تشتمل أهداف هذه المعاهدة على صيانة الموارد الوراثية النباتية للأغذية والزراعة واستخدامها المستدام واقتسام المنافع الناشئة عن استخدام هذه الموارد على نحو عادل ومتكافئ، بما يتسق مع اتفاقية التنوع البيولوجي، من أجل الزراعة المستدامة والأمن الغذائي.