Open Tree of Life
L'Open Tree of Life est un arbre phylogénétique en ligne résultant d'une collaboration financée par la Fondation nationale pour la science[1],[2]. Le premier projet, comprenant 2,3 millions d'espèces, a été publié en [3]. Le graphique interactif permet à l'utilisateur de zoomer sur les classifications taxonomiques, les arbres phylogénétiques et les informations sur un nœud. Cliquer sur une espèce renverra sa taxonomie source et de référence.
Approche
[modifier | modifier le code]Le projet utilise une approche supertree pour générer un seul arbre phylogénétique (servi sur tree.opentreeoflife.org[4]) à partir d'une taxonomie complète et d'un ensemble organisé d'estimations phylogénétiques publiées.
La taxonomie est une combinaison de plusieurs grandes classifications développées par d'autres recherches et est créé à l'aide d'un outil logiciel appelé « smasher »[5]. La taxonomie résultante est appelée une taxonomie à arbre ouvert (OTT pour Open Tree Taxonomy) et peut être consultée en ligne[6].
Histoire
[modifier | modifier le code]Le projet a été lancé en par un prix NSF de trois ans décerné à des chercheurs de dix universités. En 2015, une bourse supplémentaire de deux ans a été décernée à des chercheurs de trois établissements.
Voir aussi
[modifier | modifier le code]Références
[modifier | modifier le code]- « Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 112, no 41, , p. 12764–9 (PMID 26385966, PMCID 4611642, DOI 10.1073/pnas.1423041112)
- « Assembling, Visualizing, and Analyzing the Tree of Life », National Science Foundation (NSF) (consulté le )
- Pennisi, « First comprehensive tree of life shows how related you are to millions of species », Science Magazine,
- mtholder, « opentree »
- « Automated assembly of a reference taxonomy for phylogenetic data synthesis », Biodiversity Data Journal, vol. 5, no 5, , e12581 (PMID 28765728, PMCID 5515096, DOI 10.3897/BDJ.5.e12581, lire en ligne)
- « tree.opentreeoflife.org »
