Resistencia a los antimicrobianos en los patógenos de la

ESKAPE
David M. P. De Oliveira,a,b Brian M. Forde,a,b Timothy J. Kidd,a,b Patrick N. A. Harris,b,c Mark A. Schembri,a,b Scott A. Beatson,a,b
David L. Paterson,b,c Mark J. Walkera,b
aEscuela de Química y Biociencias Moleculares, Universidad de Queensland, QLD, Australia bCentro Australiano de Investigación de Enfermedades Infecciosas,
Universidad de Queensland, QLD, Australia cCentro Universitario de Investigación Clínica, Universidad de Queensland, QLD, Australia

Cita De Oliveira DMP, Forde BM, Kidd TJ, Harris PNA, Schembri MA, Beatson SA, Paterson DL, Walker MJ. 2020. Resistencia antimicrobiana en patógenos de ESKAPE.
Clin Microbiol Rev 33:e00181-19.

https://doi.org/10.1128/CMR .00181-19. Copyright © 2020 Sociedad Americana de Microbiología. Todos los derechos reservados. Dirigir la correspondencia a Mark J.
Walker, mark.walker@uq.edu.au

RESUMEN Los patógenos ESKAPE resistentes a los antimicrobianos (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella
pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa y especies de Enterobacter) representan una amenaza mundial para
la salud humana. La adquisición de genes de resistencia a los antimicrobianos por parte de los patógenos de la ESKAPE ha reducido las
opciones de tratamiento de las infecciones graves, ha aumentado la carga de la enfermedad y ha incrementado las tasas de mortalidad
debidas al fracaso del tratamiento, y requiere una respuesta mundial coordinada para la vigilancia de la resistencia a los
antimicrobianos. Esta amenaza sanitaria inminente ha reavivado el interés por el desarrollo de nuevas terapias antimicrobianas, ha
exigido la necesidad de mejorar la atención a los pacientes y ha facilitado una mayor gobernanza sobre las prácticas de administración.

PALABRAS CLAVE Acinetobacter, Enterobacter, Enterobacterales, Enterococcus, Klebsiella, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus
aureus, resistencia a los antibióticos, multirresistencia
INTRODUCCIÓN La aparición de bacterias multirresistentes (bacterias resistentes a más de tres clases de antibióticos) (1) ha sido
paralela a la disminución del desarrollo de antibióticos (2). Los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC) de
Estados Unidos y la Organización Mundial de la Salud (OMS) consideran que los patógenos resistentes a los antimicrobianos (AMR)
son una amenaza inminente para la salud humana (3, 4). En la actualidad, no existe una vigilancia internacional sistemática de la RAM
(3), pero los informes disponibles estiman que en Estados Unidos se producen más de 2 millones de infecciones por RAM con un
número de muertes de 29.000 al año, con un coste sanitario atribuible de más de 4.700 millones de dólares (4). En Europa, cada año
se atribuyen más de 33.000 muertes y 874.000 años de vida ajustados por discapacidad a las infecciones por RAM adquiridas en el
hospital (HA) y en la comunidad (CA), lo que supone 1.500 millones de dólares en costes directos e indirectos (5, 6). En los países en
vías de desarrollo, en los que no se dispone de estimaciones de pérdidas económicas, las enfermedades transmisibles siguen siendo
la principal causa de muerte, y éstas se ven ahora incrementadas por las enfermedades infecciosas emergentes y reemergentes (7-9).
Aunque los genes de la RAM se encuentran de forma natural en el medio ambiente, el uso de antibióticos ha seleccionado la presencia
de genes de la RAM. La falta de métodos de diagnóstico rápido para identificar los patógenos bacterianos y los genes AMR en los
entornos clínicos ha dado lugar al uso a menudo innecesario de antibióticos de amplio espectro (10).

En febrero de 2017, para centrar y orientar la investigación y el desarrollo relacionados con nuevos antibióticos, la OMS publicó su
lista de patógenos para los que se necesita urgentemente el desarrollo de nuevos antimicrobianos. Dentro de esta amplia lista, los
patógenos ESKAPE (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas
aeruginosa y especies de Enterobacter) (11) fueron designados como "prioritarios" (12).

A través de la mutación genética y la adquisición de elementos genéticos móviles (EGM) (13), los patógenos de la ESKAPE han
desarrollado mecanismos de resistencia contra las oxazolidinonas, los lipopéptidos, los macrólidos, las fluoroquinolonas, las
tetraciclinas, los -lactámicos, las combinaciones de inhibidores de lactamasas -lactámicos y los antibióticos que constituyen la última
línea de defensa, incluidos los carbapenems, los glucopéptidos y las polimixinas clínicamente desfavorables (14-19). En comparación,
la resistencia a los lipoglicopéptidos es rara y sólo se ha documentado recientemente (20). Esto puede atribuirse potencialmente a la
doble acción de los lipoglicopéptidos al inhibir tanto la síntesis de peptidoglicano como la desestabilización de la membrana celular
bacteriana. En general, la expresión constitutiva y/o inducible de estos mecanismos de resistencia a los fármacos ha dado lugar a una
mayor representación de especies bacterianas con estos mecanismos en las infecciones hospitalarias (12).

Desde el inicio de la década de 1990, el desarrollo y la comercialización de nuevos antibióticos se han ralentizado. Entre 2017 y 2019,
la Administración de Alimentos y Medicamentos de los Estados Unidos (FDA) aprobó 11 nuevas terapias antimicrobianas (21). De estos
11 antimicrobianos, 4 fueron aprobados por la Agencia Europea de Medicamentos (EMA) de la Unión Europea: la combinación
meropenem-vaborbactam (Vaborem), la eravaciclina (Xerava), la delafloxacina (Baxdela/Quofenix) y la combinación imipenem-
cilastatina-relebactam (Recarbrio; en diciembre de 2019 se recomendó una opinión positiva hacia la concesión de la autorización de
comercialización, y la aprobación se dio en febrero de 2020) (22-25). Aparte de estos antimicrobianos, durante este periodo, la EMA
de la UE aprobó además el ceftobiprol (Zeftera; también aprobado por la Agencia Australiana de Productos Terapéuticos en 2016 y
por Health Canada en 2015), mientras que la Agencia Japonesa de Productos Farmacéuticos y Médicos (PMDA) aprobó la
lascufloxacina (Lasvic) (26-29). Se necesitan urgentemente iniciativas globales para ofrecer nuevas terapias antibacterianas
independientes o que complementen las terapias alternativas. En esta revisión, evaluamos el estado actual de la RAM en los patógenos
ESKAPE, centrándonos en las vías de desarrollo de fármacos actuales y emergentes en la respuesta contra la RAM.

ENTEROCOCOS RESISTENTES A LA VANCOMICINA

Enterococcus faecium es una causa importante de infecciones asociadas a la atención sanitaria, y los linajes adaptados a los hospitales
son cada vez más resistentes a la vancomicina (30) (Tabla 1). La diseminación del Enterococcus en Estados Unidos se produjo en dos
oleadas distintas. La primera comenzó en la década de 1980 y se asoció a la introducción de las cefalosporinas de tercera generación,
lo que propició la aparición de Enterococcus faecalis resistentes a la vancomicina y la ampicilina (31). La segunda oleada, dominada
por el E. faecium resistente a la vancomicina (VREfm), se ha propagado, según la hipótesis, desde Estados Unidos a otras partes del
mundo. En la actualidad, varios países europeos han notificado un aumento de la prevalencia de VREfm en pacientes hospitalizados
(32, 33). En Australia, el 47% de los aislamientos de E. faecium en hemocultivos son VREfm, lo que contribuye a una tasa de incidencia
de enterococos resistentes a la vancomicina (VRE) que supera la de muchos otros países de ingresos altos (34, 35). Los tipos de
secuencias multilocus (ST) de VREfm pertenecientes al complejo clonal 17 (CC17) son actualmente responsables de una importante
carga de infección hospitalaria (36). Las cepas del CC17, que son muy frecuentes en el microbioma intestinal de los animales salvajes
y domésticos (37, 38), se han asociado a brotes en Europa, Asia, Sudamérica y Australia (34, 39-42). Aunque la transferencia zoonótica
de las cepas CC17 de los animales a los seres humanos se atribuye en gran medida a la propagación de este complejo, también se ha
descubierto que los alimentos frescos son un reservorio importante (36). A pesar de que la propagación en la comunidad parece alta,
las infecciones asociadas a la comunidad causadas por cepas de CC17 son poco comunes.

En comparación con la duración de los brotes causados por los otros patógenos de la ESKAPE, los brotes de VREfm tienen una larga
duración, de aproximadamente 11 meses, en promedio (43, 44). La entrada de VREfm en el torrente sanguíneo de los pacientes
hospitalizados suele ir precedida de una exposición a los antibióticos, lo que permite que VREfm se convierta en la especie
predominante en el tracto gastrointestinal (45, 46). La duración de la exposición previa a los antibióticos está fuertemente asociada a
un riesgo posterior de infección por ERV (47). En un estudio nacional de 2016 sobre 1.058 infecciones del torrente sanguíneo causadas
por Enterococcus en Australia, casi el 50% de los aislados de E. faecium eran resistentes a la vancomicina (48). En los Estados Unidos,
la incidencia de la infección por ERV adquirida en el hospital y en la comunidad entre 2012 y 2017 disminuyó significativamente (4). El
manejo de los pacientes infectados con ERV se complica por el exceso de costos y la interrupción resultante de la necesidad de
habitaciones de aislamiento, precauciones de contacto y limpieza de la habitación dedicada. El tratamiento de la infección significativa
se basa en terapias antibióticas de segunda línea (por ejemplo, tigeciclina y daptomicina), que a menudo se asocian con un mayor
costo, una eficacia disminuida y un mayor riesgo de toxicidad en comparación con el costo, la eficacia y el riesgo de toxicidad de las
terapias antibióticas de primera línea (Tabla 1) (49, 50). Definir el riesgo adicional de un mal resultado atribuible a la resistencia a la
vancomicina en los enterococos ha sido un reto, en gran parte debido a los efectos de confusión de la comorbilidad (51). La mayoría
de los estudios han demostrado una asociación de la infección por ERV con un exceso de mortalidad, la duración del ingreso
hospitalario y los costes del tratamiento (52, 53), especialmente cuando los ERV causan una infección del torrente sanguíneo (54).

ESTAFILOCOCO ÁUREO RESISTENTE A LA METICILINA

La resistencia a la meticilina se identificó por primera vez en Staphylococcus aureus en 1961 como consecuencia del uso generalizado
de la penicilina (55). La introducción de la penicilina también aumentó la aparición de S. aureus productores de penicilinasa. Aunque
el S. aureus resistente a la meticilina (SARM) sigue siendo una carga importante en los centros sanitarios de EE.UU., la incidencia del
SARM adquirido en el hospital (SARM-AH) está disminuyendo (4, 56) (Tabla 1). En contraposición a este hallazgo, la incidencia de las
infecciones por SARM adquiridas en la comunidad (SARM-AC) en la misma región ha aumentado significativamente (56). Las
infecciones por SARM-AC surgieron entre la población indígena de Australia en la década de 1980 (57) y en comunidades por lo demás
sanas de Estados Unidos y Canadá en la década de 1990 (58). En Norteamérica, donde el SARM-AC es prevalente, las epidemias de
SARM se atribuyen en gran medida a la aparición de uno de los dos clones de SARM no relacionados (59, 60). El clon de SARM USA400,
aislado de la población pediátrica, inició la primera ola epidémica y sigue siendo una causa común de enfermedad de inicio comunitario
entre las poblaciones indígenas de Alaska y el noroeste del Pacífico (61). Desde 2001, el USA400 ha sido sustituido por una epidemia
causada por el MRSA USA300 (61, 62) y variantes estrechamente relacionadas, que son ahora los aislados de CA-MRSA más prevalentes
en América del Norte y partes del norte de América del Sur.

En la actualidad, la carga de SARM en todo el mundo varía sustancialmente (4, 63, 64). En China, la prevalencia de las infecciones por
SARM-HA y SARM-CA varió notablemente entre 2007 y 2018. La prevalencia de los clones de HA-MRSA ST239-t030 y ST239-t037 se
redujo significativamente (del 20,3% al 1% y del 18,4% al 0,5%, respectivamente), y ahora han sido reemplazados por el clon ST5-t2460
(del 0% al 17,3%), que ha experimentado una rápida aparición. Además, la incidencia de los clones ST59 y ST398 de CA-MRSA también
aumentó durante el mismo periodo (del 1,0% al 5,8% y del 1,8% al 10,5%, respectivamente) (65). En el norte de Europa (es decir, el
Reino Unido y Francia), se observó una disminución constante de la prevalencia de HA-MRSA entre 2015 y 2018 y se atribuyó en gran
medida a la mejora de los programas nacionales de control de infecciones (64, 66, 67). En comparación, las tasas de HA-MRSA en el
sur de Europa (es decir, Portugal, España, Italia y Grecia) siguen siendo altas (5, 64).

Las cepas de SARM-AC se han asociado normalmente a infecciones de la piel y los tejidos blandos, mientras que las cepas de SARM-
AC se asocian a neumonías graves e infecciones del torrente sanguíneo (68). La división entre las cepas de SARM-AC y SARM-AT se
está volviendo indistinta, ya que ahora se ha identificado que las cepas de SARM-AC son un agente causante de infecciones del torrente
sanguíneo en entornos nosocomiales. El SARM ST80 es un agente bien definido del SARM-AC en Europa. Aunque su prevalencia es
cada vez menor en determinados países europeos (69), el SARM-AC ST80 es ahora uno de los principales causantes de infecciones en
entornos sanitarios definidos (70). Además, se ha demostrado que algunos ejemplos de CA-MRSA (p. ej., ST398) están asociados a la
exposición al ganado (en particular a los cerdos) en Europa (71) (Tabla 1). Aunque los individuos con exposición directa al ganado son
los que más riesgo corren de padecer SARM asociado al ganado (SARM-LA), ahora se ha informado de que el SARM-LA contribuye
sustancialmente a la carga de infección nosocomial en Europa (72). Uno de los subgrupos de S. aureus menos definidos y olvidados es
el S. aureus resistente a la oxacilina (BORSA). Este subgrupo, que se encuentra tanto en entornos comunitarios como hospitalarios, se
caracteriza por una resistencia intermedia a las penicilinas resistentes a la penicilina, con una CMI de oxacilina de entre 1 y 8 g/ml (73).
Al carecer del gen mecA, el BORSA no es realmente ni resistente a la meticilina ni sensible a la misma, y su frecuente identificación
errónea supone una importante amenaza para el tratamiento y el resultado de los pacientes, ya que las infecciones graves por BORSA
pueden no responder a dosis elevadas de oxacilina (74). En general, las infecciones por SARM suponen una carga asistencial adicional
en términos de morbilidad, duración de la estancia hospitalaria, costes sanitarios y calidad de vida (75). La tasa de mortalidad tras una
infección del torrente sanguíneo por S. aureus supera el 20%, y la presencia de resistencia a la meticilina se asocia de forma
independiente con un aumento de la mortalidad (76, 77).

