PCR Wikipedia
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Fundamento e importancia
Esta técnica se fundamenta en la propiedad natural de las ADN polimerasas para replicar hebras de ADN, para lo
cual emplea ciclos de altas y bajas temperaturas alternadas para separar las hebras de ADN recién formadas entre sí
tras cada fase de replicación y, a continuación, dejar que vuelvan a unirse a polimerasas para que vuelvan a
duplicarlas. La reacción en cadena de la polimerasa fue desarrollada por Kary Mullis perteneciente a la Cetus
Corporation en California SA, en la década de 1980.
Inicialmente la técnica era lenta, ya que las polimerasas se desnaturalizaban al realizar los cambios de temperatura y
era necesario agregar nuevas polimerasas en cada ciclo. Puesto que las temperaturas del ciclo (95 °C en las fases de
desnaturalización del ADN) suponen la inmediata desnaturalización de toda proteína, se emplean ADN polimerasas
termoestables, extraídas de microorganismos adaptados a vivir a esas temperaturas, restrictivas para la mayoría de
los seres vivos. Dichos microorganismos, generalmente arqueas, son: Thermus aquaticus (polimerasa Taq),
Pyrococcus furiosus (Pfu), Thermococcus litoralis (Vent) y Thermus termophilus (Tth). Generalmente se emplean
mezclas de polimerasas muy procesivas (Taq) con otras con corrección de errores (Pfu, Vent).
Hoy, todo el proceso de la PCR está automatizado mediante un aparato
llamado termociclador, que permite calentar y enfriar los tubos de
reacción para controlar la temperatura necesaria para cada etapa de la
reacción (ver más abajo). Muchos termocicladores modernos hacen uso
del efecto Peltier, que permite tanto calentar como enfriar los tubos
simplemente invirtiendo la corriente eléctrica. Los tubos usados para
PCR tienen una pared muy fina, lo que favorece una buena
conductividad térmica, permitiendo que se alcance rápidamente el
equilibrio térmico. Casi todos los termocicladores tienen un sistema
que calienta la tapa de cierre con el fin de evitar la condensación sobre
los tubos de reacción. Los termocicladores más antiguos que carecían
de este sistema, solucionaban el problema de la condensación con una Termociclador: aparato en el que se efectúa la
capa de aceite en la parte superior de la mezcla de reacción o con un PCR convencional.
Por lo general, la PCR es una técnica común y normalmente indispensable en laboratorios de investigación médica y
biológica para una gran variedad de aplicaciones. Entre ellas se incluyen la clonación de ADN para la secuenciación,
la filogenia basada en ADN, el análisis funcional de genes, el diagnóstico de trastornos hereditarios, la identificación
de huellas genéticas (usada en técnicas forenses y test de paternidad) y la detección y diagnóstico de enfermedades
infecciosas.
Reactivos
Para realizar la técnica se necesitan:[2]
• Desoxinucleótidos trifosfato (dNTPs), el sustrato para polimerizar
nuevo ADN.
• Dos cebadores (o primers), oligonucleótidos que son, cada uno,
complementarios a una de las dos hebras del ADN. Son secuencias
cortas, de entre seis y cuarenta nucleótidos, normalmente de 18 a
22, que son reconocidos por la polimerasa permitiendo iniciar la
reacción. Deben estar situados enfrentados y a no mucha distancia.
Delimitan la zona de ADN a amplificar.
• Iones divalentes. Se suele usar magnesio (Mg2+), agregado Tubos de PCR que albergan la mezcla en un
comúnmente como cloruro de magnesio (MgCl2), o algún otro volumen total de 100 μL.
Ciclo de amplificación
El proceso de PCR por lo general consiste
en una serie de 20 a 35 cambios repetidos de
temperatura llamados ciclos; cada ciclo
suele consistir en 2-3 pasos a diferentes
temperaturas. La PCR común se realiza con
ciclos que tienen tres pasos de temperatura.
