Duhem |titre=Guide des champignons de France et d'Europe |sous-titre=1752 espèces décrites et illustrées |lieu=Paris |éditeur=[[Delachaux et Niestlé]] |année=2011 |pages totales=157 |isbn=978-2-603-01691-6}}</ref> :

{{colonnes|taille=30|1=
* Abiéticole : se développe dans les [[sapinière]]s
* Betulicole : se développe dans les [[bétulaie]]s, tel ''[[Boletus betulicola]]''
* Caducicole : se développe sur les [[Plante décidue|arbres à feuilles caduques]]
* [[Calcicole]] : se développe préférentiellement sur un substrat [[calcaire]]
* [[Carbonicole]] : se développe sur les débris carbonisés ([[Charbon de bois|charbonnières]])
* [[Champignon coprophile|Coprophile]] : se développe sur des excréments animaux
* [[Corticole]] : se développe sur les [[écorce]]s
* Graminicole : se développe au milieu ou sur les [[graminée]]s
* Fimicole : se développe sur le [[fumier]] ou les endroits fumés
* [[Mycoparasite|Fongicole]] : se développe sur un autre champignon qu'il [[Parasitisme|parasite]]
* [[Humicole]] : se développe sur l'[[humus]]
* [[Lignicole]] : se développe sur le bois
* [[Muscicole]] : se développe sur les [[Mousse (botanique)|mousse]]s
* Paludicole : se développe dans les [[marécage]]s
* Pinicole : se développe dans les [[pinède]]s, tel ''[[Boletus pinicola]]''
* Quercicole : se développe dans les [[chênaie]]s, tel [[Boletus quercicola]]
* Ramicole : se développe sur les rameaux
* [[Plante rudérale|Rudéral]] : se développe dans les milieux transformés par les activités humaines (surtout enrichis en azote)
* [[wikt:stercoral|Stercoral]] : se développe sur les [[excrément]]s
* Silicole : se développe sur le sol [[silice]]ux
* Terricole : se développe sur la terre
* Thermophile : se développe dans les endroits chauds
* Ubiquiste : se développe dans des endroits variés d'un point de vue géographique et écologique
}}
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Strobilurus conigenoides 59060.jpg|''[[Strobilurus (champignon)|Strobilurus]]'', espèce [[lignicole]] sur un vieux [[Cône (botanique)|cône]] de [[Magnolia]].
Conocybe pubescens - biotope (Haute-Loire, France).jpg|''[[Conocybe pubescens]]'', espèce coprophile sur [[crottin de cheval]].
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== Coloration ==
La coloration des champignons et des spores est due à des [[Pigment biologique|pigments fongiques]]. Ces pigments sont des [[métabolites secondaires]] classés habituellement autour des voies métaboliques dont ils proviennent : la majorité sont des [[quinone]]s qui donnent des pigments orangés, rouges ou bruns, ou des dérivés de l'[[acide pulvinique]] donnant des pigments jaune orange (principalement dans les champignons de l'ordre des [[Bolétales]]). Les [[caroténoïde]]s et les pigments azotés ([[bétalaïne]]s, [[alcaloïde]]s) sont également présents chez les [[macromycète]]s mais sont moins fréquents que chez les [[plantes à fleurs]]<ref>{{Ouvrage|langue=en|auteur1=James R Hanson|titre=The Chemistry of Fungi|éditeur=[[Royal Society of Chemistry]]|année=2008|passage=127-138|isbn=}}</ref>{{,}}<ref>{{Article|langue=en|auteur=Laurent Dufossé, Yanis Caro, Mireille Fouillaud|titre=Fungal Pigments: Deep into the Rainbow of Colorful Fungi|périodique=Journal of Fungi|date=2017|volume=3|numéro=3|pages=45|doi=10.3390/jof3030045}}.</ref>.

Ces pigments constituent un élément important de la [[stratégie écologique]] pour lutter contre les [[Stress biotique|stress biotiques et abiotiques]] : rôle de [[photoprotection]] contre les [[Ultraviolet|UV]], couleur plus ou moins vive avertissant les [[mycophage]]s de la [[Intoxication aux champignons|toxicité d'un champignon]] ([[Théorie du handicap|théorie du signal honnête]] et [[Aposématisme|aposématique]]) ou au contraire attirant des [[Vecteur (biologie)|vecteurs biologiques]] qui favorisent la [[Dispersion (biologie)#Dispersion active : la vection|dispersion active et spécifique]] des spores, coloration cryptique ou de [[camouflage]], [[défense des plantes contre les herbivores|défense chimique contre les herbivores]] et [[Résistance des plantes aux maladies|contre les pathogènes]], protection contre des [[bioaccumulation|polluants bioaccumulés]]<ref>{{Article|langue=en|auteur=Jan Velisek, Karel Cejpek|titre=Pigments of higher fungi – a review|périodique=Journal of Food Sciences|date=2018|volume=29|numéro=2|pages=87-102|doi=10.17221/524/2010-CJFS}}.</ref>…

Les champignons présentent une [[Plasticité phénotypique des plantes|plasticité thermique]]. Cette plasticité adaptative est utilisée par les [[macromycète]]s [[ectotherme]]s qui produisent dans les climats plus froids la [[mélanine]]. Ce pigment brun qui les rend plus sombres leur permet, en absorbant les rayons solaires, de se réchauffer plus vite. De plus, les champignons [[Ectomycorhize|ectomycorrhiziens]] sont en moyenne plus sombres que les champignons [[saprotrophe]]s. Une interprétation est que les premiers ont un accès facilité au carbone (leurs hôtes leur en fournissent une partie) pour la production de pigments coûteuse en énergie, tandis que les seconds investissent surtout leur énergie dans la production de complexes enzymatiques destinés à décomposer le bois mais. Les saprotrophes présentent cependant un léger [[mélanisme]] thermique saisonnier (ils sont ainsi plus sombres lors des saisons froides, et plus clairs lors des saisons chaudes)<ref>{{Article|langue=en|auteur=Franz-Sebastian Krah, Ulf Büntgen, Hanno Schaefer et al.|titre=European mushroom assemblages are darker in cold climates|périodique=Nature Communications|date=2019|volume=10|numéro=2890|doi=10.1038/s41467-019-10767-z}}.</ref>.

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Fliegenpilz fly agaric Amanita muscaria.JPG|Les bétalaïnes sont responsables de la couleur rouge des [[sporophore]]s d'[[amanite tue-mouches]].
Variation in size and colour of the Piptoporus betulinus (Birch Polypore or Razorstrop Fungus or Birch Bracket, D= Birchenporling, F= Polypore du bouleau, NL= Berkenzwam), white spores, causes brownrot at Schaarsbergen - panoramio.jpg|Les couleurs claires du [[Polypore du bouleau]] sont en lien avec son mode de vie [[saprotrophe]].
Totentrompeten Herbsttrompeten.jpg|[[Trompette de la mort]], champignon ectomycorrhizien encore plus sombre par temps humide<ref>Ce mélanisme constituerait une [[Résistance des plantes aux maladies|défense renforcée contre les pathogènes]] dont le développement est favorisé par le temps humide. Cf Franz-Sebastian Krah, {{opcit}}</ref>.
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== Rôle dans l'altération météorique des roches ==
[[Fichier:N2 Lichen.jpg|vignette|[[Lichen]] sur une pierre.]]
Les champignons sont des [[agents météoriques]] qui altèrent la structure superficielle et la [[composition chimique]] des [[roche]]s<ref group=alpha>Sont concernées les roches en place dans la nature, mais aussi les pierres des monuments et ces roches artificielles que sont le ciment et le béton.</ref> et de leurs [[minéral|minéraux]]. Ils contribuent au développement des [[sol (pédologie)|sols]] et aux cycles [[géochimie|géochimiques]] globaux<ref>{{article| langue=en| auteur=Geoffrey M. Gadd| titre=Fungi, Rocks, and Minerals| périodique=Elements| lien périodique=Elements (journal)| volume=13| mois=juin| année=2017| pages=171-176| doi=10.2113/gselements.13.3.171}}.</ref>.
* Les champignons libres (non symbiotiques) trouvent à la surface des roches des nutriments d'origine variée : poussières transportées par le vent, produits émis par l'industrie et les habitations, et [[exsudat]]s des [[micro-organisme]]s et des [[insecte]]s ou autres animaux.
* Les [[lichen]]s, organismes symbiotiques associant un champignon et une [[algue]] et/ou une [[cyanobactérie]], pratiquent la photosynthèse donc ne dépendent pas de la présence préalable de nutriments : ils sont généralement les premiers à coloniser les roches nouvellement formées, et occupent une fraction notable de la surface terrestre. Plusieurs milliers d'espèces de lichens sont concernées.
* Les champignons [[microcolonie|microcoloniaux]], symbiotiques aussi à l'occasion, forment un troisième groupe de champignons [[saxicole]]s, qui envahissent des fissures au creusent des cavités dans la roche. On en connaît plusieurs centaines d'espèces mais leur diversité est sans doute encore sous-estimée, leur étude étant encore récente.

