ChemSpider
| Tür | Creative Commons Attribution Share-alike[1] |
|---|---|
| Genel merkezi | , |
| Hizmet alanları | 100 milyondan fazla yapıya, özelliğe ve ilgili bilgilere hızlı erişim sağlayan kimyasal yapıların veritabanı. |
| Önemli kişiler | |
| Web sitesi | chemspider.com |
| Dipnotlar / referanslar App | |
ChemSpider, kimyasal maddelerin bir veritabanıdır. ChemSpider, Kraliyet Kimya Derneği'ne (Royal Society of Chemistry) aittir.[3][4][5][6][7]
Veritabanı
[değiştir | kaynağı değiştir]Veritabanı, aşağıdakiler dahil 270'ten fazla veri kaynağından 100 milyondan fazla molekül içerir.[8]
- EPA DSSTox[9]
- ABD Gıda ve İlaç Dairesi (FDA)
- İnsan Metabolom Veritabanı
- Heterosiklik Kimya Dergisi
- KEGG
- KUMGM
- LeadScope
- LipidMAPS
- Marinlit
- MDPI
- MICAD
- MLSMR
- MMDB
- MOLI
- MTDP
- Nanojen
- Doğa Kimyasal Biyoloji
- NCGC
- Ulusal Alerji ve Bulaşıcı Hastalıklar Enstitüsü (NIAID)
- Ulusal Sağlık Enstitüleri (NIH)
- NINDS Onaylı İlaç Tarama Programı
- Ulusal Standartlar ve Teknoloji Enstitüsü (NIST)
- NIST Kimya Web Kitabı
- NMMLSC
- NMR Kaydırma DB
- PANACHE
- PCMD
- PDSP
- Peptitler
- Geleceğin Prous Science İlaçları
- QSAR
- Ar-Ge Kimyasalları
- San Diego Kimyasal Genomik Merkezi
- SGCOxCompounds, SGCStoCompounds
- SMID
- Teknik Özellikler
- Yapısal Genomik Konsorsiyumu
- SureChem
- Synthon-Lab
- Thomson Pharma
- Toplam TOSLab Yapı Taşları
- UM-BBD
- UPCMLD
- KullanışlıChem
- Web of Science
- xPharm
Her kimyasala, karşılık gelen bir URL'nin parçasını oluşturan benzersiz tanıtıcı (unique identifier) verilir. Örneğin, aseton 175'tir ve bu nedenle http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html 25 Ocak 2021 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. URL'sine sahiptir.
Kitle kaynak kullanımı
[değiştir | kaynağı değiştir]ChemSpider veritabanı, kimyasal yapı biriktirme, spektrum biriktirme ve kullanıcı küratörlüğü dahil olmak üzere kullanıcı katkılarıyla güncellenebilmektedir. Bu, çevrimiçi bir kimya veritabanı geliştirmek için kitle kaynaklı bir yaklaşımdır. Verilerin kitle kaynaklı küratörlüğü, biyomedikal ve kimya literatürünün metin madenciliği uygulamalarında kullanılan kimyasal yapılarla ilişkili bir kimyasal isim sözlüğü üretti.[10]
Ancak, veritabanı haklarından feragat edilmez ve veri indirme olanağı mevcut değildir; Aslında, SSS yalnızca sınırlı indirmelere izin verildiğini bile belirtilmiştir:[11] Bu nedenle çatallama hakkı garanti edilmez ve proje özgür / açık olarak değerlendirilemez.
Araştırma
[değiştir | kaynağı değiştir]Bir dizi mevcut arama modülü sağlanmıştır:
- Standart arama, sistematik isimler, ticari isimler, eşanlamlılar ve kayıt numaraları için sorgulamaya izin verir.
- Gelişmiş arama, moleküler formül ve moleküler ağırlık aralığı, CAS Kayıt Numaraları (Chemical Abstracts Service), tedarikçiler vb. kullanarak kimyasal yapıya, kimyasal altyapıya göre etkileşimli aramaya izin verir. Arama, bulunan sonuçları genişletmek veya kısıtlamak için kullanılabilir.