Los pasos de ciclos a menudo están
precedidos por un choque térmico (llamado
"hold") a alta temperatura (> 90 °C), y
seguido por otro hold al final del proceso
para la extensión de producto final o el
breve almacenaje. Las temperaturas usadas
y el tiempo aplicado en cada ciclo dependen
de gran variedad de parámetros. Éstos
incluyen la enzima usada para la síntesis de
ADN, la concentración de iones divalentes y
dNTPs en la reacción, y la temperatura de
unión de los cebadores, así como la longitud
del ADN que se desea amplificar. [2]
Inicialización
Este paso consiste en llevar la reacción hasta
Esquema general de la PCR.
una temperatura de 94-96 °C (ó 98 °C si se
está usando una polimerasa termoestable
extrema), que se mantiene durante 1-9
minutos. Esto sólo es necesario para ADN
polimerasas que requieran activación por
calor.
Desnaturalización
En primer lugar, se desnaturaliza el ADN Grado de amplificación según el número de ciclos empleados. A: gel de agarosa (1:
(se separan las dos hebras de las cuales está ladder, 2: producto específico, 3: producto inespecífico); B concentración de ADN
constituido). Este paso puede realizarse de respecto del tiempo; C logaritmo de la concentración de ADN respecto del tiempo.
Extensión/Elongación de la cadena
Actúa la ADN polimerasa, tomando el ADN molde para sintetizar la cadena complementaria y partiendo del cebador
como soporte inicial necesario para la síntesis de nuevo ADN. La polimerasa sintetiza una nueva hebra de ADN
complementaria a la hebra molde añadiendo los dNTP's complementarios en dirección 5'→ 3', uniendo el grupo 5'-
fosfato de los dNTPs con el grupo 3'- hidroxilo del final de la hebra de ADN creciente (la cual se extiende). La
temperatura para este paso depende de la ADN polimerasa que usemos. Para la Taq polimerasa, la temperatura de
máxima actividad está en 75-80 °C (comúnmente 72 °C). El tiempo de extensión depende tanto de la ADN
polimerasa usada como de la longitud del fragmento de ADN que se va a amplificar. Hay una regla comúnmente
usada: en su temperatura óptima, la polimerasa de ADN polimerizará mil bases en un minuto.
Elongación Final
Etapa única que se lleva a cabo a una temperatura de 70-74 °C durante 5-15 minutos tras el último ciclo de PCR.
Con ella se asegura que cualquier ADN de cadena simple restante sea totalmente ampliado.
Conservación
Este paso se lleva a cabo a 4-15 °C durante un tiempo indefinido para conservar la reacción a corto plazo.
La PCR normalmente se realiza con un volumen de reacción de 15-100 μL, en pequeños tubos de 0.2-0.5 mL que se
colocan en el termociclador.
Para verificar que la PCR ha generado el fragmento de ADN previsto, se emplean técnicas de electroforesis, que
separan los fragmentos de ADN generados de acuerdo a su carga, esto es, longitud, y, en menor medida y
dependiendo de la matriz empleada, a su tamaño: típicamente se emplean la electroforesis en gel de agarosa, para
fragmentos grandes; en acrilamida, para los más pequeños; y, de forma más rápida y aplicable a la PCR asociada a
marcaje fluorescente, la electroforesis capilar.[3] El/los tamaño/s de los productos de la PCR vienen determinados por
un marcador de peso molecular de ADN, el cual contiene fragmentos de ADN de tamaño conocido, y que se corre en
el gel junto con los productos de PCR.
Optimización de la PCR
En la práctica, la PCR puede fallar por varias razones, pero normalmente es debido a su sensibilidad a la
contaminación, que a veces provoca la amplificación de ADN "falso". Por esto, se han desarrollado un gran número
de técnicas y procesos para optimizar la PCR:
• La contaminación con ADNs extraños puede solucionarse con protocolos y procedimientos que separen las
reacciones pre-PCR de los contaminantes potenciales del ADN. Esto normalmente implica la separación espacial
de las áreas de realización de la PCR de las de análisis o purificación de los productos de PCR, y la limpieza
exhaustiva de la superficie de trabajo entre la realización de una PCR y la siguiente.