Les champignons [[altération (géologie)|altèrent]] les roches et les minéraux suivant différents mécanismes :
* les mécanismes physiques comprennent la pénétration des structures d'ancrage des champignons (notamment les [[rhizine]]s des [[Lichen foliacé|lichens foliacés]]) associée à des cycles d'expansion et de contraction du [[thalle]] (lors de cycles d'humidification et de dessèchement), et le forage direct. Dans le cas des champignons microcoloniaux la destruction mécanique implique la [[turgescence]] intracellulaire et la production extracellulaire de [[polysaccharide]]s<ref>{{article| langue=en| auteur1=M. Marvasi| et al.=oui| année=2012| titre=Black microcolonial fungi as deteriogens of two famous marble statues in Florence, Italy| périodique=International Biodeterioration and Biodegradation| volume=68| pages=36-44}}.</ref>. De petits grains rocheux ou minéraux peuvent être incorporés au thalle, de même que des minéraux néo-formés chimiquement. Cette détérioration, amplifiée par l’arrachage d'une partie des lichens par certains animaux, peut être visible et significative au bout de seulement quelques années ;
* l'altération biochimique est principalement due à l'excrétion de {{CO2}}, d'[[acide organique|acides organiques]], de [[sidérophore]]s et d'autres [[métabolite]]s, qui dissolvent les cations de la roche par [[complexe (chimie)|complexation]]. Le principal de ces agents est sans doute l'[[acide oxalique]], mais les lichens produisent aussi une grande variété d'acides spécifiques très corrosifs<ref>{{article| langue=en| auteur1=P. Adamo| auteur2=P. Violante| année=2000| titre=Weathering
of rocks and neogenesis of minerals associated with lichen activity| périodique=Applied Clay Science| volume=16| pages=229-256}}.</ref>.
L'activité fongique a aussi pour effet le dépôt de nouveaux minéraux qui résultent de [[réaction d'oxydoréduction|réactions d'oxydoréduction]] à la surface des minéraux, ainsi que de l’excrétion de minéraux par les champignons. Ces néo-minéraux (ou minéraux secondaires) sont notamment des [[carbonate]]s, des [[phosphate]]s, des [[oxyde]]s et des [[oxalate]]s. Les [[oxyde de manganèse|oxydes de manganèse]], notamment, sont des composants communs du vernis noir recouvrant les roches altérées.

== Rôle écologique ==
[[Fichier:Boletus edulis Moshchun1.jpg|vignette|Des mouches de la famille des [[Mycetophilidae]] (littéralement « amis des champignons ») pondent dans l'[[hyménium]] de ce [[Cèpe de Bordeaux]]. Les [[larve]]s strictement [[mycophage]]s creuseront des [[Terrier (animal)|galeries]] dans le champignon qui prendra alors un aspect [[wikt:véreux|véreux]].]]
Les champignons jouent un rôle central dans beaucoup d’[[écosystème]]s, notamment en tant que [[Symbiose|symbiotes]] des arbres, mais surtout en tant que décomposeurs bouclant le cycle du carbone et de nombreux éléments. Avec les [[bactérie]]s, ils sont les décomposeurs qui participent le plus à la dégradation de la [[matière organique]] et à la production d'[[humus]] dans les écosystèmes terrestres et jouent un rôle primordial dans les [[cycles biogéochimiques]] et les [[chaîne alimentaire|chaînes alimentaires]], accélérant le recyclage de nombreux éléments comme l'azote, le phosphore et le potassium<ref>{{Ouvrage |langue=en |auteur1=G.M. Gadd |titre=Fungi in Biogeochemical Cycles |éditeur=[[Cambridge University Press]] |année=2006 |pages totales=469 |isbn= |lire en ligne={{Google Livres|NR8CcP1uItkC}}}}</ref>. Certains champignons sont actifs dans les milieux humides et aquatiques, d'autres champignons mycorhiziens ont un rôle clé dans les environnements arides en assurant principalement la pérennité du couvert végétal<ref>{{en}} Brundrett MC. 1991. Mycorrhizas in natural ecosystems. In: Macfayden A, Begon M, Fitter AH, eds. Advances in ecological research, vol. 21. London, UK: Academic Press, 171 – 313.</ref>. Le mycélium fongique peut atteindre dans le sol des forêts une [[biomasse (écologie)|biomasse]] de 12 tonnes par hectare, constituant alors un feutrage blanc très dense d'[[ascomycète]]s et de [[zygomycète]]s<ref>{{Article|langue=en|auteur=L. Boddy, J.C. Frankland & P. Van West|titre=Ecology of Saprotrophic Basidiomycetes|périodique=British Mycological Society|date=2008|volume=28|pages=277-300}}</ref>. La décomposition de la matière organique végétale par les champignons est une étape essentielle du [[cycle du carbone]]. Les champignons sont une source majeure de nourriture pour de nombreux animaux, invertébrés (ex : certaines espèces de fourmis qui les cultivent) mais aussi quelques [[mammifère]]s dont l'[[écureuil]], le [[sanglier]] ou l'[[ours brun]].

Quelques champignons, comme les ''Zoopagales'' (voir ''[[Zoopagomycotina]]''), sont des [[prédateur]]s de [[Nématode]]s qu’ils capturent au moyen d’anneau ou de pièges adhésifs.

Les champignons peuvent provoquer des biodétériorations posant problème, comme lors de contamination et d’altérations organoleptiques de [[produits alimentaires]] ou lors de dégradation ou altération de l'aspect physique de divers produits tels que le [[bois]], le [[papier]], des [[textile]]s, les [[Peinture (matière)|peintures]], les [[métaux]], la [[pierre (matériau)|pierre]] ou même le [[verre]]. Divers mécanismes intervenant dans la [[sélection naturelle]] leur permettent de s'adapter à certains [[biocide]]s [[antifongique]]s quand ces derniers sont utilisés systématiquement.

Les champignons jouent également un rôle important au niveau du [[mycobiome]], autrement dit la composante fongique du [[microbiome]], notamment le [[microbiote de l'organisme humain]]. Le mycobiome dans la bouche ou sur la peau des humains contient une centaine de genres de champignons tandis que celui de l'intestin contient des centaines d'espèces de champignons, la plupart [[Commensalisme|commensaux]] mais certains pouvant devenir pathogènes, tel ''[[Candida albicans]]'', principal responsable de la [[candidose]]<ref>{{Article|langue=en|auteur=Lijia Cui, Alison Morris et Elodie Ghedin|titre=The human mycobiome in health and disease|périodique=Genome Medicine|date=30 juillet 2013|volume=5|numéro=7|pages=63}}</ref>.