- Mobil cihazlarda yapı araması, iOS (iPhone / iPod / iPad)[12] ve Android işletim sistemleri için ücretsiz uygulamalar kullanılarak yapılabilir.[13]
Kimya belgesi işaretlemesi
[değiştir | kaynağı değiştir]ChemSpider veritabanı, kimya belgesi işaretlemesinin temeli olarak metin madenciliği ile birlikte kullanılmıştır. ChemMantis, Kimya İşaretleme ve İsimlendirme Dönüşümü Entegre Sistemi, belgelerden ve web sayfalarından kimyasal isimleri tanımlamak ve çıkarmak için algoritmalar kullanır ve ChemSpider veri tabanındaki isim-yapı dönüştürme algoritmalarını ve sözlük aramalarını kullanarak kimyasal isimleri kimyasal yapılara dönüştürür. Sonuç olarak, ChemSpider aracılığıyla 150'den fazla veri kaynağında kimya dokümanları üzerine bilgi arama sağlayan entegre bir sistem oluşturulmuştur.
Tarihçe
[değiştir | kaynağı değiştir]ChemSpider, Royal Society of Chemistry (RSC) tarafından Mayıs 2009'da[14] satın alındı. RSC tarafından satın alınmadan önce, ChemSpider özel bir şirket olan ChemZoo Inc. tarafından kontrol ediliyordu. Sistem ilk olarak Mart 2007'de beta sürüm şeklinde piyasaya sürüldü ve Mart 2008'de piyasaya asıl sürümünü gerçekleştirdi. ChemSpider, bir kimya veritabanının genel desteğini, WiChempedia uygulaması aracılığıyla Vikipedi kimyasal yapı koleksiyonunun desteğini içerecek şekilde genişletti.
Hizmetler
[değiştir | kaynağı değiştir]Sistemin bir dizi hizmeti çevrimiçi olarak sunulur. Bunlar arasında kimyasal adların kimyasal yapılara dönüştürülmesi, SMILES ve InChI dizilerinin oluşturulması ve birçok fiziksel kimya parametresinin tahmin edilmesi ve Nükleer manyetik rezonans (NMR) tahminine izin veren bir web hizmetine entegrasyon yer alır.
Sentetik Sayfalar
[değiştir | kaynağı değiştir]SyntheticPages, Royal Society of Chemistry tarafından işletilen sentetik kimya prosedürlerinin ücretsiz, etkileşimli bir veritabanıdır.[15]
Kullanıcılar kendi yaptıkları sentetik prosedürleri sitede yayınlanmak üzere sunarlar. Bu prosedürler orijinal çalışmalar olabilir, ancak daha çok literatüre dayanmaktadır. Orijinal yayınlanmış prosedüre atıflar uygun olduğunda yapılır. Yayınlanmadan önce bilimsel bir editör tarafından kontrol edilirler. Sayfalar, bilimsel bir dergi makalesi gibi resmî hakem incelemesinden geçmez, ancak oturum açmış kullanıcılar tarafından yorum yapılabilir. Yorumlar ayrıca bilimsel editörler tarafından yönetilmektedir. Amaç, laboratuvarda yararlı kimyasal sentezin nasıl yapılacağına dair pratik deneyim toplamaktır. Sıradan bir akademik dergide yayınlanan deneysel yöntemler resmî olarak kısaca listelenirken, ChemSpider SyntheticPages'deki prosedürler daha pratik ayrıntılarla verilmektedir. Kayıt dışılık teşvik edilir. Gönderenlerin yorumları da buna dahildir. Karşılaştırılabilir miktarda ayrıntıya sahip diğer yayınlar arasında Organik Sentezler ve İnorganik Sentezler sayılabilir. SyntheticPages sitesi ilk olarak Profesörler Kevin Booker-Milburn (Bristol Üniversitesi), Stephen Caddick (University College London), Peter Scott (Warwick Üniversitesi) ve Dr Max Hammond tarafından kurulmuştur.