• Las técnicas de diseño de primers son importantes en la mejora de la obtención de productos de PCR y en evitar
la formación de productos falsos, y el uso de componentes alternativos para los buffers o las enzimas polimerasas
pueden ayudar en la amplificación de regiones de ADN largas o, de cualquier otra forma, problemáticas.
Reacción en cadena de la polimerasa 5
Tipos de PCR
PCR anidada
Técnica muy sensible de PCR en la que el producto de una amplificación es utilizado como molde para realizar una
segunda amplificación con cebadores que se ubican dentro de la primera secuencia amplificada. Este tipo de PCR es
muy específica.
PCR in situ
La PCR in situ consiste en una reacción de PCR en secciones histológicas o células, donde los productos generados
pueden visualizarse en el sitio de amplificación. Es realizada sobre preparaciones fijas en un portaobjetos. En la
técnica de PCR in situ se realiza una primera amplificación de ADN blanco y luego detección mediante hibridación
in situ convencional con sondas de ADN/ARN. De esta manera pueden detectarse cantidades pequeñísimas de
genoma. Esta tecnología es de gran alcance en la capacidad de amplificar específicamente una población de
secuencias de menor representación.
PCR multiplex
PCR en la cual se amplifica más de una secuencia en una misma reacción. Emplea dos o más pares de cebadores en
único tubo con el fin de amplificar simultáneamente múltiples segmentos de ADN. Consiste en combinar en una
única reacción todos pares de cebadores de los sistemas que queremos amplificar simultáneamente, junto con el resto
de los reactivos de la reacción en cantidades suficientes. Sus ventajas: se obtiene la información de varios loci en una
sola reacción, menor cantidad de molde para el análisis, menor cantidad de reactivos, rápida construcción de base de
datos.
fluorescencia, de forma que su aumento es proporcional a la cantidad de ADN formada. El proceso se puede
automatizar fácilmente usando un sistema que realice la amplificación (termociclador) y que a su vez sea capaz de
leer fluorescencia. Existe una amplia oferta de aparatos en el mercado. La mayoría pueden trabajar con las diversas
opciones de marcado fluorescente y son "abiertos", es decir, permiten programar las condiciones de amplificación y
lectura de forma que su uso no queda limitado a unos reactivos determinados. ADN complementario
Aplicaciones
La técnica de la PCR tiene multitud de aplicaciones: ya en ciencia básica, como herramienta de detección y/o
generación de acervos de fragmentos de ADN de interés; ya en ciencia aplicada, como elemento resolutivo en sí
mismo, por ejemplo en diagnóstico clínico.
Investigación
La PCR convencional se emplea como base para multitud de técnicas en el laboratorio debido a su robustez y
rapidez. De este modo, la PCR de punto final permite controlar y detectar los fragmentos de ADN de interés.
Una aplicación de la PCR de extrema importancia es la clonación de
secuencias de ADN en vectores, como pueden ser los plásmidos. Para
ello, se emplean cebadores que contienen en su extremo 5' una corta
secuencia que permite la interacción posterior con otra complementaria
situada en el vector de clonación a emplear. Por ejemplo, se puede
incluir una diana de restricción en dichos cebadores, de modo que, y si
ésta no existía previamente en el fragmento y es única en el vector,
pueda efectuarse una ligación mediante la ligasa de T4 tras la digestión
con la enzima de restricción apropiada de ambos elementos. Otro
método asimilable a esta vía es el empleo de la recombinación dirigida;
esto es, se adapta al 5' de los cebadores una secuencia que faculta a una
recombinasa la recombinación dirigida con un vector dado.[4]
Agronomía y diversidad
Tal y como la PCR multiplex permite producir huellas genéticas de individuos concretos, dentro del marco de la
genética forense, existen métodos basados en la PCR que permiten discernir entre grupos infraespecíficos de cultivos
de interés agronómico; por ejemplo, de cultivares.[8] Para ello, se emplean oligonucleótidos de un tamaño lo
suficientemente pequeño como para que ceben de forma relativamente inespecífica, aunque siempre de tal forma que
produzcan un patrón de bandas discreto e interpretable. De este modo, la pauta obtenida tras la electroforesis de los
fragmentos tiende a agrupar a los individuos de mayor semejanza, que poseen un comportamiento similar, de los que
divergen...