=== Biomasse fongique ===
Contrairement à une idée répandue qui veut que le poids global de tous les organismes vivant dans l'eau, l'air et le sol, soit majoritairement représenté par des êtres « visibles » de la planète, ce sont les êtres « invisibles » qui constituent la majorité. La biomasse végétale {{Incise|composée des champignons microscopiques dans le sol, des racines<ref>{{Citation|De 10 à 30 % dans une forêt, la biomasse racinaire peut atteindre 75 à 95 % de la biomasse totale dans des prairies, des toundras ou des pelouses arides d'altitude}}. Cf {{Ouvrage|auteur1=Claire Tirard|auteur2=Luc Abbadie|auteur3=David Laloi|auteur4=Philippe Koubbi|titre=Écologie|éditeur=[[Éditions Dunod|Dunod]]|année=2016|passage=423|isbn=|lire en ligne={{Google Livres|gO4WDQAAQBAJ}}}}.</ref> et des plantes « visibles<ref>Sachant que la biomasse végétale « visible » est cent fois plus importante que la biomasse animale. Cf {{Article|langue=en|auteur=William B. Whitman, David C. Coleman & William J. Wiebe|titre=Prokaryotes: The unseen majority|périodique=PNAS|date=juin 1998|volume=95|numéro=12|pages=6578-6583|lire en ligne=http://www.cen.ulaval.ca/merge/pdf/Whitman1998.pdf|doi=10.1073/pnas.95.12.6578 }}.</ref> » en surface}} constitue 50 % de la biomasse terrestre<ref>{{Ouvrage|langue=en|auteur1=Walter Larcher|titre=Physiological Plant Ecology : Ecophysiology and Stress Physiology of Functional Groups|éditeur=Springer Science & Business Media|année=2003|passage=10|isbn=}}.</ref> et 75 % de la biomasse terrestre est dans le sol (champignons microscopiques et bactéries constituant l'essentiel de la [[biodiversité du sol]])<ref>{{Ouvrage|langue=en|auteur1=Garry Willgoose|titre=Principles of soilscape and landscape evolution|éditeur=[[Cambridge University Press]]|année=2018|passage=163|isbn=|lire en ligne={{Google Livres|mnRJDwAAQBAJ}}}}.</ref>. La biomasse fongique, constituée essentiellement de [[microchampignon]]s, représente près de 25 % de la biomasse terrestre, soit l'équivalent de deux mille milliards d'humains<ref>{{Article|langue=en|auteur=Author links open overlay panelJ.DavidMiller|titre=Fungi as contaminants in indoor air|périodique=Atmospheric Environment|date=1992|volume=26|numéro=12|pages=2163–2172|doi=10.1016/0960-1686(92)90404-9}}</ref>. Cette composante microbienne du sol se traduit ainsi par une implication forte dans les fonctions et les [[services écosystémiques]] assurés par les matrices environnementales<ref>{{Ouvrage|auteur1=[[Lionel Ranjard]], Philippe Cuny, Pierre-Alain Maron, Elisabeth d'Oiron Verame|titre=La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental|éditeur=ADEME|année=2017|passage=13|isbn=|lire en ligne={{Google Livres|W0A9DwAAQBAJ}}}}</ref>.

=== Équilibre forestier ===
L'attitude des forestiers à l'égard du champignon est parfois ambiguë, car il est tantôt l'indispensable auxiliaire de la forêt et de son sol (rôle pédologique majeur), tantôt un facteur de dégradation commerciale et technique du bois (coloration, biodégradation, maladies fongiques…) et tantôt un aliment ou une source de revenu parfois importante<ref>Olaf Schmidt, ''Wood and Tree Fungi Biology, Damage, Protection, and Use'' 10.1007/3-540-32139-X_8</ref> (truffes notamment).

En outre de très nombreux champignons interagissent fortement avec les [[radionucléide]]s présent dans le sol ou l'eau du sol, au point d'être probablement le plus important [[facteur biotique]] intervenant dans leur mobilité<ref>{{chapitre|auteurs=John Dighton, Tatyana Tugay et Nelli Zhdanova|titre chapitre=Interactions of Fungi and Radionuclides in Soil|titre ouvrage=Microbiology of Extreme Soils|Soil Biology, 1, Volume 13, 3|passage=333-355|résumé=http://www.springerlink.com/content/u4x4011851020681/|url=https://books.google.fr/books?id=o8lOge_6TpsC&pg=PA333&lpg=PA333&dq=Interactions+of+Fungi+and+Radionuclides+in+Soil%C2%A0&source=bl&ots=Nv-hDxmBvN&sig=yi2q1hDP_68TTkWfjpTDB_IoO40&hl=fr&sa=X&ved=0ahUKEwiS1vy2-KrPAhWESRoKHdu8D0sQ6AEILDAC#v=onepage&q=Interactions%20of%20Fungi%20and%20Radionuclides%20in%20Soil%C2%A0&f=false}}</ref>, même pour des champignons qui ne fructifient jamais hors du sol, tels les truffes ''[[Elaphomyces granulatus]]'' qui [[Bioaccumulation|bioacumulent]] fortement certains [[radionucléide]]s (Césium notamment), D'autres champignons terricoles comestibles font de même (dont [[laccaire améthyste]] (Laccaria amethystina) et le [[bolet bai]] (Xerocomus badius) ou de ''[[Cortinarius caperatus]] (anc. [[Rozites caperatus]]''), la pholiote ridée, très consommée dans les pays de l'Est (et interdite d'importation en France depuis la [[catastrophe de Tchernobyl]])<ref name=PirotConf/>.

== Rôle économique ==
Les champignons jouent un rôle considérable dans nos sociétés, pas tellement parce qu'on les mange, car ils constituent rarement un aliment de base, mais parce que les [[Maladie des plantes|maladies des plantes]], dite [[Maladie cryptogamique|maladies cryptogamiques]], qu'ils occasionnent (surtout les [[ascomycète]]s) réduisent fortement l'offre alimentaire : ils sont responsables de 85 % des maladies de plantes et de 30 % des maladies émergentes actuelles<ref>{{Article|langue=en|auteur=Anderson PK, Cunningham AA, Patel NG, Morales FJ, Epstein PR, [[Peter Daszak|Daszak P.]] |titre=Emerging infectious diseases of plants : Pathogen pollution, climate change and agrotechnology drivers|périodique=Trends in Ecology & Evolution|date=2004|volume=19|numéro=10|pages=535–544}}</ref>. Par ailleurs, les champignons en produisant des [[mycotoxine]]s altèrent gravement les aliments et ils ont été à l'origine de graves intoxications qui ont marqué l'histoire de l'humanité. Ces toxines sont responsables selon la [[Food and agriculture organization|FAO]] de la perte en rendement de 25 % des récoltes mondiales<ref>{{Ouvrage |langue=en |auteur1=Mahendra Rai |auteur2=Ajit Varma |titre=Mycotoxins in Food, Feed and Bioweapons |éditeur=Springer |année=2009 |passage=201 |isbn=}}</ref>.

En formant des [[mycorhize]]s, ils jouent un rôle essentiel dans la production végétale que ce soit dans le domaine forestier (surtout les [[basidiomycète]]s) ou les cultures annuelles (surtout les [[gloméromycète]]s). 90 % de toutes les espèces de plantes supérieures sont associées à ces mycorhizes<ref>{{Ouvrage |langue=en |auteur1=Diana Marco |titre=Metagenomics |sous-titre=Current Innovations and Future Trends |éditeur=Horizon Scientific Press |année=2011 |passage=162 |isbn=}}</ref>.

Leurs métabolites secondaires sont sources de nombreux médicaments ou drogues.

Dans l’élaboration des aliments ([[pain]], [[vin]], [[bière]], [[fromage]]…) et dans les industries [[biotechnologie|biotechnologiques]], ils jouent un rôle essentiel. Ils interfèrent aussi dans la dégradation ou le recyclage de matériaux. On trouve d'autres usages plus anecdotiques, comme le « briquet préhistorique » dit [[amadouvier]].