KLEBSIELLA PNEUMONIAE

Los antibióticos de tipo cefalosporina y carbapenem han sido un pilar del tratamiento de las infecciones graves causadas por
Enterobacterias, como K. pneumoniae, pero su eficacia se ha visto comprometida por la adquisición generalizada de genes que
codifican enzimas, como las Lactamasas de Espectro Extendido (ESBL) y las carbapenemasas, que median la respectiva resistencia a
estos fármacos críticos (19). Se han asociado altas tasas de mortalidad, a menudo superiores al 40%, a las infecciones graves causadas
por Enterobacterias resistentes a los carbapenemes (CRE) (78). A menudo se carece de opciones antimicrobianas eficaces, y el
tratamiento suele requerir la utilización de fármacos con riesgo de toxicidad (por ejemplo, aminoglucósidos, polimixinas) u otros
problemas de seguridad (por ejemplo, tigeciclina) (79) (Tabla 1). Las cepas de K. pneumoniae resistentes a los carbapenemes (CRKP)
son las CRE más destacadas desde el punto de vista clínico (64, 80). En Estados Unidos, las carbapenemasas portadas por K.
pneumoniae se notificaron originalmente en 2001 (81). Desde entonces, los genes que codifican estas -lactamasas se han extendido
entre varias especies bacterianas Gram-negativas. Entre 2005 y 2010, se notificó un aumento de los aislamientos de CRKP que
causaban infecciones invasivas en toda Europa (64). La propagación de la CRKP en Europa ha sido impulsada por la transmisión directa
e indirecta de paciente a paciente en entornos nosocomiales, atribuida en gran medida a las cepas ST11, ST15, ST101 y ST258, junto
con el derivado ST512 del ST258 (82) (Tabla 1). La carga mundial de CRKP se ha visto agravada por las sucesivas oleadas de CRKP que
han surgido en varios lugares de la cuenca del océano Índico, Estados Unidos y China (83-87). La diseminación global de la CRKP queda
ejemplificada por el clon ST307 de la CRKP. El clon ST307 se ha diseminado con éxito por todos los principales continentes (88),
demostrando unas tasas de transmisión extremadamente altas en entornos sanitarios (89).

Informes recientes sugieren que también están apareciendo cepas de K. pneumoniae hipervirulento (hvKP) con RAM. En Taiwán, la
hvKP causa tantos casos de fascitis necrotizante como el Streptococcus pyogenes y se asocia a una mayor tasa de mortalidad (47%
frente al 19%) (90). La detección de la hvKP se está notificando actualmente en todo el mundo, tanto en entornos de altos como de
bajos ingresos (87, 91, 92). Una importante característica de laboratorio que se observa con frecuencia en las cepas de hvKP es la
presencia de un fenotipo hipermucoviscoso (en asociación con los serotipos capsulares K1 y K2) (93).

ACINETOBACTER BAUMANNII

Las infecciones por A. baumannii suelen producirse en pacientes hospitalizados o con un contacto significativo con el sistema sanitario
(94). Históricamente, A. baumannii se ha asociado a climas geográficos cálidos y/o húmedos (95, 96). Entre 1987 y 1996, se observó
que la frecuencia de las infecciones adquiridas en la comunidad y en los hospitales de Estados Unidos aumentaba en un 50% entre los
meses de julio y octubre (97). Desde la década de 1970, A. baumannii se ha vuelto cada vez más común en los climas templados, un
cambio que se atribuye en gran medida a la mejora de los mecanismos de persistencia en el medio ambiente y al desarrollo de MDR
(98). La neumonía adquirida en la comunidad por A. baumannii se ha descrito en regiones tropicales de Asia y Australia entre individuos
con antecedentes de abuso de alcohol (99). Aunque las tasas de infección por A. baumannii son comparativamente bajas en
comparación con las de otros patógenos de la ESKAPE (100, 101), aproximadamente el 45% de todos los aislados de A. baumannii en
el mundo se consideran MDR, con tasas que superan el 60% en los Estados Unidos (4, 101), América Latina y Oriente Medio (102).
Turquía y Grecia han notificado tasas de MDR superiores al 90% (103). Estos niveles de MDR para A. baumannii son más de cuatro
veces superiores a los observados en K. pneumoniae y P. aeruginosa (3). Un aspecto clave de la fisiología de A. baumannii es la
propensión a desarrollar una rápida resistencia. De 2011 a 2016, la tasa de identificación de aislados de A. baumannii resistentes a los
antibióticos de clase carbapenem y -lactámicos ha aumentado en más del 30% a nivel mundial (103). La propagación de los aislados
de A. baumannii resistentes a los carbapenemes (CRAB) se asocia en gran medida a tres linajes clonales internacionales: CC1, CC2 y
CC3 (104, 105). El CC1 prevalece en todo el mundo, mientras que el CC2 y el CC3 son muy frecuentes en Europa y Norteamérica. El
CC15 y el CC79 también son predominantes en América Central y del Sur (106, 107). Con la aparición de cepas resistentes a los
fármacos, los antibióticos de último recurso de tipo carbapenem y polimixina ya no son eficaces (103, 108) (Tabla 1). Si no se toman
medidas adecuadas mediante la mejora de la vigilancia epidemiológica y el desarrollo terapéutico, A. baumannii tiene la capacidad de
potenciar una epidemia mundial.

PSEUDOMONAS AERUGINOSA

Ampliamente presente en los entornos acuáticos, P. aeruginosa es un patógeno humano oportunista Gram-negativo comúnmente
asociado con infecciones respiratorias graves en pacientes con inmunidad deteriorada. Aunque P. aeruginosa es responsable del 10%
de todas las infecciones nosocomiales, también se reconoce cada vez más que es una causa de infección adquirida en la comunidad.
La plasticidad y adaptabilidad del genoma de P. aeruginosa, conferidas por un repertorio de genes reguladores (8% del genoma de 6
Mb), son características clave en la capacidad del patógeno para persistir crónicamente en el huésped y evadir el tratamiento
antibiótico (109). Intrínsecamente resistente a una amplia gama de agentes antimicrobianos, P. aeruginosa muestra actualmente
resistencia a múltiples clases de antibióticos (6, 110) (Tabla 1). En Estados Unidos, aunque las tasas de RAM siguen siendo elevadas, la
vigilancia sugiere una tendencia a la disminución de las tasas de resistencia (4). A nivel mundial, los patrones de RAM de P. aeruginosa
varían sustancialmente. Actualmente, las tasas más altas de RAM en P. aeruginosa se dan en América del Norte, Central y del Sur,
Europa Occidental y Central, China, India y el Sudeste Asiático (7). Con una mayor capacidad para adquirir y mantener elementos de
resistencia a los antibióticos extraños, los linajes ST235 y ST175 de P. aeruginosa han surgido como clones de alto riesgo dispersos por
todo el mundo y siguen siendo uno de los principales responsables de las infecciones hospitalarias (111, 112). Además, está bien
documentada la amplia distribución de aislados nosocomiales de P. aeruginosa resistentes a los antibióticos de último recurso de tipo
polimixina y carbapenem (7, 113, 114).

Los pacientes con enfermedades pulmonares crónicas o hereditarias, como las bronquiectasias y la fibrosis quística (FQ), son muy
susceptibles de sufrir una infección pulmonar persistente, con exacerbaciones episódicas que requieren hospitalización y antibióticos
intravenosos, con el consiguiente riesgo de selección de MDR (115). Se ha demostrado que P. aeruginosa permanece viable en los
pulmones de los pacientes diagnosticados de FQ durante más de una década (116). P. aeruginosa coloniza entornos húmedos y, por
tanto, puede encontrarse en muchos entornos sanitarios, especialmente en el contexto de las heridas crónicas, la asistencia
respiratoria o los dispositivos del tracto urinario, donde la formación de biopelículas predispone a la persistencia, la evasión
inmunitaria y la resistencia a los antimicrobianos (117, 118).

ESPECIES DE ENTEROBACTERIAS

En los últimos 35 años, las especies Enterobacter aerogenes (ahora rebautizada como Klebsiella aerogenes) y Enterobacter cloacae se
han presentado como amenazas importantes para las salas de neonatos y los pacientes de las unidades de cuidados intensivos, en
particular los que dependen de la ventilación mecánica (119). La aparición de estas dos especies de Enterobacter como patógenos
MDR clínicamente significativos se ha producido en oleadas epidémicas concurrentes. Desde principios de la década de 1990 hasta
2003, E. aerogenes fue la causa más prevalente de infección nosocomial por Enterobacter (119). Durante este periodo, la incidencia
de la infección por E. aerogenes adquirida en el hospital fue elevada en Europa occidental (120, 121), lo que se atribuye en gran medida
a la dispersión de un único clon epidémico (122, 123). Aproximadamente en 2010, E. aerogenes fue sustituido por E. cloacae como la
especie más común del género aislada clínicamente (124). Cabe señalar que otros miembros del complejo E. cloacae, especialmente
Enterococcus hormaechei, son clínicamente relevantes y a menudo son difíciles de discriminar a nivel de especie basándose en ensayos
fenotípicos estándar (125, 126).

Las especies de Enterobacter MDR son una causa creciente de infecciones hospitalarias. En Estados Unidos, E. aerogenes ST4 y ST93
representan actualmente linajes prevalentes asociados a la infección nosocomial (127). En el caso del complejo E. cloacae, datos
recientes sugieren que la resistencia a los carbapenemes se ha extendido en dirección a los Estados Unidos debido a la diseminación
de aislados de E. cloacae ST178 y ST78 resistentes a los carbapenemes asociados a los hospitales (128). Antes de 2005, se calcula que
el 99,9% de las cepas de Enterobacter eran sensibles a los carbapenems (129). En la actualidad, la resistencia a los carbapenems se
registra en todas las regiones sanitarias de la OMS (3). Además, también ha surgido un E. aerogenes resistente a los fármacos, que
presenta resistencia al antibiótico de último recurso colistina (130) (Tabla 1). Para complicar aún más el tratamiento de las infecciones
bacterianas, E. aerogenes es capaz de albergar subpoblaciones de bacterias resistentes a la colistina que son indetectables mediante
las actuales estrategias de pruebas de diagnóstico (131).

ESCHERICHIA COLI

Aunque no está reconocida formalmente como parte del grupo de patógenos ESKAPE, Escherichia coli AMR está identificada como
una de las principales causas de infecciones del torrente sanguíneo y del tracto urinario (ITU) tanto en la comunidad como en los
entornos sanitarios a nivel mundial (5, 35, 64). La sepsis es una de las manifestaciones más comunes de la ITU por E. coli. En los
entornos australianos de hospitalización y de urgencias, E. coli es la especie bacteriana Gram negativa más frecuente aislada en los
cultivos de sangre y de orina (35). En la última década, varios clones pandémicos de E. coli uropatógena MDR (por ejemplo, ST131 y
ST95) se han difundido por todo el mundo (132, 133). A través de la transferencia horizontal de genes, E. coli suele adquirir genes de
resistencia de otros miembros de los Enterobacterales. En toda Europa se observan altas tasas de resistencia a las aminopenicilinas,
las fluoroquinolonas, los aminoglucósidos y las cefalosporinas de tercera generación (64). Aunque la resistencia a los carbapenemes
es poco frecuente en las cepas invasivas de E. coli, la situación general en Europa para la CRE, incluida E. coli, se mostró como un
empeoramiento entre 2010 y 2018 (134). Además, en 2016, se identificó resistencia a la polimixina de último recurso, la colistina, en
cepas de E. coli aisladas de granjas de cerdos en China (135). Aunque no se discute más en esta revisión, la E. coli AMR es actualmente
una de las mayores cargas clínicas a las que se enfrenta la salud humana y animal. Para no agravar aún más estos problemas, las
organizaciones implicadas en la política, la investigación y el desarrollo (I+D) y la vigilancia de la RAM deben considerar este patógeno
como un problema crítico de salud pública.

MECANISMOS DE RESISTENCIA A LOS ANTIBIÓTICOS DE LOS PATÓGENOS ESKAPE

Dada la frecuencia con la que se encuentran los organismos ESKAPE en el entorno clínico, no es de extrañar que se observen
numerosos mecanismos diferentes de AMR en estos patógenos. Éstos pueden clasificarse a grandes rasgos en cuatro grupos, que
comprenden (i) la inactivación o alteración de la molécula antimicrobiana, (ii) las modificaciones del sitio diana bacteriano, (iii) la
reducción de la penetración/acumulación de antibióticos, y (iv) la formación de biopelículas bacterianas (Fig. 1). Aquí exploramos los
determinantes más importantes de la RAM que han contribuido al éxito de los patógenos ESKAPE en el entorno clínico actual.

FIG. 1 Mediadores de la resistencia antimicrobiana de los patógenos de ESKAPE. Los mecanismos que facilitan la resistencia a los
antimicrobianos en los patógenos ESKAPE pueden clasificarse a grandes rasgos en cuatro grupos: (i) la inactivación antimicrobiana
mediada por enzimas, que destruye de forma irreversible el sitio activo del antibiótico (por ejemplo, la escisión hidrolítica del anillo
de la lactama por parte de las -lactamasas) o modifica covalentemente elementos estructurales clave del fármaco para dificultar la
interacción con el sitio diana bacteriano (por ejemplo, (ii) modificación del sitio diana bacteriano, que impide la unión o reduce la
afinidad de la molécula de antibiótico en la superficie celular (por ejemplo, modificación del LPS, PBP2a, etc.), modificación del LPS,
expresión de PBP2a con afinidad reducida por los lactámicos y modificación del peptidoglicano mediada por el grupo de genes van) o
intracelularmente (por ejemplo, metilación del ARN 16S); (iii) reducción de la acumulación de antibióticos mediante la mutación o la
pérdida de canales de la membrana externa (por ejemplo, OprD en P. aeruginosa, CarO en A. baumannii y OmpK36 en K. pneumoniae)
y la expresión de sistemas de eflujo para extruir activamente los fármacos fuera de la célula (por ejemplo, RND, MFS, MATE, SMR, ABC
y PACE); y (iv) la persistencia a través de células incrustadas en biofilms que demuestran una tolerancia notablemente mayor a los
agentes antimicrobianos que las bacterias planctónicas. AME: enzimas modificadoras de aminoglucósidos; AAC: acetiltransferasas de
aminoglucósidos; ANT: nucleotidiltransferasas de aminoglucósidos; APH: fosfotransferasas de aminoglucósidos; LPS: lipopolisacárido;
PBP: proteína de unión a la penicilina; RND: división de resistencia-nodulación; MFS, superfamilia de facilitadores principales; MATE,
extrusión de compuestos tóxicos y multidrogas; SMR, pequeña resistencia multidrogas; ABC, casete de unión a ATP; PACE, eflujo de
compuestos antimicrobianos proteobacterianos; EPS, sustancia polimérica extracelular.