Şubat 2010'da ChemSpider | SyntheticPages (CS | SP) oluşumuyla birleşme duyuruldu.[16]
OpenPHACTS
[değiştir | kaynağı değiştir]ChemSpider, bir Yenilikçi İlaç Girişimi olan OpenPHACTS projesinin bir parçası olarak kimyasal bileşik deposu olarak da hizmet vermektedir. Open PHACTS, küçük moleküllü ilaç keşiflerindeki -farklı bilgi kaynakları, standartların eksikliği ve aşırı bilgi yüklemesi gibi- darboğazları ele almak için açık standartlar, açık erişim, anlamsal ağ yaklaşımı uygulamaktadır.[17]
Ayrıca bakınız
[değiştir | kaynağı değiştir]Kaynakça
[değiştir | kaynağı değiştir]- ^ "ChemSpider Blog » Blog Archive » ChemSpider Adopts Creative Commons Licenses". www.chemspider.com (İngilizce). 2 Nisan 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Mart 2014.
- ^ Van Noorden, R. (2012). "Chemistry's web of data expands". Nature (İngilizce). 483 (7391): 524. Bibcode:2012Natur.483..524V. doi:10.1038/483524a
. PMID 22460877.
- ^ Antony John Williams (Ocak–Şubat 2008). "ChemSpider and Its Expanding Web: Building a Structure-Centric Community for Chemists". Chemistry International (İngilizce). 30 (1). 25 Mayıs 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 20 Nisan 2021.
- ^ Williams (2008). "Public chemical compound databases". Current Opinion in Drug Discovery & Development (İngilizce). 11 (3): 393-404. PMID 18428094.
- ^ Brumfiel (2008). "Chemists spin a web of data". Nature (İngilizce). 453 (7192): 139. doi:10.1038/453139a. PMID 18464701.
- ^ "Chemspider: A Platform for Crowdsourced Collaboration to Curate Data Derived from Public Compound Databases". Collaborative Computational Technologies for Biomedical Research (İngilizce). 2011. ss. 363-386. doi:10.1002/9781118026038.ch22. ISBN 978-1-11802-603-8.
- ^ Pence (2010). "ChemSpider: An Online Chemical Information Resource". Journal of Chemical Education (İngilizce). 87 (11): 1123. doi:10.1021/ed100697w.
- ^ "Data Sources". ChemSpider (İngilizce). 5 Mayıs 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Mayıs 2019.
- ^ "ChemSpider Blog » Blog Archive » The US EPA DSSTox Browser Connects to ChemSpider" (İngilizce). ChemSpider. 23 Ağustos 2008. 7 Kasım 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 7 Kasım 2017.
- ^ Hettne (2010). "Automatic vs. Manual curation of a multi-source chemical dictionary: The impact on text mining". Journal of Cheminformatics (İngilizce). 2 (1): 3. doi:10.1186/1758-2946-2-3. PMC 2848622 $2. PMID 20331846.
- ^ "ChemSpider Blog » Blog Archive » Who Would Like to Have the Entire ChemSpider Database?". www.chemspider.com (İngilizce). 24 Eylül 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 18 Nisan 2014.
- ^ "ChemSpider on the App Store". App Store (İngilizce). 13 Kasım 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ "ChemSpider Mobile - Android Apps on Google Play". play.google.com (İngilizce). 13 Mayıs 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ^ "RSC acquires ChemSpider" (İngilizce). Royal Society of Chemistry. 11 Mayıs 2009. 22 Aralık 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 11 Mayıs 2009.
- ^ "ChemSpider SyntheticPages". ChemSpider SyntheticPages (İngilizce). Royal Society of Chemistry. 18 Şubat 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 26 Haziran 2012.
- ^ "ChemSpider and SyntheticPages support synthetic chemistry". RSC Publishing (İngilizce). Royal Society of Chemistry. 5 Şubat 2010. 26 Temmuz 2012 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 26 Haziran 2012.
- ^ Williams (2012). "Open PHACTS: Semantic interoperability for drug discovery". Drug Discovery Today (İngilizce). 17 (21-22): 1188-1198. doi:10.1016/j.drudis.2012.05.016. PMID 22683805.