=== Utilisation en alimentation ===
De nombreuses espèces comestibles et charnues sont utilisées à des fins alimentaires, notamment en [[soupe]]s, [[sauté]]es, en [[omelette]], en friture ([[tenpura]]) ou en [[fricassée]].
La plupart des champignons n'ont pas d'intérêt culinaire ou sont toxiques<ref name=":0" />, mais certaines [[Liste de champignons comestibles|espèces comestibles]] sont très recherchées pour leur saveur : le [[cèpe de Bordeaux]], la [[Truffe (champignon)|truffe]] noire, l'[[oronge]]{{etc.}} Le ramassage des champignons, activité encore vivace et populaire, constitue une subsistance des systèmes socio-économiques de cueillette. Celle-ci n'est pas sans risques car diverses espèces sont [[Toxicologie|toxiques]], voire mortellement vénéneuses, à l'origine de [[mycétisme]], [[Poison|empoisonnement]] par méconnaissance des champignons. Des données récentes laissent penser qu'on a pu sous-estimer la toxicité naturelle ou acquise ([[bioconcentration]] de [[métaux lourds]], accumulation de [[toxine]]s avec l'âge) pour nombre de champignons<ref>Dr L. Giacomoni, ''Les champignons. Intoxications, pollutions, responsabilités''. Une nouvelle approche de la mycologie, Les éditions billes, Malakoff, 1989, 197 pp</ref> dont certains encore considérés comme comestibles<ref name=PirotConf>[http://www.champis.net/wiki/index.php/Les_champignons_dits_comestibles_le_sont-ils_encore_%3F Les champignons dits comestibles le sont-ils encore ?] (D'après une conférence de Paul Pirot (de la Société Mycologique de Belgique) faite à Nismes (B) et Bellême (F) à l'automne 2010</ref>. C'est le cas par exemple de deux champignons très consommés en Chine et de plus en plus dans le monde ; l'[[oreille de Judas]] (''Auricularia auricula-judae'' et espèces voisines) cause du [[syndrome de Szechwan]], une atteinte [[plaquette sanguine|plaquettaire]], découverte par des dentistes intrigués par des saignements répétés chez des patients consommateurs réguliers de cuisine chinoise. C'est aussi le cas du [[shiitaké]] (''Lentinula edodes'') qui peut provoquer une ''{{Citation|rare et sévère [[toxidermie]]}}'' (éruptions cutanées liées à un mécanisme immunologique) autrefois uniquement connue au Japon et maintenant décrite en Europe (Royaume-Uni, France)<ref>Dr Lucien Giacomoni, Un syndorme méconnu : la toxicodermie du Shiitaké, lentinula edodes (Berkeley) ; in bulletin de la S.M.F (Société Mycologique de France), tome 125, fascicules 3 et 4, 2009, {{p.}} 197-212, avec illustrations), http://cat.inist.fr/?aModele=afficheN&cpsidt=23113796 Résumé/Fiche INIST-CNRS]</ref>.

==== Champignons cultivés ====
{{Article détaillé|myciculture}}
[[Fichier:Mushroom market, Wulai.jpg|vignette|Marché de champignons à [[Taiwan]]]]
Si la [[culture des champignons]] est attestée dès l'[[Antiquité]], peu d'espèces en Europe, malgré les différents progrès réalisés au cours du {{XXe siècle}}, se révèlent intéressantes pour une culture de type industriel ou semi-industriel. Le [[agaricus bisporus|champignon de Paris]] (''Agaricus bisporus'') est le plus cultivé dans le monde. Il représente plus du tiers des champignons comestibles produits annuellement, suivi par le ''[[shiitaké]]'' et les [[pleurote]]s<ref>{{en}} R.B. Beelman, D.J. Royse et N. Chikthimmah, « Bioactive components in Agaricus bisporus of nutritional, medicinal or biological importance », in ''Science and Cultivation of Edible and Medicinal Fungi'', Romaine C.P., Keil C.B., Rinker D.L. et Royse D.J. (Eds.), 2004, Pennsylvania State Univ., p. 1</ref>. Par contre en Extrême-Orient, les espèces cultivées se multiplient au fil des années, avec des champignons tels que le ''[[shiitaké]]'', l'''éringî'' (nom japonais), la poule de bois, la collybie à pied de velours ou le [[champignon noir]]. La culture des champignons est appelée la [[myciculture]] (à ne pas confondre avec la [[mycoculture]], une technique de culture utilisée en laboratoire pour les mycètes d'intérêt [[médecine|médical]] ou [[vétérinaire]]).

===== Principales espèces cultivées =====
* ''[[Agaricus bisporus]]'' — champignon de Paris
* ''[[Lentinula edodes]]'' — [[shiitaké]] (椎茸 cultivé à grande échelle en Extrême-orient)
* ''[[Pleurotus ostreatus]]'' — [[pleurote en huître]] et autres espèces voisines
* ''[[Pleurotus eryngii]]'' — [[pleurote du panicaut]], ''éringi'' cultivé au Japon (エリンギー)
* ''[[Grifola frondosa]]'' — [[Grifola frondosa|poule de bois]] le ''maitaké'' cultivé au Japon (舞茸 マイタケ)
* ''[[Hypsizygus tessulatus]]'' — ''buna-shimeji'' ブナシメジ rare en Europe, cultivé au Japon.
* ''[[Auricularia auricula-judae]]'' — [[oreille de Judas]], 木耳 le « champignon noir » de la cuisine chinoise.
* ''[[Flammulina velutipes]]'' — [[Flammulina velutipes|Collybie à pied de velours]] ''énokidaké'' (エノキダケ les primordiums sont cultivés en bouteilles au Japon, leurs pieds très allongés sont alors très tendres).
* ''[[Volvariella volvacea]]'' — [[volvaire asiatique]] (袋竹)
* ''[[Cyclocybe aegerita]]'' — [[pholiote du peuplier]] (柳松茸 ヤナギマツタケ)
* ''[[Pholiota nameko]]'' — [[pholiote asiatique]] ''naméko'' (舐子　ナメコ)

===== Production =====
Il s’agit de champignons alimentaires sans distinction d’[[espèce]].
{| cellpadding="3" cellspacing="0" class="wikitable gauche" style="margin-left:auto;margin-right:auto;"
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| align="center" bgcolor="#ddffdd" colspan="6" |
'''Production en tonnes. Chiffres 2003-2004'''<br> <small>Données de FAOSTAT ([[Organisation des Nations unies pour l'alimentation et l'agriculture|FAO]])</small>
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| [[République populaire de Chine|Chine]]||{{formatnum:1309455}}||42 %||{{formatnum:1359335}}||42 %
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| [[États-Unis|États-Unis d'Amérique]]||{{formatnum:391000}}||12 %||{{formatnum:391000}}||12 %
|------
| [[Pays-Bas]]||{{formatnum:263000}}||8 %||{{formatnum:260000}}||8 %
|------
| [[France]]||{{formatnum:165647}}||5 %||{{formatnum:170000}}||5 %
|------
| [[Pologne]]||{{formatnum:120000}}||4 %||{{formatnum:120000}}||4 %
|------
| [[Espagne]]||{{formatnum:115165}}||4 %||{{formatnum:115165}}||4 %
|------
| [[Italie]]||{{formatnum:90000}}||3 %||{{formatnum:90000}}||3 %
|------
| [[Canada]]||{{formatnum:78018}}||2 %||{{formatnum:80000}}||2 %
|------
| [[Royaume-Uni]]||{{formatnum:77100}}||2 %||{{formatnum:80000}}||2 %
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| [[Irlande (île)|Irlande]]||{{formatnum:69000}}||2 %||{{formatnum:70000}}||2 %
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| [[Japon]]||{{formatnum:67000}}||2 %||{{formatnum:67000}}||2 %
|------
| Autres pays ||{{formatnum:403726}}||13 %||{{formatnum:404238}}||13 %
|-----
| '''Total'''||'''{{formatnum:3149111}}'''||100 %||'''{{formatnum:3206738}}'''||100 %
|}
{{clr}}

=== Mycotoxines ===
{{article détaillé|Mycotoxine}}
Les mycotoxines sont responsables d'[[Intoxication aux champignons|intoxications plus ou moins graves]]. Trois genres de champignons peuvent causer le [[Intoxication aux champignons#Syndrome phalloïdien|syndrome phalloïdien]] qui se traduit par des troubles digestifs et une [[hépatite]] aigüe pouvant devenir fulminante : ''[[Amanite|Amanita]]'' (9 espèces), ''[[Lepiota]]'' (24 espèces) et ''[[Galerina]]'' (9 espèces)<ref>{{Article |langue=fr |prénom1=C. |nom1=Bruneau |titre=Syndrome phalloïdien : quoi de neuf en 2018 ? |périodique=Toxicologie Analytique et Clinique |volume=30 |numéro=3 |date=2018|doi=10.1016/j.toxac.2018.07.080|pages=158–159 }}</ref>.