Inactivación/Alteración de antibióticos

Uno de los mecanismos de AMR más comunes empleados por los patógenos ESKAPE implica la producción de enzimas que destruyen
o neutralizan irreversiblemente los antibióticos. Dichas enzimas son especialmente frecuentes entre los patógenos Gram negativos y
comprenden aquellas (i) que destruyen el sitio activo del antibiótico (por ejemplo, la escisión hidrolítica del anillo de la lactama por
parte de las -lactamasas) o (ii) que modifican covalentemente elementos estructurales clave del fármaco para dificultar la interacción
del sitio diana bacteriano (por ejemplo, las enzimas modificadoras de aminoglucósidos [AME] que catalizan las modificaciones de los
grupos hidroxilo/amino).

B-Lactamasas. Las enzimas lactamasas se identificaron por primera vez poco después del descubrimiento y la purificación de la
penicilina (136). Desde entonces, se han descrito 2.600 -lactamasas únicas que permiten la resistencia a uno o más -lactámicos (es
decir, penicilinas, cefalosporinas, monobactámicos y carbapenems) (137). Las lactamasas siguen siendo el mecanismo de resistencia
más importante entre los patógenos Gram-negativos de ESKAPE, donde se concentran dentro del periplasma, hidrolizando así los
agentes -lactámicos antes de alcanzar el objetivo de la proteína de unión a la penicilina (PBP) en la pared celular.

Las enzimas B-lactamasas se clasifican normalmente según su estructura molecular primaria (es decir, el esquema de Ambler [138]) o
las propiedades funcionales combinadas de hidrólisis e inhibición (es decir, el sistema Bush-Jacoby [139]). Las enzimas de clase A de
Ambler contienen serina en su sitio activo y comprenden las penicilinasas, las cefalosporinasas, las lactamasas de espectro estrecho y
amplio, las lactamasas de espectro extendido (ESBL) y las carbapenemasas. En conjunto, representan el mayor grupo de enzimas
lactamasas y, en conjunto, son capaces de inactivar la mayoría de las clases de lactámicos, incluidas las penicilinas, las primeras
cefalosporinas, las oxiiminocefalosporinas de tercera generación, los monobactámicos, las cefamicinas y los carbapenems. Su
susceptibilidad a la inhibición por el ácido clavulánico y el tazobactam es variable, aunque todos son inhibidos por los nuevos agentes
inhibidores de la lactamasa, incluidos el avibactam, el relebactam y el vaborbactam (139, 140).

Las enzimas de clase A de Ambler comprenden varias -lactamasas importantes que se observan con frecuencia en patógenos Gram
negativos (por ejemplo, TEM, SHV, CTX-M y KPC) y Gram positivos (por ejemplo, penicilinasa) de ESKAPE. De hecho, las penicilinasas
codificadas en blaZ que surgieron ampliamente y poco después de la introducción de la penicilina son ahora detectables en el 85% de
los aislados de S. aureus clínicamente significativos y en algunos Enterococcus spp. (141-144). Del mismo modo, las lactamasas de tipo
TEM de espectro estrecho, que hidrolizan fácilmente las primeras cefalosporinas y penicilinas, se encuentran con frecuencia en K.
pneumoniae y Enterobacter spp. pero también se han notificado en A. baumannii y P. aeruginosa. La SHV-1, que tiene un sustrato y
un perfil de inhibición similar al de la TEM-1, se encuentra casi universalmente en la especie progenitora, K. pneumoniae (144, 145).

Debido a una combinación de fuertes presiones de selección y a la frecuencia con la que los determinantes de AMR se movilizan entre
organismos, tanto las enzimas de tipo TEM como las de tipo SHV han sufrido una amplia evolución en las últimas décadas (145). Esto
ha dado lugar a la proliferación y difusión de numerosas variantes de BLEE codificadas por plásmidos que también pueden hidrolizar
oxiimino-lactamasas y aztreonam (139, 145). También se han notificado otras ESBL de clase A, a saber, enzimas de las familias CTX-M,
PER, GES y VEB, en todos los patógenos Gram-negativos ESKAPE. Característicamente, la mayoría de las enzimas ESBL de clase A siguen
siendo susceptibles al ácido clavulánico, aunque las ESBL del subgrupo 2br y 2ber de Bush-Jacoby (por ejemplo, TEM-30, SHV-10 y
TEM-50) muestran una susceptibilidad reducida a varios inhibidores de las -lactamasas (146). Preocupantemente, también se ha
informado de la existencia de -lactamasas resistentes a los inhibidores en cepas de K. pneumoniae que albergan enzimas
carbapenemasas de serina KPC (147). Las KPC codificadas por plásmidos se han asociado a importantes brotes en todo el mundo (por
ejemplo, el brote causado por K. pneumoniae ST258) e hidrolizan prácticamente todos los -lactámicos, incluidos los carbapenems
(148). A pesar de ello, hay pruebas emergentes de que las infecciones por organismos productores de KPC pueden combatirse con
éxito con varias combinaciones nuevas de inhibidores de la lactamasa, como imipenem-cilastatina-relebactam,
meropenemvaborbactam y ceftazidima-avibactam (149). Lamentablemente, la rápida evolución de la resistencia a la ceftazidima-
avibactam ya se ha notificado en los aislados de K. pneumoniae ST258 que albergan bla KPC-3 y en antecedentes clonales no ST258 y
variantes adicionales de blaKPC (17, 150, 151).

Las metalolactamasas de clase B (MBL) representan otro grupo de enzimas clínicamente importantes capaces de hidrolizar la mayoría
de los antibióticos, incluidos los carbapenems. Sin embargo, a diferencia de otras -lactamasas, requieren Zn2 en su sitio activo,
muestran una baja afinidad por el aztreonam y son inhibidas por el EDTA (139). Las MBLs más prominentes encontradas en los
patógenos Gram-negativos ESKAPE (por ejemplo, las MBLs de las familias IMP, VIM y NDM) están codificadas en plásmidos
conjugativos. Las MBL de tipo IMP y VIM se detectaron por primera vez en cepas clínicas de P. aeruginosa (152, 153), pero desde
entonces se han identificado en K. pneumoniae, cepas del complejo E. cloacae y Acinetobacter spp. (154-157). También se han
detectado enzimas de tipo NDM en todas las bacterias Gram negativas ESKAPE y son especialmente preocupantes debido a que se
incorporan a elementos genéticos transferibles que también codifican determinantes de resistencia a otras clases de antibióticos (157,
158).

Las lactamasas del grupo C comprenden cefalosporinas codificadas cromosómicamente, como la AmpC, que se encuentran en muchas
Enterobacterales (incluyendo Enterobacter spp.), P. aeruginosa y Acinetobacter spp. (159). Son más activas con cefalosporinas de
espectro estrecho a intermedio más aztreonam y suelen ser resistentes al ácido clavulánico. La tasa de expresión constitutiva de AmpC
suele ser baja, pero la resistencia clínicamente relevante es inducible durante la terapia (139). También se ha informado ampliamente
de la resistencia mediada por plásmidos que implican a las enzimas del grupo C, incluyendo informes de plásmidos en organismos,
como K. pneumoniae, que normalmente no contienen genes que codifican estas enzimas en su cromosoma (159).

Las B-lactamasas pertenecientes a la clase D de Ambler consisten principalmente en enzimas hidrolizadoras de oxacilina (OXA), que
son capaces de hidrolizar la oxacilina y sus derivados, que presentan propiedades de sustrato similares a las de las ESBL, y que muestran
una resistencia variable a los inhibidores de los -lactámicos (139). Es importante destacar que algunas OXA-lactamasas, como la OXA-
48 y sus derivados, también confieren resistencia a los carbapenems. Las enzimas de tipo OXA se encuentran con mayor frecuencia
en Acinetobacter spp. donde suelen estar localizadas en el cromosoma. Sin embargo, las enzimas de tipo OXA-48 transmitidas por
plásmidos están ahora ampliamente distribuidas en muchas especies de Enterobacterales, incluidas K. pneumoniae y Enterobacter
spp. (160), muchas de las cuales expresan otras ESBL, como CTX-M-15, y proporcionan así resistencia a la mayoría de los agentes -
lactámicos (161).

Enzimas modificadoras de aminoglucósidos. El mecanismo de resistencia a los aminoglucósidos más común entre los patógenos de la
ESKAPE es la producción de AME. Durante el transporte del fármaco a través de la membrana citoplasmática, estas enzimas catalizan
covalentemente modificaciones específicas de los grupos hidroxilo o amino de la molécula de aminoglucósido, reduciendo así la
actividad antibacteriana mediante la disminución de la unión de la subunidad ribosomal bacteriana. En función de su actividad
bioquímica, existen tres clases de AME (es decir, acetiltransferasas de aminoglucósidos [AAC], fosfotransferasas de aminoglucósidos
[APH] y nucleotidiltransferasas de aminoglucósidos [ANT]). Las enzimas dentro de cada clase se subdividen a su vez según la posición
del sitio de modificación, el perfil de resistencia y la designación específica de la proteína (162). Trabajos anteriores han demostrado
que la distribución global de las AMEs varía con respecto a la geografía, la presión de selección de antibióticos y las especies bacterianas
(163, 164). Dependiendo de la enzima específica y del organismo hospedador, los genes que codifican las AMEs se localizan en
plásmidos, en transposones o en el cromosoma (162), aunque la alta frecuencia de estos determinantes de resistencia entre los
patógenos ESKAPE es en gran parte atribuible a la adquisición vía transferencia horizontal de genes (165).

Las AAC abarcan la mayor clase de AME y, de forma dependiente de la acetil coenzima A, catalizan la acetilación de grupos aminos
específicos presentes en la molécula aceptora de antibióticos. De las cuatro subclases de AAC, las enzimas AAC(1) y AAC(3) se dirigen
a las posiciones de los grupos amino 1 y 3 del anillo central de 2-deoxiesterptamina, respectivamente, mientras que las subclases
AAC(2=) y AAC(6=) modifican las posiciones respectivas de los grupos amino 2= y 6= del anillo de 2,6-dideoxi-2,6-diamino-glucosa
(166). Aunque siguen siendo relativamente escasos los análisis exhaustivos de la epidemiología mundial de las AAC, las investigaciones
recientes realizadas en Estados Unidos, Europa y Asia indican que los patógenos Gram-negativos ESKAPE codifican con mayor
frecuencia las enzimas AAC(3) y AAC(6=), que en conjunto confieren resistencia a la gentamicina, la tobramicina y la amikacina (165,
167, 168).

Las APH constituyen la segunda clase más abundante de AME, que disminuyen la afinidad de unión de los aminoglucósidos catalizando
la fosforilación dependiente de ATP de los grupos -OH en la molécula del antibiótico. De las siete subclases diferentes de AME [es
decir, AME(4), AME(6), AME(9), AME(3=), AME(2), AME(3) y AME(7)], la AME(3=) es la más ampliamente distribuida entre los aislados
clínicos, y el gen aph(3=)-IIIa se reconoce como un determinante clave de la resistencia a la amikacina mediada por plásmidos tanto
en S. aureus como en Enterococcus spp. (165).

La última clase de AME comprende los ANT, que reducen la toxicidad de los aminoglucósidos mediante la transferencia dependiente
del magnesio de un nucleósido monofosfato a los grupos -OH de la molécula del antibiótico. En general, hay cinco subclases de ANT
[es decir, ANT(6), ANT(9), ANT(4=), ANT(2) y ANT(3)], de las cuales ANT(4=) y ANT(2) son las más relevantes desde el punto de vista
clínico. Se han detectado enzimas ANT(4=) que confieren resistencia a la amikacina y la tobramicina en S. aureus, Enterococcus spp.,
K. pneumoniae y P. aeruginosa. La ANT(2), codificada por el gen ant(2)-Ia (o aadB), se asocia con frecuencia a la resistencia a la
gentamicina y la tobramicina en todos los organismos Gram negativos de la ESKAPE (165).

Lo más importante es que la resistencia a los aminoglucósidos de amplio espectro en los patógenos de la ESKAPE se confiere a menudo
a través de la presencia de AMEs múltiples o bifuncionales. Esto ocurre con frecuencia entre los organismos Gram-negativos, donde
múltiples AMEs resultan en una resistencia significativamente mayor a los aminoglucósidos (169-171). Asimismo, la expresión de la
enzima bifuncional AAC(6=)-APH(2), que reside en el transposón común Tn4001, es la causa de la elevada resistencia a la gentamicina
tanto en S. aureus como en Enterococcus spp. (incluidas las cepas MRSA y VRE) en todo el mundo (152). Más recientemente, se ha
descrito en K. pneumoniae, Enterobacter spp., A. baumannii y P. aeruginosa una variante de la enzima denominada AAC(6=)-Ib-cr, que
confiere un bajo nivel de resistencia a los aminoglucósidos y a la ciprofloxacina mediada por plásmidos (172-175).

Modificaciones del sitio objetivo

Otra estrategia común de AMR empleada por los patógenos ESKAPE es la modificación del sitio diana del antibiótico, reduciendo así
la afinidad o impidiendo la unión de la molécula antibiótica. En concreto, estos mecanismos incluyen (i) la modificación de la enzima
diana, (ii) las alteraciones del sitio diana ribosomal y (iii) las alteraciones del precursor de la pared celular. Modificaciones de la enzima
diana. -Los antibióticos lactámicos inhiben a las bacterias al unirse a las enzimas PBP ancladas en la pared celular. En el SARM, la
resistencia a la meticilina y a otros antibióticos anti-lactámicos está mediada por la expresión del gen extraño mecA. mecA codifica
para la PBP2a, una PBP modificada con una baja afinidad por los anti-lactámicos, que hace que la mayoría de los agentes anti-
lactámicos sean completamente ineficaces contra el SARM (176). El mecA se encuentra dentro del cromosoma de cassette
estafilocócico mec (SCCmec), que también codifica un sistema regulador de dos componentes (TCRS; designado MecI y MecR1), genes
de recombinasa ccr específicos del sitio, así como tres regiones de unión (J) que pueden contener determinantes de resistencia
adicionales, elementos genéticos móviles (MGE) y reguladores (176). Las cepas de SARM crípticas o de bajo nivel mecA-positivo que
muestran MICs de oxacilina de 2 g/ml se identifican a menudo erróneamente como S. aureus sensibles a la meticilina, demostrando
ser un problema particular en la identificación precisa de SARM-AC y LA (177, 178).

Hasta ahora se han identificado trece tipos distintos de SCCmec de diversos tamaños y con distintos contenidos genéticos en S. aureus
(179). Los aislados que poseen resistencia a múltiples fármacos y los tipos de SCCmec más grandes se asocian normalmente con cepas
de SARM adquiridas en el hospital (por ejemplo, los tipos I a III de SCCmec), mientras que las cepas adquiridas en la comunidad que
expresan predominantemente resistencia a los lactámicos se asocian más a menudo con casetes de SCCmec más pequeños (por
ejemplo, los tipos IV y V). Curiosamente, recientemente se han identificado otros dos homólogos del gen mec (denominados mecB y
mecC) en el SARM (180, 181). Aunque la frecuencia de las cepas que expresan mecB no está clara en la actualidad, estudios recientes
indican que las cepas de S. aureus que codifican mecC se encuentran predominantemente en el Reino Unido y Europa con una
prevalencia baja pero variable en varias especies de huéspedes, como el ganado y los seres humanos (176, 182, 183).

