Середина XX століття була періодом беззаперечного домінування у світовому футболі Європейського та Південно-Американського континентів, свідченням чого було постійне протистояння національних збірних країн саме з цих континентів у рамках чемпіонатів світу з футболу. Тому для визначення найсильнішого футбольного клубу планети фактично було достатньо виявити сильнішого серед діючих клубних чемпіонів цих континентів. Така можливість з'явилася 1960 року із започаткуванням Кубку Лібертадорес — турніру між переможцями національних чемпіонатів країн Південної Америки. В Європі аналогічний турнір, Кубок чемпіонів УЄФА, на той час вже існував, тому того ж 1960 року відбувся перший розіграш Міжконтинентального кубку. У цьому розіграші європейський чемпіон «Реал» (Мадрид) здолав південноамериканського чемпіона уругвайський «Пеньяроль».
Традиційно європейські клуби мали значно більші фінансові можливості та на момент започаткування турніру вже досить часто залучали до своїх складів найталановитіших південноамериканських гравців, надалі потік гравців з Південної Америки до Європи лише розширився. Тому розіграшу Міжконтинентального кубку надавалося велике значення насамперед у Південній Америці — гравці намагалися зацікавити потенційних роботодавців, а вболівальники прагнули отримати черговий доказ того, що футбольний талант гравців з їх континенту ладний здолати на футбольному полі велетенські бюджети європейських клубів.
З іншого боку, у Європі інтерес до турніру був значно меншим, протягом 1970-х європейські чемпіони неодноразово відмовлялися від участі у ньому і на міжконтинентальній арені Європу представляли віцечемпіони, а двічі, у 1975 та 1978 Міжконтинентальний кубок взагалі не розігрувався. Основною причиною низької зацікавленості європейців була відсутність фінансової зацікавленості. Ситуація змінилися 1980 року з приходом японського автовиробника «Тойота» як титульного спонсора змагання. Розіграш кубку набув ознак комерційного турніру і відтоді не було жодного випадку відмови від участі у ньому з боку європейських чемпіонів.
Останній розіграш Міжконтинентального кубка відбувся 2004 року, турнір поступився місцем новоствореному Клубному чемпіонату світу, участь у якому беруть найсильніші клуби всіх континентів. Така зміна відповідає стратегії ФІФА щодо розширення футбольної географії, щоправда, на практиці титул найсильнішого клубу світу продовжують розігрувати між собою представники Європи та Південної Америки.
З моменту започаткування змагання у 1960 році та до 1979 року володар Міжконтинентального кубку визначався за результатами двох матчів, кожна з команд-учасниць змагання проводила одну гру вдома та одну на полі суперника. При цьому до 1968 року при визначенні переможця за сумою двох ігор застосовувалася прийнята у Південній Америці практика — до уваги бралися лише набрані очки. Якщо ж обидві команди здобули по перемозі, або обидві гри завершилися нічиєю, призначався вирішальний, третій матч. 1969 року відбувся перехід на прийняту у Європі систему, при якій за рівності очок переможець визначався різницею забитих та пропущених м'ячів, а також правилом забитого на чужому полі голу.
З 1980 року титульним спонсором змагання став японський автовиробник «Тойота», а його формат було змінено. Відтоді розіграш Міжконтинентального кубка складався з однієї гри, яка проходила на нейтральному для обох учасників полі у Японії.