Les toxines du [[Cortinaire couleur de rocou]] et du {{lien|fr=Cortinaire très joli|lang=en|trad=Cortinarius rubellus}} s'attaquent au rein, certains intoxiqués devant subir une [[transplantation rénale]] ou des séances de [[dialyse]] à vie<ref>{{Ouvrage|auteur1=[[Guillaume Eyssartier]]|titre=Les 50 règles d'or du cueilleur de champignons|éditeur=Larousse|année=2018|passage=39|isbn=}}</ref>.

Chez l'humain et d'autres mammifères, les spores du [[Schizophylle commun]] ont la possibilité de germer dans ou sur différents organes et d'être à l'origine d'infections du système respiratoire (graves œdèmes, notamment chez les personnes [[Immunodéficience|immunodéficientes]])<ref>{{Article |langue=en |auteurs=Chowdhary A, Kathuria S, Agarwal K, Meis JF. |titre=Recognizing filamentous basidiomycetes as agents of human disease: A review. |périodique=Medical Mycology |date=novembre 2014 |volume=52 |numéro=8 |pages=782-797 |doi=10.1093/mmy/myu047 | PMID=25202126 }}.</ref>, mais aussi des yeux, de la bouche, et d'[[onychomycose]]s<ref>{{Article |langue=en |auteur1=J. P. Z. Siqueira |auteur2=D. Sutton |auteur3=J. Gené |auteur4=D. García |auteur5=M. Guevara-Suarez |auteur6=C. Decock |auteur7=N. Wiederhold |auteur8=J. Guarro |titre=Schizophyllum radiatum, an Emerging Fungus from Human Respiratory Tract |périodique=Journal of clinical microbiology |volume=54 |numéro=10 |date=2016 |pages=2491–2497 |doi=10.1128/JCM.01170-16 |lire en ligne=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5035413/ |consulté le=6 octobre 2018}}.</ref>.

==== Effet sur la santé ====
{{…}}

==== Influence économique ====
{{…}}

== Utilisations diverses ==
[[Fichier:Dried mushrooms.jpg|vignette|Champignons séchés, pour améliorer leur durée de conservation.]]
[[Fichier:Goldgelbe Koralle II im Wald südwestlich des Parkplatzes Irenkreuz, Landkreis Rhön-Grabfeld.jpg|vignette|Beaucoup de champignons comme cette [[Clavaire dorée]] sont riches en tanins, d'où leur utilisation jadis comme [[vermifuge]] en raison de leur effet [[laxatif]]<ref>{{Ouvrage|auteur1=Mirko Svrček, J. Kubička|titre=Le multiguide nature des champignons d'Europe|éditeur=Elsevier Sequoia|année=1980|passage=80|isbn=}}.</ref>.]]
Près de 700 espèces de champignons, tel le [[shiitake]] ou le [[Grifola frondosa|polypore en touffes]], sont utilisés à des [[Plante médicinale|fins médicinales]]. La consommation de ces [[champignons médicinaux]] ou de leurs extraits a donné naissance à une branche de la [[phytothérapie]], la [[mycothérapie]]<ref>{{Ouvrage |auteur1=Alain Tardif |titre=La mycothérapie |sous-titre=Médecine des champignons |éditeur=Amyris |année=2007 |pages totales=190 |isbn=978-2-930353-45-6}}</ref>.

Les champignons contiennent souvent des molécules organiques très complexes, plus ou moins toxiques. La [[pénicilline]] et de nombreux [[médicament]]s sont tirés de champignons. L'[[amadouvier]], puissant [[hémostatique]], est utilisé en [[médecine chinoise]] traditionnelle<ref>{{article|auteurs=B. Roussel, S. Rapior, C. Charlot, C.-L. Masson et P. Boutié|titre=Histoire des utilisations thérapeutiques de l'amadouvier|revue=Revue d'histoire de la pharmacie|date=2002|vol=90|url=http://www.persee.fr/doc/pharm_0035-2349_2002_num_90_336_5432}}</ref>. D'autres peuvent avoir des vertus [[psychotrope]]s (''voir l'article détaillé [[Champignon hallucinogène]]''), contenant des substances dites [[psychédélique]]s.

Les « ''champignons filamenteux'' » ([[basidiomycète]]s surtout) intéressent les acteurs des [[biotechnologie]]s de par leurs éventuelles capacités à rapidement biotransformer les [[lignocellulose]]s grâce à des [[enzyme]]s spécialisés, ou à dépolluer certains matériaux<ref>[http://www.avignon.inra.fr/les_recherches__1/liste_des_unites/biotechnologie_des_champignons_filamenteux Exemple]</ref> ([[Institut national de la recherche agronomique|INRA]] Avignon, en France Divers programmes de recherche visent à comprendre et maîtriser certains mécanismes de biotransformation fongique pour les utiliser industriellement, dont pour produire des carburants biosynthétisés. Là encore, certains craignent un risque en cas de fuite dans l'environnement d'organismes génétiquement modifiés ([[OGM]]) susceptibles de s'attaquer à des ligneux ou autres végétaux (vivants et/ou morts).

''Technologies vertes'' ''Dépollution'' [[Paul Stamets]] et d'autres mycologues préconisent de développer la [[permaculture]] de champignons, et considèrent la [[fungiculture]] comme une source importante de nourriture et de molécules utiles pour le futur. Elle semble aussi intéressante pour la [[bioremédiation]] et la dépollution de certains sols ou matériaux ; en accompagnement de la [[phytoremédiation]] ou de l'utilisation de divers micro-organismes ; utilisées seuls ou en association èpuratrice{{etc.}} Certaines espèces captent et stockent remarquablement bien les métaux. La [[mycoremédiation]] (parfois traduit par [[fongoremédiation]]), via la [[mycofiltration]] notamment, permettrait ainsi de détoxiquer des milieux (eau, air, sol) de façon moins coûteuse qu'avec les techniques physico-chimiques classiques et plus rapide que via la phytoremédiation. Elle demande encore cependant une meilleure connaissance et maîtrise de la culture des mycéliums dans un sol ou un substrat pollué ou dans un matériau filtrant un air ou une eau polluée.

Beaucoup d'espèces [[bioconcentration|bioconcentrent]] fortement les [[métaux lourds]] et certaines les [[radionucléide]]s (''[[Elaphomyces granulatus]]'' par exemple), contribuant à remettre en circulation des métaux qui ont été provisoirement piégés dans des organismes animaux ou végétaux, ou naturellement présents dans le sol sur certains sites métallifères.

== Champignons extrêmes ==
Les mycètes peuvent atteindre des tailles insoupçonnées. Les fossiles de [[prototaxites]] sont de nos jours classés comme des anciens champignons de deux à neuf mètres de hauteur pour un mètre de circonférence.