Tanto E. faecalis como E. faecium también expresan PBP5, un ortólogo de baja afinidad codificado cromosómicamente de PBP2a en
MRSA, que confiere una resistencia intrínseca de bajo a moderado nivel a los lactámicos (las MICs de penicilina son de 2 a 8 g/ml para
E. faecalis y de 16 a 32 g/ml para E. faecium). Además, hasta el 90% de las cepas de E. faecium asociadas a los hospitales muestran
una resistencia de alto nivel a la ampicilina (CIM, 128 g/ml), que se debe a la sobreproducción de PBP5 o a polimorfismos en la PBP5,
que disminuyen aún más la afinidad por los agentes lactámicos (184, 185). Aunque es poco frecuente, las alteraciones en las PBP de
A. baumannii también pueden contribuir a la resistencia a los carbapenemes (186).

Otro ejemplo importante en el que la AMR surge en patógenos ESKAPE a través de la modificación de objetivos enzimáticos es la
resistencia a las fluoroquinolonas. Las fluoroquinolonas, como la ciprofloxacina y la norfloxacina, representan algunos de los agentes
antimicrobianos más recetados en todo el mundo. Son activas contra la mayoría de los organismos ESKAPE y se dirigen a las enzimas
ADN girasa y topoisomerasa IV, necesarias para la reparación y replicación del ADN bacteriano. Cada una de estas topoisomerasas
heterotetraméricas consta de dos pares de subunidades (A y B) codificadas por los genes gyrA y gyrB, respectivamente (o los
homólogos de la topoisomerasa IV parC y parE, respectivamente) (187). La resistencia a las fluoroquinolonas se produce más
comúnmente a través de mutaciones espontáneas de gyrA y parC que dan lugar a cambios de aminoácidos agrupados en la región de
unión a la quinolona 5= de la enzima (188-190), aunque hay algunas pruebas que sugieren que las alteraciones de la subunidad B
también contribuyen a reducir la susceptibilidad (191, 192). El nivel de resistencia alcanzado por las mutaciones de una sola diana
depende tanto del agente específico como de la especie bacteriana (187), mientras que la acumulación de múltiples mutaciones en
ambas enzimas diana suele conducir a la evolución de un fenotipo de resistencia a las fluoroquinolonas de alto nivel (193). La
resistencia a las quinolonas mediada por plásmidos (PMQR) conferida por las proteínas de la familia Qnr representa otro mecanismo
de resistencia a las fluoroquinolonas en K. pneumoniae y Enterobacter spp. (194, 195). Las proteínas codificadas por qnr (por ejemplo,
QnrA, QnrB, QnrS) se unen directamente a la diana antibiótica de la ADN girasa, proporcionando así una resistencia de bajo nivel a las
fluoroquinolonas. La PMQR es común entre los organismos productores de ESBL y puede aumentar los niveles de resistencia a las
fluoroquinolonas que surgen a través de otros mecanismos (194, 195).

Alteraciones del sitio objetivo ribosómico. Uno de los principales mecanismos de resistencia a los antibióticos macrolidelincosamida-
estreptogramina B (MLSB) en S. aureus y Enterococcus spp. está mediado por las metiltransferasas de ARNr codificadas por erm. Estas
enzimas monometilan o dimetilan el residuo A2058 dentro del ARNr 23S de la subunidad ribosómica 50S bacteriana, impidiendo así
la unión de la diana MLSB (196, 197). La expresión de erm puede ser constitutiva o inducible. Las cepas que se expresan de forma
constitutiva muestran resistencia cruzada a todos los agentes MLS B. Por el contrario, las cepas inducibles muestran resistencia a los
macrólidos inductores de 14 y 15 miembros (por ejemplo, eritromicina, claritromicina y azitromicina) pero siguen siendo susceptibles
a las lincosamidas y a la estreptogramina. Existen 42 clases de genes erm descritos actualmente, muchos de los cuales se localizan en
elementos genéticos móviles (MGE). erm(A) reside en el transposón Tn554 como parte del casete SCCmec II que se encuentra
predominantemente en las cepas HA-MRSA. erm(C) se asocia principalmente con la resistencia mediada por plásmidos en S. aureus
susceptibles a la meticilina, mientras que erm(B) se encuentra más comúnmente en enterococos (198, 199).

La resistencia de los organismos ESKAPE al linezolid y a los aminoglucósidos también está mediada a nivel ribosomal. De hecho, la
resistencia a linezolid tanto en S. aureus como en Enterococcus spp. puede surgir a través de mutaciones en los genes que codifican el
ARNr 23S y/o las proteínas de la subunidad ribosómica 50S o a través de la metilación mediada por cfr del ARNr 23S en el residuo
A2503 (200). El gen cfr es transferible dentro de los MGE, a menudo en asociación con otros determinantes de AMR (por ejemplo,
erm) (201, 202), y se ha detectado en cepas estafilocócicas que poseen otros mecanismos de resistencia a linezolid (203). La metilación
enzimática del ARNr 16S que confiere resistencia de alto nivel a los aminoglucósidos (a todos los aminoglucósidos, incluida la
plazomicina [descrita más adelante]) también ha surgido recientemente como un importante mecanismo de RAM adquirida en los
patógenos Gram-negativos ESKAPE (204, 205). Hasta la fecha, se han documentado 10 clases diferentes de metiltransferasas de ARNr
16S en todo el mundo (por ejemplo, ArnA, RmfA a RmfH y NmpA). Preocupantemente, estas enzimas se localizan a menudo en
plásmidos que albergan los genes de otros determinantes MDR (por ejemplo, blaOXA-23 y blaNDM), lo que reduce aún más las
opciones de tratamiento disponibles (205).

Alteraciones de los precursores de la pared celular. Uno de los mecanismos de AMR más importantes que ha surgido en los organismos
Gram-positivos ESKAPE en las últimas décadas ha sido el desarrollo de la resistencia a los glicopéptidos. En los organismos Gram
positivos susceptibles, la biosíntesis de la pared celular bacteriana se inhibe mediante glicopéptidos dirigidos a los residuos precursores
del peptidoglicano D-Ala-D-Ala de la pared celular externa. La resistencia a los glucopéptidos en los enterococos implica la adquisición
de grupos de genes van que coordinan (i) la síntesis de precursores de peptidoglicanos modificados que presentan una unión atenuada
a los glucopéptidos (es decir, los extremos naturales D-Ala-D-Ala se sustituyen por D-Ala-D-lactato o D-Ala-D-serina) y (ii) la producción
de D,D-carboxipeptidasas que eliminan los precursores naturales D-Ala- D-Ala residuales de la célula huésped (184, 206). Hasta la
fecha, se han clasificado nueve grupos de genes van distintos, y la mayoría de las infecciones humanas por ERV se atribuyen a aislados
de E. faecium y E. faecalis portadores de los grupos de genes vanA y vanB. La resistencia mediada por vanA es la más frecuente y se
caracteriza por un alto nivel de resistencia tanto a la vancomicina como a la teicoplanina (206). El clúster del gen vanA se asocia
normalmente con Tn1546 y transposones relacionados, que pueden localizarse tanto en plásmidos como en ADN cromosómico (207).
Por el contrario, el clúster genético vanB confiere resistencia sólo a la vancomicina y suele ser portado por los transposones
Tn1547/Tn5382 que se localizan en el cromosoma (208, 209).

Desde 2002, también se han notificado casos esporádicos de infección por S. aureus resistente a la vancomicina (denominada VRSA).
Esta forma de resistencia a la vancomicina (CIM, 16 g/ml) está conferida por el grupo de genes vanA en Tn1546, que se adquiere
mediante la transferencia conjugativa de plásmidos enterococos (210, 211). En estos casos, la resistencia a la vancomicina se mantiene
bien por la retención del plásmido enterocócico donante dentro del receptor de S. aureus o por la transposición del elemento Tn1546
entrante a un plásmido estafilocócico endógeno. La mayoría de los casos de infección por VRSA se han observado entre pacientes con
infecciones previas/actuales por ERV, aunque la frecuencia de tales detecciones es baja, habiéndose notificado hasta la fecha menos
de 20 casos en Norteamérica, Sudamérica y Europa (212-215). Lo más probable es que esto refleje varios factores, como la
inestabilidad del plásmido, la prevalencia relativamente baja de cepas de Enterococcus donantes que contienen plásmidos compatibles
que llevan vanA, los robustos sistemas de modificación de la restricción de S. aureus que restringen la entrada de ADN no modificado
en la célula, así como los costes de aptitud asociados a VanA (216-219).

Un problema mucho más frecuente es la detección de aislados de S. aureus que presentan una resistencia intermedia a la vancomicina
(es decir, CMI de 4 a 8 g/ml; denominadas cepas de S. aureus intermedias a la vancomicina [VISA]). Esta forma de AMR suele surgir a
través de una exposición prolongada a la vancomicina, dando lugar a un fenotipo inicial VISA heterogéneo (hVISA), en el que una
pequeña subpoblación de células demuestra CMI de 4 g/ml (220). Los mecanismos precisos que subyacen a los fenotipos hVISA/VISA
no se comprenden del todo, aunque varios estudios indican el papel de las modificaciones genéticas de los genes reguladores y los
cambios epigenéticos globales que conducen al engrosamiento de la pared celular, la disminución de la reticulación del peptidoglicano
y la actividad autolítica, así como un exceso de residuos D-Ala-D-Ala (198, 221-225). A diferencia de la transmisión de persona a
persona, la gran mayoría de las infecciones por hVISA y VISA surgen por evolución in vivo dentro de los pacientes individuales y suelen
implicar linajes pandémicos de HA-MRSA (por ejemplo, ST239 y ST5). Sin embargo, cabe señalar que los clones de CA-MRSA, incluido
el clon USA300, también pueden presentar este fenotipo de resistencia (146, 226).

En los últimos años también se ha observado resistencia a la daptomicina, un agente que tiene actividad contra las bacterias Gram-
positivas y que está relacionado con los péptidos antimicrobianos catiónicos (AMP) del huésped, tanto en S. aureus como en
enterococos. Los mecanismos precisos de la resistencia aún no se han dilucidado del todo, pero se ha postulado que están implicadas
las alteraciones de la carga de la superficie celular, la composición/metabolismo de los fosfolípidos y las respuestas al estrés de la
membrana (227). Estudios recientes también destacan la aparición de resistencia adquirida a la polimixina (otro AMP catiónico) en K.
pneumoniae, A. baumannii y P. aeruginosa, que surge de la remodelación de las estructuras lipopolisacáridas (LPS) de la membrana
externa. Estas modificaciones contribuyen a reducir la carga negativa neta del LPS, reduciendo así su eficacia de unión a la polimixina.
En K. pneumoniae, las mutaciones de pérdida de función del gen mgrB (un regulador de retroalimentación negativa del TCRS PhoPQ),
las mutaciones que impulsan la expresión de los TCRS PhoPQ, PmrAB y CrrAB, así como la adquisición del gen mcr mediado por un
plásmido, dan lugar a modificaciones del lípido A asociadas a la resistencia (por ejemplo, adición de 4-amino-4-deoxi-L-arabinosa
[Ara4N], fosfoetanolamina [PEtN] y 2-hidroximiristato a través de una mayor expresión del operón pmrHFIJKLM, pmrC y lpxO,
respectivamente) (135, 228-230). De éstas, la inactivación de mgrB es la más frecuente y, curiosamente, también da lugar a otras
modificaciones que promueven colectivamente la virulencia y que atenúan las primeras respuestas de defensa del huésped (228). Los
principales mecanismos de resistencia a la polimixina en A. baumannii comprenden mutaciones en el TCRS PmrAB que conducen a la
síntesis de PEtN y a la pérdida de LPS mediante la inactivación de los genes de biosíntesis de lípidos A lpxA, lpxC y lpxD (229). La
resistencia a la polimixina en P. aeruginosa es transmitida por cinco TCRS, incluyendo PmrAB, PhoPQ, ParRS, ColRS y CpsRS, que con
mayor frecuencia dan lugar a la expresión constitutiva de pmrHFIJKLM y a la adición de Ara4N (229).

Reducción de la penetración y acumulación de antibióticos

Porinas. Las mutaciones que conducen a la regulación a la baja, al equilibrio, a la función y/o a la pérdida de los canales proteicos de
la membrana externa (porinas) también representan importantes mediadores de la RAM entre los patógenos Gram-negativos ESKAPE.
Los agentes hidrófilos, como los -lactámicos (incluidos los carbapenems) y algunas fluoroquinolonas que dependen de las porinas para
penetrar la barrera de la membrana externa, se ven particularmente afectados. Además, estas mutaciones pueden surgir durante el
tratamiento (231, 232) y, lo que es más importante, potencian la influencia de otros mecanismos de resistencia, como las bombas de
eflujo y las enzimas degradativas (198). Por ejemplo, la pérdida o modificación de la porina OprD de P. aeruginosa está relacionada
con una menor susceptibilidad a los carbapenemes (233). Asimismo, la pérdida o inactivación de CarO en A. baumannii se asocia con
la resistencia a imipenem (234). Durante la terapia antibiótica, también se reconoce que K. pneumoniae y algunas Enterobacter spp.
pueden alterar secuencialmente el equilibrio de diferentes porinas. En algunos casos, la porina Omp35, sensible al sorbitol, se sustituye
por Omp36, que tiene un tamaño de canal más pequeño. Estas cepas deficientes en Omp35 y productoras de Omp36 suelen presentar
perfiles de susceptibilidad intermedios a los carbapenems, mientras que las que carecen de ambas porinas muestran resistencia a los
carbapenems (233, 235, 236). La sobreexpresión de la porina LamB en asociación con las cepas que muestran deficiencia de porina o
expresión reducida de porina también puede contribuir a reducir la susceptibilidad a los antibióticos (235, 236). También se han
notificado mutaciones que conducen a cambios conformacionales en la región del ojal del lumen de E. aerogenes Omp36 con una
permeabilidad reducida a los -lactámicos (235).

Bombas de eflujo. La expresión de las bombas de eflujo bacterianas, que extruyen activamente los fármacos fuera de la célula, también
contribuye en gran medida a la RAM. Los genes que codifican las bombas de eflujo pueden estar localizados en el cromosoma o dentro
de los GEM. Hasta la fecha, se han caracterizado seis grandes familias de bombas de eflujo, que comprenden las familias (i) de
resistencia-nodulación-división (RND), de superfamilia de facilitadores principales (MFS), de extrusión de compuestos tóxicos y
multifármacos (MATE), de resistencia a pequeños fármacos (SMR), de casetes de unión a ATP (ABC) y de eflujo de compuestos
antimicrobianos proteobacterianos (PACE) (234, 237). Las seis familias están representadas en el grupo ESKAPE, con exportadores
individuales que varían en términos de su especificidad de sustrato. Cabe destacar que la resistencia mediada por la bomba de eflujo
de tipo RND es especialmente preocupante con respecto a la AMR entre las bacterias Gram negativas. Por ejemplo, el sistema de
eflujo MexAB-OprM codificado cromosómicamente en P. aeruginosa presenta una amplia especificidad de sustrato y, cuando se
sobreexpresa, confiere resistencia a fluoroquinolonas, aminoglucósidos y lactámicos. Asimismo, la sobreproducción de AcrAB-TolC es
característica de las cepas de K. pneumoniae y Enterobacter multirresistentes. Las bombas de eflujo de tipo RND de A. baumannii
AdeABC, AdeFGH y AdeIJK también están asociadas a la RAM de amplio espectro (234, 238-240). Más recientemente, se ha identificado
en K. pneumoniae la bomba de eflujo OqxAB codificada cromosómicamente, que contribuye a reducir la susceptibilidad a las
quinolonas y al cloranfenicol (195, 241). También se han observado homólogos de OqxAB en algunas Enterobacter spp. aunque, aparte
de la tigeciclina (242), no se cree que estos elementos contribuyan a la resistencia a fármacos clínicamente relevante en condiciones
in vitro (241).

