Dzimis Grācā. Austrijas erchercogaKārļa II dēls. Izglītojies pie jezuītiem. 1617. gadā viņš tika ievēlēts par Bohēmijas karali, 1618. gadā — Ungārijas karali un 1619. gadā — par Svētās Romas impērijas imperatoru. Būdams stingrs katolis un balstoties uz Spānijas un Polijas atbalstu, aktīvi atbalstīja katolismu un nepieļāva reliģisko toleranci. 1618. gadā sacēlās Bohēmija, čehi tika sakauti Baltā Kalna kaujā un sākās Trīsdesmitgadu karš. Karš noritēja ar mainīgām sekmēm. Par Katoļu līgas militāro līderi izvirzījās Albrehts fon Vallenšteins. 1635. gadā Ferdinands II un Saksijas kūrfirsts noslēdza Prāgas miera līgumu, kas tomēr neizbeidza karu, jo cīņās protestantu pusē iesaistījās Francija. 1637. gadā Ferdinands II nomira, bet karš beidzās 1648. gadā ar Vestfālenes miera līgumu.