Émilie Mondor meurt le dans un accident de voiture sur l'autoroute 417 près de la ville de Hawkesbury, en Ontario. Des lésions internes et crâniennes importantes lui seront fatales et son décès est constaté durant son transport vers l'hôpital. La vitesse et les mauvaises conditions routières seraient à l'origine de sa mort.
« Il n’y a pas que les trois premières places qui sont importantes. C’est pour ça que je dis que la compétition, je n’en ferai pas tout le temps, et ça ne me dérangera même pas quand je vais arrêter, parce que je suis fière de ce que je fais. Tout ce que je veux, c’est continuer à courir pour le plaisir, pour le reste de ma vie. »
Afin de perpétuer sa mémoire la "Classique Émilie Mondor" se tient chaque année dans le cadre enchanteur du Parc du Grand-Coteau de Mascouche.
Son Ancienne école primaire, l'école La Mennais, à Mascouche, organise, à chaque année au mois de juin, la "Course Émilie Mondor" où, tous les élèves de l'école, du préscolaire à la 6e année courent une distance de 400 mètres à 2 kilomètres au Parc du Grand-Coteau, à Mascouche
Toutes les écoles Primaire de Mascouche, Se rassemblent à chaque année pour effectuer "le Défi d'Émilie", un Cross-country qui se tient au Parc du Grand-Coteau, à Mascouche
Une statue est érigée à son honneur dans le parc du Grand-Coteau, à Mascouche
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