842년, 조와의 변으로 황태자 쓰네사다 친왕이 폐위되면서, 난의 진압에 공이 있던 백부 후지와라노 요시후사에게 추천되어 대신에 황태자가 되었으며 850년, 닌묘 천황이 사망함에 따라 즉위하였다.
이러한 경위 때문에 후지와라노 요시후사는 닌묘 초기부터 점차 권세를 강화해 몬토쿠 천황이 동궁이었을 때 시집가게 한 딸(아키라케이코)이 낳은 제4 황태자 고레히토 친왕(후의 세이와 천황)을 황태자로 정하였다. 천황은 제1 황자 고레타카 친왕이 황태자가 되길 원했으나 요시후사의 압력으로 고레히토를 황태자로 하지 않을 수 없었다.
하지만 그 후에도 천황과 요시후사의 암투는 계속되어, 요시후사의 압력 전의 재위중에는 대궐의 변두리에 있는 동궁이나 사가 상황의 별궁이었던 레이제이엔 등에 거주하고, 결국 한번도 대궐 정전을 거주한 적은 없었다고 한다. 천황은 고레타카 친왕을 황태자로 하여 양위를 도모하였으나 고레타카 친왕의 신변의 위협을 우려한 좌대신 미나모토노 마코토의 간언으로 중지하였다.
858년 8월에 갑작스런 병으로 급사하였다. 통설에서는 사인은 뇌졸중으로 되어 있지만, 일각에서는 후지와라노 요시후사에 의한 암살설이 제기되고 있다.