Otros mecanismos y estrategias de supervivencia

Biofilms. Además de los mecanismos clásicos de resistencia a los antimicrobianos ya mencionados, ahora se reconoce también que el
crecimiento dentro de las biopelículas puede impedir aún más la actividad antimicrobiana. Las biopelículas son comunidades
microbianas estructuradas, adheridas a la superficie y encerradas en una matriz extracelular (MEC) que demuestran una tolerancia
notablemente mayor a los agentes antimicrobianos que las células planctónicas no adherentes (118, 243, 244). En particular, las
biopelículas desempeñan un papel destacado en las infecciones crónicas, como las de P. aeruginosa en las vías respiratorias de los
pacientes con fibrosis quística y las infecciones de dispositivos médicos permanentes causadas por S. aureus y A. baumannii (118,
245). Se cree que la reducida susceptibilidad a los antibióticos que muestran las células incrustadas en la biopelícula es multifactorial
y puede variar según la especie y la composición genética del organismo o los organismos, la naturaleza del agente antimicrobiano, la
fase de desarrollo de la biopelícula y las condiciones ambientales (118, 246). Más recientemente, se ha reconocido que la agregación
bacteriana también puede dar lugar a una menor susceptibilidad a los antibióticos, independientemente del crecimiento en una
superficie. Algunos de los factores atribuibles a la mayor recalcitrancia a los antibióticos de las biopelículas incluyen (i) la restricción
de la penetración de los antibióticos por la MEC, (ii) la secreción de enzimas modificadoras de antibióticos, ADN extracelular y otras
macromoléculas en la MEC, (iii) la acumulación de bacteriófagos filamentosos que promueven la formación de estructuras cristalinas
líquidas, (iv) la actividad metabólica diferencial, (v) la aparición de células perseverantes (véase más adelante), (vi) la regulación del
eflujo bacteriano asociada a la biopelícula, (vii) el aumento de la transferencia horizontal de genes y de la frecuencia de mutación, y
(viii) las interacciones entre diferentes especies bacterianas dentro de las biopelículas de especies mixtas (246-249). Un ejemplo clásico
de los dos últimos factores fue comunicado por Weigel y sus colegas, quienes observaron que un plásmido portador de un gen vanA
de resistencia a la vancomicina en una cepa de VRSA surgió de una cepa de VRE presente en la misma biopelícula multiespecífica (250).

Tolerancia y persistencia a los antibióticos. Aparte de la resistencia a los antibióticos, que se caracteriza por la presencia de genes
heredables que codifican la resistencia o de mutaciones que dan lugar a un aumento de la CIM, cada vez hay más pruebas de que
algunos patógenos ESKAPE son capaces de superar el tratamiento mediante la tolerancia a los antibióticos. La tolerancia a los
antibióticos permite a toda una población bacteriana soportar exposiciones transitorias a altas dosis de antibióticos bactericidas (por
ejemplo, -lactámicos y quinolonas) sin que cambie la CIM. Esto ocurre en ausencia de cualquier factor de resistencia genética y se
asocia típicamente con un estado de crecimiento detenido (o latente) que se revierte al eliminar la exposición al antibiótico (251, 252).
La tolerancia a los antibióticos puede surgir de mutaciones genéticas, pero también puede ser conferida por condiciones externas
estresantes, como la limitación de nutrientes, los factores del huésped, la temperatura y el tratamiento con antibióticos (251).
Preocupantemente, estudios recientes de infecciones por SARM en humanos también indican que la evolución de la tolerancia a los
antibióticos puede facilitar la aparición de resistencia mutacional (253). La evaluación cuantitativa de la tolerancia a los antibióticos
puede realizarse de forma fiable mediante la duración mínima para la eliminación del 99% de una población bacteriana (MDK99), que
evalúa el tiempo que se necesita para erradicar el 99% de una población bacteriana a concentraciones de antibióticos que superan
sustancialmente la CIM (252, 254). En un fenómeno relacionado, la tolerancia a los antibióticos también puede observarse entre
subpoblaciones de células bacterianas denominadas "persisters". La persistencia de los antibióticos se asocia con frecuencia a las
infecciones por biopelículas y se caracteriza por una curva de muerte bifásica MDK99.99 que muestra la aparición de una subpoblación
clonal de persister con el tiempo. Las células bacterianas persistentes no responden a los antibióticos y, aunque no se dividen en
presencia de antimicrobianos bactericidas, no mueren. Tras el cese del tratamiento, estas subpoblaciones persistentes son capaces
de reanudar su crecimiento, contribuyendo así a la recaída o a la infección crónica (252, 255, 256).

Supervivencia intracelular. Otro posible factor que contribuye a la RAM entre los patógenos de la ESKAPE es la observación de que
algunas especies pueden ser internalizadas y luego sobrevivir durante largos períodos dentro de las células del huésped. De hecho,
estudios recientes in vitro muestran que, tras ser engullidos por los macrófagos alveolares, tanto K. pneumoniae como E. faecalis son
capaces de sobrevivir y persistir dentro de compartimentos vacuolares intracelulares únicos (257, 258). Del mismo modo, cada vez
hay más pruebas de que S. aureus tiene la capacidad de adherirse a los fagocitos profesionales y no profesionales, incluidos los
macrófagos, las células epiteliales, endoteliales y mamarias, los queratinocitos, los osteoblastos y los fibroblastos, y de entrar en ellos
y sobrevivir (259, 260). En estos casos, es plausible que los microbios sean capaces no sólo de evadir muchas de las defensas
inmunitarias del huésped, sino también de permanecer aislados de la actividad de los antibióticos impregnados de células,
proporcionando así un reservorio para la infección diseminada y/o latente. Este escenario fue ilustrado recientemente por Lehar y sus
colegas, quienes demostraron que, en comparación con las bacterias planctónicas extracelulares, los aislados de SARM intracelulares
muestran un aumento de 100 veces en la CMI de la vancomicina, así como una mayor propensión a la diseminación sistémica en un
modelo de infección de ratón tratado con antibióticos (261).

ELEMENTOS GENÉTICOS MÓVILES QUE CONFIEREN RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS

Aunque las bacterias pueden ser intrínsecamente resistentes a ciertos antibióticos, también pueden acumular genes AMR en los MGE.
Los MGE son segmentos de ADN capaces de capturar genes y mediar su movimiento dentro del genoma (movilidad intracelular) o
entre diferentes células (movilidad intercelular). De este modo, los MGE son responsables de gran parte de la variabilidad fenotípica
observada en la RAM, tanto dentro de las especies bacterianas como entre ellas. La asociación entre la RAM y los MGEs ha sido
ampliamente revisada recientemente (262). Así, aquí resumimos los elementos más relevantes para los patógenos de ESKAPE,
principalmente, los plásmidos, las secuencias de inserción (IS) y los transposones (Tn), los elementos integradores y conjugadores
(ICE), y otras islas genómicas (GI) (Tabla 2).

Secuencias de inserción y transposones

Los IS son elementos pequeños (normalmente de 3 kb) capaces de autotransponerse. La unidad canónica de los IS está compuesta
por uno o dos genes necesarios para la movilidad, flanqueados por repeticiones invertidas (IR) terminales (263, 264). Los IS son capaces
de movilizar genes vecinos (genes de carga) en estructuras llamadas transposones compuestos, en las que dos copias de un IS idéntico
o relacionado movilizan la región entre ellos (265, 266). Los ejemplos clásicos de transposones compuestos asociados con el transporte
de genes AMR incluyen el Tn9 (IS1; resistencia al cloranfenicol), el Tn10 (IS10; resistencia a la tetraciclina), el Tn5 (IS50; resistencia a
los aminoglucósidos y a la bleomicina) (262, 265) y, más recientemente, el Tn6330 (ISApl1), que es responsable de movilizar el gen de
resistencia a la colistina mcr-1 (135, 262, 267). También se pueden encontrar transposones unitarios más complejos tanto en bacterias
Gram negativas como Gram positivas. Los transposones unitarios son grandes elementos de tipo IS flanqueados por IRs terminales
con genes (por ejemplo, tnpA [transposasa] y tnpR [resolvasa] en Tn3) que facilitan la transposición replicativa. En los patógenos
ESKAPE, los genes AMR se asocian con frecuencia a la familia Tn3 (Tn1, Tn2 y Tn3) (207, 268, 269), a transposones unitarios tipo Tn7
(270, 271) y a elementos tipo Tn552 (272) (Tabla 2).

En algunos casos, los elementos IS individuales también pueden movilizar genes vecinos. ISEcp1 se asocia comúnmente con los genes
de la lactamasa blaCTX-M (por ejemplo, blaCTX-M-1, blaCTX-M-9, bla CTX-M-15), blaCMY-2 y blaACC y, más recientemente, con el gen
de la carbapenemasa blaOXA-181 (273-276). Los elementos ISEcp1 codifican transposasas promiscuas que pueden reconocer una
variedad de secuencias diferentes como IRs correctas (IRr), lo que les permite capturar genes adyacentes. Los elementos IS
relacionados (IS1247, ISKpn23 e ISEnca1) también se han asociado a la movilización de genes de resistencia adyacentes de forma
similar a la de ISEcp1 (277, 278). Recientemente, se ha demostrado que IS26 puede producir un intermedio circular que consiste en
una sola copia de IS26 y un segmento de ADN inmediatamente adyacente. Esta estructura, denominada unidad translocable (TU),
puede entonces desplazarse por un mecanismo replicativo (279). Los elementos ISCR también forman intermedios circulares. Se
mueven y pueden capturar genes adyacentes mediante la replicación en círculo (280).

Los elementos IS también pueden influir en la evolución de la RAM en el huésped mediante la desactivación transposicional de genes
y la modulación de la expresión de genes adyacentes a través de la entrega de secuencias promotoras o terminadoras (revisado en la
referencia 264). La desactivación insercional de los sistemas de captación es un mecanismo común por el que los elementos IS pueden
afectar a las susceptibilidades a los antibióticos. Por ejemplo, la desactivación mediada por IS de la porina ompK36 en K. pneumoniae
da lugar a elevadas CMI de carbapenem (281). Del mismo modo, la inactivación por inserción del gen regulador mgrB en K. pneumoniae
conduce a la sobreexpresión del operón pmrHFIJKLM, confiriendo resistencia a la colistina (276, 282).

Muchos SI llevan fuertes secuencias promotoras, y su inserción aguas arriba de los genes cromosómicos puede impulsar la expresión
de ese gen e influir en la RAM. Este mecanismo es claramente evidente en A. baumannii, donde la inserción de un elemento ISAba1
aguas arriba del gen bla OXA-51 confiere resistencia a los carbapenemes (283). Se han observado mecanismos similares de expresión
constitutiva de genes de resistencia mediada por IS en K. pneumoniae y P. aeruginosa (284, 285). Alternativamente, un IS puede
proporcionar sólo el componente promotor de la región 35, que, junto con una región 10 donada por un gen adyacente, forma un
promotor híbrido para impulsar la expresión de los genes vecinos. Se han identificado promotores IS híbridos en al menos 17 especies
bacterianas diferentes (286), entre ellas A. baumannii, K. pneumoniae y P. aeruginosa (283, 287, 288).

Plásmidos
Los plásmidos son un vehículo importante para la transferencia de genes tanto en las bacterias Gram negativas como en las Gram
positivas (289). Normalmente, los plásmidos son moléculas de ADN circulares, de doble cadena y autorreplicantes que se heredan
fácilmente de forma vertical en una población en crecimiento (290). Aunque está claro que los MGE descritos hasta ahora (elementos
IS, transposones, etc.) son los principales responsables de la movilización de los genes de resistencia, la diseminación de estos genes
se atribuye principalmente a los plásmidos conjugativos. Los plásmidos son ricos en elementos IS y otros MGE que portan genes AMR
y facilitan la transferencia horizontal intra e interespecífica de estos elementos (135, 291-293).

Las Enterobacterias MDR (K. pneumoniae y las especies de Enterobacter) portan plásmidos de una amplia variedad de grupos de
incompatibilidad (294) (Tabla 2), pero los de los tipos F del grupo Inc (pueden encontrarse múltiples replicones de tipo F juntos en
plásmidos multirreplicón), I, H (HI1 y HI2), L, C y N son los que se asocian con mayor frecuencia a la multirresistencia (293, 294). Entre
los Enterobacterales es especialmente preocupante el papel que estos plásmidos siguen desempeñando en la aparición y diseminación
de BLEE, especialmente los del tipo blaCTX-M (19, 295, 296); cefalosporinas de tipo AmpC (blaCMY-2 y bla DHA-1) (297-299); genes
que codifican carbapenemasas (blaVIM, blaKPC, blaNDM y bla OXA-48) (161, 300, 301); y la resistencia a la colistina mediada por
plásmidos (mcr) (229). Se sabe relativamente poco sobre los plásmidos de A. baumannii en comparación con lo que se conoce sobre
los plásmidos de las Enterobacterias. Sin embargo, en 2011, un estudio a nivel europeo de aislados clínicos de A. baumannii encontró
que los plásmidos de resistencia estaban principalmente asociados con el transporte de los genes de carbapenemasas blaOXA (blaOXA-
23, blaOXA-58-like y blaOXA-40) (302), la resistencia a la kanamicina y la amikacina, y la resistencia a la gentamicina y la tobramicina
(303-306). Además, los plásmidos relacionados con el pNDM-BJ01 de Acinetobacter lwoffii portan el gen de la carbapenemasa
blaNDM-1 de distribución mundial (307). En P. aeruginosa, los genes de resistencia suelen encontrarse en islas de resistencia
cromosómicas y no en plásmidos. Sin embargo, P. aeruginosa puede portar plásmidos IncP-2 grandes (300 a 500 kb) y transferibles
(308) asociados con el transporte de genes de carbapenemasas, específicamente, las carbapenemasas blaIMP (blaIMP-9 y blaIMP-45)
(309, 310) y blaVIM (blaVIM-2) (311), en integrones de clase 1.

