Con la Nazionale jugoslava ha partecipato all'Europeo del 1976 e al Mondiale del 1982. Fu inoltre tra i convocati della Selezione Europea nella gara ufficiale della nazionale italiana del 25 febbraio 1981 allo Stadio Olimpico di Roma, il 383º incontro disputato dagli azzurri, organizzata per raccogliere fondi per le vittime del terremoto dell'Irpinia: la gara si concluse con la vittoria per 3-0 della Selezione Europea e vi giocò l'intera gara, segnando al 56º minuto la seconda rete[1] , con una punizione magistrale a foglia morta.
Nel maggio del 2008 assume l'incarico di commissario tecnico della nazionale ivoriana. Dopo quasi due anni trascorsi alla guida della nazionale africana, viene esonerato il 27 febbraio 2010, a causa dell'eliminazione ai quarti di finale della Coppa d'Africa 2010.[2] Il 16 agosto 2010 viene ingaggiato dalla Dinamo Zagabria, società per cui sottoscrive un contratto della durata di due anni e mezzo[3]. Il 27 maggio 2011 viene sostituito da Krunoslav Jurčić.
Il 22 giugno successivo diviene il commissario tecnico dell’Algeria, firmando un contratto triennale.[4] Esordisce con un pareggio per 1-1 contro la Tanzania, in una partita valevole per la qualificazione alla Coppa d’Africa, torneo al quale non riesce a qualificarsi, chiudendo al terzo posto nel proprio girone. Nel frattempo riesce a qualificarsi al campionato mondiale del 2014, quarta partecipazione per la squadra delle volpi del deserto. Nella competizione conduce la squadra agli ottavi di finale, dove l'Algeria viene sconfitta per 2-1 dalla Germania dopo i tempi supplementari, con una buona prestazione degli algerini. Il 6 luglio 2014 interrompe il rapporto con la federazione algerina.[5]
Il 12 luglio 2014 ritorna alla guida del Trabzonspor.[6] L’11 novembre, dopo appena 9 partite con 2 vittorie ottenute, viene esonerato, con la squadra al nono posto in campionato.[7]
Il 12 marzo 2015 diventa commissario tecnico del Giappone.[8] Esordisce nell’amichevole vinta per 2-0 contro la Tunisia. Partecipa alla Coppa dell'Asia orientale, dove arriva quarto nella fase finale a gironi. Supera la seconda fase delle qualificazioni al campionato mondiale del 2018, dove i nipponici si piazzano primi nel proprio girone. Il 31 agosto 2017 il Giappone si qualifica al campionato mondiale di Russia con una partita d’anticipo, arrivando primo nel proprio girone.[9] Il 9 aprile 2018 la federazione nipponica lo esonera in seguito ai risultati ottenuti nelle ultime 2 amichevoli (pareggio per 1-1 contro il Mali e poi sconfitta per 2-1 contro l'Ucraina), anche a causa di contrasti con i "senatori" del gruppo;[10][11] per questo motivo, il 24 maggio Halilhodžić denuncia la federazione calcistica giapponese e il suo presidente Kōzō Tashima per diffamazione, richiedendo le scuse ufficiali di Tashima e, come risarcimento, la cifra simbolica di un solo yen.[12]
Il 2 ottobre dello stesso anno viene annunciato come nuovo tecnico del Nantes. Il 2 agosto 2019, a una settimana dall'inizio della nuova stagione, a seguito di divergenze avute con la dirigenza, rassegna le dimissioni.
Il 16 agosto 2019 diventa il commissario tecnico della nazionale marocchina.[13] Il 22 marzo 2022 ottiene la qualificazione al campionato mondiale di Qatar dopo aver sconfitto la Repubblica Democratica del Congo nella terza fase delle qualificazioni. L'11 agosto seguente viene esonerato dalla federcalcio marocchina per disaccordi con il presidente federale: per la terza volta in carriera, l'allenatore viene esonerato dalla guida di una nazionale poco prima dell'inizio di una Coppa del mondo (le altre due occasioni furono con Costa d'Avorio e Giappone).
Jugoslavia
Bosnia ed Erzegovina (dal 1991)
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