Ils auraient été les plus grands organismes terrestres du [[Silurien]] et du [[Dévonien]], entre -420 et -350 [[million d'années|Ma]].

De nos jours, c'est également un champignon qui détient le record de plus grand être vivant au monde (bien que la notion d'[[organisme (physiologie)|organisme]] soit discutable dans ce cas) : un [[mycélium]] de l'espèce ''[[Armillaria ostoyae]]'' couvrant près de {{unité/2|9|km|2}} (880 hectares) et pesant près de {{unité|2000|tonnes}} a été identifié en 2000 dans l'[[Oregon]], par des [[test ADN|tests d'ADN]]<ref>''Canadian Journal of Forest Research'', avril 2003</ref>{{,}}<ref>{{Ouvrage |langue=en |auteur1=Rebecca Stefoff |titre=The Fungus Kingdom |éditeur=Marshall Cavendish |année=2007 |passage=7-8 |isbn=}}</ref>. Son âge est estimé entre {{formatnum:2000}} et {{formatnum:10000}} ans<ref>{{Ouvrage |langue=en |auteur1=Judy Wearing |titre=Fungi. Mushrooms, Toadstools, Molds, Yeasts, and Other Fungi |éditeur=Crabtree Publishing Company |année=2010 |passage=43 |isbn=}}</ref> selon l'évaluation de sa vitesse de croissance. Le record précédent datant de 1992 était « seulement » de {{nobr|600 hectares}}.

== État des populations, menaces ==
Comme pour de nombreuses autres espèces, beaucoup d'espèces de champignons sont en régression. Il existe dans un nombre croissant de pays et régions des listes rouges d'espèces fongiques menacées.

[[Fichier:Craterellus cornucopioides JPG1.jpg|vignette| [[Trompette de la mort]].]]

À titre d'exemple, la [http://www.bafu.admin.ch/artenvielfalt/01010/01019/index.html?lang=fr liste rouge des champignons menacés de Suisse] (limitée aux champignons supérieurs), mise à jour par l’Office fédéral suisse de l’Environnement en 2007, alerte sur le fait que sur 2 956 espèces et sous-espèces à propos desquelles des données fiables et suffisantes existent, 937 espèces (32 %) ont été classées comme menacées par l’Institut fédéral de recherche sur la Forêt, la Neige et le Paysage (WSL). Une espèce est éteinte, 3 % sont « en danger critique d'extinction », 12 % sont « en danger » et 17 % sont vulnérables. 63 % sont considérées comme non menacées, mais l'état des populations de 2004 des autres espèces (40 % du total des champignons supérieurs connus en Suisse) n'a pu être évalué, faute de données. En toute logique, les espèces les plus menacées sont celles dont les milieux ont le plus rapidement ou le plus fortement régressé (champignons des prés et pâturages maigres, des marais et liés au bois mort). Les espèces sont également jugées plus menacées en altitude où elles sont moins nombreuses. Sur les 937 espèces menacées, 15 % sont des champignons forestiers. C'est probablement moins que dans d'autres pays voisins grâce à la Liste rouge. Cela est certainement dû à une sylviculture plus « proche de la nature » (de type [[prosilva]]) qui a su conserver une relative [[naturalité (environnement)|naturalité]] aux forêts et du gros [[bois mort]].

{{Lesquelles|Deux études françaises}} ont montré que {{refnec|les fongicides, étaient dans le Nord de la France présents plusieurs jours par an en quantité très significative dans la pluie et l'air, au point qu'on ne peut plus parler de traces}}.

De nombreuses espèces de [[lichen]]s ont également fortement régressé, même si celles qui étaient indicatrices de [[Pluie acide|pollution acide]] réapparaissent.

== Valeur de bioindication ==
Les communautés fongiques se montrent très sensibles à certains facteurs environnementaux, dont au [[pH]]<ref>Baath E, Anderson TH. 2003. ''Comparison of soil fungal/bacterial ratios in a pH gradient using physiological and PLFA-based techniques''. Soil Biol. Biochem. 35: 955-963.</ref> et à d'autres facteurs [[édaphique]]s, ce qui leur confère une intéressante valeur bioindicatrice<ref>Lilleskov EA, Fahey TJ, Horton TR, Lovett GM. 2002. ''Below ground ectomycorrhizal fungal community change over a nitrogen deposition gradient in Alaska''. Ecology 83: 104-115</ref> ou donne des informations sur ses plantes-hôte en forêt<ref>Buée M, Maurice JP, Zeller B, Andrianarisoa S, Ranger J, Courtecuisse R, Marçais B, Le Tacon F. 2011. ''Influence of tree species on richness and diversity of epigeous fungal communities in a French temperate forest stand''. Fungal Ecology 4: 22-31</ref>.

Dans ou sur les sols agricoles et forestiers notamment, ou sur les [[bois-mort]]s, le degré de pauvreté ou richesse (en terme d'espèces, mais aussi de [[diversité génétique]]) en champignons (dont [[Mycorhize|mycorhiziens]] ou associés aux algues dans le cas des lichens), est [[Bioindication|bioindicatrice]] de la qualité du milieu, et dans une certaine mesure de sa naturalité ou son ancienneté<ref>Diédhiou AG, Dupouey JL, Buée M, Dambrine E, Laüt L, Garbaye J. 2009. ''Response of ectomycorrhizal communities to past Roman occupation in an oak forest''. Soil Biol. Biochem. 41: 2206-2213</ref>.

Très résistants à la plupart des métaux lourds, ils sont de mauvais [[Bioaccumulation|bioindicateurs]] de leur présence, mais ce sont souvent d'excellent biointégrateurs qui peuvent informer sur les métaux bioaccumulables dans les [[sols pollués]] et le degré de [[bioconcentration]] de certains polluants, par exemple les métaux lourds ou les radionucléides<ref>{{Ouvrage |titre=Universalia |éditeur=Encyclopaedia Universalis France |année=2000 |passage=166 |isbn=}}</ref>.

== Comestible ou toxique ? ==
{{Article détaillé|Liste de champignons comestibles|Liste de champignons toxiques}}
On a identifié à ce jour une vingtaine de champignons mortels dans le monde, une trentaine d'excellents comestibles et une grande masse de champignons immangeables car trop amers, âcres, nauséabonds, coriaces, fibreux ou trop minuscules. Comme il n'existe aucune méthode fiable pour les identifier, il importe d'abord de connaître les champignons dangereux et ensuite sélectionner les seuls champignons comestibles sûrs et savoureux, idéalement lors de sorties sur le terrain avec un connaisseur. La liste de [[Liste de champignons toxiques|champignons toxiques]] et [[Liste de champignons comestibles|comestibles]] peut être consultée chez un pharmacien (en France), ou sur le site de la Société mycologique de chaque région.