Los plásmidos AMR se encuentran con frecuencia en los aislados clínicos de estafilococos (312, 313). Entre ellos se encuentran
plásmidos pequeños (de 1 a 10 kb) multicopia que suelen codificar un único gen de resistencia (314-316) y plásmidos de
multirresistencia más grandes (15 kb), como la familia prototipo de plásmidos de multirresistencia pSK1 (317) (Tabla 2). Una única
familia de plásmidos de multirresistencia conjugativa de mayor tamaño (30 kb), que incluye pSK41, pGO1 y pLW1043 (318, 319),
también puede encontrarse en cepas clínicas de estafilococos y se le atribuye la aparición de la resistencia a los aminoglucósidos, los
lactámicos y la vancomicina en las poblaciones de S. aureus (267, 320-326).

En los enterococos, la RAM está codificada en gran medida en los plásmidos Inc18 y RepA_N (262). Tanto los plásmidos Inc18 como
RepA_N tienen un amplio rango de huéspedes, lo que permite su transferencia a una gran variedad de especies bacterianas, y son
responsables de introducir la resistencia a la vancomicina en el SARM (218).

Islas genómicas y elementos conjugados integradores

Las islas genómicas (IG) son loci genómicos discretos que se han adquirido a través de la transferencia horizontal de genes (HGT) (327).
Existen muchos tipos diferentes de IG (328-330), y describirlos todos está fuera del alcance de esta revisión. Aquí sólo describimos
brevemente los elementos conjugativos integradores (ICE) y el elemento SCCmec.

Los ICE son elementos conjugativos que se integran en el cromosoma del huésped y que se replican pasivamente junto con el genoma
del huésped durante la división celular (331, 332). En P. aeruginosa los ICE, concretamente los ICE de patogenicidad/tipo isla genómica
de P. aeruginosa (PAPI-1, PAGI-2/PAGI-3-like), son los más importantes para los genes AMR adquiridos (333) (Tabla 2). Las ICE también
son importantes portadoras de genes de RAM en los enterococos (334). Cabe destacar el Tn1549 asociado a vanB, que ha
desempeñado un papel importante en la propagación mundial de la resistencia a la vancomicina (335).

En los estafilococos, el SCCmec es una isla genómica que se encuentra en el cromosoma de los aislados de SARM (336). El elemento
SCCmec porta el gen mecA, que codifica una proteína de baja afinidad que se une a la penicilina, la PBP2a, y que confiere resistencia
a la meticilina, la penicilina y otros antibióticos lactámicos. La transferencia horizontal del elemento SCCmec facilita el movimiento del
gen mecA y la resistencia a la meticilina entre los estafilococos. Sin embargo, a pesar de esta capacidad de movilidad, el SCCmec tiene
una distribución limitada y parece estar restringido a 11 linajes clonales principales de S. aureus de 5 complejos clonales (337, 338).

Contribución de la transferencia horizontal de genes a la propagación de elementos genéticos móviles

El HGT facilita el movimiento de los MGE entre las bacterias y se considera el principal mecanismo de aparición y propagación de la
RAM entre las bacterias patógenas (339). De los tres mecanismos primarios de HGT, la conjugación, la transducción y la
transformación, la diseminación de los MGE que portan genes AMR se produce principalmente por conjugación. Los plásmidos
conjugativos y los ICE facilitan la rápida diseminación de genes AMR entre bacterias de diversos orígenes (19, 340-343). Además, los
plásmidos conjugativos también pueden movilizar plásmidos no conjugativos, incluidos los que tienen un amplio rango de huéspedes
(344). Aunque se ha estudiado menos, en la actualidad hay pruebas indirectas de que la transducción puede contribuir a la propagación
de genes de RAM entre miembros de la misma especie bacteriana. Se ha demostrado que los bacteriófagos aislados de cepas de SARM,
Pseudomonas y Acinetobacter adquiridas en hospitales transducen genes de RAM a cepas receptoras en condiciones de laboratorio
(345-348). En la actualidad no hay pruebas directas sustanciales que sugieran que la transformación contribuye a la propagación de la
RAM entre los patógenos de ESKAPE. Sin embargo, las cepas de Acinetobacter, Pseudomonas y Staphylococcus son capaces de captar
ADN y transformarse de forma natural (349), y se prevé que las Enterobacterales sean naturalmente competentes (350, 351). Además,
la transformación natural puede facilitar la transferencia de transposones e integrones entre especies bacterianas (352). Por
consiguiente, no se puede pasar por alto el papel potencial que desempeña la transformación en la propagación de genes de RAM.

Coselección de la resistencia a los antimicrobianos con detergentes y biocidas

Debido al coste de aptitud impuesto por el transporte de plásmidos, los plásmidos tienden a perderse de las poblaciones bacterianas
en condiciones en las que no proporcionan ninguna ventaja selectiva (353, 354). Sin embargo, los programas de administración de
antibióticos y el uso restringido de antibióticos clave no han tenido éxito en el control de la aparición y propagación de la RAM. Un
mecanismo que promueve la persistencia de genes de RAM en las poblaciones bacterianas es la coselección con genes que confieren
resistencia a los metales y a los biocidas antimicrobianos (355-358). La coselección puede producirse cuando la resistencia a los
antibióticos y la resistencia a los biocidas comparten un mecanismo, por ejemplo, la modificación de la pared/membrana celular que
impide la entrada en la célula o la regulación al alza de las bombas de eflujo para eliminar los compuestos no deseados de la célula
(359-361). La coselección también puede ocurrir cuando las bacterias son portadoras de genes que promueven la resistencia o la
disminución de la susceptibilidad a ambos tipos de compuestos antimicrobianos. La colocación de genes de resistencia a AMR y a
biocidas en plásmidos y otros MGE (296-298) es especialmente problemática, ya que la exposición a estos últimos puede facilitar la
propagación de los genes AMR por HGT. En 2015, un estudio a gran escala sobre el potencial de coselección que examinó 2.522
genomas bacterianos y 4.582 plásmidos descubrió que entre los plásmidos que portaban genes de resistencia a la RAM y a los biocidas,
el 57% eran conjugativos, mientras que solo el 18% de los plásmidos que portaban genes de resistencia a la RAM o a los biocidas eran
conjugativos (357).

Aunque existen muchos mecanismos diferentes de coselección, la familia qac de genes de resistencia a los biocidas es especialmente
preocupante en entornos clínicos, en concreto, qacEΔ1, una versión truncada del gen qacE asociada a la resistencia de bajo nivel a los
compuestos de amonio cuaternario (QAC) y a otros biocidas (por ejemplo, biguanidas, diamidinas y xantenos) (362, 363), biguanidas,
diamidinas y xantenos) (362, 363). qacEΔ1 se encuentra con frecuencia como componente de casetes de genes AMR en integrones de
clase 1, que son más frecuentes en bacterias expuestas a detergentes y otros biocidas que en bacterias no expuestas a estos
compuestos (362, 364, 365). Los biocidas, como los compuestos de amonio cuaternario, se utilizan mucho como agentes de limpieza
en los hospitales. En consecuencia, los mecanismos de resistencia a la RAM y a los QAC entrelazados pueden representar una presión
de selección a largo plazo para el mantenimiento y la propagación de la RAM en entornos clínicos (366-369).

Los programas de administración de antibióticos están diseñados para limitar el uso de antibióticos clave para prevenir la propagación
de la RAM. Sin embargo, para que estos programas tengan éxito, también es importante tener en cuenta medidas que eviten la
acumulación de biocidas y otros tóxicos antimicrobianos que puedan favorecer la coselección.

AVANCES TERAPÉUTICOS CONTRA LOS PATÓGENOS DE ESKAPE

El descubrimiento de fármacos antimicrobianos supone un gran reto, y el actual aumento de la RAM está erosionando la eficacia de
los antibióticos disponibles (370). Desde principios de la década de 1960, sólo se han introducido cuatro nuevas clases de antibióticos:
quinolonas, lincosamidas, oxazolidinonas y lipopéptidos cíclicos. El mercado mundial de antibióticos financieros, estimado en 30.000
millones de dólares, sigue dominado por clases de antibióticos descubiertas hace más de medio siglo (371). Con frecuencia,
"antibióticos novedosos" es un término que se utiliza a menudo para los compuestos sucesivos derivados de las clases de antibióticos
establecidas (371). El uso reservado de estos nuevos fármacos como medidas de último recurso ha limitado los márgenes de beneficio
de la industria farmacéutica, lo que ha llevado a las organizaciones a retirar su esfuerzo de investigación del descubrimiento de
fármacos antimicrobianos (370). Las barreras económicas que rodean la I+D del diseño de fármacos antimicrobianos están instigadas
en gran medida por el gran coste operativo de los ensayos clínicos, que se estima en más de 130 millones de dólares, con ensayos de
seguimiento posteriores a la aprobación que suponen 146 millones de dólares más (372). Los candidatos a fármacos antimicrobianos
dirigidos a más de una indicación clínica requieren un apoyo financiero significativamente mayor, lo que agrava aún más el obstáculo
financiero (373). La justificación financiera para el desarrollo y la comercialización de nuevas terapias a menudo no compensa el valor
para la salud pública y la inversión anterior (374). Se ha estimado que el valor neto de un proyecto de I+D es de 31,5 millones de euros,
lo que a su vez debilita considerablemente el incentivo económico (375). En la actualidad, la mayoría de las empresas farmacéuticas
que sí realizan I+D tienen pocos productos antimicrobianos en el mercado destinados a la lista de patógenos prioritarios de la OMS
(376). Debido a la ausencia de ingresos procedentes de las ventas, estas empresas dependen en gran medida de fuentes de
financiación externas, como la Autoridad de Investigación y Desarrollo Biomédico Avanzado de Estados Unidos (BARDA), el Acelerador
Biofarmacéutico para la Lucha contra las Bacterias Resistentes a los Antibióticos (CARB-X), el Wellcome Trust, el Instituto Nacional de
Alergias y Enfermedades Infecciosas (NIAID) y la Iniciativa de Medicamentos Innovadores (IMI; una empresa conjunta de la Unión
Europea y la Industria Farmacéutica Europea), iniciativas financiadas únicamente y/o en asociación (376-379). La identificación de las
prioridades sanitarias relacionadas con los antibióticos, la definición de prácticas adecuadas de administración y el desarrollo de
nuevos modelos económicos sostenibles para estimular la innovación en materia de antibióticos son temas clave que se entrecruzan
y que actualmente requieren una reestructuración cooperativa. Financiado por la IMI, Impulsar la reinversión en investigación y
desarrollo y el uso responsable de los antibióticos (DRIVE-AB) es un proyecto pionero compuesto por 15 socios públicos y 7 privados
de 12 países que pretende abordar esta cuestión (380). Mediante el uso de los datos de los sistemas de vigilancia, las bases de datos
de prescripción de antibióticos y la literatura publicada, DRIVE-AB pretende desarrollar modelos que transformen la forma en que los
responsables políticos estimulan e incentivan económicamente la innovación en materia de antibióticos (380, 381). A pesar de
proyectos de colaboración como estos, la mayoría de los nuevos programas de I+D destinados a hacer frente a la RAM están
actualmente financiados por asociaciones públicas y sin ánimo de lucro (374). Este enfoque a menudo no tiene en cuenta los
obstáculos, como la concesión de licencias, la asequibilidad y la administración, que afectan al acceso a los nuevos antimicrobianos en
los países de ingresos bajos y medios. A pesar de que se ha reducido el descubrimiento de medicamentos antibióticos y de que ha
disminuido la inversión de la industria farmacéutica, se siguen desarrollando estrategias antimicrobianas prometedoras (Tabla 3) (371,
382-389).

Medicamentos recientemente aprobados

En 2018, tres nuevos antibióticos con potencial para tratar infecciones bacterianas graves superaron con éxito los ensayos clínicos con
la aprobación de la FDA estadounidense o de la EMA de la UE (390) (Tabla 3). Los tres compuestos farmacológicos se dirigen a la
subunidad 30S del ribosoma bacteriano. El análogo de la clase de los aminoglucósidos plazomicina (Zemdri; Achaogen Inc.) fue
aprobado por la FDA de EE. UU. en junio de 2018 para el tratamiento de pacientes de 18 años o más para la ITU complicada, incluida
la pielonefritis. La Plazomicina no fue aprobada por la FDA de los Estados Unidos para el tratamiento de las infecciones del torrente
sanguíneo debido a la falta de eficacia (390-392). En un ensayo aleatorizado en el que participaron 609 pacientes, se demostró que el
tratamiento con plazomicina una vez al día no era inferior al tratamiento con meropenem (tratamiento cada 8 horas) para su uso
contra las ITU complicadas y las pielonefritis agudas causadas por Enterobacterales, incluidas las cepas MDR (393). La plazomicina
también demostró una eficacia mejor que la del meropenem para la erradicación de Enterobacterias resistentes a los aminoglucósidos
y productoras de BLEE (393).

La eravaciclina (Xerava; Tetraphase Pharmaceuticals Inc.) es un análogo de la tetraciclina aprobado por la FDA de Estados Unidos en
agosto de 2018 y por la EMA de la UE en septiembre de 2018 (22, 390, 394) (Tabla 3). La eravaciclina se ha desarrollado exclusivamente
para el tratamiento de infecciones intraabdominales complicadas causadas por patógenos ESKAPE Gram-negativos y Gram-positivos,
incluyendo CRE y CRAB (394). En el ensayo clínico IGNITE4, la eravaciclina demostró no ser inferior al meropenem para el tratamiento
de infecciones intraabdominales complicadas causadas por Enterobacterias productoras de BLEE (395). Además, los pacientes tratados
con eravaciclina experimentaron tasas relativamente bajas (3 a 5%) de acontecimientos adversos, como náuseas, vómitos y diarrea
(395).

La omadaciclina (Nuzyra; Paratek Pharmaceuticals Inc.), un fármaco de clase tetraciclina activo frente a patógenos ESKAPE Gram
negativos y Gram positivos, fue aprobada por la FDA de Estados Unidos en octubre de 2018 para el tratamiento de la neumonía
bacteriana CA, la infección bacteriana aguda de la piel y de las estructuras cutáneas (ABSSSI) y la ITU complicada y no complicada (390,
396) (Tabla 3). En un ensayo clínico reciente, la administración una vez al día mediante el intercambio de la administración intravenosa
y oral demostró que la omadaciclina no era inferior a la moxifloxacina comúnmente prescrita para una respuesta clínica temprana,
definida por la supervivencia, contra la neumonía bacteriana por CA (397). A diferencia de la FDA estadounidense, la EMA de la UE
recomendó que se autorizara la comercialización de la omadaciclina únicamente para su uso en pacientes con ABSSSI y no en aquellos
con neumonía bacteriana CA. Como resultado, Paratek Pharmaceuticals Inc. retiró la omadaciclina de la solicitud de autorización de
comercialización de la EMA de la U.E. el 9 de octubre de 2019, afirmando que "no sería comercialmente viable comercializar Nuzyra
solo para el tratamiento de infecciones de la piel y de la estructura de la piel" (398). La ausencia de omadaciclina en Europa ilustra los
actuales problemas financieros y prácticos a los que se enfrenta la I+D de antimicrobianos, es decir, el equilibrio entre la rentabilidad
del producto y las prácticas de administración adecuadas. Para combatir estos obstáculos, DRIVE-AB ha propuesto una iniciativa de
desvinculación que proporciona una recompensa financiera (1.000 millones de dólares) por antibiótico innovador, permitiendo que
los ingresos por nuevos antibióticos se desvinculen parcial o totalmente del número de unidades vendidas, permitiendo así que los
ingresos se basen en el valor para la sociedad (399).

