Noted は「了解」くらいの感覚ですね。もともとは「ノートとった」つまり「記憶した」→「理解した」→「了解」て感じでしょうか。 つまりご質問の分は直訳すると「感謝をしつつ理解した」というような感じで意訳すれば「了解です。ありがとう。」というように分けて訳してもニュアンスは損なわれないと思います。 ちなみにこの with thanks とか with many thanks なんて言い方は結構よく聞きますので憶えておくといいですね。「感謝をこめて」とか訳せる場合もありますが普段はそれほど訳を気にせず「とりあえず感謝してくれているみたいだな」くらいに思っていれば間違いないと思います。