'''Deux types de toxicité sont à considérer :'''
# La [[mycotoxicologie|toxicité intrinsèque]] de certaines espèces liée à des toxines organiques produites par le champignon, qui provoquent par exemple des [[hallucination]]s, des douleurs abdominales, nausées, [[diarrhée]] sanglante, coliques, paralysies pouvant conduire à la mort (voir les détails sur la page [[mycotoxicologie]]) ;
# La toxicité induite par la forte capacité de certains champignons (dont des espèces comestibles et recherchées) à bioaccumuler certains [[métaux lourds]] toxiques (dont [[Mercure (chimie)|mercure]], [[plomb]], [[cadmium]], [[sélénium]], et, à un moindre degré [[cobalt]], [[nickel]] et [[chrome]] (le [[Chrome hexavalent|chrome VI]] est très toxique)<ref name="Les métaux lourds et les champignons (6)">http://toxicologie.pagesperso-orange.fr/metaux_6.htm</ref>). Selon une [[méta-analyse]] récente ([[2021]]) consacrée à la quantité de métaux lourds présente dans les champignons comestibles, {{Citation|bien que les champignons soient considérés comme des aliments sains et précieux, ils peuvent être une source de métaux lourds éventuellement toxiques susceptibles de nuire à la santé}}<ref name=Dowlati2021/> ; selon 59 études publiées de 1970 à mi-2020, les métaux les plus bioaccumulés sont, par ordre d'importance décroisante : [[Fer|Fe]] (204,5716&nbsp;mg/kg) > [[Zinc|Zn]] (154,6076&nbsp;mg/kg) > [[Cuivre|Cu]] (32,1996&nbsp;mg /kg) > [[Manganèse|Mn]] (25,4007&nbsp;mg/kg) > [[Nickel|Ni]] (10,4375&nbsp;mg/kg) > [[Chrome|Cr]] (4,934&nbsp;mg/kg) > [[Plomb|Pb]] (2,4844&nbsp;mg/kg) > [[Cadmium|Cd]] (1,3925&nbsp;mg/kg) ; les trois derniers ([[Chrome|Cr]] > [[Plomb|Pb]] > [[Cadmium|Cd]]) étant les plus toxiques<ref name=Dowlati2021/> ; et il a été constaté ue Pb, Cu, Fe, Cd, Cr et Zn s'accumulent plutôt dans les chapeau alor que Mn et Ni sont plutôt concentrés dans les stipes. Au vu des taux de métaux lourds bioaccumulés par les champignons, dans certains pays leur consommation peut exposer à {{Citation|des risques non cancérigènes importants}}<ref name=Dowlati2021>{{Article |langue=en |prénom1=Mohsen |nom1=Dowlati |prénom2=Hamid Reza |nom2=Sobhi |prénom3=Ali |nom3=Esrafili |prénom4=Mahdi |nom4=FarzadKia |titre=Heavy metals content in edible mushrooms: A systematic review, meta-analysis and health risk assessment |périodique=Trends in Food Science & Technology |volume=109 |date=2021-03 |doi=10.1016/j.tifs.2021.01.064 |lire en ligne=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0924224421000716 |consulté le=2022-07-01 |pages=527–535}}</ref>. <br>Chez 15 espèces différentes de champignons sauvages comestibles échantillonnés en milieu urbain et en milieu forestier sous {{Citation|influence anthropique limitée}}, pour 46 éléments chimiques recherchés, les taux de nutriments et de polluants variaient beaucoup selon les cas, mais avec en général pas ou peu de différence entre la ville et la forêt. Selon cette étude (2021), les taux d'éléments majeurs varient plutôt selon les affinités propres à l'espèce (facteur génétique), mais pour les [[éléments traces métalliques]], c'est le contexte environnemental (fond géochimique et/ou pollution locale) qui semble décisif<ref name=DiffVilleForêt2021/> ; pour le plomb par exemple, la pollution routière ne semble pas ou plus avoir d'influence : des taux similaires de Pb sont retrouvées dans le champignon, qu'il provienne de la forêt ou d'une zone urbaine. Et la quantité de métaux bioaccumulée varie peu selon que le substrat soit le bois ou le sol hormis pour l'As et le Mo moins concentrés dans les champignons lignicoles<ref name=DiffVilleForêt2021/>. <br>L'évaluation des risques pour la santé indique un {{Citation|risque élevé non cancérigène}} pour les métaux dans 14 des 19 espèces de champignons étudiés les zones urbaines et forestières. Selon les auteurs, tant en ville qu'en forêt, {{Citation|la consommation de quantités excessives des champignons étudiés peut avoir des effets néfastes sur la santé}}<ref name=DiffVilleForêt2021>{{Article |langue=en |prénom1=Maja |nom1=Ivanić |prénom2=Martina |nom2=Furdek Turk |prénom3=Zdenko |nom3=Tkalčec |prénom4=Željka |nom4=Fiket |titre=[https://www.mdpi.com/2309-608X/7/12/1068/htm Distribution and Origin of Major, Trace and Rare Earth Elements in Wild Edible Mushrooms: Urban vs. Forest Areas] |périodique=Journal of Fungi |volume=7 |numéro=12 |date=2021-12-12 |issn=2309-608X |pmid=34947050 |pmcid=PMC8706631 |doi=10.3390/jof7121068 |lire en ligne=https://www.mdpi.com/2309-608X/7/12/1068 |consulté le=2022-07-01 |pages=1068}}</ref>.

La teneur en éléments toxiques était faible et aucune influence de la pollution routière n'a pu être détectée, car des concentrations similaires de Pb ont été trouvées dans des champignons provenant de sites forestiers et urbains. Alors que les concentrations de métaux ne présentaient pas de variations selon le substrat (bois et sol), il a été observé que les champignons poussant sur bois présentaient généralement des teneurs plus faibles en As et Mo.
Néanmoins, l'évaluation des risques pour la santé a révélé un risque élevé non cancérigène des métaux dans 14 des 19 champignons étudiés dans les zones urbaines et forestières, ce qui suggère que ces champignons doivent être consommés avec prudence.<br>Les taux de cadmium mesurés dans les champignons de certaines régions où le sol est naturellement riche en cadmium ou pollué par du cadmium anthropique sont suffisants pour poser de graves problèmes de néphrotoxicité (attaque du système rénal), voire exceptionnellement pour tuer par [[empoisonnement]] aigu<ref name="Les métaux lourds et les champignons (6)"/>. L'exposition à des doses souvent faibles à moyennes de radionucléides via l'exposition de champignons a des effets qui sont encore très discutés pour les faibles doses, mais les études qui ont suivi la [[catastrophe de Tchernobyl]] ont montré que le champignon était l'une des premières sources de radioactivité dans l'alimentation dans les zones de retombées du nuage<ref>http://mycologia34.canalblog.com/archives/10___tchernobyl_et_les_champignons/index.html</ref>.

'''En cas d'empoisonnement, le médecin peut confondre ces deux types d'intoxications'''.

La contamination et l'empoisonnement occasionnels d'animaux tels que vaches, chevaux, chèvres moutons par les métaux lourds pourraient en partie être dus à la consommation de champignons, y compris d'espèces à fructification souterraines, qui passent inaperçues, telles que la [[truffe du cerf]] ou les [[truffe (champignon)|truffes]] recherchées par les [[sanglier]]s, les [[écureuil]]s ou quelques [[micromammifère]]s.

Comme le rappelle Didier Michelot du [[Centre national de la recherche scientifique|CNRS]], la possibilité d'empoisonnements graves, distincts de ceux produits par les toxines organiques, et dus à la consommation de spécimens appartenant aux genres (''[[Agaric]]us'', [[Pleurote|''Pleurotus'']]{{etc.|virgule=oui}}) n'est pas exclue en raison de leur capacité à concentrer des métaux toxiques (dont [[cadmium]], [[plomb]], [[Mercure (chimie)|mercure]]…) à des doses très supérieures aux seuils toxicologiques.

À titre d'exemple et à partir des analyses faites par D. Michelot (CNRS) en France, on peut retenir qu'un repas typique composé de 200&nbsp;g (portion moyenne) d'[[Agaricus arvensis]] frais, espèce très appréciée des cuisiniers, contenait en France 2&nbsp;mg de [[cadmium]], {{Qui|soit 100 fois la dose permise par les autorités de santé publique}}<ref>{{lien web |titre=Champignons - Définition et recettes de "Champignons" - Supertoinette |url=http://www.supertoinette.com/fiche-cuisine/550/champignons.html |site=supertoinette.com |consulté le=15-10-2020}}.</ref>.

[[Fichier:Russula aurora JPG1.jpg|vignette|Russule aurore]]

Des risques similaires sont posés par d'autres champignons, dont certains recherchés par les amateurs :
:''[[Agaricus silvicola]]'' (30,6&nbsp;ppm de cadmium),
:''[[Agaricus bresadolanus]]'' (10,7&nbsp;ppm de cadmium) et, moindrement ;
:''[[Suillus variegatus]]'' (4&nbsp;ppm de cadmium).