En 2019, cinco nuevas terapias de medicamentos antimicrobianos fueron aprobadas por la FDA de Estados Unidos, la EMA de la UE o
la PMDA de Japón. De estas cinco terapias, cuatro medicamentos, imipenemcilastatina-relebactam (Recarbrio; Merck & Co, Inc.), la
lefamulina (Xelenta; Nabriva Therapeutics AG), la lascufloxacina (Lasvic; Kyorin Pharmaceutical Co. Ltd.) y el cefiderocol (Fetroja;
Shionogi & Co. Ltd.) demostraron su eficacia contra los patógenos de la ESKAPE (nótese que el pretomanid [TB Alliance] fue aprobado
para el tratamiento de la tuberculosis MDR) (390) (Tabla 3). En julio de 2019, la combinación de tres fármacos imipenem, cilastatina y
relebactam fue aprobada por la FDA estadounidense para el tratamiento de la ITU complicada y la infección intraabdominal
complicada causada por E. coli, E. cloacae, K. pneumoniae, K. aerogenes y P. aeruginosa) (400). Además, la EMA de la U.E. adoptó una
opinión positiva para imipenem-cilastatina-relebactam, recomendando conceder una autorización de comercialización para el
tratamiento de infecciones debidas a organismos gramnegativos aerobios en adultos con opciones de tratamiento limitadas
(diciembre de 2019). Imipenem-cilastatina-relebactam fue posteriormente aprobado por la EMA de la UE en febrero de 2020 (24).
Imipenem-cilastatina-relebactam, compuesto por los antibióticos existentes imipenem y cilastatina, contiene un nuevo inhibidor de
la lactamasa, relebactam, un tercer nuevo inhibidor de la lactamasa después de avibactam y vaborbactam (401).

La lefamulina (Xelenta; Nabriva Therapeutics AG), desarrollada para el tratamiento de la neumonía bacteriana por CA, fue el segundo
terapéutico en ser aprobado por la FDA estadounidense en 2019 (agosto) (402) (Tabla 3). En el ensayo LEAP 2 (un ensayo de fase III
de no inferioridad que comparó la lefamulina oral con la moxifloxacina oral), la lefamulina demostró no ser inferior a la moxifloxacina
en el tratamiento de la neumonía bacteriana por CA. Lefamulin presenta un nuevo tratamiento oral e intravenoso contra la neumonía
bacteriana por CA, en particular para la neumonía causada por CA-MRSA (403). En mayo de 2019, Nabriva Therapeutics AG presentó
una solicitud de autorización de comercialización (ahora aceptada) a la EMA de la UE para las formulaciones intravenosa y oral de
lefamulina para el tratamiento de la neumonía bacteriana por CA en adultos de 18 años o más (404, 405).

La PMDA japonesa aprobó el 20 de septiembre de 2019 la lascufloxacina (Lasvic; Kyorin Pharmaceutical Co. Ltd.), un nuevo
antimicrobiano de fluoroquinolona, para el tratamiento de la neumonía bacteriana por CA causada por una serie de patógenos
bacterianos, incluidos los estafilococos y las Klebsiella spp. resistentes a las quinolonas (406-408). En un ensayo clínico de fase II, la
administración oral de lascufloxacino (75 mg) demostró tasas de curación clínica del 90%, tasas de erradicación bacteriológica del 96%
y una incidencia global de reacciones adversas al fármaco del 11,1% (409). Además, durante un ensayo clínico doble ciego de fase III,
la lascufloxacina demostró no ser inferior a las quinolonas administradas por vía oral en el tratamiento de la neumonía bacteriana y la
sinusitis por CA (410). Cefiderocol (Fetroja; Shionogi & Co. Ltd.), aprobado por la FDA estadounidense en noviembre de 2019, es un
nuevo conjugado de sideróforo y cefalosporina aprobado para el tratamiento de pacientes de 18 años o más con ITU complicada,
incluidas las infecciones renales causadas por patógenos gramnegativos susceptibles (es decir, CRE, CRAB y P. aeruginosa resistente a
los carbapenemas [CRPA]) (21, 411) (Tabla 3). En un ensayo clínico de fase II, doble ciego y aleatorizado, se evaluaron la seguridad y
la eficacia del cefiderocol. En el ensayo se observó que el 72,6% de los pacientes a los que se administró cefiderocol, pero sólo el 54,6%
de los que recibieron imipenem-cilastatina, presentaron resolución de los síntomas y erradicación de las bacterias a los 7 días del
tratamiento (412).

Nuevas clases de medicamentos en ensayos clínicos

La cartera de compuestos que se encuentran actualmente en fase de ensayo clínico suele consistir en derivados de clases químicas
para las que ya existe un mecanismo de resistencia subyacente. En los últimos 24 meses, todos los fármacos aprobados por la FDA
estadounidense, la EMA de la UE y la PMDA japonesa eran análogos de fármacos basados en clases de antibióticos establecidas (390).
Murepavadin es uno de los pocos antibióticos de nueva clase que entró en un ensayo clínico de fase III (ahora suspendido
temporalmente) (Tabla 3). Murepavadin es selectivo contra el transportador de proteínas LptD, que media el transporte de LPS a la
valva externa (413). Al ser el primero de la clase de antibióticos peptidomiméticos dirigidos a la proteína de la membrana externa, el
murepavadín muestra una potente actividad contra las cepas de P. aeruginosa productoras de carbapenemasas y resistentes a la
polimixina (413). El murepavadin estaba en fase de desarrollo clínico para el tratamiento de la neumonía por HA y la neumonía
asociada a la ventilación. Lamentablemente, la inscripción en los estudios de fase III para el tratamiento sistémico de la neumonía
nosocomial se ha suspendido temporalmente debido a unos niveles de lesión renal aguda en los participantes superiores a los
previstos. Las formulaciones en aerosol de la murepavadina para el tratamiento de las infecciones respiratorias nosocomiales y
crónicas por P. aeruginosa siguen siendo objeto de estudio (414).

La brilacidina (Innovation Pharmaceuticals Inc.), actualmente en fase II de ensayo clínico, es un nuevo tipo de defensina mimética
sintética para el tratamiento de la ABSSSI causada por S. aureus (Tabla 3). Como candidato a antibiótico en fase avanzada, la brilacidina
está siendo llevada a la clínica bajo la designación de Producto Cualificado para Enfermedades Infecciosas por la FDA de EE.UU., lo que
permite una revisión rápida (390).

Nuevos fármacos en ensayos clínicos: cómo superar la toxicidad de los antibióticos

La toxicidad innata de ciertos antibióticos, combinada con el estado de compromiso del paciente infectado, suele determinar los
regímenes de dosificación clínica. Las tasas de nefrotoxicidad inducida por fármacos oscilan entre el 14% y el 26% en adultos, y la
nefrotoxicidad es el problema de toxicidad más común asociado a la prescripción de antibióticos (415). Los efectos nefrotóxicos de los
antibióticos de último recurso de la clase de la polimixina y el nivel generalizado de resistencia a los carbapenemes en los patógenos
de la ESKAPE han limitado gravemente las opciones de tratamiento de los pacientes. En un intento de superar estos problemas, se
han desarrollado dos nuevos análogos de la polimixina, el SPR206 y el SPR741 (Spero Therapeutics Inc.) (390, 416) (Tabla 3). El SPR206
es un candidato a fármaco en investigación que se encuentra en un ensayo clínico de fase I con una actividad antimicrobiana de amplio
espectro contra los patógenos Gram negativos sensibles a la polimixina (incluidos la CRE, la CRPA y la CRAB) asociados a la ITU
complicada, la neumonía por HA y la neumonía por VA (416). SPR741, antes NAB741, es una molécula potenciadora que se ha evaluado
con éxito en un ensayo clínico de fase I, demostrando una potente sinergia con azitromicina, claritromicina, eritromicina, ácido
fusídico, mupirocina, retapamulina, rifampicina y telitromicina (417). El SPR741 tiene el potencial de tratar una amplia gama de estados
de enfermedad bacteriana, incluidos los causados por cepas CRE, CRPA y CRAB. A diferencia de la polimixina B, el SPR206 produce una
modificación aromática -aminoácida en el componente ácido graso-AA1 de la polimixina B. El SPR741 carece de dos residuos
diaminobutirílicos catiónicos en la porción lineal del péptido y carece de la cola de ácido graso 6-metiloctanoil o 6-metilheptanoil que
se encuentra en la polimixina B (418). Estas modificaciones estructurales respectivas han mejorado significativamente los problemas
de seguridad y nefrotoxicidad limitante de la dosis asociados a los antibióticos de la clase de la polimixina.

Enfoques alternativos para los ensayos de medicamentos

Están surgiendo nuevas estrategias de ensayos farmacológicos, centradas tanto en aliviar la creciente demanda de terapias de último
recurso como en minimizar las complicaciones de la infección mediante la reducción de la duración de los ingresos hospitalarios de
los pacientes. Estas nuevas estrategias de ensayo incluyen la prueba de nuevas combinaciones de antibióticos y potenciadores de
antibióticos y la reducción de los períodos de estancia en el hospital más allá del punto crítico de la infección para mejorar los
resultados del tratamiento.

Los carbapenems siguen considerándose el tratamiento más eficaz para determinadas infecciones por patógenos ESKAPE, en
particular las causadas por Enterobacterias productoras de BLEE. Desgraciadamente, el aumento del uso de carbapenems en entornos
clínicos ha creado una presión de selección para la aparición de resistencia a los carbapenems. En un esfuerzo por definir alternativas
que ahorren carbapenems, un reciente ensayo farmacológico (ensayo MERINO) examinó si las combinaciones de piperacilina y
tazobactam podían demostrar una eficacia comparable a la de los carbapenems (419). Entre los pacientes con infecciones del torrente
sanguíneo por E. coli y K. pneumoniae, la supervivencia a los 30 días no mejoró con el tratamiento de piperacilina-tazobactam en
comparación con la obtenida con el tratamiento con meropenem (420). Aunque los resultados del ensayo MERINO no apoyaron el
uso de piperacilina-tazobactam como tratamiento ahorrador de carbapenems, el ensayo puso de manifiesto la necesidad de
estrategias ahorradoras de carbapenems y de seguir estudiando las combinaciones de fármacos inhibidores de la lactamasa.

La reducción de la duración de la estancia hospitalaria tras la fase inicial de la infección se asocia con un menor riesgo de
complicaciones posteriores y mejores resultados del estado de la enfermedad del paciente (421, 422). En 2018, con el objetivo de
reducir los tiempos de ingreso hospitalario de los pacientes, el ensayo Partial Oral Treatment of Endocarditis (POET) evaluó la eficacia
de los antibióticos intravenosos en comparación con la de los antibióticos orales entre los pacientes estables con endocarditis
infecciosa (423). La premisa de este estudio era permitir que el tratamiento de los pacientes tuviera lugar fuera de los hospitales, sin
necesidad de utilizar catéteres intravenosos. El resultado primario del estudio POET demostró que los antibióticos orales no eran
inferiores a los intravenosos en la prevención de acontecimientos adversos (es decir, muerte por todas las causas, cirugía cardíaca no
planificada, acontecimientos embólicos o recaída de la bacteriemia) (423). La repercusión de este estudio histórico puede minimizar
significativamente los retos asociados al tratamiento parenteral, como la logística, la monitorización y los riesgos de las complicaciones
asociadas a los catéteres intravenosos (es decir, infecciones secundarias locales y sistémicas).
Terapia farmacológica combinada

La prolongada investigación y desarrollo de nuevos fármacos antimicrobianos eficaces ha contribuido al fracaso en la lucha contra el
resurgimiento de las infecciones bacterianas por RAM. La combinación de los antimicrobianos existentes con otros antimicrobianos o
con compuestos no antimicrobianos ofrece una valiosa estrategia para abordar el problema de la RAM. Esta estrategia no es nueva
(424, 425), y es bien sabido que la monoterapia con antibióticos no es universalmente eficaz para todas las infecciones bacterianas.
Los adyuvantes se administran a menudo en combinación con la terapia antibiótica, con lo que se obtienen mejores resultados para
los pacientes. Los adyuvantes antibióticos pueden dividirse en dos clases: adyuvantes de clase I, que actúan sobre el patógeno, y
adyuvantes de clase II, que actúan sobre las propiedades del huésped para potenciar la acción del antibiótico (426).

Bloqueo de los mecanismos de resistencia contra los antibióticos existentes. (i) Adyuvantes de clase I. Del repertorio disponible de
adyuvantes de clase I, los inhibidores de la lactamasa han demostrado ser los más exitosos. El ácido clavulánico, aislado del
Streptomyces clavuligerus (427), inactiva las Ser -lactamasas y se ha emparejado con la amoxicilina durante más de 30 años para crear
el medicamento Augmentin. Recientemente, varios ensayos clínicos en humanos han examinado la eficacia de los inhibidores de las
lactamasas de clase A y C: avibactam, vaborbactam y relebactam coformulados con ceftazidima y relebactam emparejado con
imipenem contra la CRKP (428). En la práctica clínica actual, los inhibidores de la lactamasa no inhiben los MBL de clase B, dependientes
de Zn, que se encuentran ampliamente en las especies de Enterobacterales, Pseudomonas y Acinetobacter (429). El
aspergilomarasmina A, derivado del hongo, ha demostrado ser eficaz contra las bacterias productoras de MBL en modelos de infección
in vivo (430). El Aspergillomarasmine A funciona para rescatar la actividad antibiótica de los MBLs NDM-1 y VIM que expresan
meropenem, secuestrando los iones Zn2 esenciales para la actividad catalítica. Otros adyuvantes de antibióticos de clase I que se han
investigado incluyen compuestos basados en 2-aminoimidazoles, que interrumpen la señalización de dos componentes (431);
antraciclinas, que potencian la rifampicina y el linezolid (432); SPR741, una molécula derivada de la polimixina diseñada para minimizar
la nefrotoxicidad y potenciar la actividad de la rifampicina (433); y análogos de la hidroxiquinolina, entre otros, que potencian la
actividad de múltiples clases de antibióticos contra una serie de patógenos Gram-positivos de la RAM (389, 434).

(ii) Adyuvantes de clase II. La mejora de los mecanismos de defensa del huésped ofrece un conjunto alternativo de objetivos para los
adyuvantes antibióticos. En la última década, varios péptidos potenciadores de la inmunidad innata desarrollados para tratar la sepsis
(E-5564 [Eisai Pharmaceuticals] y TAK-242 [Takeda Pharmaceuticals]) han llegado a ensayos clínicos de fase III, pero no han progresado
(435). A pesar de estas deficiencias, se siguen explorando nuevas terapias inmunoestimulantes, con resultados prometedores.

