Inizierà a giocare come professionista nel 2016 con lo Yokohama F. Marinos, è nell'edizione 2017 della Coppa J. League che segnerà il suo primo gol, vincendo per 4-1 contro l'Albirex Niigata, e nella partita contro il Ventforet Kofu grazie al suo assist vincente Keita Irumagawa segnerà il gol del 1-0 vincendo la partita. Segnerà il suo primo gol in J1 League con la rete del 2-1 battendo il Gamba Osaka, e segnerà il gol del 3-2 vincendo contro il Kashima Antlers. Nell'edizione 2017 della Coppa dell'Imperatore segnerà una rete battendo il FC Osaka, e nella semifinale grazie a un suo assist Hugo Vieria segnerà la rete del 2-1 vincendo ai danni del Kashiwa Reysol, giocherà anche la finale persa per 2-1 contro il Cerezo Osaka. Vincerà l'edizione 2019 del campionato giapponese, segnando sette reti: nelle varie vittorie contro l'Urawa Red Diamonds e il Gamba Osaka prevalendo in entrambi i casi per 3-1, contro il Sagan Tosu per 2-1, contro il Kawasaki Frontale per 4-1, contro il FC Tokyo per 3-0 e una doppietta nella vittoria per 5-1 contro il Nagoya Grampus. La vittoria consentirà alla squadra di giocare contro il Vissel Kobe alla Supercoppa giapponese e Endō permetterà a Erik con un suo assist di segnare il gol del 3-3, la partita finirà in pareggio e ai rigori il Vissel Kobe vincerà per 3-2 e Endō sbaglierà l'ultimo rigore per la sua squadra decretandone la sconfitta. In AFC Champions League aprirà le marcature battendo per 2-1 il Jeonbuk Motors. Nel 2020 viene ceduto in prestito all'Union Berlin in Bundesliga facendo il suo esordio nella vittoria per 4-0 contro il 1. FSV Mainz 05 entrando in partita al 82º minuto sostituendo Marcus Ingvartsen. Segnerà una rete battendo per 5-0 l'Arminia Bielefeld.
Vincerà nel 2016 con la Nazionale Under-19 il campionato asiatico giovanile, la finale contro l'Arabia Saudita si concluderà ai rigori e Endō segnerà un gol calciando dal dischetti: il Giappone vincerà per 5-3.
Farà il suo esordio in nazionale maggiore il 10 dicembre 2019 giocando tutta la partita come titolare nella vittoria per 2-1 contro la Cina.