Les [[Agaricales]] accumulent les plus grandes quantités.

La teneur la plus élevée en [[Mercure (chimie)|mercure]] est détectée chez
:''[[Suillus variegatus]]'' (94&nbsp;ppm)
:''[[Agaricus aestivalis]]'' (87,4&nbsp;ppm),
:''[[Agaricus arvensis]]'' (84,1&nbsp;ppm),
:''[[Pleurotus eryngii]]'' (82&nbsp;ppm).

Le [[plomb]] a été détecté à des taux très élevés chez
:''[[Agaricus bresadolanus]]'' (52,2&nbsp;ppm),
:''[[Morchella esculenta]]'' (44,2&nbsp;ppm),
:''[[Fistulina hepatica]]'' (42,7&nbsp;ppm),
:''[[Clitocybe nebularis]]'' (43&nbsp;ppm),
:''[[Leccinum crocipodium]]'' (Boletus) (42,1&nbsp;ppm).

Il est par ailleurs probable que les champignons [[symbiote]]s jouent un rôle dans l'accumulation de métaux dans le bois.

== Aspects culturels ==
{{Article détaillé|Champignon#Symbolique et aspects culturels {{!}} Symbolique et aspects culturels des champignons}}

== Notes et références ==
=== Notes ===
{{Références|groupe=alpha}}

=== Références ===
{{Références nombreuses|taille=30}}

== Voir aussi ==
{{Autres projets| commons=Category:Fungi| wikt=Thésaurus:champignon/français| wiktionary titre= Vocabulaire des champignons}}

=== Bibliographie ===
* {{Ouvrage |langue=fr |auteur1=[[Georges Becker]] |auteur2=[[Lucien Giacomoni|{{Dr}} Lucien Giacomoni]] |auteur3=Jacqueline Nicot |auteur4=Serge Pautot |auteur5=Guy Redeuihl |auteur6=Geneviève Branchu |auteur7=Domiique Hartog |auteur8=Anke Hérubel |auteur9=Helga Marxmuller |auteur10=Ursula Millot |auteur11=Claude Schaeffner |titre=Le guide des champignons |lieu=Paris/Bruxelles/Montréal |éditeur=Reader's Digest |année=1982 |pages totales=319 |isbn=2-7098-0031-4 |libellé=Becker ''et al.'' 1982}}.
* {{Ouvrage |langue=fr |auteur1=[[Marcel Bon]] |titre=Champignons de France et d'Europe occidentale |éditeur=[[Groupe Flammarion|Flammarion]] |année=2004 |isbn= |libellé=Bon 2004}}.
* {{Ouvrage |auteur1=[[Régis Courtecuisse]] |auteur2=Bernard Duhem |titre=Guide des champignons de France et d'Europe |éditeur=[[Delachaux et Niestlé]] |année= |année première édition=1994 |isbn= |libellé=Courtecuisse & Duhem 1994}}.
* {{Ouvrage |langue=fr |langue originale=de |auteur1={{Dr}} Ewaldt Gerhardt |traducteur=Michel Cuisin |titre=Guide Vigot des champignons : plus de 1200 espèces, plus de 1000 photos couleur |titre original=Der Grosse BLV Pilzführer für unterwegs |lieu=Paris |éditeur=éd. Vigot |année=1999 |pages totales=714 |isbn=2-7114-1413-2 |isbn2=978-2-711-41413-0 |bnf=37177286 |libellé=Gerhardt 1999}}.
* {{Ouvrage |langue=fr |langue originale=en |auteur1=Peter Jordan |auteur2=Steven Wheeler |titre=Larousse saveurs |sous-titre=Les champignons |lieu=Paris |éditeur=éds. Larousse |année=1996 |pages totales=255 |isbn=2-03-516003-0 |libellé=Jordan & Wheeler 1996}}.
* {{Ouvrage |langue=fr |langue originale=en |prénom1=Thomas |nom1=Læssøe |auteur2=Anna Del Conte |titre=L'Encyclopédie des champignons |lieu=Paris |éditeur=éd. Bordas |collection=Dorling Kindersley Book |année=1996 |pages totales=256 |isbn=2-04-027177-5 |libellé=Laessoe & Del Conte}}.
* {{Ouvrage |langue=fr |prénom1=Roger |nom1=Phillips |traducteur=Odile Ricklin et Samuel Grosman |titre=Les champignons |lieu=Paris |éditeur=[[Éditions Solar|Solar]] |année=1982 |pages totales=288 |isbn=978-2-263-00640-1 |bnf=34738816 |libellé=Phillips 1982}}.
* {{Ouvrage |langue=fr |auteur1=Guy Redeuilh |auteur2=Guillaume Eyssartier |auteur3=Isabelle Masson-Deblaize |auteur4=Philippe Joly |titre=Larousse des champignons |lieu=Paris |éditeur=éd. Larousse |année=2004 |réimpression=2015 |pages totales=408 |isbn=2-03-560338-2 |ean=2000144354227 |présentation en ligne=https://data.bnf.fr/fr/documents-by-rdt/12695125/te/page1? |libellé=Redeuilh ''et al.'' 2004}}.
* {{Ouvrage |langue=fr |auteur1=Henri Romagnesi |titre=Petit atlas des champignons |lieu=Paris |éditeur=[[Éditions Bordas|Bordas]] |nature ouvrage=2 vol. : vol. 1 : 1970, LXXVI p. + 148 pl. ; vol. 2 : 1971, 150 p. + 348 pl. |année=1970 |réimpression=1978, 1983 |pages totales=148 |isbn=2-04-007940-8 |isbn2=204007970X |présentation en ligne=https://www.worldcat.org/title/petit-atlas-des-champignons-ouvrage-publie-sous-le-patronage-de-la-societe-mycologique-de-france/oclc/879895969&referer=brief_results |libellé=Romagnesi 1970-1971}}.
* {{Chapitre |libellé= Vajda 2012 |langue= en |auteur1= Vivi Vajda |titre chapitre= Fungi, a Driving Force in Normalization of the Terrestrial Carbon Cycle Following the End-Cretaceous Extinction |auteurs ouvrage= J.A. Talent (éd.) |titre ouvrage= Earth and Life |nature ouvrage= International Year of Planet Earth |éditeur= Springer |date= 2012 |doi= 10.1007/978-90-481-3428-1_27 |lire en ligne= https://www.academia.edu/1908895/Fungi_a_Driving_Force_in_Normalization_of_the_Terrestrial_Carbon_Cycle_Following_the_End_Cretaceous_Extinction |format= sur ''academia.edu'' |consulté le= 10/2021
 }}.

=== Articles connexes ===
* [[Champignon]]
* [[Mycologie]]
* [[Mycorhize]]
* [[Sporophore]]
* {{Lien|lang=en|trad=Evolution of fungi|fr=Histoire évolutive des champignons}}

=== Liens externes ===
{{Liens}}
* [http://www.mycofrance.org/ Société Mycologique de France]
* [http://www2.ac-lille.fr/myconord/default.htm Société Mycologique du Nord de la France]. Site assez complet sur les Champignons et leur étude.
* [http://www.atlas-des-champignons.com/ Atlas des champignons, véritable encyclopédie des champignons]
* [http://www.mycofrance.com/ Le memento des champignons]
* [http://tolweb.org/tree?group=Fungi&contgroup=Eukaryotes Le projet Tree of life (en anglais)]
* [http://perso.orange.fr/champi.fc/index2.htm Champignons De Franche-Comté]
* [http://www.mycodb.fr/ MycoDB : Base de données de champignons]
* [http://mycostra.free.fr/ Société Mycologique de Strasbourg]
* [http://mycorance.free.fr/valchamp/champig2.htm Reconnaissance visuelle des champignons]
* [http://www.pilzreservat.ch/fr/pdf/F5.pdf Champignons forestiers] (Suisse, PDF)

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