Estudios recientes han informado sobre la síntesis de nuevos compuestos inmunoterapéuticos que median con éxito la opsonización
de E. coli y P. aeruginosa en suero humano (436). Esta tecnología utiliza conjugados de polimixina B-hapteno para facilitar un proceso
de dos pasos por el que el andamio de unión de lípidos A de la polimixina B decora la superficie de las bacterias Gram negativas con
haptenos que reclutan anticuerpos. La mortalidad derivada de una infección grave implica el fracaso de la respuesta inmunitaria innata
del paciente. Para corregir y mejorar la función de las células inmunitarias innatas, las estrategias farmacológicas se han centrado en
el factor 1 inducible por hipoxia (HIF), el regulador central de la respuesta celular al estrés hipóxico (437). Se ha propuesto que HIF es
un regulador maestro de la inmunidad innata (438). HIF funciona tanto para controlar el reclutamiento de neutrófilos en el lugar de la
infección como para aumentar la vida funcional de los neutrófilos mediante la inhibición de las vías apoptóticas. Una serie de modelos
de infección in vivo ha demostrado que la reducción de los niveles de HIF disminuye la función de los neutrófilos y hace que los ratones
sean más susceptibles a las infecciones graves por estreptococos del grupo A y P. aeruginosa (439, 440). Por el contrario, los niveles
elevados de HIF han demostrado un mayor control de la infección cutánea por SARM en ratones (441). La modulación de HIF tiene la
capacidad de servir como terapia complementaria a las estrategias antiinfecciosas clásicas, lo que la convierte en un objetivo
importante para la terapia de refuerzo inmunológico.

Terapias alternativas no farmacológicas

La I+D preclínica y clínica de nuevos antimicrobianos abarca una amplia gama de vías de descubrimiento de fármacos: (i) la terapia
con bacteriófagos, (ii) la readaptación de fármacos, (iii) la terapia con anticuerpos monoclonales (MAb), (iv) el desarrollo de vacunas
y (v) el trasplante de microbiota fecal (FMT) son algunos de los muchos enfoques novedosos que se están investigando actualmente
para controlar la carga de la RAM.

Terapia con bacteriófagos. La terapia con bacteriófagos se aplicó por primera vez en 1917 como preparación oral para tratar la
disentería (387). Como consecuencia del descubrimiento de los antibióticos, el uso del tratamiento con bacteriófagos se redujo
considerablemente. Hoy en día, la terapia con bacteriófagos vuelve a representar una estrategia potencialmente eficaz para el control
de las bacterias AMR. En los últimos 5 años, se han sometido a ensayos clínicos varios preparados de fagos. Algunos ejemplos son los
preparados de bacteriófagos para las infecciones de heridas por quemaduras (identificador del estudio NCT02116010 de
ClinicalTrials.gov) y la infección respiratoria postoperatoria persistente (identificador del estudio NCT00945087 de ClinicalTrials.gov)
(387).

Mediante la utilización de la tecnología CRISPR, varias empresas han diseñado bacteriófagos que demuestran su eficacia in vivo contra
las infecciones bacterianas por RAM. Estas terapias distintas, formuladas por Locus y Eligo Bioscience, explotan los sistemas
enzimáticos Cas3 y Cas9, respectivamente, para degradar el ADN bacteriano, provocando la muerte celular. Se espera que las terapias
desarrolladas por ambas empresas entren en ensayos clínicos en los próximos 12 meses (442).

Aunque los bacteriófagos no están actualmente aprobados por la FDA de Estados Unidos para su uso en humanos (debido a la
incertidumbre que rodea a la respuesta inmune del huésped), la FDA de Estados Unidos se ha comprometido a facilitar la prueba de
la terapia de fagos en ensayos clínicos. En 2019, la FDA estadounidense aceptó una solicitud de nuevo fármaco en fase de investigación
presentada por médicos científicos de la Universidad de California en San Diego (443, 444). En colaboración con AmpliPhi Biosciences
Corporation, el ensayo de fase I/II propuesto probará el AB-SA01, una combinación experimental de bacteriófagos para el tratamiento
de dispositivos de asistencia ventricular infectados con S. aureus MDR. El ensayo evaluará la seguridad, la tolerabilidad y la eficacia de
la terapia de bacteriófagos AB-SA01 administrada por vía intravenosa en combinación con una terapia antibiótica complementaria
(444).

A nivel mundial, la falta de un marco jurídico y normativo adecuado ha sido un obstáculo importante para el avance de la terapia
fágica. En 2016, el gobierno belga comenzó a implementar un marco de terapia fágica magistral que se centra en la preparación
magistral (producto farmacéutico de prescripción compuesto en los Estados Unidos) de medicamentos fágicos hechos a la medida del
paciente, proporcionando una aplicación más amplia y estructurada de los fagos en Bélgica (445). Para el proceso propuesto de
estrategia fágica magistral, los fagos caracterizados y de calidad probada se transferirán a una farmacia hospitalaria para su posible
incorporación en fórmulas magistrales a medida del paciente. Se prevé que otros miembros de la Unión Europea adopten este marco
de terapia con fagos en un futuro próximo, lo que acelerará el desarrollo clínico de la terapia con fagos segura para el uso humano.

Reutilización de fármacos existentes utilizados para enfermedades no infecciosas. La readaptación de fármacos existentes representa
una alternativa viable al descubrimiento de fármacos de novo y reduce favorablemente el tiempo, el coste y el riesgo asociados a la
innovación farmacológica (446). La readaptación de fármacos ya ha demostrado ser eficaz contra varios patógenos Gram-positivos y
Gram-negativos de la ESKAPE. El acetato de glatiramero (Copaxone), un tratamiento ampliamente utilizado para la esclerosis múltiple,
muestra una actividad antibacteriana contra E. coli, A. baumannii y, sobre todo, contra cepas clínicas de P. aeruginosa aisladas de
pacientes con fibrosis quística (447). El ebseleno, un antiinflamatorio sintético, y los fármacos oncológicos adaroteno y floxuridina han
mostrado actividad bactericida contra cepas de SARM y SARV in vivo (448, 449). Tanto en el sector académico como en el industrial se
realizan continuamente esfuerzos para reutilizar los fármacos existentes como agentes antimicrobianos o como rompedores de la
resistencia a los antibióticos (371, 389, 450). Debido a los incentivos marginales del actual modelo farmacéutico de I+D para el
desarrollo y el descubrimiento de antibióticos, la reconversión de fármacos puede presentar una solución eficaz a la carga de la RAM.

Terapia con anticuerpos monoclonales. Utilizada en gran medida como terapia para indicaciones oncológicas y reumáticas, la terapia
con MAb presenta una alternativa viable para el tratamiento de las infecciones bacterianas AMR. La especificidad bacteriana de la
terapia con MAb (es decir, no está dirigida a la microflora del huésped), combinada con una baja propensión al desarrollo de
resistencia, es una característica clave que hace que la terapia con MAb esté bien posicionada para el tratamiento de las infecciones
bacterianas por RAM (451). Hasta la fecha, la FDA estadounidense sólo ha aprobado el uso clínico de tres MAbs, y ninguno de ellos se
ha dirigido contra patógenos ESKAPE. Tanto el raxibacumab (Human Genome Sciences, Inc.; aprobado en diciembre de 2012) (452)
como el obiltoxaximab (Elusys Therapeutics, Inc.; aprobado en marzo de 2016) están aprobados para el tratamiento de pacientes
adultos y pediátricos con ántrax por inhalación debido al Bacillus anthracis (453), mientras que el bezlotoxumab (Merck Sharp &
Dohme Corp.aprobado en octubre de 2016) está aprobado para la prevención de la infección recurrente por Clostridioides difficile en
pacientes de alto riesgo (454). Aunque ninguna terapia MAb aprobada existente se dirige a los patógenos ESKAPE, se han evaluado
clínicamente varias terapias MAb para el tratamiento de infecciones causadas por P. aeruginosa MDR. Tres MAbs, el panobacumab
(Adris Pharmaceuticals), el KB001 (KaloBios) y el MEDI3902 (AstraZeneca Pharmaceutical Company), han sido evaluados en un ensayo
clínico temprano dirigido a la P. aeruginosa MDR. El panobacumab, actualmente en ensayos clínicos de fase II, es un anticuerpo IgM
antilipopolisacárido dirigido contra el polisacárido O y se está investigando para el tratamiento de la neumonía nosocomial causada
por P. aeruginosa O11 (455, 456). El KB001 es un fragmento de MAb PEGilado dirigido contra el PcrV (una subunidad proteica del
sistema de secreción de tipo III de P. aeruginosa) que se evaluó para su uso en pacientes con FQ ventilados mecánicamente que sufren
una infección crónica por P. aeruginosa (457). Se observó que el KB001 fue bien tolerado por los pacientes, redujo los niveles del
marcador inflamatorio del esputo interleucina-8 y mejoró significativamente la función pulmonar de los pacientes (458). El MEDI3902,
capaz de facilitar la opsonofagocitosis in vitro, es un MAb bivalente y biespecífico dirigido al PcrV y al Psl (un exopolisacárido implicado
en la colonización y la adherencia a los tejidos) (459). Durante un estudio de fase I de escalada de dosis, los sujetos a los que se
administró MEDI3902 no demostraron efectos adversos graves relacionados con el tratamiento, lo que hace que sea apropiado para
su uso en pacientes de la unidad de cuidados intensivos (UCI) ventilados (460). En el ensayo clínico de fase II EVADE en curso, se
evaluará la seguridad y la eficacia de MEDI3902 para la prevención de la neumonía VA en pacientes adultos de la UCI (461).

Desarrollo de vacunas. Conceptualmente, las terapias de vacunas dirigidas a las bacterias proporcionan un medio para disminuir la
demanda pública de los antibióticos existentes, mientras que también permiten la protección de aquellos que están vacunados y no
vacunados (inmunidad de rebaño). Desgraciadamente, actualmente no se dispone de vacunas para las infecciones causadas por los
patógenos de la ESKAPE, y muchos candidatos a vacunas no consiguen obtener un efecto protector inmunogénico en los ensayos
clínicos (462-464).

De las limitadas vacunas dirigidas al patógeno ESKAPE que se han sometido recientemente a ensayos clínicos, la vacuna contra el S.
aureus 4 antígeno (SA4Ag; Pfizer; que ya ha dejado de inscribirse) fue una de las pocas candidatas que demostró su eficacia en la
prevención de la infección invasiva por S. aureus en humanos (465). El SA4Ag consiste en polisacáridos capsulares de los serotipos 5 y
8 conjugados con la forma mutante no tóxica de la toxina diftérica (CRM197), un factor A de aglutinación mutante recombinante (ClfA)
y un transportador C de manganeso recombinante (MntC) (465). En un ensayo aleatorio de fase I/II, se demostró que la vacunación
de una sola dosis de adultos sanos de entre 65 y 80 años de edad con SA4Ag era bien tolerada e inducía niveles elevados y rápidos de
anticuerpos que eliminaban la bacteria y respuestas inmunitarias sostenidas a los 12 meses después de la vacunación (465).
Lamentablemente, en diciembre de 2018, los respectivos ensayos clínicos cesaron la inscripción debido a que cumplieron sus criterios
de futilidad preespecificados en una evaluación intermedia de la eficacia. A pesar de ello, todavía se llevó a cabo un estudio de
extensión serológica de 36 meses después de la vacunación, que se completó recientemente. En este ensayo de 440 participantes, se
observaron respuestas inmunitarias funcionales persistentes a los antígenos de S. aureus durante un periodo de 36 meses (466).

Frente al escaso número de vacunas en fase de desarrollo clínico, estudios preclínicos alentadores han demostrado recientemente la
eficacia in vivo de las vacunas contra CRKP (467), P. aeruginosa (462) y A. baumannii (468). Las vacunas ya han demostrado ser muy
eficaces para reducir la incidencia de otros patógenos de la RAM, como Streptococcus pneumoniae y Haemophilus influenzae tipo b
(464). La perspectiva de nuevas vacunas dirigidas a ESKAPE que complementen las terapias existentes contra la RAM ayudará
significativamente a mitigar la propagación y la amenaza de los patógenos de ESKAPE.

Estrategias de TFM. La exposición a los antibióticos, especialmente en los pacientes hospitalizados de cuidados agudos a largo plazo,
puede alterar la microbiota del paciente y reducir significativamente la resistencia a la colonización (469). Actualmente se están
investigando enfoques basados en el FMT para la protección contra la colonización bacteriana de la AMR. Un estudio reciente
demostró que los pacientes con trastornos sanguíneos tratados con múltiples procedimientos de TFM presentaban una
descolonización gastrointestinal de ERV, Enterobacterias productoras de BLEE, ERC y CRPA en el 60% de los casos (470). Estos datos
ponen de relieve la utilidad de los enfoques de FMT para revertir la disbiosis intestinal que predispone a los pacientes a la colonización
con patógenos ESKAPE AMR.

PERSPECTIVA

La AMR representa uno de los pocos desafíos que une los intereses y preocupaciones mundiales para la salud humana y animal y los
sectores alimentario y agrícola. Exacerbados por la adquisición de genes de RAM, los patógenos ESKAPE representan el paradigma de
la resistencia, la patogénesis y la transmisión de enfermedades tanto en el ámbito comunitario como en el clínico. Aunque son
heterogéneos a nivel genético, los mecanismos generales que rodean la aparición y persistencia de los patógenos ESKAPE son
ampliamente compartidos. Mediadas en parte por el HGT, las estrategias de resistencia que abarcan la inactivación del fármaco, la
modificación del sitio de destino del antibiótico y la reducción de la acumulación del antibiótico en la célula bacteriana son estrategias
comunes que comparten todos los patógenos ESKAPE. En combinación con la capacidad colectiva de formar biopelículas en superficies
innatas y biológicas, los patógenos ESKAPE siguen siendo muy frecuentes en los entornos clínicos.

Para limitar la propagación de los patógenos de la ESKAPE, se reconoce ahora que se requieren esfuerzos de colaboración a nivel
mundial y regional por parte de los responsables políticos, los financiadores y los encargados del tratamiento y la gestión de los
patógenos de la ESKAPE (12, 35, 64). Aparte del desarrollo de nuevos fármacos, estos esfuerzos de colaboración requerirán prácticas
de administración sostenibles para reducir el uso inapropiado de antibióticos tanto en el sector de la salud humana como en el agrícola.
A pesar de los esfuerzos por coordinar la vigilancia internacional y nacional de la RAM, sería aconsejable que la política, el desarrollo
de fármacos y los esfuerzos de vigilancia de la RAM incluyeran tanto a los patógenos ESKAPE como a otras amenazas graves para la
salud, como la E. coli RAM, la Neisseria gonorrhoeae y el Campylobacter spp. Estos requerirán la misma atención para evitar la selección
de un nuevo grupo de amenazas de patógenos RAM (12). Las mejoras en los factores que abarcan la vigilancia de la RAM, el
diagnóstico, la educación de los pacientes y las opciones de tratamiento de los mismos contribuirán a facilitar el control de la RAM.