Historia
En 1971, un artículo publicado por Kleppe et al. en Journal of
Molecular Biology describió por primera vez un método que usaba
enzimas para replicar una secuencia pequeña de ADN con primers in
vitro.[9] Sin embargo, este temprano ejemplo del principio básico de la
PCR no recibió mucha atención, y la invención de la reacción en
cadena de la polimerasa en 1983 es generalmente atribuida a Kary
Mullis.[10] [11] Mullis ganó el Premio Nobel por su trabajo en PCR.
Electroforesis de proteínas SDS-PAGE
Algo muy a tener en cuenta en la PCR es que la ADN polimerasa que resolviendo la Taq polimerasa.
se use sea capaz de soportar las altas temperaturas de >90 °C
necesarias para la separación de las dos hebras de ADN de la doble hélice tras cada ciclo de replicación. Las ADN
polimerasas que se utilizaron originariamente para los experimentos in vitro previos a la PCR no eran capaces de
soportar estas altas temperaturas, por lo que los primeros procedimientos para replicar el ADN eran muy ineficientes,
Reacción en cadena de la polimerasa 9
Guerras de patentes
La técnica de la PCR fue patentada por Cetus Corporation, donde Mullis trabajaba cuando inventó la técnica en
1983. La enzima Taq polimerasa fue también cubierta de patentes. Tuvieron lugar varios pleitos relacionados con la
técnica, incluyendo un pleito fracasado generado por DuPont. La compañía farmacéutica Hoffmann-La Roche
adquirió los derechos de las patentes en 1992 y actualmente mantiene las que aún están protegidas.[14] [15]
Referencias
Referencias generales
• Saiki RK, Gelfand DH, Stoffel S, Scharf SJ, Higuchi R, Horn GT, Mullis KB, et al.(1988) Primer-directed
enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase. Science 239: 487–491
• Griffiths, J.F. A. et al. (2002). Genética, McGraw-Hill Interamericana. ISBN 84-486-0368-0.
• Coleman, WB y Tsongalis, GJ (2006). Molecular Diagnostics: For the Clinical Laboratorian, Humana Press.
ISBN 1-58829-356-4.pgs. 47-56 y 65-74
• Butler, JM (2005). Forensic DNA Typing: Biology, Technology, and Genetics of STR, Academic Press pgs 63-84.
ISBN 0-12-147952-8.
Reacción en cadena de la polimerasa 10
Enlaces externos
• Wikimedia Commons alberga contenido multimedia sobre Reacción en cadena de la polimerasa.Commons
• Animación PCR [16]
• Nueva técnica más eficiente en PCR [17]
• Please find all details about real-time PCR here: http://www.gene-quantification.info - The reference in
real-time PCR
• Simulation online de reacciones de PCR frente a procariotas secuenciados [18].
• Ejercicio online en el que se diseñan y simulan experimentos de PCR y PCR-RFLP [19].
Referencias
[1] Bartlett & Stirling (2003)—A Short History of the Polymerase Chain Reaction. In: Methods Mol Biol. 226:3-6 (http:/ / biomed. humanapress.
com/ index. php?option=com_opbookdetails& task=chapterdetails& chapter_code=1-59259-384-4:3& category=biomedprotocols)
[2] Joseph Sambrook and David W. Russel (2001). Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd ed. edición, Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold
Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 0-87969-576-5.
[3] Mathews, C. K.; Van Holde, K.E et Ahern, K.G (2003). «6», Bioquímica, 3 edición, pp. 204 y ss. ISBN 84-7892-053-2.
[4] Watson, J, D.; Baker, T. A.; Bell, S. P.; Gann, A.; Levine, M. et Losick, R (2004). Molecular Biology of the Gene, Fifth edition edición, San
Francisco: Benjamin Cummings. ISBN 0-321-22368-3.
[5] Scott L. Butler, Mark S.T. Hansen & Frederic D. Bushman (2007). « A quantitative assay for HIV DNA integration in vivo (http:/ / www.
nature. com/ nm/ journal/ v7/ n5/ abs/ nm0501_631. html)». Nature Medicine (7): pp. 631-634. doi:10.1038/87979. .
[6] Museo Victora de Melbourne sobre la preservación del ADN (http:/ / museumvictoria. com. au/ scidiscovery/ dna/ preserved. asp)
[7] James P. Noonan,Graham Coop, Sridhar Kudaravalli, Doug Smith, Johannes Krause, Joe Alessi, Feng Chen, Darren Platt, Svante Pääbo,
Jonathan K. Pritchard, Edward M. Rubin (17 de noviembre de 2006). « Sequencing and Analysis of Neanderthal Genomic DNA (http:/ / www.
sciencemag. org/ cgi/ content/ abstract/ 314/ 5802/ 1113)». Nature Medicine 314 (5802): pp. 1113 - 1118. DOI: 10.1126/science.1131412. .
[8] Jinguo Hu1 and Carlos F. Quiros (1991). « Identification of broccoli and cauliflower cultivars with RAPD markers (http:/ / www.
springerlink. com/ content/ t6082u1363g08567/ fulltext. pdf)». Plant Cell Reports 10 (10). DOI: 10.1007/BF00234583. .
[9] Kleppe K, Ohtsuka E, Kleppe R, Molineux I, Khorana HG (1971). « Studies on polynucleotides. XCVI. Repair replications of short synthetic
DNA's as catalyzed by DNA polymerases (http:/ / www. sciencedirect. com/ science?_ob=ArticleURL& _udi=B6WK7-4DKM9WR-36&
_user=103681& _coverDate=03/ 14/ 1971& _rdoc=10& _fmt=summary& _orig=browse&
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pp. 341-361. .
[10] Mullis, Kary (1998). Dancing Naked in the Mind Field, New York: Pantheon Books. ISBN 0-679-44255-3.
[11] Rabinow, Paul (1996). Making PCR: A Story of Biotechnology, Chicago: University of Chicago Press. ISBN 0-226-70146-8.
[12] Mullis, Kary (1998). Dancing Naked in the Mind Field, New York: Pantheon Books, pp. 18. ISBN 0-679-44255-3.
[13] Mullis, Kary (1990). «The unusual origin of the polymerase chain reaction». Scientific American 262 (4): pp. 56-61, 64-5.
[14] PR Newswire (http:/ / www. prnewswire. co. uk/ cgi/ news/ release?id=112039)
[15] Consejos sobre como sobrevivir a la guerra de las patentes de Taqs (http:/ / www. genengnews. com/ articles/ chitem. aspx?aid=1656&
chid=0): GEN Genetic Engineering News Biobusiness Channel: Artículos. 1 de mayo de 2006 (Vol. 26, No. 9).
[16] http:/ / www. maxanim. com/ genetics/ PCR/ PCR. htm
[17] http:/ / nar. oxfordjournals. org/ cgi/ content/ full/ 33/ 13/ e110
[18] http:/ / insilico. ehu. es/ PCR
[19] http:/ / insilico. ehu. es/ edu/ PCR_es
Fuentes y contribuyentes del artículo 11
Licencia
Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported
http:/ / creativecommons. org/ licenses/ by-sa/ 3. 0/